扩增片段长度多态性

摘要： 【目的】对81个矮牵牛自交系的亲缘关系进行分析。【方法】采用十六烷基三甲基溴化铵法提取矮牵牛幼叶基因组DNA,利用扩增片段长度多态性对81个矮牵牛自交系的基因组DNA进行酶切、连接、预扩增、选择性扩增。【结果】采用8对引物组合共扩增出24 351条谱带,多态性条带比率为100%,平均每对引物扩增出3 044个多态性位点。81个矮牵牛自交系的相似性系数在0.2443~0.6233之间,平均值0.4338;每个位点的有效等位基因数1.2236,平均多样性指数0.2422;遗传相似性系数较高的是4号和5号,达到0.6233,较低的是9号和92号,为0.2443。【结论】根据遗传相似性系数进行聚类分析,可将81个矮牵牛自交系分为3个类群:91号、92号聚为Ⅰ类(小花型自交系);58号、73号和78号聚为第II类(中花型自交系);其余76个聚为第Ⅲ类(大花型自交系)。第Ⅲ类根据不同色系又可分为8个小类群,其中11个通过自然变异选育的自交系为D类,与其他类群的遗传关系较远。

摘要： 藏药“解吉那保”(()),能消肿,治白喉等.基于民族药物学考察、自然分布区广泛取样(6省区20个居群163株个体),结合模式标本查阅与形态学比较,将其主流品种之一鉴定为龙胆科龙胆属Gentiana粗茎秦艽Gentiana crassicaulis.粗茎秦艽,我国特有物种,仅在西藏、云南、四川、贵州、青海及甘肃等省区有分布,多见于海拔2 100～4 500m的高山草甸、林下及林缘.应用AFLP技术,以龙胆科花锚属椭圆叶花锚Halenia elliptica及龙胆属近缘种麻花艽G.straminea为外类群,构建DNA指纹谱.从64对引物组合中筛选出12对,共扩增出315个条带,其中多态性条带254条,占比为80.63％.粗茎秦艽种内遗传多样性丰富,遗传变异主要存在于居群间(87％),居群内部遗传变异较小(13％).非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类树物种间拓扑结构与经典分类学观点相一致;物种内分为两大支:支I由西藏、甘肃、青海及四川各居群组成,支Ⅱ由贵州及云南各居群组成.PCA分析及Mantel检验等均表明粗茎秦艽居群间遗传距离与空间地理距离具有显著的正相关关系.同时,结合SSR与SNP标记,探讨了四川康定县居群S1的分化问题.本工作可为藏药“解吉那保”种质资源保护、药材生药学鉴定及道地性探究等提供基础资料.

摘要： 为明确近年来陕西省小麦白粉菌Blumeria graminisf.sp.tritici群体毒性及遗传变异情况,利用32份已知抗白粉病基因小麦品种(系)对2013年和2014年陕西省小麦白粉菌群体毒性结构进行测定,并应用扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)标记对2014年陕西省西安市、咸阳市、渭南市、宝鸡市及陕西省毗邻的甘肃省天水市5个小麦白粉菌地理群体共118株白粉菌菌株进行遗传多样性分析.毒性监测结果显示,供试小麦白粉菌群体对Pm1c、Pm2、Pm3d、Pm4a、Pm4b、Pm5b、Pm13、Pm21、Pm24、Pm30、Pm2+6、Pm2+ Mld、Pm2+6+?、Pm4b+5b、Pm4+?、Pm5+6的平均毒性频率在0～17.23％之间,表明这些基因抗性保持较好;对Pm1a、Pm3b、Pm3c、Pm3e、Pm3f Pm7、Pm8、Pm19、Pm1+2+9的平均毒性频率介于69.17％～99.60％之间,表明这些基因抗性已丧失.用筛选出的6对AFLP标记共扩增出831个多态性位点,多态性位点百分比为94.86％;小麦白粉菌群体遗传多样性指数和香农信息指数分别为0.1151和0.2036,遗传变异主要来源于群体内变异.群体间基因流为4.7939,表明5个小麦白粉菌群体间基因交流广泛.群体间遗传距离和地理距离两者显著正相关.

