QTL定位

摘要： 蛋白质含量是大豆重要的品质性状,受多基因控制,定位大豆蛋白质含量相关位点并挖掘候选基因,对定向培育高蛋白含量大豆品种具有重要意义。本研究以优良品种黑农88作为母本与高蛋白优异种质P73-6B作为父本杂交,构建了一个由265个单株组成的F2群体,利用中豆芯1号对F2群体进行基因型鉴定并构建图谱,结合蛋白质含量表型数据,采用IciMapping 4.2软件在20号染色体上定位了一个QTL,物理距离为2.46 Mb,在区间附近筛选出11个多态性SSR标记并分析群体,将定位区间从2.46 Mb缩小至100.8 kb。增加Gm20_28349696、Gm20_30805913、Gm20_31341532和Gm20_31483719共4个SNP位点,进一步将区间缩小到95.8 kb。对区间内包含的4个基因的9个不同组织在Phytozome v13.1和PPRD RNA-seq 2个数据库中的表达量分析得到了2个候选基因,分别为Glyma.20g081800和Glyma.20g082000基因,本试验结果为大豆蛋白质含量基因克隆及蛋白质调控机制研究提供了理论基础,为大豆高蛋白分子标记育种提供材料和技术支撑。

摘要： 本研究对棉籽油分、棕榈酸、油酸和亚油酸含量进行了不同遗传体系的QTL分析,为相关性状挖掘出更多有用的基因信息.分别于2017年和2018年,利用陆地棉亲本HS46(P1)和MARCABUCAG8US-1-88(P2)所构建的188个重组近交系分别与双亲杂交构建F1群体BC(P1)和BC(P2).基于这些回交群体种子,采用专为种子性状设计的母体和胚核基因组QTL定位的混合线性遗传模型及QTL Network-CL-2.0-Seed软件,对棉籽油分、棕榈酸、油酸和亚油酸含量进行QTL定位分析.共检测到7个控制棉籽油分含量、3个控制棕榈酸含量、2个控制油酸含量和3个控制亚油酸含量的QTL,均具有显著或极显著的源自母体和胚2个核基因组的加性主效应,其中有7个QTL的表型变异贡献率大于10％.研究结果可为这些性状的分子标记辅助选择育种提供更为可靠的参考,为这些性状的分子遗传机制研究提供理论基础.

摘要： 非洲栽培稻作为重要的水稻种质资源,其基因渗入系可以为普通栽培稻的遗传背景提供新的有利基因,如果能将这些优良基因引入普通栽培稻中,可为水稻分子设计育种提供新的基因资源。本研究以非洲栽培稻基因渗入系YIL60与轮回亲本中9B(Z9B)杂交衍生的包含188个株系的F_(2)和F_(2:3)群体为材料,对粒形性状包括粒长、粒宽、籽粒长宽比、千粒重,剑叶形态性状包括剑叶长、剑叶宽进行数量性状点位(QTL)检测。结果共检测到16个QTL,包括2个粒长QTL、3个粒宽QTL、2个籽粒长宽比QTL、2个千粒重QTL、1个剑叶长QTL、6个剑叶宽QTL,分布于第1、第6、第7、第10和第11号染色体上,贡献率为2.25%~25.64%;有4个多效性QTL区间,有4个QTL qGW7-1、qFLL10、qFLW10、qTGW7在F;和F;群体中被重复检测到,其中在第7号染色体RM3859-RM3394区间检测到同时控制粒长、粒宽、籽粒长宽比和千粒重的QTL,贡献率最高达17.10%,是一个来源于非洲栽培稻的新粒形QTL。本研究为进一步开展粒形、剑叶形态性状基因的精细定位、克隆和分子标记辅助育种工作奠定了一定的理论基础。

摘要： 为了利用生物学技术和手段来解决农业问题,让基因组测序技术、转基因及基因编辑等现代分子生物学技术为农业遗传育种服务,实现常规育种与分子设计育种的紧密结合,加速作物精准育种进程,近年颇受学术界关注。现梳理了一些分子生物学专用名词概念,概述了目前在正向遗传学研究中如何利用极端表型材料基于全基因组测序的BSA-Seq方法(MutMap法、MutMap+法、MutMap-Gap法、QTL-seq法)快速定位重要农艺性状的QTL/基因,为快速定位和克隆候选基因提供新思路。

