焦磷酸测序

摘要： 目的 通过甲基化芯片筛选颈动脉内中膜增厚相关基因的异常甲基化位点,探讨颈动脉增厚人群的遗传基础,预期筛选新型表观遗传标志物。方法选取2016年5月-2016年7月于上海市奉贤区青村镇体检者28例,所有研究对象均进行问卷调查和体检且完成颈总动脉内中膜厚度(common carotid artery intima-media thickness,CCA-IMT)超声检测,根据CCA-IMT厚度分为颈动脉内中膜增厚组和对照组,同时收集研究对象一般资料,进行体格检查及生化指标检测,收集静脉血冻存备用。利用Illumina Infinium Methylation EPIC BeadChip (850K芯片)对8例颈动脉增厚患者和8例健康对照的外周血全基因组甲基化水平进行检测,利用数据库GO分析(Gene Ontology Analysis,GO)、京都基因与基因组百科全书通路分析(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)进行生物信息学分析,筛选DNA甲基化水平显著变化的基因CpG位点,并对目的区域进行焦磷酸测序验证,以期筛选出颈动脉内中膜增厚相关的DNA甲基化分子标志物。结果通过芯片数据筛选及GO/KEGG pathway功能富集分析,差异甲基化位点共19073个,具有甲基化差异的基因共311个(|Δβ|> 0.2,P<0.05),涉及生物过程的674个功能条目,分子功能的111个功能条目,细胞组分的131个功能条目。经焦磷酸测序验证,与颈动脉内中膜相关的候选基因溶酶体氨基酸载体蛋白(human member 9 of the solute carrier family,SLC38A9)、前蛋白转化酶枯草溶菌素2 (proprotein convertase subtilisin/kexin type 2,PCSK2)启动子区的CpG岛在颈动脉内中膜增厚患者较健康对照组甲基化程度显著降低(P<0.05)。结论上海农村地区颈动脉内中膜增厚人群与健康人群相比外周血全基因组呈现显著低甲基化,SLC38A9启动子区的cg00279662以及PCSK2启动子区的cg1 1048863可能是影响颈动脉内中膜厚度的DNA甲基化分子标志物。

摘要： 目的建立焦磷酸测序对药品中5种致病菌的快速鉴定方法。方法通过信息网站及专业设计软件设计引物,扩增后进行电泳与焦磷酸测序,测序结果与Genebank库相应基因序列进行比对。结果5种致病菌测序结果与Genebank库相应基因序列匹配率均在93%以上,均能得到良好的鉴定结果。结论焦磷酸测序方法可以实现对5种致病菌的快速鉴定,大大提高鉴定效率。

摘要： 目的 观察并分析脱氧胆酸在诱导小鼠肠炎过程中对肠道菌群及胆汁酸代谢的影响.方法 将20只C57BL/6J小鼠随机均分为脱氧胆酸组和对照组,脱氧胆酸组小鼠给予含0.2％脱氧胆酸饲料,对照组给予常规饲料,连续喂养24周.采用HE染色观察肠道组织炎症程度并作评分,采用焦磷酸测序法分析肠道菌群变化,超高效液相色谱-串联质谱联用技术(HPLC-MS)定量分析小鼠粪便中各级胆汁酸的含量,实时荧光定量PCR检测胆汁酸相关基因的转录情况.结果 脱氧胆酸组回肠末端和结肠病理组织学炎症评分显著高于对照组(均P＜0.05).与对照组相比,脱氧胆酸组粪便菌群多样性明显降低,厚壁菌门比例下降,梭菌属XIVa比例显著下降(均P＜ 0.05).脱氧胆酸组小鼠粪便中总胆汁酸、次级胆汁酸、非结合胆汁酸、牛磺-α-鼠胆酸浓度显著高于对照组(均P＜0.05).与对照组相比,脱氧胆酸组胆汁酸转运基因有机溶质转运蛋白β(Ost-β)、胆汁酸信号分子法尼醇受体(FXR)、成纤维细胞生长因子15(FGF15)表达均明显减少(均P＜0.05),而肝脏胆汁酸合成限速酶基因Cyp7a1、Cyp7b1和Cyp27a1表达明显增加(均P＜0.05).结论 脱氧胆酸能诱导小鼠肠炎发生发展,可能与其破坏肠道菌群平衡以及通过FXR-FGF15信号通路促进肝脏胆汁酸合成有关.

