小RNA

摘要： 目的研究肺血栓栓塞症(Pulmonary thromboembolism,PTE)患者外周血中长链非编码RNA(LncRNA)、小RNA(miRNA)和信使RNA(mRNA)的差异表达。方法收集2019年1—12月就诊于新疆医科大学附属肿瘤医院呼吸神经内科确诊为PTE患者(PTE组)和健康体检者(对照组)的外周血各4例,采用TRIzol■Reagent提取总RNA,利用Illumina高通量测序技术进行基因测序,筛选两组差异表达基因,包括lncRNA、miRNA、mRNA。对DEGs(差异表达基因)进行基因本体论(GO)、京都基因和基因组百科全书(KEGG)途径网络分析。构建PTE患者的miRNA-mRNA-lncRNA网络。结果在PTE组和对照组外周静脉血中共鉴定出2014个差异表达DEGs,包括430个lncRNA、63个miRNA、1521个mRNA(P均<0.05)。GO及KEGG分析显示DEGs主要参与的通路有基因表达、Wnt信号通路、细胞周期蛋白激酶1(PLK1)在G2/M期的活性调节、TLR级联中MAP激酶的活化、细胞周期、DNA重建等。分析miRNA-mRNA及miRNA-lncRNA调控关系并基于mRNA-lncRNA调控网络预测ceRNA,结果显示调控关系最多的miRNA为miR-1260和miR-1260a。结论调控网络分析能够用有效分析健康人群与肺栓塞患者血液中的差异表达基因,这些基因或可作为肺栓塞诊治的新靶点。

摘要： 用高通量测序技术分析了Fusarium acuminatum细胞内小RNA的组成、长度分布、碱基偏好性、分类以及潜在的调控靶标,预测了11个新的miRNAs和6503个潜在的siRNAs.其中,miRNAs的靶基因多定位于膜组织,具有催化或结合活性,主要与代谢相关.研究结果为农业生产中合理有效防治F.acuminatum引起的病害提供了理论基础.

摘要： 从安康市桑园采集了68份畸形桑树叶片样品,利用PCR扩增检测鉴定其中存在4种病毒,分别是桑花叶型萎缩病相关病毒(mulberry mosaic dwarf-associated virus,MMDaV)、桑花叶卷叶病相关病毒(mulberry mosaic leaf roll associated virus,MMLRaV)、桑花叶萎缩类病毒(mulberry mosaic dwarf viroid,MMDVd)和桑潜隐病毒(mulberry cryptic virus,MuCV),存在复合侵染。对4种病毒复合侵染桑叶进行小RNA深度测序和分析,结果显示其中的sRNA来自MMDaV、MMLRaV、MMDVd、MuCV 4种病毒,与RT-PCR检测结果一致。进一步分析sRNA长度和5′-末端序列,MMDaV sRNA长度以24 nt最多,其他病毒sRNA主要为21 nt。MMDaV基因组链sRNA 5′-末端以A和T为主,MuCV以C最多,MMLRaV和MMDVd一致,均以T最多。

摘要： 作为青藏高原最为关键的环境因子,低压低氧对高原非习服动物繁殖和生殖系统功能有不利影响。已有的研究表明,低氧环境会导致雄性生殖细胞凋亡、精子畸形率升高、精子质量下降,进而影响受精和早期胚胎发育,但目前缺乏低氧损伤精子功能的机理研究。小RNA(small RNA)是在转录后及翻译水平上调控基因表达的重要功能分子,不同类型的small RNA通过诱导基因沉默或调控翻译等方式参与调节精子发生。本研究通过低压氧舱模拟海拔5000 m处理4周建立缺氧小鼠模型,发现低氧处理导致小鼠曲精细管中生精细胞排列紊乱,精子数量未发生显著变化但畸形率增加17.5倍(P<0.001)。通过small RNA测序发现,低氧组小鼠精子中的small RNA碱基偏好性与对照组一致,第一碱基对尿嘧啶(U)有很强的偏好性。低氧组小鼠精子中21 nt长度的small RNA比例显著减少4.4%(P<0.05)。低氧组小鼠精子中piRNA、tsRNA表达无差异,但miRNA表达上调21个,下调58个。对差异miRNAs靶基因与相同低氧处理小鼠睾丸组织差异基因比对,共比对到831个差异表达基因,其中上调miRNAs的靶基因中有429个差异表达基因;下调miRNAs的靶基因中有813个差异表达基因。此外,上调miRNAs的靶基因富集在FoxO信号通路、甲状腺激素信号通路、类固醇生物合成和HIF-1信号等通路,而下调miRNAs的靶基因富集在脂肪酸代谢等通路。本研究获得了缺氧小鼠精子small RNA变化图谱,对人类和其他动物在缺氧环境下精子表观遗传修饰变化的研究具有参考价值。

