PCR检测

摘要： 猕猴桃溃疡病是严重危害猕猴桃生产的重要细菌性病害,阻碍了猕猴桃产业的发展。建立有效的检测技术是该细菌性病害防控体系的关键,笔者在对相关文献研究进行总结的基础上,简述了近年来猕猴桃溃疡病相关检测技术的研究进展。

摘要： 为了了解我国猪源艰难梭菌(Clostridioides difficile,CD)的病原学及分子生物学特征,本研究收集湖北和广东地区疑似患有肠炎的病猪粪便样品,提取基因组DNA,利用已经报道的5重PCR方法对艰难梭菌的16S rDNA基因、毒素A的编码基因tcdA、毒素B的编码基因tcdB以及二元毒素编码基因cdtA和cdtB进行检测,同时采用厌氧培养法,对PCR检测毒素编码基因为阳性的粪便样品进行艰难梭菌的分离培养,并对所分离到的菌株进行药物敏感性测试和全基因组重测序。结果发现:本研究所采集到的97份粪便样品经PCR检测显示有80份样品为16S rDNA阳性,其中仅有2份样品为tcdA和tcdB阳性。从这两份样品中分离出一株tcdA和tcdB阳性的艰难梭菌,命名为HuB01。药敏试验发现,HuB01对头孢菌素(FOX)、氯霉素(CHL)、克林霉素(CLI)、氨苄西林(AMP)、头孢曲松钠(CRO)耐药,对莫西沙星(MXF)和万古霉素(VAN)表现出中度耐药,而对利福西明(RFX)、甲硝哒唑(MTZ)、非达霉素(FDX)敏感。全基因组重测序发现HuB01的全基因组大小为3.93 Mb,平均GC含量为28.31%,编码3691个蛋白基因及63个tRNA和10个rRNA;3691个基因中含有31个耐药基因和164个毒力相关基因。多序列位点分型(MLST)结果显示HuB01为ST11。由于目前国内对于艰难梭菌的研究大多集中在人医领域,因此本研究可为兽医领域艰难梭菌的相关研究奠定基础。

摘要： 用PCR/RT-PCR方法对新疆6个地区449份猪全血或组织样品进行病毒核酸检测,在PCV3检测为阳性的样品中选取2株克隆测序验证并分析其基因序列。结果各地区均检测到PCV3,阳性率为8.1%~16.0%,平均阳性率为14.5%(65/449),其中PCV3单独感染率为33.8%(22/65);PCV3+PRRSV感染、PCV3+PCV2的感染率较高,分别为16.9%(11/65)和15.4%(10/65);PCV3+PCV2+PRRSV感染率为15.4%(10/65);PCV3与PCV2、PRV和PRRSV的四重感染率为1.5%(1/65);对日龄记录完整的石河子地区不同生长阶段猪群感染PCV3的情况进行分析,发现平均阳性率为16.0%(26/163),其中保育猪的阳性率为30.0%(12/40);所选的2株PCV3核苷酸序列同源性为100%,与国内外参考毒株的同源性为97.9%~100.0%;遗传进化分析表明基因序列属于3a亚群。表明PCV3在新疆6地市规模化养猪场中以单独感染或与其他病原混合感染情况普遍存在,不同生长阶段猪群均有感染PCV3。

摘要： 为建立适宜MsDUF基因转化紫花苜蓿的遗传转化体系,本试验在已知的紫花苜蓿再生体系的基础上,采用农杆菌介导法,以保定紫花苜蓿(MedicagosativaL.cv.Baoding)下胚轴和子叶为转化受体,将MsDUF基因导入到紫花苜蓿中,通过对愈伤诱导、分化及生根培养阶段抗生素浓度的筛选建立了优化的遗传转化体系,同时对筛选获得的转基因紫花苜蓿进行PCR和RT-PCR检测。结果表明,农杆菌介导的MsDUF基因遗传转化的最佳条件为:将预培养2d的紫花苜蓿下胚轴用含pCAMBIA1301-MsDUF质粒的农杆菌菌液(OD_(600)为0.3~0.5)侵染10min,共培养暗处理2d后转入含30mg/LHyg和500mg/LCef的愈伤诱导培养基和分化培养基上诱导分化,待抗性芽长到2~3cm高时转入含30mg/LHyg和300mg/LCef的生根培养基上,得到6株经PCR检测为阳性的抗性植株;选取5株进行RT-PCR检测,均检测出大小与目的条带相吻合的清晰条带,证明MsDUF基因已成功转入保定紫花苜蓿中。本试验成功建立了农杆菌介导的高效MsDUF基因转化紫花苜蓿的遗传转化体系,为进一步研究MsDUF基因功能奠定了基础,同时为紫花苜蓿育种和种质创新提供了基础材料。

