SRAP标记

摘要： 石斛属(Dendrobium Sw.)为兰科(Orchidaceae)兰亚科(Subfam.Orchidoideae)植物,在我国有着广泛的分布与应用,多用于名贵中药材和观赏植物,具有较高的经济价值。由于苛刻的生长条件加上过度的开发利用,导致野生石斛资源破坏严重,大部分种类已近枯竭,这也导致市场上出现的石斛种质混杂、真伪鉴定困难等问题亟待解决。石斛属植物遗传多样性的研究和数字指纹图谱的建立,可以为石斛的品种鉴定与分类、良种选择与保护提供理论依据,对保护药用植物生物多样性也具有十分重要的意义。以31种石斛属植物及金石斛(Flickingeria comata)为研究对象,应用SRAP-PCR分子标记技术对其开展遗传多样性分析并构建DNA指纹图谱。结果表明:利用筛选出来的15对引物进行扩增,共扩增出264个位点,其中多态性位点为251个,平均每对引物扩增出16.73个多态性位点,多态比率达95.08%,其中Me2-Em5、Me4-Em3、Me4-Em5、Me7-Em3、Me7-Ee7等5对引物的多态百分率均为100%,这些引物组合对石斛种类的鉴别效率较高;经过计算31种石斛属植物与金石斛间的观测等位基因数(N_(a))为1.784,有效等位基因数(Ne)为1.430,Nei’s基因多样性指数(H)为0.202,Shannon’s信息指数(I)为0.386,石斛种间存在较高的遗传变异度与丰富的遗传多样性水平;其遗传相似系数的变化范围为0.591~0.851,亲缘关系较近,当遗传相似性系数为0.660时,金石斛单独聚为一类,当遗传相似性系数为0.724时,可将31个石斛属植物进一步分为10组;构建DNA指纹图谱可单独鉴别出31种石斛属植物以及金石斛,为石斛遗传背景分析和快速鉴别石斛种类提供科学依据。

摘要： 以22份特早熟、6份早熟及2份中熟荔枝种质资源为材料,利用SRAP分子标记进行遗传多样性分析,探索特早熟荔枝种质资源的亲缘关系.结果表明:对182对SRAP引物组合进行筛选,获得16对多态性高、条带清晰的SRAP引物组合,共计产生扩增条带182条,其中多态性条带140条,占76.9％.材料间遗传相似系数为0.47～0.99,根据UPGMA聚类分析,在遗传相似系数0.73处可将30份荔枝样本分成4类,其中第Ⅰ类20份,占66.7％,包括绝大多数特早熟荔枝资源;第Ⅱ类4份,占13.3％,包括'妃子笑'与部分杂交早熟资源;第Ⅲ类和第Ⅳ类各3份,分别占10％.以上研究结果为特早熟荔枝种质资源发掘、评价及新品种培育提供理论参考.

摘要： 采用SRAP分子标记对6个居群不同干形云南松180份样品进行全基因组扫描,并对不同干形特有差异条带进行克隆及测序比对,预测调控干形变异的候选基因.结果显示:14对引物共扩增出584条带,多态带551条,多态带百分率为94.35％,平均每对引物扩增出41.7条带和39.4条多态带.6个居群云南松的有效等位基因数(Ne)为1.4516～1.4872,Nei's基因多样性指数(H)范围为0.2703～0.2904;2种干形云南松的有效等位基因数(Ne)介于1.3655～1.4541之间,Nei's基因多样性指数(H)变幅为0.2181～0.2687.居群间的遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.1573和2.6787,干形间的遗传分化系数(Gst)和基因流(Nm)分别为0.0087和56.7002,表明居群间、不同干形云南松间的基因交流频繁,遗传分化较小.对26条不同干形云南松之间的特有差异条带序列分析表明,过氧化氢酶(kat A基因)、核酸内切酶、糖基水解酶和AN1锌指蛋白(SAP6)等可能参与了云南松干形发育的调控.

