组学

摘要： 作为传统的交叉学科,化学生态学在解决农林生产和人类健康的问题中逐步成为内涵越来越丰富的学科领域;同时,技术进步极大推动着化学生态学的发展,使得我们对于生物之间化学通讯规律的认识更加深入和全面。本“昆虫化学生态学”专辑论文全面反映了我国昆虫化学生态学研究的特色,即以农林生产应用为导向,传统和现代技术并用,研究水平逐步和国际同步。在组学的技术背景下,坚持交叉学科特色,加强合作,化学生态学研究在粮食安全、生态保护、应对全球气候变化等方面会发挥更大作用。

摘要： 梨是温带地区生产最广泛、经济价值最高的水果之一。近年来,围绕梨果实品质的研究取得了较大进展。本文对梨果实品质的4个方面(香气、甜味、果皮色泽以及石细胞)分别进行系统梳理,然后从克隆与梨果实优质品质相关的基因,利用多组学联合分析方法解析梨品质形成的分子网络,改进遗传转化方法以及利用基因编辑技术创制梨优质果实新种质4个方面对利用现有技术在未来培育高品质梨果实上的研究提出建议,以期为优质梨品种选育和创制提供参考。

摘要： 目前原发性干燥综合征(pSS)诊断仍然依赖于侵入性小涎腺活检手术,常导致其早期诊断异常艰难,因此筛选特定生物标志物可能对pSS诊断和个体化治疗极为有益。本文回顾传统标志物及与B细胞活化和表观遗传相关的新标志物,并综述组学标志物研究进展。尽管生物标志物前景较好,但其可靠性仍需扩大样本量进行验证。

摘要： 随着生物数据测量技术的不断发展,生物数据的类型、内容、复杂度不断增加,生物信息学已迈入大数据时代。面对大数据时代多模态、多层次、高维度、非线性的复杂生物数据,生物信息学需要发展相应的方法和技术进行有效整合生物信息学研究与应用。本文对大数据时代整合生物信息学所涉及的数据整合、方法整合、系统整合及相关问题进行梳理和探讨。

摘要： 组学技术是通过超高通量定量跟踪标记底物的实验研究方法,从整体角度出发分析人类组织器官功能和代谢的状态。代谢组学定量研究了在外界不同刺激情况下红细胞代谢物的生理和病理变化,不同代谢物的代谢调节通路。本文深入探究红细胞在体外贮存期间氨基酸、铁、一氧化氮、糖和脂质代谢等能量代谢和氧化损伤的变化,扩大了对于代谢贮存损伤机制的理解,明确红细胞代谢物与机体生理、病理变化的相对潜在关系,为个性化体外红细胞贮存如定制添加剂、研发不同的红细胞贮存液提供思路。

摘要： 本刊讯:2022年3月17日,由中国轻工业联合会组织并主持召开的“基于感官组学的中国劲酒风味解析及其质量控制研究”科技成果鉴定会举行。据介绍,“基于感官组学的中国劲酒风味解析及其质量控制研究”是劲牌公司进行的中国劲酒产品关键功能成分及风味特征研究。

摘要： 为了进一步研究胰蛋白酶的保鲜机制,探讨火龙果中胰蛋白酶和抗氧化酶的协同机制,根据胰蛋白酶调控火龙果的RNA-seq数据筛选活性氧(reactive oxygen species,ROS)和抗氧化酶相关基因。蛋白质-蛋白质相互作用(protein-protein interaction,PPI)网络分析结果表明,整个ROS网络是真正的生物无标度网络。通过Cytoscape软件中的MCODE插件分析,大多数抗氧化酶(超氧化物歧化酶、过氧化氢酶(catalase,CAT)和谷胱甘肽过氧化物酶(glutathione peroxidases,GPXs))都聚集在ROS网络的第2个簇中。通过进一步分析差异表达的抗氧化酶,过氧化物氧化酶(peroxidase,POD)和CAT应是胰蛋白酶调控机制中的核心蛋白。此外,通过广泛靶向代谢组学数据鉴定出的所有22种饱和脂肪酸均被下调。饱和的溶血磷脂酰胆碱(lysophosphatidylethanolamine,LysoPC)和溶血磷脂酰乙醇胺(lysophosphatidylcholine,LysoPE)中有7种是主要代谢产物。结论:胰蛋白酶可通过调控抗氧化系统,抑制饱和脂肪酸水平,实现火龙果的保鲜作用。胰蛋白酶的应用为水果的保鲜提供了新的策略。