摘要： 采用中SNP160K芯片对丰收24×通交83-611 F2群体252个植株及其亲本进行基因分型,构建了一张由5861个SNP标记组成的全长为3661.46 cM的高密度遗传连锁图谱。利用完备区间作图法(ICIM)定位到7个株高QTL,每个QTL可解释2.56%~10.41%的株高变异。qPH-6-1具有最高的表型变异贡献率和显性效应,可解释10.41%的株高变异,加性效应和显性效应分别为–1.72和18.94;qPH-18-1贡献率次之,可解释9.64%的株高变异,但具有最高的加性效应,达-12.42。在F2群体中筛选出11个qPH-6-1和qPH-18-1基因型为Q6Q6/Q18Q18的单株,平均株高167.00 cm;筛选出16个基因型为q6q6/q18q18的植株,平均株高为91.25 cm。在qPH-18-1定位区间内外增加23个SNP标记,将定位区间由766.97 kb缩小至66.03 kb,包含8个基因,结合基因注释和相对表达量差异分析,推测Glyma.18G279800和Glyma.18G280200可能与大豆的株高相关。本研究为大豆株型的改良提供了分子参考依据和遗传基础。

摘要： [目的]探究萱草属植物杂交F1代花部性状的遗传变异规律,为萱草属植物花部性状的分子标记辅助育种提供理论依据。[方法]以黄花菜地方品种‘大同黄花’为母本和萱草品种‘摇篮曲’为父本杂交获得的71株F1群体为研究对象,对亲本和杂交F1群体花朵直径、外瓣长度、外瓣宽度、内瓣长度和内瓣宽度5个花部性状进行统计分析,并基于萱草属种间杂交高密度遗传图谱对5个花部性状进行QTL定位研究。[结果]5个花部性状的变异系数为6.80%~11.63%,其中内瓣宽度变异系数最大,外瓣长度变异系数最小,这些性状大部分都介于父母本之间呈较好的连续性正态分布趋势,具有极显著的中亲杂种优势,但并未形成超亲优势。而花朵直径和外瓣长度相比杂交亲本表现出了一定的退化趋势。5个花部性状的中亲优势值均达到极显著水平(P<0.01)。在相关性分析中,内瓣宽度与其余4个性状之间不相关,而花朵直径与外瓣长度、花朵直径与内瓣长度相关性紧密。QTL定位结果显示,共检测到与5个花部性状相关的15个QTLs,分布在8个连锁群上。LOD峰值介于2.06~4.17之间,单个QTL的贡献率为12.5%~23.7%。[结论]本研究结果对萱草属植物种质创新利用与品种改良具有重要意义,为今后萱草属植物花部性状相关基因发掘及候选基因筛选鉴定奠定了基础。

摘要： 以大麦H602和Golden Promise构建的134株重组自交系为材料,利用构建的高密度分子遗传图谱,对2个生长周期的籽粒直链淀粉含量和支链淀粉含量及总淀粉含量进行QTL定位分析.共检测到8个与淀粉含量相关的QTL位点.其中,直链淀粉含量相关QTL有2个,均位于染色体7H上,贡献率分别为8.52%和7.83%;支链淀粉含量相关QTL有3个,位于染色体2H和7H上,贡献率分别为15.53%、16.40%和12.71%;总淀粉含量相关QTL有3个,位于染色体2H和7H上,贡献率分别为24.05%、24.02%和12.79%.该结果为大麦品质育种提供了遗传基础.