摘要： 基于SRAP标记对半枫荷(Semiliquidambar cathayensis Chang) 17个天然种群154个样株的遗传多样性和遗传结构进行研究.结果 表明:半枫荷17个天然种群多态性条带数的均值为113.6,多态性条带百分比的均值为63.5％.半枫荷具有较高的遗传多样性水平[Nei's遗传多样性指数(H)的均值为0.2504,Shannon's多态性信息指数(I)的均值为0.3662],其中,福建连城种群的遗传多样性水平最高(H值为0.3544,I值为0.5210).半枫荷种群内遗传变异较高(贡献率75.95％),种群间遗传变异较低(贡献率24.05％),种群间基因流为1.579,遗传分化系数为0.241.综合Neighbor-joining聚类分析、UPGMA聚类分析和STRUCTURE分析结果,半枫荷17个天然种群先划分为集群Ⅰ和集群Ⅱ,集群Ⅰ进一步划分为5个亚群,其中,亚群Ⅰa包括福建的德化和连城种群以及江西的乐安和大余种群,广东平远种群单独构成亚群Ⅰb,亚群Ⅰ c包括福建的延平、沙县和清流种群,亚群Ⅰd包括福建的南靖和周宁种群,亚群Ⅰe包括福建的邵武和顺昌种群以及广西融水种群;集群Ⅱ进一步划分为2个亚群,其中,湖南江华种群单独构成亚群Ⅱa,亚群Ⅱb包括福建的长汀、永定和武平种群.Mantel检验结果显示:半枫荷种群间遗传距离和地理距离不存在显著相关性.建议结合迁地保护和就地保护对半枫荷进行保护,在福建的连城、沙县、武平和顺昌,湖南江华,广西融水以及广东平远实行就地保护的同时,尽快建立半枫荷核心种质资源库.

摘要： [目的]建立云南栘(木衣)SRAP-PCR最佳反应体系并筛选SRAP-PCR多态性引物组合.[方法]以木里、澜沧和盈江3个天然群体的云南栘(木衣)嫩叶为试验材料,采用改进后的CTAB法提取云南栘(木衣)基因组DNA.利用L16(45)的正交设计对TaqDNA聚合酶、Mg2+、dNTPs、模板DNA及引物5种因素进行优化,建立云南栘(木衣)SRAP-PCR最佳反应体系,并从100对引物组合中筛选SRAP-PCR多态性较高的引物组合.[结果]云南栘铱SRAP-PCR最佳反应体系(25 μL):TaqDNA聚合酶0.5 U,Mg2+2.5 mmol/L,dNTPs 0.25mmol/L,模板DNA 80 ng,引物0.8 μmol/L.各因素对云南栘(木衣)SRAP-PCR反应体系的影响由小到大排列为:dNTPs＜模板DNA＜TaqDNA聚合酶＜Mg2+＜引物.利用木里、澜沧和盈江3个天然群体的云南栘(木衣)基因组DNA对建立的体系进行验证,筛选出的20对引物组合共扩增出212个位点,其中多态性位点187个,占比为88.21％.[结论]建立了稳定可靠的云南栘(木衣)SRAP-PCR体系,为后续云南栘(木衣)遗传多样性的研究提供支持.

摘要： 基于序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记对秋石斛四面佛与水芙蓉的杂交后代进行鉴定,并进行遗传多样性和聚类分析.结果显示,共筛选出5对SRAP引物组合用于杂交后代真实性的鉴定,供试17个杂交后代新株系均鉴定为真杂种;5对SRAP引物组合共扩增到23个多态性条带,多态性比例为88.46％.从聚类结果可以看出,绝大多数杂交后代在亲缘关系上先倾向于母本后倾向于父本;遗传相似系数分析结果表明,杂交后代与母本间的遗传相似系数大于父本,说明供试杂交后代在遗传上更偏向于母本,与聚类结果吻合.由研究结果可以看出,所筛选的5对SRAP引物组合用于秋石斛杂交后代鉴定是可行的.

