育种值

摘要： 为推进杉木(Cunninghamialanceolata)育种进程,对广东乐昌市龙山林场和韶关市曲江区国有小坑林场杉木第3代育种园亲本群体的早期(3 a生)生长和结实性状进行分析。结果表明,同一育种园亲本无性系在生长性状(树高、胸径、单株材积、冠幅)和结实能力上存在显著差异,生长性状的差异甚至达到极显著水平(P<0.01),表型变异系数、遗传变异系数分别为12.8%~73.5%、6.5%~59.2%,生长性状重复力也处于较高水平(≥0.70),利于亲本的再选择。采用最佳线性无偏预测法(BLUP)估算亲本生长性状育种值并进行综合排名(各生长性状育种值排名均在前50%内),结合结实能力表现,从龙山育种园和小坑育种园中分别选出生长和结实皆优亲本22和30个,2处育种园共有的生长和结实皆优亲本有cx836、cx837、cx840、cx845、cx851、cx856、cx859和cx877等。

摘要： 【目的】探讨逆传播人工神经网络(BPANN)算法用于预测分子标记育种值的可行性。【方法】采用高通量测序技术对284尾F1代凡纳滨对虾及其父母本进行特定长度扩增片段测序(SLAF-seq),随机取200尾对虾样品的数量性状基因座(QTL)基因型和体质量数据,构建BPANN预测模型,利用该模型分别对其余84尾凡纳滨对虾进行体质量性状预测。【结果】构建了1个高密度的单核苷酸多态性(SNP)遗传连锁图谱,鉴定出6个与体质量相关的QTL,对此QTL的BPANN育种值预测结果显示,育种值的平均误差为0.0320±0.0064,低于贝叶斯线性回归模型预测的平均误差值(0.0462±0.0056)。【结论】BPANN用于预测凡纳滨对虾分子标记育种值效果良好。

摘要： 【目的】通过分析杉木第三代亲本杂交子代生长性状的遗传变异,旨在开展三代家系及四代优树选择,为大岗山地区提供优良造林家系及第四代育种群体构建材料。【方法】在对2~7年生22个杉木第三代亲本全同胞家系的树高、胸径、冠幅和单株材积遗传分析基础上,利用BLUP方法,通过构建亲缘关系矩阵,对树高、胸径和单株材积育种值进行估测。【结果】全同胞家系间生长表型变异丰富,单株材积变异系数最大,可作为家系选择的主要生长性状。树高、胸径和单株材积家系遗传力分别为0.116~0.274、0.217~0.253和0.203~0.290。以7年生时家系单株材积育种值为选择指标,选择速生型优良家系6个,入选率约27%,入选家系树高、胸径和单株材积的现实增益分别达2.92%、16.36%和54.92%。6年生时选择准确度趋于稳定,可作为杉木优良家系早期选择的参考林龄。采用配合选择方法,选择出39个优株,单株入选率为5.53%,入选单株树高、胸径及单株材积现实增益分别为28.38%、59.86%和218.53%。【结论】杉木第三代全同胞优良家系仍具有较高材积增益,入选优良单株可用于第四代育种群体构建。

摘要： 随着人工养殖大刺鳅产业的逐渐兴起,苗种种质混乱和遗传背景不清晰等问题日益突出,不利于该品种的商业化开发。为探究大刺鳅的选育潜力,本研究以野生大刺鳅为亲本,通过全同胞育种模式构建了17个全同胞家系。经过18个月龄的养殖,最终获得7个有效家系,并采用单性状动物模型,以各家系亲本的体质量为协变量,估算了18月龄体质量的遗传力和个体BLUP育种值。通过18月龄大刺鳅全同胞家系体质量的方差组分评估结果显示,遗传力达到了(0.4681±0.1737),t检验P<0.01。此外,体质量与其育种值之间呈正相关线性关系,雄鱼回归方程为y=0.3936x-84.1930(R^(2)=0.7554,P<0.01);雌鱼回归方程为y=0.517x-64.126(R^(2)=0.8178,P<0.01)。个体育种值前50的雌性个体主要集中在3个家系中(B、E和D),尤其是家系B,雌性育种值前24和雄性育种值前19均来源于该家系。其中,雄鱼最大育种值为75.09,雌鱼最大育种值为67.49,均来自于家系B。本研究显示大刺鳅体质量具有较高的遗传力,可以通过表型或BLUP育种值的方式进行选育。

