数量性状基因座

摘要： 【目的】鉴定和筛选水稻极端耐热种质或基因,为培育耐高温水稻新品种提供技术支撑。【方法】以耐热等级和幼苗存活率为指标对不同类型水稻苗期耐热性进行鉴定评价,以筛选和鉴定耐热种质资源及主效QTL。【结果】不同类型水稻品种苗期耐热性存在明显差异,籼稻品种耐热性明显强于粳稻品种,籼稻和粳稻品种均存在极端耐热和极端敏感种质资源;共筛选出嘉育253、中优早8号、秀水09等20份耐热种质资源,高温处理后幼苗存活率和生长发育基本不受影响。RIL群体双亲耐热等级和幼苗存活率存在极显著差异,中优早8号耐热性较强,植株基本无枯死,龙稻5号对高温胁迫较敏感,不同株系间苗期耐热性存在较大幅度变异;共检测到12个苗期耐热相关QTL,分布于第1、3、4、5和8染色体上,耐热等级和存活率QTL存在明显的遗传重叠,主效QTL簇q HTS4和q HTS8表型贡献率较大。基于QTL初步定位结果,利用相对剩余杂合体RHL-F2群体,在第8染色体RM5808-RM556标记区域鉴定了一个苗期耐热性主效QTL q HTS8,该区域对苗期耐热性具有较强调控效应。【结论】筛选出20份苗期耐热性较强的水稻种质资源,鉴定了12个苗期耐热相关的QTL,定位和验证了一个调控水稻苗期耐热性的主效QTL q HTS8,研究结果可为水稻苗期耐热性生理生化机理与分子遗传机制的研究及育种利用奠定基础。

摘要： 土地盐碱化是世界范围内农业面临的重大问题之一。全面了解盐胁迫对植物的危害性以及植物盐胁迫响应机制,将为增强作物耐盐能力提供研究基础。水稻作为全球最重要的粮食作物之一,日益严重的土地盐碱化制约了其产量与品质。综述盐胁迫条件对水稻生长发育、生理生化产生的影响以及目前对于水稻耐盐相关基因的研究,以期通过分子生物技术培育耐盐水稻新品种,实现水稻种植面积和总产量提高,保障粮食安全。

摘要： 白背飞虱是危害水稻生产最严重的害虫之一。培育抗性品种是防治白背飞虱最经济有效的措施。本研究发现广西野生稻‘Y11’高抗白背飞虱,‘Y11’植株上白背飞虱的数量及存活率均显著低于感虫品种‘广恢998’,表现出较强的排趋性和抗生性。为解析‘Y11’抗白背飞虱的遗传基础,以‘Y11’为供体亲本,籼稻品种‘广恢998’为轮回亲本,构建了BC_(3)F_(9)回交重组自交系群体,并完成了该群体白背飞虱苗期抗性鉴定及全基因组连锁图谱的构建,进行了抗白背飞虱QTL (quantitative trait locus)检测。结果发现,在水稻2号、6号和11号染色体上检测到3个抗性位点,分别命名为qWBPH2^(Y11), qWBPH6^(Y11)和qWBPH1^(Y11),其LOD值分别为4.8、2.5和3.7,分别解释表型变异的9.3%、2.3%和5.6%,且3个QTL的抗性等位基因均来自于广西野生稻‘Y11’。进一步从BC_(3)F_(9)回交群体中挑选携带qWBPH2位点的家系继续与‘广恢998’回交2次,经标记辅助选择,获得了qWBPH2的近等基因系,近等基因系的白背飞虱抗性显著高于背景亲本‘广恢998’。上述抗白背飞虱QTL的定位及近等基因系的构建,为抗性基因克隆及通过分子标记辅助选择培育抗性品种奠定了基础。

摘要： 为适应宁夏回族自治区小麦绿色优质高效品种选育和产业提质增效的需求,以宁春4号与河东乌麦杂交后代的248个F2:5家系为材料,对其进行遗传图谱构建与籽粒蛋白质数量性状基因座(quantitative trait locus,QTL)分析,以期为该地区小麦蛋白质性状遗传改良提供育种中间材料和QTL.结果表明:用197个SSR(simple sequence repeats)标记构建了包括小麦21条染色体的分子遗传图谱,总长度为2342.63 cM,标记间平均距离为11.89 cM;蛋白质性状在F2:5家系出现较大分离,粗蛋白质含量、湿面筋含量的群体平均值(分别为14.49％、30.96％)介于双亲该性状之间,稳定时间的群体平均值(10.86 min)均超过高亲;粗蛋白质含量、稳定时间、湿面筋含量的超中亲比例分别达50.81％、77.82％、50.00％,超高亲比例分别达21.77％、59.27％、22.98％;籽粒蛋白质性状3个指标间均呈极显著正相关(P﹤0.01).利用22个标记共检测到36个籽粒蛋白质QTL,分别为14个粗蛋白质含量QTL、6个稳定时间QTL和16个湿面筋含量QTL,涉及1A、2A、3A、5A、7A、1B、2B、6B、1D、2D、3D、4D、5D、6D、7D等15条染色体,36个QTL的连锁系数(LOD值)最大为14.9,表型贡献率为3％ ～6％,加性效应为-1.71～1.17,有11个标记所在的位点存在籽粒蛋白质性状QTL富集区.

