系统生物学

摘要： 目的:应用系统生物学方法,构建“辛凉三剂”方证表征-基因-通路网络,探讨温病“辛凉三剂”方证的病理机制差异。方法:①基于第七版《方剂学》获取“辛凉三剂的”方证表征;②在Symmap、HPO数据库及PolySearch2文献挖掘服务器中检索“辛凉三剂”方证表征的靶点;③利用String数据库及Cytoscape 3.7.2构建“表征-基因”可视化网络,并利用其MCODE拓展功能筛选核心网络;④利用Metascape平台进行基因功能和通路富集分析。结果:桑菊饮证、银翘散证、白虎汤证表征基因分别有244个、410个、172个,三者交集基因8个(ALPL、AQP2、AVP、AVPR2、CD36、ED4、HMOX1、TARDBP),以加压素V2受体、血小板糖蛋白受体为代表性作用靶点。桑菊饮证、银翘散证、白虎汤证表征的基因互作关系分别有28个、42个、19个,生物进程分别有168个、288个、71个,KEGG通路分别有86个、108个、50个。除共同涉及的基因和信号通路外,桑菊饮证涉及基因有TNF、CCL2、CCR1和CXCL8等,通路中以T细胞受体信号通路为主;银翘散证涉及基因有ERCC、XPA和DDB2等,通路中以Jak-STAT信号通路为主;白虎汤证涉及基因有HSPA2、HSF1、HSP90AA1和ITPR2等,通路中以MAPK信号通路、钙信号通路为主。结论:“辛凉三剂”方证的共有信号通路NOD样受体信号通路引发炎症而发热。风热犯肺证(桑菊饮证)和风热袭卫证(银翘散证)的Toll样受体信号通路、NF-kB信号通路、B细胞受体信号通路、T细胞受体信号通路与Jak-STAT信号通路均为免疫与炎症相关信号通路,可以通过免疫炎症反应引起机体发热。经文献资料查询,风热犯肺证(桑菊饮证)的咳嗽表征是由其独有的RIG-I样受体信号通路介导NF-kB激活所致。风热袭卫证(银翘散证)的MAPK信号通路在共同通路的基础上加重机体发热程度。肺胃热盛证(白虎汤证)的热盛汗出与钙离子通路的异常表达有关。

摘要： 系统医学是用系统科学理论和方法综合研究和认识复杂的人体及其疾病,并把传统和现代医学大量的基础与临床研究成果集成整合起来的一门全新的现代医学体系。系统医学是基于系统生物学的发展而诞生的。《系统医学》是由国家卫生健康委员会主管,由国家卫生健康委医药卫生科技发展研究中心、全国卫生产业企业管理协会。

摘要： 中医是通过长期医疗实践逐步形成并发展而成的医学理论体系,承载着中国人民同疾病作斗争的经验和理论知识。中医学在疾病预防、诊断及预后康复管理等方面具有“整体观念”和“治未病理念”,但其存在缺乏客观、量化指标等问题,因而限制了中医的发展及现代化进程。系统生物学主要包括代谢组学、基因组学、蛋白组学,其具有“整合”的特点,与中医的“整体观”有异曲同工之妙。随着现代科学技术的提升,应用中医诊治各种疾病的同时运用系统生物学的研究,能够对疾病进行更深入的诊断和治疗。本文将对近年来系统生物学在中医药研究中的应用和进展进行梳理和总结。

摘要： 系统生物学与中医药学的多靶点、整体观的思维有相似性,与中医理论指导下用药规律具有相通性。基于国内外采用系统生物学方法在中医药领域的结合应用研究情况,首先,介绍了不同单一系统生物学方法的特点,其中转录组学是在整体水平上研究细胞中基因转录的情况及转录调控规律的方法,蛋白质组学是直接观察生物体内蛋白质组学的变化,也是一种直接解决问题的方案,代谢组学是对生物体内所有小分子代谢物进行定量分析并寻找与机体生命活动、病理变化相对应的代谢物质的研究方法,综述了转录组学、蛋白质组学和代谢组学方法在中医药研究中应用情况和存在的问题;其次,基于最新的多组学的联合分析技术具有整体性和高通量的特点,结合代表性的研究成果,论述了多组学联合分析技术在中医药应用中常用的研究思路和方法;最后对系统组学存在的问题和发展应用前景提出了展望。研究得出,随着大数据时代的到来,通过系统组学技术和中医药的应用结合分析,可以系统性地探讨疾病的发病因素和中医药干预机制,为中医药的现代化发展提供广阔的空间。

