蛋白组

摘要： 信息化时代,各类信息数据海量增长,对医学来说也不例外。当今世界正处在以海量真实世界数据为基础的循证医学时代,医院诊疗数据和病理及影像等数据正在以惊人的速度增长。此外,包括基因组、表观基因组、蛋白组和代谢组在内的组学技术迅猛发展,促使生物医学领域快速进入“大数据”时代。

摘要： 作为世界性的卫生害虫,美洲大蠊Periplaneta americana对环境有惊人的适应性和极强的繁殖力,其强大的繁殖能力以及卵鞘对胚胎发育的有效保护,是其防治困难的内在原因。本研究以美洲大蠊卵鞘为研究对象,利用Label-free定量技术提取前期和中期的美洲大蠊卵鞘蛋白,检验合格后的蛋白溶液通过酶解,液质联用检测技术后,利用MaxQuant软件对下机数据进行蛋白质鉴定和label-free定量分析,对差异蛋白进行GO功能注释和KEGG代谢通路富集分析,并讨论不同发育时期美洲大蠊蛋白质组的表达差异。结果显示,在美洲大蠊前期和中期卵鞘中共鉴定出754个蛋白,其中总差异蛋白220个,157个存在显著性差异,与新鲜卵鞘相比,中期卵鞘中表达量上调的蛋白102个,下调的55个。这些差异蛋白主要富集在生物代谢通路、蛋白质合成、胞吐、黏蛋白类、蛋白合成与降解、免疫等过程,它们与卵鞘的形成,胚胎发育时期的保水、免疫等功能密切相关。本研究为进一步研究美洲大蠊卵鞘功能奠定了基础,为美洲大蠊的生物防治提供科学依据。

摘要： 蛇毒组学以蛋白组学研究方法为基础,实现了大规模解析蛇毒全蛋白组构成特征,为深度探讨蛇毒功能与进化提供了有力支持.为探索更为优化的抗蛇毒血清效价评估方法,以蛇毒组学为基础的抗毒素组学策略应运而生,极大地提高了评估结果的精准度与可靠性.文章主要介绍了蛇毒组学研究与相关策略的发展以及抗蛇毒血清效价评估方法的迭代,旨在为蛇毒组学与抗毒素组学在蛇毒全蛋白组学及抗蛇毒血清效价评估新方法的发展提供新的思考.

摘要： 目的了解鹿茸再生及快速生长过程中基因和蛋白的动态变化,阐明鹿茸生长发育机制.方法以梅花鹿(Cervus nippon Temminck)的鹿茸[初生期(PS)、快速生长期(RG)、骨化期(OS)鹿茸组织]作为实验材料,基于Illumina Hiseq和iTRAQ技术在转录和蛋白水平进行分析,根据差异基因和差异蛋白结果筛选与鹿茸再生和快速生长有关的基因和蛋白.结果2组分别得到11294(PSvsRG)和4924(PSvsOS)个显著差异基因(DEGs),2组的蛋白组数据显示,分别得到236、211个差异蛋白(DAPs),相关性分析显示转录组和蛋白组数据相关性分析呈弱相关。在2组中分别有54、51个DEGs编码了其相应的DAPs,其中,在2组中分别得到35和20个在转录组和蛋白组中调节方向相同的DEGs和相应的DAPs。对候选基因/蛋白进行KEGG富集分析,分别富集到10和12个信号通路。其中,2组共同富集到的通路包括:血管平滑肌收缩、p53信号通路、黏着斑、蛋白质消化吸收、TGF-β信号通路、ECM-受体相互作用信号通路。只富集到快速生长期的信号通路包括:戊糖磷酸途径、糖酵解/糖异生、果糖和甘露糖代谢及代谢途径。只富集到骨化期的信号通路包括:破骨细胞分化、肌动蛋白细胞骨架的调节、紧密连接、RNA转运、mRNA监测途径信号通路。共有10个候选基因/蛋白(CALD1、THBS2S、COL9A、ALDO、COL1A、HSPG2、SIRPA、CSRP、MYH9、H1-5)注释到上述信号通路。结论在鹿茸生长发育期间许多基因和蛋白质在鹿茸快速生长期和骨化期表现出不同的丰度.转录组和蛋白组数据相关性较差。筛选出与鹿茸生长发育相关的蛋白为:CALDh THBS2S.COL9A、ALDO、COL1A.HSPG2、SIRP4、CSRP、MYH9、H1-5以上结果为阐明鹿茸再生的分子机制提供了重要的理论依据。

