差异表达基因

摘要： 为了探究白榆二倍体及其同源四倍体的基因表达谱差异情况,以白榆二倍体及其同源四倍体为材料,比较二者成熟叶片的生理特征并采摘幼嫩叶片进行转录组数据分析。结果显示,与二倍体相比,同源四倍体丙二醛含量、可溶性蛋白含量及叶绿素含量增加,可溶性糖含量降低。转录组测序结果共得到2407个差异表达基因,其中上调基因为1076个,下调基因为1331个。在COG蛋白质的同源注释分析得到918个差异表达基因,主要涉及21个方面。共有1380个差异表达基因被GO注释,主要与细胞组分、代谢功能、催化活性等相关。通过KEGG通路注释发现,共有930个差异表达基因分布到5大类KEGG通路中,其中以代谢机制中差异表达基因被注释到的最多。叶绿素含量的增加使四倍体的叶片颜色变得更加浓绿,丙二醛、可溶性糖、可溶性蛋白的含量的增加与减少与四倍体植物在植物代谢与生长上有一定关系,经过转录组测序分析,糖酵解途径的基因表达为下调,还原性戊糖磷酸循环与光呼吸等与叶绿体有关的基因为上调。

摘要： 背景:脂肪干细胞来源广泛、易于获取,人脂肪组织来源的干细胞进入分化骨细胞涉及基因表达的变化主要受miRNA和转录因子调节,但调节脂肪干细胞成骨分化的转录因子-miRNA-mRNA调控网络尚未建立.目的:筛选脂肪干细胞成骨分化过程中的差异表达基因、差异表达miRNA及转录因子,探讨脂肪干细胞成骨分化过程中的转录因子-miRNA-mRNA调控网络及其潜在的靶基因、miRNA和转录因子.方法:从GEO数据库获取3张芯片(GSE37329,GSE63754 mRNA数据芯片2张,GSE72429 miRNA数据芯片1张),筛选差异表达基因和差异表达miRNA;差异表达基因进行PPI网络、GO功能和KEGG信号通路分析;随后差异表达基因预测上游miRNA,差异表达miRNA预测转录因子,通过Cytoscape3.7.1软件构建转录因子-miRNA-mRNA网络图.结果 与结论:筛选出86个差异表达基因(26个上调,60个下调)、16个差异表达miRNA(10个上调,6个下调);PPI网络中蛋白互作共表达的占76.52％,协同定位的占8.69％;GO功能富集分析主要在对经典Wnt信号通路的负调控、软骨发育的负调控等功能相关,KEGG信号通路涉及酪氨酸代谢、脂肪酸降解等信号通路;差异表达基因预测到11381个miRNA及差异miRNA预测到55个转录因子,构建转录因子-miRNA-mRNA调控网络.脂肪干细胞成骨分化过程中的关键基因可能是PODXL、SEMA3D、ADGRG6、LGR4、LPL、CADM3、GRIA1、GPM6B、RERG、APCDD1和NRCAM,重要的miRNA有hsa-miR-502-3p、hsa-miR-762和hsa-miR-1275,核心转录因子是CTCF、TAL1、STAT2、STAT1和TCF3.结果 显示,通过生物信息学技术和数据库挖掘等方法构建的转录因子-miRNA-mRNA调控网络,为脂肪干细胞成骨分化的深入研究提供潜在的治疗靶标.

