16SrDNA

摘要： 从西沙永乐群岛7个岛礁海域的海水中分离出47株弧菌,将47株菌株进行16S rDNA、HSP60和gyrB扩增,序列在Genebank中进行比对,构建系统发育树。结果显示利用16S rDNA和HSP60序列比对均无法鉴定弧菌到种。gyrB 1和gyrB 2引物均只能扩增出6株菌株的目标序列,gyrB 3引物能扩增47株菌株的目标序列,且成功构建系统发育树,可鉴定弧菌到种。47株弧菌菌株分属于7个种,鸭公岛弧菌多样性最丰富,可分离到5种;石屿和羚羊礁筐仔沙洲弧菌多样性最低,均只分离到2种。本研究建立了可靠的海洋弧菌的分子鉴定方法,获得的菌株丰富了南海微生物菌种库,可为今后的研究与教学提供材料。

摘要： 目的探讨肠道菌群多样性及丰度在抗结核治疗强化期的变化。方法收集广州市胸科医院20例初治菌阳肺结核患者使用强化方案治疗1周及强化期结束的粪便标本,所有标本进行16S rDNA测序,进行生物信息学分析。结果强化期结束治疗组的Alpha多样性指标Chao1和observed_otus指数分别为(97.8±28.3)和(97.6±28.2),高于治疗1周组的(81±34.7)和(81±34.7),差异有统计学意义(P=0.04;P=0.038)。基于加权和未加权Unifrac距离的PCoA分析显示两组整体菌群结构无明显差异。在相对丰度较高的菌科中,强化期结束治疗组的拟杆菌科、肠球菌科、肠杆菌科、丹毒菌科、卟啉单胞菌科、双歧杆菌科等相对丰度下降,毛螺菌科、梭杆菌科、普氏菌科、瘤胃球菌科、韦氏菌科等相对丰度增加。通过线性判别分析效应量LEfse分析两组数据,发现在属水平上,厚壁菌门的瘤胃球菌、乳杆菌及放线菌门的柯林氏菌为组间显著差异菌种。结论强化期治疗结束与治疗1周相比,肠道菌群多样性增加,但肠道菌群结构无明显差异。肠道拟杆菌科丰度减少,毛螺菌科丰度增加。

摘要： 目的描述孕前女性牙周病与口腔唾液菌群的关联,探索患有牙周病的孕前妇女口腔唾液特征菌群。方法基于复旦大学公共卫生学院孕前队列,选取2016-2019年在上海市嘉定区妇幼保健院孕前体检夫妇中患有牙周病并计划备孕的妇女58例,以及60例牙周健康者作为研究对象,采用16S r DNA测序技术对118份唾液样本进行检测,比较两组口腔唾液菌群的特征和差异菌群。结果两组口腔唾液菌群在群落结构方面差异有统计学意义(F=2.739,P2.000,P<0.05)。结论育龄女性在备孕前应当重视牙周健康,保持良好的口腔环境,建议为备孕女性提供口腔检查,为牙周病患者提供及时的治疗与保健咨询服务。

摘要： 为了解米线中食源性致病菌的污染情况,分析其细菌多样性随时间变化趋势,研究从原料到餐桌中各个环节米线样品中食源性致病菌的变化。采用高通量测序对10个米线样本中细菌16S rDNA区域进行测序分析,测序结果一共注释到5个门、11个纲、19个目、24个科和29个属的微生物信息。分析表明,在所有样品中,变形菌门均占据50%以上相对丰度,其次为厚壁菌门,沙门菌属和芽孢杆菌属在各样品中均有发现。同时在原料样品和米线样品中还检出了葡萄球菌属、埃希氏杆菌属和李斯特菌属。利用传统培养法对10个样品进行检测,发现蜡样芽孢杆菌、沙门菌在各样品中均有检出,在原料和产品样品中也确实存在金黄色葡萄球菌、大肠杆菌O157:H7和单核细胞性李斯特菌,证明米线确实存在一定的食用风险。研究分析了不同阶段的米线样品中菌群的动态变化,为控制米线微生物污染,消除潜在的食用风险提供理论依据。

