简单重复序列

摘要： 【目的】对直立型扁蓿豆转录组简单重复序列(SSR)特征进行分析,为开发扁蓿豆新的分子标记奠定基础。【方法】以直立型扁蓿豆叶片为材料,通过Illumina HiSeq X Ten测序平台进行高通量测序,利用MISA软件对转录组数据进行SSR位点搜索,并对SSR位点的分布及其序列特征进行分析。【结果】在直立型扁蓿豆中得到308449条参考序列(Unigene),从中挖掘到89688个SSR位点,SSR出现频率为29.08%,平均分布距离3.17 kb。SSR重复基元数量以单核苷酸为主(53710个SSR,占比59.89%),三核苷酸(18586个SSR,占比20.72%)、二核苷酸(15446个SSR,占比17.22%)次之。在159种重复基元中,单核苷酸A/T类型占比最高(58.50%),其次为二核苷酸AG/CT基元(8.29%)。直立型扁蓿豆转录组SSR以6~15次重复为主,6种核苷酸重复类型数量总体表现为随着基元重复次数的增加而减少。SSR长度主要集中在12~120 bp,此长度范围SSR数量占SSR总数的41.62%,具有较高多态性潜能的SSR(长度>20 bp)位点数为20557,占比22.92%。【结论】直立型扁蓿豆SSR位点出现频率高、基元重复类型丰富、多态性潜能高,在扁蓿豆遗传多样性与品种分子鉴定及新的分子标记开发等方面具有较大的应用价值。

摘要： 以95份桃育成品种为试材,利用筛选出的18对SSR分子标记引物,对桃育成品种进行微卫星标记,之后根据桃的生物学性状,利用Popgene软件进行数据分析。结果表明,桃品种8个连锁群观测到的等位基因数在4~9之间,有效等位基因数2.2~5.5。基于桃果形性状将桃品种分为扁球形和球形两个类群。扁球形类群的Nei’s基因多样度高于球形类群,扁球形类群遗传多样性更为丰富。基于桃有无毛性状将桃品种分为有毛和无毛两个类群。有毛类群的Nei’s基因多样度和Shannons遗传表型指数均高于无毛类群,有毛类群的遗传多样性和基因杂合度高于无毛类群。

摘要： 利用Illumina高通量测序平台对苦马豆(Sphaerophysa salsula)进行测序和组装,获得完整的苦马豆叶绿体基因组序列。组装结果表明,苦马豆叶绿体基因组全长123327 bp,存在IR区丢失,不具有四分体结构;注释结果显示,苦马豆叶绿体基因组共编码108个基因,其中包含74个蛋白编码基因、4个rRNA基因和30个tRNA基因;叶绿体基因组序列上共检测到99个SSR位点,包含75个单核苷酸、17个二核苷酸和7个三核苷酸重复单元;系统发育分析显示,苦马豆和骆驼刺为姊妹群,亲缘关系最近。这为今后苦马豆遗传多样性、群体遗传结构和物种形成机制研究奠定了基础。

摘要： 利用蕙兰(Cymbidium faberi)转录组数据设计了68对微卫星即简单重复序列(simple sequence repeat, SSR)标记引物,从中筛选25对扩增稳定、多态性好的引物,并对41个大花蕙兰(C. hybridum)品种的遗传多样性进行了分析。结果显示:试验共扩增出187个条带,其中171条(占91.44%)为多态性条带,平均每对引物扩增多态性条带6.84条;平均每对SSR标记显示的多态性信息含量值和基因型数分别为0.770 3和12.88。41份大花蕙兰种质资源之间的遗传相似系数为0.57~0.99,平均值为0.72。利用非加权成对算术平均法建立了聚类图,在遗传相似系数0.71处可将供试材料分为5类,分类结果与植株大小、花枝类型及花色等性状相关。上述分析结果较好地揭示了大花蕙兰品种间的遗传多样性与亲缘关系,这些新开发的SSR标记可为大花蕙兰分子育种提供有用的工具。

摘要： 多年生黑麦草(Lolium perenne)是广泛栽培利用的优质牧草、草坪草。为研究多年生黑麦草种质资源的遗传多样性,选用简单重复序列(SSR)分子标记技术对10份多年生黑麦草自主选育品系和75份来自于23个不同国家的种质资源进行了分析。结果表明,26对引物扩增出的多态性条带有91条,占总条带数的69.5%。每个SSR位点的多态性信息含量(PIC)为0.156~0.722,平均为0.455。85份供试材料的遗传相似性指数为0.700~0.900,NTSYS聚类分析结果显示,在遗传相似系数(GS)为0.738时,85份材料被划分为五大类;同时,综合聚类分析及Structure群体遗传结构分析表明,供试材料的遗传关系与其地理来源无明显的关联性。研究结果将为多年生黑麦草种质资源评价利用及育种提供理论基础。