摘要： 为估计全州禾花鲤(Cyprinus carpio var.Quanzhouensis)生长性状的遗传参数,采用嵌套交配设计和人工授精法构建了23个全州禾花鲤家系,利用混合线性模型估计全州禾花鲤体质量、体长、体宽、体长/体宽、日增重的遗传力、表型相关、遗传相关及育种值。结果表明:体质量(0.45,P0.05)为低遗传力。体质量、体宽、全长、日增重性状相互之间有较高的表型相关与遗传相关(0.76-0.99),体质量与体长/体宽、日增重与体长/体宽之间表型相关与遗传相关(0.55-0.67)较低。育种值分析显示日增重与体长、日增重与体宽、体长与体宽性状育种值之间极显著相关(P<0.01),采用育种值开展个体选择与表型值选择结果存在明显差异。全州禾花鲤选育应采用多性状综合选育策略,同时改良生长速度、体型和体色性状,从而获得优质高产禾花鲤新品种。

摘要： 为实现华山松造林良种化,对30个华山松半同胞家系苗期生长状况进行了测定,利用R语言ASReml包进行了遗传评估,根据育种值排名选择优良家系,预测遗传增益。结果表明,华山松苗高和地径在家系间存在显著差异,有较大的选择潜力;苗高和地径遗传力分别为0.829、0.726,说明苗高和地径受到相对较高的遗传控制。根据苗高育种值,初步选择出HH12、HH14、DH42、HH11、HH275个表现优良的家系,遗传增益可达17.4%。

摘要： 福建柏是优良的用材树种,遗传改良和发展利用很有必要,但其育种群体尚未建立。该研究利用127株福建柏优树开展20 a自由授粉子代测定估算生长性状育种值,结合群体遗传多样性构建福建柏第1代核心育种群体,以期为交配创新种质提供亲本材料,提高优良品种选育效率。结果表明,优树生长性状具有丰富的遗传变异,树高、胸径和单株立木材积的狭义遗传力介于0.2147~0.3085,分别有19.75%、32.38%和28.56%的遗传变异源自家系间。狭义遗传力与广义遗传力比值介于0.4641~0.5875,后向选择优树能获得稳定的生长遗传增益。依据单株立木材积育种值和EST-SSR分子标记特征值迭代筛选出41株优树构成第1代核心育种群体,观察杂合度0.3598,Shannon信息指数1.3228,等位基因数6.5455,有效等位基因数3.3069。核心育种群体的单株立木材积育种值是第1代育种群体的1.63倍,并保留了第1代育种群体73.58%的遗传多样性。

摘要： 以2代选育群体为亲本、采用巢式设计构建21个施氏獭蛤(Lutraria sieboldii)全同胞家系,利用混合线性模型对30日龄和80日龄施氏獭蛤生长性状进行遗传参数和育种值估计.结果显示:施氏獭蛤早期发育过程中壳长生长速度较壳高快,性状间遗传相关系数范围为0.96～0.98,表型相关系数范围为0.77～0.96,均呈正相关,80日龄施氏獭蛤壳长、壳高与体质量间表型相关系数较高;30日龄的壳长和壳高性状遗传力分别为0.31±0.02和0.25±0.01,80日龄的壳长、壳高、壳宽和体质量性状的遗传力分别为:0.35±0.27、0.27±0.20、0.06±0.04和0.25±0.19,壳宽性状遗传力为低遗传力,其余性状遗传力均属中等遗传力;不同性状个体育种值的前10家系相同率为70％～90％,基于育种值选择比基于表型值选择效率提高13％～30％(10％留种率).研究表明:施氏獭蛤早期对体质量性状进行选择时可参考壳长、壳高性状,早期利用壳长、壳高和体质量性状进行选择时遗传进度高,利用个体育种值进行选择具有更高的优势.研究结果将为施氏獭蛤生长性状选择育种提供了参考依据.

