基因组DNA

摘要： 本文主要探究PCR技术在食品微生物检测中的应用价值,以期能够为相关从业人员提供可借鉴的经验。首先阐述PCR技术的主要内涵和类型,并对PCR技术的具体应用方法进行总结,然后通过多重串联式实时荧光定量PCR检测方法,对样品基因组DNA进行提取,从而分析食品微生物情况。试验证明,PCR技术在食品微生物检验中具有良好的应用效果。

摘要： 提取纯种宁夏滩羊、纯种新疆细毛羊和纯种藏绵羊的肝脏DNA,并进行文库构建、扩增、纯化和质控。检测序列中的简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)位点,设计合成并筛选50对引物进行聚合酶链式反应扩增并使用毛细管电泳检测SSR分型后,挑选多态性引物对宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊样本进行遗传多态性检测。结果显示:有10对SSR引物成功扩增出稳定条带,分析10对多态性SSR引物的遗传多样性得出,宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊的平均等位基因数分别为4.100、3.100和3.600;平均有效等位基因数分别为3.782、2.747和3.193;平均观测杂合度分别为1.007、1.009和0.953;平均期望杂合度分别为0.704、0.615和0.660;平均多态信息含量分别为0.432、0.414和0.425,说明宁夏滩羊的遗传多态程度高于藏绵羊和新疆细毛羊。毛细管荧光电泳检测峰图结果表明:scaffold632:150-463荧光引物对宁夏滩羊源性肉特异性良好;scaffold31384:146-461荧光引物对新疆细毛羊源性肉特异性良好;scaffold7676:103-270荧光引物对藏绵羊肉特异性良好,这3对引物能够实现对宁夏滩羊、新疆细毛羊和藏绵羊的有效区分。建立的我国西北地区3个绵羊品种基因库,可以用于科学准确判断3个纯种绵羊肉品种。

摘要： 木耳属子实体含有大量多糖、蛋白质和色素等物质,严重干扰基因组DNA(gDNA)的提取,普通方法难以提取脆木耳子实体的高质量gDNA。以脆木耳子实体为试材,利用4种方法提取gDNA,以期筛选出最佳的提取方法。结果表明,4种方法提取的脆木耳子实体gDNA浓度及纯度各不相同。改良CTAB法提取的脆木耳子实体gDNA浓度和纯度最低;CTAB-free法提取的gDNA浓度较低,且有明显的蛋白污染;试剂盒法虽可提取出较高浓度的gDNA,但其纯度较低;试剂盒联合CTAB-free法可以有效提取出浓度和纯度都较高的gDNA。使用内参基因木耳多聚泛素(UBQ)引物对4种方法提取的g DNA进行PCR扩增,试剂盒联合CTAB-free法提取的g DNA可以扩增出清晰的目标条带,证明该方法提取的gDNA可用于后续分子生物学分析。

摘要： 近年来,分子生物学研究发展迅速。基因组脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic Acid,DNA)的提取是最基本的技术,以其为基础的基因分析法广泛应用于基因组测序、分析突变体、转基因株系、质量鉴定和指纹图谱等研究。本文综述了近20年各种植物或食物中基因组DNA的抽提方法,对各种方法如十二烷基磺酸钠法等的改进或差异、两种或两种以上方法的混合试验等进展进行了简析,并描述了改进的内容和取得的效果;对主要的抽提组织部位如叶片、茎段、种子、根部等研究现状进行了阐述;对农作物(经济作物)、药用植物、濒危植物及食源材料等基因组DNA的抽提种类及应用现状进行了分析。最后对基因组DNA抽提方法及应用前景进行了预期和展望。

摘要： 目的:本研究旨在优化孔雀粪样中菌群基因组DNA的提取方法,以便为后续的研究奠定基础。方法:从野生动物园和圆通山动物园采集孔雀粪样,基于粪样用量、杂质去除方法和消化酶的添加等角度优化了孔雀粪样宏基因组DNA的提取方法,并通过16S rDNA基因和ERIC的PCR扩增验证了纯化DNA的效果。结果:采用0.5 g孔雀粪样、利用丙酮和乙醇交替漂洗样品及消化液中添加CTAB是提取孔雀肠道宏基因组DNA的优化关键点,通过该方法提取的DNA可用于后续的PCR扩增。结论:根据优化的方法可有效地提取孔雀粪样中的基因组DNA,研究结果为孔雀肠道菌群的研究奠定了基础。