摘要： 运用扩增片段长度多态性(AFLP)技术,分析了采自于湖南、四川、贵州和海南的33份猕猴桃种质资源的遗传多样性和遗传差异.结果显示,23对AFLP引物共扩增出683条条带,其中多态性条带622条,多态性比例为91.07％,对33份种质材料的区分率达100％.对扩增结果的UPGMA聚类谱系图分析显示,33份种质资源之间的相似系数在0.51～0.95之间,遗传差异性显著.在相似系数0.70的水平上可以将33份种质分为3个类群,Ⅰ类为中华猕猴桃和美味猕猴桃,Ⅱ类为阔叶猕猴桃,Ⅲ类为对萼猕猴桃.在最大的I类类群中,31个中华猕猴桃和美味猕猴桃种质又可以在相似系数0.82水平上分为几个细类,它们具有按地理来源优先聚类的趋势和种内种间的聚类交叉现象.AFLP技术结合传统的形态分类方法可以作为猕猴桃种质分类及选育种的评价依据.

摘要： 异源四倍体甘蓝型油菜(Brassica napus,AACC,2n=38)是研究异源多倍体植物起源、进化的一种模式植物.先前的研究中,通过甘蓝型油菜与近缘种植物杂交,诱导C亚基因组染色体优先消除,重建了祖先种白菜类型(restituted B.rapa,RBR,AA).本研究通过雌蕊细胞染色体压片技术,扩增片段长度多态性(AFLP)技术对已获得的2个重组白菜及其连续自交后代进行细胞遗传及系统聚类分析.结果显示:2个重组白菜及其自交后代的染色体数稳定在2n=20;与天然白菜相比,RBR在表型上表现一些特有的性状;经AFLP分子标记分析RBROro与白菜“Chiifu”聚为一类,RBR ZS11与本土的白菜型油菜“白油1号”亲缘关系紧密.结论:重组白菜在染色体组水平上具有稳定性,且重组白菜主要依赖于亲本甘蓝型油菜的起源.%The allotetraploid oilseed rape (Brassica napus L.,AACC) had been taken as a model to decipher the formation and evolution in allopolyploid plants.In previous study,two ancestral B.rapa had been restituted (restituted B.rapa,RBR,AA) in intertribal crosses between B.napus and and its relative species via inducing the preferential elimination of C-subgenome chromosomes.Here,counting chromosome number of pistil cells and Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP)technology were performed to analyze the genetic stability and phylogenetic analysis of RBRs and their descendants.The results demonstrated that:RBRs and their descendants maintained a stable chromosome number with 2n =20;Comparing to nature B.rapa,RBRs showed some special characteristics at morphology;RBR Oro shared a similar cluster with B.rapa "Chiifu" and RBR ZS1 1 showed the most closest relationship with native B.rapa "baiyou1 hao" which were determined by AFLP.We concluded that RBR can maintain the stability at chromosome level and the phylogenetic analysis of RBRs was proved to depend on the origin of its parental B.napus.

摘要： The white shrimp,Litopenaeus vannamei,is one of the most important aquaculture species in China.The broodstocks used in China are mainly introduced from abroad.Recently,several new domestic white shrimp strains have been bred and used as broodstock.To further strengthen the genetic breeding of white shrimp,it is necessary to understand genetic diversity status of different strains.In the present study,the amplified fragment length polymorphism (AFLP) was employed to analyze the population genetic diversity and genetic difference between four introduced populations and three domestic breeding populations.A total of 105 fragments in length of 100～500 bp were identified from 210 individuals using seven AFLP primer combinations,of which 90 of 105 fragments were polymorphic,and the proportion of polymorphic loci was 85.71％.The polymorphic loci within populations varied from 54.17％ to 65.63％,with an average of 60.53％,and the mean heterozygosities ranged from 0.164 to 0.236,with an average of 0.202.AMOVA analysis revealed that 51.79％ of genetic variations derived from populations,the estimated ΦST value over all polymorphic loci across the seven populations was 0.518,indicating significant genetic differences between populations and strong population structure.Furthermore,these results could provide theoretical supports for germplasm improvement ofL.Vannamei..%为了解引进群体与国内养殖凡纳滨对虾群体遗传多样性水平,提高我国凡纳滨对虾种质改良效果,应用AFLP标记技术对国外引进群体和国内养殖凡纳滨对虾群体的遗传多样性进行分析.采用7对AFLP引物组合对7个群体(4个引进群体,3个养殖群体)210个个体进行扩增,结果发现,7个群体在100～500 bp共检测到105个位点,其中多态性位点为90个,多态位点比例为85.71％.4个引进群体(KONABA、SISMAN、OI、CHAI)的多态性位点百分率分别为62.5％,57.29％,61.21％,61.46％;3个国内养殖群体(ZX、ZK、GDOU)的多态性位点百分率分别为65.63％,61.46％,54.17％.7个群体的平均期望杂合度为0.202,表明所检测的7个群体均具有较高的遗传多样性.AMOVA分析显示,51.79％的变异来源于群体间,群体的平均ΦsT值为0.518,表明凡纳滨对虾群体内遗传多样性非常丰富,群体间相似性较大,且存在较强的基因交流.本研究可为我国凡纳滨对虾种质改良提供基础资料.