摘要： 构建山东省苹果属植物资源指纹图谱,为该地区资源保护、利用及创新奠定基础.以山东省内59份苹果属植物资源为试材,采用改良CTAB法提取基因组DNA,从15条正向引物和16条反向引物随机组合的240对SRAP引物中筛选出25对条带清晰、多态性高的引物组合用于试验.根据电泳胶图,计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率.按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)、Shannon's信息指数(I),并进行遗传多样性分析.用NTSYS-pc2.10e软件UPGMA方法进行聚类分析,并计算遗传相似性系数.采用引物对组合的方法,构建59份山东苹果资源数字指纹图谱.共检测出176个条带,其中多态性谱带158条,多态性比率达89.77％,平均每对引物组合产生7.04个条带和6.31个多态性条带.样品间平均观察等位基因数、有效等位基因数、Nei's基因多样性指数及Shannon's信息指数分别为1.8898,1.4945,0.2861及0.4302.UPGMA聚类结果表明,59份样品间的相似性系数为0.6540～0.9829,平均为0.7060.用SRAP多种引物组合方法有效区分59份苹果种质资源,并建立指纹图谱,置信概率达99.99％.选取遗传相似系数0.7010进行分类,59份供试苹果材料可以分为3大类群.第Ⅰ类群为原产山东的野生资源泰山海棠(Malushupehensis var.taishanensis),第Ⅱ类群以海棠(M.micromalus)和楸子(M.prunifolia)为主,含有少量的小果型花红,第Ⅲ类群主要以苹果(M.domestica)、花红(M.asiatica)为主,含有少量的海棠(M.micromalus)和楸子(M.prunifolia).当遗传相似系数为0.7480时,第Ⅱ类群、第Ⅲ类群又分别可以划分出若干小的类群,苹果(M.domestica)聚在一起,中国绵苹果(M.domesticasubsp.chinesis)、大部分的花红(M.asiatica)聚在一起,大部分的海棠(M.micromalus)与楸子(M.prunifolia)交互聚在一起,聚类结果总体上与形态学分类标准相一致.

摘要： 为快速有效地鉴定苜蓿属(Medicago)在内蒙古地区种植较广泛的10个品种,为后续研究奠定基础.本试验利用SRAP(Sequence Related Amplified Polymorphism)标记初步建立了10个苜蓿品种的指纹图谱,并分析了其中3个苜蓿品种的遗传多样性.试验结果表明,SRAP标记FR12,FR14,FR16,FR18,FR21引物组合在10个苜蓿品种中的多态性较好;利用SRAP标记FR6和FR21组合、FR21和FR17组合,制作出2套指纹图谱,均可有效鉴定出10个苜蓿品种.通过对'呼伦贝尔'黄花苜蓿、'草原3号'杂花苜蓿、'敖汉'苜蓿的遗传多样性进行分析,得到这3个苜蓿品种的平均Nei′s遗传多样性指数H和平均Shannon′s信息指数I变化规律均一致,且不同产地和利用年限的2份'草原3号'杂花苜蓿材料的遗传多样性指数达到显著差异(P<0.05);表明杂花苜蓿的遗传变异程度较大,多样性水平较高.本研究构建了2套苜蓿指纹图谱,有利于从分子水平鉴定不同苜蓿种质资源,同时苜蓿3个种的遗传多样性变异分析可为合理利用苜蓿种质资源和推广应用提供理论参考价值.

摘要： 以红叶大头菜胞质不育系J-37及其保持系J-38为材料,进行SRAP分析,共筛选了100对SRAP引物,对两份材料进行了多态性扩增.100对引物中,引物组合A9613得到1个与育性相关SRAP分子标记.表明该SRAP标记技术可用于芥菜辅助育种,从而为芥菜菜胞质不育相关基因的表达提供科学依据.

摘要： 以红叶大头菜胞质不育系J-37及其保持系J-38为材料,进行SRAP分析,共筛选了100对SRAP引物,对两份材料进行了多态性扩增.100对引物中,引物组合A9613得到1个与育性相关SRAP分子标记.表明该SRAP标记技术可用于芥菜辅助育种,从而为芥菜菜胞质不育相关基因的表达提供科学依据.