摘要： U6 snRNA是真核生物主要剪接体的重要组分,在不同物种中保守且表达水平稳定。为评估甜菜夜蛾(Spodoptera exigua)U6 snRNA是否适合作为miRNA(microRNA)定量表达检测内参基因,本研究通过克隆甜菜夜蛾U6 snRNA全长序列,分析其进化保守性及与其他物种U6 snRNA的系统进化关系,并进一步探究除虫菊提取物、高温培养和甜菜夜蛾核型多角体病毒(Spodoptera exigua multiple nucleopolyhedrovirus,SeMNPV)感染胁迫下U6 snRNA的表达稳定性。结果表明,克隆的甜菜夜蛾U6 snRNA全长107 nt。多序列比对和系统进化分析表明,不同物种U6 snRNA具较高保守性,甜菜夜蛾U6 snRNA与其他鳞翅目昆虫的系统进化关系最近。利用终浓度为LC 50的除虫菊提取物或36°C高温培养胁迫处理Se301细胞,以及SeMNPV感染甜菜夜蛾幼虫(72 h),U6 snRNA均表达稳定。研究结果可为甜菜夜蛾miRNA表达检测内参基因的选择提供依据。

摘要： 能源短缺与环境污染问题限制着人类发展,光合蓝细菌因能够利用太阳能将CO固定生成燃料和化学品而受到广泛关注。迄今为止,在光合蓝细菌中已实现近百种燃料和化学品由CO的生物合成,有望促进CO的资源化利用并助力“碳中和”。调控工程能够实现基因表达多层次调控及代谢网络的全局性调控,是提高光合蓝细菌CO固定效率的有效手段。本文首先归纳了光合蓝细菌底盘中的双组分信号转导系统、调控小RNA和σ因子等3种主要调控系统的分类、作用过程以及功能;介绍了光合蓝细菌调控系统中的调控元件功能研究,系统总结了光合蓝细菌中通过调控系统元件改造,提高底盘鲁棒性、优化产品生产所进行的调控工程;最后,讨论了光合蓝细菌中调控工程的未来研究方向,重点包括调控系统功能阐明、工具开发、多基因调控、调控系统蛋白工程改造和系统调控工程等。总之,有望通过系统调控工程,实现对光合蓝细菌底盘细胞全局代谢网络的精确调控。

摘要： 杀虫剂的频繁持续使用,必然导致昆虫产生抗药性.大量研究事例表明参与杀虫剂解毒的细胞色素P450(简称P450)过量表达是昆虫对不同类型杀虫剂产生抗性的重要原因,但目前人们对P450基因过量表达机制的认识还非常有限.近十年来,随着生命科学与相关研究技术的发展,有关昆虫P450基因表达调控机制的研究取得了实质性的进展.本文综述了这一研究领域的重要发现.除了基因重复或基因扩增导致的P450基因拷贝数增加外,P450基因在转录层面的上调表达是P450介导抗药性的普遍且重要的机制.P450基因的转录上调由顺式调控元件与反式作用因子相互作用得以实现.现已发现了几种不同类型的转录因子(CncC,CREB和核受体等)对昆虫P450表达的直接调控,也鉴定了间接调控P450表达的作用因子如G蛋白偶联受体及其下游效应子.CncC:Maf/Keapl是抗药性相关P450基因表达的重要而普遍的调控途径.越来越多的事例表明小RNA在昆虫P450的表达调控中起重要作用.现有的研究结果揭示了昆虫P450基因调控因子和信号转导通路的多样性及调控机制的复杂性.

