DNA,线粒体

摘要： 目的探讨线粒体DNA(mtDNA)拷贝数在黑色素瘤术后复发患者中的表达及与临床病理指标的关系。方法选取2018年5月—2020年8月收治的黑色素瘤术后复发患者40例为病例Ⅰ组及黑色素瘤初发患者48例为病例Ⅱ组;另选取同期健康受试者50例为对照组。用实时定量聚合酶链式反应测定病例Ⅰ、Ⅱ组外周血、肿瘤组织、癌旁组织和对照组外周血中mtDNA拷贝数。分析mtDNA拷贝数在不同TNM分期患者中的表达及与术后复发黑色素瘤患者临床病理指标的关系。结果病例Ⅰ组及Ⅱ组肿瘤组织mtDNA拷贝数均高于癌旁组织,且病例Ⅰ组肿瘤组织mtDNA拷贝数高于Ⅱ组,差异有统计学意义(P<0.05)。病例Ⅰ组及Ⅱ组外周血mtDNA拷贝数高于对照组,且病例Ⅰ组高于病例Ⅱ组,差异有统计学意义(P<0.05)。病例Ⅰ组不同TNM分期肿瘤组织mtDNA拷贝数均高于病例Ⅱ组(P<0.05)。肿瘤组织mtDNA拷贝数与术后复发黑色素瘤患者淋巴结转移密切相关(P<0.05)。结论mtDNA拷贝数与黑色素瘤患者的发生、复发及转移具有密切关系。

摘要： 目的 观察转染了A549及H226肺癌细胞线粒体DNA(mtDNA)的小鼠胚胎成纤维细胞NIH3T3的生物学行为的变化.方法 将重组载体pcDNA3.1(+)-A549 mtDNA、pcDNA3.1(+)-H226 mtDNA通过Lipofection2000TM转染NIH3T3细胞;荧光原位杂交(FISH)法观察mtDNA在核内的整合情况;分析转染前后细胞染色体核型;流式细胞仪(FCM)检测转染细胞的凋亡;四甲基偶氮唑盐微量酶反应比色法(MTT法)测定不同组别细胞的增殖率.结果 转染A549-mtDNA、H226-mtDNA的NIH3T3细胞染色体出现了易位、断裂的结构畸形,其畸形的多倍体数目百分比(11.78±0.60)％、(11.33±1.05)％和染色体数目(3.55±0.57)％、(5.02±0.72)％高于未转染的NIH3T3细胞(1.38±0.17)％、(0.54±0.10)％.荧光显微镜观察到mtDNA能够整合在转染A549-mtDNA、H226-mtDNA的NIH3T3细胞染色体间期核中.同时,转染了A549-mtDNA、H226-mtDNA重组表达载体,A549-mtDNA组(5.20±0.20)％、H226-mtDNA组(7.75±0.11)％较NIH3T3组(19.04±0.08)％细胞的凋亡率明显下降(F=8381.21,P<0.001).分别培养24 h、48 h、72 h,对MTT的吸光度,NIH3T3/A549-mtDNA组(0.58±0.06)、(0.96±0.08)、(1.45±0.06),NIH3T3/H226-mtDNA组(0.64±0.04)、(1.02±0.06)、(1.52±0.03)高于空NIH3T3组(0.26±0.04)、(0.42±0.03)、(0.81±0.04)、(1.18±0.09).结论 突变的肺癌mtDNA通过在核内的整合从而影响NIH3T3细胞的染色体核型及细胞增殖、凋亡等生物学行为.

摘要： 环状GMP-AMP合成酶(cyclic GMP-AMP synthase,cGAS)是近几年发现的一种新的DNA模式识别受体,通过将信号2'-3'环化二核苷酸(cyclic GMP-AMP,cGAMP)传递至接头蛋白干扰素刺激蛋白(stimulator of interferon genes,STING)激活固有免疫系统,从而发挥抵抗病毒感染的作用.近年来,研究发现cGAS-cGAMP-STING信号通路可通过识别自身DNA诱导无菌性炎性反应从而参与急性肾损伤、免疫性肾病及肾脏肿瘤的发生,可为该类疾病的药物研发提供新的靶点.本文系统综述了cGAS-cGAMP-STING信号通路的发现、蛋白结构与功能及其在肾脏疾病中的作用,探讨了cGAS-cGAMP-STING信号通路在肾脏疾病治疗方面的意义.

