细菌分型技术

摘要： 目的 分析深圳地区胞内分枝杆菌临床分离株的亚种组成及其耐药谱,为治疗胞内分枝杆菌肺病提供科学依据.方法 选取中国疾病预防控制中心国家结核病参比实验室保存且初步鉴定为胞内分枝杆菌的临床分离株,共计97株.菌株均分离自深圳市第三人民医院2018年收集的疑似肺结核和非结核分枝杆菌(NTM)肺病患者的呼吸道标本.采用PCR及基因测序鉴定胞内分枝杆菌临床分离株亚种,使用Sensititre? SLOWMYCO药敏板测定菌株对13种药品(克拉霉素、阿米卡星、莫西沙星、利奈唑胺、利福平、利福布汀、乙胺丁醇、链霉素、多西环素、环丙沙星、异烟肼、乙硫异烟胺及复方磺胺甲噁唑)的药物敏感性情况.结果 97株胞内分枝杆菌临床分离株以亚种胞内分枝杆菌最多[63.92％ (62/97)],其次为奇美拉分枝杆菌[18.56％ (18/97)]和副胞内分枝杆菌[17.53％(17/97)].药物敏感性试验显示,胞内分枝杆菌的MIC50和MIC90值最低的是利福布汀(0.5和8 μg/ml),最高的是链霉素(32和64 μg/ml);亚种胞内分枝杆菌和副胞内分枝杆菌的MIC90均为2 μg/ml,而奇美拉分枝杆菌则高达64 μg/ml.胞内分枝杆菌临床分离株对克拉霉素、乙胺丁醇、利福平、利福布汀、链霉素、阿米卡星、利奈唑胺和莫西沙星总的耐药率分别为9.28％ (9/97)、44.33％(43/97)、42.27％ (41/97)、15.46％ (15/97)、36.08％(35/97)、11.34％(11/97)、38.14％ (37/97)和46.39％ (45/97);奇美拉分枝杆菌对克拉霉素的耐药率[27.78％(5/18)]明显高于亚种胞内分枝杆菌[4.84％(3/62)],差异有统计学意义(x2=8.156,P=0.012).结论 深圳地区胞内分枝杆菌以亚种胞内分枝杆菌为主,对各药品的敏感性有差异,且各亚种对同一药品的敏感性也不同,建议临床治疗前应鉴定至亚种并行药物敏感性试验,以实现个性化治疗.

摘要： 目的新冠肺炎疫情肆虐全球,时间长,范围广,疫情扩散中多地出现冷链食品源疫情,为食品卫生工程提出新的挑战。传统的冷链食品杀毒杀菌可能难以满足疫情的卫生需求,本文以盒装豆腐为代表探讨疫情背景下食品防腐保鲜新技术,旨在杜绝食源性疫情发生。方法随机抽取盒装豆腐样品,采用高温水浴消毒法进行杀毒杀菌,再对腐败菌经菌落培养依据伯杰氏细菌学手册进行分型鉴定,根据敏感菌型选择尼泊金酯类防腐剂与传统的山梨酸防腐剂进行抑菌对比试验。结果(1)高温杀毒杀菌后进行腐败菌菌型鉴定,发现日用盒装豆腐腐败菌主要为产气肠杆菌、松鼠葡萄球菌、木糖葡萄球菌、梭形芽孢杆菌;新冠肺炎病毒核酸检测阴性;(2)高温杀毒后选用尼泊金丁酯防腐保鲜效果优于其他防腐保鲜剂;(3)保鲜评价表明尼泊金丁酯防腐保鲜结合高温水浴杀毒杀菌,各项卫生指标都符合国家标准,且无质构变化。结论选用0.3g/kg浓度尼泊金丁酯浸泡豆腐30 min并结合82°C30 min的巴氏杀毒杀菌综合防腐保鲜技术可能是疫情情况下日用豆腐的防腐保鲜理想方案。

