微生物群落

摘要： 本文探讨了土壤微生物对马铃薯连作的响应,旨在揭示连作土壤退化的微生物特征.采用盆栽试验和MiSeq高通量测序技术相结合的方法,以休耕(CK)和轮作(R_rh)为对照,研究了马铃薯连作1年(1_rh)、3年(3_rh)和5年(5_rh)根际土壤微生物群落特征.结果表明,与CK和轮作相比,3_rh和5_rh土壤样品Ace指数、Chao指数、Shannon指数显著降低.与轮作相比,马铃薯连作土壤细菌中变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)相对丰度较高,土壤真菌中子囊菌门(Ascomycota)相对丰度较低.细菌群落中,较轮作,1_rh、3_rh、5_rh气微菌属(Aeromicrobium)的数量分别增加258.01％、625.93％、76.04％,节杆菌属(Arthrobacter)分别增加245.42％、1258.12％、58.89％,链霉菌属(Streptomyces)分别增加203.83％、116.74％、311.61％.真菌群落中,较轮作,3_rh镰孢属(Fusarium)数量增加了225.00％,5_rh毛壳属(Chaetomium)数量降低了31.58％,1_rh、3_rh、5_rh久浩酵母属(Guehomyces)的数量分别降低55.40％,58.14％,78.37％;壶菌属(Spizellomyces)在休耕和轮作土壤中数量较多,而在连作3年和5年土壤中数量很少,接近检测底限.说明马铃薯长期连作降低了土壤微生物多样性,微生物优势种群发生改变,土壤微生物群落结构失衡.

摘要： 地形是影响土壤酸酸类物质含量及微生物结构组成的主要因子之一,研究酚酸物质在不同地形中的变化规律及其与微生物群落结构的关系,有助于更好地揭示不同地形下土壤微生物群落结构变化潜在调控机制。以往研究主要集中于地形对微生物群落结构影响,而关于地形对土壤酚酸物质累积及其微生物群落结构间相互影响的研究鲜有报道。以福建省南平市100 a年生杉木林为研究对象,测定西南坡地、西北坡地、山凹地和山洼地上酚酸物质含量和土壤理化性质,并结合16S和ITS技术分析不同地形中土壤细菌和真菌群落结构的变化规律。结果表明:(1)不同地形土壤酚酸物质含量大小规律总体表现为西北坡地>西南坡地>山凹地>山洼地;随着土层深度加深,酚酸物质含量总体呈下降趋势。(2)西南坡地细菌放线菌纲相对丰度较高,山凹地真菌粪壳菌纲相对丰度较高;随土层深度加深,微生物相对丰度总体上呈降低趋势。(3)高浓度酚酸物质对细菌类浮霉菌纲和α-变形杆菌纲相对丰度起促进作用,而对放线菌纲和β-变形菌纲相对丰度起抑制作用;低浓度酚酸物质条件下真菌类粪壳菌纲和座囊菌纲相对丰度较高,而伞菌纲和定耳银纲相对丰度较低。(4)不同地形条件下,细菌群落结构表现较为分散,而真菌群落结构表现较为集中;土壤总孔隙度、土壤容重、水杨酸戊酯、有机质和阿魏酸对细菌群落影响显著,而全磷对真菌群落影响显著。不同地形导致土壤酚酸物质含量和微生物群落结构发生改变,酚酸物质对微生物具有双重作用,高浓度酚酸物质促进细菌菌类生长,而低浓度则会抑制真菌类生长。研究结果揭示土壤酚酸物质对微生物群落结构的影响,可为实现杉木林的长期生产力维持提供参考。

摘要： 研究猪粪对茄果类蔬菜废弃物堆肥过程中微生物群落结构及代谢功能特性的影响,为动物粪便添加促进堆肥品质提供新的视角。以茄果类蔬菜废弃物为堆肥原料,设添加猪粪(E-PM)和未添加猪粪(对照,E)两个处理,采用室内好氧堆肥进行45 d的堆肥试验。在堆肥的第0、2、9、16、23、31、38、45天采集样品,监测堆肥理化指标、发芽指数(GI)和酶活性,并在堆肥第2、23、38天采集新鲜样品,通过16S rRNA和18S rRNA高通量测序技术研究堆肥微生物群落结构及代谢特性。结果表明:添加猪粪可提高茄果类蔬菜废弃物堆肥早期Proteobacteria(变形菌门)和Chloroflexi(绿湾菌门)相对丰度,促进堆肥升温,延长嗜热期,并显著增加GI至82.11%(P<0.05)。相较于E处理,E-PM处理显著提高了堆体全磷和全钾含量(P<0.05)。酶活性分析表明,E-PM处理下嗜热期的蛋白酶活性、多酚氧化酶活性、纤维素酶活性和有机质的降解率被显著促进(P<0.05)。高通量测序和PICRUSt预测发现,E-PM处理下与代谢和细胞进程相关的基因丰度在嗜热期较E处理分别提高5.68%和10.26%,与碳水化合物代谢、氨基酸代谢、能量代谢和有机物质降解相关功能酶有关的基因序列丰度也明显提高。此外,相关性分析表明,E-PM处理下高丰度的Proteobacteria和Chloroflexi主导了堆体早期的细菌群落代谢活性,并促进堆体快速腐熟。研究表明添加猪粪有利于提高嗜热期细菌群落的代谢活性,对堆体温度的上升和产品品质的提高具有显著的促进作用。