摘要： 目的 应用HID Ion GeneStudioTM S5测序系统对毛干样本线粒体全基因组分型结果的异质性进行探讨.方法 采集8名无关个体的口腔拭子、血液及同一个体不同部位毛干样本,使用Precision ID mtDNA Whole Genome Panel对线粒体全基因组进行扩增,应用HID Ion GeneStudioTM S5测序系统对线粒体全基因组进行分析检测.结果 2名个体的颞部毛干样本线粒体DNA出现异质性,其余6名无关个体的口腔拭子、血液及不同部位毛干样本的线粒体全基因组分型结果均一致.8名无关个体共观察到119个碱基变异,个体的变异位点数目分别为29、40、38、35、13、36、40和35.结论 应用HID Ion GeneStudioTM S5测序系统可全面了解序列多态性.

摘要： 目的 探讨线粒体DNA (mtDNA)控制区D环(D-loop)的突变与瘢痕疙瘩的相关性.方法 收集2016-2019年昆明医科大学第一附属医院皮肤科门诊瘢痕疙瘩患者216例,提取患者外周血总DNA及25例患者的瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织的总DNA.以云南大学附属医院体检中心无瘢痕疙瘩的健康体检者299例外周血样本数据作为对照.对mtDNAD-loop区进行PCR扩增及Sanger测序,并与修正后的剑桥参考序列(rCRS)比对,获得每个样本的突变位点.根据Phylotree-mtDNA tree Build 17,对2组人群进行单倍型类群划分.比较瘢痕疙瘩组织、瘢痕疙瘩旁正常组织及自身外周血mtDNA的D-loop区突变.使用network 5.0软件制作中介网络图,采用二元logistic回归分析单倍型类群频率与瘢痕疙瘩发病的相关性,x2、t及t'检验分析临床数据.结果 216例瘢痕疙瘩患者mtDNA可划分为10个单倍型类群:A、B、D、R9、G、M*、M7、M8、M9、N9,其中R9分布频率最高(21.3％,46/216),M9分布频率最低(0.9％,2/216).瘢痕疙瘩患者的单倍型类群M7和N9的分布频率均显著低于对照人群(P=0.040,OR=0.248,95％CI:0.066～ 0.937;P=0.048,OR=0.191,95％CI:0.037～ 0.986).中介网络图显示,瘢痕疙瘩患者和对照人群的单倍型类群M7具有不同的分布模式.单倍型类群M7患者的发病部位数比非M7患者少(P=0.000 1),且发病年龄比非M7患者小(P=0.045).结论 单倍型类群M7与瘢痕疙瘩的发生具有相关性,可能是瘢痕疙瘩发生的潜在保护性因素.

摘要： 目的 探究ATAD3基因簇通过线粒体DNA(mtDNA)和胆固醇代谢对小鼠小脑功能障碍的影响.方法 选取雄性C57BL/6小鼠为对照组(n=24),Atad3-/-纯合缺失C57BL/6小鼠为Atad3缺失组(n=24);通过RT-qPCR和蛋白印迹分析2组小鼠ATAD3 mRNA和蛋白质表达水平,免疫荧光染色和共聚焦显微镜检查成纤维细胞的线粒体形态和溶酶体结构,PureLink Genomic DNA Mini Kit分析mtDNA拷贝数;取2组2月龄及5月龄小鼠肌肉组织,采用高效液相色谱方法(HPLC)分析肌肉组织的脂质组成及胆固醇代谢,通过rotarod实验检测小脑功能障碍情况.结果 与对照组比较,Atad3缺失组ATAD3 mRNA和蛋白质表达水平降低(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组纤维细胞中线粒体断裂和部分断裂比例增加,中间和融合比例降低(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组溶酶体液泡增大,正常溶酶体比例降低,增大溶酶体比例增加(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组mtDNA拷贝数和每个细胞的mtDNA核苷数降低(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组的5月龄动物肌肉中总胆固醇酯/游离胆固醇的定量水平降低(P<0.05);不同的旋转速度(8、16、24、32和40 r/min)下,Atad3缺失组较对照组旋转脚架下落的潜伏时间降低(P<0.05).结论 ATAD3基因缺失可通过遏制胆固醇向线粒体运输和mtDNA复制,导致小鼠小脑功能障碍.

摘要： 肺癌是目前世界上最常见的恶性肿瘤,过氧化物酶体增殖物激活受体γ共激活因子1α (PGC-1α)是线粒体能量代谢的关键调节因子,在肿瘤的发生发展过程中起着至关重要的作用,PGC-1α合成代谢和氧化代谢可以影响肿瘤细胞的增殖、迁移和存活.本文主要就PGC-1α的基本特性及其代谢的作用机制进行综述,并阐述了PGC-1α在肺癌中的研究现状.