摘要： 为了优化人工饲养大壁虎(Gekko gecko)的膳食结构及养殖程序,研究了蝗虫(Locusta migratoria manilensis)、黄粉虫(Tenebrio molitor)、土鳖虫(Eupolyphaga sinensis)及大麦虫(Zophobas morio)4种昆虫饲料对大壁虎生长速度的影响,并通过16S rDNA高通量测序技术比对了大壁虎胃肠道微生物菌群差异及冬眠期与捕食期的大壁虎胃肠道微生物菌群差异。结果表明:饲喂不同昆虫饲料对大壁虎的增重效果不同。单一昆虫饲料组中,蝗虫组对大壁虎的增重效果最佳。饲喂混合昆虫饲料对大壁虎的增重效果优于单一昆虫饲料组。对各组肠道菌群的分析结果显示,Bacteroides菌属为最主要的肠道优势菌群,与大壁虎生长存在一定的关联。冬眠期与捕食期大壁虎肠道菌群结构高度相似,差异最显著的菌群为放线菌门(Actinobacteria),表明冬眠期大壁虎患放线菌病的概率会明显增高,需注意防范。

摘要： 为了能够得到高效降解二甲基二硫醚(Dimethyl disulfide,DMDS)的菌种资源,降低其残留在环境中带来的不利影响,从苏州某废弃农药厂附近的土壤中分离、纯化出一株能够降解DMDS的细菌,并对该细菌进行分子生物学和生理生化鉴定,研究其在不同的初始浓度、转速、pH、温度及外加碳氮源条件下的降解性能。结果表明:将分离纯化得到的DMDS降解菌命名为SZT-1,经过表型分析及16S rDNA基因序列同源性比对鉴定,该菌株序列与芽孢杆菌属(Bacillus Cohn)有98%以上的同源性。SZT-1菌株可以在以DMDS为唯一碳源的无机盐培养基中生长,56 h后进入生长稳定期。经摇床接种培养和一级动力学分析,接种SZT-1可以有效提高DMDS的降解速率,使其半衰期由346.5 h缩短至86.6 h^(-1)通过单因素环境条件分析,该菌株在DMDS初始浓度为250mg·L^(-1),转速为130 r·min^(-1),pH为5,温度为30°C,外加碳源为淀粉,外加氮源为蛋白胨时,对DMDS的降解效果最佳,降解率达50%。试验首次提出了SZT-1对DMDS具有一定的降解效果,在进行相关技术完善后,有望用于治理土壤、地下水中DMDS带来的危害。

摘要： 【目的】研究引起两养殖场大鲵(Andrias davidianus)以肠炎、腹水为临床特征疫情的病原特性及其病理损伤特点。【方法】对患病大鲵进行细菌分离、形态学观察、生理生化测定、16S rDNA序列分析及毒力相关基因检测,并通过K-B法进行药敏试验和HE染色进行组织病理学观察。【结果】分别从患病大鲵的肝、肾和腹水中分离到两株优势菌(XY01,XY02),鉴定为迟缓爱德华菌(Edwards tarda),其携带citC、fimA、gadB、katB、mukF与esrB 6种毒力基因,对阿莫西林、万古霉素及卡那霉素等耐药,对氟苯尼考、庆大霉素和多黏菌素-B等敏感。组织病理学上,感染大鲵表现为多组织器官损伤和全身性炎症反应,尤其以肝、脾、肾和肠的病理损伤较为明显,表现为细胞变性、坏死,大量淋巴细胞、巨噬细胞和中性粒细胞浸润。【结论】明确了引起两养殖场疫情病原迟缓爱德华菌的生物学特性及其感染的病理学特点,为大鲵迟缓爱德华菌感染的诊断与防治提供了参考。