摘要： 采用DNA分子标记技术对植物大麻和大麻制品进行遗传多样性研究,以此来鉴别毒品原植物大麻的品种和产地,为大麻涉毒案件中查找毒品来源、铲除毒品种植基地指明新的方向。本文通过利用不同分子的标记物如限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、序列特异性扩增区(SCAR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重复序列(SSR)、简单序列重复区间扩增(ISSR)和单核苷酸多态性(SNP)分析等简要概述大麻DNA分子标记技术。

摘要： 采用DNA分子标记技术对植物大麻和大麻制品进行遗传多样性研究,以此来鉴别毒品原植物大麻的品种和产地,为大麻涉毒案件中查找毒品来源、铲除毒品种植基地指明新的方向.本文通过利用不同分子的标记物如限制性片段长度多态性(RFLP)、随机扩增多态性DNA(RAPD)、序列特异性扩增区(SCAR)、扩增片段长度多态性(AFLP)、简单重复序列(SSR)、简单序列重复区间扩增(ISSR)和单核苷酸多态性(SNP)分析等简要概述大麻DNA分子标记技术.

摘要： 为了解安徽省小麦赤霉病菌的群体分化和遗传变异规律,利用AFLP技术对安徽省4个地理群体的68个供试菌株进行了群体遗传多样性分析。结果表明,8对引物共扩增出245条带,供试菌株间的遗传距离为0.014~0.021。4个小麦赤霉病菌群体之间的遗传距离与地理分布没有明显的相关性。4个赤霉病菌群体的Shannon信息指数I为0.321,基因多样性指数H为0.193,表明具有一定的遗传多样性。方差分析表明,被测小麦赤霉病菌群体的遗传变异主要存在于群体内（99.80%）,群体间的遗传变异仅占0.20%。4个赤霉病菌群体间存在较低的遗传分化（Gst=0.049）和频繁的基因交流（Nm=9.648）。相比较而言,北部群体和中部群体亲缘关系较近,而南部群体和中、北部群体亲缘关系较远。

摘要： 日本沼虾是我国一种重要的淡水经济养殖品种。目前运用扩增片段长度多态性(AFLP)对日本沼虾进行分析尚未见报道.本文对基因组酶切、选择性扩增中Mg2+、dNTP浓度、预扩产物稀释倍数及选扩引物(M+3)/(E+3)配比等进行了比较分析,构建了日本沼虾AFLP分析体系.研究结果表明,酶切5h,选扩25μlPCR反应体系中Mg2+2mmol/L,dNTP 1.2mmol/L,预扩产物稀释40倍,选扩引物(M+3)/(E+3)配比为8∶1,所得产物在毛细管电泳中可得到稳定的结果.该体系的构建为AFLP技术在日本沼虾相关研究中的应用奠定了基础.

摘要： AFLP(扩增片段长度多态性)技术因其无需了解待测DNA序列、高效且分辨率高、重复性好等特点已被应用于构建遗传图谱、遗传多态性分析、品种鉴定、疾病诊断等的研究中.本文介绍了AFLP技术的原理、方法、特点、技术关键,阐述了AFLP在犬育种中的应用前景.