摘要： 目的 探讨以主成分分析(principal component analysis,PCA)法分析口腔鳞状细胞癌(oral squamous cell carcinoma,OSCC)的差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)数据库构建的OSCC诊断模型的价值,为临床诊疗提供参考.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取OSCC和正常对照样本的RNA-seq表达数据,通过R软件对表达数据进行归一化和差异表达分析,以筛选出DEGs,并同时对DEGs行基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)富集分析,以发现主要生物学特征.随机选取RNA-seq中DEGs表达数据的70％作为训练集以及30％作为测试集后,应用PCA法对训练集数据进行分析,提取与诊断OSCC相关的主成分(principal compo-nents,PC)构建PCA模型,再分别绘制训练集和测试集PCA模型的受试者工作特征(receiver operating characteris-tic,ROC)曲线并计算曲线下面积(area under curve,AUC),以评估PCA模型对OSCC诊断的准确性.结果 从TCGA数据库中获取OSCC和正常对照样本的RNA-seq表达数据分别为330例、32例.以错误发现率(false discovery rate,FDR)4为阈值,共筛选出159个下调和248个上调DEGs,主要富集在中间纤维、黑素体膜等细胞成分,以及色素和唾液相关的生物过程;主要参与唾液分泌、酪氨酸代谢等通路(P.adjust<0.05和Q<0.05).将DEGs拟作为诊断OSCC的肿瘤标志物,对训练集行PCA分析显示,主成分前3位PC1、PC2、PC3方差的贡献率分别为0.873、0.100、0.023,三者累计方差的贡献率为0.996,主成分前3位PC1、PC2、PC3包含颌下腺雄激素调节蛋白3B(submaxillary gland androgen regulated protein 3B,SMR3B)、富含脯氨酸27(proline rich 27,PRR27)、组蛋白3(histatin 3,HTN3)、抗凝素(statherin,STATH)、胱抑素D(cys-tatin D,CST5)、包含A族成员2的BPI折叠(BPI fold containing family A member 2,BPIFA2)、富含脯氨酸的蛋白质HaeⅢ亚家族2(proline rich protein HaeⅢsubfamily 2,PRH2)、角蛋白35(keratin 35,KRT35)、组蛋白1(histatin 1,HTN1)、淀粉酶α1B(amylase alpha 1B,AMY1B).进一步结合三者的特征向量构建OSCC的PCA诊断模型,在训练集和测试集ROC曲线中显示该模型的AUC值分别为0.852、0.844,均高于其他基因.结论 基于PCA法和DEGs构建的以SMR3B、PRR27、HTN3、STATH、CST5、BPIFA2、PRH2、KRT35、HTN1和AMY1B表达水平为基础的OSCC诊断模型有较高的诊断优势,可为OSCC的早期基因诊断以及PCA模型在临床诊断中的应用提供理论依据.

摘要： 背景:骨质疏松症可归因于成骨细胞骨形成和破骨细胞骨吸收之间的不平衡.成骨细胞是骨形成的基础,对于骨骼的生长和维持必不可少,成骨细胞功能的紊乱会导致骨骼生长发育不良和骨质疏松症.然而目前对于成骨细胞成骨分化过程中的关键基因仍不清楚.目的:使用生物信息学鉴定MC3T3-E1细胞成骨分化过程中的关键基因及其上游miRNA,并验证其对MC3T3-E1细胞成骨分化和增殖的影响.方法:从基因表达综合数据库(GEO)下载基因表达谱GSE46400成骨诱导数据,使用R语言limma包获得差异表达基因.利用DAVID数据库对DEGs进行了基因本体论(GO)和京都基因和基因组百科全书(KEGG)分析.通过STRING网站建立蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络并利用CytoHubba插件筛选网络中的重要模块,以鉴定其中的关键基因.培养MC3T3-E1细胞并分别转染siRNA和miRNA,转染72 h后进行实时荧光定量PCR检测前列腺素内过氧化物合成酶(prostaglandin-endoperoxide synthase,Ptgs)2和骨化相关水平变化,转染72 h后进行Western Blot检测PTGS2蛋白水平变化;转染14 d后进行碱性磷酸酶定量检测;转染21 d后进行茜素红染色及定量检测.结果 与结论:①筛选出差异表达基因229个,其中114个基因表达上调,115个基因表达下调.富集在骨矿化生物学过程的5个基因:Mmp13,Ibsp,Gpnmb,Ptgs2及Aspn均为显著高表达.进一步使用CytoHubba鉴别高表达差异基因中的核心模块中只有Ptgs2参与骨矿化生物学过程,即定义Ptgs2为成骨分化过程的关键基因.②通过Targetscan对Ptgs2上游miRNA进行预测,发现mmu-miR-107-3p可以靶向调控Ptgs2.③在MC3T3-E1细胞中敲减Ptgs2后可以显著抑制细胞增殖和成骨分化(P<0.05);在转染mmu-miR-107-3p后,细胞的增殖和成骨分化同样被抑制.④双荧光素酶报告基因结果显示mmu-miR-107-3p可以直接靶向抑制Ptgs2的转录(P<0.05).⑤mmu-miR-107-3p可以通过靶向Ptgs2进而抑制MC3T3-E1细胞的增殖和成骨分化,Ptgs2可能是MC3T3-E1细胞成骨分化过程中的关键基因.

