Biolog

摘要： 【目的】揭示玉米大豆间作体系种间互作下根际微生物群落功能和结构的变化。【方法】通过玉米间作大豆田间小区试验,采用BIOLOG和高通量测序技术对玉米抽雄期(大豆花荚期)的根际微生物群落进行功能和结构解析。【结果】(1)大豆根际微生物群落碳源代谢功能多样性高于玉米。与各自单作相比,间作玉米Shannon指数显著提高3.5%(P0.05);物种多样性和遗传多样性变化不显著(P>0.05);玉米和大豆的根际细菌群落均出现新种属,菌种组成趋同与变异共存。(3)与单作相比,玉米大豆间作体系中根际装甲菌门(Armatimonadetes)的相对丰度显著增加(P0.05)。受玉米大豆互作影响,酸杆菌门(Acidobacteria)的相对丰度由差异不显著(P>0.05)变为显著(P0.05)。【结论】玉米间作大豆改变玉米和大豆的根际微生物群落功能和结构,趋同与趋异共存,以趋同性为主。

摘要： 采用稻/稗共培抑草圈土壤盆栽法研究化感水稻PI312777和非化感水稻Lemont与稗草共培下水稻化感潜力、根际土壤酶活性及土壤微生物群落的变化.结果表明,化感水稻PI312777显著抑制12 cm处稗草的生长,PI312777根际土壤过氧化物酶和蔗糖酶活性高于Lemont,稗草根际土壤的蔗糖酶、脲酶活性降低;PI312777根际土壤微生物对氨基酸类、糖类和酚酸类碳源的利用程度显著高于Lemont,稗草根际土壤微生物对氨基酸类、多聚物类、酚酸类、羧酸类的利用率显著下降.相关性分析表明,水稻对稗草的抑制率与水稻根际土壤的过氧化物酶和蔗糖酶活性显著负相关,与水稻根际土壤微生物对羧酸类、多聚物类和酚酸类碳源的利用率相关,与稗草根际土壤微生物对氨基酸类和酚酸类碳源的利用率相关.水稻对稗草的化感作用与供体和受体植株根际的土壤酶活性和土壤微生物种群变化密切相关,对水稻化感作用的微生态起重要的调节作用.

摘要： 高地芽孢杆菌(Bacillus altitudinis)是烟叶发酵的优势菌之一。通过优化碳源提高高地芽孢杆菌菌株YC-9的生长量和芽孢产量:首先利用Biolog GenⅢ板测定菌株YC-9对71种碳源的代谢特征,然后采用全自动生长曲线仪分析不同碳源对芽孢生物量、生长周期及产孢率的影响,并通过摇瓶发酵确定最佳的产孢条件。结果表明,菌株YC-9可以较好地利用17种碳源,其中4种碳源可以同时促进其生长和产芽孢;在摇瓶水平上使菌株YC-9芽孢产量较多的碳源为L-苹果酸和α-D-葡萄糖,使其芽孢率最高的碳源为葡萄糖+肌苷,培养24 h芽孢总量为3.90×10^(7)cfu·mL^(-1),芽孢率高达60.47%,比以葡萄糖为单一碳源时的芽孢率高约2倍。优化碳源可以显著提高高地芽孢杆菌菌株YC-9的生长、产芽孢率和产芽孢量。

摘要： 为了探究铀污染对农田土壤微生态的短期影响,本研究考察了4种参与土壤关键过程的酶活性(β-葡糖苷酶、脲酶、磷酸酶和芳基硫酸酯酶),并通过Biolog EcoPlate技术分析了微生物代谢活性、碳利用能力和多样性在短期(3 d、13 d、20 d)铀处理(0 mg/kg、50 mg/kg、200 mg/kg、500 mg/kg)下的变化。结果表明:除脲酶外,铀污染抑制了其他3种土壤酶的活性,尤其是磷酸酶在20 d U500处理组中酶活性降低了75.9%;微生物代谢活性也受到了铀污染的抑制作用,但随处理时间的延长抑制效果表现出下降趋势;微生物对Eco板中的6大类碳源的利用能力均表现抑制作用,但微生物对氨基酸、碳水化合物和多聚物类碳源的利用能力在U50处理组中与时间呈正相关;通过多样性指数和PCA分析发现,微生物多样性随铀污染的影响不大。因此,铀污染会抑制农田土壤微生物的代谢活动,尤其是碳、磷、硫的循环过程,这也为农田土壤铀污染的生态修复工作提供了一个方向。