摘要： 不同种类的家养动物会对全基因组选择模型应用后的育种效果造成一定的差异,因此研究全基因组选择模型在家养动物遗传育种中的应用方法。基于全基因组选择模型计算生长参数,估计各动物不同性状基因组育种值,得到谱系结构的总体关系矩阵;引入噪声变量减少育种代数,综合考虑外界环境变量对基因与系统的影响,计算噪声统计标准差;追踪家养动物遗传育种谱系,构建家养动物遗传育种谱系结构。在实验中,将猪、羊、鸡和鸭四种家养动物作为实验对象,计算各动物针对体重基因性状的育种值,通过三次迭代育种值的计算可知,羊的育种值变化最大,其次是鸭和鸡,猪的变化幅度最小。四种家养动物不同阶段的体重监测数据显示,猪在三次迭代中体重的增长幅度为13.08%,羊、鸡、鸭的增长幅度分别为16.27%、13.96%和15.14%。综合以上数据可知,全基因组选择模型对羊类动物的育种效果最明显,对猪类动物的作用效果最差。

摘要： 不同种类的家养动物会对全基因组选择模型应用后的育种效果造成一定的差异,因此研究全基因组选择模型在家养动物遗传育种中的应用方法.基于全基因组选择模型计算生长参数,估计各动物不同性状基因组育种值,得到谱系结构的总体关系矩阵;引入噪声变量减少育种代数,综合考虑外界环境变量对基因与系统的影响,计算噪声统计标准差;追踪家养动物遗传育种谱系,构建家养动物遗传育种谱系结构.在实验中,将猪、羊、鸡和鸭四种家养动物作为实验对象,计算各动物针对体重基因性状的育种值,通过三次迭代育种值的计算可知,羊的育种值变化最大,其次是鸭和鸡,猪的变化幅度最小.四种家养动物不同阶段的体重监测数据显示,猪在三次迭代中体重的增长幅度为13.08％,羊、鸡、鸭的增长幅度分别为16.27％、13.96％和15.14％.综合以上数据可知,全基因组选择模型对羊类动物的育种效果最明显,对猪类动物的作用效果最差.

摘要： 目的：为了探讨动物模型BLUP法在估计新疆地区荷斯坦牛育种值中的应用,为荷斯坦牛的选种选配计划提供理论依据.rn 方法：本文利用新疆呼图壁种牛场牧一场、牧二场及牧三场1996年～2010年15年间荷斯坦牛生产性能记录资料,采用SAS8.1最小二乘分析和动物模型BLUP法,对荷斯坦牛进行了单性状育种值估计.rn 结果：本研究估计得到公牛产奶量育种值、乳脂率育种值、乳蛋白率育种值排名第一的分别为94166、8466、11100120号;母牛产奶量育种值、乳脂率育种值、乳蛋白率育种值排名第一的分别为120030103、120050077、320030159号;并根据产奶量、乳脂率、乳蛋白率育种值制定了荷斯坦牛总性能指数(TPI).rn 结论：估计得到的产奶量育种值、乳脂率育种值和乳蛋白率育种值的排序中,有一定的不一致性.为使种畜评定更准确,需综合考虑产奶量和乳成分等各方面,制定总性能指数具有重要意义。

摘要： 为准确估计大菱鲆不同生长阶段体重的遗传参数和育种值,利用56个全同胞家系在3月龄、6月龄、9月龄、12月龄和15月龄体重的测量数据,分别对4种不同动物模型估计遗传参数的差异进了比较分析.结果表明::6月龄利用模型AF,3月龄、9月龄、12月龄、15月龄利用模型AFD对遗传参数和育种值进行估计较为适合。无论进行家系选择还是进行个体选择依据育种值选择与依据表型值选择的结果存在较大差异，在每一生长阶段依据育种值选择的效率均高于表型值选择的效率。