摘要： 背景:随着人口老龄化的进程,骨性关节炎发病率越来越高,目前仍缺乏有效的治疗方法,基因芯片技术已经广泛用于疾病的诊断和治疗.目的:采用整合生物信息学和加权基因共表达网络分析法鉴定骨性关节炎中的关键基因,并探讨其作用机制.方法:从基因表达综合数据库中下载骨性关节炎患者滑膜组织芯片原始数据集4组,利用CIBERSORT算法进行免疫浸润分析;通过R语言软件筛选差异表达基因,并对其进行基因本体论、京都基因与基因组百科全书分析.将筛选出的差异表达基因通过STRING(http://string-db.org/)在线工具得到的相关差异表达基因文本文件,将其导入Cytoscape软件编辑可视化蛋白质相互作用网络;利用R语言软件构建差异表达基因条形图获取degree值前10的差异表达基因.整合4组芯片数据集运用加权基因共表达网络分析算法筛选出相关性最高的基因共表达模块的基因,采用Venn分析法筛选出交集基因.收集4例骨性关节炎患者和4例关节创伤患者滑膜组织,采用实时荧光定量PCR进行验证分析.结果 与结论:①共筛选出107个差异表达基因;包含上调基因46个,下调基因61个;②基因本体论富集结果表明,差异表达基因主要涉及骨化和细胞黏附的正调控等生物学过程;京都基因与基因组百科全书通路主要富集在类风湿性关节炎通路、核因子κB信号通路和受体酪氨酸激酶-蛋白激酶B信号通路;免疫浸润结果表明在骨性关节炎患者滑膜组织中M0巨噬细胞和M2巨噬细胞含量较高;③基质金属蛋白酶1、金属蛋白酶组织抑制剂4、层粘连蛋白亚基α3和卵泡抑素3是获得的交集基因;荧光定量PCR验证结果表明金属蛋白酶组织抑制剂4、层粘连蛋白亚基α3和卵泡抑素3在骨性关节炎患者与关节创伤患者滑膜组织中的表达量具有明显差异性;④筛选出的金属蛋白酶组织抑制剂4、层粘连蛋白亚基α3和卵泡抑素3可能是骨性关节炎的治疗靶点.

摘要： 不同的品种抗性不同,为进一步探究不同火龙果品种之间的抗性差异,为后续火龙果抗性育种提供参考,该研究利用Illumina HiSeq 2000测序平台对‘普通白肉’(BR)和‘厄瓜多尔黄龙’(EY)两个品种进行转录组测序分析,并参考GO Ontology、KEGG等公共数据库对差异表达基因进行功能分类与富集分析。结果表明:(1)BR与EY共有14248个差异基因,其中5446个基因上调,8802个基因下调。(2)相关GO功能分析表明这些差异基因主要参与酶催化活性、细胞组分、代谢过程等,其中参与氧化还原酶活性的349个差异基因在BR中表达量上调。(3)KEGG通路分析显示,大部分差异基因富集在新陈代谢和生物合成等,其中参与角质、木栓质和蜡质生物合成的差异基因有12个,如CYP86和CER1等。参与氧化还原酶活性的差异基因在BR中较EY表达量上调,且显著富集,表明BR与EY在生长发育和细胞代谢过程差异显著。参与角质、木栓质和蜡质生物合成的差异基因在BR中表达量上调,此类基因在BR中具有较高的表达量且显著富集,表明BR可能具有较强的抗旱和抗病能力。