摘要： 为了定位稻粒黑粉病抗性基因,建立水稻抗稻粒黑粉病分子育种技术体系。以对稻粒黑粉病抗性较强的光温敏不育系W9593S和易感稻粒黑粉病、与W9593S不育基因等位的光温敏不育系培矮64S为亲本,通过杂交和多年自交,构建了由183个高世代稳定不育系组成的重组自交系遗传群体。以这个重组自交系遗传群体为材料,利用200个多态性SNP分子标记,通过复合区间作图对稻粒黑粉病抗性QTL进行定位。结果定位到5个稻粒黑粉病抗性QTL,分布在4条染色体上,表型贡献率为7.26%-13.64%,其中,qRRKS-11和qRRKS-8的表型贡献率较大,分别为13.64%和12.07%,定位区间的遗传距离分别为0.9和1.4 cM。水稻对稻粒黑粉病的抗性表现为数量性状遗传,通过精细定位和克隆主效QTL,可以实现抗稻粒黑粉病不育系的分子标记辅助育种。

摘要： 为明确烟草株高和叶数性状的遗传规律,发掘控制相关性状的主效位点,以台烟8号(TT8)为母本(P1),NC82为父本(P2),配置杂交组合,以TT8为轮回亲本回交,构建了包含200个单株的BC1F1群体。在此基础上,分别在四川、山东两个环境点种植群体材料,获得株高和叶数表型,进而利用高密度遗传图谱对株高和叶数性状进行QTL定位分析。结果表明,在两个环境条件下共定位到4个与株高和叶数相关的主效QTL,每个QTL均可以解释相应性状10%~20%的表型变异。两个环境点定位到2个叶数性状QTL,均位于23号连锁群上,非等位;定位到3个株高性状主效QTL,四川点1个位于23号连锁群上,山东点2个分别位于21号和23号连锁群上,其中山东点23号连锁群上的主效位点与控制叶数的主效QTL遗传位置一致。相关结果为进一步克隆控制株高和叶数性状的主效基因及烟草重要农艺性状分子改良奠定了基础。

摘要： 生育期是玉米重要的性状之一,其中抽穗期、散粉期和吐丝期是3个最重要的指标。以玉米自交系LDC-1和YS501构建的186个重组自交系为材料,在2个大田种植环境下对抽穗期、散粉期和吐丝期3个生育期相关性状进行QTL解析。基于Maize10k芯片数据构建总长为2 569.89 cM的高密度遗传图谱,共包含2 624个bin,相邻标记间的平均距离为0.98 cM。共检测到32个生育期相关性状QTLs,似然函数比值对数值(logarithm of odds,简称LOD)为2.52~10.86,贡献了3.33%~17.19%的表型变异。其中qDTT9-1、qDTS9-2在不同环境中稳定表达且效应较大,在育种中可能具有较大利用价值。本研究结果可为进一步精细定位生育期相关性状QTLs和利用分子标记辅助选择开展品种改良提供参考。

摘要： 本文主要对玉米株高主效QTL定位研究进展及与株高相关基因的功能与响应途径作了综述性论述,旨在为玉米株高主效QTL定位及相关基因的功能研究提供理论指导和技术参考.

摘要： 本文主要对玉米株高主效QTL定位研究进展及与株高相关基因的功能与响应途径作了综述性论述,旨在为玉米株高主效QTL定位及相关基因的功能研究提供理论指导和技术参考.

摘要： 本文主要对玉米株高主效QTL定位研究进展及与株高相关基因的功能与响应途径作了综述性论述,旨在为玉米株高主效QTL定位及相关基因的功能研究提供理论指导和技术参考.

摘要： 本文主要对玉米株高主效QTL定位研究进展及与株高相关基因的功能与响应途径作了综述性论述,旨在为玉米株高主效QTL定位及相关基因的功能研究提供理论指导和技术参考.

摘要： 接种禾谷镰刀菌孢子悬浮液于小麦RIL群体进行室内培养,观察不同阶段的发病情况并计算病情指数以及AUDPC值,分析小麦在抗赤霉病扩展不同阶段的动态变化.在第一阶段各株系的抗病指数增量较为集中.第二阶段发现4个加性效应位点,分别位于1A、1D、3B和4D染色体上,与前人一致的有3B染色体上wmc777-barc147的QTL位点,结合分析第二阶段小麦抗病指数增加量,分析第二阶段抗病指数增量差别大的原因是在第二阶段控制小麦抗扩展性的QTL位点开始发挥效应,使不同小麦株系表现出差异.第三阶段发现的3个QTL位点分别位于1A、5A、7A染色体上.检测到的小麦抗扩展QTL位点为小麦抗赤霉病育种及分子标记辅助选择提供参考.