摘要： 目的 分析青少年2型糖尿病患者与健康人之间肠道菌群的比较.方法 选取2019年3月—2020年3月本院收治的20例青少年2型糖尿病患者作为观察组,另选取20例同期健康体检人员作为健康组.收集所有参与研究人员的当日粪便样品,提取细菌基因组DNA,利用细菌通用扩增引物分别实施PCR扩增随后实施克隆,在每个样本中选取30个阳性克隆,实施测序分析,将测序结果与数据库中数据进行对比鉴定,同时应对普雷沃氏菌属、双歧杆菌属以及拟杆菌属进行定量PCR.对比两组研究人员的菌种以及菌种数量.结果 观察组的拟杆菌属、普氏菌属、灵芝菌属以及双歧杆菌属均多于健康组,而普雷沃氏菌则少于健康组(P<0.05);观察组双歧杆菌以及拟杆菌的定量PCR水平高于健康组(P<0.05).结论 青少年2型糖尿病患者与健康人之间的肠道菌群存在一定的差异,可见青少年2型糖尿病患者肠道菌群失调,这与血糖有一定关系,通过对比肠道菌群的差异能够为调节肠道菌群改善糖代谢提供依据.

摘要： 目的 探讨6q24新生儿暂时性糖尿病(6q24-related transient neonatal diabetes mellitus,6q24-TNDM)的临床特征和分子遗传学特点.方法 回顾性分析2017年上海市儿童医院新生儿科收治的2例6q24-TNDM患儿的临床资料.采用焦磷酸测序方法,对6q24区域内甲基化差异修饰区域(differentially methylated region,DMR)中16个胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤二核苷酸(cytidine-phosphate-guanosine,CpG)位点的甲基化水平进行定量分析.结果 2例患儿均为男性,例1为5日龄,例2为11日龄,均为剖宫产娩出.例1胎龄37周+4,出生体重2 340 g;例2胎龄38周+2,出生体重2 600 g.2例均为小于胎龄儿,生后均因高血糖入院,体格检查见皮肤弹性略差,皮下脂肪偏少,入院时血糖分别为12.95和8.00 mmol/L,血胰岛素低于正常值(分别为＜1.39和3.94 pmol/L),C-肽低于正常值(分别为0.05和0.14 nmol/L),尿糖阳性,尿酮体阴性,血清抗谷氨酸脱羧酶抗体、抗胰岛素抗体、胰岛细胞抗体阴性,胰腺大小正常.皮下注射胰岛素2周余,2例患儿好转出院,分别在生后69和42 d停用胰岛素,糖尿病缓解.2例患儿产前诊断提示染色体核型正常,单核苷酸多态性芯片提示6号染色体单亲二体,入院后二代测序均未检测到明确的致病性点突变.使用焦磷酸测序发现患儿6q24区域DMR中16个CpG位点的甲基化水平均低于10％(健康对照儿童相应位点的甲基化水平约为40％),呈现明显的低甲基化.结论 对于出生时小于胎龄儿、高血糖时血胰岛素和C-肽水平低的TNDM患儿,采用焦磷酸测序技术对甲基化差异修饰区域中CpG位点的甲基化水平进行定量分析,可以对6q24-TNDM进行快捷直接诊断,有助于指导治疗和评估预后.

摘要： 目的 探查中国河南汉族个体与年龄相关的DNA甲基化位点,构建年龄推断模型,进行甲基化和年龄相关性分析.方法 采用焦磷酸测序法对ELOVL2、ClOrf132、KLF14、TRIM59和FHL2基因的34个CG位点进行甲基化分析,利用SPSS 23软件的多元回归方法建立模型,对甲基化和年龄相关性做分析.结果 除ClOrf132基因3个CG位点的甲基化水平与年龄呈负相关外,其余4个基因的31个CG位点甲基化水平均与年龄呈正相关.多元回归分析表明,年龄与CG位点的甲基化水平存在明显的线性关系,实际年龄与推断年龄偏差在5岁以内的准确度达80％以上.结论 本研究构建的河南汉族个体年龄推断模型,有助于通过检测血液等组织的DNA甲基化水平推断个体的年龄范围,具有法医学应用前景.