摘要： 气候变暖及大气CO_(2)浓度升高成为全球共识,由此增加极端天气气候事件(干旱)发生的频率和强度并对大豆生产带来不确定性。本研究通过大豆表型和叶片转录组测序(RNA-seq)分析,阐释CO_(2)浓度升高、干旱及其交互条件对大豆基因表达影响,明确CO_(2)浓度升高影响大豆耐旱性的调控途径,并在两个不同遗传背景品种中验证,从分子水平为未来气候变化背景下大豆抗旱育种提供理论参考。表型结果表明,CO_(2)浓度升高促进了大豆的生长并缓解干旱胁迫的负面效应。叶片转录组测序分析共筛选到89个CO_(2)响应基因,KEGG分类显示这些基因主要参与抗氧化物质(萜类、黄酮类等)代谢,同时特异性差异表达基因功能主要集中在细胞组分和生长发育方面。干旱条件下筛选的1006个差异表达(16倍)基因主要参与各类氨基酸(脯氨酸、色氨酸等)代谢途径,绝大多数蛋白质合成与转运相关基因上调,表明干旱胁迫下大豆叶片内物质合成交换过程加强。交互条件下筛选出的8566个差异表达基因主要参与碳水化合物代谢,光合作用-天线蛋白途径的相关基因几乎全部下调表达,表明交互条件下大豆光合能力下降。34个基因在3种条件下均差异表达,这些基因主要集中在抗氧化物质(黄酮类物质、谷胱甘肽、苯丙素等)代谢方面,且多数参与各类植物激素代谢和刺激响应。6个具有抗旱性功能的差异表达基因在两个不同遗传背景品种中的qRT-PCR结果说明RNA-seq数据准确。总之,CO_(2)浓度升高提高了大豆叶片抗氧化物质代谢和生长发育相关基因的表达;干旱胁迫诱导各类氨基酸代谢和蛋白质合成途径相关基因表达;交互条件下大豆光合能力受限,CO_(2)浓度升高主要通过调控激素代谢、抗氧化物质(抗氧化酶类、黄酮类、苯丙素等)代谢、碳水化合物代谢等途径提高大豆对干旱胁迫的耐受性。

摘要： 【目的】在蜂群中,雄蜂与蜂王都有着发育完全的性腺,但两者达到性成熟的时间却是不同步的。本研究旨在探究中华蜜蜂Apis cerana cerana雄蜂与蜂王生殖腺的基因表达差异。【方法】利用Illumina测序技术对中华蜜蜂雄蜂精巢与蜂王卵巢转录组差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)进行分析。【结果】从中华蜜蜂精巢与卵巢中共鉴定出5312个差异表达基因,其中2668个基因在精巢中表达上调,2644个基因在卵巢中表达上调。并鉴定了11个与性别决定和精子卵子发生相关的候选基因。这些差异表达基因可以归类到1458个GO功能类别和132个KEGG通路,其中,有4个GO条目和2个KEGG通路显著富集。【结论】这些结果为研究中华蜜蜂繁殖的分子机制提供了有价值的基因表达信息。

摘要： 为了探索红望天眼金鱼Carassius auratus的变色机制,采用RNA-Seq高通量测序技术,对红望天眼金鱼(145日龄,体长6 cm)由灰色、过渡色到橙红色3个变色阶段进行了转录组学分析。结果表明:共得到过滤后碱基量57.8 Gb,构建了新转录本并预测新基因1629个,在两两组比较的差异表达基因群中分析出3个变色组共有差异表达基因25个;差异表达基因的GO功能富集和KEGG通路富集分析显示,差异基因主要富集到免疫反应、细胞增殖与凋亡和黑色素等相关通路;根据转录组比较分析结果和实际生产经验观察积累,初步推测红望天眼金鱼变色的生理机制是红望天眼金鱼变色初期黑色素细胞大量增殖,期间发生免疫炎症反应,随后黑色素细胞开始逐渐凋亡,同时其他色素细胞则逐渐增殖分化,直至完全取代黑色素细胞,完成变色过程。本研究初步分析出了红望天眼金鱼的皮肤变色机制,研究结果可为进一步开展调控金鱼变色的功能基因试验和金鱼变色的分子机理研究提供科学参考。

摘要： 目的基于基因表达谱芯片数据,综合采用生物信息学研究方法,挖掘与严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2(SARS-CoV-2)感染相关的差异表达基因(DEGs)和信号通路,构建分子相互作用网络并分析关键基因的功能。方法在NCBI-GEO数据库中筛选SARS-CoV-2感染相关的表达谱数据集,使用GEO2R分析并筛选DEGs,采用DAVID富集并分析相关的信号通路,通过STRING数据库构建、分析分子相互作用网络信息及功能,筛选其关键子网络,对关键基因进行功能注释。使用GEPIA2数据库评估相关基因在易感染SARS-CoV-2的癌症患者中的潜在临床价值。结果对GSE156544数据集进行分析,筛选并获得59个与SARS-CoV-2感染显著相关的DEGs,对其进行功能富集和信号通路分析,成功构建分子互作网络模型,获得1个关键互作子网络和21个hub基因(NOP58、NOL6、CIRH1A、HEATR1、PDCD11、BMS1、NOP56、NHP2L1、WDR36、TBL3、BOP1、DCAF13、DKC1、UTP18、BYSL、IMP4、NOP14、FBL、KRR1、RRP9、MPHOSPH10)。结论细胞外基质受体相互作用以及核糖体的生物合成与SARS-CoV-2感染显著相关。此外,对于易感染SARS-CoV-2的癌症患者,NOP56、NHP2L1、FBL可能是具有良好应用前景的基因靶点。