摘要： 【目的】基于黄地老虎转录组测序结果,对其SSR及SNP位点信息进行分析。【方法】对黄地老虎总RNA进行提取,使用Illumina平台对转录组进行测序,利用MISA和GATK软件分别对黄地老虎转录组的SSR和SNP位点特征信息进行分析。【结果】黄地老虎转录组数据库包含66469条Unigene序列。利用MISA对Unigene序列进行搜索,得到SSR位点4438个,分布于4048条Unigene序列上,占总序列的6.09%。其中,以单碱基和三碱基重复为主,分别占总重复类型的54.73%和29.29%。A/T基元是黄地老虎SSR的优势基元。SSR基元包含4~24次重复,以5次重复(21.67%)为主。SSR位点序列长度为12~127 bp,包含3493个中等多态性位点、820个高度多态性位点。利用GATK对Unigene序列SNP位点进行搜索,得到转换类型(237619个)和颠换类型(133529个)共371148个。C/T占SNP位点总数的18.61%,比率最高;G/A位居其次(18.28%),均属于转换类型。转换类型(64.02%)显著高于颠换类型(35.98%)。【结论】黄地老虎转录组数据库中SSR位点分布频率较高、种类较多且多态性丰富,转换类型是主要的SNP变异类型,可为今后开展黄地老虎种群遗传结构与分化、遗传进化关系、迁飞规律及该害虫综合防治等研究提供重要科学依据。

摘要： 以黑木耳59个主栽菌株为试验材料,采用SSR分析和农艺性状指标评价菌株的遗传多样性。结果表明,无论是分子水平还是农艺性状,供试菌株皆表现出一定程度的多样性。SSR分析表明,遗传相似性系数在0.42~1.00,在遗传相似系数0.56水平上可以将供试菌株分为4类,分子聚类结果和农艺性状无明显联系。农艺性状研究结果表明,不同性状间变异系数0.06~0.46,多样性指数变化范围0.435~2.048,产量(Y)与发菌时间(X_(1))、耳片厚度(X_(2))、耳片长度(X_(3))、耳片宽度(X_(4))的最优回归模型为Y=35.233+0.316X_(1)+6.486X_(2)+0.103X_(3)-0.152X_(4)。主成分分析以营养发育、子实体形态性状和产量综合评价了木耳菌株。

摘要： 分子标记技术以其共显性、多态性和准确性等优点已广泛应用于动植物的遗传学研究,常用的分子标记包括以分子杂交为基础的RFLP标记和ISH标记,以简单重复序列为基础的SSR标记、ISSR标记,以PCR为基础的RAPD标记、AFLP标记和InDel标记,以单核苷酸多态性为基础的SNP标记等。这里简单介绍几种常用的分子标记技术。

摘要： 目的利用高通量测序技术获得建泽泻与川泽泻的转录组特征信息,并进行泽泻三萜类成分合成生物信息学分析。方法通过Illumina HiSeqTM2500对建泽泻与川泽泻进行转录组测序,采用Trinity软件组装获得Unigene,与SwissProt、Pfam、SignalP、TMHMM、GO、COG和KEGG数据库比对,对Unigene进行功能注释和生物信息学分析,得到建泽泻与川泽泻转录组数据。结果测序组装后,Unigene与7个数据库比对,获得建泽泻、川泽泻分别注释53566条、49448条Unigene。其中,在GO数据库中注释泽泻生物过程、细胞组分和分子功能3大类,其包含30个亚类;在COG数据库中注释泽泻24个功能类别;KEGG注释结果表明泽泻三萜类化合物生物合成途径为乙酰辅酶A在羟甲基戊二酰辅酶A合酶、羟甲基戊二酰辅酶A还原酶、甲羟戊酸激酶、甲羟戊酸磷酸激酶、焦磷酸甲羟戊脱羧酶催化下反应生成焦磷酸法尼酯,其次焦磷酸法尼酯在法尼基焦磷酸合酶催化下生成前喹啉,再经角鲨烯合酶生成角鲨烯,最后在角鲨烯环氧酶催化下生成骨架类型为原萜烷型的泽泻三萜。利用MISA软件对建泽泻与川泽泻Unigene进行SSR分析,有6种SSR重复类型,其中A/T类型的比例最高。结论本研究利用高通量测序技术获得建泽泻与川泽泻的转录组数据并进行泽泻三萜生物合成等生物信息学分析,为后续开展泽泻功能基因的挖掘、次生代谢途径解析奠定数据基础。

