D-loop

摘要： 背景胃癌发病率和死亡率长期居高不下,防控形势严峻,且发病年龄逐渐年轻化,但目前关于胃癌发病年龄预测因素的研究报道较少。目的探讨线粒体DNA D-环区(D-Loop区)单核苷酸多态性(SNPs)与胃癌患者发病年龄之间的关系。方法选取2007年7月至2008年12月在河北医科大学第四医院消化内科经胃镜病理证实的胃癌患者150例为研究对象,提取胃癌患者外周血中的线粒体DNA,采用聚合酶链反应(PCR)扩增目的片段,并进行线粒体DNA D-Loop区测序。采用Kaplan-Meier法绘制胃癌患者发病年龄的生存曲线,比较采用Log-rank检验;采用多因素Cox比例风险回归分析探究胃癌患者发病年龄的影响因素。结果不同分化程度患者发病年龄比较,差异有统计学意义(P<0.05)。Log-rank检验结果显示,153G基因型患者的发病年龄〔(48.0±5.3)岁〕早于153A基因型患者〔(60.1±0.8)岁〕(χ^(2)=7.757,P=0.005)。多因素Cox比例风险回归分析结果显示,线粒体DNA D-Loop区SNPs位点153A/G是预测胃癌患者发病年龄的影响因素〔HR=0.323,95%CI(0.140,0.745),P=0.008〕。结论线粒体DNA D-Loop区SNPs位点153A/G或许可以作为胃癌发病年龄的新型预测指标,通过分析线粒体DNA D-Loop区的多态性,可以帮助识别早发的胃癌患者。

摘要： 为探究新疆塔里木河叶尔羌高原鳅(Triplophysa yarkandensis)遗传多样性现状,研究基于线粒体Cytb和D-loop序列对塔里木河两条支流(车尔臣河和渭干河)的8个地理群体进行了遗传学多样性和遗传结构分析。结果显示,基于Cytb和D-loop序列分别获得了41和51个单倍型,单倍型多样性指数/核苷酸多样性指数分别为0.9247±0.0124/0.9776±0.0032和0.0065±0.0034/0.0115±0.0058,表明各群体的遗传多样性水平均较高。AMOVA结果显示,遗传变异主要来自群体内部(Cytb F_(st)=96.57%;D-loop F_(st)=95.25%),仅有3.43%(Cytb)和4.75%(D-loop)来自群体间;各群体间的遗传距离值小,遗传分化指数F_(st)值低,属于弱分化水平。基于样本构建的系统发育树和单倍型构建的网络进化图均显示,各群体的样本没能形成明显的地理聚群和谱系结构。虽然两支流群体间存在潜在的遗传障碍,并发生了一定的遗传分化,但其遗传距离值只在0.05附近(Cytb,F_(ct)=0.0540;D-loop,F_(ct)=0.0471)。种群历史动态分析结果表明,叶尔羌高原鳅种群相对稳定,未经历过明显的扩张。综合上述结果,塔里木河叶尔羌高原鳅群体遗传多样性水平较高,但是遗传分化主要来源于群体内部,群体间有明显的基因交流,建议将其作为一个保护管理单元进行保护。研究为叶尔羌高原鳅种质资源开发利用、制定合理的保护措施提供了基础数据。

