编码区

摘要： 利用生物信息学方法,对NCBI中公布的猪缺氧诱导因子HIF-1α基因的5′端上游2000 bp长度的候选启动子区进行了核心启动子及转录结合位点的预测;同时对其所编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、跨膜结构域、信号肽、高级结构及进化关系进行了分析。结果显示:猪HIF-1α基因5′端上游存在潜在启动子区,存在CpG岛,存在多个转录因子结合位点,编码的蛋白为亲水性蛋白;蛋白质等电点为5.11,共由824个氨基酸组成,含量最高的为亮氨酸。HIF-1α蛋白主要定位于细胞核内,不存在跨膜结构域,为非跨膜蛋白,不存在信号肽,二级结构主要为α螺旋及无规卷曲。此外通过对猪HIF-1α基因序列的同源性比较发现,与猪HIF-1α基因同源性最近的是绵羊,同源性最远的是原鸡。此研究为猪HIF-1α基因结构和功能的探索提供了一定的理论依据。

摘要： 目的体外分离培养原代星形胶质细胞,在星形胶质细胞中克隆Foxp1基因编码区序列(CDS)区并过表达。方法利用机械分离法获取小鼠原代星形胶质细胞;异硫氰酸胍法(TRIzol法)提取原代星形胶质细胞内总RNA并逆转录为cDNA,克隆CDS区、测序;利用美国国家生物技术信息中心(NCBI)和SnapGene软件对测序结果与NCBI库内小鼠中4个Foxp1转录本的CDS区进行对比;将星形胶质细胞中Foxp1基因的CDS克隆到表达载体上,并转染到HEK293T细胞内验证其表达。结果体外成功分离培养原代星形胶质细胞,且纯度达95%及以上;克隆出星形胶质细胞内Foxp1的CDS,相较参考序列Foxp1转录本4的CDS,其在514/515处插入3个连续碱基AGC;将克隆有Foxp1基因CDS区的表达载体转入HEK293T细胞内后可见在约106 kD处有Foxp1蛋白表达。结论成功分离培养原代星形胶质细胞并获取Foxp1新的CDS。

摘要： 麝科和鹿科动物均属于偶蹄反刍类动物,具有重要的经济价值。通过系统的微卫星序列(Simple sequences repeats, SSRs)从基因组水平揭示物种间的系统进化关系,探索微卫星序列的基因功能及其富集的信号通路,目前仍缺乏相关研究。随着林麝(Moschus berezovskii)、原麝(Moschus moschiferus)、小麂(Muntiacus reevesi)、赤麂(Muntiacus vaginalis)和马鹿(Cervus elaphus)基因组测序的完成,本文利用生物信息学方法提取了这些动物蛋白质编码区(coding sequences, CDS)序列,统计和分析了其CDS区微卫星序列分布规律及其生物学功能,探索了含SSR基因富集的信号通路及其与疾病的关联性。结果表明,林麝、原麝、小麂、赤麂和马鹿蛋白质编码区含SSR序列的基因所占比例分别为6.96%(1 696个)、7.18%(2 359个)、7.29%(3 005个)、7.36%(1 916个)和7.48%(1 924个),并且这5种动物CDS区SSRs分布模式具有相似性,均是三倍体核苷酸(即三核苷酸和六核苷酸) SSRs最多,分别为96.85%、94.87%、65.44%、64.23%和88.04%。GO功能富集表明,林麝与其他4种动物蛋白质编码区SSR序列在分子功能、细胞组成和生物学过程3个方面具有较多共同显著富集的功能,包括DNA结合、染色质和生长发育等。KEGG通路分析表明,林麝及其他4种动物蛋白质编码区SSR序列具有7个共同显著富集的KEGG通路,包括遗传信息调控蛋白家族、转录因子、染色体及相关蛋白、剪接体、转录机制和Notch信号通路和成体糖尿病。通过对林麝编码区含SSR关键免疫基因及其相关联的KEGG通路进行分析,发现10个含SSR的关键免疫基因对应的KEGG通路与疾病密切相关。