摘要： 系统生物学作为一种整合医学,可以从整体出发,阐明生物体复杂的生理病理状态,主要包括:基因组学、蛋白质组学、转录组学、代谢组学和网络药理学等。骨质疏松症具有骨折风险高、骨强度降低、骨微结构恶化等特点,其导致的脆性骨折是老年人致残、致死的主要原因之一,系统生物学整体分析的特性与骨质疏松症全身性代谢疾病的特点从某种程度上讲有共通之处。近些年,系统生物学所包含的各组学技术已被应用于骨质疏松症的研究工作中,展现出独特优势。本文就近几年系统生物学技术在骨质疏松症研究中的应用进展作相关综述,旨在为系统生物学技术在骨质疏松症研究过程中的进一步应用提供依据。

摘要： 目前中药炮制技术的研究不止局限于传统理论研究,还包涵运用现代仪器分析技术对炮制前后药物成分变化进行探究。为了使中药炮制技术更好地运用于临床,引入系统生物学的技术和方法进行研究,以新兴的网络药理学、代谢组学、分子生物学等为媒介,全方位探索炮制机制。该文从物质基础和系统生物学两个方面梳理了炮制研究中的现代技术,力求推进中药炮制研究的方法学向更高层次提升与发展,为更好地服务于临床用药提供强有力保证。

摘要： 国家发改委:探索研发“人造蛋白”等新型食品(简讯王翠竹)近日,国家发改委印发《“十四五”生物经济发展规划》(以下简称“规划”)提出,有序发展全基因组选择、系统生物学、合成生物学、人工智能等生物育种技术,着力提升良种培育、生产加工、推广应用等能力,加快构建商业化育种创新体系。

摘要： 系统医学是用系统科学理论和方法综合研究和认识复杂的人体及其疾病,并把传统和现代医学大量的基础与临床研究成果集成整合起来的一门全新的现代医学体系。系统医学是基于系统生物学的发展而诞生的。《系统医学》是由国家卫生健康委员会主管,由国家卫生健康委医药卫生科技发展研究中心、全国卫生产业企业管理协会、《中国卫生产业》杂志社有限公司主办的专业性医疗学术期刊。国内统一连续出版物号:CN10-1369/R,国际标准连续出版物号:ISSN2096-1782,邮发代号:80-911,半月刊,168页,国际大16开本印刷。

摘要： 系统医学是用系统科学理论和方法综合研究和认识复杂的人体及其疾病,并把传统和现代医学大量的基础与临床研究成果集成整合起来的一门全新的现代医学体系。系统医学是基于系统生物学的发展而诞生的。《系统医学》是由国家卫生健康委员会主管,由国家卫生健康委医药卫生科技发展研究中心、全国卫生产业企业管理协会、《中国卫生产业》杂志社有限公司主办的专业性医疗学术期刊。国内统一连续出版物号:CN10-1369/R,国际标准连续出版物号:ISSN2096-1782,邮发代号:80-911,半月刊,168页,国际大16开本印刷。

摘要： 系统医学是用系统科学理论和方法综合研究和认识复杂的人体及其疾病,并把传统和现代医学大量的基础与临床研究成果集成整合起来的一门全新的现代医学体系。系统医学是基于系统生物学的发展而诞生的。

摘要： 中医学的核心是整体观念和辨证论治.证候是疾病发展过程中某一阶段的病机概括.中医肿瘤学是运用中医学理论和方法,研究肿瘤疾病发生、发展及其防治规律的学科.基于中医和现代医学肿瘤研究的发展困境,从系统生物学角度解析中医肿瘤证候的科学性已经具备坚实的物质和方法学基础.系统生物学与证候在不同的“组”学层面拥有诸多的共同或者相似对应的特征.肿瘤证候与基因组学、药物基因组学、蛋白质组学、表观遗传组学及免疫组学等存在多层次、网格化的立体关联,生动地体现了中医肿瘤证候的科学性.

摘要： 方证相应理论是辨证论治的核心内容,是临床取效的关键环节.在病证结合、方证结合基础上,遵循整体性、动态性原则,探求方证间的内在联系与物质基础,对阐明中医药作用机理、提高临床疗效具有十分重要的意义.近年来,将系统生物学方法技术应用于方证相应理论研究取得了一些新进展,显示出更加注重整合的趋势.本文从蛋白质组学研究、代谢组学研究、整合研究方面对方证相应理论研究进展进行了综述,并就当前研究中存在的问题及下一步研究方向提出了一些看法.

