全外显子测序

摘要： 背景:盘状半月板是一种半月板形态学改变,至今发病机制不明,目前尚无关于盘状半月板的基因组学研究。目的:通过外显子测序结合生物信息学分析筛选盘状半月板可疑致病基因。方法:提取7例盘状半月板患者的外周血DNA,分别建库后进行全外显子测序,测序数据与公共基因组数据库对比筛选变异位点,并进行可疑致病突变注释及解读。结果与结论:①7例患者共筛选出变异位点6943个,其中错义突变3620个,同义突变732个,剪接位点附近的突变488个,剪接位点突变45个,外显子重复20个,外显子缺失84个,非移码突变136个,截断突变54个,延长突变5个,起始位点突变8个;②基于共有突变基因和公共基因数据库筛选出可疑致病基因6个,分别为PADI4、FLNB、SYNE1、COL11A2、COL2A1、MYO9A,包含变异位点15个,结合突变频率数据库、蛋白危害性分析结果和国内外相关研究确定盘状半月板可疑基因为PADI4、FLNB、SYNE1、COL11A2、COL2A1。

摘要： 患者,男,41岁.躯干、双侧大腿上部散在触痛性结节、斑块54天.发病前有大腿外伤史及河水接触史.皮肤组织病理检查示:真皮深部感染性肉芽肿改变.细菌培养及菌落DNA PCR测序示偶发分枝杆菌.患者行全外显子测序未发现免疫、感染相关突变,综上诊断为偶发分枝杆菌感染性肉芽肿.给予左氧氟沙星、克拉霉素、脓肿切开、穿刺引流等,病情好转.

摘要： 目的:探讨JAK2基因V617F突变致儿童原发性血小板增多症(ET)的临床特征及基因突变特点。方法:回顾性分析1例JAK2基因V617F突变致ET患儿的临床资料和全外显子测序(WES)结果,并进行文献复习,总结JAK2基因V617F突变致ET患儿的临床特征。结果:WES结果显示JAK2基因第14外显子V617F体细胞突变,突变丰度为28%,患儿父母未见该突变。该位点已被报道与真性红细胞增多(PV)、血小板增多症3型、Budd⁃Chiari综合征、急性髓性白血病相关,结合患儿临床表现,确诊为ET。结论:对临床表现为血小板增多患者可进行基因检测以明确诊断。

摘要： 目的通过全外显子测序对家族性扩张型心肌病(DCM)一家系进行基因检测分析。方法收集2例家族性DCM家系患者及10例健康对照者,采集患者及对照者静脉血,通过全外显子测序法筛选DCM突变基因位点,通过dbSNP数据库、Mutation taster、CADD、NCBI ClinVar和美国医学遗传学与基因组学学会(ACMG)数据库对突变基因位点的致病性进行验证。采集患者三代(同辈、父辈及子辈)家系成员的静脉血进行Sanger测序,观察家系中突变基因携带情况。结果全外显子测序显示,2例患者肌联蛋白(TTN)基因在染色体chr2:179434142位置均发生碱基C变为碱基T的杂合型无义突变,10例健康对照者均无此变异;Mutation taster预测该位点变异为致病性突变,CADD预测该变异为高蛋白危害性,ClinVar数据库中收录该位点为致病性位点,ACMG将该变异判定为致病性变异;该家系中另有4名成员携带此位点突变。结论TTN基因chr2:179434142位点杂合突变为该家系DCM的致病位点,此位点突变为不完全外显突变,基因突变携带者发病年龄较晚,发病后病情稳定。

摘要： 目的研究KNTC1基因rs7968222位点突变与无精子症发病风险的关系。方法以2019年11月至2021年5月来新疆佳音医院就诊的男性作为研究对象,所有研究对象均进行全外显子检测。选取208例研究对象为筛选人群,包括无精子症患者97例(实验组)和111例精液检测正常的男性个体(对照组),通过对单核苷酸多态性(SNP)位点突变频率的显著性分析找到候选基因位点rs7968222,然后以881例男性样本(包括无精子症组68例、少精子症组57例和正常组756例)作为验证人群对候选基因位点进行验证,分析候选基因在不同精液状况和不同民族中的分布情况以及对激素分泌的影响。结果在筛选实验中发现候选基因KNTC1(rs7968222)在实验组发生突变的共12人(12/97),对照组中未发现(0/111)。验证实验结果显示,KNTC1(rs7968222)基因突变在无精子症人群的携带率(11.76%,8/68)显著高于正常人群(4.63%,35/756)(P<0.05);验证人群中不同民族比较发现,在维吾尔族人群中rs7968222突变的携带率(15.38%,30/195)显著高于汉族人群(0.52%,3/572)(P<0.01);与激素异常率相关分析显示,携带KNTC1(rs7968222)基因突变人群的卵泡刺激素(FSH)水平异常率显著高于不携带人群(11.11%vs.3.11%,P<0.01)。经GeneCard数据库验证显示,KNTC1基因与有丝分裂和减数分裂相关,在睾丸组织和精原细胞中表达量最高。结论KNTC1基因rs7968222位点突变具有民族异质性,其可能是新疆地区部分无精子症患者的遗传易感因素之一。

