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基因表达分析

基因表达分析的相关文献在1989年到2022年内共计225篇,主要集中在分子生物学、农作物、园艺 等领域,其中期刊论文175篇、会议论文3篇、专利文献278279篇;相关期刊114种,包括昆虫学报、生物技术通报、生物技术通讯等; 相关会议3种,包括第53届美国血液年会、中国微生物学会兽医微生物学专业委员会2006年学术年会、第十三次全国动物遗传育种学术讨论会等;基因表达分析的相关文献由896位作者贡献,包括吕立堂、周鹏、刘富中等。

基因表达分析—发文量

期刊论文>

论文:175 占比:0.06%

会议论文>

论文:3 占比:0.00%

专利文献>

论文:278279 占比:99.94%

总计:278457篇

基因表达分析—发文趋势图

基因表达分析

-研究学者

  • 吕立堂
  • 周鹏
  • 刘富中
  • 刘思岑
  • 刘萍萍
  • 周会娜
  • 张宝会
  • 张慧
  • 张映
  • 徐国云
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 郑雨洁; 鲁严
    • 摘要: 激光捕获显微切割技术(LCM)是一种直接从冰冻或石蜡包埋组织切片中获取靶细胞的新技术,该技术能从组织样本中分离出同质的细胞群体,从而提取高纯度的DNA、RNA和蛋白质.LCM技术在银屑病、白癜风、特应性皮炎等疾病的研究中,提供了一种提取细胞的方法,从而避免了培养细胞等传统提取细胞的手段带来的各种弊端.本文综述了激光捕获显微切割技术的原理、技术流程及其在银屑病、白癜风等皮肤疾病研究中应用.
    • 田时雨; 张蓓林; 郑吟; 吕立堂
    • 摘要: RAV(Related to ABI 3/VP 1)基因家族对植物抗逆和调控植物生长具有重要作用。通过BLAST比对,从茶树基因组中共鉴别得到10个RAV基因,并将其命名为CsRAV1-CsRAV10。可划分为3个亚族,同一亚族内的基序和保守结构域则相对保守。分析顺势作用元件表明,CsRAV基因可能参与茶树的逆境胁迫响应和调控茶树的生长发育。分析基因表达的结果显示,不同的CsRAV基因在不同茶树组织的表达情况不同,在老叶和果实中表达量相对较高,而不同胁迫条件下,其表达情况同样存在一定差异。本试验为进一步研究CsRAV基因调控茶树生长发育和相应逆境胁迫提供一定的理论依据。
    • 周旭红; 赵雪艳; 杨晓密; 吴学尉; 瞿素萍
    • 摘要: SKP1基因是SCF E3泛素连接酶蛋白复合物的核心成分,参与多种生物过程。然而,香石竹SKP1基因还未被克隆,该文利用RT-PCR结合RACE技术,从香石竹(Dianthus caryophyllus)的花药中分离克隆了1个减数分裂相关基因SKP1的全长cDNA序列,命名为DcSKP1(GenBank登录号为MK931293)。结果表明:(1)DcSKP1基因cDNA全长序列为962 bp,含有1个长度为567 bp的ORF,该基因编码188个氨基酸。(2)蛋白序列比对显示,DcSKP1中存在一个高度保守TPEE基序,还具有Skp1_POZ结构域和Skp1结构域,并与拟南芥的SKP1聚集在一个分支上。(3)利用荧光定量PCR对香石竹DcSKP1基因表达模式进行研究,发现DcSKP1基因在各个组织部位都有表达,在花药中的表达量高于茎、叶组织,且在幼小的花药中表达量最高,随着花药发育的进程表达量下降。由此推测,DcSKP1基因可能在香石竹减数分裂中具有重要作用。
    • 林辰; 张心雅; 马伟燕; 柯荣秦
    • 摘要: 空间转录组简单地说就是一个完整的组织样本中不同位置的全部转录组数据信息.目前的空间转录组学技术主要包括两大类:基于原位捕获并测序和基于成像的空间转录组学技术.这些技术已被广泛应用于神经生物学、发育生物学、肿瘤生物学等领域.本文总结并比较了不同空间转录组学技术的特点,列举了空间转录组学技术在不同领域中的应用,最后讨论了其所面临的挑战和机遇.
    • 魏娜; 李艳鹏; 马艺桐; 刘文献
