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同源性分析

同源性分析的相关文献在1990年到2022年内共计518篇,主要集中在畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂、基础医学、分子生物学 等领域,其中期刊论文424篇、会议论文60篇、专利文献608748篇;相关期刊241种,包括疾病监测、国际检验医学杂志、现代检验医学杂志等; 相关会议49种,包括福建省科协第十五届学术年会畜牧兽医分会场——福建省畜牧兽医学术年会、第一次全国中西医结合检验医学学术会议、福建省科协第十四届学术年会分会场——福建省畜牧兽医学术年会等;同源性分析的相关文献由2216位作者贡献,包括张海林、王勇、张义正等。

同源性分析—发文量

期刊论文>

论文:424 占比:0.07%

会议论文>

论文:60 占比:0.01%

专利文献>

论文:608748 占比:99.92%

总计:609232篇

同源性分析—发文趋势图

同源性分析

-研究学者

  • 张海林
  • 王勇
  • 张义正
  • 王辉
  • 刘长远
  • 路振香
  • 冯云
  • 张磊
  • 张静
  • 林琳
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 张河林; 张敏; 赵秀林; 赵平森
    • 摘要: 目的以脉冲场凝胶电泳(PFGE)为金标准,评价临床实验室应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌(CRECL)进行同源性分析的可行性。方法收集2018年8月至2019年6月从粤北人民医院住院患者中分离的非重复CRECL菌株10株,编号YG1~YG10。利用Biotyper 3.1软件对CRECL蛋白图谱进行主成分分析(PCA)和核心图谱(MSP)聚类分析,同时进行PFGE同源性分析,并将2种质谱分型方法所得的结果与金标准对比分析。编号为YG10的菌株无法进行PFGE分型被排除。结果PFGE同源性分析结果与MALDI-TOF MS同源性分析结果有较大差异,PFGE分型结果显示9株CRECL为不同型;MSP聚类分析将9株CRECL分为3型(A型4株,B型4株,C型1株),其中A型的YG3和YG7,以及B型的YG2和YG5水平线距离均为0;PCA聚类分析同样将9株CRECL分为3型(A型2株,B型4株,C型3株)。2种质谱聚类分析都将YG3和YG6分到同一型中,而YG2、YG4及YG8分到另外的同一型中。结论MALDI-TOF MS有一定的同源性分型能力,但与PFGE同源性分型结果相比较,MALDI-TOF MS的2种同源性分型结果都还有待进一步研究。
    • 李静; 屈勇刚; 张家瑞; 常军帅; 杨瑞钰; 周磊磊; 王紫阳; 孙琼飞; 张鲁安
    • 摘要: 用PCR/RT-PCR方法对新疆6个地区449份猪全血或组织样品进行病毒核酸检测,在PCV3检测为阳性的样品中选取2株克隆测序验证并分析其基因序列。结果各地区均检测到PCV3,阳性率为8.1%~16.0%,平均阳性率为14.5%(65/449),其中PCV3单独感染率为33.8%(22/65);PCV3+PRRSV感染、PCV3+PCV2的感染率较高,分别为16.9%(11/65)和15.4%(10/65);PCV3+PCV2+PRRSV感染率为15.4%(10/65);PCV3与PCV2、PRV和PRRSV的四重感染率为1.5%(1/65);对日龄记录完整的石河子地区不同生长阶段猪群感染PCV3的情况进行分析,发现平均阳性率为16.0%(26/163),其中保育猪的阳性率为30.0%(12/40);所选的2株PCV3核苷酸序列同源性为100%,与国内外参考毒株的同源性为97.9%~100.0%;遗传进化分析表明基因序列属于3a亚群。表明PCV3在新疆6地市规模化养猪场中以单独感染或与其他病原混合感染情况普遍存在,不同生长阶段猪群均有感染PCV3。
    • 张杰; 张金鑫; 楚新旭; 应冲涛; 郭普; 汪华学
    • 摘要: 目的探究基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(matrix-assisted laser desorption/ionization-time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)分析耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae,CRKP)同源性在临床中的应用价值。方法收取某院2018年9月—2020年10月临床分离的肺炎克雷伯菌非重复菌株295株,经耐药表型筛选出CRKP;利用MALDI-TOF MS采集CRKP的质谱图,分别运用SARAMIS软件中的相似性分型和identical masses分型进行同源性分析;以脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)为参考标准,将CRKP分为高度、中度、低度同源性3组,评价MALDI-TOF MS在分析CRKP同源性分析中的应用价值。