摘要： 为了确定贵州省某规模养殖场病鸡发病的原因,本试验对发病鸡进行了临床剖检,取其鸡冠、肝脏、心脏、脾脏和肾脏等病料组织进行了细菌分离培养,并进行了鸡痘病毒(FWPV)、J亚型禽白血病病毒(ALV-J)和血清4型禽腺病毒(FAdV-4)的PCR检测。结果显示:实验室剖检可见病鸡存在鸡冠痘状结痂、肝脏肿瘤结节、心包积液、脾脏肿大等症状;细菌分离培养无菌落形成;基于ALV-J gp85、FAdV-4 penton、FWPV TK基因片段的PCR检测均呈阳性;随后的ALV-J gp85、FAdV-4 penton、FWPV TK基因克隆及序列分析进一步揭示了3种病毒的遗传进化状况。因此,送检病鸡确诊为ALV-J、FAdV-4、FWPV混合感染,依据确诊结果向有关养殖场提出了合理的防治措施建议。

摘要： 云南省某奶牛场1~3月龄犊牛暴发以腹泻为主要症状的疾病,本试验对该场送检的16份犊牛腹泻粪便样本进行牛A群轮状病毒(BRVA)、牛病毒性腹泻病毒(BVDV)、牛冠状病毒(BCoV)、牛诺如病毒(BNoV)、牛凸隆病毒(BToV)、牛纽布病毒(BNeV)、沙门氏菌(Salmonella)、产肠毒素大肠杆菌(ETEC)、安氏隐孢子虫(C.andersoni)9种病原的PCR检测。结果得出:16份样本中BNeV、BRVA、BToV和BNoV的检出率分别为62.5%(10/16)、37.5%(6/16)、18.75%(3/16)和6.25%(1/16),其他病原体未检出。结合临床检查结果,可以确定BRVA、BNoV、BNeV和BToV这四种病原的混合感染是引起该养殖场犊牛腹泻的主要原因,本结果为该场犊牛腹泻疾病的针对性防控提供了依据。

摘要： 坦布苏病毒是近年来新发现的病毒,严重危害养鸭业,常与细菌呈混合感染。为确诊齐齐哈尔市某养殖场的鸭群死亡情况,通过对鸭子的临床观察、病理剖检、细菌分离培养和PCR诊断等方法,确诊为坦布苏病毒和大肠杆菌的混合感染。经极敏药物丁胺卡那治疗后,疫情得到有效控制。

摘要： 为了解四川地区猪细小病毒在猪群中的感染情况,对四川地区存在母猪流产情况的猪场进行抽样检测,采集10个猪场的20个样本,提取核酸,利用PCR方法进行猪细小病毒特异性片段的扩增,并选取阳性产物进行测序和序列分析。结果显示,检测样本中猪细小病毒阳性率为40%(8/20),序列分析发现,猪细小病毒阳性样本与吉林长春毒株DJH24(MK092384)、湖南毒株HuN1(MH183298)聚为一支,核苷酸序列之间一致性为96.56%。本研究为四川地区猪细小病毒防控提供了参考依据。

摘要： 甲醛溶液浸泡的人类组织样本很多情况下是可遇不可求的珍贵资源,而其DNA的提取是一大难题。本文分别使用改进的甲醛溶液浸泡样本基因组DNA提取方法以及通用型基因组DNA提取试剂盒,对四份不同时间固定的福尔马林浸泡的人类胚胎皮肤和肌肉的样本进行基因组DNA提取。使用紫外分光光度计鉴定所提取DNA的纯度和质量浓度,DNA溶液点样进行琼脂糖凝胶电泳及成像,结果显示,改进的提取方法所得基因组DNA的质量浓度和纯度均优于通用型基因组DNA提取方法。以提取所得的基因组DNA模板进行PCR扩增,电泳结果显示,改进的提取方法所提取的基因组DNA有更好的PCR扩增效果。本研究为甲醛溶液浸泡的珍贵样本的基因组DNA的提取提供了方法指导和改进方向的参考。