摘要： 目的 检验阿尔茨海默病(Alzheimer's disease,AD)、遗忘型轻度认知功能障碍(amnestic mild cognitive impairment,aMCI)、主观认知下降(subjective cognitive decline,SCD)患者和正常对照组多个基因的启动子DNA甲基化水平,并探讨是否可以作为SCD患者诊断的生物标志物.方法 使用亚硫酸氢盐焦磷酸测序检验31例AD患者,41例aMCI患者,57例SCD患者和57例健康对照外周血白细胞中脂肪酸酰胺水解酶(fatty acid amide hydrolase,FAAH),花生四烯酸5-脂氧合酶(arachidonate 5-lipoxygenase,ALOX5),CBFA2/RUNX1伴侣转录共抑制因子3(CBFA2/RUNX1 partner transcriptional co-repressor 3,CBFA2T3)和碱性螺旋-环-螺旋转录因子家族成员E23(basic helix-loop-helix family member e23,BHLHE23)基因启动子的DNA甲基化水平.结果 FAAH、ALOX5、CBFA2T3、BHLHE23基因在AD、aMCI、SCD患者外周血中的DNA甲基化水平与对照组相比,差异均无统计学意义(P>0.05).根据性别及载脂蛋白E(apolipoprotein E,APOE)基因型分层分析,各组间外周血中的DNA甲基化水平差异亦无统计学意义(P>0.05).结论 4个基因的异甲基化水平与AD、aMCI、SCD无关联.

摘要： 目的观察并分析脱氧胆酸在诱导小鼠肠炎过程中对肠道菌群及胆汁酸代谢的影响。方法将20只C57BL/6J小鼠随机均分为脱氧胆酸组和对照组,脱氧胆酸组小鼠给予含0.2%脱氧胆酸饲料,对照组给予常规饲料,连续喂养24周。采用HE染色观察肠道组织炎症程度并作评分,采用焦磷酸测序法分析肠道菌群变化,超高效液相色谱-串联质谱联用技术(HPLC-MS)定量分析小鼠粪便中各级胆汁酸的含量,实时荧光定量PCR检测胆汁酸相关基因的转录情况。结果脱氧胆酸组回肠末端和结肠病理组织学炎症评分显著高于对照组(均P<0.05)。与对照组相比,脱氧胆酸组粪便菌群多样性明显降低,厚壁菌门比例下降,梭菌属ⅩⅠⅤa比例显著下降(均P<0.05)。脱氧胆酸组小鼠粪便中总胆汁酸、次级胆汁酸、非结合胆汁酸、牛磺-α-鼠胆酸浓度显著高于对照组(均P<0.05)。与对照组相比,脱氧胆酸组胆汁酸转运基因有机溶质转运蛋白β(Ost-β)、胆汁酸信号分子法尼醇受体(FXR)、成纤维细胞生长因子15(FGF15)表达均明显减少(均P<0.05),而肝脏胆汁酸合成限速酶基因Cyp7a1、Cyp7b1和Cyp27a1表达明显增加(均P<0.05)。结论脱氧胆酸能诱导小鼠肠炎发生发展,可能与其破坏肠道菌群平衡以及通过FXR-FGF15信号通路促进肝脏胆汁酸合成有关。