摘要： 为了解鱇浪白鱼(Anabarilius grahami)种质资源和遗传多样性现状,采集抚仙湖7个地理群体共计133尾鱇浪白鱼,基于线粒体D-loop控制区全序列开展遗传多样性分析。结果表明:鱇浪白鱼D-loop控制区序列的A+T含量(62.28%)高于G+C(37.72%);共发现变异位点40个,定义单倍型36个,整体单倍型多样性指数(Hd)为0.791±0.036,核酸多样性指数(π)为0.00254±0.00027,呈“高H_(d)低π遗传分布”;抚仙湖西岸各群体(H_(d)=0.826—0.846,π=0.00236—0.0031)较东岸各群体(H_(d)=0.657—0.805,π=0.00204—0.00271)的平均遗传多样性呈现出“西高东低”的分布特征;其中,明星鱼洞(MX)群体的鱇浪白鱼单倍型多样性和核酸多样性指数最高,下坝(XB)群体的鱇浪白鱼单倍型多样性和核酸多样性指数最低;路岐(LQ)群体与海镜(HJ)群体遗传距离最远(0.00296),但7个群体遗传分化不显著(F_(st)=0.01954,P>0.05);中性检验(Tajima’s D=-1.73617,P=0.03729;Fu’s F_(s)=-1.64259,P=0.23943)与核酸错配分布均表明抚仙湖鱇浪白鱼群体未经历种群扩张事件。综上所述,抚仙湖鱇浪白鱼展现出高单倍型多样性和低核酸性的遗传多样性特征,可能与线粒体进化速度较快有关;而鱇浪白鱼扩散式生活史及人工增殖放流可能是造成其群体间遗传分化不显著的主要原因。研究利用线粒体DNA开展了抚仙湖鱇浪白鱼遗传多样性现状的初步评估,为后续鱇浪白鱼种质资源保护及种业开发提供重要理论依据。

摘要： 通过线粒体D-loop基因部分序列对广东惠东海龟国家级自然保护区人工繁育的4个群体共99只绿海龟样本进行扩增测序及分析。研究结果表明,绿海龟人工繁育4个群体的D-loop基因片段序列的A+T含量为68.1%,碱基组成具有明显的偏向性;共定义了3个单倍型,单倍型多样性指数在0.000~0.212之间,核苷酸多样性指数在0.00000~0.00111之间;人工繁育4个群体的遗传分化系数(F_(st))值均大于0.05,4个群体中有3个群体之间不存在基因交流现象;采用邻位连接法(NJ)对99个序列片段构建了系统发育树,G组群体单独聚为一分支,C组、H组和LM组群体聚为另一分支。研究结果说明,广东惠东海龟国家级自然保护区绿海龟人工繁育的各个群体内遗传多样性差异较小,群体间存在较大遗传分化,绿海龟人工繁育4个群体仍具有较高的遗传多样性。研究结果为建立相应的绿海龟人工繁育遗传谱系以及开展绿海龟种质资源保护奠定理论基础。

摘要： 旨在利用线粒体基因测序方法评价新疆托氏兔的遗传多样性水平,并探究亚种间的遗传结构。本研究通过PCR扩增及测序技术,获得来自新疆北部、西北部以及中东部地区的共计78例新疆托氏兔线粒体DNA的CO1和D-LOOP基因序列,并采用生物信息学的方法进行数据分析。结果表明,78个新疆托氏兔样本的合并序列共定义了68种单倍型,新疆托氏兔的单倍型多样性(h=0.996±0.002)和核苷酸多样性(π=0.049±0.023)均较高;系统发育关系和单倍型中介网络图显示,本研究中的托氏兔样本被分成3个大枝(Clade A-C),其中Clade A和C包含绝大多数来自新疆北部和西北部组群的野兔,即托氏兔西域亚种,Clade B中的野兔绝大多数来自新疆中、东部地区,即托氏兔中亚亚种,除小部分样本较为混杂,其余样本的聚类情况与其分布范围和地理距离相吻合;AMOVA分析、Fst以及基因流结果显示,新疆托氏兔亚种间遗传分化较大、基因流较小,亚种内遗传分化相对较小、基因流相对较大。中性检验结果显示,新疆托氏兔群体Tajima`D值为1.075(P>0.05),Fu`s Fs为-15.100(P<0.01),核苷酸错配分布呈现多峰,EBSPs分析显示新疆托氏兔在距今大约0.01 Ma时发生过种群扩张。基于线粒体2个基因的综合分析结果表明,新疆托氏兔具有丰富的遗传多样性和较明显的系统地理分布格局;西域亚种的北部和西北部组群间存在较强的基因流和较小的遗传分化,但中亚亚种的中部和东部组群间出现了较大的分化,可能是由于较远的地理距离所致;此外,新疆托氏兔近期经历过种群扩张。

