Sanger测序

摘要： 目的对1例疑诊德朗热综合征(Cd LS)患儿进行致病基因变异检测,明确其发病原因。方法提取患儿及其父母外周血,使用全血DNA提取试剂盒提取DNA,应用高通量测序法检测相关基因突变,使用GATK软件进行多态性位点检测,查找变异位点在各基因数据库中的频率和致病性,筛选数据库中频率 A(p.R154Q)杂合错义变异,该变异为新发变异,且为未报道过的新变异。经家系验证分析,患儿父亲该位点为杂合突变,患儿母亲该位点无变异。生物信息学蛋白功能综合性预测软件REVEL预测结果为潜在有害,SIFT、Poly Phen2、Mutation Taster、GERP预测结果均为有害。经Sanger测序验证,该变异存在于患儿及患儿父亲,c.461G> A可导致编码蛋白第154位精氨酸替代为谷氨酰胺(p.R154Q)。结论 NIPBL基因c461G> A(p.R154Q)错义变异可能是该例Cd LS患儿的发病原因,新变异的检出丰富了NIPBL基因变异谱。

摘要： 目的研究一个非综合征型聋家系的致病基因突变。方法通过家系调查、临床检查和遗传学特征分析,对一个非综合征型聋家系的临床表型及致病原因进行分析,提取家系成员的外周血DNA,应用遗传性耳聋基因芯片结合耳聋基因靶向测序筛选致病基因,然后利用Sanger测序对发现的致病基因位点进行验证,分析该突变位点在各物种中的保守性及该突变位点所在的结构域;通过Swiss model工具进行同源建模模拟蛋白质的三维结构,观察MITF基因突变前后对蛋白功能的影响;利用蛋白功能预测软件REVEL进行变异致病性的预测。结果该家系包含3代15人,先证者(Ⅲ-4)、姐姐(Ⅲ-3)、母亲(Ⅱ-4)及外婆(Ⅰ-4)4人被诊断为先天性双侧感音神经性聋,未发现皮肤毛发色素改变、虹膜异色、内眦间距异常、上肢异常、巨结肠等;父亲(Ⅱ-3)及其他家属(Ⅱ-5)表型正常。9项遗传性耳聋基因芯片筛查未发现致病突变;耳聋基因靶向测序结果显示先证者携带MITF基因的一个单杂合变异MITFc.730G>A(p.Gly244Arg,NM_000248),Sanger测序结果验证了先证者(Ⅲ-4)、患者Ⅰ-4、Ⅱ-4、Ⅲ-3的MITF基因c.730G>A(p.Gly244Arg,NM_000248)突变,变异来源于母亲,父亲未发现该位点的变异;该变异为杂合错义突变,在各物种中高度保守并位于bHLH-Zip结构域。Swiss model预测的蛋白质三维结构图显示,该位点突变可能通过影响MITF基因与非特异性DNA的结合从而影响该蛋白质的功能。REVEL分析结果为D(预测为有害),提示可能为一个潜在的致病位点。结论MITF基因c.730G>A(p.Gly244Arg,NM_000248)位点可能为该非综合征型聋家系的致病突变。

摘要： 目的 探讨WNT10A基因突变重度先天缺牙(恒牙先天缺失数目≥6)患者的临床表型及其相关种植修复治疗预后情况。方法 对在临床收集到的先天缺牙患者进行口内检查、遗传病史采集和全外显子测序,筛查并纳入WNT10A基因出现突变的患者。对先证者及其家系成员进行Sanger测序后与正常人群的WNT10A基因序列进行比对。利用基因突变功能预测、基因保守性分析和蛋白结构预测分析来评估患者WNT10A基因突变的致病性,并对缺牙患者进行相关种植修复治疗。结果 在6例无血缘关系的重度先天缺牙患者中共检测到5个WNT10A基因突变,其中c.26G>A(p.Trp9X)和c.1036delT(p.Cys346fs)为新检出突变。突变功能预测的结果显示这些突变表现出一定程度的致病性。患者平均缺牙数目为(15.33±8.64)颗,其中上颌尖牙缺失率最高(100%),下颌第一磨牙缺失率最低(25%)。对患者采取种植修复,种植体获得了良好的骨结合,患者口腔功能得到了恢复。结论 本研究丰富了重度先天缺牙患者的WNT10A基因突变谱,为遗传诊断和产前咨询提供了新的证据。同时,种植修复可有效恢复这类患者缺牙及口颌功能。