结果经耐药表型筛选出55株CRKP;3组同源性分析显示:高度同源组中,应用SARAMIS软件自带的identical mass分型和相似性分型分析,大多identical mass集中分布(60%~80%),相似性>80%,与PFGE结果较为一致;中度同源组中,identical mass>70%,相似性>85%,显示菌株间高度集中,跟PFGE结果存在较大的差异;低度同源组中,identical mass<70%,相似性<80%,与PFGE结果类似,能较好体现菌株间的差别。结论MALDITOF MS自带的SARAMIS软件目前仅在高度同源和低度同源菌株中,可作为分析同源性的初筛方式。
    • 孟千琳; 凌保东
    • 摘要: 目的研究泛耐药鲍曼不动杆菌(XDRAB)的同源性及其生物被膜的形成能力,为临床防控感染提供依据。方法收集成都医学院第一附属医院2018年1月—2020年7月XDRAB 37株,采用微量肉汤稀释法测定16种抗菌药物对37株XDRAB的最低抑菌浓度(MIC),结晶紫染色法检测生物被膜的形成能力,运用多位点序列分型方法(MLST)和肠杆细菌基因间重复共有序列聚合酶链反应(ERIC-PCR)对37株XDRAB进行分型检测。结果 37株XDRAB仅对多粘菌素类、替加环素敏感,其余抗菌药物均耐药。生物被膜形成能力与阴性对照组比较,81%以上XDRAB均形成生物被膜。MLST分型结果:37株XDRAB均属于国际克隆组IC2的克隆复合体(CC92),其中34株为ST208,其次为ST195和ST368。ERIC-PCR分型结果:37株XDRAB分为两种类型,其中Ⅰ型22株,Ⅱ型15株。结论临床分离的XDRAB生物被膜形成能力强,CC92为XDRAB院内感染流行的主要克隆复合体,MLST与ERIC-PCR可作为XDRAB同源性分析的有效方法。
    • 戚少云; 黄杰; 王璐; 黄新明
    • 摘要: 目的:了解某医院ICU病房耐碳青霉烯鲍曼不动杆菌(CRAB)耐药情况并分析其菌株同源性,为医院感染防控措施提供参考依据。方法:收集某医院ICU病房2017年4-10月分离的30株CRAB进行药敏试验,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)对其进行同源性分析。结果:30株CRAB对头孢替坦、头孢曲松、头孢他啶、头孢吡肟、环丙沙星耐药率为100.0%,对左氧氟沙星耐药率为73.3%。MALDI-TOF MS分析显示,30株CRAB分为三大簇:Ⅰ型(28株)、Ⅱ型(1株)和Ⅲ型(1株),其中Ⅰ型分为Ⅰa型(26株)、Ⅰb型(1株)、Ⅰc型(1株),2017年8月2-30日分离的Ⅰa型高达12株。结论:2017年4-10月,该院ICU病房分离的CRAB以Ⅰa型为主,其中8月份存在Ⅰa型CRAB感染病例聚集的趋向。
    • 樊利虹; 王之盛; 左之才; 才冬杰; 易军; 马晓平; 苟丽萍; 王巍
    • 摘要: 为探究分离自四川南充、宜宾和什邡3个地区肉牛呼吸道的皮特不动杆菌之间生物学特性的差异,本实验对5株皮特不动杆菌分别进行了细菌染色、培养特性、生化试验、16S rDNA和gyrB基因序列聚类分析以及MLST分型等研究。结果显示,5株分离自肉牛呼吸道皮特不动杆菌的菌体形态和不同培养基上的菌落形态均相似;5株菌的生化特性并非完全一致,主要表现在ZZCSF1807-9的枸橼酸盐、精氨酸双水解试验为阳性,丙二酸盐为阴性,与其余4株菌相反;16S rDNA系统进化树显示,5株菌均聚集在同一分支,而gyrB基因系统进化树显示,ZZCSF1807-9与其余4株菌未在同一分支,存在进化距离;MLST分型结果显示,ZZCSF1807-9为ST214型,而另4株菌均与ST321型最为接近。上述结果表明,来源于呼吸道疾病肉牛的5株皮特不动杆菌在生化特性表型和gyrB基因,以及MLST型上存在一定差异,发生这些差异是否与各菌株的环境适应或因毒力变化有关尚有待进一步研究。
    • 赵智龙; 姚汶艺; 宫海燕; 史松
    • 摘要: 目的比较基质辅助激光解析/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)、细菌生化鉴定两种方法对鲍曼不动杆菌、大肠埃希菌的鉴定能力差异,评价两种方法对鲍曼不动杆菌和大肠埃希菌鉴定的准确性。方法收集2019年3-4月临床分离的非重复鲍曼不动杆菌敏感菌株、大肠埃希菌敏感菌株各40株,经16S rRNA基因测序鉴定后,分别进行MALDI-TOF MS鉴定与细菌生化鉴定,并进行同源性分析。将16S rRNA基因测序鉴定方法作为金标准,对MALDI-TOF MS和细菌生化鉴定的准确性进行评价。结果40株鲍曼不动杆菌经MALDI-TOF MS鉴定,鲍曼不动杆菌19株、皮特不动杆菌12株、医院不动杆菌3株、抗辐射不动杆菌2株,4株未鉴定出;经细菌生化鉴定鲍曼不动杆菌40株。40株大肠埃希菌经MALDI-TOF MS、细菌生化鉴定均是大肠埃希菌。16S rRNA基因测序与MALDI-TOF MS鉴定鲍曼不动杆菌的一致性为90.00%,与细菌生化鉴定的一致性为47.50%;16S rRNA基因测序与MALDI-TOF MS、生化鉴定对大肠埃希菌的一致性均为100.00%。结论MALDI-TOF MS准确性较高,鉴定能力较强。细菌生化鉴定对鲍曼不动杆菌的鉴定分辨存在一定局限性,联合其他方法可提高鉴定率。