摘要： 复旦大学人类表型组研究院丁琛团队、复旦大学附属中山医院侯英勇团队和郭剑明团队、复旦大学附属肿瘤医院叶定伟团队和上海交通大学附属新华医院赵健元团队联合,对116例膀胱尿路上皮癌患者进行了蛋白组、基因组、转录组和磷酸化组测序分析,并结合患者的临床病理特征、既往病史、生存情况进行整合分析,描绘了我国膀胱尿路上皮癌患者的蛋白基因组表达谱,发现了肿瘤特异性通路和激酶。相关研究近日发表在最新一期《血液与肿瘤学杂志》上。2020年,膀胱癌全球新发57万例、死亡21万例。膀胱癌最常见的组织类型是膀胱尿路上皮癌,约占90%。此项研究通过大队列样本,描绘了我国人群的膀胱尿路上皮癌多组学图谱,鉴定到了膀胱癌中常见的突变。

摘要： 目的探讨草酸钙结石晶体对人近曲肾小管上皮细胞HK-2的影响。方法建立草酸钙结石与HK-2细胞相互作用的模型,进行转录组和蛋白组表达谱高通量定量研究。筛选差异表达基因,通过InterProScan进行GO富集分析,KEGG Mapper进行KEEG信号通路分析及蛋白质相互作用网络STRING分析。结果转录组与蛋白组定量研究分别定量到57833个转录本和6407个蛋白。通过比较转录组与蛋白组的定量情况,发现有6144个基因在转录组和蛋白组水平都定量。蛋白水平464个分子显著下调,699个分子显著上调。转录组水平11个分子下调,14个分子上调。GO分析发现,线粒体衍生囊泡与腺嘌呤跨膜转运体活性、snRNA的细胞核输出以及中心粒周围异染色质组装具有最高的富集指数。KEEG富集分析显示缬氨酸、亮氨酸和异亮氨酸降解、初级胆汁酸生物合成、维生素B6代谢、硫中继系统以及糖胺聚糖生物合成和DNA非同源末端链接为最显著的KEEG通路。蛋白互作网络发现MYH9、MYH14、MYH1、MYL12A、ACTB、ARPC1A、ARPC2、ANXA2、CFL1、PRDX1、PRXD2共11个关键调控因子。结论转录组与蛋白组关联分析筛选所得关键通路及关键基因可能在肾结石形成过程中扮演重要角色。

摘要： 微生物油脂是未来燃料和食品用油的重要潜在资源.近年来,随着系统生物学技术的快速发展,从全局角度理解产油微生物生理代谢及脂质积累的特征成为研究热点.组学技术作为系统生物学研究的重要工具被广泛用于揭示产油微生物脂质高效生产的机制研究中,这为产油微生物理性遗传改造和发酵过程控制提供了基础.文中对组学技术在产油微生物中的应用概况进行了综述,介绍了产油微生物组学分析常用的样品前处理及数据分析方法,综述了包括基因组、转录组、蛋白(修饰)组及代谢(脂质)组等在内的多种组学技术,以及组学数据基础上的数学模型在揭示产油微生物脂质高效生产机制中的研究,并对未来发展和应用进行了展望.

摘要： 组学包括基因组学、转录组学和蛋白质组学等,是研究生物基因的表达和功能、生物的代谢产物及遗传现象的一门广泛的学科,目前对组学的分析已成为研究医学、动植物等各个领域中常用的技术手段,本综述分别阐述基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组等9种组学的研究进展,并对每个组学的研究方法和应用进行概述.

摘要： 为了解牦牛与犏牛睾丸组织转录组、蛋白组比较研究进展,本文通过检索2012～2020年的相关文献,主要从转录、翻译水平对牦牛与犏牛睾丸组织差异分析归纳.研究发现,转录组学找到了牦牛与犏牛睾丸组织存在的差异及与犏牛雄性不育相关的基因和非编码RNA,发掘了一大批与犏牛精子发生阻滞的相关的差异表达基因;蛋白组学获得了一批表达差异明显的蛋白质,这些差异蛋白在细胞生长、细胞周期、精子发生等方面发挥重要作用.通过牦牛与犏牛睾丸组织转录组、蛋白组比较研究分析,旨在为研究牦牛与犏牛睾丸组织转录组、蛋白组比较及犏牛雄性不育提供基础资料.