摘要： 为了解中国东南沿海可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)自然群体的遗传多样性水平,探明该物种的种质资源情况,采用线粒体细胞色素b(cytb)基因和线粒体DNA控制区(d-loop)序列分析技术对广东湛江(ZJ)、广东阳江(YJ)、广西钦州(QZ)、福建宁德(ND)、浙江温州(WZ)5个可口革囊星虫自然群体进行测序分析。在150个样本中,cytb和d-loop序列分别检测到了118和158个多态位点,定义了62和79种单倍型。基于cytb和d-loop序列的遗传多样性参数分析均表现出较高的基因多样性(cytb:0.8713~0.9632;d-loop:0.9425~0.9816)和较低水平的核苷酸多样性(cytb:0.032487~0.040975;d-loop:0.033247~0.046151)。而分子方差分析(AMOVA)结果一致表明,群体内部的遗传变异(cytb:98.56%;d-loop:98.61%)比例显著高于群体间的遗传变异(cytb:1.44%;d-loop:1.39%),表明可口革囊星虫在不同地理群体间的遗传变异并不明显,不同地理群体之间不存在地理隔离。单倍型邻接树的拓扑结构简单,未呈现明显的地理谱系结构。从Tajima’s D和Fu’s Fs检验结果显著偏离中性这一现象,可推测出可口革囊星虫群体近期经历过群体快速扩张事件。

摘要： 通过线粒体调控区D-loop基因部分序列对广东沿岸和三沙海域3个地理群体(广东惠东海龟国家级自然保护区、广东粤西和海南省三沙市)共132个绿海龟样本进行遗传多样性研究。结果表明,3个绿海龟地理群体的D-loop基因片段序列的A+T含量为68.2%,碱基组成具有明显的偏向性;共定义了19个单倍型,单倍型多样性在0.157~0.775之间,核苷酸多样性在0.00063~0.01017之间;3个群体间存在一定的分化,其中三沙群体和其他2个群体存在高度的分化,粤西群体和海龟保护区群体存在较小的分化,3个群体之间存在基因交流现象;采用邻位连接法(NJ)对132个序列片段和19个单倍型分别构建了系统发育树,3个群体的绿海龟存在较为复杂的交叉聚类现象,19个单倍型聚类为3个大的分支。本研究结果表明本研究的绿海龟总体样本具有较高的遗传多样性,广东沿岸与三沙海域的绿海龟种群存在基因交流现象。本研究为探究我国绿海龟种群遗传多样性和开展绿海龟种质资源保护奠定理论基础。

摘要： 软刺裸裂尻鱼Schizopygopsis malacanthus是青藏高原特有鱼类。本研究测定了青海省玉树藏族自治州3个软刺裸裂尻鱼野生群体(隆宝滩国家级自然保护区、巴塘河上游、巴塘河下游)共72尾的mtDNA D-loop的部分序列(610 bp),分析了其遗传多样性和种群遗传结构,旨在为玉树软刺裸裂尻鱼野生资源保护和合理开发提供理论依据。共发现29个多态位点,定义了16个单倍型。3个种群的单倍型多样性为0.438±0.121~0.676±0.076,核苷酸多样性为0.003 4±0.000 5~0.008 6±0.001 3。群体遗传分化指数统计检验表明,两两群体之间的差异均极显著。基因流分析结果表明,巴塘河上、下游种群之间的基因流水平较高,个体交流频繁。AMOVA分析结果显示,79.49%的遗传变异来自于种群间,20.51%的遗传变异来自于种群内,群体间遗传分化极显著。系统发育树和单倍型进化网络结果显示,3个种群的单倍型按照隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系形成2大类群。中性检验结果表明,软刺裸裂尻鱼近期未出现显著的种群扩张事件。建议将分布在隆宝滩国家级自然保护区和巴塘河水系的软刺裸裂尻鱼作为2个进化单元分开管理。

