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D-loop区

D-loop区的相关文献在2002年到2022年内共计88篇,主要集中在畜牧、动物医学、狩猎、蚕、蜂、动物学、遗传学 等领域,其中期刊论文86篇、会议论文2篇、专利文献38860篇;相关期刊62种,包括西南民族大学学报(自然科学版)、常熟理工学院学报、生态学报等; 相关会议2种,包括第十四届全国家禽科学学术讨论会、2008年全国养羊生产与学术研讨会等;D-loop区的相关文献由408位作者贡献,包括唐修君、贾晓旭、陆俊贤等。

D-loop区—发文量

期刊论文>

论文:86 占比:0.22%

会议论文>

论文:2 占比:0.01%

专利文献>

论文:38860 占比:99.77%

总计:38948篇

D-loop区—发文趋势图

D-loop区

-研究学者

  • 唐修君
  • 贾晓旭
  • 陆俊贤
  • 高玉时
  • 葛庆联
  • 马志杰
  • 唐梦君
  • 樊艳凤
  • 钟金城
  • 陈生梅
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  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 李莹; 舒鼎铭; 何静怡; 罗威; 王艳; 陈鹏; 蔡曼珊; 刘天飞; 计坚; 罗成龙
    • 摘要: 基于mtDNA D-loop全序列分析广东3个地方鸡种的遗传多样性。利用PCR和测序技术获得清远麻鸡、阳山鸡和惠阳胡须鸡共98个个体mtDNA D-loop全序列,结合NCBI已收录的地方鸡种、红色原鸡和绿头鸭共33条序列综合分析。结果表明:广东3个地方鸡种mtDNA D-loop区全长1231~1232 bp,其A、C、G和T碱基含量分别为26.5%~26.7%、26.4%~26.6%、13.3%~13.4%和33.5%~33.6%,平均G+C含量39.8%,98个个体共检测到44个SNP位点,其中单一多态位点6个、简约信息位点38个,转换率81.82%大于颠换率22.22%;存在34种单倍型,单倍型多样度为0.659~0.953,核苷酸多样度为0.00128~0.00830;根据单倍型可分为A、B、C、D、E和H共6个世系,其中C(46.94%)和B(24.49%)为优势世系;29个鸡种进化分歧值分布在0.002~0.016之间,其中63.68%的鸡种分歧值小于0.01;131条序列综合分析获得51个单倍型,惠阳胡须鸡分布在Hap 24(57.5%)、Hap 27(10.0%)和Hap 3(7.5%);清远麻鸡与阳山鸡具有多个单倍型(大于10个)。系统发生树结果表明29个鸡种汇集在一个大类,惠阳胡须鸡集中分布在一个分支(C),清远麻鸡和阳山鸡分别分布在A~D分支和B~D分支。上述结果表明清远麻鸡和阳山鸡具有丰富的多样性并高于惠阳胡须鸡,除惠阳胡须鸡外可能有4个母系来源。
    • 苏少锋; 孟子琪; 王超; 赵俊利; 郝宸昉; 赵启南
    • 摘要: [目的]分析我国地方培育奶山羊品种与国外引进品种的遗传进化关系。[方法]以4个国内奶山羊品种(文登奶山羊、关中奶山羊、崂山奶山羊、雅安奶山羊)和3个新西兰引进奶山羊品种(阿尔卑斯奶山羊、吐根堡奶山羊、萨能奶山羊)为研究对象,采集33只个体的外周血样本,提取血液基因组DNA,利用PCR法扩增线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)D-loop区全长序列,对测序获得的序列进行生物信息学分析,探究不同奶山羊品种的遗传多样性及进化关系。[结果]7个品种奶山羊的mtDNA D-loop区中A、T碱基含量高于G、C碱基含量。共检测到82个多态位点,25个单一多态位点,55个简约信息位点。各品种单倍型多样度(Hd)范围为0.905~1.000,核苷酸多样度(Pi)范围为0.00151~0.01332;共存在26种单倍型,文登奶山羊和萨能奶山羊各有5个单倍型,阿尔卑斯奶山羊有4个单倍型,崂山奶山羊、吐根堡奶山羊、关中奶山羊、雅安奶山羊各有3个单倍型;各品种核苷酸平均差异数(KXY)范围为6.40000~38.45000,核苷酸歧异度(DXY)范围为0.00579~0.03476,遗传分化系数(GST)范围为0.00000~0.18605,遗传分化指数(FST)范围为0.23156~0.97152。