摘要： 为实现当归种植中“化肥农药减量增效”的绿色发展目标,探讨化肥减量配施一种中药源植物生长调节剂对当归质量和根际土壤细菌群落的影响,为该中药源调节剂改善当归质量的机理提供科学依据。以当归为研究对象,设置常规量化肥(CK)、中药源调节剂配施化肥(T1)、中药源调节剂配施80%化肥(T2)、中药源调节剂配施60%化肥(T3)4个处理,测定当归5个生长期的生长指标、病情指标、产量、根际土壤理化指标等,并通过16S rDNA扩增子测序分析根际土壤细菌群落的变化。结果表明:(1)生长早期T1组和T2组的当归根长、芦头直径、地下生物量显著高于其他组,成药期CK组当归根部蚜虫出现率、蚜虫密度、病情等级、发病率均高于其他组,且产量最低,T2组产量最高,比CK组增产2.61倍;(2)全生长期当归根际土壤盐分、铵态氮含量、有效钾含量在组间差异不显著。有机质含量仅在苗期的CK组中高于其他组,其他时期组间无差异。有效磷含量在全生长期组间变化较大,pH值随着化肥减量逐渐增加;(3)全生长期当归根际土壤细菌群落多样性在组间无差异,门水平上群落结构组成一致,变形菌门(Proteobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)为优势菌群;(4)属水平优势菌群为黄杆菌属(Flavobacterium)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)、假单胞菌属(Pseudomonas)、拟杆菌属(Bacteroides)、MND1属、鞘氨醇杆菌属(Pedobacter)、柠檬酸杆菌属(Citrobacter)、Ellin6067属、芽单胞菌属(Gemmatimonas)、马赛菌属(Massilia)、鞘脂菌属(Sphingobium)、溶杆菌属(Lysobacter)、Allorhizobium-Neorhizobium-Pararhizobium-Rhizobium属、Haliangium属和硝化螺旋菌属(Nitrospira)。其中假单胞菌属、柠檬酸杆菌属、Ellin6067属和马赛菌属丰度在当归不同生长时期存在组间显著差异,但仅有假单胞菌属丰度与当归根部生长指标显著正相关,与病情指标显著负相关,且CK组的假单胞菌属在早期和成药期较其他组显著降低。化肥减量配施中药源植物生长调节剂可促进当归早期根部生长,改善成药期根腐病病情,提高产量。该中药源调节剂通过增加当归根际土壤中假单胞菌属丰度促进当归质量的提升。

摘要： 目的:分析探究同亲代不同体长斑马鱼肠道菌群组成和丰度差异。方法:将同一亲代的3月和6月龄子代斑马鱼,按性别及体长进行分组,采用16S rDNA序列分析技术检测斑马鱼肠道菌群构成,比较不同性别及体长的斑马鱼肠道菌群多样性和丰度差异。结果:Alpha多样性分析结果显示,3月龄斑马鱼同一性别体长与体短组间菌群丰度和多样性存在明显差异,生长至6月龄时,这一差异则无统计学意义。Beta多样性分析结果显示不同体长组肠道菌群具有明显的分群;6月龄优势菌门中,前6种优势菌门在雄性长组与短组组间差异无统计学意义;变形杆菌门和梭杆菌门在雌性长组与短组组间差异显著。线性判别分析结果显示,不同月龄体长长组与短组分别富集7个和3个菌门群落;不同月龄长组与短组分别富集13个和7个菌属群落。结论:斑马鱼体长与肠道菌群多样性密切相关,调节肠道菌群的结构及丰度可能是促进骨骼生长的有效途径。

摘要： 从堆肥中筛选到一株高活性纤维素酶产生菌B4,通过观察菌株的形态、研究生理生化特征和分析16SrDNA序列,对菌株进行种的鉴定;以单因素和正交实验相结合筛选菌株的最佳产酶发酵条件。结果表明:菌株B4为革兰氏阳性菌,菌体呈长杆状、芽孢椭圆中生,经16S rDNA序列比对分析鉴定为解淀粉芽孢杆菌(Bacillus amyloliquefaciens)。最佳固体发酵培养基为:玉米芯粉25 g、七水硫酸镁0.1 g、氯化钙0.1 g、土温200.6 g、麸皮8 g、蛋白胨0.5 g、硫酸铵0.2 g、氯化钠0.6 g、土温800.2 g、磷酸二氢钾0.5 g、糖蜜0.5 g、水125 mL;最佳理化发酵条件为:温度34°C、pH 6.0、接种量1.5%(OD_(600)=1.0)。在最佳条件下发酵24 h,发酵最高酶活达18.74 U/g。通过研究可为纤维素酶制剂研究和开发提供菌株来源。