摘要： 稻米垩白是灌浆期胚乳淀粉粒和蛋白质颗粒排列疏松而充气所形成的白色不透明部分,极大地影响了稻米外观、加工品质、蒸煮食味品质和营养品质。一个主效数量性状基因座Chalk5编码了一种液泡H+转运焦磷酸酶,影响了水稻籽粒垩白性状。华中农业大学研究团队成功克隆了第一个控制稻米垩白的主效基因Chalk5,不仅为优质稻米的分子育种提供了目标基因,还为水稻优质育种实践提供了理论指导。

摘要： 旨在利用全基因组拷贝数变异区域(copy number variation regions,CNVRs)关联分析以及全基因组数量性状基因座(quantitative trait locus,QTLs)定位联合筛选出影响猪体高性状的候选基因.本研究利用快速检测基因组拷贝数变异软件CNVcaller对本实验室构建的大白×民猪F2代资源群体的重测序数据进行拷贝数变异检测.利用混合线性模型(mixed-linear model,M LM)将性别和胎次作为固定效应对体高性状进行拷贝数变异全基因组关联分析(CNVR-GWAS).采用软件R/qtl进行QTL分析,并使用置换检验(permutation test,PT)进行检验.将CNVR-GWAS与QTL结果进行联合注释,结合GO富集和KEGG通路分析,对影响猪体高的位点和基因进行挖掘.利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法验证候选基因.结果表明,本群体在全基因组范围内共有3099个CNVRs,其中有两个CNVRs与体高性状在全基因组范围内显著相关,分别位于7号染色体的25358001～26696400 bp处(CNVR1)和54087201～54090000 bp处(CNVR2).在混合线性模型分析的结果中发现,CNVR1拷贝数增加(P<0.01)和CNVR2拷贝数缺失(P<0.01)对猪的体高性状具有显著影响.基因组显著水平可找到2个显著影响猪体高的QTLs,分别为BH-1和BH-2,其中BH-2对体高性状的影响较大.CNVR1和BH-2重叠区存在1个嗅觉受体基因OR12D3和18个未被注释的基因.qPCR验证OR12D3的拷贝数变异与利用混合线性模型统计推断出的结果一致.初步推测,OR12D3基因的拷贝数变异可能与猪体高性状相关.

摘要： [目的]东乡野生稻低氮耐性强,是水稻耐低氮育种的重要资源.鉴定东乡野生稻耐低氮基因对研究耐低氮遗传机制、培育耐低氮水稻品种具有重要意义.[方法]利用协青早B//东乡野生稻/协B BC1F12回交重组自交系及其遗传图谱,应用Windows QTL Cartographer 2.5分析施氮肥和不施氮肥下的株高和产量相关性状QTL.[结果]共检测到57个控制株高和产量性状的QTL,分布于10条染色体上的33个区域,单个QTL表型贡献率为3.17％～63.40％,其中32个QTL的增效等位基因来自东乡野生稻.19个QTL在施氮和未施氮条件下均检测到,38个QTL仅在单一环境下检测到显著效应,表明不同施氮水平下水稻性状的遗传机制不同.[结论]43个QTL分别聚集于7条染色体上的14个QTL簇,表明不同性状涉及到共同遗传机制,并可通过分子标记辅助选择方法进行耐低氮有利等位基因的聚合育种.

