基因表达谱芯片

摘要： 目的基因表达谱芯片筛选续苓健骨方治疗骨质疏松症模型大鼠的差异表达基因。方法将15只大鼠按随机数法分为3组:假手术组、模型组、续苓健骨方组,每组5只。去卵巢造模后1周开始灌胃给药,实验组按照体重给予续苓健骨方,另外两组灌胃与实验组等体积的生理盐水,给药连续13周,每日1次。13周后取大鼠左腿股骨进行基因表达谱芯片检测,分析芯片得到组间差异表达基因并进行功能和通路分析。结果以丨log2 Fold change丨≥1,q<0.05为条件筛选出10个造模后表达显著降低但用药后显著提高的基因,218个造模后表达显著提高但用药后表达显著降低的基因。KEGG信号通路富集分析发现PI3K/Akt通路是关键作用通路之一。设置条件(丨log2 Fold change丨≥2,q<0.01)进一步筛选获得差异基因Rplp0和Cnpy2。结论续苓健骨方的治疗作用机制可能与PI3K/AKT信号通路及Rplp0、Cnpy2基因相关。

摘要： 目的 深度分析小鼠胚胎期与成熟期肝脏差异表达基因.方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)的GEO数据库下载编号为GSE65063的基因表达谱数据,提取其中胚胎期14 d及生后56 d芯片,采用在线分析工具GEO2R完成差异表达基因(DEGs)筛选.使用DAVID对DEGs进行基因本体论及京都基因与基因组百科全书生物学通路富集分析,采用STRING分析DEGs所编码蛋白质之间的相互作用,结合CytoScape软件进行可视化;运用CytoScape软件中加载的MCODE进行功能模块构建,利用CytoHubba筛选枢纽基因并对其进行分析与构建PPI网络图.结果 成熟期肝脏相对于胚胎期,共筛选出2969个DEGs,其中上调1620个,下调1349个.上调DEGs主要富集在与代谢有关的生物过程、细胞器组分及代谢路径,而下调DEGs则主要富集于细胞周期、DNA修复等与细胞增殖相关的细胞器、生物过程及信号通路.模块分析示排列首位的基因模块全部为下调基因,主要富集于与细胞周期、细胞衰老相关的信号通路.模块二主要与补体系统、胆固醇代谢及PARP信号通路有关.模块三则主要与视黄醇代谢、甾体激素合成等有关.共筛选出枢纽基因16个,其中14个表达下调,2个上调.结论 肝脏成熟期与胚胎期基因表达谱有显著差异,肝脏的发育及成熟在不同时间与空间受到特定基因群调控,在成熟期肝脏,以代谢相关基因为主,在胚胎期则主要富集于细胞增殖分裂相关基因.筛选出来的枢纽基因尤其是下调基因可能作为肝脏异常如肝癌等疾病的早期诊断与判断预后的指标,具有重要临床意义.

摘要： 目的 探讨兔外周血内皮祖细胞(endothelial progenitor cells derived from peripheral blood,EPCs)外泌体(Exosomes)调控骨髓间充质干细胞(bone marrow stromal cells,MSCs)差异基因表达情况.方法 将EPC-Exos和MSCs共培养作为实验组,单独MSCs作为对照组,各培养14d后进行基因芯片送检,筛选出分子网络模块和关键基因.结果 从高通量芯片数据中共筛选到差异基因表达共1772个,其中表达上调基因664个,下调基因1108个.基因表达差异主要与染色体、着丝粒等细胞器定位、细胞增殖、细胞周期等密切相关;EPC-exos调控MSCs显著富集的通路中P53通路、MARK通路及酮体合成和降解途径差异明显.结论 利用基因芯片方法筛选的相关基因可能在EPC-Exos调控MSCs生物学功能中发挥重要作用,并可作为外泌体修复糖尿病创面的的理论依据.