摘要： 目的探究ATAD 3基因簇通过线粒体DNA(mtDNA)和胆固醇代谢对小鼠小脑功能障碍的影响。方法选取雄性C57BL/6小鼠为对照组(n=24),Atad 3-/-纯合缺失C57BL/6小鼠为Atad3缺失组(n=24);通过RT-qPCR和蛋白印迹分析2组小鼠ATAD3 mRNA和蛋白质表达水平,免疫荧光染色和共聚焦显微镜检查成纤维细胞的线粒体形态和溶酶体结构,PureLink Genomic DNA Mini Kit分析mtDNA拷贝数;取2组2月龄及5月龄小鼠肌肉组织,采用高效液相色谱方法(HPLC)分析肌肉组织的脂质组成及胆固醇代谢,通过rotarod实验检测小脑功能障碍情况。结果与对照组比较,Atad3缺失组ATAD3 mRNA和蛋白质表达水平降低(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组纤维细胞中线粒体断裂和部分断裂比例增加,中间和融合比例降低(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组溶酶体液泡增大,正常溶酶体比例降低,增大溶酶体比例增加(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组mtDNA拷贝数和每个细胞的mtDNA核苷数降低(P<0.05);与对照组比较,Atad3缺失组的5月龄动物肌肉中总胆固醇酯/游离胆固醇的定量水平降低(P<0.05);不同的旋转速度(8、16、24、32和40 r/min)下,Atad3缺失组较对照组旋转脚架下落的潜伏时间降低(P<0.05)。结论ATAD 3基因缺失可通过遏制胆固醇向线粒体运输和mtDNA复制,导致小鼠小脑功能障碍。

摘要： Leber遗传性视神经病变(LHON)是一种由线粒体DNA突变引起的致盲性疾病,是研究线粒体异常的经典疾病模型,其主要突变位点为m11778G.A、m.3460G.A和m.14484T.C.LHON细胞模型主要通过淋巴母细胞、成纤维细胞、细胞杂种和诱导多能干细胞等产生,LHON动物模型主要通过鱼藤酮和ND4突变体诱导小鼠产生.尽管对于LHON模型的研究已取得不错成果,但构建理想的实验模型仍存在较多困难,严重限制了对LHON发病机制和治疗药物的探索.详尽了解现有模型在LHON中的应用及特征,有助于完善实验设计和构建新模型.

摘要： 目的 探讨线粒体DNA(mtDNA)拷贝数在黑色素瘤术后复发患者中的表达及与临床病理指标的关系.方法 选取2018年5月—2020年8月收治的黑色素瘤术后复发患者40例为病例Ⅰ组及黑色素瘤初发患者48例为病例Ⅱ组;另选取同期健康受试者50例为对照组.用实时定量聚合酶链式反应测定病例Ⅰ、Ⅱ组外周血、肿瘤组织、癌旁组织和对照组外周血中mtDNA拷贝数.分析mtDNA拷贝数在不同TNM分期患者中的表达及与术后复发黑色素瘤患者临床病理指标的关系.结果 病例Ⅰ组及Ⅱ组肿瘤组织mtDNA拷贝数均高于癌旁组织,且病例Ⅰ组肿瘤组织mtDNA拷贝数高于Ⅱ组,差异有统计学意义(P<0.05).病例Ⅰ组及Ⅱ组外周血mtDNA拷贝数高于对照组,且病例Ⅰ组高于病例Ⅱ组,差异有统计学意义(P<0.05).病例Ⅰ组不同TNM分期肿瘤组织mtDNA拷贝数均高于病例Ⅱ组(P<0.05).肿瘤组织mtDNA拷贝数与术后复发黑色素瘤患者淋巴结转移密切相关(P<0.05).结论 mtDNA拷贝数与黑色素瘤患者的发生、复发及转移具有密切关系.

摘要： 本发明提供了异常线粒体DNA、相关的融合转录物及其杂交探针。本发明提供用于预测、诊断和/或监测癌症的新型线粒体融合转录物和亲代突变的mtDNA分子。本发明还提供在本发明的方法中使用的和它们互补的杂交探针。

摘要： 本发明公开了一种桑树拟干枯病病原菌的线粒体全基因组DNA及其应用。所述桑树拟干枯病病原菌Fusarium sp的线粒体全基因组DNA的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示，该线粒体全基因组DNA能够用于检测桑树拟干枯病病原菌Fusarium sp或真菌种属分类中；基于该线粒体全基因组DNA，本发明还设计了能够特异性检测桑树拟干枯病病原菌Fusarium sp的特异性引物组ZHM1F/ZHM1R，并建立了快速、特异性的检测桑树拟干枯病病原菌Fusarium sp的方法和检测试剂盒，该方法及试剂盒对于降低和有效控制桑树拟干枯病的发病和危害、提高桑树的产量和桑叶的品质具有重要意义，具有良好的应用前景。

