遗传相似系数

摘要： 利用荧光AFLP分子标记技术,对引种到山东地区的30份薄壳山核桃品种(系)的遗传多样性和亲缘关系进行分析,旨在加深山东地区引进的薄壳山核桃品种资源遗传背景的认识,为以后山东地区薄壳山核桃的品种选育在分子层面提供理论基础。总体上,9对引物组合共扩增出1425个条带,多态性条带1381个,平均多态性比例为96.9%,其中有4个引物组合的多态性比率达到100%。30个薄壳山核桃品种(系)利用9对引物组合所检测到的不同位点的等位基因数范围在1.6528—1.8889之间,平均为1.7103;有效等位基因数范围在1.1821—1.3068之间,平均为1.2403;基因多样度范围在0.1201—0.1909之间,平均为0.1522;Shannon信息指数范围在0.2000—0.3048之间,平均为0.2455。30个供试样品遗传相似系数范围为0.7464—0.8853,变异范围为小(0.1389),表明30个品种遗传背景宽度较窄。在遗传相似系数0.796处,30个薄壳山核桃品种分为3个组,小糙皮系列聚为一类,与其他品种遗传相似系数整体较小,是很好的亲本,值得更深一步研究与利用。

摘要： 基于InDel标记对香菇(Lentinula edodes)种质资源进行多样性分析的结果,选取中低温中菌龄的菌株(MLM)0912、238、沪香F2、L 05采用单孢杂交方式进行组内杂交;选取MLM与中高温长菌龄的菌株(MHL)L 808、申香215,MLM与高温短菌龄的菌株(HS)L 66、L 363,以及MLM与野生菌株YS 01,采用单孢杂交方式进行组间杂交。结果表明:构建的16个单孢杂交群体共获得14797个杂交子。杂交F代存在性状衰退现象,31.35%的菌株可正常出菇。MLM组内杂交正常出菇菌株占比为13.78%~32.22%,中亲优势、超亲优势菌株占比分别为3.83%~4.49%、1.09%~3.79%;MLM与MHL组间杂交正常出菇菌株占比为15.76%~38.39%,产量中亲优势、超亲优势菌株占比分别为2.67%~6.66%、0.80%~3.19%;MLM与HS组间杂交正常出菇菌株占比为36.32%~80.68%,产量中亲优势、超亲优势菌株占比分别为8.98%~27.78%、3.75%~15.22%;MLM与野生菌株杂交正常出菇菌株占比为50.88%,产量中亲优势、超亲优势菌株占比分别为3.07%、0.22%。基于InDel标记的亲本遗传相似系数与杂交F代正常出菇菌株占比和产量中亲优势菌株占比呈显著负相关,表明InDel标记在杂种优势预测中具有较好的应用潜力。研究结果可为食用菌杂交育种中杂种优势的预测提供科学数据。

摘要： 了解藜麦种质资源的遗传多样性,为藜麦在贵州有效推广、种植、应用,并通过杂交手段创建藜麦新种质.试验以国内外收集到的96份藜麦种质作为试验群体,种植于大田,采用CTAB法提取96份材料的基因组DNA,再利用筛选出的18对多态性SSR标记对藜麦基因组相应的位点进行扩增,扩增产物用PAGE检测.结果表明,18对多态性的SSR引物,共检测出192个等位基因条带,每一对多态性SSR引物的等位基因数为3～21个,平均等位基因数为10.7个.96份藜麦材料遗传相似系数范围为0.599～0.980,平均值为0.7895.UPGMA聚类分析显示,在距离为0.752处可将96份藜麦材料分为五类.本研究中藜麦种质农艺性状方面存在着丰富的变异类型,选用的藜麦SSR标记在供试材料中具有较好的多态性,通过聚类分析可将材料按选系类型、来源地区、农艺性状等划分为不同的类群或亚类群.