摘要： 1996年Polymeropoulos等人通过对一个意大利PD家族的研究发现了α-synclein基因,其基因突变可使氨基酸序列发生改变,从而导致了α-synclein基因产物由α螺旋结构向β折叠片层的改变,参与了蛋白质由可溶状态到淀粉样斑的沉积,在PD发病中α-synclein基因突变加速了蛋白沉积.以前研究较多的PD相关α-synclein基因突变为G209A和G88C,而在该基因启动子中还有一个二碱基重复微卫星多态位点,信息量大,而且对该位点是否是PD易患因子这一问题说法的研究目前并不一致.为了研究α-synclein基因是否是上海部分汉族PD散发患者的易患基因,我们选取了这个二碱基重复微卫星多态位点,采取扩增片段长度多态性(Amp-FLP)技术和微卫星荧光标记-半自动基因分型技术对其多态分型,并作相关分析.

摘要： AFLP(扩增片段长度多态性)技术因其无需了解待测DNA序列、高效且分辨率高、重复性好等特点已被应用于构建遗传图谱、遗传多态性分析、品种鉴定、疾病诊断等的研究中.本文介绍了AFLP技术的原理、方法、特点、技术关键,阐述了AFLP的犬育种中的应用前景.

摘要： 用扩增片段长度多态性(AFLP,amplified fragment length polymorphism)方法对荷木(Schima superba),锥栗(Castanopsis chinensis),厚壳桂(Cryptocarya chinensis)在广东省鼎湖山三个不同群落:针叶林,针阔叶混交林,常绿阔叶林中的遗传变异进行了研究.其中荷木和锥栗样品分别在上述三个群落中采集到,厚壳桂样品只在针阔叶混交林和常绿阔叶林中采集到.荷木的AFLP分析结果表明,四组引物对分别扩增出24,27,40,27条带,其中分别有15,23,23,16条是多态性带;三个群落内个体平均遗传多样性分别是0.353,0.336,0.304.锥栗的AFLP分析结果为四组引物对分别扩增出27,20,33,39条带,其中分别有15,15,18,26条是多态性带;三个群落内个体平均遗传多样性分别是0.197,0.297,0.311.同样厚壳桂的AFLP分析结果为,四组引物对分别扩增出23,30,42和31条带,其中分别有12,19,37,18条是多态性带;二个群落内个体平均遗传多样性分别是0.285,0.295.用AMOVA(analysis of molecular variance)分析表明荷木种群有95.99﹪的遗传变异表现在种群内,4.01﹪的遗传变异表现在种群间,但却显著(P<0.001);锥栗种群有75.36﹪的遗传变异表现在种群内,24.64﹪的遗传变异表现在种群间,极显著(P<0.001);厚壳桂种群有89.55﹪的遗传变异存在于种群中,只有10.45﹪的遗传变异存在于种群间.上述结果的产生既是三个不同的生物学特征的反映,也是不同群落微环境不同的反映.

摘要： 本研究以核桃叶片为材料,采用改良的CTAB法,从24个提取方案中筛选出了适于AFLP分析的核桃基因组DNA提取方法.用该方法提取的60个核桃品种的基因组DNA,经紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测表明,所提取的DNA纯度高、符合AFLP分析要求.

摘要： 本研究以核桃叶片为材料,采用改良的CTAB法,从24个提取方案中筛选出了适于AFLP分析的核桃基因组DNA提取方法.用该方法提取的60个核桃品种的基因组DNA,经紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测表明,所提取的DNA纯度高、符合AFLP分析要求.

摘要： 本研究以核桃叶片为材料,采用改良的CTAB法,从24个提取方案中筛选出了适于AFLP分析的核桃基因组DNA提取方法.用该方法提取的60个核桃品种的基因组DNA,经紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测表明,所提取的DNA纯度高、符合AFLP分析要求.

摘要： 本研究以核桃叶片为材料,采用改良的CTAB法,从24个提取方案中筛选出了适于AFLP分析的核桃基因组DNA提取方法.用该方法提取的60个核桃品种的基因组DNA,经紫外分光光度计和琼脂糖凝胶电泳检测表明,所提取的DNA纯度高、符合AFLP分析要求.