摘要： 羊肚菌早期的驯化栽培因受制于基础研究不足而稳定性差。近年来,得益于羊肚菌人工栽培的快速发展,我国在羊肚菌种质鉴定与选育、交配型基因与生活史、菌种老化与质控体系、营养代谢与组学等研究领域取得了系列进展,并在一定程度上支撑了羊肚菌栽培区域和面积的快速扩张。然而,目前羊肚菌栽培仍然存在着优良种质匮乏、整体产量不稳定、病害与连作障碍凸显等问题,相关基础研究亟待开展与加强。

摘要： 坏死性小肠结肠炎(NEC)的早期识别和严重程度判断较为困难,临床常使用Bell分期作为其诊断及分期标准。随着分子医学和新生儿医学水平的提高,NEC的预防、治疗和管理策略都有了新的进展,但其发病率和病死率仍居高不下。近年来,组学与临床数据结合寻找早期预测NEC的相关生物标志物、母乳喂养及维持肠道菌群稳态对NEC的预防、干细胞和外泌体相关治疗的探索,都为NEC诊治带来了新方向,有望降低NEC发生率和病死率,改善患儿远期预后。

摘要： 多倍化是物种形成与作物驯化的重要驱动力之一。多倍化能够在短期内极大丰富物种多样性,因此被广泛应用于作物的遗传改良。利用多倍化开展的作物品种改良已在西瓜、黄瓜、甜瓜等重要葫芦科作物中获得成功。近期研究发现,多倍体通常具有明显的环境适应性优势,在全球气候问题日益严峻的今天,利用多倍化提高葫芦科作物的环境适应能力已成为葫芦科作物育种的重要内容之一。根据基因组组成的不同,多倍体可分为同源多倍体和异源多倍体,以往的葫芦科作物研究多数只关注于同源多倍体,对于异源多倍体的认识与研究存在明显不足,有待进一步开发与利用。随着基因组测序技术的发展以及多种组学和分子生物学技术的快速发展,植物多倍化研究取得了许多重要的进展,为葫芦科作物多倍化相关机制研究提供了前所未有的机会。本文系统综述了近年来葫芦科作物多倍化研究现状,探讨多倍化在葫芦科作物育种中的发展与未来,为葫芦科作物以及其他作物的遗传育种提供参考。

摘要： 公开了用于提供基因组搜索引擎应用程序的系统、介质和方法，包括：记录在计算机储存器中的多个索引，所述索引包括标记化的基因组数据；提供索引管道的软件模块，所述索引管道摄取基因组数据和与所述基因组数据相关联的注释，在保留基因名称和基因变异名称的同时将数据标记化，并用标记化的数据更新索引；以及呈现允许用户输入用户查询的用户界面的软件模块；提供查询引擎的软件模块，所述查询引擎接受用户查询，选择一个或多个相关索引，并将排序准则应用于所选索引以返回排序结果。

摘要： 基因组或蛋白质组数据被编码为包括生物信息学字符集(20)的字符的基因组或蛋白质组字符串。基因组或蛋白质组数据的每一个碱基或肽通过生物信息学字符集的单个字符来表示，以及生物信息学字符集的每个字符编码(I)碱基或肽以及(II)与该碱基或肽相关联的至少一个注释的数据值。该基因组或蛋白质组数据通过使用映射到生物信息学字符集的生物信息学字体(40)显示基因组或蛋白质组字符串来被显示。至少一个字符串函数可在基因组或蛋白质组字符串上执行以生成更新的基因组或蛋白质组字符串，其中至少一个碱基或肽由编码了至少一个附加的或修改的注释的数据的单个字符表示，该字符由执行的字符串操作生成。

摘要： 本发明公开了一种基因组学及生物信息学的微生物组学在线分析平台架构，包括：底层支撑层，包括生物信息分析模块和云平台支撑模块，生物信息分析模块用于利用云平台支撑模块针对16S、ITS、18S以及微生物宏基因组测序进行个性化分析，与数据以及功能层、交互层交互，最后通过交互层以交互界面的形式对用户呈现，云平台支撑模块包含云平台所需的软硬件条件；数据以及功能层，用于向底层支撑层提供用户数据和系统数据；交互层，用于将生物信息分析模块的分析结果以交互界面的形式对用户呈现，本发明可解决传统高通量测序科研服务模式的弊端，使得无生物信息基础的科研工作者也可根据需要自主选择参数、一键生成分析结果、图形完全动态，便于实时解析。