摘要： 【目的】利用SSR分子标记对广西荔枝种质资源进行遗传多样性分析并构建核心种质,为广西荔枝种质资源的保存、遗传改良及创新利用提供理论依据。【方法】以广西原产和引种的88份荔枝种质资源为研究对象,利用40对SSR引物对其进行遗传多样性和聚类分析,在此基础上按原始群体50.00%、25.00%和12.50%的取样比例,采用逐步聚类法优先选择性状优良材料的原则构建广西荔枝核心种质。【结果】40对SSR引物从88份荔枝种质资源中共扩增出282条清晰的条带,每对引物扩增条带数2~13条,平均7.05条,其中,多态性条带182条,每对引物扩增的多态性条带数1~13条,平均4.55条,每对引物扩增条带的多态性比率为14.29%~100.00%,平均64.54%。88份荔枝种质资源的遗传相似系数为0.83~0.96,说明其遗传多样性较低;在遗传相似系数0.86处,88份荔枝种质资源可分为七大类群,第Ⅰ~Ⅶ类群分别包含3、12、6、6、1、2和58份种质,其中第Ⅰ类群均为龙荔种质资源,第Ⅱ类群主要为早熟种质,第Ⅳ类群主要为早熟实生种质,表明荔枝种质间的亲缘关系与熟期存在一定的相关性。88份荔枝种质资源在40个SSR位点的平均观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Shannon指数(I)和期望杂合度(He)分别为3.2750、2.1137、0.8092和0.5107。核心种质-1、核心种质-2和核心种质-3的种质资源数量分别为44、22和11份,其中,核心种质-2的Ne、I和He 3个遗传多样性参数均最高,分别为2.1774、0.8452和0.5271;仅核心种质-3的Na与原始群体存在极显著差异(P0.05),表明核心种质-1和核心种质-2均能充分代表原始群体的遗传多样性,根据核心种质构建的原则,最终选择核心种质-2作为广西荔枝核心种质。【结论】SSR分子标记是一种适用于荔枝资源遗传多样性分析和核心种质构建的理想分子标记。广西荔枝种质资源遗传背景相对较窄,遗传多样性较低,今后应加强荔枝种质资源的引进与利用。

摘要： 【目的】对广西德保县和隆林县野生古茶树及其他省份名优栽培种茶树进行聚类分析,为野生古茶树种质资源保护、良种选育及创新利用提供理论参考。【方法】利用筛选出的15对SSR引物对9份广西德保县和隆林县的野生古茶树种质和15份名优栽培种茶树种质进行聚类分析,并计算遗传相似系数。【结果】筛选出的15对引物从德保04和德保05未扩增出任何条带,但从其余22份茶树样品中共扩增出183条谱带,其中CS1引物扩增出多态性谱带最多,为19条,最少为CS13引物,仅7条,平均每对引物扩增出多态谱带12.26条,多态率为96.17%。22份茶树种质资源可聚为两大类群,其中德保县和隆林县的野生古茶树聚在Ⅰ类群,栽培种茶树聚在Ⅱ类群。根据遗传相似系数,也可获得上述相同的分类结果。茶树品种间的遗传相似系数为0.48~0.84,平均遗传相似系数为0.67,其中,野生古茶树种质资源间的遗传相似系数为0.68~0.84;栽培种茶树间的遗传相似系数为0.62~0.84;野生古茶树与栽培种茶树的遗传相似系数为0.48~0.77。仅德保06与其他野生古茶树(隆林42和德保01)遗传相似系数小于0.70;栽培种茶树与野生古茶树相比,仅黄观音与野生古茶树(德保01和德保G02)遗传相似系数大于0.70。【结论】广西德保县和隆林县的野生古茶树种质起源相近,与我国其他各省份的名优栽培种茶树亲缘关系较远,存在相远近亲和相近远亲共存现象,进一步证实广西德保县野生古茶树为五柱茶系的厚轴茶,推测桂西北山区广泛分布山茶属原始种系。

摘要： 本研究利用ISSR-PCR分子标记技术分析研究了重庆市七个地区野生生长的46株南川木波罗(Artocarpus nanchuanensis)样品的遗传多样性.利用筛选出的12条UBC引物共扩增出了117条DNA片段,其中多态性片段为113条,多态条带百分率为96.58％.NTSYS～pc2.1软件分析表明:七个地区南川木波罗之间的遗传相似性介于0.062～0.989之间,并用UPGMA法构建了系统树.结果表明该市野生生长的南川木波罗既有相同的遗传背景,又存在较明显的差异.46份材料划分为4类,聚类基本符合地理来源相近的材料聚为一类,呈现出一定的地域性分布规律.