摘要： 银屑病(Psoriasis,PS)是一种遗传和环境共同作用,以角质形成细胞过度增殖为特征,由免疫介导的慢性炎症性皮肤病.银屑病病理过程中,调控基因表达的小分子RNA(miRNAs)、易感基因以及细胞因子,三者之间有着重要的关联.之前的研究往往集中三者其中的某一方面,这样并不能够良好地理解其完整病理过程.本综述从系统生物学(Systems biology)的整体角度,整合前期研究者的数据信息,探讨miRNAs、易感基因、细胞因子在银屑病发病机制之间的关联以及相互调控作用.本文综述miRNAs、易感基因以及细胞因子生物网络在PS病理过程的进展,为银屑病病理机制提供一个全新视角.

摘要： 目的:基于系统生物学研究理念,以临床肝硬化病例为研究对象,构建基于尿液小分子代谢物的差异指纹谱,并采用多元统计分析构建不同中、西医分型评判模型.方法:采用液质联用(UPLC-TOF/MS)技术对其尿样进行代谢组学分析,通过主成分分析(PCA)法及偏最小二乘(PLS)法等化学计量学和多元统计分析方法,对肝硬化患者体内代谢物构建理论预测模型,并借助生物信息学平台进行数据的分析和解释.结论:本研究构建的多元评判模型,可应用于对肝硬化疾病的分子机制、预测肝硬化进程的趋势变化、描述不同中医分型特征的研究与阐释.

摘要： 系统生物学是在基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等新型科学发展基础上整合而成的,与中医的"整体观念"相似.人类的基因等存在个体差异性,对其研究等同于中医的"辨证论治".本文将基于系统生物学的特点及研究方法,以期对中医脾藏象研究取得的成果进行论述与思考. 采用系统生物学等前沿科技研究中医学基础理论，是构建中医药学术发展体系、保障中医药健康持续发展的重要环节。对于脾藏象的研究，从基因水平探讨，可以忽略具体组织、器官的解剖定位，更符合中医学整体观的特征;从转录组学探讨，可以对整体的基因相互作用网进行描绘，有助于系统地了解机体对疾病状态或环境挑战的应答;从蛋白质水平探讨，可以得到无法只从基因水平上得到的信息，是对基因组学研究的一种完善和补充;从代谢组学探讨，可以研究中医病证所引起的代谢物组变化，促进脾藏象的深入研究，推进中医辨证论治的定量化和科学化。

摘要： 临床实践中发现通过辨证论治应用中药复方可以改善奥沙利铂的外周神经毒性.但由于奥沙利铂外周神经毒性机制的复杂性、中药复方的成份多样性、辨证论治的主观性,导致中药复方在治疗奥沙利铂外周神经毒性药效物质基础及作用靶点研究中一直未能获得突破.通过系统生物学对“证-方-效”研究的有机结合，能够更完整、系统、深刻的理解和揭示中医方剂的药效物质基础和作用机理，阐明中药复方的配伍规律，指导中药复方新药的创制。将系统生物学引入或许能为中药复方治疗奥沙利铂外周神经毒性的研究带来新思路和突破。

摘要： 本文从系统生物学技术、方证本质研究角度论述了中医方-证-肠道微生态的宏基因组学来研究腹泻型肠易激综合征可行性和必要性,系统生物学为传统中医客观化的探索建起了更为宽广的技术平台,组学技术为深入探索方证关系提供了有力的探索工具.

摘要： 通过整理古代医籍中有关胃肠积热病因、病机的研究,笔者概括出胃肠积热的主要病因、病机为：过食肥甘厚味导致阳气内郁、蕴于胃肠;情志不遂、气郁化火、壅于胃肠;外邪直中或传变至阳明胃肠、从阳化热、邪热壅塞.同时联系现代医学研究,归纳出现代社会中胃肠积热多发的原因为现代社会日益加快的生活节奏所带来的饮食不节/不洁、繁重的学习工作生活压力及运动的缺乏等不良生活习惯;并从免疫学、神经内分泌调节及营养学角度探讨胃肠积热的现代医学病机,旨在揭示胃肠积热相关病因、病机研究的不足,论述引入系统生物学研究手段的必要性.据研究层次的不同，系统生物学涵盖的具体研究内容包括宏基因组学、转录组学、蛋白质组学、代谢组学等。由于系统生物学研究具有综合性、整体性、动态性的特点，使其在中医证候学方面的研究具有独特的优势。将上述系统生物学研究手段引入胃肠积热病因、病机学研究，即可从不同层次联合揭示其发病机制，使其具有客观化、标准化的现代生物学内涵。