摘要： 目的应用全外显子组测序对1例遗传性肺囊肿家系进行遗传基因研究。方法遴选出2018年8月—2021年8月我科临床上发现的具有家族聚集现象的肺囊肿家系,对家系成员进行全外显子组测序确定候选基因,并通过生物信息分析、遗传变异解读及Sanger测序验证分析该基因的致病性。结果共纳入1例肺囊肿家系,在家系先证者检出FLCN基因c.1579_1580insA位点变异,对其阳性家系成员采用Sanger测序验证,同样检出相同基因变异,经生物信息学分析及ACMG指南致病性评级显示检出变异可分类为致病性的基因变异。结论该家系肺囊肿的病因为FLCN基因c.1579_1580insA位点变异;应用全外显子组测序能够快速发现罕见遗传疾病的致病基因,建议临床上若出现不明原因肺囊肿,应进行全外显子组测序检测以明确是否存在遗传因素,从而进一步辅助临床诊断,研究为后期肺囊肿的临床诊疗指南的制定提供了借鉴内容。

摘要： 目的 探讨一例3M综合征合并Netherton综合征胎儿的基因诊断及索源过程。方法 胎儿27周行脐静脉穿刺术,脐血及其父母血液提取gDNA,进行家系全外显子组测序,对发现的基因变异位点进行Sanger测序验证。结果 超声影像检查提示胎儿特殊面容、生长发育迟缓。胎儿CUL7基因存在复合杂合致病变异,变异1:c.3291_3294delTCAC(p.His1098Cysfs*42)杂合变异,父亲野生型,母亲杂合型;变异2:c.4717C>T(p.Arg1573*)杂合变异,父亲杂合型,母亲野生型,符合3M综合征Ⅰ型基因型。胎儿SPINK5基因存在复合杂合变异,变异1:c.2474_2475delAG(p.Glu825Glyfs*2)杂合致病变异,父亲杂合型,母亲野生型;变异2:c.2870delT(p.Leu957Gln*46)杂合变异,可能致病,父亲野生型,母亲杂合型,符合Netherton综合征基因型。结论 胎儿为3M综合征合并Netherton综合征,CUL7基因c.3291_3294delTCAC与SPINK5基因c.2870delT两个变异为首次报道。对超声影像筛查提示胎儿结构畸形推荐进行家系外显子组测序以早期明确诊断,实现优生优育。

摘要： 目的 探讨分子生物学技术在脊髓肌萎缩症(spinal muscular atrophy,SMA)产前筛查中的临床应用价值及产前诊断相关策略.方法 分析产前诊断中心就诊4568例样本作为研究对象,应用变性高效液相色谱分析技术(denaturing high performance liquid chromatography,DHPLC)进行运动神经元生存基因(survival motor neuron,SMN1/SMN2)拷贝数变异检测,应用Sanger测序技术进行SMN点突变检测.结果 ①4568例样本中3例SMA患者,2例SMN1外显子7/8纯合缺失,父母双方验证SMN1外显子7/8杂合缺失,拷贝数"1",典型SMA携带者;1例患者检测出SMN1外显子7/8杂合缺失,拷贝数"1",同时检出SMN1点突变变异位点p.Q164X,临床诊断为"1+1型"SMA患者;②126例SMA携带者,携带率约1/36,84例携带者SMN1外显子7/8拷贝数"1",31例携带者SMN1外显子7拷贝数"1",11例携带者SMN1外显子8拷贝数"1";③明确SMA先证者、携带者基因型基础上,对25对夫妇双方均为携带者胎儿孕18周行羊水穿刺行SMA产前诊断,3例胎儿SMN1外显子7/8纯合缺失(SMA患者);1例胎儿SMN1外显子7/8杂合缺失(SMA携带者).余胎儿检测未见SMN1拷贝数异常.Sanger测序1例胎儿携带p.Q164X点突变变异位点,余样本未见SMN异常.结论 研究应用DHPLC联合点突变测序检测SMA携带发病检测,充分证实检测手段在SMA等遗传性疾病检测中的重要价值;新报SMN致病突变位点p.Q164X,丰富中国人群SMA致病基因数据库;该数据获得河北地区人群SMN1拷贝数分布及发病频率数据,对监测、指导及防控中国人群SMA发病及产前诊断有重要价值.单基因疾病携带者筛查是产前诊断基础,明确携带者变异类型及可能致病位点,选择准确分子手段靶向进行产前诊断胎儿发病检测,减少家庭及社会经济负担同时减少患者及家属的心理负担.