摘要： 目的 针对唾液、精液、外周血,找到一组可用于区分不同体液的组织差异性甲基化位点,为确定案件现场提取的体液组织来源提供科学依据.方法 选取常见体液样本共49份,运用Illumina 850K甲基化芯片进行全基因组甲基化检测,筛选获得17个候选CpG位点;使用焦磷酸测序对55份样本进行测序,实际共检测了候选位点及其附近的位点共34个CpG位点.选择基于赤池信息量(AIC)的逐步条件多分类逻辑回归方法进行数据分析.结果 基于3个CpG位点(cg25373595、cg18121066、cg17283169)构建了多分类逻辑回归模型用于体液组织来源预测,分别位于RAP1GAP2,TBCD,CALML3基因上.该模型对精液来源预测的AUC、灵敏度和特异性均为1,对唾液和静脉血来源的预测AUC和灵敏度均为1,特异性分别为0.99和0.98.在独立的唾液、精液和静脉血3种体液共24份样本中对该预测模型进行验证,预测结果全部正确.结论 本文建立的基于3个CpG位点的体液组织来源鉴定方法可以实现唾液、精液和静脉血3种体液的有效区分,在法庭科学中具有潜在的应用价值.

摘要： [目的]本研究旨在分离黑头酸臭蚁Tapinoma melanocephalum基因组微卫星标记,确定这些微卫星位点的多态性.[方法]使用454 GS-FLX焦磷酸测序技术开发来自中国华南陆地和岛屿的11个黑头酸臭蚁地理种群基因组微卫星位点.从随机设计的100对微卫星引物中筛选出10对引物,用于确定黑头酸臭蚁4个地理种群[东澳岛(DAD)、荷包岛(HBD)、梅州(MZ)和山咀(SJ)]10个微卫星位点的多态性,分析种群遗传多样性和种群分化.[结果]从11个黑头酸臭蚁地理种群基因组中成功开发和分离10对微卫星引物.在DAD,HBD,MZ和SJ 4个地理种群中,10个微卫星位点中7个有高多态性,这10个位点均显著偏离Hardy-Weinberg平衡;每个位点的等位基因数量(A)是3.50～9.00个,每个地理种群每个位点等位基因丰富度(AR)在1.992～12.938之间.岛屿地理种群(DAD和HBD)的AR和预期杂合度(HE)与大陆地理种群(MZ和SJ)的相比差异不显著.4个地理种群均显示高水平遗传分化(FST =0.15969);HBD和MZ种群与其他配对地理种群相比,遗传分化较高(FST =0.185),基因流较低,说明这两个种群基因流被限制.此外,遗传变异来自种群内个体之间.[结论]筛选新的微卫星位点能够为研究黑头酸臭蚁种群结构和繁殖结构提供有效工具,以深入了解其传播机制.

摘要： 奶牛白细胞黏附缺陷症(bovine leukocyte adhesion deficiency,BLAD)是一种常染色体隐性、致死性、遗传性疾病,严重影响奶牛生产性能和奶牛场的经济效益.为建立快速可靠的BLAD检测方法,本试验根据GenBank中BLAD CD18序列设计引物,PCR扩增后纯化产物,构建A/A、A/G、A/A和G/G3种基因型标准质粒.用标准质粒建立焦磷酸测序检验方法.用建立的方法检测牛奶血液样品,其结果与Sanger测序结果进行比较,分析和验证检测结果的准确性.用建立的方法对300份奶牛血液样品进行检测,结果显示样品中A/A基因型检出294例,占总体比例的98％;A/G基因型检出6例,占总体比例的2％.随机抽取30份已检测样品进行Sanger测序,结果显示与焦磷酸测结果表明焦磷酸测序法检测BLAD,具有特意、灵敏、快速的特点,其检测结果准确可靠,适合于试剂盒的研发及应用于BLAD的临床诊断.

摘要： 为适应口岸施马伦贝格病快速、准确、高通量检测需求,建立一种基于RT-PCR及焦磷酸测序技术平台的施马伦贝格病检测方法.本研究针对施马伦贝格病毒基因组RNA的S、M和L三个基因节段保守区域利用焦磷酸测序软件PyroMark Q96ID分别设计RT-PCR扩增引物及焦磷酸测序引物,以人工合成的SBV重组质粒为模板分别建立了SBV S、M、L基因的PCR-焦磷酸测序检测方法,比较三基因的PCR扩增结果以及测序分析结果,结合特异性检测结果,最终确定以M基因作为靶基因建立的焦磷酸测序检测方法效果最好,并以德国FLI提供的SBV(BH80株)RNA对所建立的方法进行验证,通过对测得序列的比对分析可确定为施马伦贝格病毒,这表明本研究所建立的方法灵敏度高、稳定性好、特异性强,可以用于施马伦贝格病毒基因序列水平上的精准检测鉴定.

