物种鉴定

摘要： 【目的】探讨DNA条形码技术应用于鉴定云南省蝇类的可行性,并初步建立云南省蝇类基因数据库。【方法】采用微生物诱剂在云南省河口县、大理市、剑川县、蒙自市和元江县诱捕双翅目昆虫,并以COI基因序列鉴定和比较科、属、种分类单元遗传距离。【结果】云南5地共诱捕到果蝇科、实蝇科、丽蝇科、厕蝇科、蝇科、麻蝇科和花蝇科等7科21属43种昆虫,它们的COI基因序列种内进化分歧均数在0.002~0.098,种间进化分歧数平均为0.156,同一科的物种大部分能聚集在一起,但也有与形态分类不一致的情况;果蝇科、实蝇科、丽蝇科、厕蝇科、蝇科、麻蝇科和花蝇科等7科的种间平均遗传距离分别是0.151、0.225、0.123、0.143、0.158、0.158、0.103,种内遗传距离分别是:0.006、0.025、0.012、0.013、0.011、0.006、0.01。7科种间遗传距离分别是种内遗传距离的25.2、10.2、10.2、11.0、14.4、27.3、10.3倍。【结论】COI基因为基础的DNA条形码技术可作为形态学鉴定的补充手段用于云南省常见蝇类的鉴定。

摘要： 【目的】结合DNA条形码技术与形态学比较,研究并分类克虎天牛属Cleroclytus两近似种新疆克虎天牛Cleroclytus collaris Jakovlev,1885和沟胸克虎天牛Cleroclytus strigicollis Jakovlev,1900,为其准确鉴定提供研究依据。【方法】采用体视显微镜,观察比较克虎天牛的外部形态特征;解剖克虎天牛雌性产卵器和内生殖器,描述其结构特点;从克虎天牛头部和胸部组织中提取基因组DNA,以通用引物进行PCR扩增线粒体细胞色素氧化酶I(Cytochrome Oxidase I,COI),构建DNA条形码。【结果】新疆克虎天牛与沟胸克虎天牛均未发现明显形态差异;克虎天牛的COI基因序列长度约为670 bp,新疆克虎天牛与沟胸克虎天牛序列相似性达到99.60%,二者的平均遗传距离是0.6%。【结论】新疆克虎天牛与沟胸克虎天牛为同一种,与形态学鉴定结果基本相吻合。沟胸克虎天牛是新疆克虎天牛的异名。

摘要： 棕熊(Ursus arctos)是我国二级重点保护野生动物,棕熊鉴定是生物资源调查和多样性保护的一项重要内容,更是解决人兽冲突和打击珍稀动物非法盗猎的重要技术手段之一。研究设计棕熊物种鉴定特异性PCR引物,建立基于粪便材料的棕熊特异性PCR鉴定方法,并对粪便材料进行物种鉴定。结果表明:研究设计的棕熊特异性引物可以鉴别藏棕熊(U.a.pruinosus)、东北棕熊(U.a.lasiotus)和喜马拉雅棕熊(U.a.isabellinus)等亚种且具有较高的特异性,能从粪便材料中高效特异性地鉴定藏棕熊,为棕熊野外调查鉴定提供了技术方法,也为棕熊保护提供了技术支持。

摘要： 近年来,高通量测序技术以其对生物物种鉴别具有高效、简便、客观等特点,在水生生物多样性评估等相关领域中得到广泛应用。虽然大量证据表明高通量测序与传统水生生物调查结果在生物多样性和相对数量上均具有相关性,但采用高通量测序技术进行生物量评估的准确性尚不明确。本研究以5种常见海水鱼类——大黄鱼、花鲈、黑鲷、褐菖鲉和眼斑拟石首鱼为研究对象,将5种鱼类的肌肉组织和DNA分别按不同比例混合,液氮速冻后干冰寄送至青岛华大基因研究院,以12S MiFish-U-F/R为通用引物,进行高通量测序和检测分析,初步探讨高通量测序技术的定量分析可行性。研究结果显示5种海水鱼类均被检出,且未检出其它鱼种;从相关系数和拟合趋势来看,鱼类的丰度变化与其DNA或肌肉比例的变化一致。结果表明高通量测序技术适用于海水鱼类生物量评估研究。

