利用SRAP标记构建山东省苹果资源指纹图谱

摘要

构建山东省苹果属植物资源指纹图谱,为该地区资源保护、利用及创新奠定基础.以山东省内59份苹果属植物资源为试材,采用改良CTAB法提取基因组DNA,从15条正向引物和16条反向引物随机组合的240对SRAP引物中筛选出25对条带清晰、多态性高的引物组合用于试验.根据电泳胶图,计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率.按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)、Shannon's信息指数(I),并进行遗传多样性分析.用NTSYS-pc2.10e软件UPGMA方法进行聚类分析,并计算遗传相似性系数.采用引物对组合的方法,构建59份山东苹果资源数字指纹图谱.共检测出176个条带,其中多态性谱带158条,多态性比率达89.77％,平均每对引物组合产生7.04个条带和6.31个多态性条带.样品间平均观察等位基因数、有效等位基因数、Nei's基因多样性指数及Shannon's信息指数分别为1.8898,1.4945,0.2861及0.4302.UPGMA聚类结果表明,59份样品间的相似性系数为0.6540～0.9829,平均为0.7060.用SRAP多种引物组合方法有效区分59份苹果种质资源,并建立指纹图谱,置信概率达99.99％.选取遗传相似系数0.7010进行分类,59份供试苹果材料可以分为3大类群.第Ⅰ类群为原产山东的野生资源泰山海棠(Malushupehensis var.taishanensis),第Ⅱ类群以海棠(M.micromalus)和楸子(M.prunifolia)为主,含有少量的小果型花红,第Ⅲ类群主要以苹果(M.domestica)、花红(M.asiatica)为主,含有少量的海棠(M.micromalus)和楸子(M.prunifolia).当遗传相似系数为0.7480时,第Ⅱ类群、第Ⅲ类群又分别可以划分出若干小的类群,苹果(M.domestica)聚在一起,中国绵苹果(M.domesticasubsp.chinesis)、大部分的花红(M.asiatica)聚在一起,大部分的海棠(M.micromalus)与楸子(M.prunifolia)交互聚在一起,聚类结果总体上与形态学分类标准相一致.