摘要： 目的:探讨一种快速、准确检测产超广谱β-内酰胺酶(ESBLs)革兰阴性菌的ESBLs基因分型方法。方法:双纸片法确定产ESBLs的临床分离菌,聚合酶链反应(PCR)法扩增ESBLs的SHV基因片段,用焦磷酸测序法对29株成都市区临床分离的产ESBLs肺炎克雷伯菌和大肠埃希菌进行SHV基因分型研究,检测SHV基因片段中编码35位氨基酸和编码43位氨基酸位点的基因多态性.同时,采用纸片扩散法(K-B法)进行药敏试验。结果:焦磷酸测序发现,本地区分离出的29株产ESBLs临床分离菌有21株扩增出SHV基因片段,且在43位氨基酸密码子均没有多态性,35位密码子有基因多态性,核苷酸由T突变为A,亮氨酸变为谷氨酰胺,突变发生率达到43％(9／21).29株产ESBLs的菌株对亚胺培南全部敏感;对头孢西丁,头孢吡肟,头孢他啶耐药率分别为:大肠埃希氏菌29.4％、11.8％、41.2％;肺炎克雷伯菌50％、8.3％、33.3％;对氨苄西林、哌拉西林、头孢唑林、头孢呋辛、左氧氟沙星和复方新诺明的耐药性较高,均达到75％以上,对其它药物均有不同程度的耐药性。结论:焦磷酸测序技术可快速对临床分离菌产生的ESBLs的耐药基因分型,具有准确、快速、实时和高通量等优点。

摘要： 流感病毒M2蛋白五个关键位点氨基酸残基(第26、27、30、31和34位)中的任何一个发生突变会导致抗流感病毒药物中金刚烷胺抗药性的产生。本研究利用焦磷酸测序技术对2004年-2008年国内分离的10株猪流感病毒进行了鉴定,并初步进行了抗药性分析。结果表明基于M2蛋白基因保守区序列建立的焦磷酸测序技术能用于国内猪流感病毒的快速检测,且具有较好的特异性和重复性。抗药性分析表明10株猪流感病毒国内分离株中5株H1N1分离株全部耐药,主要存在M2蛋白的V27T、V27I或S31N位点的突变,而4株H3N2和1株H9N2猪流感病毒分离株在M2蛋白5个关键位点上均未出现变异,表明其对金刚烷胺敏感。

摘要： 目的：健康人体各生境的微生物群落结构和组成对阐明健康与相关疾病的关系是至关重要的;然而,很少有报道健康中国成人各生境微生物群落的基线水平. 方法：取10例健康的浙江大学在校大学生的鼻咽拭子、唾液、利手皮肤拭子和粪便样本,针对细菌16S rRNA基因V3区,使用454焦磷酸测序,分析菌群多样性.参与者年龄在21-24岁之间,BMI＜24kg/m2. 结果：本研究共获取156,717条高质量的16S rRNA基因序列,代表29,887个种系型.细菌分类学分布结果显示这4个生境人体有着显著不同的微生态菌群结构,可根据解剖部位可分为不同的簇,而且菌群多样性变化也与各生境有关(粪便＞利手皮肤拭子＞唾液＞鼻咽部拭子).尽管存在着个体间差异,但是各个生境仍有大量特异性微生物存在,表明在每一个健康生境存在着核心微生物组. 结论：首次建立了具有相似生活环境的中国健康大学生4个生境的微生物群落的框架,可以用于更大规模的研究同年龄段年轻人健康与疾病间的关系.