摘要： 水稻直播由于省时、省工和节约成本而备受农户关注.然而,芽期耐冷性不强致使现行推广的许多优良水稻品种不适于直播生产.因此,挖掘鉴定芽期耐冷位点,为后续的辅助育种提供基因资源就日益受到重视.本研究利用丽江新团黑谷和沈农265构建的重组自交系群体及其重测序构建的包含2818个bin标记的遗传图谱对水稻芽期的耐冷性进行QTL定位分析.共检测到5个芽期耐冷QTL,分布在水稻的1号、3号、9号和11号染色体上,增效等位基因均来自耐冷亲本丽江新团黑谷.这些QTL的LOD值的范围从3.05到24.01,表型贡献率为8.0％～53.5％.其中,表型贡献率最大的主效QTL是qCTB11b,位于11号染色体长臂端的21.24 Mb～22.03 Mb之间,物理图谱区间为790 kb.随后利用"选择作图"的策略进行了QTL验证和累加效应分析,明确了可以通过QTL的累加聚合实现芽期耐冷能力的遗传改良,聚合的增效QTL越多,耐冷能力提升越明显.上述研究结果不仅可以增强人们对芽期水稻耐冷能力遗传基础的认识和理解,也可以为后续直播品种的遗传改良提供理论依据和技术指导.

摘要： 随着研究的不断深入化,分子数量遗传学作为数量遗传学的一部分在发现机体的表型的机制上发挥着越来越重要的作用.QTL定位是目前分子遗传学研究的热门方向,旨在利用数理统计以及分子遗传学的知识发现与数量性状表型相关的基因位点所在的位置,筛选到显著相关的候选基因以用于家畜的育种改良.本文将对QTL定位的基本方式方法以及QTL定位在奶牛未来的应用发展进行简要的介绍.

摘要： 随着研究的不断深入化,分子数量遗传学作为数量遗传学的一部分在发现机体的表型的机制上发挥着越来越重要的作用.QTL定位是目前分子遗传学研究的热门方向,旨在利用数理统计以及分子遗传学的知识发现与数量性状表型相关的基因位点所在的位置,筛选到显著相关的候选基因以用于家畜的育种改良.本文将对QTL定位的基本方式方法以及QTL定位在奶牛未来的应用发展进行简要的介绍.

摘要： 随着研究的不断深入化,分子数量遗传学作为数量遗传学的一部分在发现机体的表型的机制上发挥着越来越重要的作用.QTL定位是目前分子遗传学研究的热门方向,旨在利用数理统计以及分子遗传学的知识发现与数量性状表型相关的基因位点所在的位置,筛选到显著相关的候选基因以用于家畜的育种改良.本文将对QTL定位的基本方式方法以及QTL定位在奶牛未来的应用发展进行简要的介绍.

摘要： 随着研究的不断深入化,分子数量遗传学作为数量遗传学的一部分在发现机体的表型的机制上发挥着越来越重要的作用.QTL定位是目前分子遗传学研究的热门方向,旨在利用数理统计以及分子遗传学的知识发现与数量性状表型相关的基因位点所在的位置,筛选到显著相关的候选基因以用于家畜的育种改良.本文将对QTL定位的基本方式方法以及QTL定位在奶牛未来的应用发展进行简要的介绍.

摘要： 磷素缺乏限制作物产量的提高,水稻低磷胁迫下根系伸长性状的遗传研究,对选育耐低磷品种具有指导意义.本文利用一套以9311为遗传背景携带日本晴置换片段的染色体片段置换系为材料,对低磷胁迫下水稻苗期主根伸长性状及相对性状进行了QTL定位.结果表明,两亲本及置换系群体对低磷反应存在明显差异.利用ICIMapping v2.2软件,共定位到9个QTLs,其中正常磷条件下2个,低磷胁迫下4个及3个相对性状QTLs.9个QTLs中有5个QTLs的加性效应值为负,效应来源于低磷敏感亲本日本晴,其余4个QTLs的加性效应值为正,效应来源于耐低磷亲本9311.在低磷根长和相对性状中共同检测到一个QTL,位于水稻第5染色体上,该位点没有相关QTL的报道.以上结果将为准确鉴定水稻耐低磷胁迫的遗传位点及分子标记辅助选育耐性品种提供依据。

摘要： 磷素缺乏限制作物产量的提高,水稻低磷胁迫下根系伸长性状的遗传研究,对选育耐低磷品种具有指导意义.本文利用一套以9311为遗传背景携带日本晴置换片段的染色体片段置换系为材料,对低磷胁迫下水稻苗期主根伸长性状及相对性状进行了QTL定位.结果表明,两亲本及置换系群体对低磷反应存在明显差异.利用ICIMapping v2.2软件,共定位到9个QTLs,其中正常磷条件下2个,低磷胁迫下4个及3个相对性状QTLs.9个QTLs中有5个QTLs的加性效应值为负,效应来源于低磷敏感亲本日本晴,其余4个QTLs的加性效应值为正,效应来源于耐低磷亲本9311.在低磷根长和相对性状中共同检测到一个QTL,位于水稻第5染色体上,该位点没有相关QTL的报道.以上结果将为准确鉴定水稻耐低磷胁迫的遗传位点及分子标记辅助选育耐性品种提供依据。

