系统发育树

摘要： 三峡库区微生物的变化影响淡水生态系统功能的发挥及人类健康,为探究三峡库区万州段不同沉积土微生物群落的多样性,于2018年3月对万州二桥两岸不同土样进行微生物调查,采用烘干法和重铬酸钾容量法对沉积土理化性质进行分析,采用平板稀释涂布法分析可培养微生物的数量,使用16S rDNA基因测序和构建系统进化树对沉积土微生物的群落组成及多样性进行评价。结果表明,不同沉积土的有机质含量存在差异,微生物数量表现为细菌>放线菌>真菌。通过生物信息学分析发现细菌多为假单胞菌属和不动杆菌属。为三峡库区的环境污染提供预警,对未来三峡库区生态环境的合理利用和治理具有重要意义。

摘要： 为探讨DNA条形码在腺水螨属物种鉴定中可行性,对腺水螨属16种93条CO I序列进行分析.使用MEGA软件分析遗传距离、构建NJ系统发育树;使用ABGD软件对物种进行划分.结果显示:Lebertia porosa和Lebertia schechteli的种内遗传距离大于2%,其余种内遗传距离均小于2%,除L.porosa和L.schechteli外,其余物种的种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的49倍;ABGD法对物种划分,能够出现明显的条形码间隙,但将L.porosa划分为3个组,L.schechteli划分为2个组,其余物种划分结果与形态学一致;NJ法所构建的系统发育树将L.porosa分为3支,其余物种均能聚为单系.研究结果表明,DNA条形码可以用于腺水螨属物种的鉴定,L.po⁃rosa和L.schechteli可能存在隐存种.

摘要： 为了筛选出具有高多态性的cpDNA和ITS序列引物,用于研究野生玫瑰自然种群的分子谱系地理,以野生玫瑰8个种群为试材,通过12对叶绿体基因组引物和4对核基因组ITS引物的PCR扩增和PCR产物测序,筛选出trnL-trnF、rpl20-rps12、rbcl、ITS1四对具有高多态性的引物。序列变异计算与系统发育树结果显示,8个野生玫瑰种群变异较低,可划分为2支。筛选出高多态性的cpDNA引物3对和ITS引物1对,适用于研究野生玫瑰系统发育和谱系地理结构,能够进一步探究濒危物种野生玫瑰的谱系地理。

摘要： 为鉴定斑地锦(Euphorbia maculata L.)及其混淆品,以广西采集的41份斑地锦及其混淆品为研究对象,提取其基因组DNA,对各个样品的条形码rbcL和psbA-trnH序列进行扩增并测序,与GenBank下载的13份斑地锦及其混淆品rbcL和psbA-trnH序列进行了分析比对,计算了斑地锦及其混淆品的种内、种间遗传距离并采用邻接法构建了系统发育树。结果发现,斑地锦种内遗传距离明显小于其与混淆品的遗传距离,系统发育树中斑地锦样品聚为单系并能够与其混淆品明显区分开,这表明rbcL和psbAtrnH序列可用于斑地锦及其常见的混淆品的鉴别。

摘要： 研究筛选滇重楼根际土壤解磷菌,提高滇重楼产量和品质,为其微生物菌肥的研发提供优良菌株。采集四川、云南、贵州中10个不同地区野生品和移栽品滇重楼根际土壤分离筛选高效解无机磷菌,通过钼锑钪比色法进行溶磷能力测定,结合生理生化和16S rDNA进行鉴定分析。结果表明,共分离纯化42株溶磷菌,发酵液中有效磷的含量为66.68~104.10 mg/L,其中属于芽孢杆菌属Z3-4菌株解无机磷能力最强,发酵上清液中有效磷的含量为104.10 mg/L、增磷量为38.55 mg/L、解磷率为37.03%。菌株Z3-4是一株具有高效解无机磷作用的细菌,可应用于生物菌肥的生产。