摘要： 目的 新冠肺炎疫情肆虐全球,时间长,范围广,疫情扩散中多地出现冷链食品源疫情,为食品卫生工程提出新的挑战.传统的冷链食品杀毒杀菌可能难以满足疫情的卫生需求,本文以盒装豆腐为代表探讨疫情背景下食品防腐保鲜新技术,旨在杜绝食源性疫情发生.方法 随机抽取盒装豆腐样品,采用高温水浴消毒法进行杀毒杀菌,再对腐败菌经菌落培养依据伯杰氏细菌学手册进行分型鉴定,根据敏感菌型选择尼泊金酯类防腐剂与传统的山梨酸防腐剂进行抑菌对比试验.结果(1)高温杀毒杀菌后进行腐败菌菌型鉴定,发现日用盒装豆腐腐败菌主要为产气肠杆菌、松鼠葡萄球菌、木糖葡萄球菌、梭形芽孢杆菌;新冠肺炎病毒核酸检测阴性;(2)高温杀毒后选用尼泊金丁酯防腐保鲜效果优于其他防腐保鲜剂;(3)保鲜评价表明尼泊金丁酯防腐保鲜结合高温水浴杀毒杀菌,各项卫生指标都符合国家标准,且无质构变化.结论 选用0.3g/kg浓度尼泊金丁酯浸泡豆腐30 min并结合82°C30 min的巴氏杀毒杀菌综合防腐保鲜技术可能是疫情情况下日用豆腐的防腐保鲜理想方案.

摘要： 目的 分析非结核分枝杆菌(nontuberculous mycobacteria,NTM)肺病患者临床特征、菌种分布及对常用抗结核药物的耐药情况.方法 采用回顾性研究的方法,按照入组标准收集2016年1月至2021年1月苏州市第五人民医院确诊的84例NTM肺病患者(NTM组)和同期的84例肺结核患者(肺结核组)的临床资料,分析两组患者在既往病史、入院初期的临床症状和影像学表现等方面的差异,并记录NTM分离株的菌种鉴定结果及各菌种对异烟肼、链霉素、对氨基水杨酸、阿米卡星、左氧氟沙星、利福平、乙胺丁醇、丙硫异烟胺等8种常用抗结核药品的耐药性.结果 NTM组患者有慢性呼吸系统疾病[22.6％(19/84)]、发热[27.4％(23/84)]、咳嗽[95.2％(80/84)]、咯血[29.8％(25/84)]、胸闷[40.5％(34/84)]、并发肺部空洞[38.1％(32/84)]、支气管扩张[45.2％(38/84)]及γ-干扰素释放试验阴性[77.4％(65/84)]等方面均明显高于肺结核组[分别为2.4％(2/84)、3.6％(3/84)、57.1％(48/84)、9.5％(8/84)、15.5％(13/84)、21.4％(18/84)、7.1％(6/84)、2.4％(2/84)],差异均有统计学意义(x2=15.728,P＜0.001;x2=18.202,P＜0.001;x2=38.403,P＜0.001;x2=10.898,P=0.001;x2=13.028,P＜0.001;x2=5.581,P=0.018;x2=31.531,P＜0.001;x2=98.536,P＜0.001).84株NTM分离株前3位的菌种依次为:胞内分枝杆菌(58株,69.0％)、堪萨斯分枝杆菌(15株,17.9％)和龟/脓肿分枝杆菌(6株,7.1％).药物敏感性试验结果显示,84株NTM分离株对8种抗结核药品的耐药率由高到低依次为异烟肼(84株,100.0％)＞链霉素(83株,98.8％)＞对氨基水杨酸(82株,97.6％)＞阿米卡星(77株,91.7％)＞左氧氟沙星=利福平(69株,82.1％)＞乙胺丁醇(22株,26.2％)＞丙硫异烟胺(13株,15.5％).结论 NTM肺病好发于有慢性呼吸系统疾病的老年患者,γ-干扰素释放试验阴性可早期及时区分NTM肺病和肺结核.NTM对常用抗结核药物耐药率高,治疗难度大,早期诊断并积极进行药物敏感性试验意义重大.