品种间系统发育树表明,文登奶山羊和崂山奶山羊聚为一支;关中奶山羊与3种新西兰奶山羊遗传距离较近,从遗传学角度证实了关中奶山羊由国外奶山羊与地方品种经杂交选育而成;雅安奶山羊与其他品种遗传距离最远。[结论]中国奶山羊存在2个支系起源且未发现群体扩张;中国培育奶山羊品种含有较多的国外奶山羊血统;文登奶山羊与崂山奶山羊亲缘关系较近,雅安奶山羊在遗传进化中可能存在地域隔离。
    • 刘晓玮; 李瑞香; 王兴龙; 李晓
    • 摘要: 【目的】探究陕西林麝群体的遗传多样性,了解林麝的遗传信息。【方法】采集林麝毛发提取DNA,测定43只林麝个体的线粒体DNA(mtDNA)细胞色素b(cytochrome b,Cytb)基因和非编码序列置换环(D-loop)区序列,统计碱基组成,使用ClustalX 2.0软件对所有序列进行整合比对,以获得群体中的核苷酸多态位点(SNP);利用DNASP 5.10软件统计种群核苷酸多样性(Pi)、序列的单倍型数(H)、单倍型多样度(Hd)、平均核苷酸差异数(K)等参数;利用Mega 7.0软件计算Cytb基因和D-loop区序列不同单倍型间遗传距离,并构建Neighbor-Joining(NJ)系统进化树。【结果】Cytb基因和D-loop区序列中AT含量均高于GC含量,显示碱基组成具有偏好性;在Cytb基因和D-loop区内分别发现241和383个SNPs位点。其中,Cytb基因和D-loop区核苷酸多样性分别为0.28343和0.07707,单倍型多样性分别为0.983和0.975,表明其群体遗传多样性丰富;Cytb基因35个单倍型之间的遗传距离为0.002~0.831,D-loop区29个单倍型之间的遗传距离为0.006~1.342。系统进化树结果显示,林麝存在2个线粒体支系,表明其具有2个线粒体母系来源;D-loop区的进化分析也支持这一结论。【结论】林麝群体的核苷酸多样性和单倍型多样较高,遗传多样性较丰富,同时进一步支持了林麝和原麝属于一个分支的观点。
    • 白诗睿; 马志杰; 李广祯; 杨振菲; 陈生梅; 谢银禄; 郭东风; 陈立
    • 摘要: [目的]从分子水平上探究青海省格尔木牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构及其遗传背景。[方法]对49头格尔木牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行了测定,后使用DnaSP 5.10.01、Arlequin 3.11和MEGA 5.05等生物信息学软件确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度和单倍型多样度大小,并进行系统发育分析。[结果]在截取的618 bp格尔木牦牛D-loop区分析序列中,排除1处插入(缺失)后共检测到45处多态位点,包括10处单一多态位点和35处简约信息位点;根据序列间核苷酸变异共确定了18种单倍型,其中单倍型H4为优势单倍型,核苷酸多样度为0.015±0.008,单倍型多样度为0.911±0.022。与野牦牛及大通、天祝、金川等其他家牦牛品种相比,格尔木牦牛群体单倍型多样度和核苷酸多样度值均较高,表明该群体具有丰富的母系遗传多样性。以美洲野牛为外群,邻接法(即NJ法)构建的系统发育树结果显示:格尔木牦牛群体18种单倍型分布在A、B、C、D和G 5种单倍型组中,且聚为3个大的分支,提示格尔木牦牛由3个母系支系组成,拥有3个母系起源。[结论]格尔木牦牛群体具有丰富的母系遗传多样性,由3个母系支系组成,推测其有3个母系起源。
    • 郭丹丹; 刘峰; 牛宝龙; 楼宝