摘要： 为明确薄壳山核桃Carya illinoinensis叶斑病病原,对不同地区的薄壳山核桃叶斑病发生情况进行调查,采集感病植株,采用组织分离法分离培养病原菌,并经过柯赫氏法则验证,结合形态学和系统发育树进行鉴定。结果表明:从田间两种感病症状的薄壳山核桃叶片上共分离出4种致病真菌,分别为共享镰孢Fusarium commune、Phaeosphaeria fuckelii、茶藨子葡萄座腔菌Botryosphaeria dothidea和灰葡萄孢Botrytis cinerea,回接到健康山核桃叶片后,发病率分别为90.9%,100%,75.0%,100%。该结果可为了解薄壳山核桃叶斑病的病原种类及防治提供参考。

摘要： 为了从自然界中筛选获得产木聚糖酶微生物,并分析土壤和山羊消化道内容物中筛选所获得产酶微生物之间的关系,该试验以土壤、山羊瘤胃内容物、肠道内容物和粪便为样本,使用自制木聚糖作为唯一碳源,筛选产木聚糖酶微生物,并对其进行鉴定,分析其所产木聚糖酶的酶学特性以及不同来源样品产木聚糖酶微生物的关系。结果表明:从土壤、山羊瘤胃内容物和山羊粪便中各筛选出一株产木聚糖酶微生物(T2-2-1,YL3-2-1,YF-2-1),经形态学和分子生物学方法分别将其鉴定为贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis)、高地芽孢杆菌(Bacillus altitudinis)和贝莱斯芽孢杆菌(Bacillus velezensis);构建系统发育树对3株菌进行分析后发现土壤微生物多样性可能影响山羊消化道微生物多样性;酶学特性分析发现,菌株T2-2-1、YL3-2-1和YF-2-1所产木聚糖酶的最适反应条件分别为50°C、pH 5.0,60°C、pH 7.0和60°C、pH 5.0。产木聚糖酶微生物的获取可为新型饲料添加剂和生物饲料的制备提供材料,来自土壤和山羊消化道产木聚糖酶微生物的遗传学分析揭示了环境微生物多样性与动物消化道微生物多样性的相互影响,也为筛菌样品的选择提供理论依据。

摘要： 为豪猪血蜱的鉴定提供准确依据,从湖南省怀化地区猪獾体表采集蜱,运用体视显微镜超景深系统观察其形态学特征;提取蜱体壁总DNA,经PCR扩增测序获得其COX1、ITS2和16S rDNA基因序列,与GenBank数据库中序列比对,并构建系统发育树,进行同源性分析。结果显示,该蜱种雌蜱呈南瓜子形,前窄后宽;假头基为矩形,基突后缘短薄,末端刺宽圆;孔区圆形;须肢圆短,第3节背面有1对刺;盾板两侧缘呈深弧状弯曲,刻点散布均匀;颈沟短而深;缘垛较宽但不明显;无外距,内距粗短呈锥状;生殖孔为圆形,前端与基节Ⅱ中部平行,后端止于基节Ⅲ前缘;气门板呈逗点形;肛门圆形,肛沟位于肛后呈酒杯状。雄蜱除体型较小、体色较浅、盾板覆盖全背、颈沟短而浅、缘垛明显形状狭长、生殖孔与基节Ⅱ平行饱满呈唇形、肛门平行于第1缘垛呈圆形突出状、肛沟呈马蹄状等特征外,其他结构与雌蜱的相似。该蜱种COX1、ITS2和16SrDNA基因序列大小分别为749、1 656和440 bp。经测序比对,该蜱种COX1、16SrDNA基因序列与GenBank中已有豪猪血蜱COX1、16S rDNA基因序列的相似度分别可达99.21%、99.32%以上;该蜱种ITS2基因序列在GenBank中尚未有记录,其仅与长角血蜱ITS2基因序列(KX450306)的相似度较高为91.32%。通过COX1、ITS2和16S rDNA基因系统发育树分析,该蜱种与其他血蜱种聚于同一属分支下。结果表明,从猪獾体表采集的蜱种为豪猪血蜱,结合形态结构及分子标记特征较易鉴定该蜱种。