摘要： 五倍子是一种具有中国特色的虫树互作产物,是五倍子蚜在盐肤木等叶上寄生形成的虫瘿,是中国常用的中药材之一,具有敛肺降火,解毒止血等功效.现代工业上主要用于制备单宁酸、没食子酸和焦性没食子酸等,近年来五倍子在医药、电子、矿冶、日化和食品饮料等行业的新产品研发领域表现活跃.为深入了解虫瘿形成的分子机制,提高人工培育虫瘿效率,本文通过新一代转录组测序技术对同时期未出现虫瘿的盐肤木叶片和成瘿盐肤木叶片总RNA表达进行了分析. 结果发现：成瘿组和未成瘿组间差异表达基因共有45104个,其中上调和下调的基因数目分别为37454和7651个.差异表达的转录因子有4745个,这些转录因子参与植物激素信号传导、植物生理节律、碱基切除修复、赖氨酸降解等途径.关键差异基因表达分析显示,成瘿组大部分光合作用表达基因下调,多个植物激素信号传导途径的基因存在不同程度的变化,总体呈上调趋势,单宁累积代谢途径大部分基因上调.由此可见,成瘿后,成瘿部位的光合途径明显被抑制甚至不进行光合作用,而生长素、细胞分裂素、赤霉素信号传导途径中多个差异基因表达上调,而脱落酸、乙烯信号途径的差异基因表达下调.盐肤木体内这些激素信号传导的综合作用能改变成瘿后植物体内下游多种信号通路,导致植物该部位发生明显形态变化,使得虫瘿形成.上述结果对系统了解盐肤木成瘿的分子机制有积极的促进作用,为人工合成促瘿生长调节剂提供了思路,为加快开展人工培育五倍子提供理论指导.

摘要： 肌肉是鸡胴体中最主要的组成部分,而肌纤维则是构成肌肉组织的基本单位,根据外观、收缩特性和代谢特征可将肌纤维分成慢肌纤维(Ⅰ型和Ⅱa型,色红,进行有氧代谢)和快肌纤维(Ⅱb型,色白,进行酵解代谢).研究表明,肌纤维类型是直接影响肌肉生长发育和肉品质的重要因素.慢肌纤维多的肌肉肉品质相对较好,色红、纤维细、风味好,而快肌纤维多的肌肉肉色苍白、肉质较粗糙.肌纤维的生长发育及类型的形成是受多基因影响和调控的复杂过程,在鸡中,对于影响和调控这一复杂过程的分子机制还缺乏系统的研究.本试验采用Agilent鸡全基因组表达谱芯片对肉质优良的地方鸡种-清远麻鸡(Qingyuan partridgechickens,QP)和快大型的科宝肉鸡(Cobb,CB)比目鱼肌中的差异表达基因和信号通路进行研究,探讨两品种间肌肉组织表达谱的差异及其可能的分子生物学内在联系与规律,以期为进一步研究调控肌纤维生长发育及肌纤维类型的分子机制提供理论依据,为优质鸡肉质性状的标记辅助选择和育种奠定基础.

摘要： 目的:从分子生物学水平探讨晚期结直肠癌肝肾阴虚证的中医证候实质,为证候客观化研究提供思路.rn 方法:选择晚期结直肠癌肝肾阴虚证患者3例作为试验组,以非肝肾阴虚证患者6例作为对照组,采集外周血,提取RNA,采用Agilent表达谱芯片筛选肝肾阴虚证的差异表达基因,并进行基因功能注释、富集度分析、Pathway分析.rn 结果:晚期结直肠癌肝肾阴虚证患者与对照组相比共筛选出212条差异表达基因,其中上调的113条,下调的99条.差异表达的基因经功能注释及富集度分析提示:在上调的差异基因功能中,富集度最高的是鸟嘌呤核苷酸的分解代谢,其中糖原分解减弱可能与肝肾阴虚患者盗汗、乏力、头晕目眩的症状形成有关;细胞凋亡的抑制可能参与了肾虚的形成过程;血管平滑肌舒张功能减弱可能与肝调节血量的功能有关.能量代谢亢进可能与午后潮热、盗汗、五心烦热、口燥咽干的症状形成有关.在下调的差异基因功能的富集度分析中,较为显著的趋势提示了肝肾阴虚证患者存在免疫低下情况.Pathway分析中提示肝肾阴虚证与细胞粘附分子之间存在关联.rn 结论:应用表达谱芯片筛选差异表达基因,可以从分子生物学水平对晚期结直肠癌肝肾阴虚证的证候实质的探索提供新思路;肝肾阴虚证与鸟嘌呤核苷酸的分解代谢亢进、能量代谢亢进及免疫低下有关.