摘要： 目的:探讨高通量测序技术在非小细胞肺癌驱动基因检测中的应用.方法:应用Ion Torrent高通量测序平台,检测150例非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)患者EGFR、KRAS、BRAF、NRAS、Her-2和PIK3CA基因突变,并利用Sanger测序法和微滴式数字PCR(droplet digital PCR, ddPCR)法检测150例NSCLC患者EGFR基因突变,对结果进行对比分析.结果:EGFR、KRAS、BRAF、NRAS、Her-2和PIK3CA基因突变检出率分别为51.33％(77/150)、7.33％(11/150)、1.33％(2/150)、1.33％(2/150)、2.00％(3/150)和4.67％(7/150).57例标本未检出任何基因突变,84例标本检出单个驱动基因发生突变.9例标本检出2个及以上驱动基因发生突变.Sanger测序法检测EGFR基因突变,突变检出率为38.67％(58/150),与高通量测序法比较,差异有统计学意义(x2=4.862,P=0.027),高通量测序法的灵敏度为98.28％,特异度为78.26％.ddPCR法突变检出率为50.00％(75/150),与高通量测序法比较,差异无统计学意义(x2=0.053,P=0.818),阳性一致率为82.67％,阴性一致率为80.00％,总一致率为81.33％.结论:高通量测序法更适合应用于NSCLC诊疗,Sanger测序法和ddPCR法可作为有益的补充.

摘要： 目的 对3例Menkes病患儿家系的ATP7A 基因进行变异分析,明确其致病原因,为临床诊断提供依据.方法 应用二代测序(next-generation sequencing,NGS)对3个Menkes病家系的先证者进行Menkes病相关致病基因ATP7A 基因外显子检测,发现可疑致病位点后,应用Sanger测序对家系成员和200名正常个体进行变异位点的验证分析,应用多重连接探针扩增技术(multiple ligation-dependent probe amplification,MLPA)对家系成员和20名正常个体进行基因缺失变异验证分析.结果 3例Menkes病患儿家系均检出ATP7A 基因变异,例1 为c.1465A>T无义变异半合子,例2 为c.3039_3043del移码变异半合子,均为未报道过的新变异,例3 为第3?23 外显子缺失变异半合子,文献已有报道.根据美国医学遗传学与基因组学学会遗传变异分类标准与指南,ATP7A 基因c.1465A>T变异和c.3039-3043del 变异均判定为可能致病性变异(PVS1+PM2).结论 ATP7A 基因的变异可能为这3 例患儿的致病原因,基因检测结果为临床诊断提供了依据,新变异的检出丰富了 Menkes病的基因变异谱.

摘要： cqvip:遗传性主动脉疾病(heritable aortic disease,HAD)分为两大类,综合征型和非综合型,综合征型HAD里面比较常见的有马方综合征(Marfan syndrome,MFS)、洛伊-迪茨综合征(Loeys-Dietz syndrome,LDS)、埃莱尔-当洛综合征(Ehlers Danlos syndrome,EDS);非综合征型HAD主要是家族性胸主动脉瘤/夹层(hereditary thoracic aortic aneurysm and dissection,HTAAD)[1]。HAD通常以常染色体显性遗传方式遗传,发病形式既有散发病例也有家族聚集病例.