摘要： 藜麦蛋白含量高,营养价值丰富,受到国内外学者的广泛关注。为进一步研究藜麦种质资源的遗传特性,本实验以9个藜麦品种为材料,采用46个随机引物对不同藜麦品种的基因组DNA进行RAPD分析。实验结果表明:通过PCR扩增,一共获得了372条扩增条带,其中多态性条带134条,多态性比例为36%。由聚类分析发现9个藜麦品种之间的遗传相似系数在0.530~0.804之间。同时,9个藜麦品种可以划分为4类。第一类为QA13-8和SCL;第二类为QA13-13-1-23,它与其他品种的遗传距离较远;第三类为黄藜1号和土黄藜;第四类为红藜、黄藜、YY-6-6-Z、QA13-8-1-15。

摘要： 荧光假单胞菌是导致冷藏食品腐败变质常见的嗜冷菌,抑制荧光假单胞菌的生长繁殖对延长冷藏食品货架期和提高食品安全性具有重要意义.本实验通过测定最小抑菌浓度(minimum inhibitory concentration,MIC)和时间-抑菌曲线考察苯乳酸对荧光假单胞菌的抑菌活性,从细胞膜电势、细胞膜渗透性和完整性、细胞超微结构、蛋白质表达和DNA结构等方面研究苯乳酸对荧光假单胞菌的抑菌机制.结果表明:苯乳酸对荧光假单胞菌的MIC为1.25mg/mL;苯乳酸可导致细胞膜电势消散,且消散程度呈剂量依赖性;苯乳酸可导致细胞内钾离子显著泄漏(P＜0.05),增加细胞膜的渗透性;MIC苯乳酸处理菌体0.5 h后,流式细胞术分析结果显示,碘化丙啶沾染率为57.6％,扫描电子显微镜结果显示,部分菌体破裂,表明苯乳酸可以破坏细胞膜完整性;十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳结果表明苯乳酸对蛋白质表达无明显影响;凝胶阻滞电泳与荧光光谱结果显示苯乳酸可以破坏DNA结构.结论:苯乳酸可以通过损伤细胞膜和破坏DNA发挥双靶位抑菌作用,苯乳酸对荧光假单胞菌抑菌机制的阐释结果可为冷藏食品中嗜冷菌的控制以及苯乳酸在食品中的应用提供理论依据.

摘要： 目的:为满足肠道集聚性大肠埃希氏菌准确检测的实验室质量控制和能力验证需求,研制具有我国自主知识产权且具有全基因组测序信息的均匀稳定的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质.方法:利用二代高通量测序技术对肠道集聚性大肠埃希氏菌(CMCC 44841)进行全基因组测序,明确CMCC 44841的种属、血清分型、多位点序列分型和毒力基因.对CMCC 44841进行astA、aggR、pic特征性基因聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)确认.采用冷冻干燥技术制备含量为103?CFU/样品的菌球和含量为20?ng/样品的gDNA小球.参照CNAS-GL017对20个菌球样品进行均匀性检验,采用单因素方差分析对结果进行统计分析.将样品分别于-20、4、25°C和37°C条件下保藏,对其贮藏稳定性和运输稳定性进行评价.组织3家实验室进行协同标定和验证.使用5种不同基质的即食食品样本,按照国标法检验标准物质的适用性.结果:利用生物信息学分析,CMCC44841基因组大小为5.057285?Mb,GC含量为50.6％,编码区基因5173个.种属鉴定结果为大肠埃希氏菌(Escherichia?coli),血清预测结果为O127:H21,MLST为ST40型,携带除aggR、astA、pic之外其他相关的毒力基因.PCR扩增出astA、aggR、pic片段大小分别为102、400?bp和1111?bp.菌体标准物质均匀性检验结果F=1.59,符合标准物质的要求.菌体和gDNA标准物质样品于-20?°C和4?°C保藏60 d,25?°C保藏7 d,37°C保藏5?d后仍然稳定.经3家实验室协同标定,菌体标准物质样品含量均为103?CFU/样品.20件不同基质的食品样品加入肠道集聚性大肠埃希氏菌标准物质进行检验,均可以检出.结论:本研究所制备的肠道集聚性大肠埃希氏菌菌体及gDNA标准物质所用菌株来源于我国国内分离菌株,且具有明确的全基因组序列信息,均匀性和稳定性均符合要求,适用性良好,能够满足食品检测实验室的质量控制和能力验证的需求.

摘要： 在PCR实验过程中最常用的模板为基因组DNA.常规模板制备所用试剂多,耗时长,花费高,不利于教师准备实验.以吊兰叶片为实验材料,用0.05 mol/L Tris-HCl(pH=8.0)为抽提液,采用一步法,3 min内可制备出基因组DNA模板.在15 L PCR反应体系中使用1 L模板,扩增40次,所获PCR条带单一、明亮,扩增体系满足PCR实验要求.