摘要： 为研究白茶萎凋过程中氨基酸的变化,采用广泛靶向代谢组学及蛋白组学对0、12 h和30 h萎凋叶中氨基酸及相关酶进行检测.结果显示,游离氨基酸总量在萎凋前后无显著差异,萎凋前期(0～12 h)丝氨酸、亮氨酸、苯丙氨酸、赖氨酸、酪氨酸、组氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、缬氨酸、苯丙氨酸、γ-氨基丁酸(GABA)含量上升,N-乙酰-L-谷氨酸、还原型谷胱甘肽、N-α-乙酰-L-精氨酸下降,萎凋后期(12～30 h)谷氨酸及乙酰甘氨酸含量减少;萎凋过程中蛋白质趋于降解,氨基酸合成途径相关的酶在萎凋前期(0～12 h)下调表达,氨基酸降解相关的酶在萎凋后期(12～30 h)上调表达;白茶萎凋过程中增加的蛋白质氨基酸主要来源于蛋白质水解,萎凋后期蛋白质氨基酸进一步转化为非蛋白质氨基酸,在失水条件下谷氨酸脱羧酶活性增强,促进 γ-氨基丁酸含量增加.

摘要： 目的：介绍植物逆境胁迫因子对植物次生代谢以及相关蛋白组学影响的研究进展。方法：阅读、检索国内外相关文献及研究成果进行归纳总结。结论：植物逆境胁迫因子能够激发植物的次生代谢途径，对提高植物药药材质量具有重要意义，对于相关的蛋白质组学研究将成为未来工作者的一大挑战。

摘要： Natrinema sp. J7-2是一种可以在不添加氨基酸的人工合成培养基上生长的极端嗜盐古生菌。本研究测定了该菌的全基因组，这是第一个完整测定基因组的Natrinema属菌株。在此基础上，利用该菌基因组信息，采用合成培养基对该菌进行培养实验，对其碳、氮源代谢途径和氨基酸合成途径进行了分析。结果表明，Natrinema sp. J7-2的基因组由一个3,697,626-by的染色体和一个95,989-by的质粒pJ7-I组成。Natrinema sp. J7-2可以利用葡萄糖、甘油或者乙酸作为唯一碳源进行生长，从它的基因组数据中也鉴定到了代谢和异生这些化合物的代谢途径。同时，重构了该菌20种氨基酸的合成途径，发现嗜盐古生菌的精氨酸合成途径和细菌的赖氨酸合成途径之间可能存在演化关系。利用合成培养基进行的生长实验和基因组分析显示，该菌具有利用钱盐和亚硝酸盐的能力和途径。但是，Natrinema sp. T7-2不能利用硝酸盐作为唯一氮源生长，在其基因组中也没有找到利用硝酸盐的相关基因。同时，该菌具有一个不完整的反硝化作用途径，可以将亚硝酸还原为N20。此外，还利用比较基因组的方法对己知的嗜盐古生菌基因组进行了分析。结果显示，嗜盐古生菌主要利用TrkAH系统来摄取钾离子，而Kdp系统可能只是在低浓度钾离子条件下主动转运胞外的钾离子到胞内。Natrinema sp. J7-2基因组含有三个CRISPR结构，其中之一位于一个整合子之中，可能通过水平基因转移在不同物种间转移。还对已测定基因组的嗜盐古生菌进行了基因组系统进化分析，为全面了解嗜盐古生菌或其基因的垂直和非垂直进化提供了新线索。rn Natrinema sp. J7-2具有Tat及Sec分泌系统，含有可预测的139个Tat底物和172个Sec底物。对Natrinema sp. J7-2培养物胞外及膜组分进行了分析。结果表明，真正分泌并释放到培养基中的胞外蛋白数量有限，该菌株Tat系统主要用于分泌锚定于膜上的脂蛋白，而Sec系统主要用于转运膜蛋白。

摘要： 肿瘤多药耐药性(MDR)是指肿瘤细胞对一种抗肿瘤药产生抗药性的同时,对结构和作用机制完全不同的其它多种抗肿瘤药也产生耐药的现象.目前许多肿瘤常规化疗效果差、预后不良是困扰临床的重要难题.本节利用建立的2D-HPLC-MS/MS分离定性平台,对耐药性白血病细胞的亲水性蛋白质组进行了初步的定性,从而为研究耐药性白血病细胞的生物学行为和耐药机制提供部分信息.