摘要： 以红叶大头菜胞质不育系J-37及其保持系J-38为材料,进行SRAP分析,共筛选了100对SRAP引物,对两份材料进行了多态性扩增.100对引物中,引物组合A9613得到1个与育性相关SRAP分子标记.表明该SRAP标记技术可用于芥菜辅助育种,从而为芥菜菜胞质不育相关基因的表达提供科学依据.

摘要： 以红叶大头菜胞质不育系J-37及其保持系J-38为材料,进行SRAP分析,共筛选了100对SRAP引物,对两份材料进行了多态性扩增.100对引物中,引物组合A9613得到1个与育性相关SRAP分子标记.表明该SRAP标记技术可用于芥菜辅助育种,从而为芥菜菜胞质不育相关基因的表达提供科学依据.

摘要： 以红安久(Pyrus communis L.cv.D′Anjou)放任授粉的杂交F1代共150个单株为试材,采用分离群体分组分析法(bulked segregate analysis,BSA)构建梨红色果皮和非红色果皮两个基因池,应用SRAP标记的12条正向引物和12条反向引物组合成共计144对引物在两基因池间进行筛选,获得了一个与控制梨红色果皮性状基因连锁距离为3.6cM的SRAP标记Me06Em08.这一研究结果为梨红色果皮性状的分子标记辅助选择提供了依据.

摘要： 以红安久(Pyrus communis L.cv.D′Anjou)放任授粉的杂交F1代共150个单株为试材,采用分离群体分组分析法(bulked segregate analysis,BSA)构建梨红色果皮和非红色果皮两个基因池,应用SRAP标记的12条正向引物和12条反向引物组合成共计144对引物在两基因池间进行筛选,获得了一个与控制梨红色果皮性状基因连锁距离为3.6cM的SRAP标记Me06Em08.这一研究结果为梨红色果皮性状的分子标记辅助选择提供了依据.

摘要： 以红安久(Pyrus communis L.cv.D′Anjou)放任授粉的杂交F1代共150个单株为试材,采用分离群体分组分析法(bulked segregate analysis,BSA)构建梨红色果皮和非红色果皮两个基因池,应用SRAP标记的12条正向引物和12条反向引物组合成共计144对引物在两基因池间进行筛选,获得了一个与控制梨红色果皮性状基因连锁距离为3.6cM的SRAP标记Me06Em08.这一研究结果为梨红色果皮性状的分子标记辅助选择提供了依据.

摘要： 本研究利用SRAP标记技术对140个鸭茅杂交种单株及其亲本（01996、YA02-103） DNA进行扩增，分析杂交种与其亲本间扩增谱带的多态性，以鉴别真假杂种，并结合形态标记对杂交后代的遗传变异进行分析。从192对SRAP引物中筛选出64对引物在杂交种和双亲间存在扩增多态性，多态性百分比为33.33%。利用能扩增出父本特征带的引物鉴定了140个杂交种，其中106个具有父本的特征带，可鉴定为真杂交种。选择16对多态性引物对亲本和106个真杂交种进行扩增，获得151条条带，其中多态性条带71条，平均每对引物扩增出4条多态带，多态性位点百分比为47.24%。研究结果表明SRAP用于鸭茅杂交种鉴定及多态性分析是可行的。

摘要： 本研究利用SRAP标记技术对140个鸭茅杂交种单株及其亲本（01996、YA02-103） DNA进行扩增，分析杂交种与其亲本间扩增谱带的多态性，以鉴别真假杂种，并结合形态标记对杂交后代的遗传变异进行分析。从192对SRAP引物中筛选出64对引物在杂交种和双亲间存在扩增多态性，多态性百分比为33.33%。利用能扩增出父本特征带的引物鉴定了140个杂交种，其中106个具有父本的特征带，可鉴定为真杂交种。选择16对多态性引物对亲本和106个真杂交种进行扩增，获得151条条带，其中多态性条带71条，平均每对引物扩增出4条多态带，多态性位点百分比为47.24%。研究结果表明SRAP用于鸭茅杂交种鉴定及多态性分析是可行的。