摘要： 目的探讨兔外周血内皮祖细胞(endothelial progenitor cells derived from peripheral blood,EPCs)外泌体(Exosomes)调控骨髓间充质干细胞(bone marrow stromal cells,MSCs)差异基因表达情况。方法将EPC-Exos和MSCs共培养作为实验组,单独MSCs作为对照组,各培养14d后进行基因芯片送检,筛选出分子网络模块和关键基因。结果从高通量芯片数据中共筛选到差异基因表达共1772个,其中表达上调基因664个,下调基因1108个。基因表达差异主要与染色体、着丝粒等细胞器定位、细胞增殖、细胞周期等密切相关;EPC-exos调控MSCs显著富集的通路中P53通路、MARK通路及酮体合成和降解途径差异明显。结论利用基因芯片方法筛选的相关基因可能在EPC-Exos调控MSCs生物学功能中发挥重要作用,并可作为外泌体修复糖尿病创面的的理论依据。

摘要： 选取了10个物种与本课题组前期克隆得到的东北七鳃鳗抗增殖蛋白2(Lm-PHB2)进行氨基酸序列相似性对比,检测PHB2基因进化水平,结果表明各物种的PHB2氨基酸序列在PHB结构域处高度保守,但在N-端和C-端氨基酸序列保守性较低.将重组质粒pEGFP-N1-Lm-PHB2瞬时转染入张氏肝(CHL)细胞后,利用基因表达谱芯片技术分析基因的表达差异.结果显示CHL细胞中共有270条显著差异表达基因,其中显著上调基因共141条,显著下调基因共129条,涉及细胞信号转导、细胞周期调节、细胞增殖、细胞代谢和细胞凋亡等多个方面.通过实时荧光定量聚合酶链式反应(PCR)对基因表达谱芯片分析结果进行验证,结果显示转染pEGFP-N1-Lm-PHB2质粒后,细胞周期基因CDC25C、氧化应激相关基因(CAT,SOD,GST)和抗细胞凋亡基因HAX1均有显著性差异.

摘要： 目的:通过对COPD大鼠基因表达谱芯片的分析,探讨全真一气汤抑制COPD大鼠肺损伤的作用机制。方法:用气管注入内毒素LPS+烟熏法制造COPD大鼠模型,分为模型组9只、中药组9只,中药组予中药全真一气汤浓缩液灌胃治疗,60d后随机各组取3只大鼠取材,应用大鼠基因表达谱芯片分析两组大鼠肺组织基因差异,并利用IPA整合分析系统分析差异基因与copd的关系。结果:全真一气汤干预的中药组大鼠IL-8信号通路被显著抑制,Z-score为-2.333,其中下调基因PIK3R3(FC=-2.1091385,logFC=-1.0766538)、HMOX1(FC=-2.1376743,logFC=-1.096042)、GNAS(FC=-2.4846587,log FC=-1.3130478)、PLD3(FC=-2.4485795,log FC=-1.2919451)、ITGAM(FC=-2.500478,log FC=-1.322204)、CXCR1(FC=-2.5748348,log FC=-1.3644799)、LASP1(FC=-2.2364473,log FC=-1.1612087)、CR2(FC=-4.4339395,log FC=-2.1485891)。结论:全真一气汤可能通过调控IL-8信号通路中相关基因表达,从而抑制了COPD大鼠的肺损伤,为中医中药治疗慢性肺部疾病提供理论依据。

摘要： 目的应用基因表达谱芯片技术研究通过抑制性消减杂交技术筛选到的乙型肝炎病毒(HBV)X蛋白反式激活基因XTP3的反式调节基因. 方法构建XTP3基因的真核表达载体pcDNA3.1(-)-XTP3,应用基因表达谱芯片技术对pcDNA3.1(-)-XTP3转染的HepG2(人肝母细胞瘤细胞系)细胞和转染空载体的相同细胞的差异表达mRNA进行检测和分析. 结果HepG2细胞经转染XTP3后,有19条差异基因表达,其中8条基因表达增强,11条基因表达降低.这些差异表达的基因与细胞的增殖、分化及细胞的信号转导密切相关. 结论应用基因表达谱芯片成功筛选了XTP3的反式调节基因,为进一步阐明X蛋白与肝宿主细胞的蛋白-蛋白作用途径和方式的多步级联反应的生物过程提供理论基础.