摘要： 目的:筛选并验证与老龄肾阳虚证体质相关的差异表达基因.rn 方法:采用SAM 3.1软件分析前期所获老龄肾阳虚差异基因表达谱,从差异表达基因谱中筛选出8个基因,并从差异表达基因功能、分子功能分类、分子通路等层面分析探讨老龄肾阳盛衰基因调控模式,通过调节Delta值,使得假阳性率为0,获得3个基因,选取10例肾阳虚证患者和10名正常对照者,采用半定量RT-PCR检测其血液中这3个基因的表达情况,验证与老龄肾阳虚证相关的这3条差异表达基因.rn 结果:这3个基因在10例老龄肾阳虚证患者和10名正常对照者间的表达水平存在明显差异.rn 结论:老龄肾阳虚证体质的相关基因涉及到衰老、肿瘤发生、生殖系统疾病等,集中体现了肾阳虚衰对本脏功能维持作用的减弱及脑肾关系.

摘要： 比较人增生性瘢痕与正常皮肤组织中mRNA表达谱的差异,并对差异基因行生物信息分析,从分子水平全面探讨增生性瘢痕的发病机制,为临床治疗提供新靶点.收集本院手术切除的增生性瘢痕及其邻近正常皮肤组织,采用Trizol试剂提取总RNA,进行mRNA芯片检测,利用Genespring10.0软件筛选表达差异基因,并对增生性瘢痕和正常皮肤组间组内行聚类分析,应用DAVID Bioinformatics Resources6.7对差异基因进行基因本体(GO)、生物学通路(Pathway)分析,获得差异基因相关功能的功能富集类.

摘要： 完成茯苓正常与褐变菌丝体共4个样品的转录组测序,共获得25.61Gb Clean Data,各样品Clean Data均达到5.84Gb,Q30碱基百分比在89.81％及以上.分别将各样品的Clean Reads与指定的参考基因组进行序列比对,比对效率从38.09％到68.04％不等,共鉴定到12383个基因.基于比对结果,进行可变剪接预测分析、基因结构优化分析以及新基因的发掘,发掘新基因1,017个,其中260个得到功能注释.基于比对结果进行基因表达量分析,根据基因在不同样品中的表达量识别差异表达基因,发现正常菌落与三个不同程度褐变菌落有336个共同差异基因,并对其进行功能注释和富集分析.

摘要： 高产、适应性广的陆地棉和纤维品质优良的海岛棉来自于同一四倍体祖先.以海岛棉Giza75和陆地棉SG747为材料,进行了3年4环境的田间试验,发现2个栽培种在产量性状和纤维品质性状上均存在显著差异.首先选取2580对SSR引物,其中1258对引物在2个基因型间检测到多态性,多态性比率为48.76％.采用Affvmetrix棉花基因芯片比较分析海岛棉Giza75和陆地棉SG747纤维发育1Od时的基因表达谱.在24029条转录本中,根据P-value值筛选出在2个基因型中差异表达的转录本5757条,占筛选转录本总数的23.96％;其中差异表达倍数在2倍或2倍以上的转录本有3095条,占筛选转录本总数的12.88％.为了验证芯片数据的可靠性,利用实时荧光定量PCR技术对其中4个差异表达显著的基(Ghi.3578.1.Sl_s_at,TUA7,β-tub1,β-tub10)进行时空表达模式分析,发现4个基因的表达模式均与芯片结果一致,说明芯片数据具有生物学意义上的可重复性.进一步利用实时荧光定量PCR技术对其在纤维发育不同时期(0、5、10、15、20和25DPA)的表达模式进行了研究,结果表明,4个基因在纤维伸长发育时期(5～15DPA)上调表达,推测这4个基因可能在棉纤维生长发育过程中起到了十分重要的作用.本研究采用基因芯片分析比较海岛棉和陆地棉种间差异基因的表达,为以后克隆及功能验证纤维发育相关基因提供了重要参考,也为实现分子标记辅助育种与棉花产量和纤维品质性状的遗传改良奠定了基础.