摘要： 本研究利用SRAP标记技术对140个鸭茅杂交种单株及其亲本（01996、YA02-103） DNA进行扩增，分析杂交种与其亲本间扩增谱带的多态性，以鉴别真假杂种，并结合形态标记对杂交后代的遗传变异进行分析。从192对SRAP引物中筛选出64对引物在杂交种和双亲间存在扩增多态性，多态性百分比为33.33%。利用能扩增出父本特征带的引物鉴定了140个杂交种，其中106个具有父本的特征带，可鉴定为真杂交种。选择16对多态性引物对亲本和106个真杂交种进行扩增，获得151条条带，其中多态性条带71条，平均每对引物扩增出4条多态带，多态性位点百分比为47.24%。研究结果表明SRAP用于鸭茅杂交种鉴定及多态性分析是可行的。

摘要： 本发明公开了一种香蕉枯萎病抗性相关的SRAP分子标记及其检测方法和应用。所述SRAP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示，分别具有813bp和400bp。所述检测鉴定香蕉枯萎病抗性的方法，是以待测香蕉样品DNA为模板，采用SRAP分子标记检测引物进行PCR扩增反应并检测扩增产物，若扩增出813bp或400bp的特异性条带则表明待测香蕉样品不具有蕉枯萎病抗性，为香蕉枯萎病感病品种；反之则表明待测香蕉样品具有蕉枯萎病抗性，为香蕉枯萎病抗性品种。本发明提供的SRAP分子标记，为香蕉抗病新品种选育提供分子辅助技术，进一步可用于以香蕉组培苗、香蕉田间变异株系以及物理化学诱变后代等为筛选群体的香蕉新品种(系)的辅助筛选。

摘要： 本发明公开了一种基于SRAP标记的草果种质资源遗传多样性分析方法，其中，SRAP标记引物对选自me1‑em11、me1‑em12、me1‑em15、me2‑em11、me2‑em12、me5‑em5、me5‑em6、me6‑em2、me6‑em5、me6‑em14、me9‑em6或me9‑em11中任一对。SRAP‑PCR反应体系如下：每25μL的反应体系中含有不含Mg2+的10×PCR buffer 3.0μL、Taq酶1U、Mg2+1.5mmol/L、dNTP 0.25mmol/L、引物0.2μmol/L和模板DNA 30ng。本发明为后续的科学研究提供很好的技术指导和理论支持。

摘要： 本发明提供了一种用于重楼资源遗传多样性分析的SRAP分子标记引物组合和分析方法，涉及分子生物学DNA标记技术与应用技术领域。本发明所述用于重楼遗传多样性分析的SRAP分子标记引物组合，包括以下7对引物：me2‑em10、me3‑em5、me3‑em7、me3‑em9、me3‑em10、me4‑em1和me4‑em4。利用本发明提供的方法能够加快重楼资源的鉴定速度，缩短试验时间，结果稳定可靠，弥补了传统形态学鉴定方法实验误差较大的不足。

摘要： 本发明提供了鉴定大口黑鲈美国北方亚种和优鲈3号亲本的SRAP分子标记及其应用，属于水产杂交品种选育技术领域。本发明利用特异性引物对Me6/Em5可以在大口黑鲈美国北方亚种中扩增出一条长度约为800bp的特异性条带，而优鲈3号中不存在相应条带。这表明该特异性条带可以作为SRAP分子标记较为准确、快捷地区分出大口黑鲈美国北方亚种与大口黑鲈优鲈3号，且具有操作简便，检测结果准确可靠，对鱼头伤害小的特点。

摘要： 本发明提供了一种利用SRAP分子标记快速鉴别芦笋品种的方法，属于蔬菜作物遗传育种技术领域。本方法筛选了3对核心SRAP引物，并提供一套适用于聚丙烯酰胺凝胶电泳检测所述SRAP分子标记的方法。该方法包括：提取芦笋基因组DNA、引物组合筛选、聚丙烯酰胺凝胶电泳检测分析、建立芦笋数字指纹图谱和品种鉴定图谱等步骤。本方法重复性好、位点特异性强，具有高效准确、节约成本、操作简单、重现性好的特点，有效克服了表型鉴定准确度低、周期长的缺点，为进一步鉴别大量芦笋品种资源提供了重要基础，应用前景十分广阔。

