系统发育关系

摘要： 为了从分子角度解析‘申鸿七彩雉鸡'种群遗传背景,本研究采用PCR测序方法,对3个个体申‘鸿七彩雉鸡'的线粒体全基因组进行测序,并与NCBI公布的7条雉鸡线粒体基因组序列比对,构建系统进化树。获得‘申鸿七彩雉鸡'线粒体全基因组序列全长为16 685 bp,结构为典型的环状双链,包括13个蛋白质编码基因、2个rRNA、22个tRNA和D-Loop区。蛋白编码基因总长度为11 369 bp,基因重叠有7处,间隔有20处;D-loop序列长为1 148 bp,占整个基因的6.88%;tRNA基因长度为65~78 nt。'申鸿七彩雉鸡'线粒体全基因组、蛋白质编码基因、tRNA、rRNA和D-Loop区碱基组成中AT含量均大于CG含量。构建的进化树发现,'申鸿七彩雉鸡'和‘甘肃亚种雉鸡'聚为一类。

摘要： 为了解杭州西湖景区外来生物福寿螺的分布现状和群体遗传变异特征,研究详细调研了西湖景区福寿螺的分布现状,并针对连续六年采集的福寿螺样本开展了分子鉴定及种群遗传多样性研究。调查结果表明,西湖福寿螺集中发生在苏堤以西,其中西北部的西里湖、茅家埠、杭州花圃及岳湖水域的发生密度高,在西南部的乌龟潭、浴鹄湾等水域发生密度较低。在602 bp长的线粒体COⅠ序列中,共检测到79个变异位点,生成了6个单倍型。序列相似性和系统发育关系分析表明,西湖水域中Hap1-Hap5为小管福寿螺,Hap6为斑点福寿螺;单倍型多样性、核苷酸多样性和核苷酸平均差异数分析表明,不同年份的小管福寿螺单倍型多样性H_(d)为0.229—0.600,核苷酸多样性π为0.011—0.027,核苷酸平均差异数k为6.797—16.000,两种福寿螺均有较低的种群遗传多样性,显著性分析表明2018—2020年与2015—2017年间的种群遗传多样性无显著性差异。此外,结合核基因EF1α序列分析表明西湖水域的福寿螺种群包括CC型(23.08%)、CM型(23.08%)和CB型(53.84%),杂种所占比例高达76.92%以上,群体广泛发生了种间杂交渐渗。由于引配水工程的连通性,西湖水域的福寿螺向周边水系扩散风险较大,研究为西湖景区福寿螺的防控提出了建议。

摘要： 为探究贵州从江及邻近的榕江、黎平和锦屏以及广西三江、湖南的通道和靖州等地稻田鲤Cyprinus carpio Linnaeus的遗传结构及系统关系,研究基于mtDNA Cyt b基因测序技术对6个地理群体进行了分析。447尾稻田鲤中共界定出29种Cyt b基因序列单倍型,结合NCBI中鲤同源序列的系统发育和序列比对分析表明,从江及邻近苗侗族地区稻田鲤是一个含欧亚2大谱系、3个鲤亚种和多个母系血统成分的混合群体,主体类群是华南鲤C.carpio rubrofuscus,同时混有欧洲鲤C.carpio carpio和远东鲤C.carpio haematopterus,遭受国内外鲤养殖品种的遗传渗析。遗传多样性分析显示,欧洲鲤亚种群体为低H_(d)低π,遗传多样性贫乏,远东鲤和华南鲤2个亚种群体呈高H_(d)低π特点。华南鲤6个稻田群体除锦屏为低H_(d)低π外,其余都为高H_(d)低π,从江的H_(d)最高,黎平的π最高。遗传分化和分子方差(AMOVA)分析显示,谱系间和亚种间存在显著的遗传分化(P<0.001),锦屏和三江与其他群体存在中等-高度的分化等级,其余群体间分化较弱,群体间变异贡献率为16.69%,群体内为81.14%。综合分析表明,从江及邻近地区稻田鲤群体间存在有限的遗传交流,群体内和群体间有不同的遗传结构。研究丰富了该地区稻田鲤遗传背景资料,可为湘黔桂交界苗侗族地区稻田鲤的种质资源鉴定与保护提供理论依据。