摘要： 实验室条件下提取BAC滤池应急处理乙醛、丙烯醛等小分子醛类污染物前(SC)后(SY)活性炭表面微生物总DNA,构建16SrDNA克隆文库,并通过16SrDNA序列的系统发育分析,对样品中细菌种群多样性及群落结构的前后变化进行分析。结果表明BAC滤池处理乙醛和丙烯醛前后细菌种群和菌落结构发生了显著变化。SC样品文库中阳性克隆的16SrDNA序列分属13个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(25%)、Betaproteobacteria(11%)、Gammaproteobacteria(4%)、Deltaproteobaeteria(2%)、unclassifiedproteobacteria(3%)、Acidobacteria(15%)、Verrucomicrobia(4%)、Planctomycetes(12%)、unclassifiedbacteria(11%)、Nitrospim(6%)、Gemmatimonadetes(2%)、Bacteroidetes(3%)、Aetinobacteria(2%),HPC量为1.18×107CFU/g;而SY样品阳性克隆的16SrDNA序列分属6个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(10%)、Betaproteobaeteria(78%)、Gammaproteobacteria(5%)、Deltaproteobacteria(5%)、Acidobacteria(1%)、Unidentifiedbacteria(1%),SY样品的HPC量比样品SC高了一个数量级,达到1.28×100CFU/g。SY样品文库中与已培养种或克隆相似度较高的种群数为33种,远低于SC样品的81种,且菌群丰度增高显著。SY文库中属于Betaproteobacteria类群的SY-10、SY-41、SY-1、SY-75、SY-14、SY-107超过总基因库频率的50%,其相似菌群均可以以小分子有机物为营养源,证明其对对乙醛和丙烯醛等小分子醛类的降解起决定性作用。

摘要： 实验室条件下提取BAC滤池应急处理乙醛、丙烯醛等小分子醛类污染物前(SC)后(SY)活性炭表面微生物总DNA,构建16SrDNA克隆文库,并通过16SrDNA序列的系统发育分析,对样品中细菌种群多样性及群落结构的前后变化进行分析。结果表明BAC滤池处理乙醛和丙烯醛前后细菌种群和菌落结构发生了显著变化。SC样品文库中阳性克隆的16SrDNA序列分属13个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(25%)、Betaproteobacteria(11%)、Gammaproteobacteria(4%)、Deltaproteobaeteria(2%)、unclassifiedproteobacteria(3%)、Acidobacteria(15%)、Verrucomicrobia(4%)、Planctomycetes(12%)、unclassifiedbacteria(11%)、Nitrospim(6%)、Gemmatimonadetes(2%)、Bacteroidetes(3%)、Aetinobacteria(2%),HPC量为1.18×107CFU/g;而SY样品阳性克隆的16SrDNA序列分属6个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(10%)、Betaproteobaeteria(78%)、Gammaproteobacteria(5%)、Deltaproteobacteria(5%)、Acidobacteria(1%)、Unidentifiedbacteria(1%),SY样品的HPC量比样品SC高了一个数量级,达到1.28×100CFU/g。SY样品文库中与已培养种或克隆相似度较高的种群数为33种,远低于SC样品的81种,且菌群丰度增高显著。SY文库中属于Betaproteobacteria类群的SY-10、SY-41、SY-1、SY-75、SY-14、SY-107超过总基因库频率的50%,其相似菌群均可以以小分子有机物为营养源,证明其对对乙醛和丙烯醛等小分子醛类的降解起决定性作用。