摘要： 研究揭示白菜驯化表型变异的重要推手日前,中国农业科学院蔬菜花卉研究所王晓武团队揭示了转座子插入变异在不同类型白菜驯化中的重要作用。研究发现,发生在基因区的转座子插入变异与基因的转录水平、编码区长度和编码区数量均高度相关,转座子插入到基因区后可以行使内含子的功能,并导致基因表达量改变。

摘要： 产生新基因的主要机制主要有基因重复、逆转座、外显子重排等,这些机制相对而言研究比较深入,但是,另一种机制一从头合成起源越来越被人们发现在新基因的产生过程中或许有不可或缺的作用。曾经认为新基因的产生都应该从编码区开始,即新基因的产生来自已存在的功能基因,而从头合成起源从非编码区开始,而一度认为通过从头合成起源产生新基因几乎是不可能的。但是,随着相关生物学科及技术的发展,越来越多的研究奢找到了从头合成起源的新基因,填补了新基因从头合成起源这一领域的空白。本文将着重介绍从头合成起源靳基因的形成、功能以及从头合成起源新基因的前景,以提高读者对从头合成起源靳基因产生的理解。

摘要： 本研究旨在探索小尾寒羊S100钙结合蛋白A1(S100 Calcium Binding Protein A1,S100A1)基因结构、突变位点以及在各组织和脂肪细胞不同阶段的表达差异.通过荧光定量PCR检测S100A1基因在3日龄小尾寒羊脂肪组织及6月龄脂肪、肌肉、肺、脾、肠、心、肝组织的表达差异;体外克隆S100A1基因编码区,序列进行生物信息学分析;体外分离2月龄小尾寒羊前体脂肪细胞,培养并诱导分化;荧光定量PCR检测S100A1基因在细胞分化第0～12天的表达规律;60只6月龄羊血液基因组被用来检测S100A1基因的突变位点.结果表明:S100A1基因在6月龄羊脂肪组织中的相对表达量显著大于3日龄;S100A1基因在脂肪细胞分化过程中呈先升高后降低再升高的表达规律;小尾寒羊S100A1基因编码区序列与NCBI网站预测序列一致;S100A1蛋白主要定位在细胞质;蛋白二级结构存在4个α-螺旋、2个β-折叠、6个转角、2个卷曲.基因的5个外显子均无突变位点.S100A1基因在细胞分化期间以及不同日龄小尾寒羊脂肪组织中差异表达,说明S100A1基因可能参与脂肪代谢过程并发挥生理功能.

摘要： GH-IGF信号通路对鱼类的生长起到重要的调控作用.为探寻生长激素受体(growth hormone receptor,GHR)和类胰岛素生长因子Ⅰ(insulin-like growth factor-Ⅰ,IGF-Ⅰ)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)分子标记与尼罗罗非鱼(Oreochromis niloticus)优势生长性状的相关性,本研究利用Sanger测序技术从吉富品系(JF)和埃及品系(AJ)两种尼罗罗非鱼GHR1、GHR2和IGF-I基因启动子区和编码区共筛选出32个SNPs位点.以是否引起序列功能改变为条件进行SNPs的二次筛选,在JF群体中共保留9个SNPs位点,分布于GHR1基因(7个)和GHR2基因(2个)中;在AJ群体中共保留5个SNPs位点,分布于GHR1基因(4个)和GHR2基因(1个)中.通过一般线性模型(general linear model,GLM)及最小二乘分析(least-significant difference,LSD)对两种罗非鱼的子代群体进行SNPs与生长性状的相关性分析,结果显示,在JF群体GHR1和GHR2基因中共发现6个与优势生长性状显著相关的SNPs位点(P<0.05),而AJ群体中并未发现与优势生长性状显著相关的SNPs位点及基因型.以上结果可作为罗非鱼分子辅育过程中的候选分子标记,并为生长相关因子在鱼类中的后续功能研究提供理论依据.

摘要： 研究采用生物信息学方法预测草鱼Rac1基因序列特征及编码蛋白质的结构和功能.结果表明:草鱼R a c 1基因编码192个氨基酸残基,蛋白质相对分子质量为21465.12 KDa,理论等电点(P I)为8.9;草鱼Rac1编码蛋白质的二三级结构均是以α-螺旋和无规则卷曲为主的混合型蛋白,存在1个N-糖基化位点,蛋白结构显示其是一种稳定的疏水性蛋白.研究结果为进一步研究草鱼RAC1基因的功能提供了理论基础.