摘要： 从海拔2 500~3 000 m处的盐井土壤样品中分离得到1株中度嗜盐菌,通过对该菌株的菌落形态观察、rDNA-ITS测序及同源序列比对,构建系统发育树,鉴定该菌株为曲霉属(Aspergillus),命名为棘孢曲霉(Aspergillus aculeatus) GLUT-01。该菌株能在3%~15%NaCl (最适7%)、20~30°C(最适27°C)、pH值为4.0~10.0 (最适pH值为7.0)条件下生长,且能以部分污染物作为唯一碳源生长,这显示了一定的应用潜力。以其作为发酵真菌进行液态发酵培养,通过正交试验分析,在接种量为2%,温度为28°C,起始pH值为6,C/N为1∶2条件下培养3~5 d,产生的果胶酶活性达到126.68 U/mL。试验结果丰富了嗜盐果胶酶的研究和开发依据,为高盐环境下食品工业加工提供了理论基础。

摘要： 为了提高胆固醇降解率,筛选高降脂活性发酵菌剂的优良菌种。采用连续稀释平板法结合高效液相色谱法,分离柠檬内生菌并对其降胆固醇活性进行筛选,再采用16S或26S rDNA序列分析进行活性菌种鉴定。研究结果表明从柠檬中分离得到122株柠檬内生菌,初筛得到23株胆固醇降解率高于25%的菌株,进一步进行复筛得到17株降胆固醇活性菌株,经鉴定结果为酵母属16株,其中Meyerozyma carpophila 7株,Meyerozyma guilliermondii 5株,Wickerhamomyces anomalus和Pichia membranifaciens各2株,细菌1株鉴定为Acetobacter ghanensis。该研究菌株可作为发酵剂,为降脂类益生菌功能产品的开发提供基础。

摘要： 不动杆菌广泛分布于水、土壤环境中，目前研究报道最多的鲍曼不动杆菌，是医院比较常见的感染的重要条件致病菌之一。从养殖场金鱼肝脏分离到1株优势菌株,其形态特征和生理生化测试结果表明,该菌为革兰氏阴性杆菌,无动力,氧化酶阴性、接触酶阳性,44°C生长.结合16S rRNA基因序列和系统发育树的分析结果,确定该菌为不动杆菌Acinetobacter bereziniae.药敏试验结果显示,分离菌对新生霉素、强力霉素、亚胺培南、美满霉素、利福平中度敏感;对氨苄西林、左氟沙星、链霉素、庆大霉素、四环素、甲氧苄胺嘧啶、磺胺甲基异恶唑、恩诺沙星等24种药物不敏感.

摘要： 斜带髭鲷(Hapalogenys nitens)作为我国东南沿海主要海水网箱养殖鱼类之一,常年受到以细菌性病害为主的侵袭,但相关病原检疫和诊断的研究较少.本文以福建罗源湾养殖濒死斜带髭鲷为研究对象,无菌解剖后对其肝、肾和脾脏进行细菌分离,对纯培养菌使用常规方法和API进行形态和生理生化鉴定,使用16S rDNA、gyrB和rpod基因进行分子生物学鉴定和系统发育树构建及分析,并对该菌进行药敏试验.菌株鉴定结果为鳗利斯顿氏菌(Listonella anguillarum),但在系统发育树中与多株鳗弧菌(Vibrio anguillarum)聚为一支,药敏试验表明该菌对新生霉素、左氟沙星、罗红霉素、氟苯尼考等7种药物敏感,对磺胺甲基异恶唑、利福平、四环素、强力霉素、氨苄西林等8种药物耐药.