摘要： 作为全球气候变化主要因子,大气CO_(2)浓度升高以植物为媒介间接影响土壤微生物代谢功能,进而影响由土壤微生物参与的土壤养分循环过程和土壤碳库的平衡。本研究以不同年代培育的大豆品种:‘小黄金’(XH)、‘牡丰5号’(MF)、‘绥农14号’(SN)和‘东生1号’(DS)为试验材料,采用开顶式气室(OTC)模拟21世纪中叶大气CO_(2)浓度(550 mol∙L−1)升高条件(EC),并以正常大气CO_(2)浓度为对照(CK),通过BIOLOG方法,解析了大气CO_(2)浓度升高条件下大豆根际土壤微生物对不同碳源利用的特征。结果表明,不同大豆品种根际土壤微生物群落碳源代谢特征不同,单孔平均颜色变化率(AWCD)总体趋势表现为MF>SN>DS>XH。微生物功能多样性指数和主成分分析结果显示,大气CO_(2)浓度升高对不同大豆品种根际微生物碳源代谢特征的影响不一致,其中XH、MF和DS的根际微生物功能受大气CO_(2)浓度升高影响不显著,而SN的根际微生物功能受大气CO_(2)浓度升高影响显著;主成分贡献率结果表明,SN的EC碳源变化与主成分1中正相关的碳源种类相关性较强,而CK的碳源变化与主成分1中负相关的碳源种类相关性较强,其中L-精氨酸和2-羟基苯甲酸为不利于植物生长的碳源类型,未来大气CO_(2)浓度升高是否会增加有害/有益根系分泌物的释放有待通过田间原位试验进一步佐证。综上,未来大气CO_(2)浓度升高对大豆根际微生物碳源代谢功能的影响与大豆品种有关,同时,大豆品种和大气CO_(2)升高及其交互作用显著影响部分碳源的代谢。

摘要： 西北农林科技大学植物保护学院/旱区作物逆境生物学国家重点实验室联合陕西省微生物研究所从云南省腾冲市温泉中筛选到1株对白菜软腐病病原菌具有较好拮抗作用的菌株SWL-W8,对该菌株进行了鉴定和抑菌活性测试,并研究了其对白菜软腐病的防治效果。结果显示:通过菌株形态、BIOLOG及16SrDNA鉴定SWL-W8菌株为埃吉类芽孢杆菌,并发现该菌株对多种病原菌有较好的抑制效果。

摘要： 通过同质园试验,采用Biolog技术比较黄顶菊(Flaveria bidentis)定植不同时间(5年、7年、9年)其与狗尾草根际土壤微生物对碳源的利用能力,分析其功能多样性的变化.结果表明:定植不同时间,黄顶菊与本地植物狗尾草混合种植小区(简称F+S处理)的平均颜色变化率都高于黄顶菊单一种植小区(简称F处理);与其他处理相比,F+S处理的均匀度指数U较高;随着定植时间的延长,F+S处理的均匀度指数U显著增加;F处理的优势度指数D显著增加,其均匀度指数U逐渐下降,并在定植9年时显著小于狗尾草单一种植小区(简称S处理);与其他处理相比,F+S处理促进了土壤微生物对脂类、糖类和氨基酸的吸收,与定植5年和7年相比,定植9年F+S处理的土壤微生物对脂类的利用能力显著提高,对糖类利用能力显著降低.由此可知,黄顶菊入侵后定植不同时间对土壤微生物的功能产生了影响.因此,探究外来植物根际土壤微生物功能随时间变化的一般规律,有助于进一步揭示外来植物的入侵机制.