摘要： 目的筛选与完全受精失败相关的基因,探讨完全受精失败的分子机制。方法对64对IVF完全受精失败夫妇(实验组)和157对IVF受精正常夫妇(对照组)进行全外显子测序,AdapterRemoval软件对测序结果进行处理,采用Sentieon软件的Haplotyper算法进行单核苷酸多态性(SNP)检测,根据不同分组SNP位点的突变频率,采用R语言chisq.test(data)命令进行卡方检验(chi-square test),分析找到完全受精失败相关的候选基因,使用公共数据库对候选基因的功能进行分析。结果在女性和男性群体中分别获得148和120个与完全受精失败相关的候选基因,分别含有164和132个突变位点。经基因显著性分析及数据库功能验证,在女性群体中筛选到与完全受精失败相关的PLCG1基因(rs2228246),实验组的突变率[6.15%(4/64)]显著高于对照组(0/157)(P<0.05)。在男性群体中发现与完全受精失败相关的KIF2B(rs76337756)和KIF4B(rs10056252)基因,实验组中突变率为4.61%(3/64),显著高于对照组(0/157)(P<0.05)。结论在IVF完全受精失败夫妇中筛选到PLCG1、KIF2B和KIF4B基因,这为后期探究完全受精失败过程中的分子机制奠定基础。

摘要： 目的探讨巢蛋白(NES)基因单核苷酸多态性(SNP)位点rs951781对食管癌进展和预后的影响。方法对来自高发地区医院的199例食管癌患者的癌组织和癌旁配对组织,采用全外显子测序(WES)方法检测NES-rs951781基因SNP,比较不同SNP型(野生型纯合子CC型、突变型杂合子CT和突变型纯合子TT)分布频率,并用K-M曲线比较不同SNP型患者的生存期,用表达数量性状基因座(eQTL)技术对其进行功能注释。结果NES-rs951781存在SNP,野生型纯合子CC型占79.40%,突变型杂合子CT型占18.60%,突变型纯合子TT型占2.01%;野生型纯合子CC型的0.5、1、1.5 a生存率(87.97%、71.52%、58.23%)均低于突变型纯合子TT型。NES-rs951781对β-肌动蛋白(ACTB)的转录表达水平有trans-eQTL作用,使ACTB蛋白表达下调(beta=-0.43)。结论NES-rs951781位点TT基因型患者生存最好;NES-rs951781可能通过下调ACTB蛋白表达影响食管癌的发生发展。

摘要： 目的通过基因检测及遗传学分析对1例超声提示小下颌合并外耳异常胎儿进行产前诊断。方法采集孕妇临床病例资料及羊水标本,应用多重定量荧光PCR(quantitative fluorescence PCR,QFPCR)、染色体核型分析、染色体微阵列(chromosome microarray analysis,CMA)及全外显子测序(whole exon sequencing,WES)技术对羊水标本进行检测。结果QF-PCR、染色体核型分析、CMA结果均正常,WES结果提示胎儿TCOF1基因存在一新发杂合缺失突变(c.928-c.931del:p:T310fs)。结论本例胎儿TCOF1基因缺失突变为致病性变异,可导致Treacher Collins综合征,超声异常结合WES可以指导产前诊断。