摘要： 【目的】旨在筛选稳定可靠的瘤胃内容物微生物基因组DNA的提取方法,获得高质量瘤胃微生物基因组DNA,用于羔羊瘤胃内容物微生物多样性的研究.【方法】采用液氮研磨+珠磨+CTAB法、珠磨+CTAB法、液氮研磨+珠磨+SDS+GITC法和液氮研磨+CTAB+SDS法4种方法提取羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA.通过DNA浓度和纯度、琼脂糖凝胶电泳检测和q-PCR对提取效果进行比较,分析各提取方法对羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA的影响.【结果】4种方法提取到的基因组DNA经q-PCR分析,瘤胃细菌和产甲烷菌的数量存在显著差异(P<0.001),其中琥珀酸拟杆菌(Fibrobacter succinogenes)数量最高,总细菌(total bacteria)次之,白色瘤胃球菌(Ruminococcus albus)数量最少.液氮研磨+珠磨+SDS+GITC法所获得的羔羊瘤胃内容物微生物DNA样品浓度和纯度较高;瘤胃细菌和产甲烷菌数量显著高于其他3种方法(P<0.001).【结论】液氮研磨+珠磨+SDS+GITC法能够得到高质量的羔羊瘤胃内容物微生物基因组DNA,更适合于羔羊瘤胃内容物微生物分子生物学研究.

摘要： 本文主要研究袋鼠肠道菌群的变化,为其健康生长奠定理论基础.使用酚氯仿异戊醇法提取袋鼠粪便肠道菌群的基因组DNA,并通过PCR-DGGE电泳技术探讨袋鼠肠道菌群结构变化情况,利用Quantity one软件对图谱进行分析.健康袋鼠肠道菌群结构与病变袋鼠肠道菌群结构相似度较低,分析认为肠道菌群结构变化可能与袋鼠健康状况存在相关性.

摘要： 本文主要研究袋鼠肠道菌群的变化,为其健康生长奠定理论基础.使用酚氯仿异戊醇法提取袋鼠粪便肠道菌群的基因组DNA,并通过PCR-DGGE电泳技术探讨袋鼠肠道菌群结构变化情况,利用Quantity one软件对图谱进行分析.健康袋鼠肠道菌群结构与病变袋鼠肠道菌群结构相似度较低,分析认为肠道菌群结构变化可能与袋鼠健康状况存在相关性.

摘要： 本文主要研究袋鼠肠道菌群的变化,为其健康生长奠定理论基础.使用酚氯仿异戊醇法提取袋鼠粪便肠道菌群的基因组DNA,并通过PCR-DGGE电泳技术探讨袋鼠肠道菌群结构变化情况,利用Quantity one软件对图谱进行分析.健康袋鼠肠道菌群结构与病变袋鼠肠道菌群结构相似度较低,分析认为肠道菌群结构变化可能与袋鼠健康状况存在相关性.

摘要： 本文主要研究袋鼠肠道菌群的变化,为其健康生长奠定理论基础.使用酚氯仿异戊醇法提取袋鼠粪便肠道菌群的基因组DNA,并通过PCR-DGGE电泳技术探讨袋鼠肠道菌群结构变化情况,利用Quantity one软件对图谱进行分析.健康袋鼠肠道菌群结构与病变袋鼠肠道菌群结构相似度较低,分析认为肠道菌群结构变化可能与袋鼠健康状况存在相关性.

摘要： 本文主要研究袋鼠肠道菌群的变化,为其健康生长奠定理论基础.使用酚氯仿异戊醇法提取袋鼠粪便肠道菌群的基因组DNA,并通过PCR-DGGE电泳技术探讨袋鼠肠道菌群结构变化情况,利用Quantity one软件对图谱进行分析.健康袋鼠肠道菌群结构与病变袋鼠肠道菌群结构相似度较低,分析认为肠道菌群结构变化可能与袋鼠健康状况存在相关性.

摘要： 在动物的系统发育研究中，动物标本采集和组织样本保存是研究的基础，提取一定浓度和高质量的基因组DNA是影响实验结果的关键．为得到一种高效的适用于两栖动物的基因提取方法,以臭蛙属6个物种的肌肉组织为材料,通过充分破碎组织、频繁更换双蒸水、加快消化速度和低温沉淀加速DNA析出等方法,对常规的DNA提取方法(酚-氯仿抽提法)加以改进.改进后的DNA提取过程耗时缩短至12h,提取的基因组DNA适合长片段PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳检测.基因组DNA和12S、16S rDNA片段均得到清晰、明亮、整齐的条带,证实该方法在提取基因组DNA时,具有快速、准确、可靠的特点.