摘要： 利用ISSR分子标记技术对贵州引种的7个燕麦品种进行遗传多样性分析.从50条引物中筛选出17条作为燕麦ISSR引物,总共扩增出204条条带,平均每个引物扩增出12条条带,其中具有多态性的条带有103条,平均每个引物扩增出多态性条带6.06条,多态性比率为50.49％.用Popgene32软件计算出7个供试燕麦品种的遗传相似系数(GS)为0.855～0.945,变幅为0.09.其中,加燕2号和Hay Wire二者之间的遗传相似系数最大(0.945),亲缘关系较近,遗传差异最小;甘早和青海白燕麦遗传相似系数最小(0.855),亲缘关系较远,遗传差异最大,存在较高的遗传多样性.研究结果为贵州燕麦品种培育提供理论依据.

摘要： [目的]分析评价金针菇菌株的农艺性状及其遗传多样性,为金针菇种质资源分类鉴定、保藏及遗传育种等提供理论参考.[方法]采用拮抗对峙试验、ISSR标记分析和农艺性状测定相结合的方法综合分析29株采自山东和江苏地区的金针菇菌株遗传多样性,并利用NTSYSpc 2.11F计算菌株间遗传相似系数,采用非加权配对算数平均法(UPGMA)构建聚类树状图.[结果]29株金针菇菌株间有246组发生拮抗反应,有160组未发生拮抗反应.供试菌株的菌盖和菌柄颜色有黄色、浅黄色、乳白色和白色4种,菌柄长度15.00～21.20 cm,菌盖直径0.73～1.72 cm,单袋产量332～513 g,生育期41～68 d.白色或乳白色金针菇菌株的生物学效率为73.0％～102.6％,生育期48～68 d;黄色或浅黄色金针菇菌株的生物学效率为66.4％～87.2％,生育期41～58 d,表明白色或乳白色金针菇菌株较黄色或浅黄色菌株产量较高,商品性状优良,但生育期较长.筛选出的8条ISSR引物共计扩增多态性位点270个,多态性比率为94％.供试金针菇菌株遗传相似系数为0.860～0.900,在遗传相似系数0.870处,29株金针菇菌株可分为五大类群.[结论]菌株间是否发生拮抗反应与菌株子实体颜色无关.江苏和山东两地区的金针菇菌株具有较丰富的遗传差异和遗传多样性,但亲缘关系较近.

摘要： [目的]分析贵州5种忍冬属药用植物的遗传多样性,为忍冬属药用植物鉴定、良种筛选及开发利用提供理论依据.[方法]采集贵州6份忍冬属药用植物材料的嫩芽为试验材料,采用SRAP分子标记研究其遗传多样性,并利用NTSYS-pc2.1计算各材料间的遗传相似系数,利用UPGMA进行聚类分析.[结果]从154对SRAP引物组合中筛选出15对重复性好、条带清晰、多态性丰富,且扩增条带(100～1000 bp)数目≥5的引物组合.15对SRAP引物共扩增出197条带,其中178条为多态性条带,多态性条带比率为90.36％,平均每对引物扩增11.87条多态性条带.引物组合Me8-Em10扩增的多态性条带数最多(16条);引物组合Me2-Em2扩增的多态性条带最少(8条);引物组合Me4-Em2扩增条带数为15条,均为多态性条带,但从5种忍冬属药用植物的扩增条带数不同.聚类分析结果显示,6份忍冬属药用植物材料间遗传相似系数为0.4213～0.8477,平均0.5672;其中,野生忍冬与栽培忍冬间遗传相似系数最大(0.8477),二者亲缘关系最近,灰毡毛忍冬与野生忍冬遗传相似系数最小(0.4213),二者亲缘关系最远.在遗传相似系数0.4873处,6份忍冬属药用植物分为两大类,第Ⅰ类包括灰毡毛忍冬、红腺忍冬和黄褐毛忍冬,均为山银花的基源植物;第Ⅱ类包括野生忍冬、栽培忍冬和红白忍冬,均为金银花的基源植物.[结论]贵州5种忍冬属药用植物具有丰富的遗传多样性,SRAP分子标记能有效分析其遗传多样性及亲缘关系,其引物组合Me4-Em2可用于鉴别5种忍冬属药用植物.