摘要： 接种禾谷镰刀菌孢子悬浮液于小麦RIL群体进行室内培养,观察不同阶段的发病情况并计算病情指数以及AUDPC值,分析小麦在抗赤霉病扩展不同阶段的动态变化.在第一阶段各株系的抗病指数增量较为集中.第二阶段发现4个加性效应位点,分别位于1A、1D、3B和4D染色体上,与前人一致的有3B染色体上wmc777-barc147的QTL位点,结合分析第二阶段小麦抗病指数增加量,分析第二阶段抗病指数增量差别大的原因是在第二阶段控制小麦抗扩展性的QTL位点开始发挥效应,使不同小麦株系表现出差异.第三阶段发现的3个QTL位点分别位于1A、5A、7A染色体上.检测到的小麦抗扩展QTL位点为小麦抗赤霉病育种及分子标记辅助选择提供参考.

摘要： 接种禾谷镰刀菌孢子悬浮液于小麦RIL群体进行室内培养,观察不同阶段的发病情况并计算病情指数以及AUDPC值,分析小麦在抗赤霉病扩展不同阶段的动态变化.在第一阶段各株系的抗病指数增量较为集中.第二阶段发现4个加性效应位点,分别位于1A、1D、3B和4D染色体上,与前人一致的有3B染色体上wmc777-barc147的QTL位点,结合分析第二阶段小麦抗病指数增加量,分析第二阶段抗病指数增量差别大的原因是在第二阶段控制小麦抗扩展性的QTL位点开始发挥效应,使不同小麦株系表现出差异.第三阶段发现的3个QTL位点分别位于1A、5A、7A染色体上.检测到的小麦抗扩展QTL位点为小麦抗赤霉病育种及分子标记辅助选择提供参考.

摘要： 接种禾谷镰刀菌孢子悬浮液于小麦RIL群体进行室内培养,观察不同阶段的发病情况并计算病情指数以及AUDPC值,分析小麦在抗赤霉病扩展不同阶段的动态变化.在第一阶段各株系的抗病指数增量较为集中.第二阶段发现4个加性效应位点,分别位于1A、1D、3B和4D染色体上,与前人一致的有3B染色体上wmc777-barc147的QTL位点,结合分析第二阶段小麦抗病指数增加量,分析第二阶段抗病指数增量差别大的原因是在第二阶段控制小麦抗扩展性的QTL位点开始发挥效应,使不同小麦株系表现出差异.第三阶段发现的3个QTL位点分别位于1A、5A、7A染色体上.检测到的小麦抗扩展QTL位点为小麦抗赤霉病育种及分子标记辅助选择提供参考.

摘要： 以性状差异较大的2个小黑麦品系为亲本进行杂交获得包含184个株系的F2分离群体为材料,利用ISSR分子标记筛选得到的14对多态性引物对小黑麦F2代群体进行扩增,运用Joinmap4.0作图软件对小黑麦F2代群体进行遗传连锁分析,构建了1张小黑麦遗传连锁图谱,并对抗锈病基因进行QTL定位分析,结果如下:该图谱包含7个连锁群(分别命名为LG1～LG7),连锁图谱总共有92个位点,标记间平均距离为5.90cM,图谱总长度为542.9cM;小黑麦F2群体184个单株锈病抗性的田间表型鉴定结果表明,锈病抗性在F2群体中呈连续变异,分布频率大致接近正态分布,可用于QTLs定位;运用MapQTL6.0软件对小黑麦F2群体的抗锈病基因进行QTL定位分析,共检测到6个QTLs,贡献率在5.1％～11.2％,分布在5个连锁群上,平均每个连锁群1.2个,QTLs在5个连锁群上的分布不均匀,连锁群LG5上分布最多,有2个QTLs.