摘要： [目的]明确大庆温室黄瓜根结线虫的种类,为黄瓜根结线虫病的防治提供理论依据。[方法]从大庆市让湖路区温室采集感染根结线虫的黄瓜根部和根际土壤,分别采用直接剥离法和贝尔曼法分离获得线虫卵囊和雄虫,并由卵囊孵化培养得2龄幼虫,采用显微形态观察结合分子生物学方法对其进行鉴定。[结果]形态学观察表明采集的样本线虫与象耳豆根结线虫(Meloido-gyne enterolobii)特征基本相符;rDNA-ITS序列分析表明,与GenBank中象耳豆根结线虫的序列相似度为98%~100%,采用邻接法构建系统发育树,大庆根结线虫M229、M230和M231与登录号为KF418368.1和JF309154.1等5个象耳豆根结线虫(Meloidogyne enterolobii)处于同一分类地位。[结论]从大庆让湖路区温室采集的黄瓜根结线虫为象耳豆根结线虫。

摘要： 2016年美国报道了一种可引起猪皮炎肾病综合征、母猪繁殖障碍、呼吸道及高热等多系统炎症的新型病毒猪圆环病毒3型(porcine circovirus type3,PCV3).为更多了解中国PCV3的感染情况,本研究针对PCV3保守区设计一对特异性引物,对10个省106份样品进行PCR检测,并把PCR产物进行测序分析.结果表明:10个省中6个省为阳性,阳性率60％;66个场中感染PCV3的场为12个,阳性率为18.2％;106个样品中检测PCV3阳性的样品为19例,阳性率为18.0％.此研究也将为更多了解PCV3在中国感染情况提供数据基础.

摘要： 2016年美国报道了一种可引起猪皮炎肾病综合征、母猪繁殖障碍、呼吸道及高热等多系统炎症的新型病毒猪圆环病毒3型(porcine circovirus type3,PCV3).为更多了解中国PCV3的感染情况,本研究针对PCV3保守区设计一对特异性引物,对10个省106份样品进行PCR检测,并把PCR产物进行测序分析.结果表明:10个省中6个省为阳性,阳性率60％;66个场中感染PCV3的场为12个,阳性率为18.2％;106个样品中检测PCV3阳性的样品为19例,阳性率为18.0％.此研究也将为更多了解PCV3在中国感染情况提供数据基础.

摘要： 2016年美国报道了一种可引起猪皮炎肾病综合征、母猪繁殖障碍、呼吸道及高热等多系统炎症的新型病毒猪圆环病毒3型(porcine circovirus type3,PCV3).为更多了解中国PCV3的感染情况,本研究针对PCV3保守区设计一对特异性引物,对10个省106份样品进行PCR检测,并把PCR产物进行测序分析.结果表明:10个省中6个省为阳性,阳性率60％;66个场中感染PCV3的场为12个,阳性率为18.2％;106个样品中检测PCV3阳性的样品为19例,阳性率为18.0％.此研究也将为更多了解PCV3在中国感染情况提供数据基础.

摘要： 为建立检测溶藻弧菌(VA)的快速检测方法,本研究以VA Collagenase基因为靶基因设计了一对双启动寡核苷酸引物(DPO),建立了DPO-PCR快速检测VA的方法.结果显示退火温度范围在48°C～68°C内都能有效地扩增出目的基因,表明该检测方法对退火温度不敏感;该DPO引物仅与VA的扩增反应呈阳性,而与其他菌株无非特异性扩增反应,表明该方法特异性强;该方法的灵敏度为1.14×102CFU/mL.利用该检测方法对采集的550份样品进行检测,共计检出4份VA阳性样品,与行标法(SN/T1870-2007)检测结果一致,显示了良好的实用性.该DPO-PCR方法设计简单、特异性强,具有良好的实用性.