摘要： 探求加快肉羊改良遗传进展，缩短世代间隔一直是绵羊数量遗传研究者追求的一个目标。根据BLUP原理，利用甘肃省皇城种羊场2000-2003年共1 223只绵羊的周岁重数据资料，对绵羊周岁重性状进行不同模型的比较分析，筛选出估测绵羊周岁重性状育种值的动物模型y=Xb+Za+Win+Sl+e，并估测出55只种公羊的育种值大小。

摘要： 本文对3年生尾叶桉实生种子园建园家系的生长性状、干形和枝冠形质性状及开花结实率的遗传分析表明:随林龄的递增,生长性状、干形和枝冠形质性状的遗传力在种源、家系和单株3层次逐渐变小并有稳定的趋势,且种源遗传力＞家系遗传力＞单株遗传力.利用BLPs估算家系和家系内个体育种值,并对建园家系、个体进行筛选,为种子园的遗传间伐提供依据.经遗传分析表明,尾叶桉SSObs种子园的遗传遵循加性+显性基因型遗传模式.从两个对照良种与建园家系的比较结果看,在SSObs种子园中,材积生长量大于CK1、CK2的优系有38个和39个,分别占建园家系总数的84.4％和86.7％;干形指标大于CK1、CK2的优系有30个和35个,占建园家系总数的66.7％和77.8％.表明建园的绝大多数家系其遗传品质是理想的.

摘要： 本项研究选用生产上广泛应用的6个柞蚕品种为亲本，采用Griffing双列杂交方法四，对亲本在杂交后代中的产茧量、千粒茧重及收蚁结茧率的配合力作了研究。结果表明：除千粒茧重外，产茧量和收蚁结茧率的特殊配合力方差显著地大于一般配合力方差，说明在杂种后代中，这两个性状的显性效应和上位性效应占主导地位，而千粒茧重则以加性效应为主。不同亲本不同组合的GCA和SCA差异较大，其中582的三个性状均表现出最高的一般配合力效应值，其次是抗大；杂交组合582×抗大的产茧量和收蚁结茧率的育种值、特殊配合力及总配合力明显地优于其他组合，千粒茧重的育种值、特殊配合力及总配合力最优组合为582×9906和582×抗大，其次是582×8821。

摘要： 一头公牛的种用价值可通过它的多个育种值指标来反映，购买冻精时还需要考虑公牛自身的体型外貌吗?奶农关心的是公牛的女儿质量。如果这全部用育种值表示，公牛自身的外貌还有什么作用?本文是来自于国外主要荷斯坦公牛站的观点，立场各异，供国内同行参考。

摘要： 梅山猪是我国优秀的保种资源，以繁殖力高闻名于世。本文以梅山猪保种群为特定研究对象，将建立的单体型随机回归模型应用到梅山猪繁殖性状候选基因研究中去，指导猪场进行单体型辅助选择和辅助保种，以期加快其遗传改良速度。本研究针对ESR基因的PvuⅡ、AvaⅠ和MspAⅡ三个多态位点组成的单体型进行分析。结果显示，单体型ABB对各胎产仔数性状影响显著，单体型ABB对产仔数的效应值为一个平滑的曲线，且第1胎、11胎、12胎为负效应，而第4到第7胎的单体型效应值较大。为便于遗传评估，将求出的单体型效应、剩余微效多基因的EBV值进行排序。由排序结果得知，1至12胎育种值之和排序同ABB单体型效应值排序的顺序是不一致的，单独按照某个指标筛选可能使优秀的个体被错误地筛选掉了。本研究采用综合排序结果充分考虑了显著影响产仔数的单体型ABB的效应和剩余微效多基因的育种值效应，按照综合育种值排序可以制定相对较合理的选种和选配方案。

摘要： 本文采用动物模型和MTDFREML软件计算了北京鸭早期生长性状的遗传参数、育种值和母体效应,得出了如下结果:(1)北京鸭在第5周生长速度达到高峰;(2)北京鸭早期生长性状的遗传力较高,直接选择可以取得较好的效果;其母本效应随着日龄的增加逐步减小;(3)北京鸭早期生长性状之间存在较强的遗传和表型正相关,可以考虑用1周龄体重或2周龄体重作为北京鸭生长性状早期选择的指标;(4)北京鸭早期生长性状的母本效应有随着日龄的增加逐步减小的趋势,其育种值则呈现随着日龄的增加逐步增大的趋势.