摘要： 在动物的系统发育研究中，动物标本采集和组织样本保存是研究的基础，提取一定浓度和高质量的基因组DNA是影响实验结果的关键．为得到一种高效的适用于两栖动物的基因提取方法,以臭蛙属6个物种的肌肉组织为材料,通过充分破碎组织、频繁更换双蒸水、加快消化速度和低温沉淀加速DNA析出等方法,对常规的DNA提取方法(酚-氯仿抽提法)加以改进.改进后的DNA提取过程耗时缩短至12h,提取的基因组DNA适合长片段PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳检测.基因组DNA和12S、16S rDNA片段均得到清晰、明亮、整齐的条带,证实该方法在提取基因组DNA时,具有快速、准确、可靠的特点.

摘要： 在动物的系统发育研究中，动物标本采集和组织样本保存是研究的基础，提取一定浓度和高质量的基因组DNA是影响实验结果的关键．为得到一种高效的适用于两栖动物的基因提取方法,以臭蛙属6个物种的肌肉组织为材料,通过充分破碎组织、频繁更换双蒸水、加快消化速度和低温沉淀加速DNA析出等方法,对常规的DNA提取方法(酚-氯仿抽提法)加以改进.改进后的DNA提取过程耗时缩短至12h,提取的基因组DNA适合长片段PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳检测.基因组DNA和12S、16S rDNA片段均得到清晰、明亮、整齐的条带,证实该方法在提取基因组DNA时,具有快速、准确、可靠的特点.

摘要： 在动物的系统发育研究中，动物标本采集和组织样本保存是研究的基础，提取一定浓度和高质量的基因组DNA是影响实验结果的关键．为得到一种高效的适用于两栖动物的基因提取方法,以臭蛙属6个物种的肌肉组织为材料,通过充分破碎组织、频繁更换双蒸水、加快消化速度和低温沉淀加速DNA析出等方法,对常规的DNA提取方法(酚-氯仿抽提法)加以改进.改进后的DNA提取过程耗时缩短至12h,提取的基因组DNA适合长片段PCR扩增,经琼脂糖凝胶电泳检测.基因组DNA和12S、16S rDNA片段均得到清晰、明亮、整齐的条带,证实该方法在提取基因组DNA时,具有快速、准确、可靠的特点.

摘要： 了解百合种质资源的亲缘关系是完善切花百合分子育种体系的重要基础,本研究选用SRAP(sequence-related amplified polymorphism)标记对部分切花百合(Lilium)品种基因组DNA进行遗传多样性及遗传关系分析;应用NTSYS-pc2.10e数据处理软件分析数据.共得到清晰条带119条,多态性条带77条,多态性条带比率为64.7％,平均每对引物产生9条条带,其中6条为多态性条带;通过NTSYS-pc2.10e软件计算得到的样品间SM相似系数介于0.57～0.96,平均值为0.733,显示百合资源间存在一定的遗传差异;根据SRAP扩增结果,利用UPGMA法构建树状聚类图,聚类分析将48份样品分为4组,聚类分析结果与百合种的形态分类系统基本相符.

摘要： 本文提供了用于从模板多核苷酸精确测序和检测表观遗传信息的方法和设备。也提供了用于长片段链置换扩增多核苷酸的方法、具有用于多步处理的选择性可渗透屏障的微流体设备，和使用微流体设备进行多核苷酸扩增的方法。

摘要： 本发明本发明提供了一种植物基因组DNA的提取液和植物基因组DNA的提取方法，属于分子生物学技术领域。本发明提供的植物基因组DNA的提取液，包括物质的量浓度为150～250mmol/L的Tris‑HCl、物质的量浓度为15～40mmol/L的EDTA、物质的量浓度为200～300mmol/L的NaCl和质量百分含量为0.1％～1％的SDS；所述提取液的pH为6.0～7.5。本发明提供的DNA提取液不使用β‑巯基乙醇等有毒试剂即具有良好的提取效果，安全性能高，提取的DNA的质量好。