摘要： 以青藏高原特有药用植物——喜马红景天(Rhodiola himalensis)为试验材料,利用高通量测序技术对喜马红景天进行叶绿体基因组测序、组装和注释,获得完整的叶绿体基因组。结果显示:喜马红景天叶绿体基因组全长为151074 bp,GC含量为37.8%,具有1个长单拷贝区、1个短单拷贝区和1对反向重复区的典型四分体结构,其序列长度分别为82309、17017、25874 bp;叶绿体基因组共编码130个基因,其中编码蛋白的基因86个、编码tRNA的基因37个、编码rRNA的基因7个;叶绿体基因组共检测出25513个密码子,其中编码亮氨酸(Leu)的密码子占比最大;喜马红景天IRa和IRb区的rps19和ycf1基因缺失,长单拷贝区的trnH基因收缩;喜马红景天与圣地红景天(R.sacra)亲缘关系最近;短单拷贝区域的单核苷酸多态性(SNP)变异频率最高。本研究报道了喜马红景天的叶绿体基因组,并对其进行了组装、注释和序列分析,为今后开展喜马红景天的遗传多样性研究和合理开发利用提供理论依据。

摘要： 基于第二代转录组测序技术,对采集自河南省新郑市的粗柄羊肚菌(Morchella crassipes)M10菌株进行了深度转录组测序,分析了全转录组简单重复序列SSR(simple sequence repeat)分布和序列特征.结果表明:1)总计检测到13044个SSR位点,分布在8851条Trinity genes中,SSR在转录组序列中的平均密度为2067.77bp/个,远高于其他真菌,其中2858条Trinity genes中包含超过1个SSR位点,复合型SSR位点1925个.2)单碱基重复基元最多,为8600个,其中A/T重复类型远高于C/G重复类型,与多数大型真菌相同;其次是三碱基重复基元,为2497个,其中ACC/GGT,AGC/CTG和AGG/CCT重复类型占60％以上,且明显以GC的高频概率出现,在SSR分子标记或其他重复序列多态性标记的开发上,可优选富含GC的SSR设计引物.

摘要： SSR(Simple Sequence Repeat)即简单重复序列,又称微卫星DNA,是近年来在PCR为基础上发展起来的一种分子标记技术.该技术因其共显性遗传、多态位点多、信息含量丰富,目前在基因关联分析、遗传杂交育种、品种鉴定和亲缘关系等方面已广泛应用.本文查阅了近年来的相关文献,综述了SSR标记技术原理、特点以及在植物遗传中的应用,为其后续对SSR标记技术的研究提供进一步参考.

摘要： 芒果是热带和亚热带地区重要的具有经济效益的作物之一.为了加快育种效率,本文利用芒果的转录组数据开发两种基于EST的分子标记.230对简单重复序列(SSR)引物中,218对引物在7个芒果基因型中得到稳定扩增,产物大小范围为84～160bp,93对引物扩增表现出多态性,多态性条带比率为16.67～100％,平均为55.64％.相比而言,86个TRAP引物组合得到良好扩增,其中66个表现出多态性.这两种新的基于EST的分析标记将应用于芒果遗传多样性分析、遗传图谱构建和标记辅助育种.

摘要： 用SSR和SRAP标记技术对结球甘蓝西园六号进行品种纯度鉴定，从94对SSR引物和109对SRAP引物中分别筛选出4对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物。依据8对引物在西园六号及其亲本的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果，构建了清晰的品种指纹图谱。通过对特异片段的序列分析,比较了亲本特异片段的碱基差异并揭示了杂交后代中产生非亲条带的本质。两种分子标记构成的DNA指纹图谱，为西园六号品种纯度快速鉴定提供了科学依据。

摘要： 用SSR和SRAP标记技术对结球甘蓝西园六号进行品种纯度鉴定，从94对SSR引物和109对SRAP引物中分别筛选出4对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物。依据8对引物在西园六号及其亲本的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果，构建了清晰的品种指纹图谱。通过对特异片段的序列分析,比较了亲本特异片段的碱基差异并揭示了杂交后代中产生非亲条带的本质。两种分子标记构成的DNA指纹图谱，为西园六号品种纯度快速鉴定提供了科学依据。