摘要： 旋花科是一个世界广布的类群,具有丰富的形态特征和重要的经济价值。然而,目前该科主要分支或族间的系统发育关系问题一直未解决。为解析旋花科内系统发育关系,该研究代表性选取旋花科内8个族40个物种,基于质体全基因组数据,使用最大似然法和贝叶斯推论进行系统发育分析。结果表明:(1)旋花科质体基因组均为四分体结构,质体基因组大小为113273~164112 bp,蛋白质编码基因数目为66~79个。(2)基于五种DNA矩阵(即WCG、CDS、LSC、IR、SSC)的系统发育分析结果显示,WCG矩阵和CDS矩阵的拓扑结构基本一致,仅少数分支的支持率略有差异;LSC矩阵和WCG矩阵的拓扑结构差异在于菟丝子族、马蹄金族和盐帚花族的系统位置;AU检验和SH检验结果显示,WCG矩阵和SSC矩阵与IR矩阵的拓扑结构有显著冲突。(3)所有系统发育分析结果均显示,菟丝子属和马蹄金族都包括在旋花亚科内,应处理为族等级。(4)基于WCG矩阵和CDS矩阵较好地解决了旋花科8个族之间的系统发育关系,即心被藤族和丁公藤族聚为一支,最先从旋花亚科分化出来,随后是菟丝子族,剩下的5个族分成2个分支。(5)系统发育基因组分析证实,由于鱼黄草族特别是鱼黄草属是一个多系类群,因此需重新修订该族的分类地位和鱼黄草属的划分。

摘要： 藏鸡(Gallus gallus domesticus)是生活在青藏高原的地方鸡种,经过一千年多年的驯化,已经适应了高原缺氧的环境.研究藏鸡种质资源的遗传多样性对该品种的保护和开发利用具有重要意义.本研究首先对40只藏鸡线粒体D-loop区进行测序,并鉴定了4种单倍型,然后对4种单倍型代表性个体进行线粒体基因组测序,并与已发表的红色原鸡(G.gallus)线粒体基因组进行了系统进化关系分析.结果表明,藏鸡包含4种单倍型,分别归属A、B和E三个单倍型类群,基于D-loop区分析得到的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.658±0.065和0.00442±0.00094.藏鸡线粒体基因组长度为16785 bp,包含22个tRNA基因、2个rRNA基因(12S rRNA和16S rRNA)、13个编码蛋白基因和1个D-loop区,基因重叠区域共计7处,基因间隔区域共计17处.系统发育分析显示,用D-loop区和线粒体基因组构建的藏鸡和红色原鸡的系统发育树在分支聚类上存在差异.上述结果揭示,本研究藏鸡群体遗传多样性较低,母系来源可能有多个;在系统进化分析中,线粒体基因组比D-loop区更具优势.本研究为藏鸡的选育利用和有效保种提供遗传背景资料和理论依据.

摘要： 本研究基于形态学鉴别特征和线粒体d-loop序列描记了采自吉林省延边图们江水系的中国新记录种--史氏北鳅(Lefua pleskei,Herzenstein,1888),并对北鳅属鱼类的系统发育关系进行了分析.史氏北鳅区别于其他同源物种的鉴别特征为:体纤细,成熟雄鱼体侧有明显纵条纹,雌鱼尾鳍基部有圆形黑斑,背鳍位置靠后(背鳍前长为体长的64.33%),眼间距窄(眼间距为头长的32.06%),上唇薄、光滑,下唇薄、中央无乳突.基于最大似然法(maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建的系统发育树显示,史氏北鳅与短体北鳅(L.nikkonis,Jordan&Fowler,1903)构成姐妹群,然后再与北鳅(L.costata,Kessler,1876)聚为一支,系统发育关系反映了北鳅属鱼类地理关系的远近.

摘要： 通过对22种地图衣属地衣的23个形态学和解剖学特征分析为地图衣属地衣种间关系提供形态学依据.对22种地图衣属地衣的23个形态性状进行编码,以地图衣科的表衣属(Epilichen)与瘤衣属(Catolechia)代表种袖珍瘤衣(Catolechia wahlenbergii)和粗糙表衣(Epilichen scabrosos)作为外类群,利用PAUP对形态学特征矩阵进行最大简约法(MP)分析,同时与基于ITS序列的分子系统学结果进行比较分析.经简约分析,得到同等最大简约分支树,其严格一致树显示:地图衣属地衣根据子囊孢子的类型明显分为两支,分别由子囊孢子双胞型与子囊孢子砖壁型或亚砖壁型地图衣组成,其中,小地图衣与微地图衣,地图衣、淡黄色地图衣与大孢地图衣,蜥羽地图衣和绿孢地图衣分别聚在一个分支,研究结果与分子系统学研究结果大体一致.但是对一些物种的位置,分子系统发育结果和基于形态特征的系统发育树存在差异,从分支系统学结果可知,子囊孢子的类型是地图衣属重要的分类特征,可为地图衣属系统进化位置提供形态学的依据.