摘要： 为探讨周公河中齐口裂腹鱼(Schizothorax prenanti)的遗传多样性和遗传结构,沿周公河连续设定6个采样点进行齐口裂腹鱼采集,在进行基因组DNA提取后以线粒体控制区(D-loop)为分子标记进行种群遗传多样性和遗传结构的评估。结果从63尾齐口裂腹鱼中共检测到32个单倍型,核苷酸多样性(π)为0.013,单倍型多样性(h)为0.966。遗传多样性最高的为张家湾种群(PopF,π=0.018,h=1.000),核苷酸多样性最低的为罗坝种群(PopC,π=0.010,h=0.970),单倍型多样性最低的为瓦屋山大坝下游种群(PopB,π=0.015,h=0.867)。种群间共享13个单倍型,多数齐口裂腹鱼种群间的遗传分化水平中等或较低,仅PopC和PopF(F_(st)=0.195,P<0.01),种群PopA和PopE(F_(st)=0.158,P<0.01)分化程度较高,显示各种群间较密切的遗传关系。周公河不同河段齐口裂腹鱼群体的遗传多样性处于较高的水平,各种群间具有较近的遗传关系。

摘要： 研究福建省龙岩市象洞鸡养殖群体的遗传多样性及起源进化关系,为其选育和遗传改良提供理论依据。本研究通过PCR扩增与测序技术获得象洞鸡细胞色素b(Cytb)基因和线粒体控制区(D-loop)部分序列,采用DNAMAN软件进行序列拼接,Dna SP和Mega软件分析序列变异和种群的遗传多样性。结果显示:获得象洞鸡Cytb序列为810 bp,检测到7个核苷酸多态位点,定义了6种单倍型,核苷酸多样度为0.00199,单倍型多样度为0.713;获得D-loop序列为565 bp,检测到25个核苷酸多态位点,定义了16种单倍型,核苷酸多样度为0.001173,单倍型多样度为0.940。系统发育树分析显示象洞鸡有4个母系来源。该研究结果从分子水平为象洞鸡遗传资源保护和开发利用提供了理论参考。

摘要： 目的：分析西藏小型猪线粒体控制区碱基序列,研究其遗传标记。方法：扩增28头西藏小型猪的粒体控制区,测序并与巴马小型猪等国内猪进行比较。结果：西藏小型猪mtDNA D-loop区存在重复序列区和非重复序列区,重复序列区处于中间位置,中间串连重复区130～290bp,分为A、B两种类型。非重复序列区3'端340bp,比较保守,与国内其他猪的序列相同;5'端704bp,碱基组成中A+T约占56.88％,G+C约占43.12％;5'端有7个转换位点、4个颠换位点。根据3个主要的变异位点,5'端也分为两种类型。结论：不同的重复片段排列顺序和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。

摘要： 目的：分析西藏小型猪线粒体控制区碱基序列,研究其遗传标记。方法：扩增28头西藏小型猪的粒体控制区,测序并与巴马小型猪等国内猪进行比较。结果：西藏小型猪mtDNA D-loop区存在重复序列区和非重复序列区,重复序列区处于中间位置,中间串连重复区130～290bp,分为A、B两种类型。非重复序列区3'端340bp,比较保守,与国内其他猪的序列相同;5'端704bp,碱基组成中A+T约占56.88％,G+C约占43.12％;5'端有7个转换位点、4个颠换位点。根据3个主要的变异位点,5'端也分为两种类型。结论：不同的重复片段排列顺序和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。