摘要： 用SSR和SRAP标记技术对结球甘蓝西园六号进行品种纯度鉴定，从94对SSR引物和109对SRAP引物中分别筛选出4对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物。依据8对引物在西园六号及其亲本的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果，构建了清晰的品种指纹图谱。通过对特异片段的序列分析,比较了亲本特异片段的碱基差异并揭示了杂交后代中产生非亲条带的本质。两种分子标记构成的DNA指纹图谱，为西园六号品种纯度快速鉴定提供了科学依据。

摘要： 用SSR和SRAP标记技术对结球甘蓝西园六号进行品种纯度鉴定，从94对SSR引物和109对SRAP引物中分别筛选出4对条带清晰、多态性较高且具有高度区分度的引物。依据8对引物在西园六号及其亲本的聚丙烯酰胺凝胶电泳检测结果，构建了清晰的品种指纹图谱。通过对特异片段的序列分析,比较了亲本特异片段的碱基差异并揭示了杂交后代中产生非亲条带的本质。两种分子标记构成的DNA指纹图谱，为西园六号品种纯度快速鉴定提供了科学依据。

摘要： 选择有多态性的5对引物对24个扁蓿豆天然居群进行遗传多样性研究,5个位点共检测出15个等位基因变异,PIC为0.3423.基于基因分化系数(Gst)研究表明发现扁蓿豆82.8％的变异来自居群内.基因流Nm=l.2.聚类分析表明,24个天然居群扁蓿豆聚成三大类.HS单独聚为一类;居群lx、kh、bl、hb2、zs、hb3、lq、hbl、lh聚为第二类;其余居群聚为第三类.

摘要： 选择有多态性的5对引物对24个扁蓿豆天然居群进行遗传多样性研究,5个位点共检测出15个等位基因变异,PIC为0.3423.基于基因分化系数(Gst)研究表明发现扁蓿豆82.8％的变异来自居群内.基因流Nm=l.2.聚类分析表明,24个天然居群扁蓿豆聚成三大类.HS单独聚为一类;居群lx、kh、bl、hb2、zs、hb3、lq、hbl、lh聚为第二类;其余居群聚为第三类.

摘要： 选择有多态性的5对引物对24个扁蓿豆天然居群进行遗传多样性研究,5个位点共检测出15个等位基因变异,PIC为0.3423.基于基因分化系数(Gst)研究表明发现扁蓿豆82.8％的变异来自居群内.基因流Nm=l.2.聚类分析表明,24个天然居群扁蓿豆聚成三大类.HS单独聚为一类;居群lx、kh、bl、hb2、zs、hb3、lq、hbl、lh聚为第二类;其余居群聚为第三类.

摘要： 本发明涉及测序数据的生信分析领域，具体提供一种基于二代测序的短串联重复序列重复数的检测和分型方法。所述检测方法能够跨过中间重复区域，对两个侧翼序列实现同时比对，并且同时考虑侧翼序列的错配、插入和缺失；所述分型方法是基于检测有效峰值，结合重复数差异进行动态阈值设定的STR分型方法，可应用于不同二代测序平台的重复数的检测。

摘要： 本发明提供了一种同源序列和同源序列中串联重复序列的检测方法、计算机可读介质和应用，涉及基因测序技术领域。同源序列的检测方法包括提取出目标同源序列间的差异位点作为打分位点给测序reads打分，并通过合理的计算分值的方法，将测序reads匹配至与其同源性最高的同源序列中，提高了数据分析的准确性。同源序列中串联重复序列的检测方法采用将测序reads和重复单元标准序列比对以获得该条reads的重复序列的重复数，通过统计与目标同源序列reads的重复序列的重复数的支持reads数获取同源序列中重复序列的重复数，缓解了现有技术中缺乏一种兼具效率和准确度的检测重复序列的检测方法的问题。

摘要： 本发明涉及一种开发沙冬青植物基因组简单重复序列SSRs分子标记的方法，包括如下步骤：(1)对采样自第一产地的物种样品的基因组DNA建立初级测序文库，进行高通量测序，获得Short Reads(短序列)测序数据；(2)对测序下机的Reads过滤之后进行序列组装得到Contigs；(3)对Contigs序列进行SSRs识别；(4)将上述SSRs在来自第二产地的同一物种的Unigene序列中进行验证，筛选到具有多态性的SSRs。本发明是一种高通量发现SSRs分子标记的方法，可以应用在该物种植物的遗传图谱构建、QTL定位和遗传多样性分析等研究中。