摘要： 一种基于SRAP分子标记构建紫苏核心种质资源库的方法，属于紫苏属种质资源的遗传多样性评价和核心种质的构建技术领域。所述方法包括如下步骤：筛选出100份紫苏品种材料，栽植在花盆中，取幼苗植株叶片为试验材料，提取每个品种的总DNA，用1％琼脂糖凝胶电泳检测各品种总DNA纯度及其完整性，用紫外分光光度计测定各品种总DNA在260nm和280nm处的吸光值，确定DNA的纯度及浓度，于‑20°C保存备用；使用总DNA进行SRAP‑PCR扩增，扩增产物用6％的聚丙烯酰胺凝胶电泳分离。本发明利用SRAP标记技术对100份紫苏属种质资源构建指纹图谱，编制紫苏属分子检索表，进行核心种质构建，揭示紫苏属种和栽培品种之间的亲缘关系，建立科学的分类体系，并对其进行遗传多样性评价。

摘要： 本发明涉及鉴定江黄颡鱼和瓦氏黄颡鱼及其杂交子一代的SRAP分子标记、试剂盒和鉴定方法及应用，属于水产养殖的杂交品种选育技术领域。本发明所述SRAP分子标记的扩增用引物为：核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示的正向引物Me3和核苷酸序列如SEQ ID NO.2所示的反向引物Em3。本发明提供的分子标记，能够较为简单、准确地区分出江黄颡鱼、瓦氏黄颡鱼与其杂交子一代黄颡鱼，从而增加亲本选育与苗种培育效果。

摘要： 本发明提供一种用于锡叶藤遗传多样性分析的SRAP分子标记方法，属于分子生物学技术领域。该方法建立了锡叶藤SRAP分子标记引物体系，所述的引物体系包含9个特异性的引物对，再利用引物体系对锡叶藤样品进行SRAP‑PCR反应扩增，根据DNA随机扩增结果，计算遗传相似度，遗传距离、聚类分析，构建聚类图。本发明运用筛选的引物得到的扩增片段重复性好且条带清晰，表现出较高的多态性，同时，利用SRAP分子标记引物体系对锡叶藤进行聚类分析，为锡叶藤品种鉴定以及遗传多样性分析建立了新的方法，为锡叶藤资源鉴定、遗传多样性分析等科学研究提供技术指导和理论支持。

摘要： 本发明公开了一种香蕉枯萎病抗性相关的SRAP分子标记及其检测方法和应用。所述SRAP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO:1或SEQ ID NO:2所示，分别具有813bp和400bp。所述检测鉴定香蕉枯萎病抗性的方法，是以待测香蕉样品DNA为模板，采用SRAP分子标记检测引物进行PCR扩增反应并检测扩增产物，若扩增出813bp或400bp的特异性条带则表明待测香蕉样品不具有蕉枯萎病抗性，为香蕉枯萎病感病品种；反之则表明待测香蕉样品具有蕉枯萎病抗性，为香蕉枯萎病抗性品种。本发明提供的SRAP分子标记，为香蕉抗病新品种选育提供分子辅助技术，进一步可用于以香蕉组培苗、香蕉田间变异株系以及物理化学诱变后代等为筛选群体的香蕉新品种(系)的辅助筛选。

摘要： 本发明提供了一种用于重楼资源遗传多样性分析的SRAP分子标记引物组合和分析方法，涉及分子生物学DNA标记技术与应用技术领域。本发明所述用于重楼遗传多样性分析的SRAP分子标记引物组合，包括以下7对引物：me2‑em10、me3‑em5、me3‑em7、me3‑em9、me3‑em10、me4‑em1和me4‑em4。利用本发明提供的方法能够加快重楼资源的鉴定速度，缩短试验时间，结果稳定可靠，弥补了传统形态学鉴定方法实验误差较大的不足。