摘要： 以黑珍珠和红灯等樱桃品种为试材,对荧光AFLP分析过程中模板DNA的制备、酶切与连接、酶切连接产物的预扩增与选择性扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等过程中易出现的问题及其解决方法进行了研究,结果表明:改良CTAB法提取甜樱桃嫩叶和老叶DNA均效果很好;200ng DNA双酶切反应4小时,连接产物稀释10倍作为预扩增模板,预扩增产物稀释20倍作为选择性扩增的模板;筛选了64对引物,其中8对扩增效果理想,能够得到清晰、稳定的条带,平均每对引物扩增条带为40.6条,建立了一套适合于樱桃的AFLP分子标记体系.该体系的建立为研究甜樱桃遗传多样性和标记重要农艺性状的技术平台构建奠定了基础.

摘要： 本发明公开了一种利用扩增DNA片段长度多态性测定短链RNA的方法，属于分子生物技术领域，包括以下步骤：首先利用至少两种与待测短链RNA相比无天然同源序列的合成小RNA作为测定的内标，将这些合成小RNA以不同分子数混合，形成动态小RNA标准分子梯度；再以等量的所述动态小RNA标准与所述待测短链RNA混合，经由RNA反转录、cDNA加尾、PCR同步扩增及PCR产物DNA长度多态性片段的荧光定量分析，测得所述待测短链RNA扩增产生的DNA片段荧光强度在所述动态小RNA标准荧光强度梯度上的相对比例，本方法可以实现对短链RNA尤其是miRNA的绝对定量，且具有高特异性、高灵敏度、结果客观、重复性好，可在100-106拷贝数范围内准确定量，也适用于RNA粗提物。

摘要： 本发明公开了一种用于限制片段长度多态性研究的家蚕DNA抽提方法，以家蚕个体为研究对象，解剖后取后部丝腺；加入液氮后经充分研磨后，充分酶解后，用酚进行抽提后，用正丁醇浓缩后用乙醇进行沉淀；RNase处理后，经酚、氯仿抽提后，用正丁醇浓缩后用乙醇进行沉淀。严格控制实验环节，每头家蚕可抽提高纯度DNA(OD260/280＞1.9)200μg，可用于200次RFLP检测。该发明解决了目前以家蚕为材料的RFLP研究DNA纯度不高和抽提的DNA量过少的问题。

摘要： 一种检测核酸片段长度的方法，包括：将待检测核酸稀释至预定浓度；分别取等量体积的核酸与梯度倍数用量的磁珠结合；通过磁力装置吸附结合了核酸的磁珠，并去除上清；使用等量体积的洗脱缓冲液回溶磁珠上结合的核酸，并检测回溶核酸浓度；计算核酸与磁珠结合前后的浓度差异，并形成浓度差异与磁珠梯度倍数用量之间的曲线关系；将曲线关系与标准品曲线进行比对得到待检测核酸的片段长度，其中标准品曲线包括预定浓度的不同片段长度的核酸标准品与梯度倍数用量的磁珠结合前后的浓度差异与磁珠梯度倍数用量之间的对应关系。本发明的方法基于同种磁珠不同浓度倍数对核酸片段偏向性筛选的特性，结合数据分析对核酸片段的长度进行简易高效的检测。

摘要： 一种基于动态片段长度的群体蛋白质结构预测方法，针对每个目标构象，从当前种群中随机选择一半构象个体建立子种群，并根据能量值对种群进行排序，并排名靠前的构象中随机选择一个构象来指导变异；在变异过程中，设计多个片段长度，并根据每个片段长度的在前期的成功率计算其被选择的概率，然后根据轮盘赌的方式基于选择概率选择一个片段长度进行片段交换，实现变异过程。本发明提供一种预测精度和搜索效率均较高的基于动态片段长度的群体蛋白质结构预测方法。