摘要： 目的:研究骨纤维异常增殖症(fibrous dysplasia, FD)发生过程中重要分子事件，筛选并验证差异表达基因以期寻找其潜在的分子标志物及治疗靶标。rn 方法:利用全基因组芯片筛选颌骨FD与正常颌骨之间差异表达基因，及参与调控的信号通路;采用免疫组化方法在10例正常颌骨组织及40例FD组织中检测显著差异表达基因血小板反应蛋白解整合素金属肤酶2(ADAMTS2)的表达及其作为FD分子标志物的潜能。rn 结果:获得颌骨FD与正常领骨全基因表达谱，通过聚类分析筛选出3973个差异表达基因，其中包括2354个表达上调基因,1619个表达下调基因。信号通路分析结果显示，参与FD发生主要活化的通路包括核塘体通路及细胞外基质(Extracellular matrix, ECM)一受体反应通路，下调通路包括“丙肝”通路及“肿瘤”信号通路。进一步选取显著表达上调基因ADAMTS2为代表验证芯片结果。免疫组化实验结果显示，ADAMTS2在颌骨FD组织中的阳性表达率明显高于正常组织，差异有统计学意义(P<0.05)。rn 结论:绘制了FD全基因表达图谱及筛选了FD发生过程中的关键基因，为理解FD发病机制和寻找潜在的分子标志物提供了重要的理论基础。ADAMTS2有可能成为FD的分子标志物及治疗靶标。

摘要： 目的:观察银耳多糖对荷H22肝癌小鼠的抑瘤作用，应用基因表达谱芯片研究其抗肿瘤作用的机制。方法:建立了荷H22肝癌的小鼠模型，用肿瘤抑制率评价银耳多糖对肿瘤的抑制作用。分别取实验组和对照组的肿瘤组织，提取总RNA，用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP标记实验组和对照组肿瘤组织的mRNA；通过逆转录制成cDNA探针，用小鼠基因表达谱芯片进行杂交和扫描。结果:共有324个基因有表达差异。其中表达上调基因185个，表达下调基因139个。经初步分析，主要为信号转导基因，转录因子基因，细胞基质和细胞粘连相关基因，转运和泵基因，乳腺癌直接相关基因，p53上游信号/p53调节剂基因，p53信号通路基因，DNA损伤检测/p53和ATM通路基因，抗原递呈基因，化疗应答相关基因等。结论:银耳多糖对肿瘤有较好的抑制作用，其抗肿瘤作用是多靶点，多因素作用的结果，既与癌症相关基因有关，又与免疫调节，信号传导等基因有关。

摘要： 目的：观察银耳多糖对荷H22肝癌小鼠的抑瘤作用,应用基因表达谱芯片研究其抗肿瘤作用的机制。rn 方法：建立了荷H22肝癌的小鼠模型,用肿瘤抑制率评价银耳多糖对肿瘤的抑制作用。分别取实验组和对照组的肿瘤组织,提取总RNA,用Cy5-dUTP和Cy3-dUTP标记实验组和对照组肿瘤组织的mRNA;通过逆转录制成cDNA探针,用小鼠基因表达谱芯片进行杂交和扫描。rn 结果：共有324个基因有表达差异。其中表达上调基因185个,表达下调基因139个。经初步分析,主要为信号转导基因,干细胞和分化细胞的分子标志基因,细胞因子、转录因子基因,细胞基质和细胞粘连相关基因,转运和泵基因,乳腺癌直接相关基因,p53上游信号/p53调节剂基因,p53信号通路基因,DNA损伤检测/p53和ATM通路基因,抗原递呈基因,化疗应答相关基因等。rn 结论：银耳多糖对肿瘤有较好的抑制作用,其抗肿瘤作用是多靶点,多因素作用的结果,既与癌症相关基因有关,又与免疫调节,信号传导等基因有关。

摘要： 目的: 用基因芯片技术，分析、筛选氩氦冷冻消融前后肺腺癌相关基因谱的差异表达。rn 方法:建立T739小鼠LA795肺腺癌皮下移植瘤动物模型，行氩氦刀冷冻消融。分别抽提、纯化冷冻前后肿瘤组织Mrna，逆转录Cy3、Cy5标记Cdna探针，应用小鼠表达谱芯片CSC-ME-10，分析差异表达的基因。rn 结果:发现氩氦刀冷冻治疗前后T739小鼠LA795肺腺癌皮下移植瘤组织有显著性表达差异的基因共有26个，治疗后17条表达降低，9条表达增高。rn 结论:氩氦刀冷冻消融前后T739小鼠LA795肺腺痛皮下移植瘤组织部分功能基因存在着显著的表达差异，多数著异表达的基因与细胞生长因子调节、代谢酶类以及转录因子等相关。