摘要： 采用面向对象编程技术和可视化的界面设计方法，运用SQLServer 2005为后台数据库并结合Visual studio2005，采用C#为程序设计语言，研发了肉羊信息管理与育种分析系统。根据肉羊育种实际需求，设计了用户管理、数据管理、育种分析和系统帮助四大模块，以实现肉羊育种资料的科学化管理，提高肉羊选种和选配的准确度.

摘要： 采用面向对象编程技术和可视化的界面设计方法，运用SQLServer 2005为后台数据库并结合Visual studio2005，采用C#为程序设计语言，研发了肉羊信息管理与育种分析系统。根据肉羊育种实际需求，设计了用户管理、数据管理、育种分析和系统帮助四大模块，以实现肉羊育种资料的科学化管理，提高肉羊选种和选配的准确度.

摘要： 本发明公开了一种以颜色色值为彩色扁豆选育标准的聚合育种方法，其特征在于，采用红色、绿色和蓝色的RGB值表征扁豆荚的颜色。本发明把RGB的颜色组成引进在彩色蔬菜育种中，提供一种以颜色色值为标准的培育彩色扁豆的方法，采用基因聚合育种手段，根据基因累加效应的原理，建立彩色扁豆亲本选配组配技术，即把工业上的颜色组成和生物界相联系，建立能够预测杂交后代果实颜色的分离方法，创造出新的植物颜色。本发明实施简便，能创新性的提高彩色育种的效果。

摘要： 本发明公开一种整合显性效应的基因组育种值估计方法，涉及畜禽遗传选育技术领域。该方法包括确定参考群体和候选群体、参考群体目标性状表型测定获取、参考群体全基因组标记分型、参考群体基因标记质量控制、参考群体杂合标记偏离幅度统计、基因组标记重新编码规则制定、候选群体全基因组标记分型、候选群体基因标记质量控制、基因组标记重新编码和估计基因组育种值等步骤。本发明基于杂合基因型表型与纯合基因型表型的偏离程度，制定编码规则，从基因组标记端着手，重新编码杂合基因型，使基因标记编码包含显性效应，然后估计基因组育种值。本发明适应畜禽遗传选育需求，能够不增加模型复杂度的同时大幅提高基因组估计育种值准确性。

摘要： 本发明公开了一种连续性状和阈性状基因组育种值联合估计的贝叶斯方法。该方法为基于线－阈模型的新贝叶斯方法，称为LT‑BayesCπ，用于连续性状和阈性状联合分析。使用模拟数据和第十四届QTL‑MAS国际研讨会公共数据验证LT‑BayesCπ，其基因组预测的准确性与基于单性状模型的BayesCπ、BayesTCπ进行比较，同时研究了其性能表现的影响因素。本发明结果表明，在所有情形下，LT‑BayesCπ对阈性状的基因组预测准确性比BayesTCπ显著增加，然而对连续性状的准确性与BayesCπ相当。

摘要： 本发明公开一种高产蛋黄羽肉鸡的基因组育种值遗传评估方法，涉及家禽选育技术领域。该方法包括测定鸡群体重和产蛋数、基因组标记分型、估计基因组标记效应值、计算基因组标记评估指数，计算个体基因组评估指数、选择留种个体等步骤。本发明基于黄羽肉鸡体重和产蛋数基因组标记效应值，解析基因组标记对拮抗效应的影响，制定标记效应评估指数，进而计算个体基因组评估指数，用于决定种用个体选留。本发明适应黄羽肉鸡产蛋性状育种需求，能够保持生长速度增长的基础上，提高鸡群的产蛋量，为拮抗性状的选择提供支持。