摘要： 本发明公开了一种利用扩增DNA片段长度多态性测定短链RNA的方法，属于分子生物技术领域，包括以下步骤：首先利用至少两种与待测短链RNA相比无天然同源序列的合成小RNA作为测定的内标，将这些合成小RNA以不同分子数混合，形成动态小RNA标准分子梯度；再以等量的所述动态小RNA标准与所述待测短链RNA混合，经由RNA反转录、cDNA加尾、PCR同步扩增及PCR产物DNA长度多态性片段的荧光定量分析，测得所述待测短链RNA扩增产生的DNA片段荧光强度在所述动态小RNA标准荧光强度梯度上的相对比例，本方法可以实现对短链RNA尤其是miRNA的绝对定量，且具有高特异性、高灵敏度、结果客观、重复性好，可在100-106拷贝数范围内准确定量，也适用于RNA粗提物。

摘要： 本发明公开了一种基于片段长度多态性PCR的中药桃仁的鉴定方法，具体包括以下步骤：(1)准备好所需的原材料以及反应试剂；(2)提取步骤(1)中原材料的基因组DNA；(3)将基因组DNA、引物1、引物2、水和反应试剂构成PCR反应体系，在梯度PCR仪上，进行预变性、变性、退火、延伸、再延伸四个步骤循环若干次；(4)引物设计与筛选：从GeneBank数据库中搜集原材料基原植物或/和同属近缘种基原植物的叶绿体petA‑psbJ序列；进行序列比对后设计片段长度多态性PCR引物；将设计好的引物经过步骤(3)PCR扩增后，依据种间特异性、种内通用性原则筛选出鉴定引物；(5)PCR鉴定：经过筛选得出PCR鉴定引物为TR1和TR2；(6)PCR产物的纯化、克隆与测序。

摘要： 本发明公开了一种用于限制片段长度多态性研究的家蚕DNA抽提方法，以家蚕个体为研究对象，解剖后取后部丝腺；加入液氮后经充分研磨后，充分酶解后，用酚进行抽提后，用正丁醇浓缩后用乙醇进行沉淀；RNase处理后，经酚、氯仿抽提后，用正丁醇浓缩后用乙醇进行沉淀。严格控制实验环节，每头家蚕可抽提高纯度DNA(OD260/280＞1.9)200μg，可用于200次RFLP检测。该发明解决了目前以家蚕为材料的RFLP研究DNA纯度不高和抽提的DNA量过少的问题。

摘要： 本发明涉及一种快速导出末端限制性片段长度多态数据的方法，包含有以下几个步骤：第一步、统计分析原始T‑RFLP数据;第二步、数据的导出和保存;第三步、数据的R统计语言进行数据合并和计算。与常规的利用Genemapper软件处理数据相比较，本方法更加快速，可以实现批量处理与导出数据，减少人工挑选图谱的误差。

摘要： 本发明的一种固相介质选择性提取短片段长度DNA的方法，将利用硅烷偶联试剂在表面同时修饰氨基和羧基的固相介质和不同片段长度的DNA分子混合。通过对固相介质进行表面修饰，使介质随着pH值的变化具备电荷反转特性，通过加入一定浓度的盐溶液使得不同片段DNA具有的电荷量不同，从而通过静电相互作用选择性吸附特定长度片段的DNA分子，达到高效提取，选择性提取的目的。本发明的优点在于：对DNA具有高的吸附效率和脱附效率,总提取效率高于95%，并且能够选择性分别提取不同片段长度的DNA分子，特别是小片段DNA分子，选择性分离效率高于90%，所用试剂简单经济,操作快速便捷。

摘要： 本发明涉及的是一种生物技术领域的高通量扩增片段长度多态性检测方法，用两种荧光素分别标记高频内切酶和低频内切酶选择性引物，再结合测序仪进行检测，实现同时检测3类可能的酶切产物。所述的3类可能的酶切产物，是指：采用两个内切酶即识别4碱基序列的高频内切酶和识别6碱基序列的低频内切酶同时或先后切割基因组DNA或cDNA，根据片段两端的酶切位点序列，产生3类可能的片段，即高频－高频片段、高频－低频片段和低频－低频片段。本发明比只标记低频酶引物的荧光AFLP方法通量提高了约780％，所以，检测成本也将降低到原来的9.1％。