摘要： 为建立检测溶藻弧菌(VA)的快速检测方法,本研究以VA Collagenase基因为靶基因设计了一对双启动寡核苷酸引物(DPO),建立了DPO-PCR快速检测VA的方法.结果显示退火温度范围在48°C～68°C内都能有效地扩增出目的基因,表明该检测方法对退火温度不敏感;该DPO引物仅与VA的扩增反应呈阳性,而与其他菌株无非特异性扩增反应,表明该方法特异性强;该方法的灵敏度为1.14×102CFU/mL.利用该检测方法对采集的550份样品进行检测,共计检出4份VA阳性样品,与行标法(SN/T1870-2007)检测结果一致,显示了良好的实用性.该DPO-PCR方法设计简单、特异性强,具有良好的实用性.

摘要： 为建立检测溶藻弧菌(VA)的快速检测方法,本研究以VA Collagenase基因为靶基因设计了一对双启动寡核苷酸引物(DPO),建立了DPO-PCR快速检测VA的方法.结果显示退火温度范围在48°C～68°C内都能有效地扩增出目的基因,表明该检测方法对退火温度不敏感;该DPO引物仅与VA的扩增反应呈阳性,而与其他菌株无非特异性扩增反应,表明该方法特异性强;该方法的灵敏度为1.14×102CFU/mL.利用该检测方法对采集的550份样品进行检测,共计检出4份VA阳性样品,与行标法(SN/T1870-2007)检测结果一致,显示了良好的实用性.该DPO-PCR方法设计简单、特异性强,具有良好的实用性.

摘要： 为建立检测溶藻弧菌(VA)的快速检测方法,本研究以VA Collagenase基因为靶基因设计了一对双启动寡核苷酸引物(DPO),建立了DPO-PCR快速检测VA的方法.结果显示退火温度范围在48°C～68°C内都能有效地扩增出目的基因,表明该检测方法对退火温度不敏感;该DPO引物仅与VA的扩增反应呈阳性,而与其他菌株无非特异性扩增反应,表明该方法特异性强;该方法的灵敏度为1.14×102CFU/mL.利用该检测方法对采集的550份样品进行检测,共计检出4份VA阳性样品,与行标法(SN/T1870-2007)检测结果一致,显示了良好的实用性.该DPO-PCR方法设计简单、特异性强,具有良好的实用性.

摘要： 本研究对华东地区临床分离的猪源大肠杆菌进行了耐药性分析,并采用PCR的方法检测了aac(3)-II、aac(6')-Ib、armA及几种PMQR基因的携带情况.临床分离到的53株大肠杆菌中,有50株(94.3％)分离菌对1种及1种的以上抗菌药物具有耐药性,其中耐药最严重的是诺氟沙星(69.8％)和环丙沙星(67.9％),而耐药率最低的是阿米卡星(17.0％).检测的耐药基因中,携带率最高的是aac(3)-II和aac(6')-Ib,分别为32.1％和18.9％.检出的10株aac(6')-Ib阳性菌株中,-cr变异率比例达到了90％,提示了-cr的高变异率,这一结果与氟喹诺酮类药物诺氟沙星和环丙沙星的耐药性符合率较为一致.此外,本研究还检出5株分离菌携带qnrB基因,5株携带qnrS基因,1株携带qepA基因.本次试验并未检出qnrA、qnrD和甲基化酶基因armA.分离菌中有部分菌株耐药严重,却没有检测出携带这几种基因,提示可能还有其他的基因或者机制导致其耐药.

摘要： 本研究对华东地区临床分离的猪源大肠杆菌进行了耐药性分析,并采用PCR的方法检测了aac(3)-II、aac(6')-Ib、armA及几种PMQR基因的携带情况.临床分离到的53株大肠杆菌中,有50株(94.3％)分离菌对1种及1种的以上抗菌药物具有耐药性,其中耐药最严重的是诺氟沙星(69.8％)和环丙沙星(67.9％),而耐药率最低的是阿米卡星(17.0％).检测的耐药基因中,携带率最高的是aac(3)-II和aac(6')-Ib,分别为32.1％和18.9％.检出的10株aac(6')-Ib阳性菌株中,-cr变异率比例达到了90％,提示了-cr的高变异率,这一结果与氟喹诺酮类药物诺氟沙星和环丙沙星的耐药性符合率较为一致.此外,本研究还检出5株分离菌携带qnrB基因,5株携带qnrS基因,1株携带qepA基因.本次试验并未检出qnrA、qnrD和甲基化酶基因armA.分离菌中有部分菌株耐药严重,却没有检测出携带这几种基因,提示可能还有其他的基因或者机制导致其耐药.