摘要： 本实验室通过小鼠皮肤表达关键基因QPCR芯片的研制,运用QPCR芯片研究snthr-1Bao稀毛小鼠的分子病理过程,得到23个表达异常基因Cyp4f15、Itga1、Hgf、 Msx2、Cyp26c1、Wnt7a、hprt、Crabp1、Rbp1、Crisp1、Odc1、Fgf7和Lrat.Fold ＞=2 AND P＜=0.1的差异基因为Krt1、Msx1、Ar、Krt35、Tnf、Inhbe、Wnt5a、I119、Aldh1a3、Fst、Cyp4f15、Itga1、Hgf、Msx2、Cyp26c1、Wnt7a、hprt、Crabp1、Rbp1、Crisp1、Odc1、Fgf7和Lrat,这些表达差异的基因共涉及到Pathways in cancer、Retinol metabolism、Melanoma、TGF-beta signaling pathway和Cytokinecytokine receptor interaction五条通路.通过对差异表达基因以及信号通路相互作用的分析，以Krtl蛋白为突破点，确定了Notch信号通路为snthr-1 Bao稀毛小鼠皮肤过度角化的重要调节通路之一。snthr-1 Bao小鼠的稀毛表型与人类的斑秃、毛囊角化症等皮肤疾病的表型相类似，通过对该小鼠稀毛机制的研究，可以为人类同源疾病的研究提供线索与材料，对于以毛发稀疏为主要表现的人类疾病(如斑秃、先天性脱发、毛囊角化症及Alagile综合症等)的预防和治疗具有重要的理论意义，而且对皮毛类经济动物的育种也有潜在的指导价值。

摘要： 雪旺细胞(schwann cell,Sc)因其在周围神经结构组成中的特殊地位和作用,一直是神经再生领域研究的重点.本实验通过观察Wistar大鼠的外周神经损伤前后雪旺细胞的细胞粘附性变化,对比分析二者的差异并进行DNA甲基化测序,找出细胞粘附性变化的相关基因.进一步揭示了雪旺细胞的细胞粘附性在促进轴突再生、促进再生轴突的髓鞘化以及复神经支配作用方面所起的重要作用.

摘要： 雪旺细胞(schwann cell,Sc)因其在周围神经结构组成中的特殊地位和作用,一直是神经再生领域研究的重点.本实验通过观察Wistar大鼠的外周神经损伤前后雪旺细胞的细胞粘附性变化,对比分析二者的差异并进行DNA甲基化测序,找出细胞粘附性变化的相关基因.进一步揭示了雪旺细胞的细胞粘附性在促进轴突再生、促进再生轴突的髓鞘化以及复神经支配作用方面所起的重要作用.

摘要： 本发明公开了改变产纤维植物(例如棉花)的纤维性质(例如纤维长度)的方法和手段。本发明还提供了具有纤维优先性或纤维选择性表达模式的植物启动子。

摘要： 本文描述的是用于检测基因失调存在与否的方法和试剂盒，所述基因失调例如缘于基因融合和/或染色体异常，例如易位、插入、倒位和缺失。所述方法、组合物和试剂盒对于检测导致目标基因5’部分相对于所述目标基因3’区域差异表达的突变是有用的。将目标基因5’部分的平均表达与目标基因3’部分的平均表达进行对比以确定基因内差异表达(IDE)。然后可以将所述IDE用于确定受试者或样品中是否存在或不存在失调或特定疾病(或者疾病易感性)。

摘要： 本文描述的是用于检测基因失调存在与否的方法和试剂盒，所述基因失调例如缘于基因融合和/或染色体异常，例如易位、插入、倒位和缺失。所述方法、组合物和试剂盒对于检测导致目标基因5’部分相对于所述目标基因3’区域差异表达的突变是有用的。将目标基因5’部分的平均表达与目标基因3’部分的平均表达进行对比以确定基因内差异表达(IDE)。然后可以将所述IDE用于确定受试者或样品中是否存在或不存在失调或特定疾病(或者疾病易感性)。