摘要： 目的通过对一个房间隔缺损先证者的四代家系进行致病突变筛查,利用全外显子测序及Sanger测序等分析基因型和表型之间的关系。方法回顾性分析在云南省第一人民医院心脏大血管外科就诊的1例房间隔缺损患儿的临床资料,并采用全外显子测序技术对患儿及其弟弟、母亲进行遗传学检测,结合生物信息学分析,寻找导致该家系致病的遗传学病因。同时,对在该家系中发现的尾型同源盒基因4(Caudal Homebox Gene,CDX4)基因变异,进行散发ASD患者及健康人群的筛查。结果患儿心脏超声结果及术中所见符合ASD诊断。基因检测提示患儿存在CDX4基因c.C233T纯合变异,其母亲携带该基因的杂合变异,其弟弟携带该基因纯合变异。CDX4基因第1外显子第233号密码子由C突变为T(c.C233T),导致第78号氨基酸由脯氨酸变为亮氨酸(p.P78L)。在198例散发性房间隔缺损患者中,5例患者存在该基因变异,而265例健康人群中未发现该基因变异。采用Fischer精确检验分析发现CDX4基因c.C233T纯合变异与先天性心脏病相关(P=0.014)。结论CDX4基因c.C233T(p.P78L)纯合突变很可能是该家系的致病变异。

摘要： 随着高通量测序技术的不断发展,全外显子测序技术在产前诊断中的应用逐渐普遍。全外显子测序是利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并聚集后进行高通量测序,分析解读后找到致病变异或与疾病相关新基因的分析方法,具有检测范围广、检出率高、检测性价比高的优点。全外显子组测序技术将围产儿遗传缺陷疾病的研究深入到基因层面,把临床表型扩展至胎儿期,增加了与胎儿发育密切相关基因的认识;在临床上提高疾病检出率的同时改善妊娠的临床管理,能够更好地向受影响家庭提供生殖决策。虽然全外显子组测序技术的应用非常广泛,但是在产前诊断的临床实践中也面临着多方面的挑战,如把握适当的临床适应证、有效的遗传咨询以及技术本身存在的局限性等。因此,本文主要针对全外显子测序技术目前在产前诊断的应用情况进行综述,并对其今后发展进行展望。

摘要： 2017年11月我院收入一名临床病因诊断不清的胆汁淤积症患儿,应用全外显子测序技术行基因检测,以明确病因的诊断.

摘要： 本发明提供一种全外显子组测序注释表自动生成标准化报告方法，包括读取所述全外显子组测序注释表，提取先证者及其父母的变异信息、变异位点的信息；调取基因‑疾病数据库，依据字段验证策略进行逻辑判断，根据判断结果依照第一输出条件、第二输出条件、第三输出条件、第四输出条件、第五输出条件在检测结果简述、基因突变结果、建议与解释、其他建议、基因变异的解释部分输出内容；如有1‑4级SNV变异，则生成对应图表模板，根据表格文件信息填写实验号；如有5级SNV变异，输出5级SNV附表，判断是否存在5级CNV变异，是则在5级SNV附表后追加生成5级CNV变异简表作为最终报告附表输出。本发明能够实现变异筛选后报告的一键生成。

摘要： 人tau蛋白外显子2、外显子3、外显子10多克隆抗体。属于传染病诊断与研究领域。因外显子自身表达蛋白后相对分子质量较小，均为3KD，难于分离和纯化，同时难以保证其免疫原性。针对上述问题，申请人在表达和免疫时采用融合了谷胱甘肽巯基转移酶(GST)蛋白。而在后期的抗体纯化过程中，采用亲和层析法成功地将GST抗体组分除掉，从而获得了特异性强、效价高的鼠源和兔源的抗人tau蛋白外显子2、外显子3、外显子10的多克隆抗体。为进行tau蛋白在神经退行性疾病中的作用研究及不同tau蛋白异构体分布和对疾病的作用机制研究提供了基础。本发明中的抗体可制成试剂盒，用于疾病的诊断。

摘要： 本发明提供一种全外显子组测序注释表自动生成标准化报告方法，包括读取所述全外显子组测序注释表，提取先证者及其父母的变异信息、变异位点的信息；调取基因‑疾病数据库，依据字段验证策略进行逻辑判断，根据判断结果依照第一输出条件、第二输出条件、第三输出条件、第四输出条件、第五输出条件在检测结果简述、基因突变结果、建议与解释、其他建议、基因变异的解释部分输出内容；如有1‑4级SNV变异，则生成对应图表模板，根据表格文件信息填写实验号；如有5级SNV变异，输出5级SNV附表，判断是否存在5级CNV变异，是则在5级SNV附表后追加生成5级CNV变异简表作为最终报告附表输出。本发明能够实现变异筛选后报告的一键生成。

摘要： 本发明涉及分子诊断技术领域，具体涉及BRCA全外显子基因突变检测用组合物、试剂盒、测序文库构建方法。本发明组合物中特异性扩增引物对靶向区域包括全部编码区；外显子和内含子交界处±20bp；5UTR区：2号外显子全长+1号内含子至少20bp；3UTR区：终止密码子之后至少20bp；所有转录本的编码区的并集；以人基因组DNA为模板扩增获得的扩增子长度范围为120bp‑200bp，能够靶向捕获小片段DNA模板，应用在FFPE样本提取的DNA模板，提高模板利用率。