摘要： 香草兰被誉为"食品香料之王",是一种经济附加值极高的热带特色香料作物.近年来,香草兰根(茎)腐病为害严重,是导致香草兰种植面积逐年萎缩的重要因素之一.该病害的病原物已被鉴定,但尚有争议.之前的国内外研究一般采用形态学鉴定手段,目前尚未有分子鉴定的报道.本研究基于rDNA-ITS序列对海南省万宁市的香草兰根(茎)腐病病原菌进行鉴定,并进行了系统发育树分析和致病性测定,旨在明确香草兰根(茎)腐病病原菌种类特征及其致病性.经过形态学和分子方面双重鉴定，认为海南省万宁市地区的香草兰根（茎）腐病病原菌是尖孢镰刀菌，通过系统发育树和致病性分析发现该病原菌的变异度较高并形成了遗传距离和致病性均有一定差异的两个群体。本研究结果为香草兰根（茎）腐病病原菌快速鉴定提供依据，对香草兰根（茎）腐病防治决策有一定的参考意义。

摘要： NF-κB1/2均隶属于NF-κB基因家族,含有RHD、IPT、ANK与DD四个结构域,在机体免疫和炎症反应中有重要的作用.NF-κB1/2在脊椎动物的各个类群中发生了功能分化,但是其功能分化的原因还未见报道.因此,本研究对NF-κB1/2基因进行序列比对,系统发育树的构建与选择压力预测等多种生物信息学技术分析旨在分析NF-κB1/2功能分化原因,定义其各个结构域在其进化历程中的地位.选择压力分析发现不同种类动物NF-κB1/2 保守结构域ω值存在差异，说明NF-κB1/2 各个结构域在不同的进化阶段存在着明显不同的进化历程。

摘要： 为进行干酪生产中NSLAB等微生物溯源体系的研究,2013年间,笔者对北京市两家干酪生产厂家的环境和生产设备,如料斗车、干酪槽、浸酶池、灌装间墙壁、切刀、压榨机、包装机和盐渍机等进行了大量采样分析和调查,并对采集样品中分离出的目的菌株进行了生理生化鉴定及分析.研究结果表明,干酪生产环境中的主要微生物有枯草芽孢杆菌、蜡状芽孢杆菌、金黄色葡萄球菌、微球菌和马克斯克鲁维酵母等.在此基础上,研究者对各种来源样品中的微生物利用16S rRNA分子生物学技术建立了目的菌株来源系统发育树,以此来进行基因序列比对分析,确定了干酪生产中多种微生物的主要来源,为建立干酪生产中NSLAB溯源体系提供了条件.

摘要： 犬细小病毒病是由犬细小病毒(CPV)感染幼犬引起的一种急性传染病，发病率高，传染性强，病程短，死亡率高，是危害我国犬业养殖最严重的传染病之一。本研究根据GeneBank中已登录的CPV序列，利用重叠PCR技术对病料进行处理后，接种F81细胞盲传3代，分离得到一株细小病毒,命名为JL-M13.运用重叠PCR技术从JL-M13中扩增出5条核苷酸序列,拼接后进行序列分析,结果表明所获病毒核酸基因组大小为4621bp,与其他犬细小病毒同源性为98.2％-99.4％.系统发育树分析表明,JL-M13与CPV-2毒株(EF011664.1)相似率最高,与Type-2型犬细小病毒相距较远.