摘要： 实验室条件下提取BAC滤池应急处理乙醛、丙烯醛等小分子醛类污染物前(SC)后(SY)活性炭表面微生物总DNA,构建16SrDNA克隆文库,并通过16SrDNA序列的系统发育分析,对样品中细菌种群多样性及群落结构的前后变化进行分析。结果表明BAC滤池处理乙醛和丙烯醛前后细菌种群和菌落结构发生了显著变化。SC样品文库中阳性克隆的16SrDNA序列分属13个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(25%)、Betaproteobacteria(11%)、Gammaproteobacteria(4%)、Deltaproteobaeteria(2%)、unclassifiedproteobacteria(3%)、Acidobacteria(15%)、Verrucomicrobia(4%)、Planctomycetes(12%)、unclassifiedbacteria(11%)、Nitrospim(6%)、Gemmatimonadetes(2%)、Bacteroidetes(3%)、Aetinobacteria(2%),HPC量为1.18×107CFU/g;而SY样品阳性克隆的16SrDNA序列分属6个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(10%)、Betaproteobaeteria(78%)、Gammaproteobacteria(5%)、Deltaproteobacteria(5%)、Acidobacteria(1%)、Unidentifiedbacteria(1%),SY样品的HPC量比样品SC高了一个数量级,达到1.28×100CFU/g。SY样品文库中与已培养种或克隆相似度较高的种群数为33种,远低于SC样品的81种,且菌群丰度增高显著。SY文库中属于Betaproteobacteria类群的SY-10、SY-41、SY-1、SY-75、SY-14、SY-107超过总基因库频率的50%,其相似菌群均可以以小分子有机物为营养源,证明其对对乙醛和丙烯醛等小分子醛类的降解起决定性作用。

摘要： 实验室条件下提取BAC滤池应急处理乙醛、丙烯醛等小分子醛类污染物前(SC)后(SY)活性炭表面微生物总DNA,构建16SrDNA克隆文库,并通过16SrDNA序列的系统发育分析,对样品中细菌种群多样性及群落结构的前后变化进行分析。结果表明BAC滤池处理乙醛和丙烯醛前后细菌种群和菌落结构发生了显著变化。SC样品文库中阳性克隆的16SrDNA序列分属13个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(25%)、Betaproteobacteria(11%)、Gammaproteobacteria(4%)、Deltaproteobaeteria(2%)、unclassifiedproteobacteria(3%)、Acidobacteria(15%)、Verrucomicrobia(4%)、Planctomycetes(12%)、unclassifiedbacteria(11%)、Nitrospim(6%)、Gemmatimonadetes(2%)、Bacteroidetes(3%)、Aetinobacteria(2%),HPC量为1.18×107CFU/g;而SY样品阳性克隆的16SrDNA序列分属6个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(10%)、Betaproteobaeteria(78%)、Gammaproteobacteria(5%)、Deltaproteobacteria(5%)、Acidobacteria(1%)、Unidentifiedbacteria(1%),SY样品的HPC量比样品SC高了一个数量级,达到1.28×100CFU/g。SY样品文库中与已培养种或克隆相似度较高的种群数为33种,远低于SC样品的81种,且菌群丰度增高显著。SY文库中属于Betaproteobacteria类群的SY-10、SY-41、SY-1、SY-75、SY-14、SY-107超过总基因库频率的50%,其相似菌群均可以以小分子有机物为营养源,证明其对对乙醛和丙烯醛等小分子醛类的降解起决定性作用。