摘要： 为分析山东地区非结核分枝杆菌(non-tuberculous mycobacterium,NTM)临床分离株菌种分布及耐药情况,笔者选取2015年1月至2019年12月山东省胸科医院收治的354例NTM肺病患者的临床分离株进行菌种鉴定,并分析菌株对异烟肼、利福平、乙胺丁醇等25种药品的耐药情况(2018年前采用绝对浓度法检测,2018年及以后采用微孔板法检测).结果 显示,354株NTM临床分离株共鉴定出12种菌种,主要以胞内分枝杆菌(69.77％,247/354)、堪萨斯分枝杆菌(12.71％,45/354)及脓肿分枝杆菌(7.63％,27/354)为主.男性和≥45岁患者构成比[分别为64.97％(230/354)和84.75％(300/354)]明显高于女性和＜45岁患者[分别为35.03％(124/354)和15.25％(54/354)],差异均有统计学意义(x2值分别为18.639和42.363,P值均＜0.01).183株(51.69％)NTM分离株行药物敏感性试验,其中,50株采用绝对浓度法,结果显示:除对乙胺丁醇的耐药率为52.00％(26/50)外,对其余9种药品(异烟肼、利福平、链霉素、卷曲霉素、左氧氟沙星、对氨基水杨酸、阿米卡星、卡那霉素、氧氟沙星)的耐药率均≥86.00％;133株采用微孔板法,结果显示:对莫西沙星、阿米卡星及克拉霉素的耐药率均较低[分别为0.00％(0/133)、3.76％(5/133)、6.02％(8/133)],对亚胺培南/西司他丁、多西环素、米诺环素、复方磺胺甲嗯唑的耐药率均较高[分别为98.50％(131/133)、91.73％(122/133)、90.23％(120/133)、90.23％(120/133)];且不同NTM菌种对部分药品的耐药性存在种间差异.

摘要： 目的 通过对福建省261株非结核分枝杆菌(NTM)进行菌种鉴定,分析福建省NTM的菌种分布情况,为福建省NTM病的临床诊疗和流行病学研究提供科学依据.方法 从福建省9个省级结核病耐药监测点和9个地市级疾病预防控制中心结核病实验室2016年6月至2019年12月开展常规培养的菌株中,收集到分枝杆菌菌株3355株,经对硝基苯甲酸(PNB)生长试验初步鉴定出261株NTM菌株,采用GenoType Mycobacterium CM试剂盒进行分枝杆菌的菌种鉴定,DNA测序或MeltPro Myco试剂盒进一步鉴定无法确定菌种的菌株.结果 从261株被初步鉴定为NTM的菌株中,鉴定出213株(81.61％)NTM,NTM的分离率为6.35％(213/3355),其中,位列前三的NTM菌种分别是胞内分枝杆菌(65.73％,140/213)、脓肿分枝杆菌(17.37％,37/213)和堪萨斯分枝杆菌(4.22％,9/213);同时,发现了 6种罕见的 NTM,分别为 M.arupense、M.peregrinum、M.phocaicum、M.sinense、M.vanbaalenii和M.dioxanotrophicus;还鉴定出了 9株混合感染菌株,其中,8株为结核分枝杆菌复合群(MTBC)和胞内分枝杆菌的混合感染,1株为MTBC和鸟分枝杆菌的混合感染.结论 三种NTM鉴定方法的联合使用,揭示了福建省最常见的3种NTM分别是为胞内分枝杆菌、脓肿分枝杆菌和堪萨斯分枝杆菌,还发现了 6种罕见的NTM和9株混合感染菌株.