摘要： 采用高通量454焦磷酸测序方法对宁波沿海2个重点排污口、8个一般排污口的20个站位水样进行分析，得到2011年3月、5月、8月、10月份各排污口假单胞菌属的分布情况。结果表明，宁波沿海陆源排污口中存在较多的假单胞菌属，其中维罗纳假单胞菌(Pseudomonas veronii)和莓实假单胞菌(Pseudomonas fragi)含量相对较多,分别占到了56.72％，13.904％；排污口中假单胞菌属的数量存在季节性差异，3月份、5月份假单胞菌的数量相对较多，8月份和10月份较少，推测与季节性温度变化有关；假单胞菌属的含量与排污口的主要污染物有关,氨氮含量较高的排污口假单胞菌属的含量更高。

摘要： 目的：污水中含有大量的致病细菌,病毒以及寄生虫等,这些污水排入海洋会对海洋生态环境以及海水养殖环境造成巨大的危害。对排污口微生物群落结构的组成进行研究分析，研究微生物群落结构的组成与排污口的关系可以揭示微生物群落结构与海水环境之间的关系，从微生物角度对污水以及养殖环境进行评价分析.方法：采用454焦磷酸测序的方法对宁波市沿海的5个陆源入海排污口在3,5、8、10四个月份的微生物群落结构的随时间以及空间的变化进行了测序分许,利用R软件采用统计分析的方法对不同排污口的微生物群落结构进行了研究分析.结果：454测序结果显示,5个排污口的20个样本共得到195,103条序列.α-多样性分析显示,生物多样性指数指数(H',D,J)较高;Proteobacteria、Bacteroidetes和Firmicutes是其中的主要类群.α- proteobacteria、β-proteobacteria.和γ-proteobacteria占所有变形菌总数的90％以上.在所研究排污口中,γ- proteobacteria中以Enterobacteraceae,Vibrionacea,Pseudomonadaceae,Salmonella,Yesinia,Vibrio,Pseudomonas aeruginosa.等为主.结论:排污口微生物群落结构组成复杂,不同排污口微生物群落结构以及组成差异较大.相同排污口在不同月份其差异也较为明显.Proteobacteria是其中的主要类群,其次为Bacteroidetes和Firmicutes.排污口中含有大量的致病细菌.

摘要： 目的:微生物群落结构的组成是非常复杂的,受多种外界因素的影响.为了研究工业排污口对对群落结构的影响,研究微生物群落结构的组成与排污口的关系.方法:宁波象山的一个工业排污口排污口进行采样分析,采用454焦磷酸测序的方法对在3,5、8、10四个月份的微生物群落结构进行了研究,利用R软件采用统计分析的方法对不同排污口的微生物群落结构进行了统计分析.同时对其中的细菌进行了分离和鉴定。结果：20个样本共得到125,746条序列.多样性分析显示,生物多样性指数指数(H',D,J)较高;Proteobacteria是其中的主要类群,其中α-proteobacteria、β-proteobacteria、和γ-proteobacteria占所有变形菌总数的96％以上.Bacteroidetes,Acidobacteria and Firmicutes在所研究排污口占所占比例也较大,而且在不同的月份其所占比例会有很大的不同.在工业类排污口中,分离得到了包括创伤弧菌、副溶血弧菌等在内的多株治病菌。结论:排污口微生物群落结构组成复杂,不同排污口微生物群落结构以及组成差异较大.相同排污口在不同月份其差异也较为明显.排污口中含有多株致病菌.

摘要： 目的:对不同亚型禽流感病毒对金刚烷胺的耐药性进行分析。rn 方法:流感病毒M2蛋白五个关键位点氨基酸残基(第26、27、30、31和34位)中的任何一个发生突变会导致抗流感病毒药物中金刚烷胺抗药性的产生。本研究利用焦磷酸测序技术对94株不同亚型禽流感病毒M基因金刚烷胺耐药性分子决定区进行了鉴定，并进行抗药性分析。rn 结果:94株禽流感病毒中有81株M2基因存在金刚烷胺耐药性的分子标签，其余的13株对金刚烷胺敏感。耐药性的分子标记存在V27I和S31N两种突变形式，其中绝大多数为S31N。rn 结论:绝大多数禽流感病毒对金刚烷胺具有耐药性。