摘要： 实验室条件下提取BAC滤池应急处理乙醛、丙烯醛等小分子醛类污染物前(SC)后(SY)活性炭表面微生物总DNA,构建16SrDNA克隆文库,并通过16SrDNA序列的系统发育分析,对样品中细菌种群多样性及群落结构的前后变化进行分析。结果表明BAC滤池处理乙醛和丙烯醛前后细菌种群和菌落结构发生了显著变化。SC样品文库中阳性克隆的16SrDNA序列分属13个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(25%)、Betaproteobacteria(11%)、Gammaproteobacteria(4%)、Deltaproteobaeteria(2%)、unclassifiedproteobacteria(3%)、Acidobacteria(15%)、Verrucomicrobia(4%)、Planctomycetes(12%)、unclassifiedbacteria(11%)、Nitrospim(6%)、Gemmatimonadetes(2%)、Bacteroidetes(3%)、Aetinobacteria(2%),HPC量为1.18×107CFU/g;而SY样品阳性克隆的16SrDNA序列分属6个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(10%)、Betaproteobaeteria(78%)、Gammaproteobacteria(5%)、Deltaproteobacteria(5%)、Acidobacteria(1%)、Unidentifiedbacteria(1%),SY样品的HPC量比样品SC高了一个数量级,达到1.28×100CFU/g。SY样品文库中与已培养种或克隆相似度较高的种群数为33种,远低于SC样品的81种,且菌群丰度增高显著。SY文库中属于Betaproteobacteria类群的SY-10、SY-41、SY-1、SY-75、SY-14、SY-107超过总基因库频率的50%,其相似菌群均可以以小分子有机物为营养源,证明其对对乙醛和丙烯醛等小分子醛类的降解起决定性作用。

摘要： 实验室条件下提取BAC滤池应急处理乙醛、丙烯醛等小分子醛类污染物前(SC)后(SY)活性炭表面微生物总DNA,构建16SrDNA克隆文库,并通过16SrDNA序列的系统发育分析,对样品中细菌种群多样性及群落结构的前后变化进行分析。结果表明BAC滤池处理乙醛和丙烯醛前后细菌种群和菌落结构发生了显著变化。SC样品文库中阳性克隆的16SrDNA序列分属13个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(25%)、Betaproteobacteria(11%)、Gammaproteobacteria(4%)、Deltaproteobaeteria(2%)、unclassifiedproteobacteria(3%)、Acidobacteria(15%)、Verrucomicrobia(4%)、Planctomycetes(12%)、unclassifiedbacteria(11%)、Nitrospim(6%)、Gemmatimonadetes(2%)、Bacteroidetes(3%)、Aetinobacteria(2%),HPC量为1.18×107CFU/g;而SY样品阳性克隆的16SrDNA序列分属6个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(10%)、Betaproteobaeteria(78%)、Gammaproteobacteria(5%)、Deltaproteobacteria(5%)、Acidobacteria(1%)、Unidentifiedbacteria(1%),SY样品的HPC量比样品SC高了一个数量级,达到1.28×100CFU/g。SY样品文库中与已培养种或克隆相似度较高的种群数为33种,远低于SC样品的81种,且菌群丰度增高显著。SY文库中属于Betaproteobacteria类群的SY-10、SY-41、SY-1、SY-75、SY-14、SY-107超过总基因库频率的50%,其相似菌群均可以以小分子有机物为营养源,证明其对对乙醛和丙烯醛等小分子醛类的降解起决定性作用。

摘要： 实验室条件下提取BAC滤池应急处理乙醛、丙烯醛等小分子醛类污染物前(SC)后(SY)活性炭表面微生物总DNA,构建16SrDNA克隆文库,并通过16SrDNA序列的系统发育分析,对样品中细菌种群多样性及群落结构的前后变化进行分析。结果表明BAC滤池处理乙醛和丙烯醛前后细菌种群和菌落结构发生了显著变化。SC样品文库中阳性克隆的16SrDNA序列分属13个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(25%)、Betaproteobacteria(11%)、Gammaproteobacteria(4%)、Deltaproteobaeteria(2%)、unclassifiedproteobacteria(3%)、Acidobacteria(15%)、Verrucomicrobia(4%)、Planctomycetes(12%)、unclassifiedbacteria(11%)、Nitrospim(6%)、Gemmatimonadetes(2%)、Bacteroidetes(3%)、Aetinobacteria(2%),HPC量为1.18×107CFU/g;而SY样品阳性克隆的16SrDNA序列分属6个细菌类群,分别为Alphaproteobacteria(10%)、Betaproteobaeteria(78%)、Gammaproteobacteria(5%)、Deltaproteobacteria(5%)、Acidobacteria(1%)、Unidentifiedbacteria(1%),SY样品的HPC量比样品SC高了一个数量级,达到1.28×100CFU/g。SY样品文库中与已培养种或克隆相似度较高的种群数为33种,远低于SC样品的81种,且菌群丰度增高显著。SY文库中属于Betaproteobacteria类群的SY-10、SY-41、SY-1、SY-75、SY-14、SY-107超过总基因库频率的50%,其相似菌群均可以以小分子有机物为营养源,证明其对对乙醛和丙烯醛等小分子醛类的降解起决定性作用。