摘要： 本发明公开了一种基因组学及生物信息学的微生物组学在线分析平台架构，包括：底层支撑层，包括生物信息分析模块和云平台支撑模块，生物信息分析模块用于利用云平台支撑模块针对16S、ITS、18S以及微生物宏基因组测序进行个性化分析，与数据以及功能层、交互层交互，最后通过交互层以交互界面的形式对用户呈现，云平台支撑模块包含云平台所需的软硬件条件；数据以及功能层，用于向底层支撑层提供用户数据和系统数据；交互层，用于将生物信息分析模块的分析结果以交互界面的形式对用户呈现，本发明可解决传统高通量测序科研服务模式的弊端，使得无生物信息基础的科研工作者也可根据需要自主选择参数、一键生成分析结果、图形完全动态，便于实时解析。

摘要： 本发明公开了一种利用非靶代谢组学和宏基因组学诊断多房棘球蚴病的方法，包括如下步骤：(1)在无菌条件下采集bablc小鼠粪便，采集后立即置于‑80°C的冰箱内保存；(2)全部采集完成后，进行非靶代谢组学和宏基因组学联合分析。本发明通过对正常小鼠和感染多房棘球蚴的小鼠进行非靶代谢组学和宏基因组学联合分析，发现正常组与患病组之间存在表达差异，所用的标志物检测灵敏度高，特异性强，本发明可作为多房棘球蚴病的候选诊断方法，具有重要的临床价值和推广应用前景。

摘要： 本发明涉及一种基于宏转录组学和宏基因组学的环境中新型抗生素抗性基因的活性定量方法。具体包括以下步骤：1)从环境微生物样本中提取总DNA和RNA；2)DNA样品进行宏基因组测序；RNA样品进行宏转录组测序；3)通过对宏基因组测序以及宏转录组测序结果进行分析，识别新型抗生素抗性基因及其宿主，并对其活性进行定量。本发明的方法不依赖菌株分离培养，结合了宏基因组和宏转录组方法能够实现环境微生物样品中抗生素抗性基因的活性定量及其宿主鉴定。

摘要： 本公开实施例公开了一种空间组学测序、单细胞表观转录组学测序及定位标识方法，所述空间组学测序方法包括：预处理样品切片；利用微流控芯片将交叉定位标识添加至所述样品切片，其中，所述交叉定位标识为向微流控芯片的进样孔加入的包括不同barcode的物质所确定的；依序对所述样品切片进行细胞裂解、扩增及建库后，根据所述交叉定位标识进行基因测序。上述测序方法利用微流控芯片加入标记细胞位置的包括不同barcode的物质，操作步骤简单，并且不限于空间转录组测序、空间蛋白组测序、空间表观组测序和空间表观转录组测序等，应用范围广。

摘要： 本发明涉及一种基于转录组学结合蛋白组学TMT研究莲花斑形成分析方法，提供了揭示植物花斑形成的分子机理的一种新方法。收集莲“大洒锦”花瓣的样品，经过转录组Illumina HiSeq测序，筛选花青素代谢通路上表达差异基因，同时提取样品中的蛋白，测定蛋白质的浓度，质量检测，通过TMT标签标记，2D‑LC‑MS分析，结合蛋白组学进行生物信息学分析，筛选到调控花青素代谢通路上表达水平差异的蛋白，将转录组中的差异的基因关联到蛋白组中，筛选到调控莲“大洒锦”花斑的关键蛋白以及对应的基因，从而达到了解这些蛋白质和基因是如何调节莲“大洒锦”花斑的形成，为其它植物花斑形成的机理提供新思路新方法。

摘要： 本发明公开了一种基于代谢组学及转录组学关联分析筛选贝母生物碱合成关键基因的方法。具体的是通过三种贝母的代谢组学分析得到差异性生物碱及其含量信息，同时利用转录组学功能性注释得到生物碱合成途径中相关基因的表达情况。通过关联分析构建差异代谢物‑基因相关性关系网络，筛选出贝母中对生物碱含量贡献度较大的生物碱合成途径关键基因。本发明为进一步阐明贝母中生物碱类物质合成机制提供了重要信息，同时为通过基因调控等手段提高贝母生物碱含量提供了重要依据。

摘要： 本发明公开了一种基于LC-MS血清代谢组学技术分析血清代谢组学的方法，通过构建血清代谢组学分析模型对血清进行分析，模型构建方法包括：收集健康血清样本和患病血清样本；对样本进行LC-MS检测，得原始代谢指纹图谱；将图谱进行预处理，所得二维矩阵依次进行PCA和PLS-DA分析，得PLS-DA模型，对得到的模型进行验证，无过拟合危险，则模型构建完成。本发明首次将血清代谢组学分析技术用于食管癌早期筛查中，可以快速、便捷的筛选出食管癌高发人群，缩小食管癌筛查的范围，有效提高了食管癌高发区全人群筛查的效率，大大降低了筛查成本，有效避免了部分人群有创胃镜造成的痛苦，具有重要的经济和社会效益，便于推广应用。