摘要： 目的：研究慢性乙型肝炎(CHB)患者替比夫定(LdT)相关耐药的HBV聚合酶基因突变模式及临床特点。方法：回顾性分析在LdT治疗中发生病毒学突破及LdT‘耐药突变的15例HBeAg阳性CHB患者。HBV DNA检测采用核酸荧光定量聚合酶链反应(PCR)法: HBV血清标志物定量检测仪检测HBV血清标志物；采用全自动生化分析仪检测ALT水平；采用焦磷酸基因测序法检测HBV基因耐药位点；采用SPSS16.0统计学软件进行统计学分析。结果：共检出4个耐药位点，呈5种模式，分别为rtM204I(9例)、nM204I+rtL180M(3例)、rtM204I+rtV173L(1例)、rtM204I+rtV173L+rtL180M(1例)、nM204I+nV173L+rtA180V(1例)。治疗24周时患者血清HBV DNA均<1 04拷贝/mL，其中60％(9/15)的患者<103拷贝/mL；耐药突变发生于用药后40～111周，均未出现血清HBeAg转换。结论：rtM204I是LdT耐药的主要突变模式，在治疗24周后HBV DNA<103拷贝/ml的未出现HBeAg 血清学转换的患者，仍需关注其耐药突变。

摘要： 本发明提供了一种基于焦磷酸测序的DNA测序装置，包括样品区、反应区和检测区；样品区包括可旋转的分离盘，分离盘包括内部设有滤膜的过滤柱；反应区包括加样架、dNTP试剂槽和反应槽，加样架上固定设有多个加样针，加样架通过直线移动装置在dNTP试剂槽和反应槽之间做往复运动，加样架的中心设有转轴，转轴通过电机带动加样架转动，加样架通过升降装置沿转轴做升降运动；反应槽设有多个反应位，反应位延伸至检测区；检测区包括生物发光检测器和旋转台，生物发光检测器可拆卸的安装在旋转台上，旋转台通过电机带动生物发光检测器转动。本发明的基于焦磷酸测序的DNA测序装置具有操作简便、快速检测的优点。

摘要： 本发明公开了一种焦磷酸测序联合测序法检测酒精代谢基因的引物，属于生物检测技术领域，包括SEQIDNO.：1～4所示的扩增引物、SEQIDNO.：5～6所示的测序引物；其中SEQIDNO.：1和SEQIDNO.：3的5’端进行生物素标记，本发明还公开了上述引物在同时检测ALDH2基因SNP位点rs671和ADH1B基因SNP位点rs1229984多态性中的应用。与传统普通焦磷酸测序一次测序反应中只能检测一个SNP多态性相比，检测的通量更高，有效减少检测时间、人力和成本。同时，还具有检测结果准确、特异性好、灵敏度高、检测周期短、操作简单并能有效满足临床检验要求的优点。

摘要： 本发明提供了一种基于焦磷酸测序的DNA测序系统，包括样品区、反应区、检测区和控制区；所述样品区包括可旋转的分离盘，所述分离盘包括至少一个DNA分离区，所述分离区包括内部设有滤膜的中空的过滤柱，连有亲和连接体的DNA单链和未连接亲和连接体的DNA单链经所述滤膜过滤后分离；所述反应区包括加样部和样品槽，所述加样部包括dNTP试剂槽、加样针架和安装于其上的多个加样针；所述加样针架位于样品槽上；所述样品槽上设有多个槽位；所述检测区包括生物发光检测装置，所述槽位与生物发光检测装置连接；所述样品区、反应区和检测区通过控制区监测、控制。本发明的基于焦磷酸测序的DNA测序装置及系统具有操作简便、快速检测的优点。

摘要： 一种用于焦磷酸测序检测HBV拉米夫定耐药突变位点的PCR引物与测序引物。引物序列包括：上游引物：5′TATTCCCATCCCATCATC3′；下游引物：5′CCCAACWYCCAATTACATATCCC3′；测序引物sequencing primer1：5′GCTTTCGCAARATWCC3′；(用于检测rtV173L)sequencing primer 2：5′AGTGGGCCTCAGTCCGTTTC3′；(用于检测rtL180M，rtA181V/T)sequencing primer 3：5′CCAYTGTBTGGCTTTC3′(用于检测rtS202G/I，rtM204V/I)。