摘要： 磷素缺乏限制作物产量的提高,水稻低磷胁迫下根系伸长性状的遗传研究,对选育耐低磷品种具有指导意义.本文利用一套以9311为遗传背景携带日本晴置换片段的染色体片段置换系为材料,对低磷胁迫下水稻苗期主根伸长性状及相对性状进行了QTL定位.结果表明,两亲本及置换系群体对低磷反应存在明显差异.利用ICIMapping v2.2软件,共定位到9个QTLs,其中正常磷条件下2个,低磷胁迫下4个及3个相对性状QTLs.9个QTLs中有5个QTLs的加性效应值为负,效应来源于低磷敏感亲本日本晴,其余4个QTLs的加性效应值为正,效应来源于耐低磷亲本9311.在低磷根长和相对性状中共同检测到一个QTL,位于水稻第5染色体上,该位点没有相关QTL的报道.以上结果将为准确鉴定水稻耐低磷胁迫的遗传位点及分子标记辅助选育耐性品种提供依据。

摘要： 磷素缺乏限制作物产量的提高,水稻低磷胁迫下根系伸长性状的遗传研究,对选育耐低磷品种具有指导意义.本文利用一套以9311为遗传背景携带日本晴置换片段的染色体片段置换系为材料,对低磷胁迫下水稻苗期主根伸长性状及相对性状进行了QTL定位.结果表明,两亲本及置换系群体对低磷反应存在明显差异.利用ICIMapping v2.2软件,共定位到9个QTLs,其中正常磷条件下2个,低磷胁迫下4个及3个相对性状QTLs.9个QTLs中有5个QTLs的加性效应值为负,效应来源于低磷敏感亲本日本晴,其余4个QTLs的加性效应值为正,效应来源于耐低磷亲本9311.在低磷根长和相对性状中共同检测到一个QTL,位于水稻第5染色体上,该位点没有相关QTL的报道.以上结果将为准确鉴定水稻耐低磷胁迫的遗传位点及分子标记辅助选育耐性品种提供依据。

摘要： 磷素缺乏限制作物产量的提高,水稻低磷胁迫下根系伸长性状的遗传研究,对选育耐低磷品种具有指导意义.本文利用一套以9311为遗传背景携带日本晴置换片段的染色体片段置换系为材料,对低磷胁迫下水稻苗期主根伸长性状及相对性状进行了QTL定位.结果表明,两亲本及置换系群体对低磷反应存在明显差异.利用ICIMapping v2.2软件,共定位到9个QTLs,其中正常磷条件下2个,低磷胁迫下4个及3个相对性状QTLs.9个QTLs中有5个QTLs的加性效应值为负,效应来源于低磷敏感亲本日本晴,其余4个QTLs的加性效应值为正,效应来源于耐低磷亲本9311.在低磷根长和相对性状中共同检测到一个QTL,位于水稻第5染色体上,该位点没有相关QTL的报道.以上结果将为准确鉴定水稻耐低磷胁迫的遗传位点及分子标记辅助选育耐性品种提供依据。

摘要： 以籼稻品种杨稻6号和培矮64s为亲本的重组自交系,采用SSR、STS、CAPS和SNP共四种类型的分子标记构建了遗传图谱,覆盖水稻基因组1732.5cM,标记间平均距离为12cM.用水稻成熟种子进行组织培养,对愈伤组织诱导率、褐化率和愈伤组织增重这三个指标进行了测定.QTL分析结果显示,在水稻第7和第10号染色体上检测出3个控制愈伤组织诱导率的QTL;在水稻第6、第7、第9号染色体上各检测到1个控制愈伤组织褐化率的QTL;在水稻第5和第7号染色体上分别检测到1个愈伤组织增重QTL.其中,水稻第7号染色体SSR标记RM5481和RM6835之间同时检测到愈伤组织诱导率QTL和褐化率QTL,分别解释7.29％和12.52％的表型变异.进一步的精细定位正在进行中。

摘要： 本发明涉及植物育种和遗传学领域，具体地讲，本发明涉及大豆属。更具体地讲，本发明涉及含有一个或多个抗病性数量性状基因座的大豆植物的筛选方法、具有这种基因座的大豆品种以及具有这种基因座的大豆的育种和筛选方法。本发明还涉及外来种质在育种程序中的用途。

摘要： 本发明涉及植物育种和遗传学领域，具体地讲，本发明涉及大豆属。更具体地讲，本发明涉及含有一个或多个抗病性数量性状基因座的大豆植物的筛选方法、具有这种基因座的大豆品种以及具有这种基因座的大豆的育种和筛选方法。本发明还涉及外来种质在育种程序中的用途。