摘要： 近10年的遗传研究表明,我国沿海西施舌可分为2个隐种,即北方西施舌和南方西施舌。为辅助鉴别这2种西施舌以及准确评估其种质资源,以转录组数据为基础,分别挖掘并分析这2种西施舌转录组上的微卫星序列以及直系同源基因上的微卫星序列,并随机选取4组直系同源基因上的微卫星进行试验验证。结果表明,北方西施舌每16.6个unigene含有1个微卫星,出现频率为6.0%,含63种重复基元。南方西施舌每10.5个unigene含有1个微卫星,出现频率为8.2%,含89种重复基元。在2个隐种的转录组中,除单碱基重复外,优势重复类型均为三碱基重复。在北方西施舌和南方西施舌的转录组中,三碱基重复的优势基元分别为AAC/GTT和ATC/ATG,最常见的微卫星长度均为15 bp。在2个隐种的转录组中,微卫星的重复次数主要为5~10次。有409组直系同源基因在2个隐种中所含微卫星序列长度不同,可以作为潜在的物种特异性分子标记。验证结果表明,4对荧光标记微卫星引物的PCR扩增产物清晰、明确,无杂峰,组合使用2对引物可以初步区分北方西施舌和南方西施舌。

摘要： 大型底栖无脊椎动物是得到广泛应用的水质生物监测和评价指示生物,但在实际应用过程中,受类群多样性高、形态鉴定专业性强、鉴定资料不全等影响,难以将其精确鉴定到种。新兴的DNA条形码技术能够快速、精确地鉴定物种,在生物多样性调查和监测等领域被寄予厚望。该方法的有效性与准确性依赖于完整、全面的参考数据库,然而现有公共数据库无法满足底栖动物鉴定的需求。鉴于此,南京农业大学等10余所高校及科研院所携手构建了中国淡水大型底栖无脊椎动物条形码数据库。基于该数据库网络平台,用户可以在线进行底栖动物条形码和环境DNA-宏条形码比对,完成对物种的精准注释。该数据库的建成为我国应用环境DNA-宏条形码技术开展底栖动物多样性调查、水质生物监测与评价提供了重要的数据资源。

摘要： 贵州是中国具有丰富喀斯特洞穴生态系统的省份之一,裸灶螽作为洞穴中的优势物种又为生态环境指示种,其遗传多样性能够反应洞穴生物多样性。为评估洞穴开发对洞穴生物多样性的影响,本研究通过形态鉴定和分子辅助鉴定的方式对来自贵州省毕节、黔西南、铜仁和黔南4个地区8个洞穴97号裸灶螽标本进行鉴定,并对其遗传多样性进行分析。结果共鉴定出裸灶螽亚属Tachycines(Gymnaeta)的8个种和3个形态鉴定模棱两可的待定种,包括此次在贵州首次报道的伪裸灶螽Tachycines(Gymnaeta)fallax和洞穴裸灶螽Tachycines(Gymnaeta)cavernus;通过使用线粒体COI基因构建裸灶螽亚属的系统发育树,对待定种进行了辅助鉴定,认为洞穴裸灶螽Tachycines(Gymnaeta)cavernus、实心裸灶螽Tachycines(Gymnaeta)solidus和波氏裸灶螽Tachycines(Gymnaeta)borutzkyi之间可能存在复合种;洞穴空间小和相对湿度低或人为活动干扰和洞穴开发情况严重会减少裸灶螽的数量和降低其遗传多样性。因此,建议对洞穴空间较大,物种较丰富的洞穴建立洞穴物种基因库,做到科学开发旅游资源,力争向生态科技旅游推进。