摘要： 本发明公开了一种基因组DNA提取液、基因组DNA提取方法及其应用。其中，基因组DNA提取液，包括5~10 mM Tris、1~5 mM乙二胺四乙酸（EDTA）、1~2.5mM的硫酸镁和无菌水，Tris的pH值为8.0~9.0。本发明提供的基因组DNA提取液配制简单，操作中不涉及换管移液、无需纯化、可有效避免基因组丢失、操作快捷而且原料便宜，与样本孵育后，可直接用于后续普通PCR或者荧光PCR，以及基因检测、分子克隆、序列分析、分子杂交等下游实验。

摘要： 本发明涉及一种快速高效提取烟草基因组DNA的方法，具体为：使用以下提取液对DNA进行提取，提取液的各组分的浓度为0.1MTris、1M KCl、10mM EDTANa

摘要： 本发明提供了一种哺乳动物血液基因组DNA提取试剂盒，由以下成分组成：红细胞裂解液、白细胞裂解液、蛋白沉淀液和DNA沉淀液。本发明与现有技术相比，具有如下技术效果：1）不采用有机试剂，环保，对人体也无不良影响。2）可获得较高浓度和纯度的DNA，保留大片段DNA。3）采用“一步去除法”，操作简单，适用人群的范围广。4）操作时间短，可在短时间内获得实验所需要的DNA样品，大大提高了实验的效率。5）成本较低，价格低廉。

摘要： 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA胞嘧啶四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)准备植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化并回收基因组DNA；(4)在变复性Buffer中进行变复性反应；(5)iMab‑iM DNA复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的iMab‑iMDNA复合物；(7)从beads上洗脱iMab‑iM DNA复合物，并回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA iM富集程度；(9)建库和Illumina测序，在全基因组水平鉴iM位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上该方法适应于多种植物。

摘要： 本发明公开一种在全基因组水平鉴定植物基因组DNA鸟嘌呤四联体位点的方法，该方法包括如下步骤：(1)交联固定植物材料；(2)提取并纯化细胞核；(3)对细胞核内染色质进行片段化处理回收DNA片段；(4)将回收的DNA片段进行变复性反应；(5)制备IP反应复合物；(6)用Protein G Beads回收过夜反应形成的IP反应复合物；(7)从Beads上洗脱IPed DNA，回收DNA片段；(8)用qPCR方法检测DNA G4富集程度；(9)将经过富集程度检测的IP DNA进行建库和Illumina测序，经过生物信息学分析实现在全基因组水平鉴定G4位点。整个方法流程简单，耗时较短，DNA片段化可视化效果强，理论上适合应用于多数植物物种。

摘要： 一种用于鉴定人类基因组DNA中一个或多个基因组变异的方法，包括使用Alu、MIR、SVA序列基引物，并对测定混合物进行转座子间聚合酶链式反应(ITE‑PCR)，以产生一阵列包含ITE基因组区段的扩增子。还提供了所述方法在鉴定与性质或者疾病相关的一个或多个基因组变异中的应用。

摘要： 本发明属于生物技术领域，涉及一种用于基因组片段扩增的微量动物样品基因组DNA模板的快速制备方法，其特征在于将微量动物组织或细胞置于YSY缓冲液中，再将混合液经过孵育、变性、和冷却，即可获得可用于常规PCR扩增或定量PCR扩增的DNA模板。本发明公布的微量动物样品体积小于1mm3，具核细胞数不少于1个；YSY缓冲液由盐溶液、去垢剂、和蛋白裂解酶组成。缓冲液与微量动物组织或细胞的混合比例是10体积缓冲液：小于1体积的微量样品。缓冲液与动物样品混合后经孵育、变性、和冷却，即可获得可用于常规PCR扩增或定量PCR扩增的DNA模板。该方法特别适用于大规模基因型鉴定所需微量基因组DNA模板的制备。

摘要： 本发明公开了一种基于CRISPR‑Cas系统组合物特异减少或去除宿主基因组DNA的宏基因组提取方法。本发明旨在提供一种在宏基因组测序中降低宿主基因组DNA背景、提高其余微生物有效测序数据的技术。所述方法中的CRSIPR‑Cas系统包括多个crRNA或crRNA/tracrRNA衍生物、以及带有生物素标记的核酸内切酶活力缺失的Cas蛋白或其变体蛋白。crRNA或crRNA/tracrRNA衍生物的序列与宿主基因组DNA中的重复序列Alu元件区域(靶序列)互补，借此引导核酸内切酶活力缺失的Cas蛋白或其变体结合在宿主基因组DNA上，再通过加入包被有链霉亲和素的磁珠捕获CRISPR‑Cas系统和其结合的宿主DNA，以此消减样品溶液中的宿主基因组DNA的浓度，并提高其他非宿主基因组DNA的核酸的丰度。