摘要： 本发明属于植物育种和疾病抗性的领域。更具体地，本发明包括培育含有数量性状基因座的大豆植物的方法，所述数量性状基因座与对亚洲大豆锈病（ASR）的抗性相关，亚洲大豆锈病是与层锈菌属物种相关的真菌病。本发明进一步包括种质、以及含有赋予对疾病抗性的数量性状基因座（QTL）的种质的用途，用于在ASR抗性的育种计划中种质渗入到优良种质中。

摘要： 本发明属于植物育种和疾病抗性的领域。更具体地，本发明包括培育含有数量性状基因座的大豆植物的方法，所述数量性状基因座与对亚洲大豆锈病（ASR）的抗性相关，亚洲大豆锈病是与层锈菌属物种相关的真菌病。本发明进一步包括种质、以及含有赋予对疾病抗性的数量性状基因座（QTL）的种质的用途，用于在ASR抗性的育种计划中种质渗入到优良种质中。

摘要： 本发明公开了一种高效而准确地验证顺式作用基因表达数量性状基因座真实性的方法。综合生物信息学分析和分子生物学技术，逐步剔除假阳性cis-eQTL：剔除两亲本间表达差异无显著统计学基因的基因；剔除探针靶序列在B6和D2间存在多态性的基因；运用RT-PCR技术或ABA原位杂交分析的方法验证基因芯片资料的准确性；进行等位基因特异性表达分析，若两等位基因表达具有显著差异则认为是真性cis-eQTL。本发明可以高效而又准确的验证cis-eQTL真实性。

摘要： 本发明涉及分子生物学技术领域，公开了大豆异黄酮和蛋白质含量相关的共定位数量性状基因座，包括分别位于大豆6号、8号、9号染色体上的三对数量性状基因座及其任意组合，所述三对数量性状基因座分别为：在6号染色体上共定位的qISO6.2与qPC6.1；在8号染色体上共定位的qISO8.1与qPC8；在9号染色体上共定位的qISO9.1与qISO9.2。所述共定位数量性状基因座能够用于开发同时与大豆的异黄酮含量及蛋白含量协同相关的分子标记及其引物、用于大豆蛋白和异黄酮协同分子标记辅助育种，所开发的大豆新品种用于制备心脑血管疾病相关老年食品和/或婴幼儿、儿童食品。

摘要： 本发明公开了与大豆异黄酮含量相关的数量性状基因座及其应用，提供了基于高密度遗传连锁图谱的大豆分子标记辅助育种方法，择取培大豆品种JD12ZDD23040与野生大豆品种Y9ZYD02739杂交，使用单种子下降SSD法构建由185个F8来源的重组自交系RIL组成的对照群体；通过测序和SNP调用进行基因分型，进行图谱构建和QTL检测及QTL的整合分析；基于统计分析得到与大豆异黄酮含量性状显著相关的整合QTL；基于所得整合QTL进行分子标记及其引物的开发，用于与大豆异黄酮含量性状相关的大豆分子标记辅助育种。

摘要： 本发明公开了一组太行鸡开产日龄相关的数量性状基因座，位于基因组的chr19:6 406 070‑chr19:6 412 735区间内，包括物理距离如下的显著SNP位点当中的一组或多组：19:6381462、19:6382350、19:6382585、19:6382662、19:6382781、19:6406070、19:6406141、19:6406152、19:6406169、19:6406170、19:6406188、19:6406306、19:6408239、19:6412674、19:6412735。本发明开发了一系列与蛋鸡开产日龄相关的SNP位点，能够用于开发与太行鸡开产日龄相关的分子标记及其引物，并进一步用于太行鸡的分子标记辅助选择育种，以获得开产日龄更早的优势太行鸡品种。

摘要： 本发明涉及植物育种和遗传学领域，具体地讲，本发明涉及大豆属。更具体地讲，本发明涉及含有一个或多个抗病性数量性状基因座的大豆植物的筛选方法、具有这种基因座的大豆品种以及具有这种基因座的大豆的育种和筛选方法。本发明还涉及外来种质在育种程序中的用途。

摘要： 本发明属于植物育种和疾病抗性的领域。更具体地，本发明包括培育含有数量性状基因座的大豆植物的方法，所述数量性状基因座与对亚洲大豆锈病（ASR）的抗性相关，亚洲大豆锈病是与层锈菌属物种相关的真菌病。本发明进一步包括种质、以及含有赋予对疾病抗性的数量性状基因座（QTL）的种质的用途，用于在ASR抗性的育种计划中种质渗入到优良种质中。