摘要： 该研究建立了金枪鱼制品中的鲣鱼成分的环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)检测方法。针对线粒体Cyt b基因设计了鲣鱼的特异性引物,着重对内引物FIP/BIP、dNTP Mix、缓冲液和Mg^(2+)浓度等反应参数进行了优化,扩增产物采用恒温实时荧光仪和可视化核酸染料SYBR Green I进行检测,对方法的特异性和灵敏度进行了评价。结果表明,在0.2μmol/L外引物(F3和B3)、1.6μmol/L内引物(FIP和BIP)、1.6 mmol/L dNTP Mix、3.5μL 10×ThermoPol缓冲液、6 mmol/L Mg^(2+)等参数的优化条件下扩增效果最佳。该方法特异性强,灵敏度高。其检测限为50 pg/μL。采用此LAMP方法对59份市售样品进行检测,检出6份为阳性样品,与DNA条形码检测结果一致。该研究建立的LAMP检测方法可应用于金枪鱼制品中鲣鱼成分的快速特异检测,为监管机构提供技术支持。

摘要： 脱氧核糖核酸(DNA)分析技术已经成为食品真实性鉴别中物种源性成分鉴定最主要也是最有效的技术,其中基于物种特异性单一DNA标记扩增检测的食品真实性定性鉴别技术是最准确可靠,也是目前最成熟、应用最广的技术。本文综述了该技术物种特异性单一DNA标记主要类型及目前常用的扩增检测技术优缺点,并探讨了该技术的未来发展趋势。

摘要： 线粒体COI基因在物种鉴定及系统进化研究中有着广泛的应用。本研究测定了德汉劳绵蟹和阿特拉斯平壳蟹的线粒体COI序列,并从GenBank数据库中下载了15种绵蟹科种类的COI基因序列。对这17种绵蟹种类的COI序列进行比较分析发现遗传密码具有简并性。遗传距离及序列相似性分析显示4个德汉劳绵蟹个体中的德汉劳绵蟹2和3鉴定有误;本研究中所有物种都能被区分开,表明COI基因可以作为绵蟹科物种鉴定的分子标记。基于COI序列构建的最大似然树、贝叶斯树和最大简约树在属间水平差异较大,且支持率均较低,暗示COI片段有限的信息位点不适用于绵蟹科的系统发育分析;但是3种方法构建的系统树均表明绵蟹科未定种1和6以及德汉劳绵蟹1和4分别为同一物种,与遗传距离及序列相似性结果吻合。本研究在识别隐种及发现新种方面具有十分重要的潜在价值,同时也为生物多样性保护管理提供决策参考。

摘要： 为探讨DNA条形码基因COⅠ序列在石鲈亚科鱼类物种鉴定的有效性,本研究分析了印度-太平洋区域的石鲈亚科7个属29种鱼类91个个体长度为651bp的COⅠ基因序列,利用MEGA5.0计算石鲈亚科种内与种间的遗传距离,并基于最大简约法与最大似然法构建了其分子系统进化关系.结果显示:石鲈亚科鱼类种间遗传距离在0.021-0.240之间,平均遗传距离0.184;种内遗传距离0.000-0.009之间,平均0.004.其中种间平均遗传距离(0.184)显著大于种内平均遗传距离(0.004),种间遗传距离是种内的46倍.同时,各物种间遗传距离均大于Hebert推荐区分物种的最小种间遗传距离0.02(2％).基于COⅠ序列构建的系统进化树,同一物种不同个体间均能聚成独立的单系,表明COⅠ基因可作为石鲈亚科物种准确鉴定的有效条形码基因.同时,系统进化树上,石鲈属是非单系类群,主要形成5个分支,而不同分支的种类与其地理分布存在一定的相关性,与近年部分分子系统地理学的研究观点一致.

摘要： 目的：利用DNA条形码技术对黄芪破壁饮片进行物种鉴定,再建立其黄酮类成分HPLC指纹图谱,为其质量控制和鉴定提供依据. 方法：提取15批样品的DNA进行序列分析和物种鉴定.物种鉴定后采用高效液相色谱法,色谱柱：Agilent ZORBAX SB-Aq C18(250mm×4.6mm,5μm);流动相：乙腈-0.15％甲酸溶液梯度洗脱;流速0.6ml/min;检测波长254nm;柱温25°C;结果：经DNA条形码鉴定,实验所用的15批样品均被鉴定为蒙古黄芪Astragalus membranaceus(Fisch.)Bge.var.mongholicus(Bge.)Hsiao.在此基础上建立了15批样品的HPLC指纹图谱,标定11个共有峰,15批样品的相似度在0.9～1.0之间. 结论：DNA条形码和指纹图谱两种方法可对黄芪破壁饮片进行物种鉴定和全面反映黄芪破壁饮片中的成分信息,可用于黄芪破壁饮片的真伪鉴定和批间一致性评价.