摘要： 以性状差异较大的2个小黑麦品系为亲本进行杂交获得包含184个株系的F2分离群体为材料,利用ISSR分子标记筛选得到的14对多态性引物对小黑麦F2代群体进行扩增,运用Joinmap4.0作图软件对小黑麦F2代群体进行遗传连锁分析,构建了1张小黑麦遗传连锁图谱,并对抗锈病基因进行QTL定位分析,结果如下:该图谱包含7个连锁群(分别命名为LG1～LG7),连锁图谱总共有92个位点,标记间平均距离为5.90cM,图谱总长度为542.9cM;小黑麦F2群体184个单株锈病抗性的田间表型鉴定结果表明,锈病抗性在F2群体中呈连续变异,分布频率大致接近正态分布,可用于QTLs定位;运用MapQTL6.0软件对小黑麦F2群体的抗锈病基因进行QTL定位分析,共检测到6个QTLs,贡献率在5.1％～11.2％,分布在5个连锁群上,平均每个连锁群1.2个,QTLs在5个连锁群上的分布不均匀,连锁群LG5上分布最多,有2个QTLs.

摘要： 本发明公开了水稻柱头外露率主效QTL，所述主效QTL被定位于水稻第7染色体上，位于SSR标记RM5436和InDel标记SER4‑1之间322.9kb的物理距离上。此区域在以往有关柱头外露的研究中从未见报道过，因此可以认为是发现了一个新基因。本发明还提供了该主效QTL的定位方法和应用。水稻育种上高的柱头外露率可明显提高杂交结实率，因此，将来新基因可通过MAS手段育成带有遗传改良性质的细胞质雄性不育系，通过提高其柱头外露率来提升异交结实率，进而进一步增加杂交稻的制种效率，加快育种进程。

摘要： 本发明公开了水稻柱头外露率主效QTL，所述主效QTL被定位于水稻第7染色体上，位于分子标记RM5436‑RM5499之间约1000kb物理距离上。此区域在以往有关柱头外露的研究中从未见报道过，因此可以认为是发现了一个新基因。本发明还提供了该主效QTL的定位方法。水稻育种上高的柱头外露率可明显提高杂交结实率，因此，将来新基因可通过MAS手段育成带有遗传改良性质的细胞质雄性不育系，通过提高其柱头外露率来提升异交结实率，进而进一步增加杂交稻的制种效率，加快育种进程。

摘要： 本发明涉及一种InDel(插入或缺失)分子标记以及采用该分子标记对黄瓜果形QTL定位的方法，该方法基于所述InDel分子标记，辅助选择构建替换片段覆盖全基因组的黄瓜染色体片段替换系，来进行黄瓜果形QTL的定位。染色体片段替换系可以将多基因调控的数量性状变成多个单基因控制的质量性状，从而能够消除背景影响，提高果形QTL定位准确性，增加QTL定位精确度。而且，InDel分子标记在进行群体筛选时，对DNA的纯度和浓度要求较低，扩增产物的稳定性强。

摘要： 本发明属于生物技术领域，公开了中棉所70群体中与棉花纤维强度相关的一个QTL，位于陆地棉24号染色体，定位到6个SNP分子标记，定位到116个基因并对其中一些基因的表达模式进行了分析。本发明还公开了一种与棉花相关的QTL的应用，该QTL和SNP分子标记可用于分子标记辅助选择育种，显著提高强度纤维品系的选择效率，为进一步提高纤维品质提供了一种最经济有效的分子育种新途径。

摘要： 本发明公开的萝卜肉质根相关性状的13个QTLs，分别位于染色体Chr1、Chr2、Chr4、Chr5、Chr6、Chr7和Chr8，其基因序列如SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.48所示，还公开了上述QTLs定位的方法，包括(1)F2分离群体的构建；(2)父母本、F1及F2分离群体肉质根相关表型性状(根长、根粗、根重)数据的采集及统计分析；(3)父母本、子代F1和F2的DNA的提取；(4)多态性SSR引物的筛选与父母本、子代个体的基因型鉴定；(5)遗传图谱的构建；(6)利用MapQTL4.0软件进行QTLs分析。本发明的优点在于，首次将萝卜的连锁图谱与其基因组物理图谱联系起来，且首次定位到控制萝卜根长的2个QTLs位点,进而提高品种的选育效率。