摘要： 回顾性分析2014年3月至2019年3月天津市海河医院经罗氏培养和“DNA微阵列芯片技术”确定的339株非结核分枝杆菌(NTM),并对其药物敏感性试验(简称“药敏试验”)结果进行分析.339株NTM临床分离株中,排在前3位者分别为胞内分枝杆菌38.6％(131/339)、龟-脓肿分枝杆菌21.2％(72/339)、堪萨斯分枝杆菌18.3％(62/339).体外药敏试验显示胞内分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌和龟-脓肿分枝杆菌对8种抗结核药品(异烟肼、利福平、链霉素、乙胺丁醇、对氨基水杨酸、卡那霉素、卷曲霉素、氧氟沙星)耐药率情况为:胞内分枝杆菌的耐药率分别为95.6％(108/113)、82.3％(93/113)、94.7％(107/113)、54.0％(61/113)、92.0％(69/75)、81.3％(61/75)、85.3％(64/75)、87.5％(49/56);堪萨斯分枝杆菌的耐药率分别为100.0％(54/54)、3.7％(2/54)、98.1％(53/54)、11.1％(6/54)、95.0％(38/40)、90.0％(36/40)、27.5％(11/40)、13.8％(4/29);龟-脓肿分枝杆菌的耐药率分别为96.9％(62/64)、93.8％(60/64)、95.3％(61/64)、92.2％(59/64)、88.4％(38/43)、86.0％(37/43)、88.4％(38/43)、87.1％(27/31).临床分离NTM菌种以胞内分枝杆菌、龟-脓肿分枝杆菌、堪萨斯分枝杆菌为主,其中胞内分枝杆菌、龟-脓肿分枝杆菌对常用一线、二线抗结核药品具有较高的耐药性,堪萨斯分枝杆菌对利福平、乙胺丁醇、氧氟沙星、卷曲霉素的耐药率低.

摘要： 本发明公开了一种细菌鉴定和分型分析基因组数据库及鉴定和分型分析方法。通过删除错误的标签和低质量的基因组组装来创建一个高质量的细菌鉴定和分型分析基因组数据库。并依托该数据库，提供了基于基因组信息进行细菌鉴定和分型分析方法，开发了一套快速的细菌基因组鉴定鉴定平台（FIDBac）。FIDBac鉴定的准确率达到97%以上，显著高于其它同类鉴定系统或软件。这一单一、连贯和自动化的细菌基因组鉴定工作流程，对于在食品工业、制药工业、临床诊断和微生物资源开发等领域具有重要意义。

摘要： 本发明公开了一种辣椒和番茄细菌性疮痂病菌分子分型的方法，首次公开了采用多位点序列分型方法（MLST），对辣椒和番茄细菌性疮痂病菌进行分子分型的操作技术，本发明提取该病原菌基因组DNA，通过7个看家基因筛选、扩增、检测与测序。采用DNAMAN软件对测序结果进行多序列比对与分析，获得菌株序列型（ST）。在线采用eBURST V3程序进行序列型分析，可将4种病原菌有效区分。本分型技术所使用的7个看家基因组合、扩增引物均为首次采用，PCR反应体系和条件为自行优化。该技术流程可以用于辣椒和番茄细菌性疮痂病菌分类鉴定和遗传多样性研究。

摘要： 本发明公开了一种用于扩增朱鹮Ⅱ类MHC基因序列的特异性引物及基因分型方法，其序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.7所示。采用本发明的扩增引物，可以有效扩增出朱鹮Ⅱ类MHC各位点的核苷酸序列，并通过后续的SSCP‑HD技术对每个个体进行基因分型。本发明具有特异性强、操作过程简便快速的优点，通过对Ⅱ类MHC基因进行基因分型，可以评估朱鹮个体Ⅱ类MHC基因的多态性高低，检测其抵抗细菌性疾病的潜力，为朱鹮保护工作中的新种群奠基者选择、野化放归个体选择以及人工配对等工作提供重要参考。