摘要： [目的]为了解栽培丹参rDNA内转录间隔区(ITS)的遗传多样性、系统发育关系和寻找其单核苷酸多态性(SNP)指纹用以准确快速鉴别丹参栽培居群.[方法]采用PCR技术扩增了国内33个地区的42个栽培丹参居群的ITS序列并进行了比较分析.[结果]丹参rDNA的ITS1、5.8SrDNA和ITS2区的长度分别为203～229、164和226～229 bp;其ITS1区长度变化较大,而ITS2区核苷酸变异较大.其SNP变异位点存在于ITS1 和ITS2区,变异位点数分别为19和37个,变异率分别为8.30％和16.16％.[结论]基于ITS的SNP指纹只能鉴别3个栽培丹参居群;ITS系统发育树显示,丹参栽培居群之间的亲缘关系与地理来源关系不大.

摘要： 羽蛾科是鳞翅目中一个相对小且较为特殊的类群,其系统发育关系存在较大分歧.本文回顾评述了羽蛾科系统发育研究历史和现有的分类观点.

摘要： 为阐明异痂蝗属Bryodemella种间系统发育关系并回答该属是否为单系的问题,本文在研究外部形态结构的基础上选择了34个不同性状对异痂蝗属所有8种进行了支序分析,结果只产生1棵步长为55、一致性指数和保留指数均为80的最简约树.结果表明异痂蝗属为一单系起源属,其种间系统发育关系可描述为:(红胫异痂蝗B.diamesum,西藏异痂蝗B.xizangensis)((甘肃异痂蝗B.gansuensis(新疆异痂蝗B.xinjiangensis,小异痂蝗B.elegans))(黑股异痂蝗B.nigrifemura(黄胫异痂蝗B.holdereri,轮纹异痂蝗B.tuberculatum))研究标本均保存于河北大学博物馆.

摘要： 用支序分析方法对中国分布的星天牛属12个种进行了系统发育关系研究，结果表明，该属是一个自然的单系群，包括三个互为姐妹群的亚群，除传统的瘤星天牛亚属Cyriocrates和星天牛亚属Anoplophora外，应新设立弱瘤星天牛亚属Heterocyriocrates，长期以来分 类地位颇有争议的灰星天牛Anoplophora versteegi归入弱瘤星天牛亚属内较合适。

摘要： 有瓣蝇类(Calyptratae)隶属于双翅目(Diptera),包括3总科15科,已知约18000种,占双翅目昆虫多样性的12％,是物种多样性最为丰富的双翅目类群之一,包括许多与人类密切相关的媒介、法医、农业昆虫,特别是蝇科、麻蝇科、狂蝇科等类群包含有重大害虫,因此许多著名昆虫学者对该类媒介昆虫开展过不同程度的研究.但由于该类群具有极其复杂的形态和生物学特征,使得其起源与演化历史从未得到合理的揭示.随着现代分子系统学的飞速发展,该类群的系统树获得了多次的重建,但随着分子片段的增加,其系统关系却更加的扑朔迷离,显示出该类群的复杂演化历史.目的:为了重建有瓣蝇类系统发育关系,明确丽蝇科(Calliphoridae)等长期存有争议的类群是否为单系,探明专性寄生狂蝇的姐妹群及起源等一系列长期困扰有瓣蝇类系统演化研究的科学难题.方法:利用下一代测序(Next Generate Sequencing)或PCR反应(Polymerase Chain Reaction)及Sanger测序获取2总科5科近40种有瓣蝇类转录组或线粒体基因组序列,并结合已发表数据(涵盖3总科9科近百种有瓣蝇类),构建有瓣蝇类系统发育关系.结果:构建了目前分子数据量最大、类群覆盖较广的有瓣蝇类系统发育关系.

摘要： 本文应用支序系统学的方法,分析了我国内蒙古盲蝽亚科(Mirinae)昆虫18属属间的系统发育关系。在形态学比较和分析的基础上,选取44个性状的96个性状状态,通过外群分析对性状进行极化,形成性状数据矩阵,然后分别用PAUP(4.0)、Hennig86(1.5)和Winclade(1.00.04)程序分析计算,获得结果一致的最简约树,以此来阐明盲蝽亚科18属属间系统发育关系,进而把我国内蒙古盲蝽亚科划分为13个类群:Lygus群;Apolygus群;Agnocoris群;Orthops群;Salignus群;Pinalitus群;Polymerus群;Dichrooscytus群;Adelphocris群;Capsodes群;Myrmecoris群;Notostira群;Stenodema群。在此基础上,提出将蚁盲蝽属(Myrmecoris)提升为蚁盲蝽族(Myrmecorini),并证实了盲蝽族(Mirini)与狭盲蝽族(Sternodemini)的原有划分。

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 本发明公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本发明结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。