摘要： 本发明公开了改变产纤维植物(例如棉花)的纤维性质(例如纤维长度)的方法和手段。本发明还提供了具有纤维优先性或纤维选择性表达模式的植物启动子。

摘要： 本发明提供一种筛选基因芯片差异表达基因的方法，涉及一种基因芯片数据分析中差异表达基因筛选的一种算法。本发明实施起来，包括如下步骤：步骤1，芯片数据的归一化处理；步骤2，建立对数比值xij＝μ+μj+ε线性模型；步骤3，计算出全局均值μ，列效应μj和方差σ的值；步骤4，利用μ、μj和σ，计算每个基因的2×ln(odd ratio)；步骤5，设定域值χ2cutoff，n，当步骤4中的2×ln(odd ratio)值大于χ2cutoff，n的基因定为差异表达基因。本发明通过建立统计模型，设计适当的统计量，最后使用假设检验的方法赋予每个基因一个显著性的概率数值，作为筛选基因的标准。该方法克服了常规的倍数法缺乏统计学基础和对算法本身敏感性与特异性难以估计的弱点。

摘要： 本发明涉及亚洲玉米螟不同发育时期表达基因标签库及差异表达基因，以及它们的获得方法。本发明的方法用于从无基因组参考序列的物种中获得基因表达时期、基因在不同时期的表达量及不同时期间差异表达的信息，所述方法方便、快捷、准确且成本低廉。

摘要： 本发明提供一种筛选基因芯片差异表达基因的方法，涉及一种基因芯片数据分析中差异表达基因筛选的一种算法。本发明实施起来，包括如下步骤：步骤1，芯片数据的归一化处理；步骤2，建立对数比值xij＝μ+μj+ε线性模型；步骤3，计算出全局均值μ，列效应μj和方差σ的值；步骤4，利用μ、μj和σ，计算每个基因的2×ln(odd ratio)；步骤5，设定域值x2cutoff，n，当步骤4中的2×ln(odd ratio)值大于x2cutoff，n的基因定为差异表达基因。本发明通过建立统计模型，设计适当的统计量，最后使用假设检验的方法赋予每个基因一个显著性的概率数值，作为筛选基因的标准。该方法克服了常规的倍数法缺乏统计学基础和对算法本身敏感性与特异性难以估计的弱点。

摘要： 本发明公开了基于分层自注意力机制的差异表达基因预测系统，包括：获取模块，获取待测细胞对对应基因的表观遗传学数据；根据表观遗传学数据，构建不同表观遗传因素的输入矩阵；编码模块，将每种表观遗传因素的输入矩阵，输入到第一自注意力机制层对应的自注意力机制模块中，得到每种表观遗传因素的编码向量；特征提取模块，将每种表观因素的编码向量，输入到第二自注意力机制层的自注意力机制模块中，得到最终的特征嵌入向量；预测模块，将最终的特征嵌入向量输入到训练后的分类器中，得到差异表达基因预测结果。利用表观遗传学数据自动构建特征，同时识别重要的特征位点和表观遗传因素来进行可解释的基因差异表达预测。

摘要： 本发明公开了一种RNA‑seq差异表达基因的判定方法及应用，涉及单细胞生物技术领域，该判定方法包括步骤为：随机噪声干扰基因去除，使用t‑test对每一个基因进行差异性检测以找出非差异表达基因作为阴性对照，使用PLS对分类相关分量进行建模，使用最小均方误差方法去除分类无关分量，基于处理过的数据和非差异表达基因找出离群值，判断为差异表达基因；该判定方法在对比不同条件下的细胞表达谱特征的区别的应用。本发明中判定标准的选择依靠数据驱动的自适应算法，可以根据不同的数据自动调整的，并不需要人为干预，从而降低了人为干预误差。

摘要： 本发明公开了凤丹耐涝差异表达基因及基于转录组测序挖掘的方法，属于油用牡丹耐涝基因技术领域。包括以下内容：（1）在涝害胁迫处理和正常条件下分别培养凤丹盆栽苗，获得实验组和对照组组织样本；（2）对上述组织样本分别提取RNA，进而进行转录组测序；（3）对测序获得的数据进行整理分析，获得差异表达基因，筛选出参与凤丹涝害胁迫的数个unigenes，并对基因的基本功能和其参与调节的信号通路进行分类。本发明以凤丹内在的遗传基因作为起点，基于转录组对牡丹耐涝的基因进行分析，筛选出耐涝害胁迫的基因，以期用来培育耐涝的凤丹新品种或者新种质，达到提高‘凤丹’籽油产量和品质的目的。