摘要： 本研究对华东地区临床分离的猪源大肠杆菌进行了耐药性分析,并采用PCR的方法检测了aac(3)-II、aac(6')-Ib、armA及几种PMQR基因的携带情况.临床分离到的53株大肠杆菌中,有50株(94.3％)分离菌对1种及1种的以上抗菌药物具有耐药性,其中耐药最严重的是诺氟沙星(69.8％)和环丙沙星(67.9％),而耐药率最低的是阿米卡星(17.0％).检测的耐药基因中,携带率最高的是aac(3)-II和aac(6')-Ib,分别为32.1％和18.9％.检出的10株aac(6')-Ib阳性菌株中,-cr变异率比例达到了90％,提示了-cr的高变异率,这一结果与氟喹诺酮类药物诺氟沙星和环丙沙星的耐药性符合率较为一致.此外,本研究还检出5株分离菌携带qnrB基因,5株携带qnrS基因,1株携带qepA基因.本次试验并未检出qnrA、qnrD和甲基化酶基因armA.分离菌中有部分菌株耐药严重,却没有检测出携带这几种基因,提示可能还有其他的基因或者机制导致其耐药.

摘要： 本发明公开了一种用于PCR检测的核酸组合物的制备方法及其制备的核酸组合物和PCR检测方法，涉及基因检测技术领域，该制备方法包括制备引物对和发卡探针；所述引物对中上游引物的5’端具有标签序列，所述标签序列的碱基序列与所述发卡探针的碱基序列相同。按照该制备方法进行制备的核酸组合物可用于检测绝大多数SNP位点，且无需针对不同的SNP位点进行特异性探针的设计，降低了SNP检测技术开发的难度，同时也降低了SNP检测试剂研发的成本。

摘要： 本发明公开了一种可同时检测多种微生物的多重荧光定量PCR检测方法，包括以下步骤：第一步，以待测样品的DNA为模板，进行荧光定量PCR扩增，获得PCR扩增产物；第二步，检测扩增产物的荧光信号；第三步，以检测结果的Ct值判定样品中是否含有大肠埃希氏菌O157、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌、诺如病毒GI、诺如病毒GII和轮状病毒。本发明还公开了一种可同时检测多种微生物的多重荧光定量PCR检测试剂盒，可以用于定性检测蔬菜中是否含有大肠埃希氏菌O157、沙门氏菌、金黄色葡萄球菌、单核细胞增生李斯特氏菌、诺如病毒GI、诺如病毒GII和轮状病毒。

摘要： 本发明公开了检测新疆杨基因组的PCR引物、检测方法及PCR检测试剂盒。本发明基于银白杨、新疆杨、响叶杨和山杨的基因组通过全基因组序列比对分析发现基因组中具有较大差异的片段，并据此设计每种杨树特异引物，从中筛选出将新疆杨基因组与其它杨树基因组准确区分的特异性引物。本发明进一步提供了应用该特异性引物建立快速区分新疆杨与其他杨属树种的PCR检测方法及检测试剂盒。本发明可以快速区分新疆杨与其他杨属树种，采用PCR检测方法操作方便，带型简单，不需要测序直接通过扩增片段即可区分出新疆杨特异基因组片段，在杨树种植资源分类、利用及杂交种的鉴定方面具有应用前景。

摘要： 本发明公开了检测松材线虫的PCR引物、PCR检测试剂盒及检测方法。本发明以松材线虫种内保守的Bx‑cpi基因为靶基因，设计并筛选获得能够特异性扩增松材线虫的PCR引物对，其由核苷酸序列为SEQ ID No.9所示和SEQ ID No.10所示的两条引物组成。本发明进一步利用该特异性PCR引物对建立了松材线虫的PCR快速检测方法，该方法能够对待测样品中是否携带有松材线虫进行快速检测，该检测方法具有特异性强、准确性高、操作简便、耗时短、成本低等优点。本发明对于监控松材线虫病的发生与蔓延以及对松材线虫病的总体预警与控制策略等均具有应用价值。