摘要： 微生物生态研究中,对微生物群落结构、群落特征以及其与环境因素的关系的揭示,一直受到广泛关注;适当的数据分析方法有助于更清晰地刻画微生物群落结构特征,明确其与环境因素的关系.结合实例,对微生物生态研究中基于BIOLOG微平板技术的数据分析方法进行梳理,分别介绍数据读取整理、特征指数计算、非限制性排序、限制性排序、聚类分析、环境向量拟合、蒙特尔检验等常用数据操作及生态分析方法;针对不同方法结论,结合研究目标和生态理论给出具有统计学意义的解释,并评价不同方法特点及适用场景;分析过程以R语言实现,并提供全部代码.结果表明,BIOLOG方法产生数据能从多个角度表征微生物群落功能特征,并结合环境指标梯度进行分析;但BIOLOG数据可能不满足正态性分布,在基于正态分布的分析前应提前进行检验;排序分析时应慎用主成分分析,可优先采用其他基于距离矩阵的排序方法;R语言能够简化BIOLOG数据读取及操作,易于完成各类统计分析.本研究能够对微生物生态研究者科学选择应用统计分析方法、提高数据处理效率提供直接参考.

摘要： 土壤微生物群落是土壤质量潜在的生态指标,在维持生态系统功能和服务中起着关键的作用.采用Biolog-ECO微平板法,探讨氮磷添加与不同栽植密度交互对大叶相思林(Acacia auriculiformis)土壤微生物功能多样性的影响,以便为建立合理的林分密度和氮磷施肥模式,提高土壤质量提供理论参考.以大叶相思林为研究对象,选择氯化铵(NH4Cl)作为氮肥模拟大气氮沉降,用二水合磷酸二氢钠(NaH2PO4·2H2O)进行磷添加.氮磷处理设置4个水平,即CK、施N、施P和施N+P.种植密度设置4个水平,即1667、2500、4444、10000株/hm2(分别以低密度、中密度、较高密度、高密度表示).研究结果表明,施P显著提高了4个密度大叶相思林土壤微生物的AWCD值、碳源利用丰富度指数、McIntosh指数、Shannon指数和Simpson指数,而施N和N+P则相反.随着林分密度的减小,各处理的土壤微生物AWCD值趋于减少.通常低密度林分的土壤微生物的丰富度指数、Shannon-Wiener指数、McIntosh指数和Simpson指数较小.

摘要： 根据现有细菌分类鉴定方法,采用血清学、Biolog、16 S rRNA序列分析和全基因组序列分析等方法对羊败血性链球菌病疫苗生产检验用菌种CVCC 553、55001和55002进行系统鉴定.结果显示,菌种CVCC 553、55001和55002血清群为兰氏C群;Biolog鉴定为马链球菌反刍亚种;16 S rRNA序列分析与马链球菌反刍亚种模式菌株CECT 5772的同源性最高(均为99.72％),且在系统发育树中位于同一分支;与马链球菌反刍亚种模式菌株CCUG 47520的DNA-DNA的杂交值大于70％,分别为80.5％、80.2％、80.5％,与马链球菌反刍亚种模式菌株CECT 5772的平均核苷酸同源性分别为97.73％、97.64％、97.77％.因此本研究认为羊败血性链球菌病疫苗生产用菌种CVCC 553、55001和55002应为马链球菌反刍亚种.

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 运用脱羧酶培养基从冷藏鸡肉中分离出一株产生紫色晕圈的细菌C5，利用其生化特性及16S rRNA基因序列对这株菌进行鉴定。用薄层层析法定性测定该菌的产生物胺能力，然后，将该菌置于36°C下脱羧酶液体培养基中生长24和48 h，用高效液相色谱法(HPLC)定量测定其产生物胺的能力。经鉴定，该菌与Kurthia gibsonll的相似性为99％，且能产生尸胺，腐胺，酪胺，组胺。并测的其产尸胺的能力最强，在24 h时达2689.75μg/mL，其次是腐胺和组胺，在24h分别达746.88μg/mL、603.75μg/mL，酪胺最少，24 h时产量为61.16μg/mL;48 h后四种生物胺的产量均相应减少。结果表明，Kurthia gibsonll对鸡肉产品的安全可能造成隐患。

摘要： 采用改良MRS培养基从蒙牛冠益乳酸奶中选择性分离得到2种乳酸菌，经形态学观察区分初步确定目标菌株BB-12，该菌株符合双歧杆菌属特征描述.通过Biolog微生物自动鉴定系统鉴定、16s rDNA序列分析、atpD基因序列分析，多相鉴定表明：菌株BB-12为动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis).系统发育学分析表明：atpD基因序列比16s rDNA序列在动物双歧杆菌亚种水平鉴定上有更好的分辨率.