摘要： RNA干扰(RNAi)是真核生物体内重要的基因表达调控方式之一.RNAi的一种原始的作用是帮助生物体抵抗病毒,早期的研究表明无脊椎动物可以利用RNAi抵抗病毒,但是哺乳动物是否存在这一机制一直存在争议.最新的研究发现了哺乳动物RNAi抗病毒的强有力的证据,并且研究人员认为,这是一种之前被忽视的、全新的免疫途径.值得注意的是,病毒也可以利用RNAi加强其在动物细胞中的感染和免疫逃逸.文中总体介绍了动物细胞抗病毒RNAi免疫的研究历程,综述了这一领域的主要发现,最后提出了关于这一领域尚未解决的疑问,探讨了这一途径与其他天然免疫机制的联系.病毒介导的动物细胞RNAi途径不仅是基础的生物学问题,而且对于抗病毒药物的开发有重要指导意义.

摘要： 磷是植物正常生长发育所必需的大量元素之一.由于多数土壤条件下可获得的有效磷不足,因此土壤中的磷会影响作物产量潜力的表现.了解植物对低磷胁迫或磷匮乏的响应机制是至关重要的,相关研究已经取得一系列的进展.本文回顾了植物磷匮乏条件下根系统的响应,因为外部土壤中磷的供应状态会影响根构型,评述了植物激素和磷酸酶对磷匮乏的响应,并聚焦植物适应磷匮乏的分子机制,重点总结了植物体内磷转运蛋白基因、含SPX结构蛋白基因、转录因子基因以及microRNA在植物磷匮乏中的响应.本研究可为通过培育磷高效利用作物品种来提高磷吸收和利用提供最新的发现和途径.

摘要： 小RNA是对植物生长发育十分重要的一类小分子核苷酸,在多种生命过程以及胁迫响应中发挥重要调控作用.对小RNA的定位研究有助于揭示它们的功能,而小RNA荧光原位杂交(sRNA-FISH)是一种通过荧光检测技术对生物体内小RNA进行定性或半定量分析的技术,目前该技术已经在动物体内被广泛应用,而在植物体内的应用还比较少.该文详细介绍了基于超高分辨率显微镜的sRNA-FISH的具体操作流程以及注意事项,该技术可用于探究植物组织内小RNA的表达与定位.

摘要： 小RNA为一类非编码RNA分子,在转录水平、转录后水平和翻译水平调控植物的生长发育、生物胁迫和非生物胁迫.以番茄野生型(WT),茉莉酸缺失突变体(spr2)为材料进行高通量测序,并通过生物信息学来分析根结线虫诱导的小RNA.通过与miRBase16.0中番茄已知miRNA比对,得到保守miRNA29个(WT)和26个(spr2).通过与miRBase16.0中所有物种的miRNA比对,得到WT和spr2差异表达的miRNA50个.根据miRNA前体的标志性发夹结构,预测得到新的有靶基因的miRNA45个(WT)和52个(spr2).实验也鉴定出几十万个siRNA和其他类型的小RNA.野生型和突变体中小RNA的差异性表达说明,小RNA在参与番茄对根结线虫胁迫反应中的功能差异.GO分析表明这些miRNA靶基因参与各种生物胁迫和非生物胁迫,包括与线虫的互作反应.

摘要： 小RNA为一类非编码RNA分子,在转录水平、转录后水平和翻译水平调控植物的生长发育、生物胁迫和非生物胁迫.以番茄野生型(WT),茉莉酸缺失突变体(spr2)为材料进行高通量测序,并通过生物信息学来分析根结线虫诱导的小RNA.通过与miRBase16.0中番茄已知miRNA比对,得到保守miRNA29个(WT)和26个(spr2).通过与miRBase16.0中所有物种的miRNA比对,得到WT和spr2差异表达的miRNA50个.根据miRNA前体的标志性发夹结构,预测得到新的有靶基因的miRNA45个(WT)和52个(spr2).实验也鉴定出几十万个siRNA和其他类型的小RNA.野生型和突变体中小RNA的差异性表达说明,小RNA在参与番茄对根结线虫胁迫反应中的功能差异.GO分析表明这些miRNA靶基因参与各种生物胁迫和非生物胁迫,包括与线虫的互作反应.