摘要： 一种黄颡四锚虫的PCR检测引物、荧光定量PCR检测试剂盒及检测方法。提供了一对黄颡四锚虫18s可变区基因荧光定量PCR检测的专用引物，包含该引物的试剂盒及其检测方法。所述引物包括上游引物18s‑Ⅱ‑F和下游引物18s‑Ⅱ‑R，18s‑Ⅱ‑F的序列为：5’‑CTGGTCATGGCTCTGCTGAC‑3’，18s‑Ⅱ‑R的序列为：5’‑CGTTAAAGGAGCATCAGCTG‑3’。本发明首次提供了黄颡四锚虫18s基因荧光定量PCR检测中的专用引物，使利用荧光定量PCR对待测样本中18s可变区基因检测成为可能。

摘要： 本发明公开了用于快速检测黄曲霉素产毒菌的多重PCR引物组合和多重PCR试剂盒及检测方法。该多重PCR引物组合包括：用于特异性扩增杂色曲霉素A脱氢酶基因ver‑1的引物对，该引物对包括具有如SEQ ID No.1所示核苷酸序列的上游引物及具有如SEQ ID No.2所示核苷酸序列的下游引物；用于特异性扩增杂色曲霉素B基因verB的引物对，该引物对包括具有如SEQ ID No.3所示核苷酸序列的上游引物及具有如SEQ ID No.4所示核苷酸序列的下游引物；用于特异性扩增真菌ITS序列的引物对。本发明的多重PCR引物组合特异性强、灵敏度高，相互之间不存在干扰。

摘要： 本发明公开了一种PCR快速检测系统制备方法及PCR快速检测系统，涉及半导体和生物工程的技术领域。PCR快速检测系统制备方法包括以下步骤：提供或制备生物芯片；在所述生物芯片表面沉积金属层；提供或制备具有发光阵列的发光芯片；提供或制备用于与所述发光芯片电性连接的驱动芯片；及将所述发光芯片与所述驱动芯片键合，再将所述生物芯片设有所述金属层的一侧键合于所述发光芯片，以得到所述PCR快速检测系统；所述发光芯片发出的光能够照射于所述金属层，从而改变所述金属层的温度。本发明解决了现有技术中的PCR快速检测系统加热效率较低的技术问题。

摘要： 本发明公开了一种用于PCR检测仪快速恒温的控制方法、控制装置和PCR检测仪，所述的用于PCR检测仪快速恒温的控制方法中的全程运行积分分离法，当输出量0

摘要： 本发明公开了检测山杨基因组的PCR特异性引物以及PCR检测方法。本发明基于银白杨、新疆杨、响叶杨和山杨的基因组，通过全基因组序列比对分析发现基因组中具有较大差异的片段，并据此设计每种杨树特异引物，从中筛选出能够将山杨基因组与其它杨树基因组进行准确区分的特异性引物。本发明进一步提供了应用该特异性引物建立快速区分山杨与其他杨属树种的PCR检测方法。本发明方法可以快速区分山杨与其他杨属树种，采用PCR检测方法操作方便，带型简单，不需要测序直接通过扩增片段即可区分出山杨特异基因组片段，在杨树种植资源分类、利用及杂交种的鉴定方面具有应用前景。

摘要： 本发明公开了检测响叶杨基因组的PCR特异性引物以及PCR检测方法。本发明基于银白杨、新疆杨、响叶杨和山杨的基因组，通过全基因组序列比对分析发现基因组中具有较大差异的片段并据此设计每种杨树特异引物，最终筛选出能够将响叶杨基因组与其它杨树基因组准确区分的特异性引物。本发明进一步提供了应用该特异性引物建立快速区分响叶杨与其他杨属树种的PCR检测方法以及PCR检测试剂盒。本发明可以快速区分响叶杨与其他杨属树种，操作方便，带型简单，不需要测序直接通过扩增片段即可区分出响叶杨特异基因组片段，在杨树种植资源分类、利用及杂交种的鉴定方面具有应用前景。