    • 摘要: 为研究野生与养殖小黄鱼群体的遗传多样性,基于mtDNA Cytb基因和D-loop控制区对舟山嵊泗海域(SS)和象山三门口海域(SMK)2个小黄鱼野生群体和1个养殖群体(YZ)的遗传结构与遗传分化等进行比较分析。序列分析结果显示,Cytb基因序列为841 bp,其A+T含量(50.2%)与C+G含量(49.8%)相似;D-loop区序列为629~635 bp,A+T含量(58.9%)远高于C+G含量(41.1%)。SS、SMK和YZ群体Cytb基因的单倍型数分别为26、27和12,SS和SMK群体共享2个单倍型(Hap1和Hap13),SMK和YZ群体共享1个单倍型(Hap41);SS、SMK和YZ群体D-loop区的单倍型数分别为27、30和10,SS和SMK群体共享1个单倍型(Hap4)。多样性分析结果显示,3个群体均属于高单倍型多样性(H d>0.5),其中,SS和SMK群体单倍型多样性和核苷酸多样性高于YZ群体,表明野生群体多样性略高于养殖群体。遗传分化指数显示,2个小黄鱼野生群体间的分化程度极小,而养殖群体与野生群体间存在中度分化。遗传分化指数和AMOVA分析结果表明,群体内个体的变异是遗传变异的主要来源。Cytb基因和D-loop区序列中性检验结果中SS和SMK群体的Tajima s D值和Fu and Li s值均为负数,且Cytb基因的Tajima s D值和Fu and Li s值显著(P<0.05)偏离中性,表明2个野生群体有可能经历过群体扩张。单倍型系统发育树显示,SS、SMK和YZ群体均未表现出明显的地理聚集,群体间互有交叉,表明3个群体间的分化尚不明显。
    • 谢启明; 柯瑞林; 刘帆; 苏时萍
    • 摘要: 为研究安徽省鳜鱼的遗传多样性,对安徽省内5个鳜鱼养殖群体共125个样本的线粒体D-loop区进行了扩增和测序分析.试验最终共获得125条长度为858 bp的D-loop区序列,共检出260个变异位点,包括77个简约信息位点和183个单核苷酸变异位点;碱基平均含量为T(29.3%)、C(20.6%)、A(33.8%)和G(16.2%),具有明显的(A+T)碱基偏移.5个群体的遗传多样性较低(Hd,mean=0.596,Pi,mean=0.0053),可能经历了瓶颈事件.此外,通过对群体遗传结构及邻接法系统发育树的分析发现,5个养殖群体未表现出明显地理聚集,不同群体间有少量个体混合.群体变异主要来自于群体内部而非群体间.本研究可为鳜鱼种质资源的保护和恢复提供理论依据.
    • 陈生梅; 马志杰; 李瑞哲; 尕布藏; 李文浩; 艾德强
    • 摘要: 为从分子水平上探究青海省门源白牦牛的母系遗传多样性及遗传背景,本研究对31头门源白牦牛线粒体DNA(mtDNA)D-loop区序列进行测定和比对分析,确定其多态位点和单倍型数目,计算核苷酸多样度、单倍型多样度及平均核苷酸差异数大小,并构建系统发育树.结果表明,门源白牦牛mtDNA D-loop区序列长度为892~896bp,排除5处插入/缺失后共发现38处多态位点,包括24处单一变异位点和14处简约信息位点;依据序列间核苷酸变异共确定了13种单倍型,单倍型多样度为0.901±0.030,核苷酸多样度为0.006±0.004,平均核苷酸差异数为5.17,提示门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性.以普通牛为外群,邻接法(NJ法)构建的系统发育树结果显示,13种单倍型分为明显的2个分支,表明门源白牦牛有2个母系起源.综上所述,本研究结果表明门源白牦牛具有较丰富的母系遗传多样性,由2个母系遗传分支组成,具有2个母系起源.
    • 李广祯; 马志杰; 陈生梅; 尕布藏; 李瑞哲
    • 摘要: 为从分子水平上探究青海省门源白牦牛与甘肃省天祝白牦牛间的母系遗传差异,本研究对31头门源白牦牛mtDNA D-loop区部分序列进行测定,结合GenBank中已报道的235条天祝白牦牛相应序列,对共计266条白牦牛D-loop序列进行了综合分析.结果表明,在截取的638 bp白牦牛D-loop区分析序列中,排除64处插入或缺失后共检测到80个多态位点,包括5个单一多态位点和75个简约信息位点.根据序列间核苷酸变异共确定了56种单倍型,其中门源白牦牛拥有特有单倍型7种,天祝白牦牛包含特有单倍型43种,二者共享的单倍型只有2种.