摘要： 小RNA为一类非编码RNA分子,在转录水平、转录后水平和翻译水平调控植物的生长发育、生物胁迫和非生物胁迫.以番茄野生型(WT),茉莉酸缺失突变体(spr2)为材料进行高通量测序,并通过生物信息学来分析根结线虫诱导的小RNA.通过与miRBase16.0中番茄已知miRNA比对,得到保守miRNA29个(WT)和26个(spr2).通过与miRBase16.0中所有物种的miRNA比对,得到WT和spr2差异表达的miRNA50个.根据miRNA前体的标志性发夹结构,预测得到新的有靶基因的miRNA45个(WT)和52个(spr2).实验也鉴定出几十万个siRNA和其他类型的小RNA.野生型和突变体中小RNA的差异性表达说明,小RNA在参与番茄对根结线虫胁迫反应中的功能差异.GO分析表明这些miRNA靶基因参与各种生物胁迫和非生物胁迫,包括与线虫的互作反应.

摘要： 小RNA为一类非编码RNA分子,在转录水平、转录后水平和翻译水平调控植物的生长发育、生物胁迫和非生物胁迫.以番茄野生型(WT),茉莉酸缺失突变体(spr2)为材料进行高通量测序,并通过生物信息学来分析根结线虫诱导的小RNA.通过与miRBase16.0中番茄已知miRNA比对,得到保守miRNA29个(WT)和26个(spr2).通过与miRBase16.0中所有物种的miRNA比对,得到WT和spr2差异表达的miRNA50个.根据miRNA前体的标志性发夹结构,预测得到新的有靶基因的miRNA45个(WT)和52个(spr2).实验也鉴定出几十万个siRNA和其他类型的小RNA.野生型和突变体中小RNA的差异性表达说明,小RNA在参与番茄对根结线虫胁迫反应中的功能差异.GO分析表明这些miRNA靶基因参与各种生物胁迫和非生物胁迫,包括与线虫的互作反应.

摘要： 本发明提供了一种食蟹猴U6基因启动子macU6，包括如SEQ ID NO：1所示的核苷酸酸序列。本发明首次在食蟹猴基因组中获得一段与U6启动子同源的序列，即macU6启动子，且具有高效的转录能力。并将其引入到多gRNA表达载体中。本发明中采用Golden Gate克隆技术和Gateway重组克隆技术相结合的方法，构建出由不同U6启动子驱动gRNA串联表达的多gRNA表达载体，该方法简单、高效、灵活、省时。同时，通过引入新的高效的macU6启动子来解决因U6启动子种类过少、U6重复出现导致的载体不稳定问题。

摘要： 本发明公开了一种长链非编码RNA lnc‑PMIF，以及lnc‑PMIF的小干扰RNA。另外，本发明还公开了该长链非编码RNA lnc‑PMIF在制备或筛选诊断人骨骼系统疾病的产品中的应用，以及小干扰RNA在制备治疗人骨骼系统疾病药物或药物组合物中的应用。本发明通过设计小干扰RNA序列，验证lnc‑PMIF的功能，证明lnc‑PMIF可以通过HuR抑制成骨细胞迁移，lnc‑PMIF序列可用于骨骼系统疾病的诊断或作为治疗靶点；设计的小干扰RNA序列可用于制备治疗骨骼系统疾病的药物及药物组合物，包括人骨质疏松、股骨头坏死、关节退行性变、脊柱侧弯以及其它骨骼系统疾病。

摘要： 本发明提供了一种食蟹猴U6基因启动子macU6，包括如SEQ ID NO：1所示的核苷酸酸序列。本发明首次在食蟹猴基因组中获得一段与U6启动子同源的序列，即macU6启动子，且具有高效的转录能力。并将其引入到多gRNA表达载体中。本发明中采用Golden Gate克隆技术和Gateway重组克隆技术相结合的方法，构建出由不同U6启动子驱动gRNA串联表达的多gRNA表达载体，该方法简单、高效、灵活、省时。同时，通过引入新的高效的macU6启动子来解决因U6启动子种类过少、U6重复出现导致的载体不稳定问题。

摘要： 本发明涉及检测小RNA或与小RNA相关的蛋白质的方法，更具体地涉及利用具有X‑Y‑Z的结构且由可与待检测的小RNA(small RNA)的全部或一部分碱基序列互补结合的碱基序列组成的单核酸来检测小RNA或与小RNA相关的蛋白质的方法。根据本发明，可快速且准确地检测小RNA(small RNA)或与上述小RNA(small RNA)相关的蛋白质，因而可有用地利用于多种疾病的诊断及预后诊断。