摘要： 本发明提供一种用于TERT基因全外显子二代测序的多重PCR引物组合物、试剂及控制系统。其中用于TERT基因全外显子二代测序的多重PCR引物组合物包括SEQ ID NO:01至SEQ ID NO:50所示的引物。本发明提供的所述用于TERT基因全外显子二代测序的多重PCR引物组合物、试剂及控制系统，解决了以下现有的技术问题:1.现有技术主要检测TERT基因启动子的点突变，检测范围有限；2.实时荧光定量PCR检测、基因芯片只能检测已知位点；3.Sanger测序检验长度小于800bp的范围；4.检测多个位点时操作繁琐、费用高；5.不能检测低频突变。

摘要： 本发明公开了一种利用全外显子测序检测单基因遗传病的方法，包括如下步骤：S1、基因组DNA提取：采用试剂盒及标准DNA提取方法提取基因组DNA；S2、基因捕获：基因组DNA经DNA切割仪切割、末端修复、接头连接、PCR扩增、杂交捕获；S3、测序：高通量测序采用Illumina HiSeq平台进行全外显子测序；S4、数据分析：分析测序结果，包括测序深度、测序长度、测序总量；S5、筛选：使用数据库进行已知或疑似致病突变筛选；S6、检测结果解读：选用人类表型标准术语或人类在线孟德尔遗传数据库术语筛选致病基因。所述方法可以进行单基因遗传病诊断，快速明确病因，对于疾病的临床诊断和治疗具有重要意义。

摘要： 本发明公开了一种利用全外显子测序检测肝细胞癌的方法，包括如下步骤：S1、肝癌细胞基因组DNA提取：采用试剂盒及标准DNA提取方法提取基因组DNA；S2、基因捕获：基因组DNA经超声处理打断、末端修复、接头连接、杂交捕获、PCR扩增；S3、测序：高通量测序采用Illumina Solexa平台进行全外显子测序；S4、数据分析：对数据进行标准信息分析，同时对数据进行质控检测；S5、筛选：将所得数据与数据库进行比对，得到高可性、高质量SNP、Indel；S6、结果生物信息分析：确定相应基因片段的突变位置及突变类型，并进行生物学分析。所述方法可以便于进行肝细胞癌诊断，利于后续肝细胞癌信号机制研究。

摘要： 本发明提供了一种基于多样本全外显子测序的变异过滤方法，属于二代测序变异分析技术领域。本发明包括构建变异黑名单、过滤低质量和高频变异、根据黑名单进行变异过滤、变异注释和按样本拆分等步骤。本发明在不依赖其他数据库和变异注释软件的前提下，运行一次bcftools过滤命令，即可过滤掉频繁出现的假阳性位点以及多态性变异位点，充分利用样本数据自身的质量和频率信息，显著降低了下一步分析过程中需要分析的无效位点个数。本发明减少了计算机的资源的消耗，缩短了运行时间，在过滤掉良性和高频变异的同时，避免出现假阴性的致病变异位点。

摘要： 本发明提供了一种全外显子测序数据的处理方法、处理系统及一种检测短串联重复疾病相关异常扩增的系统。本发明通过WES测序数据中实际样本真实覆盖度情况定义样本可检测的STR相关基因，比使用WES探针bed区域/bed+flanking区域的是否重叠来评估更准确。本发明提供的全外显子测序数据的处理方法受不同的算法、不同的测序平台、不同的探针、不同的比对软件影响较小，得到的数据结果较为准确。

摘要： 本发明属于全外显子测序技术领域，公开了一种基于全外显子测序技术的主动脉血管识别系统及方法，基于全外显子测序技术的主动脉血管识别系统包括：血压采集模块、心率采集模块、动脉图像采集模块、中央控制模块、DNA提取模块、DNA测序模块、筛选模块、识别模块、分析模块、终端模块、数据存储模块、无线通信模块、显示模块。本发明通过获取增强灌注成像PWI第M期各个断层的脑组织标识矩阵Mask，并基于所述Mask从所述各个断层中确定目标断层，然后基于所述目标断层确定候选血管，进而从所述候选血管中确定主动脉血管，可以实现准确的识别主动脉血管；通过分析模块有利于主动脉夹层图像分析诊断和测量的自动化和快速化。