摘要： 利用ISSR技术对36份的铁皮石斛资源进行亲缘关系分析,其中来自于福建泰宁的12份材料都是野生的铁皮石斛,多态性比例为93.8％.36份铁皮石斛种质资源遗传相似系数在0.4062-0.9375.聚类结果显示,以遗传相似系数为0.70,可将铁皮石斛种质划分为6个类群.其中来源于浙江的铁皮石斛资源最多,聚类分析表明产于浙江的铁皮石斛分布于不同的类群中,说明浙江栽培铁皮石斛遗传多样性丰富程度较高,体现了浙江省人工栽培铁皮石斛丰富的遗传多样性.福建泰宁的12份材料都是野生的铁皮石斛没有明显聚成一类,与其他的地区的铁皮石斛交叉一起,表明福建泰宁野生铁皮石斛具有较为丰富的遗传多样性.同时推测福建泰宁野生铁皮石斛是栽培铁皮石斛的发源地之一.

摘要： 本文以'卵圆型软条白沙'枇杷变异种质为试材,母株'软条白沙'及中国、日本、新西兰3个国家的30个白肉枇杷栽培品种为对照,以形态学性状调查为基础,结合SRAP分子标记对变异种质进行鉴别研究.SRAP标记从96对引物中筛选出18对进行扩增,结果共获得135个位点,其中102个多态性位点,多态性百分率为75.6％.不同品种间的遗传相似系数(Genetic Similarity,GS)在0.53-0.89之间.在GS为0.65处,可将31份枇杷种质分为四类.Ⅰ:均为来白中国浙江的8份种质.Ⅱ;为来自日本、新西兰和中国江苏和福建的19个种质,GS在0.58-0.89之间.Ⅲ:为'上海白沙'和广西'白蜜枇杷'两个种质,GS为0.69.Ⅳ:为福建'白梨'和'龙才白'两个种质,GS为0.69.作为重点研究对象,'卵圆形软条白沙'与对照相似系数处于0.55-0.88之间;与'白荔枝'的遗传相似度最大(GS=0.88);与'乌躬白'遗传相似度最小(GS=0.55);与母株'软条白沙'的相似系数为仅0.73,两者的遗传相似度不大.生物学性状调查表明,'卵圆形软条白沙'变异材料与母株'软条白沙'在果形、种子数和可食率等性状上具有明显差异.综合研究结果,可见卵圆形软条白沙'与母株'软条白沙'相比,综合性状发生了明显的遗传变异,它应属芽变种质(利料).本研究对枇杷变异利料的创新利用、新品种审定与知识产权保护具有重要的实际意义.

摘要： 目的：比较南充野生芍药叶型、竹叶型半夏的遗传关系。方法：使用22条随机引物。对上述两种叶型半夏基因组DNA进行RAPD扩增。比较它们的差异条带。利用Nei,Li方法计算两种半夏之间的遗传相似系数和遗传距离指数。结果：22条引物可对南充野生芍药叶型、竹叶型半夏扩增出清晰条带。芍药叶型半夏基因组DNA扩增出157条带,竹叶型半夏基因组DNA扩增出16l条带。芍药叶型半夏基因DNA扩增的差异带3条,竹叶型半夏基因组DNA扩增的差异带7条。它们的遗传相似系数为0.968，遗传距离指数为0.0314。结论：利用RAPD技术证实了南充野生芍药叶型、竹叶型半夏遗传关系存在差异。RADP技术在半夏鉴定方面显示出潜在的应用价值。值得进一步深入研究。