摘要： 本发明公开了一种用于抑制虾、牡蛎18S rDNA序列特异性扩增的引物，所述的引物主要由如SEQ ID NO.1所示的碱基序列、在所述碱基序列AG之间插入的五个脱氧次黄嘌呤、以及在所述碱基序列末端的C3 spacer组成。该引物能够有效抑制宿主基因的扩增，提高宿主体内其它真核生物(如原生动物、藻类、真菌)18S rDNA的扩增效果。本发明还公开了上述引物在制备具有抑制虾、牡蛎18S rDNA序列特异性扩增功效的试剂中的应用。

摘要： 本发明涉及血清16S rDNA作为糖尿病肾病的生物标志的应用；本发明还提供了一种检测糖尿病肾病的试剂盒，包括血清16S rDNA的特异性引物和/或探针，其中上述血清16SrDNA均来自普氏菌、柔嫩梭菌、球形梭菌和链球菌中的一种或几种。本发明进一步公开了一种采用上述试剂盒检测血清中16S rDNA水平的方法：利用试剂盒中的血清16S rDNA的特异性引物和/或探针对血清样本进行实时荧光定量PCR检测测得普氏菌、柔嫩梭菌、球形梭菌和链球菌的丰度E普氏菌、E柔嫩梭菌、E球形梭菌和E链球菌；将E普氏菌、E柔嫩梭菌、E球形梭菌和E链球菌参数代入数学模型Y＝1.001+0.772×E普氏菌+1.286×E柔嫩梭菌+1.529×E球形梭菌+0.473×E链球菌，计算Y值。

摘要： 本发明公开了一种利用16SrDNA测序技术检测肠道菌群辅助分析支气管哮喘的方法，包括如下步骤：S1.取多个健康人的粪便组织，对粪便组织细菌进行定量检测、测序，分门统计拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和脱铁杆菌门的占比数据；S2.取患者的粪便组织，对粪便组织细菌进行定量检测、测序，分门统计拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门和脱铁杆菌门的占比数据；S3.将步骤S2获得的患者数据与步骤S1获得的健康人群数据进行对比，得出检测结果。本发明采用16SrDNA测序技术，检测肠道菌群，将检测结果与正常健康患者的肠道菌群检测结果对比，辅助判断哮喘病和哮喘类型，准确率较高，具有极大的辅助诊断参考价值。

摘要： 本发明公开了一种基于Miseq测序平台的16SrDNA V3‑V4区测序引物组合，具体涉及高通量测序领域，所述具体步骤如下：引物设计、引物验证、扩增子文库构建、Miseq PE300测序和数据质量产量对比分析。本发明通过设计随机不等碱基差异序列组合和i5‑index、i7‑index最优index组合，实现phix碱基平衡文库添加比例由30％减少到10％，适用于16S rDNA V3‑V4区域的测序引物组合，实现了提高测序质量、减少phix碱基平衡文库添加比例，提高测序数据产量的目的。

摘要： 本发明属于基因序列形态分析技术领域，公开了一种对棒脉摇蚊基因16SrDNA片段序列结合其形态的分析方法。本发明首先依据形态学分类方法对17头棒脉摇蚊进行分类，共分为7个种，通过对16SrDNA基因序列分析，分析结果显示该基因序列不存在替换饱和的现象，可以用于进行系统发育分析，通过对该基因序列进行分析，以及其遗传距离的计算，可得出不同种之间的遗传距离及种内的遗传距离，种间的遗传距离大于种内的遗传距离，本实验初步得出亲缘关系越近则遗传距离小，亲缘关系越远则遗传距离大规律；形态上的同一种聚为一支，且置信值均为100，共有7个分子种，得出基于16SrDNA基因的分子鉴定与形态鉴定结果完全吻合。