摘要： 本发明公开了一种提取黄瓜线粒体及其DNA的方法，属于植物生物技术领域。以黄瓜黄化苗为材料，调整提取过程组织匀浆缓冲液成分和差速离心力组合，结合percoll密度梯度离心分离得到线粒体，并使用3％CTAB裂解线粒体，后续用氯仿‑异戊醇抽提得到高质量mtDNA。最终所提取线粒体完整性好，纯化后mtDNA浓度为158ng·μL‑1，每20g叶片可得7.9μg mtDNA。其中A260/A280约1.87，说明本方法提取分离得到的mtDNA纯度高。本发明首次建立一套适用于黄瓜mtDNA提取纯化的有效体系，对于其他物种构建mtDNA提取纯化体系具有参考意义。

摘要： 本发明公开了一种靶向线粒体G‑四链体DNA的荧光探针及其制备方法和应用。所述荧光探针的结构如式(Ⅰ)所示；其中，R

摘要： 本发明属于基因编辑技术领域，公开了一种基于TALE组装的线粒体DNA编辑系统。该编辑系统，包括RVD文库、线粒体定位骨架载体、细胞核定位骨架载体，RVD文库包含至少192个RVD模块，包括：160个双RVD模块、16个单RVD模块及16个半RVD模块。该编辑系统可显著提高TALE模块组装效率，显著降低TALE模块组装成本和时间；该发明使用的组装方法操作简单，适合推广应用；通过该方法可快速高效实现线粒体DNA编辑，并用于制作各种动物模型，以模拟人类线粒体DNA突变导致的疾病；可潜在应用于线粒体DNA突变疾病基因治疗。

摘要： 本申请涉及生物技术领域，提供了一种人线粒体DNA全序列扩增的方法，包括：设计人线粒体DNA全序列扩增的单一对引物，所述单一对引物的序列如下：正向引物：5’‑CTAACCTGAATCGGAGGACAACC‑3’，反向引物：5’‑AATGAGGAGGTCTGCGGCTAG‑3’；以人线粒体DNA为模板，采用单一对引物对人线粒体DNA进行PCR扩增，得到人线粒体DNA全序列。本申请提供的方法，采用一对引物把整个人线粒体扩增区域达到了16569bp，完整扩增整个环形线粒体DNA，可覆盖环形线粒体DNA上所有可能的突变类型。与现有的技术相比，该方法提升了检测的范围，大幅度降低了漏检的可能性。

摘要： 本发明公开了一种利用高效液相色谱法检测玉米细胞核DNA和线粒体DNA甲基化水平的方法，可供处理100份1μgDNA的水解混合液配制方法为：将250U Benzonase、300mU磷酸二酯酶I、200U碱性磷酸酶加入至5mL pH为7.9的Tris-HCl水解缓冲液内；流动相的pH：对于线粒体DNA，用磷酸调节pH至3.42；对于细胞核DNA，用磷酸调节pH至3.0；色谱条件为：色谱柱：C18填料色谱柱；流速：0.8mL/min，检测器波长：287nm；柱温：35°C；进样量：20μL；流动相：甲醇：5mM戊烷磺酸钠：三乙胺（10：90：0.2，V/V），并用磷酸调节pH分别至3.42和3.0。方法简单易行，20min内可将各组分完全分离。

摘要： 本公开内容描述了用于治疗线粒体DNA缺失综合征的方法，通过施用治疗量的包含二核苷酸化合物或其混合物的组合物来进行。本文还描述了用于治疗TK2缺乏症的化合物、组合物和方法。

摘要： 本发明公开预测线粒体DNA突变阈值、生育风险和取卵数的方法，包括以下步骤：先建立线粒体突变发病概率预测模型并估算突变阈值s，再建立生育风险预测模型并预测突变携带者的生育风险p，然后利用二项分布建立卵母细胞提取预测模型并计算突变携带者的PGT取卵数；本发明使用发病概率预测模型估算常见mtDNA突变的阈值，并预测母亲的生育风险和PGT取卵数，在建立的生育风险预测模型和取卵预测模型的基础上，只需要知道突变携带者的线粒体DNA突变比例就可以计算其生育风险与生育一个健康子代所需的最小PGT取卵数，有助于临床医生对携带mtDNA异质突变的家庭进行遗传管理并提供遗传咨询，并提供PGT的标准指南。

摘要： 本发明公开了一种可以实现线粒体DNA上A/T到G/C编辑的方法。一种用于实现线粒体DNA的A/T到G/C编辑的线粒体DNA腺嘌呤编辑系统mtABE，分别包含12个融合half‑DddA的糖基化酶骨架载体，24个融合half‑DddA的核酸内切酶骨架载体，以及4个融合half‑DddA的腺嘌呤脱氨基酶骨架载体。利用本发明载体系统可以实现线粒体DNA上A/T到G/C编辑。本发明可以用来构建A/T到G/C的线粒体DNA致病突变动物模型，推进线粒体疾病的致病机制的研究和治疗方案的探索。