摘要： 本发明公开了一种辣椒或番茄上细菌性疮痂病菌分子分型方法，该方法首次公开了采用特殊限制性内切酶

摘要： 本发明公开了一种细菌鉴定和分型分析基因组数据库及鉴定和分型分析方法。通过删除错误的标签和低质量的基因组组装来创建一个高质量的细菌鉴定和分型分析基因组数据库。并依托该数据库，提供了基于基因组信息进行细菌鉴定和分型分析方法，开发了一套快速的细菌基因组鉴定鉴定平台（FIDBac）。FIDBac鉴定的准确率达到97%以上，显著高于其它同类鉴定系统或软件。这一单一、连贯和自动化的细菌基因组鉴定工作流程，对于在食品工业、制药工业、临床诊断和微生物资源开发等领域具有重要意义。

摘要： 本申请公开了构建病原细菌的核心基因参考短序列集的方法，其包括步骤确定每个核心基因的参考短序列，以建立核心基因参考短序列；其中从所述核心基因对应的全部型别中挑选一定数量的参考型别形成参考型别集，并将其中每个参考型别的核酸序列分解为一系列固定碱基长度的短序列，该一系列固定碱基长度的短序列即为该核心基因的参考短序列集。本申请还公开了基于该方法的系统以及基于该方法的样品病原细菌分型方法和系统。本申请提供的方法和系统不但可提高计算效率和系统鲁棒性，更可避免私有基因型别数据被上传至不可控的公开数据库中。

摘要： 本发明公开了一种用于鉴定样品中幽门螺杆菌的细菌分型和耐药类型的二代测序建库方法，包括步骤S1，引物的设计和筛选，根据待测靶基因设计特异性引物；步骤S2，合成通用引物对；步骤S3，合成过渡性引物对；步骤S4，合成建库引物对；步骤S5，基因组的提取；步骤S6，在PCR扩增体系中加入所有的特异性引物对进行第一轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；步骤S7，在PCR扩增体系中加入通用引物对和所有的过渡性引物对进行第二轮的多重扩增，回收产物并稀释，作为下一轮多重扩增的模板；步骤S8，在PCR扩增体系中加入建库引物对进行第三轮的建库扩增，回收产物，获得制备完毕的文库；步骤S9，NGS靶基因测序；步骤S10，NGS分析。

摘要： 本发明公开了一种用于快速鉴别细菌多粘菌素耐药基因mcr具体分型的多重LAMP试剂盒和检测方法。本发明设计了五对外引物、五对内引物和五对环引物，可以在一个反应中准确鉴定耐药基因mcr的具体分型，同时可以通过Multi‑LAMP反应快速区分耐药基因mcr的具体分型，而且还具有快速高效、操作简便、高特异性、高灵敏度、检测简便、适合现场检测等优点，临床上具有极高的应用价值。

摘要： 本发明公开了一种辣椒和番茄细菌性疮痂病菌分子分型的方法，首次公开了采用多位点序列分型方法（MLST），对辣椒和番茄细菌性疮痂病菌进行分子分型的操作技术，本发明提取该病原菌基因组DNA，通过7个看家基因筛选、扩增、检测与测序。采用DNAMAN软件对测序结果进行多序列比对与分析，获得菌株序列型（ST）。在线采用eBURST V3程序进行序列型分析，可将4种病原菌有效区分。本分型技术所使用的7个看家基因组合、扩增引物均为首次采用，PCR反应体系和条件为自行优化。该技术流程可以用于辣椒和番茄细菌性疮痂病菌分类鉴定和遗传多样性研究。

摘要： 本发明公开了大熊猫抗细菌潜力检测的II类MHC基因的特异性引物及分型方法。引物序列如序列表所示，大熊猫II类MHC区域DRA、DRB3、DQA1、DQA2、DQB1和DQB2基因二号外显子的分型方法是采用所述的扩增产物，用单链构象多态性对目标片断进行基因分型。II类MHC负责结合及呈递细菌抗原，从而激发相应免疫反应，本发明有利于正确进行大熊猫II类MHC基因分型和基因多态性分析，因此能帮助我们进一步研究与细菌引起的疾病有关的特定等位基因、评估大熊猫抗病能力以及更好地进行大熊猫保护育种。