摘要： 蘑菇中毒是我国突出的公共卫生问题，国家突发公共卫生事件信息管理系统报告资料显示，蘑菇中毒死亡人数居食物中毒致死人数的首位。我国各个地区蘑菇中毒发病差异较大，这或许与各个区域毒蘑菇分布不同、人们饮食习惯差异有关。现阶段，我国蘑菇中毒的预防与救治均处于起步阶段，当前的首要任务是尽快开展基础性工作规范推广，优先进行蘑菇物种鉴定、病理／临床特征总结及救治方法评价，开展蘑菇规范采集技能普及、中毒事件和病例资料积累、重点蘑菇中毒类别诊治相关代谢研究，为深入开展蘑菇中毒控制打下基础。

摘要： 铁皮石斛是具有极高药用价值和观赏价值的珍稀兰科民族药用植物,常被其他石斛属植物混淆.常用DNA片段较难区分铁皮石斛及其近缘种(黄石斛、始兴石斛、曲茎石斛、滇桂石斛和钩状石斛).本研究共新测了来自上述6个种的40个叶绿体基因组全序列,结合已发表的叶绿体基因组数据进行了相关分析.研究表明,铁皮石斛及其近缘种的叶绿体基因组SSC区相对LSC区和IR区变异度更高,而这些变异主要是由ndh基因的丢失或假基因化引起的;通过比较分析并构建ML树,发现叶绿体基因组全序列能被用于铁皮石斛及其近缘种的精准鉴别.

摘要： 铁皮石斛是具有极高药用价值和观赏价值的珍稀兰科民族药用植物,常被其他石斛属植物混淆.常用DNA片段较难区分铁皮石斛及其近缘种(黄石斛、始兴石斛、曲茎石斛、滇桂石斛和钩状石斛).本研究共新测了来自上述6个种的40个叶绿体基因组全序列,结合已发表的叶绿体基因组数据进行了相关分析.研究表明,铁皮石斛及其近缘种的叶绿体基因组SSC区相对LSC区和IR区变异度更高,而这些变异主要是由ndh基因的丢失或假基因化引起的;通过比较分析并构建ML树,发现叶绿体基因组全序列能被用于铁皮石斛及其近缘种的精准鉴别.

摘要： 铁皮石斛是具有极高药用价值和观赏价值的珍稀兰科民族药用植物,常被其他石斛属植物混淆.常用DNA片段较难区分铁皮石斛及其近缘种(黄石斛、始兴石斛、曲茎石斛、滇桂石斛和钩状石斛).本研究共新测了来自上述6个种的40个叶绿体基因组全序列,结合已发表的叶绿体基因组数据进行了相关分析.研究表明,铁皮石斛及其近缘种的叶绿体基因组SSC区相对LSC区和IR区变异度更高,而这些变异主要是由ndh基因的丢失或假基因化引起的;通过比较分析并构建ML树,发现叶绿体基因组全序列能被用于铁皮石斛及其近缘种的精准鉴别.

摘要： 铁皮石斛是具有极高药用价值和观赏价值的珍稀兰科民族药用植物,常被其他石斛属植物混淆.常用DNA片段较难区分铁皮石斛及其近缘种(黄石斛、始兴石斛、曲茎石斛、滇桂石斛和钩状石斛).本研究共新测了来自上述6个种的40个叶绿体基因组全序列,结合已发表的叶绿体基因组数据进行了相关分析.研究表明,铁皮石斛及其近缘种的叶绿体基因组SSC区相对LSC区和IR区变异度更高,而这些变异主要是由ndh基因的丢失或假基因化引起的;通过比较分析并构建ML树,发现叶绿体基因组全序列能被用于铁皮石斛及其近缘种的精准鉴别.