摘要： 地球上可能有多达1500000种真菌,目前,只有不到100000种真菌被发现(Hawksworth,1997;Fr(o)hlich,1999).近年来人们对内生真菌的认识和研究越来越得到重视,一些真菌学家认为,内生真菌是构成真菌种群多样性的重要组成部分(Arnold,2007;Rodriguez,2009).内生真菌群落结构受到寄主植物、营养组分、环境条件以及其他因素的影响.

摘要： 病原体感染与阻塞性气道疾病的发生关系密切,病毒、细菌、肺炎衣原体和支原体感染都参与哮喘和慢性阻塞性肺疾病(COPD)的发生.过敏性哮喘主要和Th1/Th2失衡、细胞因子大量释放,诱发嗜酸性粒细胞的气道大量招募有关;非过敏性哮喘则与Th17-IL17免疫轴的失衡及外来病原体的定植密切相关;COPD体现为不可逆的气道改变,尤其与免疫系统紊乱和病原体的大量定植有关.

摘要： 在生物学信息利用系统(100)中，测量系统(110)包括测量部(111)，测量被检者的生物学信息；时钟，检测出测量了生物学信息的测量时刻；通信部(12)，向服务器(120)发送包含测量时刻的生物学信息；服务器(120)包括从多个测量系统(110)中接收多个生物学信息的通信部(121)，存储生物学信息的生物学信息存储部(126)，根据在生物学信息存储部(126)中存储的多个生物学信息，生成表示生物学信息的地理分布或生物学信息的地理分布的时间推移的附加价值信息的附加价值信息生成部(123)，将所生成的附加价值信息提供给测量系统(110)和服务提供目的地的PC(130)与便携式电话机(110)的通信部(121)，PC(130)和便携式电话机(120)将所提供的附加价值信息提示输出给使用者。

摘要： 公开了针对肌力作用快速筛选化合物的两级或两层系统和方法。该系统包含在第一层中的工程化心脏组织条(CTS)，该CTS包含包埋于生物相容性凝胶中的心肌细胞，例如人心室心肌细胞，其中凝胶包含至少两个生物相容性结构支撑物，例如用于升高凝胶的聚二甲基硅氧烷柱。该系统还包含在第二层中的设备，该设备包含至少一个类器官模块，其包含至少一个类器官盒和镜布置，其中每个类器官盒包含类器官。该系统还包含至少一个检测装置，例如高速照相机，用于检测该系统第一层中CTS凝胶的挠曲和/或用于检测该系统第二层的一个或多个类器官盒中组织或类器官的行为。该方法包含将化合物施加至心脏组织条并检测凝胶响应于该化合物的施加而发生的任何挠曲，以检测表现出可能的肌力作用的化合物，并将该化合物引入类器官模块，其中该类器官模块中心脏组织或类器官的收缩性改变鉴定出具有肌力作用的化合物。还提供了一种制造心脏组织条的方法。第二层系统也可用于离体制造和监测、表征、操纵或测试一种或多种类器官(例如人的类器官)的方法中。该系统、方法、设备和组合物可用于多种情况，包括评估潜在治疗剂的功效和/或毒性。

摘要： 一种方法，包括分析在多类个体之间的多种组分数据，以通过分析连接基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、肠道微生物和环境因素的生化网络，开发治疗的先导化合物。

摘要： 浓缩膜，其用于浓缩生物学粒子，上述浓缩膜包含亲水性复合多孔质膜，上述亲水性复合多孔质膜具备：多孔质基材、和被覆上述多孔质基材的至少一个主面及空孔内表面的亲水性树脂，上述亲水性复合多孔质膜的膜厚t(μm)与利用掌上气孔计(palm porometer)测得的平均孔径x(μm)之比t/x为50～630。生物学粒子50的浓缩设备10，其具备：壳体20，其具有入口21及出口22，并且构成为包含生物学粒子50及水的被处理液40通过入口21与出口22的压差从入口21被注入并从出口22被排出；浓缩膜30，其是在壳体20内以隔开入口21与出口22的方式设置且不吸附生物学粒子50的亲水性多孔膜，上述浓缩膜30使排出液42从入口21侧的面透过至出口22侧的面，上述排出液42是自被处理液40减少了生物学粒子50的浓度而得的液体；和浓缩空间部24，其是壳体20内的浓缩膜30的上游侧的空间，且用于收纳浓缩液41，上述浓缩液41是利用浓缩膜30而自被处理液40增加了生物学粒子50的浓度而得的液体。