摘要： 本文选用潜在的靶细胞模型(人的脐静脉内皮细胞)作为实验的起始模型，通过银杏灵及银杏灵有效组份(如黄酮、内酷等)处理，获得细胞水平的各种相应的基因表达谱.在此基础上，利用组织或器官模型(大鼠的肝脏、脑、血管、肾脏、心脏)，建立在喂饲银杏灵及银杏灵有效组份前后的基因表达谱，同时，进行相关的病理学检验脏器的器质性变化;将表达谱数据与病理学与生化检测数据整合，建立银杏灵的功能指纹图谱。

摘要： 本发明提供一种利用基因芯片检测小檗碱诱导RMMVECs基因表达谱的方法，包括以下步骤：(1)制备并纯化大鼠心肌膜微血管内皮细胞RMMVECs；(2)培养二代RMMVECs，将小檗碱溶解于维持培养基中，浓度为10μg/ml，在37°C、5％CO2的条件下，将RMMVECs继续培养9h；等九步步骤；本发明成功培养了RMMVECs，并且利用基因芯片技术从基因表达水平充分验证了，提高微血管舒缩活动振幅的中药有效成分Ast和Ber能双向调节RMMVECs相关细胞因子的表达，维持细胞因子分泌的平衡，维持MVECs的正常生理功能，从而阻断了致病因子对微血管内皮细胞的伤害，发挥治疗疾病的作用。

摘要： 本发明提供一种利用基因芯片检测黄芪甲苷诱导RMMVECs基因表达谱的方法，包括以下步骤：(1)制备并纯化大鼠心肌膜微血管内皮细胞RMMVECs；(2)培养二代RMMVECs，将黄芪甲苷溶解于维持培养基中，浓度为10μg/ml，在37°C、5％CO2的条件下，将RMMVECs继续培养9h；等九个步骤；本发明成功培养了RMMVECs，并且利用基因芯片技术从基因表达水平充分验证了，提高微血管舒缩活动振幅的中药有效成分Ast或Ber能双向调节RMMVECs相关细胞因子的表达，维持细胞因子分泌的平衡，维持MVECs的正常生理功能，从而阻断了致病因子对微血管内皮细胞的伤害，发挥治疗疾病的作用。

摘要： 本发明公开了一种由大规模基因芯片表达谱数据构建基因调控亚网络的方法。包括如下步骤：1)基因芯片表达谱缺失数据值估计；2)利用贝叶斯网络构建基因间的调控网络；3)对原始的表达数据重新抽样，重复步骤2)，得到一个可能的贝叶斯网络的集合；4)统计分析网络特征，重构显著性的亚网络模块。本发明实现从大规模基因芯片实验数据中获取多个基因间调控关系，这个结果是传统生物学实验无法得到的；它在一定程度上弥补了芯片数据不足而导致贝页斯网络学习噪音比较大的缺点。通过构建小的亚网络，在一定程度上来说，紧密调控基因之间的关系可以通过一致图的方法来对那些不是直接调控的基因间关系去噪。得到的亚网络为下步的生物学实验提供更好指导。

摘要： 本发明属于生物信息学及分子生物学领域，具体涉及用于伤寒沙门菌DNA芯片转录表达谱的基因组特异引物，共34条。它是通过FindGDPs软件针对伤寒沙门菌基因组序列所有基因3′-端50％的序列为靶标设计的全基因组特异引物。用于伤寒沙门菌基因转录谱分析时提高了灵敏度及特异性；活体条件下基因表达谱分析时降低了对伤寒沙门菌RNA纯度和浓度的要求，特异性高；同时可指导已知序列基因组的扩增以构建基因文库。