摘要： 本文对广东地区主要种植的蔬菜包括菜心702、增城迟菜心、连州菜心、四季矮脚黑叶甜白菜、十月红菜苔、X-3359油菜,野生芥菜等七份材料,进行了种子纹理、种脐等的扫描电镜观察、观察了七份材料的染色体数,对种子内部结构进行了解剖观察,旨在为菜心及近缘种蔬菜的鉴定提供一定的依据.

摘要： 本文对广东地区主要种植的蔬菜包括菜心702、增城迟菜心、连州菜心、四季矮脚黑叶甜白菜、十月红菜苔、X-3359油菜,野生芥菜等七份材料,进行了种子纹理、种脐等的扫描电镜观察、观察了七份材料的染色体数,对种子内部结构进行了解剖观察,旨在为菜心及近缘种蔬菜的鉴定提供一定的依据.

摘要： 本文对广东地区主要种植的蔬菜包括菜心702、增城迟菜心、连州菜心、四季矮脚黑叶甜白菜、十月红菜苔、X-3359油菜,野生芥菜等七份材料,进行了种子纹理、种脐等的扫描电镜观察、观察了七份材料的染色体数,对种子内部结构进行了解剖观察,旨在为菜心及近缘种蔬菜的鉴定提供一定的依据.

摘要： 本发明提供一种微生物种属鉴定装置及微生物种属鉴定方法。该微生物种属鉴定装置包括进样针、热劈单元和色谱分析单元，热劈单元包括直立式管炉热劈器、热劈衬管和进样管，直立式管炉热劈器包括热劈室和加热器，热劈衬管贯穿热劈室的内部，加热器套设在热劈室的外壁，进样针的前端与进样管的管腔的内壁相固定连接，热劈室的上部进口处设置有载气入口，热劈衬管与色谱分析单元相连通。采用该微生物种属鉴定装置对微生物种属进行鉴定，不需要复杂的前处理过程，能够对不同温度下易挥发或者易热解的化学组份进行全面分析收集，得到的微生物生物质特征更加保真和丰富，实现对微生物快速、有效、安全和经济的鉴定，并能够应用到各类微生物的鉴定。

摘要： 本发明公开了白花蛇舌草物种特异性鉴定引物、鉴定试剂盒及鉴定方法。该鉴定引物的上游引物序列为SEQ ID No.1或与SEQ ID No.1所述序列至少有95%的相同序列，下游引物序列为SEQ ID No.2或与SEQ ID No.2所述序列至少有95%的相同序列；该试剂盒包含上述引物及阳性对照品；该方法通过提取药材的DNA，用上述特异性鉴定引物在50-60°C复性条件下采用常规PCR技术进行扩增，琼脂糖凝胶电泳，紫外光下观察是否出现特异性扩增条带即可鉴别真伪。本发明提供的引物及试剂盒成本低，可准确地鉴定白花蛇舌草，本发明的鉴定方法简单、高效。

摘要： 本发明公开了一种气单胞菌属内不同物种的条形码鉴定引物、鉴定方法和试剂盒。它包括F：5’‑GGAATTCGCAACCGTTCTGGCTCAGGCTATCGT‑3’；R：5’‑TGTCGACGACGGCAGCCACTTTCAC‑3’。16S rRNA序列分析鉴定方法普遍认为,序列相似性达到97％以上即视为同种水平，而实际应用中往往出现气单胞菌属多个不同的物种满足该序列相似性要求。这种情况下，16S rRNA序列分析只能鉴定到属水平而无法准确鉴定到种。本发明可以解决上述问题，待测物种cpn60序列经BLAST比对后，满足相似性大于98.8％且覆盖度大于98％的比对结果高度专一，为气单胞菌属下特定种，比对结果中不存在不同物种的情况。

摘要： 本发明提供一种微生物种属鉴定装置及微生物种属鉴定方法。该微生物种属鉴定装置包括进样针、热劈单元和色谱分析单元，热劈单元包括直立式管炉热劈器、热劈衬管和进样管，直立式管炉热劈器包括热劈室和加热器，热劈衬管贯穿热劈室的内部，加热器套设在热劈室的外壁，进样针的前端与进样管的管腔的内壁相固定连接，热劈室的上部进口处设置有载气入口，热劈衬管与色谱分析单元相连通。采用该微生物种属鉴定装置对微生物种属进行鉴定，不需要复杂的前处理过程，能够对不同温度下易挥发或者易热解的化学组份进行全面分析收集，得到的微生物生物质特征更加保真和丰富，实现对微生物快速、有效、安全和经济的鉴定，并能够应用到各类微生物的鉴定。