摘要： 本发明公开了一种生物基因组简单重复序列的发掘方法，其特征在于，包括以下步骤：根据需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR的特征构建正则表达式；通过所述正则表达式分析待分析序列，判断所述待分析序列中是否存在符合所述正则表达式要求的目标SSR，如果判断结果为是，则输出所述目标SSR；如果判断结果为否，则显示所述待分析序列中不存在所述目标SSR的信息。因此，本发明提供的生物基因组简单重复序列的发掘方法及设备，在对SSR发掘过程中，不会产生冗余结果，从而降低了SSR发掘过程的配置复杂度，提高了SSR发掘的效率，降低了SSR发掘软件的开发难度。

摘要： 本发明是彩虹明樱蛤的简单重复序列引物，其特征在于，它是由10条彩虹明樱蛤引物构成的引物组。本发明筛选出的引物扩增产物清晰、稳定、多态性好，可应用于彩虹明樱蛤的种质评价和种质鉴定以及彩虹明樱蛤的群体遗体多样性评价，具有快速、经济、准确和操作简便等特点。

摘要： 本发明公开了一种用于三疣梭子蟹的简单重复序列引物，该引物的序列分别为CAC ACACAC ACA CAC AG，AGA GAG AGA GAG AGA GYT，AGA GAG AGA GAG AGA GYC，AGA GAG AGA GAGAGA GYA，GAG AGA GAG AGA GAG AYT，CAC ACA CAC ACA CAC ARC，CAC ACA CAC ACA CAC ARG，GTG TGT GTG TGT GTG TYA，GTG TGT GTG TGT GTG TYC，GTG TGT GTG TGT GTG TYG。筛选出的10条简单重复序列引物，条带清淅，可重复性高，引物长，退火温度高，易操作，成本低。该引物序列长度为16-18个碱基，扩增的退火温度比RAPD引物增加6-8个碱基，扩增的退火温度比RAPD技术提高了14-20°C，降低了成本，操作步骤简化。可用于三疣梭子蟹种质评价和遗传结构分析。

摘要： 本发明涉及一种开发沙冬青植物基因组简单重复序列SSRs分子标记的方法，包括如下步骤：(1)对采样自第一产地的物种样品的基因组DNA建立初级测序文库，进行高通量测序，获得Short Reads(短序列)测序数据；(2)对测序下机的Reads过滤之后进行序列组装得到Contigs；(3)对Contigs序列进行SSRs识别；(4)将上述SSRs在来自第二产地的同一物种的Unigene序列中进行验证，筛选到具有多态性的SSRs。本发明是一种高通量发现SSRs分子标记的方法，可以应用在该物种植物的遗传图谱构建、QTL定位和遗传多样性分析等研究中。

摘要： 本发明公开了一种生物基因组简单重复序列的发掘方法，其特征在于，包括以下步骤：根据需要发掘的生物基因组简单重复序列SSR的特征构建正则表达式；通过所述正则表达式分析待分析序列，判断所述待分析序列中是否存在符合所述正则表达式要求的目标SSR，如果判断结果为是，则输出所述目标SSR；如果判断结果为否，则显示所述待分析序列中不存在所述目标SSR的信息。因此，本发明提供的生物基因组简单重复序列的发掘方法及设备，在对SSR发掘过程中，不会产生冗余结果，从而降低了SSR发掘过程的配置复杂度，提高了SSR发掘的效率，降低了SSR发掘软件的开发难度。

摘要： 本发明是彩虹明樱蛤的简单重复序列引物，其特征在于，它是由10条彩虹明樱蛤引物构成的引物组。本发明筛选出的引物扩增产物清晰、稳定、多态性好，可应用于彩虹明樱蛤的种质评价和种质鉴定以及彩虹明樱蛤的群体遗体多样性评价，具有快速、经济、准确和操作简便等特点。

摘要： 本发明公开了一种用于三疣梭子蟹的简单重复序列引物，该引物的序列分别为CAC ACA CAC ACA CAC AG，AGA GAG AGA GAG AGA GYT，AGA GAG AGA GAG AGA GYC，AGA GAG AGA GAGAGA GYA，GAG AGA GAG AGA GAG AYT，CAC ACA CAC ACA CAC ARC，CAC ACA CAC ACA CAC ARG，GTG TGT GTG TGT GTG TYA，GTG TGT GTG TGT GTG TYC，GTG TGT GTG TGT GTG TYG。筛选出的10条简单重复序列引物，条带清淅，可重复性高，引物长，退火温度高，易操作，成本低。该引物序列长度为16－18个碱基，扩增的退火温度比RAPD引物增加6－8个碱基，扩增的退火温度比RAPD技术提高了14－20°C，降低了成本，操作步骤简化。可用于三疣梭子蟹种质评价和遗传结构分析。