摘要： 本发明公开了一种阴沟肠杆菌16SrDNA和引物组Yg2及其在阴沟肠杆菌分子检测方面的应用。设计的阴沟肠杆菌rDNA序列如SEQ ID NO.1所示，所述引物组包括引物Yg2‑FIP（F1和F2）、Yg2‑BIP（B1和B2）、Yg2‑F3、Yg2‑B3、Yg2‑LoopF和Yg2‑LoopB，所述引物的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.2~9所示。基于所述引物组的优异特异性，本发明设计了检测阴沟肠杆菌分子用的试剂盒，科学确定检测方法。应用本发明所述引物组以及检测方法，能够在病原菌侵染早期实现特异性检测，特异性强、灵敏度高、可视化，而且检测结果可靠准确、易于操作，在阴沟肠杆菌分子的实际检测以及制备检测阴沟肠杆菌分子相关产品中具有广泛的应用价值和重要意义。

摘要： 本发明公开了一种用于抑制虾、牡蛎18S rDNA序列特异性扩增的引物，所述的引物主要由如SEQ ID NO.1所示的碱基序列、在所述碱基序列AG之间插入的五个脱氧次黄嘌呤、以及在所述碱基序列末端的C3 spacer组成。该引物能够有效抑制宿主基因的扩增，提高宿主体内其它真核生物(如原生动物、藻类、真菌)18S rDNA的扩增效果。本发明还公开了上述引物在制备具有抑制虾、牡蛎18S rDNA序列特异性扩增功效的试剂中的应用。

摘要： 本发明涉及血清16S rDNA作为糖尿病肾病的生物标志的应用；本发明还提供了一种检测糖尿病肾病的试剂盒，包括血清16S rDNA的特异性引物和/或探针，其中上述血清16SrDNA均来自普氏菌、柔嫩梭菌、球形梭菌和链球菌中的一种或几种。本发明进一步公开了一种采用上述试剂盒检测血清中16S rDNA水平的方法：利用试剂盒中的血清16S rDNA的特异性引物和/或探针对血清样本进行实时荧光定量PCR检测测得普氏菌、柔嫩梭菌、球形梭菌和链球菌的丰度E

摘要： 本发明提供了一套用于高通量测序的引物，所述引物由针对植物内生细菌16S rDNA V5～V7可变区片段的引物对799F/1193R和连接在所述引物对799F/1193R的5'端的Barcode序列组成，其中，所述799F的序列为SEQ ID NO：1，所述1193R的序列为SEQ ID NO：4，与所述799F的5'端连接的Barcode序列选自SEQ ID NO：5‑28中的序列，与所述1193R的5'端连接的Barcode序列选自SEQ ID NO：29‑52中的序列。本发明通过两轮的巢式PCR特异地扩增植物内生细菌16S rDNA V5～V7可变区，获得5'端带有Barcode序列的适用于目前二代高通量测序平台的扩增子。采用本发明提供的方法进行植物内生细菌多样性研究，可显著提高植物内生细菌16S rDNA的扩增效率，极大地减少测序数据中宿主数据的占比，降低研究成本。

摘要： 本发明涉及一种优化的16S rDNA高通量测序物种比对方法，按照以下步骤进行：建立Greengenes数据库、RDP数据库、Silva数据库和NCBI 16S rDNA数据库；将Greengenes数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将NCBI 16S rDNA数据库，RDP数据库，Silva数据库中taxonomy信息转化为字符串信息；分别将得到的字符串信息与步骤2)中得到的字符串信息进行对比，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤2)得到的字符串信息完全一致，则将数据库中的taxonomy信息去除，如步骤3)中得到的字符串信息与步骤步骤2)得到的字符串信息不一致，则将taxonomy信息导入到Greengenes数据库中。利用改良的序列比对方法和信息全面的比对数据库，能够从高通量数据中获得更加详实的实验结果。分析者能够根据结果找到与更多实验密切相关的菌种，有利于推进医疗、卫生、环境科学的发展。