摘要： 本发明提供了一种新的鉴定或辅助鉴定淡水鱼类物种的PCR引物(16s 200)，所述引物的核苷酸序列为序列表中的SEQ ID NO.1。该PCR引物用于鱼类线粒体DNA序列的eDNA代谢编码。采用该PCR引物对水体中的eDNA进行PCR扩增，基于高通量测序方法，能够有效的解决水体中存在多种近缘物种条件下难以得到有效的物种特异性引物的问题，基于环境DNA监测技术，为鱼类分类学研究及其多样性保护提供有效的技术支撑。利用该PCR引物鉴定淡水鱼类物种的方法具有耗时短、操作简便、特异性强等优点。

摘要： 本发明公开了白花蛇舌草物种特异性鉴定引物、鉴定试剂盒及鉴定方法。该鉴定引物的上游引物序列为SEQ ID No.1或与SEQ ID No.1所述序列至少有95％的相同序列，下游引物序列为SEQ ID No.2或与SEQ ID No.2所述序列至少有95％的相同序列；该试剂盒包含上述引物及阳性对照品；该方法通过提取药材的DNA，用上述特异性鉴定引物在50－60°C复性条件下采用常规PCR技术进行扩增，琼脂糖凝胶电泳，紫外光下观察是否出现特异性扩增条带即可鉴别真伪。本发明提供的引物及试剂盒成本低，可准确地鉴定白花蛇舌草，本发明的鉴定方法简单、高效。

摘要： 基于物种COI基因的七种蓝舌病毒媒介库蠓鉴定方法，它含有七种蓝舌病毒媒介库蠓COI基因的扩增引物及其基因组DNA，通过提取待测库蠓基因组DNA，采用上述引物进行PCR扩增，再根据扩增产物大小鉴定出相应的库蠓物种。本发明提供扩增七种库蠓物种COI基因的特异性扩增引物及其鉴定方法，有利于实现媒介库蠓的快速、准确鉴定。

摘要： 本发明涉及分子生物学领域，具体涉及12个华东木犀物种的特异性叶绿体基因变异位点，利用本发明提供的用于特异性叶绿体基因变异位点鉴定的DNA探针，可以将华东木犀和其他木犀属物种区分开，从叶绿体基因组水平上挖掘华东木犀的特异性叶绿体基因变异位点，将为华东木犀的起源和进化提供新的分子证据，以期为华东木犀的barcode研究提供可靠信息。

摘要： 本发明公开了鉴定或辅助鉴定葫芦科作物种传病毒的多重PCR引物对组合物与应用。该鉴定或辅助鉴定葫芦科作物种传病毒的多重PCR引物对组合物可为鉴定或辅助鉴定葫芦科作物5种种传病毒中5种以下病毒的多重PCR引物对组合物，由ZYMV‑FR、MNSV‑FR、CGMMV‑FR、CMV‑FR和SqMV‑FR这5种引物对组成。该多重PCR引物对组合物能在一个PCR体系中特异性地检测ZYMV、MNSV、CGMMV、CMV和SqMV这5种葫芦科作物种传病毒，能准确地鉴定ZYMV、MNSV、CGMMV、CMV和SqMV这五种病毒的任意组合侵染。

摘要： 本发明属于生物分类学和分子生物学领域，具体的说是一种珊瑚礁底栖生物各物种的细胞色素C氧化酶I基因(COI)序列及利用COI基因序列的物种鉴定方法。海南珊瑚礁内底栖生物中各优势种和常见种的COI基因标准序列如SEQ ID NO.1-14中核苷酸序列所示。本发明在大量研究调查的基础上，给出海南珊瑚礁内底栖生物14个优势种和常见种的标准COI基因序列。同时，按照本发明的方法可快速、有效的对物种进行鉴定。