摘要： 利用RAPD技术首次对中国海南岛环岛的大珠母贝(PinctadamaximaJameson)遗传多性进行分析.从20条10bp引物中选取7条引物用于群体遗传多样性分析,共检测出22个位点,其中11个位点(占50％)显多态性,Shannon多样性值为0.117.用非加权配对算数平均法(UPGMA)聚类分析的结果:12个体间遗传相似系数最大为1.000,最小为0.706,平均遗传相似系数为0.8438.表明海南岛大珠母贝群体间遗传多样性不一,遗传分化较大,因此很有必要对遗传多样性水平较高的种群,划定保护范围加以重点保护,以扩大和恢复大珠母贝的种质资源。

摘要： 以代表中国温带玉米主要杂种优势群的4个标准测验种(黄早四、Mo17、B73和丹340)和来自5个热带玉米群体Suwan1、Pop21、Pop32、Pop28和Antigua种族的25个典型自交系为材料,利用SSR标记进行杂种优势群划分.从70对SSR引物中筛选出39对扩增带清晰且具有多态性的引物,在供试材料中共检测到127个等位基因变异,平均多态性信息量为0.49.依据29个自交系间的遗传相似系数作聚类分析.结果表明,29个自交系被分为两个大类群,第一大类群包括4个温带玉米标准测验种和选自Antigua种族的M9自交系.第二大类群包括M9以外的24个热带自交系.第二大类群又分为A和B两个杂种优势群.其中A群包括来自群体Pop21(Tuxpeno)的5个自交系和来自Pop32(ETO)的一个系M17,属于马齿型Tuxpeno种族.B群是硬粒型自交系,由4个亚群组成:亚群1为Suwan1种质,包括自交系M1、M2、M3和M5;亚群2包括来自Suwan1的自交系M4和来自Antigua种族的M6、M7、M8、M10,基本属于黄色硬粒型的Antigua种族;亚群3包括来自Pop32(ETO)的M16、M18、M19和来自群体Pop28的M22、M24,为黄色或白色硬粒型,基本上属于ETO种质;亚群4包括来自Pop32(ETO)的M20和来自Pop28的M21、M23、M25,主要是黄色硬粒型的Antigua种族.划分结果与系谱来源基本一致.本研究结果为有效地利用热带玉米自交系提供了有用的信息.

摘要： 本发明属于地球物理勘探信号处理技术领域，涉及一种基于局部相似系数的三维地震数据多次波压制方法，是在常规的三维表面相关多次波压制技术的基础上，计算联络测线多次波贡献道集与Radon变换结果局部相似系数谱，根据相似系数差异构建加权阈值算子，利用原始数据与加权阈值算子的克罗内克积，确定稳相叠加空间，采用菲涅尔空间的叠加代替多次波联络测线的直接求和过程，实现三维海洋地震数据的高分辨率多次波预测方法，常规方法产生的空间假频得到有效压制，使得多次波预测的更加准确，提高了多次波压制的精度与准确度，为地震数据处理的后续处理与解释带来了诸多便利。

摘要： 本发明分析了Web应用层发生HTTP‑Flood攻击和HTTP‑Post慢速连接攻击,在流量属性和用户行为特征属性上表现出的差异性和相似性。提出了基于杰卡德相似系数的Web服务器DDoS攻击检测方法及其装置，该方法可以一次使用多种属性特征进行相似性比较，模拟实验表明，该方法不仅能够有效检测出HTTP‑Flood攻击和HTTP‑Post慢速连接攻击，还能准确的区分出突发流量，具有在线检测实时性强和准确率高等特点。

摘要： 本发明公开了一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数计算方法。其技术方案是：采用现行的某种共显性分子标记方法，获得植物各品种或品系的电泳图谱；根据植物品种或品系的扩增条带信息，进行成对比较，按照遗传相似指数