摘要： 本发明提供了一种整合蛋白质组和糖蛋白质组的定量分析方法，包括以下步骤：(1)蛋白质加热变性后，进行还原烷基化处理；(2)在超滤管中使用胰蛋白酶将蛋白质酶切成肽段，离心即得肽段；(3)亲水作用色谱HILIC填料结合肽段，洗涤除杂，再洗脱得完整N‑糖肽；(4)加入三氟乙酸并加热去除N‑糖链外围唾液酸，得到去唾液酸的N‑糖肽；(5)使用HCD‑MS/MS分析肽段得到蛋白质组数据，并使用MaxQuant定性定量分析；(6)使用SCE‑HCD‑MS/MS分析完整N‑糖肽和去唾液酸的N‑糖肽，使用Xcalibur软件定性定量分析。本发明能简单、快速有效地实现蛋白质组和糖蛋白质组的定量分析，在疾病的发生发展机制研究以及新型生物标志物发现等方面具有良好的应用前景。

摘要： 本发明提供了一种整合蛋白质组和糖蛋白质组的定量分析方法，包括以下步骤：(1)蛋白质加热变性后，进行还原烷基化处理；(2)在超滤管中使用胰蛋白酶将蛋白质酶切成肽段，离心即得肽段；(3)亲水作用色谱HILIC填料结合肽段，洗涤除杂，再洗脱得完整N‑糖肽；(4)加入三氟乙酸并加热去除N‑糖链外围唾液酸，得到去唾液酸的N‑糖肽；(5)使用HCD‑MS/MS分析肽段得到蛋白质组数据，并使用MaxQuant定性定量分析；(6)使用SCE‑HCD‑MS/MS分析完整N‑糖肽和去唾液酸的N‑糖肽，使用Xcalibur软件定性定量分析。本发明能简单、快速有效地实现蛋白质组和糖蛋白质组的定量分析，在疾病的发生发展机制研究以及新型生物标志物发现等方面具有良好的应用前景。

摘要： 本发明涉及使用区域敏感性蛋白组和/或多肽组鉴别刺参产地的方法，所述区域敏感性蛋白组为，选自不同产地海参蛋白组中，在不同产地的刺参中含量差异显著且能在统计学上对海参产地进行判别区分的一组17种特征蛋白，其序列如SEQ ID No.76～92所示，所述的不同产地为：霞浦、大连、烟台、胶南、威海。所述的多肽组通过酶解所述的蛋白组获得，其序列如SEQ ID No.1～75所示。

摘要： 本发明提供了一种缺血性脑损伤的差异蛋白组合，差异蛋白组一是和线粒体氧化磷酸化、核糖体通路相关的蛋白。脑缺血发生时，这些蛋白首先受到影响，通过测定其蛋白表达的变化，可表征脑缺血的发生。差异蛋白组二是和补体系统，HIF‑1信号通路相关的蛋白，差异蛋白组三是和PPAR信号通路相关的蛋白。脑缺血发生时，补体系统和HIF‑1信号通路被激活，产生大量的活性物质，增加了血管的通透性，可表征脑缺血发生的特征。脑缺血发生时，PPAR信号通路也被激活，对脑组织的神经元起保护作用。这三组差异蛋白组合均能作为生物标志物，对缺血性脑损伤、脑缺血病进行早期检测，灵敏度高、精度强。

摘要： 本发明公开了用于检测细胞内FXR蛋白SUMO化修饰程度的融合蛋白组、重组载体组、及检测方法。该融合蛋白组包括融合蛋白YNF和融合蛋白YCS，所述融合蛋白YNF由荧光蛋白片段YN、连接肽和FXR组成，融合蛋白YCS由荧光蛋白片段YC、连接肽和SUMO1Δ组成。通过向细胞系中瞬时转染表达上述融合蛋白组的重组载体质粒组，本发明所述BiFC体系能通过可视化或酶标仪检测荧光信号，在活细胞状态下对细胞中FXR蛋白的SUMO化修饰进行表征，从而实现对FXR蛋白SUMO化修饰的方便快速的检测，同时也为FXR蛋白SUMO化修饰抑制的快速筛选提供了一种可行性方法。