摘要： 采用改良MRS培养基从蒙牛冠益乳酸奶中选择性分离得到2种乳酸菌，经形态学观察区分初步确定目标菌株BB-12，该菌株符合双歧杆菌属特征描述.通过Biolog微生物自动鉴定系统鉴定、16s rDNA序列分析、atpD基因序列分析，多相鉴定表明：菌株BB-12为动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis).系统发育学分析表明：atpD基因序列比16s rDNA序列在动物双歧杆菌亚种水平鉴定上有更好的分辨率.

摘要： 采用改良MRS培养基从蒙牛冠益乳酸奶中选择性分离得到2种乳酸菌，经形态学观察区分初步确定目标菌株BB-12，该菌株符合双歧杆菌属特征描述.通过Biolog微生物自动鉴定系统鉴定、16s rDNA序列分析、atpD基因序列分析，多相鉴定表明：菌株BB-12为动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis).系统发育学分析表明：atpD基因序列比16s rDNA序列在动物双歧杆菌亚种水平鉴定上有更好的分辨率.

摘要： 采用改良MRS培养基从蒙牛冠益乳酸奶中选择性分离得到2种乳酸菌，经形态学观察区分初步确定目标菌株BB-12，该菌株符合双歧杆菌属特征描述.通过Biolog微生物自动鉴定系统鉴定、16s rDNA序列分析、atpD基因序列分析，多相鉴定表明：菌株BB-12为动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis).系统发育学分析表明：atpD基因序列比16s rDNA序列在动物双歧杆菌亚种水平鉴定上有更好的分辨率.

摘要： 采用改良MRS培养基从蒙牛冠益乳酸奶中选择性分离得到2种乳酸菌，经形态学观察区分初步确定目标菌株BB-12，该菌株符合双歧杆菌属特征描述.通过Biolog微生物自动鉴定系统鉴定、16s rDNA序列分析、atpD基因序列分析，多相鉴定表明：菌株BB-12为动物双歧杆菌乳亚种(Bifidobacterium animalis subsp.lactis).系统发育学分析表明：atpD基因序列比16s rDNA序列在动物双歧杆菌亚种水平鉴定上有更好的分辨率.

摘要： 本发明提供的是一种基于Biolog Eco微平板进行轻度盐渍土壤造林树种选择的方法。主要包括：(1)采集不同造林树种根际土壤样品；(2)进行Biolog Eco微平板实验，绘制平均吸光值(AWCD)曲线；(3)测定不同造林树种根际土壤样品环境指标；(4)RDA/CCA排序分析。本发明提供了一种基于Biolog Eco微平板进行轻度盐渍土壤造林树种选择的方法，该方法是一种快捷、敏感的造林树种选择的方法。解决了传统方法工作量大、周期长、资金投入大等问题，弥补了相关的理论空白，从而为轻度盐渍土壤改良利用奠定了基础。

摘要： 基于Biolog微平板及微量热法判断可提高土壤微生物活性碳源因子的方法，步骤为：采集不同施肥处理（不施肥、施用无机肥、施用有机肥）的土壤样品；进行Biolog Eco微平板实验，对Biolog的平均吸光值（AWCD）进行主成分分析，区分引起分异的碳源因子；进行微量热实验，区分不同施肥处理对土壤微生物热代谢活性的影响；将引起分异的碳源分别加入不施肥的对照组土壤中，研究不同碳源对土壤微生物热代谢活性的影响,从而判断可提高土壤微生物活性碳源因子的方法。

摘要： 一种用于Biolog微平板分析的单一碳源提取方法，它属于微生物群落功能多样性分析领域。本发明解决了现有方法中微生物对单一碳源利用情况的统计分析结果与实际存在偏差的问题。本发明根据每个培养周期结束后测量的微孔内光密度值，来分别获得对各种碳源的累积利用强度，采用本发明方法对微生物群落功能多样性的变化情况进行分析，能直观地表征Biolog微平板中31种碳源的代谢利用情况，使所获得的微生物对单一碳源利用情况的分析结果与实际结果相符，解决了在现有方法中，微生物对单一碳源利用情况的统计分析结果与实际存在偏差的问题，提高了微生物群落功能多样性分析的准确性和科学性。本发明可以应用于微生物群落功能多样性分析。