摘要： 通过对近几年高考试题及平时模拟试题的研究, 我发现生物必修二“遗传与进化”内容失分率较高,究其原因在 于学生对遗传规律的应用不够熟练,相关概念的理解不够透 彻,而“基因的结构及表达过程”则是该模块的重难点,现就对 该章节内容做一简单释疑。

摘要： 从GenBank中下载梅花鹿、山羊、牛、猪、北极狐、大熊猫、人、猕猴、小鼠、大鼠、鸡、家鹅、绿头野鸭及金鱼的GHR基因完整编码区(CDS)及氨基酸序列,对梅花鹿与其他13个物种GHR基因的CDS及氨基酸序列进行相似性分析,进一步基于氨基酸序列构建系统进化树,利用BioEdit 7.0与相关在线软件对梅花鹿GHR基因的碱基组成及其编码蛋白的理化性质和结构特征进行生物信息学预测分析.结果表明:梅花鹿与山羊、牛的GHR基因氨基酸序列相似性较高,亲缘关系最近;梅花鹿GHR基因CDS长度为1905bp,编码634个氨基酸,碱基A+T含量高于G+C;其编码的蛋白是一种分子质量为70.9278ku,等电点为4.56的疏水性不稳定酸性蛋白;该蛋白含有1个信号肽,属一种分泌型蛋白;存在1个强跨膜区、36个广泛磷酸化位点,二级结构元件以无规则卷曲为主.

摘要： 骨形态发生蛋白受体IB(BMPR-IB)是编码跨膜丝氨酸/苏氨酸激酶骨形成蛋白(BMP)受体家族的一个成员，BMPs对雌性动物的繁殖有重要作用，特别是对卵巢的作用尤为明显。BMPR-IB基因由于A746G碱基突变导致第249位的谷氨酰胺突变为精氨酸(Q→R)，导致绵羊排卵数和窝产羔数增加。在应用BMPR-IB基因标记辅助选育中国美利奴羊(军垦型)多胎品系实践中，能够缩短世代间隔，节约育种成本，快速提高绵羊群体的繁殖率，取得了很好的应用效果。为进一步分析中国美利奴羊(军垦型)BMPR-IB基因功能，本研究采用RT-PCR方法克隆BMPR-IB基因编码区序列，并对序列进行分析，为BMPR-IB基因在绵羊繁殖性能方面的进一步研究提供基础。

摘要： 应用生物信息学方法比较分析了人、大鼠、小鼠、牛、绵羊、山羊、马、家猫、犬、猪、黑猩猩、猕猴MLPH基因编码区(CDS)的遗传多样性。结果表明，来自12个物种的33条基因序列中检测到223个多态位点，共生成14种单倍型，物种问及物种内MLPH基因序列编码区存在较丰富的遗传多样性。

摘要： 本文以人类基因编码区中50bp以下(短)、100bp左右(平均)及300bp以上(长)三种长度外显子为对象,运用阶乘矩和时间序列方法将生物位点特征、统计特征相结合,在较高精度上识别外显子特别是较长和较短的外显子.通过使外显子与内含子差异最大的k-tuple作为阶乘矩特征向量,分别采用50bp、100bp和200bp三种窗口计算相应长度外显子序列的阶乘矩,突显外显子和内含子统计特性差别.再采用时间序列Time-Delayembedding方法将得到的数据展开成二维空间,进一步突出统计特性差异,并在第三维空间加入生物位点特征.最后用贪婪算法进行聚类,得到短外显子Sn为0.70,平均长度外显子Sn为0.92,长外显子Sn为0.78.本项目研究结果在保证一般长度外显子识别精度的同时解决目前对较长及较短外显子识别精度普遍低下的问题,有较高的精度和较强的学习能力.

摘要： 为了提取一些能够体现基因序列中编码区和非编码区这两个功能域特征的序列片段——特征序列,本文提出了一具为编码区和非编码区搜索特征序列的新方法.然后应用聚类分析方法验证特证序列提取方法的可靠性.聚类结果表明我们提取的特征序列能够反映基因序列中编码区和非编码区的特性,从而说明提出的提取特征序列的方法是可靠的.