摘要： 本发明属于生物信息分析技术领域，公开了一种生物数据管理及系统发育分析流程化方法，利用界面软件将生物数据处理以及系统发育分析流程的7个程序整合在一起，无需编程技巧，界面直观友好，配备文件拖拽、界面记忆、一键升级、插件管理和程序进度条功能；同时给MAFFT比对程序新增了密码子比对功能，以解决蛋白基因核苷酸序列的比对问题。本发明的批量操作功能可以节省大量的操作时间以及耗费的精力，结合多基因联合建树功能，可满足大数据分析和系统基因组学的需求；本发明首次提供全面的线粒体基因组生物信息学分析，相较于传统的分析方法，可节约99％的时间。

摘要： 本发明公开了萝卜硫素或其纳米粒在制备改善孕妇杂环胺摄入导致的胚胎神经系统发育不良药物中的应用。本发明提供了一种萝卜硫素的新用途‑胚胎发育保护用途，不仅扩大了萝卜硫素的应用范围，提高了其应用价值，还有助于进一步开发新的改善孕妇杂环胺摄入诱导的胚胎神经系统发育不良的纳米药物，具有良好的应用前景。

摘要： 本发明涉及结合分子例如人单克隆抗体，其结合系统发育群1和群2的A型流感病毒以及B型流感病毒的血凝素茎区中的表位，并且具有针对此类流感病毒的广泛中和活性。公开内容提供了编码结合分子的核酸分子，其序列和包含结合分子的组合物。结合分子可以用于系统发育群1和2的A型流感病毒以及B型流感病毒的诊断、预防和/或治疗中。

摘要： 本发明公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本发明结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。

摘要： 本发明属于地下水资源开发和油气资源勘探领域，公开了一种模拟地下岩溶系统发育的水槽实验装置及实验方法。该装置包括淋滤子单元、倾斜度控制子单元、配液子单元和监控子单元。该方法为用石膏与水按一定比例混合可形象地模拟地下岩溶系统，用第一循环泵和第二循环泵实现酸溶液淋滤与模拟地层遭受大气淡水和地下水的溶蚀。通过pH值调节器实现酸溶液浓度恒定，通过倾斜度控制子单元控制石膏模型的倾斜度，以及与酸溶液的相对位置。本发明提出的模拟地下岩溶系统发育的水槽实验装置及实验方法，由人工操作即可完成，具有很好的灵活性和机动性，易于推广。

摘要： 本发明公开了一种基于动态多目标优化的系统发育树构建方法，首先，通过在含有标准树的多组形态学数据上进行单目标优化建树，得到不同类型数据与优化目标之间的对应关系。进而在单目标建树无法处理树冲突的情况下根据数据类型动态选择多个最优单目标进行融合，采用多目标优化算法，结合非支配排序与遗传算法进行系统发育树构建，最终对含有缺失和不可适用的数据构建出在多个目标下最优的系统发育树集合。该方法为形态学数据提供了新方法，相比基于单个目标优化的谱系树构建方法，有效的解决了古生物形态学数据谱系树构建过程中存在的缺失和不可适用以及在多个评价指标下出现冲突的问题，提高了物种谱系分析的准确率和稳定性。

摘要： 本发明公开了一种基于氨基酸序列比对的蛋白家族系统发育分析方法，包括以下步骤：基于氨基酸序列比对融合方法，获得合并的多序列比对结果；对合并的多序列比对结果进行数字化，构建分数矩阵；对分数矩阵进行降维、聚类处理，获得输入序列；鉴定输入序列的特异位点及保守位点；对输入序列进行拟时间分析，获得输入序列的轨迹排序；基于轨迹排序，获得输入序列的发育轨迹。本发明通过序列位点特征进行分数矩阵构建及其降维分析，从而推断基因家族间的聚类和进化关系，在保证序列聚类稳定性的情况下，有效提高了序列基因聚类速度，为基因系统发育分析、发育轨迹分析提供了新的工具和方法。

摘要： 本实用新型公开了一种煤变质演化裂隙系统发育模拟测试系统，包括动力加载系统、煤岩裂隙生成模拟系统和数据显示系统；动力加载系统包括气压装置和水压装置；煤岩裂隙生成模拟系统包括内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统，所述内生裂隙生成模拟系统和外生裂隙生成模拟系统中均设有一套围压装置；数据显示系统用包括传感装置和数据显示装置。本实用新型结构简单，使用方便，能够模拟煤在不同温度、压力条件下变质演化过程中内生裂隙和外生裂隙的形成过程，并对不同变化程度、不同压力条件下的渗透率进行测试，对裂隙发育系统进行定量化，为煤层气经济评价体系、开发工艺的正确选择、选型提供指导。