摘要： 本发明提供了一种用于年龄预测的方法，所述的方法中包括焦磷酸测序和随机森林回归分析，所述的随机森林回归分析模型使用R package random Forest构建，并采用正向选择法确定最佳的位点组合。本发明提供的方法仅需0.1ng模板DNA，可用于难度较高的法医血痕检材；整个过程可在10小时内完成；针对性别差异，分性别建立两个独立的年龄预测模型；仅使用3‑4个CpG位点，预测年龄的准确性可达到MAD＜3年。

摘要： 本发明提供了一种基于焦磷酸测序的DNA测序装置，包括样品区、反应区和检测区；样品区包括可旋转的分离盘，分离盘包括内部设有滤膜的过滤柱；反应区包括加样架、dNTP试剂槽和反应槽，加样架上固定设有多个加样针，加样架通过直线移动装置在dNTP试剂槽和反应槽之间做往复运动，加样架的中心设有转轴，转轴通过电机带动加样架转动，加样架通过升降装置沿转轴做升降运动；反应槽设有多个反应位，反应位延伸至检测区；检测区包括生物发光检测器和旋转台，生物发光检测器可拆卸的安装在旋转台上，旋转台通过电机带动生物发光检测器转动。本发明的基于焦磷酸测序的DNA测序装置具有操作简便、快速检测的优点。

摘要： 本发明公开了一种焦磷酸测序联合测序法检测酒精代谢基因的引物，属于生物检测技术领域，包括SEQ ID NO.1～4所示的扩增引物、SEQ ID NO.5～6所示的测序引物；其中SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.3的5’端进行生物素标记，本发明还公开了上述引物在同时检测ALDH2基因SNP位点rs671和ADH1B基因SNP位点rs1229984多态性中的应用。与传统普通焦磷酸测序一次测序反应中只能检测一个SNP多态性相比，检测的通量更高，有效减少检测时间、人力和成本。同时，还具有检测结果准确、特异性好、灵敏度高、检测周期短、操作简单并能有效满足临床检验要求的优点。

摘要： 本发明提供了一种基于焦磷酸测序的DNA测序系统，包括样品区、反应区、检测区和控制区；所述样品区包括可旋转的分离盘，所述分离盘包括至少一个DNA分离区，所述分离区包括内部设有滤膜的中空的过滤柱，连有亲和连接体的DNA单链和未连接亲和连接体的DNA单链经所述滤膜过滤后分离；所述反应区包括加样部和样品槽，所述加样部包括dNTP试剂槽、加样针架和安装于其上的多个加样针；所述加样针架位于样品槽上；所述样品槽上设有多个槽位；所述检测区包括生物发光检测装置，所述槽位与生物发光检测装置连接；所述样品区、反应区和检测区通过控制区监测、控制。本发明的基于焦磷酸测序的DNA测序装置及系统具有操作简便、快速检测的优点。

摘要： 一种用于焦磷酸测序检测HBV拉米夫定耐药突变位点的PCR引物与测序引物。引物序列包括：上游引物：5′TATTCCCATCCCATCATC3′下游引物：5′CCCAACWYCCAATTACATATCCC3′测序引物sequencing primer1：5′GCTTTCGCAARATWCC3′；(用于检测rtV173L)sequencing primer 2：5′AGTGGGCCTCAGTCCGTTTC3′；(用于检测rtL180M，rtA181V/T)sequencing primer 3：5′CCAYTGTBTGGCTTTC3′(用于检测rtS202G/I，rtM204V/I)。

摘要： 本发明提供了一种用于年龄预测的方法，所述的方法中包括焦磷酸测序和随机森林回归分析，所述的随机森林回归分析模型使用R package random Forest构建，并采用正向选择法确定最佳的位点组合。本发明提供的方法仅需0.1ng模板DNA，可用于难度较高的法医血痕检材；整个过程可在10小时内完成；针对性别差异，分性别建立两个独立的年龄预测模型；仅使用3‑4个CpG位点，预测年龄的准确性可达到MAD＜3年。