摘要： 从自然感染附红细胞体的浙江猪体内无菌采集血液,提取病原基因组,用血营养菌的16S rRNA基因的通用引物进行PCR扩增,得到两株长约1.5kb的扩增片段,将其克隆到pMD18-T载体后进行测序和分析.获得全长为1445bp两条16S rRNA基因序列,分析表明两者的同源性为99％,该序列与猫的类附红细胞体的16S rRNA基因序列同源性达到92％,与感染猪的附红体M.suis和M.parvum同源性仅为80％和81％.将该序列与1种支原体、16种血营养菌16S rRNA基因序列及进行比较,用MEGA5.1软件,neighbor-joiningprogram建立系统发育树,结果表明该附红细胞体同血营养菌的分类中的haemofelis group关系较近,与原来猪的两种附红体M.suis和M.parvum所属的haemominutum group的关系较远,证实该病原为一种感染猪的新种附红细胞体.姬姆萨染色血液涂片显示该病原为紫红色,蓝紫色的颗粒,有折光性；扫描电镜观察其大小约为0.3-0.5lμM,附着于红细胞表面,形态特征与目前我国流行的猪附红体没有显著区别.

摘要： 本实验采用荧光定量RT-PCR的方法对猪TSHR基因组织表达谱进行分析，及对16个物种的TSHR基因进行生物信息学分析，并建立系统发育树，以及进一步确定物种间的遗传分化。

摘要： 禽偏肺病毒(Avian Metapneumovirus,aMPV)能够引起禽类急性高传染性的呼吸道感染以及产蛋下降.首次从中国东南部地区有呼吸道症状的肉鸡中分离和鉴定C亚型禽偏肺病毒的感染.日益严重的禽偏肺病毒感染给养禽业造成严重的经济损失.

摘要： 禽偏肺病毒(Avian Metapneumovirus,aMPV)能够引起禽类急性高传染性的呼吸道感染以及产蛋下降.首次从中国东南部地区有呼吸道症状的肉鸡中分离和鉴定C亚型禽偏肺病毒的感染.日益严重的禽偏肺病毒感染给养禽业造成严重的经济损失.

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 本发明提供了一种基于自编码器与蒙特卡洛树的层次化特征系统发育模型，该模型具体包括以下步骤：步骤一，将采集到的化石进行人工特征提取得到分类单元的特征矩阵，即得到形态学数据集；步骤二，链式方程进行多重预插补，使用缺失数据集训练自编码器，对预插补数据进行矫正；步骤三，将层次化特征导致的不可适用数据作为额外的特征进行处理，使用邻接法建立邻接树；步骤四，使用步骤三得到的邻接树对蒙特卡洛树进行初始化，然后使用步骤二得到的完整数据集，采用蒙特卡洛树搜索算法进行系统发育树构建。本发明将系统发育树构建转化为决策路径选择，能有效避免搜索陷入局部最优的问题。能有效平衡搜索的深度与广度，提高搜索速度。

摘要： 本发明公开了一种基于动态多目标优化的系统发育树构建方法，首先，通过在含有标准树的多组形态学数据上进行单目标优化建树，得到不同类型数据与优化目标之间的对应关系。进而在单目标建树无法处理树冲突的情况下根据数据类型动态选择多个最优单目标进行融合，采用多目标优化算法，结合非支配排序与遗传算法进行系统发育树构建，最终对含有缺失和不可适用的数据构建出在多个目标下最优的系统发育树集合。该方法为形态学数据提供了新方法，相比基于单个目标优化的谱系树构建方法，有效的解决了古生物形态学数据谱系树构建过程中存在的缺失和不可适用以及在多个评价指标下出现冲突的问题，提高了物种谱系分析的准确率和稳定性。

摘要： 本发明提供了一种基于自编码器与蒙特卡洛树的层次化特征系统发育模型，该模型具体包括以下步骤：步骤一，将采集到的化石进行人工特征提取得到分类单元的特征矩阵，即得到形态学数据集；步骤二，链式方程进行多重预插补，使用缺失数据集训练自编码器，对预插补数据进行矫正；步骤三，将层次化特征导致的不可适用数据作为额外的特征进行处理，使用邻接法建立邻接树；步骤四，使用步骤三得到的邻接树对蒙特卡洛树进行初始化，然后使用步骤二得到的完整数据集，采用蒙特卡洛树搜索算法进行系统发育树构建。本发明将系统发育树构建转化为决策路径选择，能有效避免搜索陷入局部最优的问题。能有效平衡搜索的深度与广度，提高搜索速度。