摘要： 本发明公开了一种肝癌生物学过程中转录组和蛋白组学的免疫组化方法，①组织切片脱蜡、水化②滴加、室温静置③PBS洗、加热0.01枸橼酸钠缓冲液，放入组织进行沸热修复④PBS洗⑤滴加正常山羊血清封闭⑥甩去多余液体 ⑦PBS洗⑧PBS或自来水冲洗10分钟⑨苏木精复染，盐酸酒精分化⑩冲洗脱水、透明、封片、镜检。本发明采用临床样本对其进行定位定量的表达验证，寻找其与临床相关性的证据，评价临床价值，为肝癌发病学和肝癌机制研究提供新的线索。课题筛选的肝癌关键分子将为探索与早期发现、分类、评价预后相关的肝癌标志物,以及选择更加有效、准确的肝癌治疗靶位奠定研究基础。

摘要： 本发明公开了一种整合分析血浆蛋白组、基因组和肥胖相关性状的方法，包括以下步骤：S1：获得血浆蛋白组的全基因组关联汇总数据，肥胖相关性状的全基因组关联汇总数据；S2：筛选出与血浆蛋白在全基因组范围内呈显著性相关的SNPs；S3：对呈显著性相关的SNPs进行筛选得到独立的SNPs，并对独立的SNPs去除水平多效性；S4：进行双样本孟德尔随机化分析，通过因果关联推断得到与肥胖相关性状具有因果关联的血浆蛋白；S5：进行系统聚类分析评估显著因果关联的结构和模式；S6：进行基因富集分析和通路分析探索肥胖相关蛋白质的功能关联性。本发明能够获得与肥胖相关性状具有因果关联的血浆蛋白，并得到确定的血浆蛋白与肥胖相关性状呈正相关或负相关的关系。

摘要： 本发明涉及植物遗传技术领域，尤其涉及一种基于转录组和蛋白组联合分析的棉花耐盐基因的发现方法及其应用，本发明以陆地棉耐盐品种通盐一号为材料，对其开展盐胁迫及对照下的转录组测序和蛋白组测序，通过二者联合分析初步确定耐盐候选基因，并对耐盐差异基因进行RT‑qPCR表达分析，最后在棉花中开展功能验证。本发明得到的两个棉花耐盐基因Gh_D10G0907和Gh_D11G0978分别位于棉花D10和D11号染色体；利用这两个基因，可分子标记辅助选育耐盐棉花品种。

摘要： 一种基于BD单细胞转录组和蛋白组测序数据的差异基因分析方法，属于转录组数据分析技术领域。为了解决现有技术中没有一套完整的数据分析方法能够将单细胞转录组和蛋白组测序数据联合起来进行分析，本发明通过单细胞转录组、蛋白组测序技术，进行细胞亚群分类在转录和蛋白水平的差异基因分析，表征细胞特性，得到转录到蛋白质调控表达过程中的生物学机制，提供了一种更准确、更丰富的BD单细胞转录组、蛋白组测序数据联合的分析方法。本发明所述的分析方法可以获得对差异表达的深入理解，挖掘受转录后调控的关键mRNA或蛋白，寻找并验证某些重要的调控通路，可应用于肿瘤领域。

摘要： 本发明涉及关联转录组和蛋白组数据筛选低剂量电离辐射效应基因，所述基因包括ORM1、ORM2、LYZ、FBXO7、SNCA、HBZ和HIST1H4J中的一种或多种，该组基因的转录和蛋白水平变化相关性较好，能够为探讨低剂量辐射效应机制提供新的靶标；并基于所筛选基因有望检测受试者是否受低剂量辐射效应影响的非诊断方法和提供相应的检测试剂盒、芯片，其有助于及时发现受试者是否遭受低剂量电离辐射效应影响，对于充分保护职业人群免受辐射暴露增加的潜在影响具有重要意义。