    • 王婷; 杜鸿; 程肖霞; 邓春敏; 赵晨
    • 摘要: 目的为新建医院的医院感染控制提供参考依据。方法回顾性分析2017—2020年苏州科技城医院微生物室分离的763株肺炎克雷伯菌临床分布及药敏试验结果;应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术分析耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)的同源性,PCR技术检测其碳青霉烯酶基因;对产碳青霉烯酶的菌株进行质粒接合转移实验;对代表性菌株进行全基因组测序分析。结果该院肺炎克雷伯菌主要分离自痰液(50.98%)、尿液(30.80%)、血液(12.06%)、分泌物(7.73%)等;菌株主要来源于神经外科、呼吸内科、重症监护病区、肿瘤内科等科室;菌株对四环素、哌拉西林耐药率达30%,对喹诺酮类、阿莫西林/克拉维酸、哌拉西林/他唑巴坦、庆大霉素耐药率均在20%以下,对阿米卡星、碳青霉烯类耐药率在10%以下;PFGE结果显示CRKP有32个克隆型,A22、A26型为相对优势克隆型;PCR法检测出22株bla_(KPC)阳性,6株bla_(NDM)阳性,2株bla_(IMP)阳性,2株bla_(KPC)、bla_(NDM)双阳性;7株bla_(KPC)、2株bla_(NDM)阳性菌株接合转移成功;代表菌株全基因组测序结果显示该株菌为KPC-2、ST11型,未携带肺炎克雷伯菌常见的rmpA、rmpA2等毒力基因,携带少见的iutA、iroN毒力基因及pilW基因。结论该新建医院CRKP的检出率呈上升趋势,耐药基因型逐渐多样性,应予以高度关注。
    • 田国梁; 雷柳冰; 李发俊; 张琼丹; 黄慧思
    • 摘要: 【目的】为研究包装饮用水中检出铜绿假单胞菌种群特征,同时验证各方法在包装饮用水铜绿假单胞菌检验分析中的适用效果。【方法】采用飞行质谱(MALDI TOF MS)、16S rRNA基因序列测定、rpo B基因序列测定3种方法,对30株广东省东莞市包装饮用水食品安全监督抽检中检出的铜绿假单胞菌进行同源性分析。同时与国标GB 8538-2016中生化鉴定方法结果和菌株表型进行比对,确认常规检验结果。【结果】东莞地区包装饮用水中污染的铜绿在CN平板上菌落形态主要为浅绿色,其次为深绿色,极少数为黄色。飞行质谱法、16S rRNA法都能100%符合生化鉴定结果。飞行质谱结果与表型存在一定相关性,深绿色菌株基本集中在进化树的上方,且10株深绿色菌株中有8株集中在一个分支上。16S rRNA分型结果能识别到独特的黄色菌落菌株18A3074-1,其与其他菌株区别明显,处在进化树的最边缘位置。rpo B基因序列分型在菌株亲缘关系较近时具备一定的分辨率,来源于同一生产企业的4株菌株呈现聚集状态。【结论】质谱和16S rRNA同源分析结果都与菌株表型相关,初步积累了本地包装饮用水中的铜绿菌株库,为监管和污染溯源调查提供数据基础。3种方法各自具备独特优势:质谱法适用于日常检验鉴定,16S rRNA法适合疑难菌株鉴定,rpo B基因法可以用于近亲缘关系菌株的分型和溯源调查。
    • 范能全; 张玲; 任学毅; 杨辉; 杨黎; 范开; 彭兰
    • 摘要: 目的制备新型冠状病毒(SARS-CoV-2)的刺突蛋白(S)和核衣壳蛋白(N)重组抗原。方法利用Blast程序检索目标序列SARS-CoV-2的S蛋白和N蛋白的同源序列,用SWISS-MODEL软件对目标序列进行结构建模,运用DISCO TOPE对S蛋白和N蛋白的B细胞抗原表位进行分析,选取抗原表位较多的序列进行合成;重组抗原分离纯化后制备兔抗新冠病毒蛋白多抗,用Western blot检测抗原SARS-CoV-2的S蛋白以及N蛋白免疫学活性;用ELISA法检测自制抗原与市售抗体的结合能力。结果重组质粒pET-22b-SA、pET-22b-SB、pET-22b-SC、pET-22b-NA、pET-22b-NB测序鉴定结果显示正确;Western blot结果显示,重组抗原与山羊抗兔IgG-HRP有特异性结合反应,表明具有良好的免疫学反应;ELISA法结果显示,重组抗原结合能力明显强于市售抗N蛋白抗原。结论制备的抗原与不同靶IgG和IgM结合能力强,特异性高,具有开发成检测血清SARS-CoV-2特异性IgG和IgM抗体的试剂盒的潜力。
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