摘要： 目的 对一个智力障碍家系进行临床表征及基因变异分析,并探讨其发病的分子机制.方法 先证者因智力障碍于2019年12月就诊于漯河市中心医院,收集家系4人外周血,采用全外显子测序对先证者和家系成员进行致病基因变异筛查,选取有临床意义的变异位点;采用PCR反应和Sanger测序对变异位点进行验证分析,并结合有关数据库对变异位点进行分析.结果 全外显子测序结果筛查到ARX基因c.1162A＞G(p.Lys388Glu)与该家系患者表型共分离.Sanger测序结果与外显子组测序结果一致,母亲为该变异的携带者.该变异在健康人群中无突变频率报道,且多种生物信息学软件预测为有害突变,结合OMIM数据库表型分析,ARX基因c.1162A＞G (p.Lys388Glu)导致的表型与患者表型吻合.结论 A RX c.1162A＞G (p.Lys388Glu)可能是导致该家系患者智力障碍的原因,该变异在国内尚未见报道.

摘要： 文章介绍了Sanger测序的原理，阐述了其操作流程，并就操作中的注意事项进行了探讨，分析了常见测序峰图。

摘要： 文章介绍了Sanger测序的原理，阐述了其操作流程，并就操作中的注意事项进行了探讨，分析了常见测序峰图。

摘要： 文章介绍了Sanger测序的原理，阐述了其操作流程，并就操作中的注意事项进行了探讨，分析了常见测序峰图。

摘要： 文章介绍了Sanger测序的原理，阐述了其操作流程，并就操作中的注意事项进行了探讨，分析了常见测序峰图。

摘要： 本发明公开了一种Sanger测序峰图截取标识方法及实现该方法的系统、计算机设备及存储介质，所述方法包括如下步骤：读取测序文件和配置文件信息，基于所述测序文件导出碱基峰图和碱基序列；处理所述碱基峰图和碱基序列，识别延伸碱基信息；基于识别得到的延伸碱基信息截取并标识延伸碱基序列峰图。采用本发明的方法，可以满足对大量Sanger测序峰图结果进行截图标识处理的需要。

摘要： 本发明涉及分子生物学技术领域，公开了一种Sanger测序反应优化剂、应用该优化剂的测序反应体系及测序方法。按体积比计，本发明所提供的Sanger测序反应优化剂包含下述组份：BigDye 1份，dGTP-BigDye 0.2～1份，dGTP 0.1～1份和dCTP 0.1～1份。在Sanger测序反应中加入该种优化剂，应用于对常见的特殊DNA结构，例如发夹结构、高GC含量序列或重复序列等的测序中，可有效避免在测序过程中出现测序信号提前中断、信号减弱较快导致测序有效序列短、序列不准确等问题，从而能提供针对于复杂结构DNA的可靠、精准的测序结果。

摘要： 本发明提供了一种基于Sanger测序的黄热病毒全基因组测序方法、成套引物对和应用，涉及病毒检测技术领域。该方法包括提供黄热病毒的cDNA；然后使用成套引物对对黄热病毒的cDNA进行PCR扩增，得到位于黄热病毒全基因组中不同区域的片段，相邻片段之间含有用于拼接的重叠区域；各片段拼接后的全序列覆盖黄热病毒全基因组全长；使用Sanger双脱氧链终止法对PCR扩增产物进行测序，然后对测序序列进行拼接。该测序方法操作简单，测序结果准确度高，用于检测黄热病毒减毒活疫苗中的毒株可以从基因组的序列水平上保证毒株没有发生突变，毒性没有发生改变，进而确保了疫苗生产的安全性。

摘要： 本发明涉及基因测序的技术领域，特别是一种基于加尾引物设计的Sanger测序方法，包括如下步骤：(1)根据样本DNA选择特异性引物序列，之后在特异性引物序列的5’端加上通用引物序列得到加尾引物序列，根据加尾引物序列合成加尾引物；(2)使用加尾引物配制PCR扩增反应液，加入样本DNA，执行PCR扩增程序，得到PCR扩增产物；(3)PCR扩增产物进行纯化；(4)选择通用引物作为测序引物,对纯化的PCR扩增产物进行循环测序反应；(5)循环测序反应产物经过纯化、变性、上机测序得到样本DNA的序列，本发明通过通用序列和特异性序列引物的结合不仅可以节省Sanger测序的工作量，也可以降低引物加错的可能性。