    • 摘要: 紫花苜蓿是世界最重要的豆科牧草之一,干旱是影响其产量和地理分布的关键瓶颈。在紫花苜蓿响应干旱胁迫过程中,转录因子发挥着重要的调控作用。TCP(teosinte branchesd 1/cycloidea/pro-liferating cell factors)为植物特有的转录因子,在植物生长、发育、响应逆境胁迫中都具有重要的生物学功能。截至目前,该基因家族在紫花苜蓿中的分布以及响应干旱胁迫的生物学功能仍未见报道。因此,为进一步挖掘紫花苜蓿中响应干旱胁迫功能基因,本研究利用生物信息学方法在全基因组水平对TCP基因家族进行了鉴定,并对其系统进化、基因结构、染色体定位、共线性分析以及干旱胁迫下的表达模式进行了分析。结果表明,紫花苜蓿基因组中共鉴定出40个MsTCP基因,不均匀地分布于20条染色体上,其中包括17对旁系同源基因对,且都是基因片段复制事件。系统发育和保守结构域分析发现,MsTCP基因可以分为2个大分支和3个亚家族(PCF,CIN与CYC/TB1),同一分支中的成员具有相同氨基酸数目的TCP结构域,同亚家族中的成员具有相似的保守基序与基因结构。此外,通过分析紫花苜蓿响应干旱转录组数据共鉴定出4个可能与紫花苜蓿响应干旱胁迫有关的MsTCP基因(MsTCP23,MsTCP27,MsTCP29,MsTCP33)。qRT-PCR结果进一步表明PEG模拟干旱胁迫处理后,这4个基因的表达量在根和叶中均显著上调,进一步确定了这些基因的确响应紫花苜蓿干旱胁迫。该研究为后期深入解析紫花苜蓿响应干旱胁迫理论以及通过基因工程技术创制高抗旱紫花苜蓿新种质奠定基础。
    • 仙亚杰; 王斐; 谢双全; 陈喜凤; 沈海涛; 李鸿彬
    • 摘要: 为挖掘乌拉尔甘草钙调磷酸酶B互作蛋白激酶(Calcineurin B like protein interacting protein kinase,CIPK)家族成员特征并预测其功能,利用生物信息学方法鉴定乌拉尔甘草CIPK家族基因,并对其进行系统发育、基因结构、保守结构域及进化关系、表达特征等分析。从乌拉尔甘草基因组中鉴定获得22个GuCIPK基因,分布于19个不同的染色体位置;氨基酸序列比对分析发现多数GuCIPK都含有1个Ser/Thr结构域、1个NAF结构域以及PPI结构域;进化树分析结果显示,22个GuCIPK基因可分为5个亚组。GuCIPK基因的上游启动子中存在一些非生物胁迫和激素应答元件,推测GuCIPK基因的功能发挥可能受不同信号的调控。根据组织特异性表达特征可将GuCIPK分为Ⅰ~Ⅳ4个组,其中Ⅱ组中6个GuCIPK成员在根、茎和叶片中的表达量较高,Ⅰ、Ⅲ、Ⅳ组的GuCIPK成员在根、茎、叶组织中的表达相对较低。利用qRT-PCR分析GuCIPK响应不同非生物胁迫的表达特征,结果表明:在盐、氧化、干旱、高温和低温胁迫下,GuCIPK基因受到不同胁迫的诱导表达。结果为进一步探究GuCIPK的功能和可能的调控机制提供了一定参考。
    • 武燕洁; 李譞媛; 宣成昊; 兰蓓
    • 摘要: 目的:探讨MED19在肝癌患者中的表达及与预后的关系。方法:基于TCGA数据库收集相关数据,挖掘MED19在肝癌组织和正常组织、不同临床特征和免疫分型中的表达差异。比较MED19在免疫分型中的表达差异,并基于“ESTIMATE”算法分析其表达水平与肿瘤微环境的相关性。通过Kaplan-Meier法以及Cox回归分析MED19表达量对肝癌患者生存期的影响。通过基因集富集分析(GSEA)并且筛选差异基因进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,探讨MED19的表达对其他基因集的影响。利用Cellminer数据库数据分析MED19表达量与药物敏感性的关系。结果:在肿瘤组织中MED19的表达增加(W=1422,P<0.001),且MED19表达量与临床分期(stageⅡvs.stage I:W=5828,P<0.01,stageⅢvs.stage I,W=5707,P<0.01)、病理分级(G3 vs.G1:W=2656,P<0.05)和T分期(T2 vs.T1:W=6485,P<0.01,T3 vs.T1:W=5758,P<0.01,T4 vs.T1:W=770,P<0.05)相关。不同免疫亚型中MED19的表达存在差异,且MED19高表达引起基质得分减少(W=14363,P<0.01)。MED19高表达使肝癌患者生存率下降(χ^(2)=11.7,P<0.01),且是患者生存的独立危险因素(HR=1.123,P<0.01)。GSEA结果显示MDE19高表达组在癌症相关通路富集,此外MED19高表达组和低表达组差异基因的GO和KEGG分析表明,MED19高表达组中的上调表达基因也主要在细胞周期等相关通路富集。药物敏感性分析显示MED19在癌症中高表达与克拉屈滨(r=0.331,t=2.671,P=0.010)、白屈菜红碱(r=0.313,t=2.507,P=0.015)等药物的敏感性呈正相关。结论:MED19在肝癌中表达升高,且与肝癌的预后不良相关。