摘要： 本发明提供一种高通量测序与Biolog法相结合分析山地土壤真菌物种与碳代谢关系的方法。该方法使用高通量测序技术阐明了高分辨率的真菌物种属水平组成，使用Biolog方法分析了微生物群落对六类碳源的利用率，再利用秩次分析法阐明真菌属水平下物种组成与六类碳源的相关性。通过以上分析，直观的反映出真菌属水平下优势物种组成对各类碳源代谢能力的差异，明确特定区域中真菌属水平下优势物种组成和碳源代谢之间的相互关系。为山地土壤生态系统的良性循环和合理使用提供依据。

摘要： 基于Biolog技术的邻苯二甲酸酯类降解功能菌群的筛选方法，涉及一种降解功能菌群的筛选方法，包括选取含有PAEs降解功能菌群的环境介质作为菌源；将上述菌源制成菌悬液，接种于驯化培养基中进行培养；Biolog生态板接种和培养，确定能够被菌群利用的优势碳源；按C:N=25:1分别配制含不同优势碳源的驯化培养基；检测菌群对PAEs的降解能力变化，筛选出使菌群保持最高降解能力的培养方案；在培养过程中检测菌群的PAEs降解功能和菌群结构特征，若在连续2代培养过程中，菌群对PAEs的降解能力和菌种组成稳定，则获得了PAEs降解功能菌群。本发明方法得到的PAEs降解功能菌群能够保持多种菌间的协同作用，具有较高的降解效率。

摘要： 一种基于BioLog微平板的原生奶嗜冷菌的快速检测方法，其包括以下工艺步骤：1）原生奶嗜冷菌的分离纯化；2）Biolog快速鉴定法的菌悬液的制备；3）Biolog快速鉴定法的加样和培养；4）通过Biolog微生物鉴定，自动和数据库对比，确定该原生奶嗜冷菌的种属。本发明建立嗜冷菌的BioLog微生物鉴定方法，有助于快速和准确鉴定当地嗜冷菌种类和分布规律，从而采取对应的措施来控制产品的质量。本发明不仅有助于为生产健康、安全、营养的乳制品提供一定的技术支持与工艺参考，而且有助于乳业的健康发展与长足进步，使现代生物技术促对传统嗜冷菌的鉴定方法手段和方法得到快速发展。

摘要： 本发明提供的是一种基于Biolog Eco微平板进行轻度盐渍土壤造林树种选择的方法。主要包括：(1)采集不同造林树种根际土壤样品；(2)进行Biolog Eco微平板实验，绘制平均吸光值(AWCD)曲线；(3)测定不同造林树种根际土壤样品环境指标；(4)RDA/CCA排序分析。本发明提供了一种基于Biolog Eco微平板进行轻度盐渍土壤造林树种选择的方法，该方法是一种快捷、敏感的造林树种选择的方法。解决了传统方法工作量大、周期长、资金投入大等问题，弥补了相关的理论空白，从而为轻度盐渍土壤改良利用奠定了基础。

摘要： 基于Biolog微平板及微量热法判断可提高土壤微生物活性碳源因子的方法，步骤为：采集不同施肥处理（不施肥、施用无机肥、施用有机肥）的土壤样品；进行Biolog Eco微平板实验，对Biolog的平均吸光值（AWCD）进行主成分分析，区分引起分异的碳源因子；进行微量热实验，区分不同施肥处理对土壤微生物热代谢活性的影响；将引起分异的碳源分别加入不施肥的对照组土壤中，研究不同碳源对土壤微生物热代谢活性的影响,从而判断可提高土壤微生物活性碳源因子的方法。

摘要： 本发明公开了一种应用于转基因作物根际土壤微生态安全性评价的Biolog ECO微平板技术，包括以下步骤：1)收集不同生育期的转基因作物、非转基因亲本作物根际土壤样品；2)进行Biolog ECO实验；3)平均吸光度AWCD及多样性指数的计算；4)主成分PCA分析。本发明技术可用于评价转基因作物对根际土壤微生物群落功能的影响，并由此评价转基因作物对根际土壤微生态系统的潜在安全风险。