摘要： 本发明公开了一种玉米开花期雄穗耐干枯QTL定位分离群体的构建方法，属于现代生物科学研究领域。本发明公开的一种玉米开花期雄穗耐干枯QTL定位分离群体的构建方法，围绕玉米开花期雄穗干枯这一性状，利用PHBA6(P1)与旱敏感系吉63(P2)组配基础群体，采用图位克隆的方法，首次在3号和9号染色体上定位到两个耐干枯QTL‑qMd3和QTL‑qMd9，定位区间约13Mb。本发明首次利用多年耐旱精准鉴定筛选出的亲本材料PHBA6(P1)与旱敏感系吉63(P2)组配了玉米雄穗耐干枯QTL定位基础群体；并在玉米对干旱最敏感的开花期，围绕雄穗干枯这一重要性状进行表型分级精准鉴定与评价，并获得有效的表型数据。

摘要： 本发明公开了一种烟草赤星病抗性相关的QTL及其定位方法与应用。所述的烟草赤星病抗性相关的QTL由2个组成，1个位于第20号连锁群上的SSR标记TMs 05179和TMs 04022之间，1个位于第23号连锁群上的SSR标记TM 61049和TM 62212之间，两者一起解释了两亲本间~81%的病情指数差异及~64%的加性效应。应用为所述的烟草赤星病抗性相关的QTL在烟草抗赤星病的分子标记辅助育种中的应用。本发明利用抗、感烟草赤星病品种Beinhart 1000‑1和红花大金元衍生的F2作图群体构建一张高质量雪茄烟遗传连锁图谱，并结合组培快繁形成的F2株系的田间赤星病病情指数进行全基因组QTL定位分析，检测获得与烟草赤星病抗性相关的QTLs，为开展烟草抗赤星病的分子标记辅助育种工作奠定基础。

摘要： 本发明提供了一种基于Richards方程的树木数量性状的QTL定位框架的方法，属于生物信息学分析技术领域。所述方法利用Richards生长方程拟合树木数量性状的生长曲线，得到数量性状的Richards估计参数，根据性状表型随时间的相关关系获得SAD(1)模型的结构参数；根据生长参数在基因型之间的差异进行功能作图，筛选调控树木数量性状生长的显著QTL；计算显著QTL遗传效应值以及遗传力，建立QTL之间的调控结构网络，识别解释树木数量性状生长过程的关键调控QTL。本发明所述方法具有很强的生物学意义且定位精度高，建立的遗传效应调控网络为遗传结构分析提供了有效方法，使性状生长分析更加全面。

摘要： 本发明提供了一种鉴定位于萝卜R02染色体上的晚抽薹QTL的InDel引物，属于生物技术技术领域，InDel引物包括InDel520引物对和InDel535引物对。本发明提供的InDel引物能够鉴定萝卜晚抽薹QTL，对萝卜晚抽薹材料进行分子标记辅助鉴定的准确度为100％。

摘要： 本发明提供了一种基于Richards方程的树木数量性状的QTL定位框架的方法，属于生物信息学分析技术领域。所述方法利用Richards生长方程拟合树木数量性状的生长曲线，得到数量性状的Richards估计参数，根据性状表型随时间的相关关系获得SAD(1)模型的结构参数；根据生长参数在基因型之间的差异进行功能作图，筛选调控树木数量性状生长的显著QTL；计算显著QTL遗传效应值以及遗传力，建立QTL之间的调控结构网络，识别解释树木数量性状生长过程的关键调控QTL。本发明所述方法具有很强的生物学意义且定位精度高，建立的遗传效应调控网络为遗传结构分析提供了有效方法，使性状生长分析更加全面。