摘要： 制备小干扰RNA(siRNA)表达系统文库，以生产通过诱导靶基因RNA表达产物降解来沉默靶基因的siRNA的方法，包括：(i)从细胞群中分离一种或多种靶基因的RNA；(ii)从分离的RNA产生RNA片段；(iii)将RNA片段转化为dsDNA片段；和(iv)将dsDNA片段克隆到载体中以形成克隆的载体，每个载体包含一个或多个启动子和能够接受至少一个dsDNA片段插入的至少一个限制性酶位点，使得可以产生siRNA。也提供了从siRNA表达系统产生siRNA的方法以及通过使用从siRNA表达系统产生的siRNA识别用于治疗的功能性靶基因和识别RNAi治疗剂的方法。

摘要： 本发明涉及来自大豆的基因表达调节序列，具体涉及U6核小RNA基因的启动子及其片段，以及它们在植物中以组成型方式促进一种或多种异源核酸片段的表达的用途。本发明还披露了包含具有该启动子的重组构建体的组合物、多核苷酸构建体、转化的宿主细胞、转基因植物和种子，及其制备和使用方法。

摘要： 本发明提供一种新型的小RNA芯片，用于筛选和检测那些已被鉴定或预测的内源性shRNA、miRNA和/或其它类型的小RNA，和介绍专用于小RNA的寡核苷酸探针的制备以及低丰度小RNA的纯化和富集方法。该短小核苷酸捕获探针由三部分组成；第一部分为共同序列(1)，第二部分为能与成熟小RNA杂交的寡核苷酸(2)，第三段为由高CG含量组成的可形成发夹结构的无义链核苷酸(3)。样品中低丰度的小于40nt的小RNA可通过联合使用小RNA分离柱和大管径制备电泳来富集。该方法可灵敏地检测到细胞/组织中低丰度表达的小RNA分子，可用于鉴定和比较细胞分化前后小RNA的变化，以及诊断和评价肿瘤细胞的来源和分化程度。

摘要： 本发明涉及一种用于小RNA检测的探针以及用此探针检测小RNA的方法，属于小RNA的检测领域。本发明的用于检测小RNA的DNA探针组由至少两个探针组成，所述至少两个探针连接起来以后，包括所有连接点在内的一段核苷酸序列与目标小RNA分子的核苷酸序列互补。本发明的检测小RNA的方法包括将所述探针与目标小RNA杂交、在连接酶的作用下连接，最后通过凝胶电泳或者实时聚合酶链式反应等检测目标小RNA。本发明的检测小RNA的方法具有灵敏度高、动态范围大、抗干扰能力强以及廉价等优点，在与小RNA探测相关的科学实验、临床诊断等多个领域具有广阔的应用前景。

摘要： 本发明公开了一种长链非编码RNA lnc‑PMIF，以及lnc‑PMIF的小干扰RNA。另外，本发明还公开了该长链非编码RNA lnc‑PMIF在制备或筛选诊断人骨骼系统疾病的产品中的应用，以及小干扰RNA在制备治疗人骨骼系统疾病药物或药物组合物中的应用。本发明通过设计小干扰RNA序列，验证lnc‑PMIF的功能，证明lnc‑PMIF可以通过HuR抑制成骨细胞迁移，lnc‑PMIF序列可用于骨骼系统疾病的诊断或作为治疗靶点；设计的小干扰RNA序列可用于制备治疗骨骼系统疾病的药物及药物组合物，包括人骨质疏松、股骨头坏死、关节退行性变、脊柱侧弯以及其它骨骼系统疾病。

摘要： 本发明提供一种针对人巨细胞病毒长链非编码RNA4.9的小干扰RNA序列，其核苷酸序列是：5’‑TGCGTCTTGTACATAGATATA‑3’。本发明根据小干扰RNA设计原则，选择的小干扰RNA的cDNA序列GC含量为33.3％。构建针对人巨细胞病毒长链非编码RNA4.9的小干扰RNA慢病毒载体，进行慢病毒包装后感染人巨细胞病毒潜伏感染的细胞模型，能有效降低长链非编码RNA4.9的核酸水平，可应用于体内外人巨细胞病毒长链非编码RNA4.9及其调控蛋白的功能研究。