摘要： Rh血型系统相关基因包括RHD基因和RHCE基因，都含有10个外显子，序列同源性高达96%-97%，交换重组、缺失和点突变产生了8种常见的Rh单体，Rh血型系统主要由Rh30蛋白和Rh50蛋白两大类蛋白组成。

摘要： 在抗病力的研究中，一般需要将病原感染实验对象，这样的方法在实际操作中存在一定的困难，要求对病原微生物进行严格控制。另外，使健康的动物感染病原有损动物福利。因而寻找与疾病抗性相关的分子标记成为抗病育种的研究热点。作为抗病力重要功能候选基因的TLR2能识别病原微生物并诱导后续的免疫反应，在宿主抗感染中起重要作用。同时，TLR2基因的多态性影响所编码蛋白对病原的识别，与机体抗病力存在关联。因此，进行TLR2基因多态性的研究有利于筛选与抗病相关的分子标记和揭示复杂疾病的抗病机理。

摘要： @@病原菌可以利用多种方式激活或者抑制蛋白激酶信号通路来增强其自身侵染力，在病原物与植物互作初期的信号识别和转导中蛋白激酶扮演着重要的角色。已有研究结果表明稻瘟病菌蛋白激酶基因中含有丰富的SSR。

摘要： @@病原菌可以利用多种方式激活或者抑制蛋白激酶信号通路来增强其自身侵染力，在病原物与植物互作初期的信号识别和转导中蛋白激酶扮演着重要的角色。已有研究结果表明稻瘟病菌蛋白激酶基因中含有丰富的SSR。

摘要： 本发明公开了鹅免疫球蛋白编码区及其恒定区特异性单克隆抗体与应用。本发明提供的鹅免疫球蛋白编码区包含λ链的全部编码区序列，重链的可变区、D片段和J片段编码序列、α链的恒定区编码序列以及μ链、υ链恒定区的部分编码序列。本发明的免疫球蛋白恒定区可用于制备抗鹅免疫球蛋白λ链、μ链、α链、υ链恒定区抗体，还可用于鉴别与抗鹅免疫球蛋白单克隆抗体结合的鹅免疫球蛋白的类和型。本发明还提供了一种采用Protein A亲和层析方法纯化的鹅血清免疫球蛋白作为免疫原制备抗鹅免疫球蛋白单克隆抗体的方法及由该方法得到的单克隆抗体及分泌该抗体的杂交瘤细胞株。本发明的抗鹅免疫球蛋白恒定区抗体能够用于检测或纯化鹅免疫球蛋白。

摘要： 本发明属于生物技术领域，涉及红麻育种，特别是指基于红麻线粒体基因非编码区的CMS分子标签及其引物对与应用。所述CMS分子标签基于线粒体基因

摘要： 本发明公开了一种从批量contig中批量获取麦类植物LMW‑GS基因编码区的方法，其特征在于：本发明目的是克服从批量SeqMan组装出来的contig中批量获取不同麦类植物LMW‑GS基因编码区困难的问题。根据SeqMan组装出来的不同小麦材料中LMW‑GS基因的contig序列，先进行序列标识的批量重命名，并整理至同一个fasta格式的文件中；接着根据该基因N端、C端保守的特点，采用已经发表的中国春、小偃54的LMW‑GS基因编码区的两端各90bp序列为参比序列，与SeqMan组装出来的对应不同小麦材料中相应contig序列(即LMW‑GS基因的基因组DNA序列)进行比对，找到相应编码区的起始位置；最后根据起始位置从SeqMan组装出来的LMW‑GS基因contig中批量提取出编码区序列。这为进行该类基因的功能研究奠定了良好的基础。

摘要： 本发明公开了鹅免疫球蛋白编码区及其恒定区特异性单克隆抗体与应用。本发明提供的鹅免疫球蛋白编码区包含λ链的全部编码区序列，重链的可变区、D片段和J片段编码序列、α链的恒定区编码序列以及μ链、υ链恒定区的部分编码序列。本发明的免疫球蛋白恒定区可用于制备抗鹅免疫球蛋白λ链、μ链、α链、υ链恒定区抗体，还可用于鉴别与抗鹅免疫球蛋白单克隆抗体结合的鹅免疫球蛋白的类和型。本发明还提供了一种采用Protein A亲和层析方法纯化的鹅血清免疫球蛋白作为免疫原制备抗鹅免疫球蛋白单克隆抗体的方法及由该方法得到的单克隆抗体及分泌该抗体的杂交瘤细胞株。本发明的抗鹅免疫球蛋白恒定区抗体能够用于检测或纯化鹅免疫球蛋白。