摘要： 本发明提供一种利用基因芯片检测小檗碱诱导RMMVECs基因表达谱的方法，包括以下步骤：(1)制备并纯化大鼠心肌膜微血管内皮细胞RMMVECs；(2)培养二代RMMVECs，将小檗碱溶解于维持培养基中，浓度为10μg/ml，在37°C、5％CO2的条件下，将RMMVECs继续培养9h；等九步步骤；本发明成功培养了RMMVECs，并且利用基因芯片技术从基因表达水平充分验证了，提高微血管舒缩活动振幅的中药有效成分Ast和Ber能双向调节RMMVECs相关细胞因子的表达，维持细胞因子分泌的平衡，维持MVECs的正常生理功能，从而阻断了致病因子对微血管内皮细胞的伤害，发挥治疗疾病的作用。

摘要： 本发明提供一种利用基因芯片检测黄芪甲苷诱导RMMVECs基因表达谱的方法，包括以下步骤：(1)制备并纯化大鼠心肌膜微血管内皮细胞RMMVECs；(2)培养二代RMMVECs，将黄芪甲苷溶解于维持培养基中，浓度为10μg/ml，在37°C、5％CO2的条件下，将RMMVECs继续培养9h；等九个步骤；本发明成功培养了RMMVECs，并且利用基因芯片技术从基因表达水平充分验证了，提高微血管舒缩活动振幅的中药有效成分Ast或Ber能双向调节RMMVECs相关细胞因子的表达，维持细胞因子分泌的平衡，维持MVECs的正常生理功能，从而阻断了致病因子对微血管内皮细胞的伤害，发挥治疗疾病的作用。

摘要： 本发明所述的方法的一大特点便是将大肠杆菌的表达谱基因芯片的数据进行统计学分析处理进行网络构建，用于研究基因之间的相互作用关系，该方法实施的基本流程为：步骤1、待检测样品进行大肠杆菌表达谱芯片检测获得原始数据。步骤2、对原始数据进行预处理及统计学分析并筛查差异表达的基因。步骤3、文档搜索及格式化。步骤4、将文档分离成单个句子，作为后续分析基本单位。步骤5、基因描述的定位。步骤6、统一基因描述中使用的基因符号。步骤7、建立基因互作动词词典。步骤8、生成需要研究基因的同义词字典，并从上述句子中提取出基因的描述。步骤9、统计分析基因名、基因互作动词和需要研究的基因同时出现的句子，整理成列表。步骤10、构建相互作用关系网络。

摘要： 本发明公开了一种由大规模基因芯片表达谱数据构建基因调控亚网络的方法。包括如下步骤：1)基因芯片表达谱缺失数据值估计；2)利用贝叶斯网络构建基因间的调控网络；3)对原始的表达数据重新抽样，重复步骤2)，得到一个可能的贝叶斯网络的集合；4)统计分析网络特征，重构显著性的亚网络模块。本发明实现从大规模基因芯片实验数据中获取多个基因间调控关系，这个结果是传统生物学实验无法得到的；它在一定程度上弥补了芯片数据不足而导致贝页斯网络学习噪音比较大的缺点。通过构建小的亚网络，在一定程度上来说，紧密调控基因之间的关系可以通过一致图的方法来对那些不是直接调控的基因间关系去噪。得到的亚网络为下步的生物学实验提供更好指导。

摘要： 本发明涉及利用基因芯片分析LPS刺激BEMC表达谱的变化的方法，所述方法包括以下步骤：步骤一，奶牛乳腺上皮细胞炎症模型的建立，步骤二、用奶牛乳腺上皮细胞炎症模型测试中药。

摘要： 本发明公开了一种联合mRNA和microRNA表达谱芯片的肿瘤特征基因选择方法，按照以下步骤具体实施：步骤1、通过mRNA和microRNA表达谱芯片检测到大量基因的表达值，采用过滤式特征基因选择方法对所有基因的相关性进行排序，去除大量的低相关度基因，留下少量与肿瘤分类密切相关的基因；步骤2、将采用过滤式特征基因选择方法获取的mRNA和microRNA特征基因进行合并，形成基因池U；步骤3、通过遗传算法，对基因池进一步选择基因，消除冗余基因，搜索获得一个最优特征的最优基因集S。本发明的方法，步骤简单，结果准确性高。