摘要： 本发明公开了基于多度量指标权重的古生物形态系统发育树构建方法，包括：对待处理的古生物形态学数据缺失插补形成完整数据集；根据古生物形态学数据的层次特点选择度量指标；对决策点数据的度量指标生成随机权重值，获取度量指标组合；采用进化算法扩充初始种群，形成扩充后的新种群；计算古生物物种间距离，根据该距离划分当前决策点的古生物形态学数据；采用Fitch算法评估当前决策点的划分结果，保留最优分割；判断最优分割后的两个分枝是否均为单一古生物物种，是则保留，否则重新初始化权重分配；本发明可以将多个不同量纲的度量指标共同用于古生物系统发育树构建，克服了使用单一度量指标计算古生物物种间距离片面性的问题。

摘要： 本发明属于植物分析技术领域，具体涉及一种金花茶系统发育树的构建方法，该方法包括以下步骤：将n种样品的金花茶植物新鲜叶片研磨成的粉末分别加入到萃取溶液中进行超声萃取，得到n种金花茶植物萃取液；其中，n≥2；将n种金花茶植物萃取液分别用移液枪涂覆于玻碳电极表面，待其干燥后得到n种修饰电极；将n种修饰电极分别置于磷酸盐缓冲溶液中进行线性伏安扫描，n种修饰电极得到n种电化学信号；将n种电化学信号分别进行归一化处理，得到n种归一化处理电化学信号；通过对n种归一化处理的电化学信号进行聚类算法分析，构建出n种样品的金花茶植物系统发育树。

摘要： 本发明公开了一种基于特征层次的多目标系统发育树构建方法，该方法结合形态数据的特征描述，首先生成对应的特征层次关系，并结合特征之间的依赖关系对缺失值进行估计，从而得到完整的数据集；然后结合基于不可适用Fitch算法的最大简约原则和最大似然原则，进行并行多目标系统发育树构建，不仅能够很好地度量不可适用数据带来的问题，也避免了单一原则下建树的局限性。相较于传统系统发育分析方法，能够很好地解决缺失数据、不可适用数据造成的树结构不确定性问题，并通过多种建树原则，为生物学家研究物种进化提供依据。

摘要： 本发明公开了一种乌鸫系统发育树的构建方法，属于分子生物学技术领域，包括以下步骤：(1)采集乌鸫标本；(2)乌鸫mtDNA基因组的提取；(3)引物设计和PCR基因扩增；(4)测序、拼接及序列分析；(5)构建系统发育树，确定乌鸫及近缘物种系统分类地位；本发明分析乌鸫线粒体基因组序列特征以及重建了乌鸫与近缘物种系统发育树，一方面可以让乌鸫的分子信息库更加完整，有利于对该属物种以及近缘物种的进一步保护和利用，而且本发明也为其它鸟类的研究提供了研究基础和分子数据。

摘要： 本发明公开了一种用于鉴定霍山石斛或铁皮石斛的系统发育树及鉴定方法，属于霍山石斛或铁皮石斛鉴定技术领域。所述系统发育树包括用霍山石斛、铁皮石斛及部分相近物种的一段特定DNA序列作为内群，用菱唇石斛的2条特定DNA序列作为外群。所述霍山石斛的特定DNA序列通过测序获得，霍山石斛的部分相近物种和菱唇石斛的特定DNA序列来自于GenBank。分别用贝叶斯法和简约法进行系统发育分析，构建BI系统树和MP系统树。本发明通过构建霍山石斛、铁皮石斛及部分相似种的系统发育树，通过对霍山石斛与铁皮石斛之间的特定DNA序列进行对位排序和比较，能够快速、准确鉴别霍山石斛与铁皮石斛，为霍山石斛鉴别提供了新方法。