摘要： 本发明提供一种鉴别DNA基因序列中编码区域与非编码区域的系统，计算一个DNA序列的DRT谱，通过其在k＝3处与其他地方的谱值的比较来判别这个序列究竟是外显子还是内含子：DRT谱在k＝3处的值高于其它地方的值，则为外显子；否则，为内含子。通过数值化的DNA序列的离散Ramanujan谱及其信噪比，用来区分蛋白质的编码区域与非编码区域，测试结果显示了本发明方法的可靠性。对比于傅里叶变换，离散Ramanujan谱的计算量更小，精度更高。

摘要： 本发明公开了一种靶向切除尾叶桉CAD基因编码区DNA的基因编辑方法。本发明提供的方法是利用根据尾叶桉CAD基因设计靶位点gRNA1和gRNA2，通过基因编辑靶向切除尾叶桉CAD基因编码区片段。本发明提供的基因编辑方法靶向性强，可应用于桉树基因编辑育种，为进一步创制CAD敲除突变体提供研究基础。

摘要： 本发明公开一种湖羊MC4R基因中一个与产羔数关联的SNP标记及其应用。该标记位于绵羊23号染色体的MC4R基因上的编码区域，具体的SNP标记位点为序列表中SEQ ID NO：1的第335bp处的C＞T碱基突变，命名为c.335C＞T，该位点对应的CC基因型母羊的产羔数显著多于CT基因型个体。本发明以湖羊为研究对象，利用PCR扩增MC4R基因编码区域的DNA序列变异，分析该变异多态性对湖羊产羔数的效应，可用于提高湖羊产羔数，为湖羊产羔数的标记辅助选择育种提供新的标记资源。

摘要： 本发明涉及一种用于检测遗传性易栓症的基因或其组合，包括F2、F5、F9、FGA、FGG、HABP2、HRG、LMAN1、MTHFR、PROC、PROS1、PROZ、SERPINC1、SERPIND1、THBD中的任意至少一种。通过对这些基因或其组合的突变情况检测，可有效进行遗传性易栓症检测、分类或预测、治疗监测、预后或其它评价。针对这15个基因的所有编码区域设计2轮扩增引物，其中第一轮扩增引物包括2组特异性扩增的引物，从而制备而成的测序文库构建试剂盒，可实现对上述15个基因全部编码区域的同步检测，以达到对已知位点的灵敏检测和对未知位点的深度挖掘，进而满足科研和临床检测的需求。

摘要： 本发明公开了一种基于NA‑MEMD和MGWT识别蛋白质编码区的基因预测方法，包括如下步骤：步骤1，对DNA序列进行数值映射，将其转换为四个DNA结构序列组成的四通道数字信号；步骤2，对得到的四通道数字信号进行NA‑MEMD分解，得到多元本征模态函数信号，并利用分解结果重构四通道分析信号；步骤3，利用小波变换MGWT计算重构信号的局部频谱，将四通道分析信号的小波系数相加并将结果投影到位置轴上，最终得到DNA序列的3周期光谱，以识别DNA序列中的蛋白质编码区。本发明方法可以增强分析序列的光谱，提高蛋白质编码区的鉴定准确性。

摘要： 本发明涉及生物技术和基因工程的技术领域，具体涉及一种靶向切除猪CD164基因编码区DNA的成对编辑位点、使用方法及其应用，所述编辑位点包括T1和T2两个编辑位点，所述T1和T2两个编辑位点位于猪1号染色体CD164基因编码区的2外显子区域；其中T1编辑位点染色体坐标为75441814‑75441833，编码区坐标为246‑265；T2编辑位点染色体坐标为75442009‑75442028，编码区坐标为441‑460。本发明的两个能基于CRISPR技术有效编辑猪CD164基因的靶位点，可用于Cas9介导的猪CD164基因打靶，为研究CD164基因在猪抗病育种中提供实验材料。