摘要： 在生物学信息利用系统(100)中，测量系统(110)具有：测量被检者的生物学信息的测量部(111)；检测生物学信息被测量的测量时刻的时钟；向服务器(120)发送包括测量时刻的生物学信息的通信部(112)，服务器(120)具有：从多个测量系统(110)接收多个生物学信息的通信部(121)；存储生物学信息的生物学信息存储部(126)；附加价值信息生成部(123)，根据存储在生物学信息存储部(126)的多个生物学信息，生成表示规定的地理区间中的多个被检者的生物学信息的平均值的时间分布的附加价值信息；附加价值信息的通信部(121)，向测量系统(110)和服务提供对象的PC(130)提供所生成的；PC(130)输出所提供的附加价值信息。

摘要： 在生物学信息利用系统(100)中，测量系统(110)包括测量部(111)，测量被检者的生物学信息；时钟，检测出测量了生物学信息的测量时刻；通信部(12)，向服务器(120)发送包含测量时刻的生物学信息；服务器(120)包括从多个测量系统(110)中接收多个生物学信息的通信部(121)，存储生物学信息的生物学信息存储部(126)，根据在生物学信息存储部(126)中存储的多个生物学信息，生成表示生物学信息的地理分布或生物学信息的地理分布的时间推移的附加价值信息的附加价值信息生成部(123)，将所生成的附加价值信息提供给测量系统(110)和服务提供目的地的PC(130)与便携式电话机(110)的通信部(121)，PC(130)和便携式电话机(120)将所提供的附加价值信息提示输出给使用者。

摘要： 本发明公开了一种高盐废水生物学脱盐装置及生物学脱盐方法，本发明高盐废水生物学脱盐装置包括多个脱盐单元，所述的脱盐单元包括废水输入管道、废水输出管道、充氧泵、中转池、检测池和多行多列脱盐池，脱盐池中均设置有浮板，浮板上设置有用于定植西洋海笋的定植杯，本发明高盐废水生物学脱盐方法，采用前述的高盐废水生物学脱盐装置，将废水排入脱盐单元的脱盐池中，并在定植杯中定植西洋海笋，将脱盐达标的废水从脱盐池中排出。本发明通过在废水池中设置浮板和定植杯，通过种植西洋海笋来吸收废水的盐，具有较好的脱盐效果，并且成本低无二次污染，还能绿化环境。

摘要： 本发明涉及基于超小型自组装肽的有机凝胶及乳剂。其还涉及用于制备此类有机凝胶及乳剂的方法以及所述有机凝胶及乳剂在生物学和非生物学应用中的用途。

摘要： 本发明涉及教育教学技术领域，且公开了用于病原生物学与免疫学的线上线下混合教育系统及方法，包括云端服务器、应用服务器、云课堂单元，云课堂单元的内部设置有线下教育模块和线上教育模块，线下教育模块和线上教育模块之间信号连接，线下教育模块的输入端与自主学习模块的输出端电连接。该用于病原生物学与免疫学的线上线下混合教育系统及方法，能够根据学习者的不同知识水平和学习能力构建学习框架体系，摒弃以往的被动学习方式，转为主动、建构式的学习，还可以在线下自主学习的同时辅助学习者制定相应的学习任务和复习策略，对学习者遇到的问题和疑惑进行及时解答，大大降低了授课者的教学负担。

摘要： 本发明提出一种基于系统生物学阐述中医证的分子本质的分析方法，包括如下步骤：S1、对证中药的文献数据库文本挖掘，明确用药频次最高的药物；S2、根据中药、疾病、基因数据库源文件的内在联系关系，建立“中药成分‑人蛋白/基因‑疾病”关联网络，通过VENN集合分析筛选到气阴两虚对证药物的共同靶点。S3、将共同靶点构建拓扑网络，进行以节点度中心性算法为核心，最终实现对中医证本质的分子层面解释。本发明通过筛选出中医证候的对证中药和疾病靶点基因，能够构造阐释中医证的分子机制的分析方法，有助于更好的认识中医证候的机理。