摘要： 本发明提供了一种基于船舶运力指标生成及相似系数计算方法及系统，该方法包括航运条件输入探索步骤、指数生成步骤、数据预处理步骤、数据相关性计算步骤和数据展示步骤，通过船舶全生命周期识别、数据库预取算法、面向对象的脚本语言以及相关性计算算法，可以根据多种航运相关条件，生成可用的航运指数，生成的航运指数跟一些经济指数、股票价格之间有很大相关关系，能够用来对市场进行分析、预测或被预测。

摘要： 本发明属于地球物理勘探信号处理技术领域，涉及一种基于局部相似系数的三维地震数据多次波压制方法，是在常规的三维表面相关多次波压制技术的基础上，计算联络测线多次波贡献道集与Radon变换结果局部相似系数谱，根据相似系数差异构建加权阈值算子，利用原始数据与加权阈值算子的克罗内克积，确定稳相叠加空间，采用菲涅尔空间的叠加代替多次波联络测线的直接求和过程，实现三维海洋地震数据的高分辨率多次波预测方法，常规方法产生的空间假频得到有效压制，使得多次波预测的更加准确，提高了多次波压制的精度与准确度，为地震数据处理的后续处理与解释带来了诸多便利。

摘要： 公开了一种反射倾角及其相似系数的自动拾取方法。该方法包括：1)基于输入的叠后地震数据，由计算机中的MPI模块向大数据管理中心申请输入数据及计算资源；2)在步骤1)中所申请的计算资源全部到位时，启动MPI进程，定位、读取及存写输入数据；3)启动Pthread线程池，多线程地计算INLINE方向斜率、CROSSLINE方向斜率以及地震剖面相似系数；4)线程资源释放；5)MPI模块自行调用IOService接口读取步骤3)计算出的结果数据，写回HDFS。本发明的方法加速了反射倾角及其相似系数拾取的速度，使得提取地震属性参数的效率明显提高。

摘要： 本发明分析了Web应用层发生HTTP‑Flood攻击和HTTP‑Post慢速连接攻击,在流量属性和用户行为特征属性上表现出的差异性和相似性。提出了基于杰卡德相似系数的Web服务器DDoS攻击检测方法及其装置，该方法可以一次使用多种属性特征进行相似性比较，模拟实验表明，该方法不仅能够有效检测出HTTP‑Flood攻击和HTTP‑Post慢速连接攻击，还能准确的区分出突发流量，具有在线检测实时性强和准确率高等特点。

摘要： 本发明公开了一种基于亲缘相关系数的共显性分子标记遗传相似指数计算方法。其技术方案是：采用现行的某种共显性分子标记方法，获得植物各品种或品系的电泳图谱；根据植物品种或品系的扩增条带信息，进行成对比较，按照遗传相似指数

摘要： 本发明公开了一种物品相似度贡献系数、相似度获取方法及物品推荐方法及其系统，涉及数据挖掘技术领域，旨在提供获取相似度贡献系数的获取方法，基于相似度贡献系数获取更加有效、准确的物品相似度的方法以及根据该相似度进行物品推荐的方法。本发明技术要点包括：在网络上获取目标用户集合中每个用户访问物品的行为记录；根据所述行为记录为所述每个用户建立一个包含其访问过的物品的列表；根据每个用户的访问过的物品数量计算该用户的相似度贡献系数C(u)：其中N(u)为用户u访问过的物品数量，θ为活跃度阈值，a为大于或等于0的常数。

摘要： 本发明公开了一种基于遗传算法的蒸汽管网阻力系数和换热系数辨识方法：对实际蒸汽管网进行整理，得到其拓扑结构图，并整理蒸汽管道的基本信息，采集蒸汽管网实际运行数据；根据选取的经验公式，计算各蒸汽管道的阻力系数和换热系数理论值，根据计算的理论值，估算实际阻力系数和换热系数的变化范围；建立蒸汽管网水力热力耦合仿真模型，包括蒸汽管网水力平衡方程组和蒸汽管网热力平衡方程组，联立求解，得到蒸汽在蒸汽管网中运行的温度和压力分布；利用遗传算法结合多组实测数据辨识计算各阻力系数和换热系数，并获得辨识后的结果。本发明能够解决蒸汽管网阻力系数和换热系数随着时间而发生变化导致难以精确计算的问题。