    • 田时雨; 张蓓林; 雷阳; 封闻; 吕立堂
    • 摘要: 生长素反应因子(Auxin response factor)作为调控生长素应答基因表达的转录因子,对调控植物生长发育起着十分重要的作用。研究结合茶树基因组数据,使用生物信息学分析,共鉴定出25个ARF基因,并将其命名为CsARF1~CsARF25。可将它划分入5个亚族,同一亚族内的基序和保守结构域相对保守。通过对CsARF顺势作用元件的分析,发现其可能参与茶树对逆境胁迫的响应和调控茶树的生长发育。通过转录组基因表达情况分析,CsARF在茶树不同组织的表达情况有很大区别,从一定程度上说明了CsARF参与调控茶树的生长发育,qRT-PCR验证分析结果趋势与转录组数据基本一致,也从侧面验证了这一结果。研究结果可为茶树ARF基因家族的进一步研究提供理论依据和参考。
    • 胡景涛; 李彦杰; 段艳艳; 阮宇; 顾欣; 肖国生
    • 摘要: [目的]研究桑树中HD-Zip Ⅰ亚家族成员的进化及结构等特点,明确该家族基因的器官特异性表达模式,阐明ABA及淹水、盐和脱水处理对桑树HD-Zip Ⅰ基因表达水平的影响。[方法]通过桑树基因组数据库鉴定桑树HD-Zip Ⅰ基因,并进行生物信息学分析;利用桑树与拟南芥HD-Zip Ⅰ蛋白的序列比对结果,构建系统进化树;利用桑树RNA-seq数据分析桑树HD-Zip Ⅰ基因的组织/器官特异性表达谱;利用qRT-PCR分析桑树HD-Zip Ⅰ基因在激素及非生物胁迫处理下的表达模式。[结果]共鉴定出14个桑树HD-Zip Ⅰ基因,根据进化关系可进一步将其分为6个分枝,各分枝内的成员具有相似的基因结构及保守基序。RNA-seq数据分析发现,MnHD-Zip 2和MnHD-Zip 6在根、枝条、冬芽、雄花和叶片中均呈现高水平表达。激素处理后的基因表达分析发现,MnHD-Zip 8、MnHD-Zip 9、Mn HD-Zip 11、MnHD-Zip 12和MnHD-Zip 13受到ABA不同程度的上调诱导,桑树其余HD-Zip Ⅰ基因的表达水平均受到ABA不同程度的抑制。非生物胁迫处理表达分析发现,桑树HD-Zip Ⅰ亚家族基因均受到3种非生物胁迫不同程度的诱导表达。[结论]桑树β分枝成员受到盐和脱水胁迫的显著诱导表达,且在各种器官中也有较广泛的高表达,因此,推测这些基因在桑树生长发育及逆境胁迫中均发挥着重要的调控作用。此外,MnHD-Zip 8和MnHD-Zip 12受到了盐、淹水及脱水胁迫的显著诱导,由此推测它们在桑树逆境胁迫响应中具有潜在重要功能。
    • 刘龙博; 郑树轩; 郑洁
    • 摘要: CBF(C-repeat binding factor)是AP2家族的一类转录激活因子,在植物响应低温胁迫和提高植物耐寒性方面具有重要作用。虽然多个石榴品种的基因组已经发布,但仍缺乏对其CBF基因家族的全面研究。为全面分析石榴(Punica granatum L.)CBF基因家族分子生物学特性,本文对鉴定到的PgCBFs成员进行了生物信息和表达分析。结果表明,石榴全基因组中有7个CBF基因家族成员,蛋白序列中除包含AP2结构域外,还具有CBF特征序列PKKPAGRxKFxETRHP和DSAWR;7个成员集中分布在染色体1和4上,编码蛋白质氨基酸长度为201~267aa,分子质量为21.69~29.81ku;进化分析显示PgCBFs基因家族成员分布在GroupⅡ~Ⅳ亚组中,与水稻CBF成员组成的GroupⅠ存在明显区分;除PgCBF2、PgCBF4、PgCBF5基因结构中含有1~2个内含子外,其余与其他物种类似,属内含子缺失型;编码的蛋白序列均含有保守基序Motif1~7;蛋白二级结构主要为不规则卷曲和α-螺旋,三级结构较为相似。PgCBFs基因家族扩增主要来源于串联重复,并与拟南芥、苹果、桃分别存在2对、5对和4对共线性关系;GO注释显示PgCBFs多与转录调控、低温胁迫或激素诱导相关;启动子区含有多种顺势作用元件,主要为胁迫刺激、激素诱导和光响应元件;基因表达分析发现除PgCBF6外,其余成员在根中高度表达,在低温胁迫处理下PgCBF在根和韧皮部表达量显著上调,其中PgCBF7能够快速响应并持续应答低温诱导。结合进化树、共线性、启动子以及表达分析,推测PgCBF7可能与石榴幼苗低温胁迫调控相关。本研究可为深入研究石榴CBF基因家族生物学功能提供理论基础。
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