门源白牦牛单倍型只分布在A、B和C单倍型组中,而天祝白牦牛单倍型分布在A、B、C、D、E和F单倍型组中,并含有4种普通牛单倍型序列,提示天祝白牦牛中存在普通牛遗传渗入.门源白牦牛单倍型多样度为0.862,核苷酸多样度为0.007,而天祝白牦牛单倍型多样度为0.946,核苷酸多样度为0.014,表明天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛.门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传分化指数(Fst)为0.114,表明2个品种(群体)间呈中等分化水平.系统发育分析结果显示,56种单倍型可分为2个明显的分支(即Ⅰ和Ⅱ),表明白牦牛有2个母系起源.综上所述,天祝白牦牛的遗传多样性水平高于门源白牦牛,门源白牦牛母系遗传多样性较低;2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,天祝白牦牛存在一定程度的普通牛基因渗入;2个品种(群体)均由2个母系支系组成,提示白牦牛有2个母系起源.鉴于2个品种(群体)间呈中等遗传分化水平,且都拥有特有的单倍型遗传信息,故建议将其均作为独立的"遗传单元"进行遗传资源保护进而开展保种和选育实践.
    • 杨心春; 朱一笑; 刘洪瑜; 范恒功; 周明; 刘旭光
    • 摘要: [目的]探明安徽马鞍山地区白山羊品种内的群体遗传多样性,为马鞍山白山羊品种资源保护、开发和遗传育种提供参考依据.[方法]从安徽马鞍山地区分别采集品种特征明显、无血缘关系的公羊、母羊个体血样19和40份,提取血液基因组DNA,通过PCR扩增公羊SRY基因、母羊线粒体DNA D-loop区序列并测序,并利用DNAman、DNAsp和MEGA X软件对其进行遗传进化分析.[结果]马鞍山地区白山羊公羊SRY基因编码区共含有92个变异位点,占核苷酸总数的10.50%,共含有19种单倍型,单倍型多样性(Hd)为1.000,核苷酸多样性(Pi)为0.018 68,平均核苷酸差异数(k)为15.152;母羊mtDNA D-loop区共含有986个变异位点,占核苷酸总数的69.24%,共含有32种单倍型,单倍型多样性(Hd)为0.986,核苷酸多样性(Pi)为0.127 13,平均核苷酸差异数(k)为12.915.构建马鞍山地区白山羊与国内其他20个山羊品种间的系统发育树,结果显示,马鞍山地区白山羊首先与黄淮山羊、西藏山羊聚为一支;其次与辽宁绒山羊聚为一支;再与贵州白山羊聚为一支;最后与安哥拉山羊、波尔山羊聚为一支.[结论]马鞍山地区白山羊拥有丰富的遗传多样性,在起源中受到较多的其他羊种群体扩张的影响.
    • 李广祯; 马志杰; 赵学军; 陈生梅; 刘书杰; 林元; 李文浩
    • 摘要: [目的]从分子水平上揭示青海省同德牦牛的母系遗传多样性、群体遗传结构和遗传背景.[方法]本研究采用PCR方法和扩增产物双向测序技术,对60头(32♂,28♀)同德牦牛mtDNA D-loop区序列进行了测定.经人工核实校对序列后,使用BioEdit、DnaSP、Ar-lequin和Network等生物信息学软件综合分析其母系遗传多样性、群体遗传结构及系统发育关系.[结果]同德牦牛mtDNA D-loop区序列长度在890-894 bp之间,排除12处插入/缺失后共检测到59处多态位点,其中单一多态位点有17处,简约信息位点42处;根据序列间核苷酸变异共确定了31种单倍型,其中H8为优势单倍型,单倍型多样度为0.935±0.023,核苷酸多样度为0.012±0.006.与青海其他牦牛品种(群体)(如高原、环湖、大通牦牛等)相比,同德牦牛单倍型多样度较高,表明其具有较为丰富的母系遗传多样性.使用MJ法(Me-dian-Joining)构建的网络关系图显示:同德牦牛31种单倍型分布在A、B、C、D和E 5种单倍型组中,且其可分为2大母系支系,表明同德牦牛拥有2个母系起源.[结论]同德牦牛群体具有较丰富的母系遗传多样性,由分布于2个母系遗传分支的5个单倍型组(即A、B、C、D和E)个体组成,具有2个母系起源.
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