摘要： 本发明提供一种基于MCP稀疏深层神经网络模型估计水产动物基因组育种值的方法，针对SNP直接加性和互作上位效应利用基于最小最大凹度惩罚函数(MCP)正则化稀疏深层神经网络(DNN‑MCP)模型估计水产动物基因加性效应及非线性上位效应，并解析生长或抗逆性状进行基因组育种值估计。通过深层神经网络(DNN)模型进行MCP正则化约束，压缩基因互作较小SNP效应DNN‑MCP模型的稀疏结构，最终求得深层稀疏结构MCP‑DNN的输出结果，解决因SNP互作效应引起参数“高维灾难”，导致深层神经网络(DNN)过度拟合问题，进而显著提高基因组育种值估计的准确性。

摘要： 本发明的基于SNP芯片的阈性状基因组育种值估计方法，包括以下步骤：步骤S1，获取数据文件，并对所述数据文件进行预处理，获得可靠的预处理数据；步骤S2，对步骤S1获得的预处理数据进行SNP效应值估计，选择贝叶斯方法LD‑BayesT进行估计SNP效应，获得单个性状的所有SNP效应值；步骤S3，根据SNP效应值和候选群SNP基因型，获得单个阈性状的个体基因组育种值。本发明整合了SNP芯片信息、SNP位置信息、表型信息，根据动物的SNP信息即可对动物具有经济价值的阈性状进行基因组育种估计，用于动物的精准选种。

摘要： 本发明公开了一种动植物育种值预测方法及装置，属于育种值预测领域，在获取到基因组后，对基因组进行单核苷酸多态性标记，然后获取每个染色体的标记，对每个染色体的标记构建中间矩阵，合并所有中间矩阵得到基因组的亲缘矩阵，然后由亲缘矩阵计算得到第一育种值，之后根据第一育种值为每个染色体的标记构建权重中间矩阵，由权重中间矩阵得到基因组的加权亲缘矩阵，最后根据加权亲缘矩阵计算得到最终的育种值。本申请方案提供的预测方法，在计算得到第一育种值之后，根据第一育种值对每个染色体的标记进行加权，无需假定所有标记都存在效应，有效利用高密度标记信息，提高了最终育种值的准确率，计算过程简单，降低了预测时间和计算成本。

摘要： 本申请涉及一种估计基因组育种值的方法、装置及系统，估计基因组育种值的方法包括：获取高密度的全基因组分子标记；对全基因组分子标记进行修剪，得到第一基因组分子标记；利用第一基因组分子标记构建亲缘关系矩阵；利用亲缘关系矩阵对全基因组分子标记进行全基因组关联分析，筛选出性状相关标记；针对中遗传力和低遗传力性状，将第一基因组分子标记和性状相关标记进行合并，并基于第一混合模型方程组得到育种值；针对高遗传力的性状，将第一基因组分子标记与性状相关标记作为具有不同遗传方差的两个组分，并基于第二混合模型方程组得到育种值。如此，提高了计算效率，减少了计算资源的消耗，提高了基因组选择准确性，能够加快动植物遗传改良。

摘要： 本发明提供一种香猪表型性状的个体基因组育种值评估方法，涉及动物育种技术领域，为香猪的选种、配种提供理论依据。该发明采用GBLUP(基因组最佳线性无偏估计)模型，结合表型、基因型和谱系信息进行基因组育种值估测，采用自编写的Python程序，计算个体的育种值(即种畜个体遗传潜力的相对值)。

摘要： 本发明公开了一种拟合非加性效应的基因组选择新方法。该方法是将基因组选择中的加性效应预测模型和非加性效应预测模型组合成一个预测模型的元算法，这种方法相较于仅拟合加性效应的预测模型通常能够获得更好的预测效果。具体步骤为：获取单个群体完整的基因型信息和表型信息；随机划分训练群体和测试群体，通过混合算法MixPGV对训练群体进行迭代训练；获得各个SNP位点的期望加性效应值和期望非加性效应值，并累加得到MixPGV预测模型的加性基因组估计育种值GEBVAdd以及非加性基因组估计育种值GEBVNon‑Add；将加性基因组估计育种值GEBVAdd和非加性基因组估计育种值GEBVNon‑Add累加得到群体的基因组估计育种值GEBV，最后计算基因组估计育种值GEBV与真实育种值的相关系数来获得估计准确度。