摘要： 目的：分析西藏小型猪线粒体控制区碱基序列,研究其遗传标记。方法：扩增28头西藏小型猪的粒体控制区,测序并与巴马小型猪等国内猪进行比较。结果：西藏小型猪mtDNA D-loop区存在重复序列区和非重复序列区,重复序列区处于中间位置,中间串连重复区130～290bp,分为A、B两种类型。非重复序列区3'端340bp,比较保守,与国内其他猪的序列相同;5'端704bp,碱基组成中A+T约占56.88％,G+C约占43.12％;5'端有7个转换位点、4个颠换位点。根据3个主要的变异位点,5'端也分为两种类型。结论：不同的重复片段排列顺序和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。

摘要： 目的：分析西藏小型猪线粒体控制区碱基序列,研究其遗传标记。方法：扩增28头西藏小型猪的粒体控制区,测序并与巴马小型猪等国内猪进行比较。结果：西藏小型猪mtDNA D-loop区存在重复序列区和非重复序列区,重复序列区处于中间位置,中间串连重复区130～290bp,分为A、B两种类型。非重复序列区3'端340bp,比较保守,与国内其他猪的序列相同;5'端704bp,碱基组成中A+T约占56.88％,G+C约占43.12％;5'端有7个转换位点、4个颠换位点。根据3个主要的变异位点,5'端也分为两种类型。结论：不同的重复片段排列顺序和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。

摘要： 目的：分析西藏小型猪线粒体控制区碱基序列,研究其遗传标记。方法：扩增28头西藏小型猪的粒体控制区,测序并与巴马小型猪等国内猪进行比较。结果：西藏小型猪mtDNA D-loop区存在重复序列区和非重复序列区,重复序列区处于中间位置,中间串连重复区130～290bp,分为A、B两种类型。非重复序列区3'端340bp,比较保守,与国内其他猪的序列相同;5'端704bp,碱基组成中A+T约占56.88％,G+C约占43.12％;5'端有7个转换位点、4个颠换位点。根据3个主要的变异位点,5'端也分为两种类型。结论：不同的重复片段排列顺序和5'端的变异位点可以联合组建西藏小型猪的遗传标记。

摘要： 本试验测定了西湖野鸭31个个体线粒体DNA控制区(D-loop)523bp序列,共检测到6个变异位点,4种单倍型;结果表明,西湖野鸭的遗传多样性并不丰富.结合已报道的绿头野鸭D-loop区序列构建系统发生树,结果西湖野鸭四种单倍型全位于一个分支中.

摘要： 本试验测定了西湖野鸭31个个体线粒体DNA控制区(D-loop)523bp序列,共检测到6个变异位点,4种单倍型;结果表明,西湖野鸭的遗传多样性并不丰富.结合已报道的绿头野鸭D-loop区序列构建系统发生树,结果西湖野鸭四种单倍型全位于一个分支中.

摘要： 本试验测定了西湖野鸭31个个体线粒体DNA控制区(D-loop)523bp序列,共检测到6个变异位点,4种单倍型;结果表明,西湖野鸭的遗传多样性并不丰富.结合已报道的绿头野鸭D-loop区序列构建系统发生树,结果西湖野鸭四种单倍型全位于一个分支中.

摘要： 本实验测定了重庆麻旺麻鸭mtDNA D-loop区的片段序列并进行了初步分析。结果表明,重庆麻旺麻鸭的该段序列与美洲家鸭的序列差异较大,而与2种野鸭(斑嘴鸭和绿头鸭)的序列更为相似。该研究为了解重庆麻旺麻鸭的遗传多样性及其遗传背景奠定了基础。

摘要： 本实验测定了重庆麻旺麻鸭mtDNA D-loop区的片段序列并进行了初步分析。结果表明,重庆麻旺麻鸭的该段序列与美洲家鸭的序列差异较大,而与2种野鸭(斑嘴鸭和绿头鸭)的序列更为相似。该研究为了解重庆麻旺麻鸭的遗传多样性及其遗传背景奠定了基础。