摘要： 本发明提供了一种基于Sanger测序的结核分枝杆菌MLST分型检测用引物组及其应用，属于微生物基因分型技术领域。本发明以gyrA基因片段、rpoB基因片段、pks5基因片段、Rv2295基因片段、mbtF基因片段、leuB基因片段和embB基因片段串联构建MLST基因的系统发育树，能把25个不同来源的结核分枝杆菌样本全部区分开；同时采用上述各基因的引物对结核分枝杆菌样本进行PCR扩增，扩增的各基因片段通过与分型库比对，结果表明，所有检测样本均能够得到唯一的基因型和总的菌株ST型。说明该引物组达到对结核分枝杆菌准确分型的目的。因此，该引物组能够用于结核分枝杆菌MLST分型与溯源中。

摘要： 本发明提供一种用于Sanger法的测序反应产物的变性方法，所述方法包括：向96孔板中的用于Sanger测序技术的测序反应产物中加入去离子水或去离子甲酰胺，然后将96孔板置于振荡器上充分震荡，振荡后直接上机测序。本发明根据试剂HiDi的特性，利用实验室现有的仪器改为震荡后直接上机测序，减少了操作环节和高温导致的有害气体的产生，节省了操作时间以及不必要的人力物力的浪费。

摘要： 提供了一种用于Sanger测序的深度碱基识别器系统和相关方法。这些方法使用深度机器学习。使用深度学习模型，基于分析的迹线来确定扫描标签概率。训练神经网络学习最佳映射函数以使连接时序列分类(CTC)损失函数降至最低。CTC函数用于通过匹配目标序列和预测的扫描标签概率来计算损失。解码器生成具有最大概率的序列。使用前缀束搜索的碱基识别测位仪用于遍历CTC标签概率以查找扫描范围，然后针对每个被识别碱基的扫描范围内的峰值标签概率的位置。使用从CTC标签概率计算的特征向量作为QV查找表中的索引来确定质量值(QV)，以查找质量分数。

摘要： 本发明公开了一种Sanger测序峰图截取标识方法及实现该方法的系统、计算机设备及存储介质，所述方法包括如下步骤：读取测序文件和配置文件信息，基于所述测序文件导出碱基峰图和碱基序列；处理所述碱基峰图和碱基序列，识别延伸碱基信息；基于识别得到的延伸碱基信息截取并标识延伸碱基序列峰图。采用本发明的方法，可以满足对大量Sanger测序峰图结果进行截图标识处理的需要。

摘要： 本实用新型提供一种Sanger测序产物乙醇纯化试剂分装容器，包括容器和凸盖；材质为透明塑料；容器形成有用于储存试剂的长方体容积和顶部形成有多个用于移液器枪头吸液的孔道，若干个孔道中的多个孔道沿容器的长度方向布置，以形式一个孔道排；凸盖包括盖板和用于塞接于孔道的入口处的凸塞，盖板沿长度方向延伸，盖板的一板面对应孔道排凸设有多个凸塞，以通过凸盖盖合孔道排。本实用新型提供的Sanger测序产物乙醇纯化试剂分装容器，能通过容器对纯化过程中用到的试剂进行分装，同时配备多连凸盖，一次可以进行多孔加样，提高实验效率，并且可以减少污染。

摘要： 本发明涉及基因测序技术领域，具体涉及基于sanger测序的SMA检测方法，包括如下步骤，a、取待检测样本DNA，明确其SMN1基因第7号外显子第480号碱基染色体位；b、获取待检测样本DNA的SMN1基因第480号碱基位置前后的核苷酸序列；c、利用Primer Premier 5软件，针对步骤b中获得的核苷酸序列设计sanger引物组；d、对待检测样本DNA进行PCR扩增；e、对d的产物进行sanger测序，得到待检测样本DNA的SMN1基因第7号外显子第480号碱基C/T比值范围区间；f、将步骤e中的测序结果进行比对，以确定待检测样本是否为SMA携带者。本发明提供一种操作流程简便、检测成本低廉、无需凑样、检测周期短、检测结果准确度高。