摘要： 人类肠道中定殖了庞大而复杂的微生物群落,是最多样化的宿主相关微生物组(microbiome)之一,由数百种微生物物种(species)和菌株(strains)组成。这些肠道微生物对人类的健康有着重要影响。同一微生物物种的菌株往往包括明显不同的基因组成或调控元件,这使得菌株具有不同的功能,包括在某些生态位的适应性、运动能力、毒力和抗生素抗性。同一物种的菌株变体可能在宿主健康和疾病中发挥不同的作用。

摘要： 为分析猕猴桃根际土细菌群落结构随连作时间的变化,选取种植1年、3年、4年、5年、8年和12年的猕猴桃植株,对其根际土细菌16S rRNA V4—V5区进行高通量测序和群落结构分析,并对各年份梯度土壤理化性质进行测定,探究连作年份和土壤理化性质对细菌群落结构的影响。结果表明:(1)细菌OTU数、特有OTU数及多样性指数(ACE、Chao1、Shannon、Simpson)均随连作年份的增加呈下降趋势。(2)连作年份显著改变细菌群落组成。检测出的13个细菌门中优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、酸杆菌门(Acidobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、蓝藻门(Cyanobacteria)和浮霉菌门(Planctomycetes)。对这6个优势菌门和相对丰度>5%的7个优势属分析发现,Xanthomonadales_uncultured、酸杆菌属(Acidibacter)、Cyanobacteria_norank 3个属和蓝藻门的相对丰度随连作年份的增加显著增加,浮霉菌门的相对丰度则随连作年份的增加显著减少。(3)细菌群落组成的改变与土壤理化性质显著相关。对13个优势细菌门和属的相对丰度与土壤理化性质进行Pearson相关性分析发现,其中有11个与土壤电导率(SEC)、氨态氮(AN)、全磷(TP)、速效磷(AP)和速效钾(AK)含量中至少一个指标呈显著正相关或负相关,而与土壤pH、有机质(SOM)、全氮(TN)和硝态氮(NN)含量均无显著相关性。非度量多维尺度分析(NMDS)也表明,土壤AN和AK含量对细菌群落结构有显著影响。综上,连作严重影响了猕猴桃根际土细菌群落结构,不仅改变了土壤理化性质,还通过影响土壤理化性质降低了细菌多样性和特有类群的数量。

摘要： 采用新型厌氧膨胀颗粒污泥床生物膜反应器(EGSBBR)处理含硫酸盐有机废水。在不添加硫酸盐的条件下,运行30 d后系统产甲烷成功启动;随后逐步提高硫酸盐质量浓度至100 mg/L,运行71 d后系统COD去除率和SO;去除率分别达98.1%和74.7%,甲烷产生量为470.7 mL/d,成功实现了同步产甲烷-硫酸盐还原耦合过程。反应器中污泥和生物膜的胞外聚合物(EPS)特性与甲烷生成量、SO;去除率具有直接关联。高通量测序发现体系内甲烷丝菌(Methanothrix sp.)等产甲烷菌和脱硫弧菌(Desulfovibrio sp.)、硫磺单胞菌(Sulfurospirillum sp.)等硫酸盐还原菌优势共存。

摘要： 为阐明稻秆生物炭介导土壤Cd形态转化过程中化学性质与微生物群落多样性变化特征,通过室内培养实际污染土壤实验,研究施加稻秆生物炭对土壤Cd形态、pH值、阳离子交换量(CEC)、有机质(SOM)、碱解氮(AN)、有效磷(AP)、速效钾(AK)含量,以及土壤蔗糖酶(CA)、脲酶(UA)、过氧化氢酶(IA)活性等的影响特征,并通过高通量测序手段揭示土壤细菌和真菌群落结构组成与多样性的变化规律。结果表明,稻秆生物炭能够显著降低土壤中酸提取态Cd含量(23.19%),增加残渣态Cd含量(28.42%),促进Cd形态由不稳定态向稳定态转化。生物炭在不同程度上提高土壤pH、CEC、SOM、AN、AP和AK含量,其中SOM和AK含量增幅最显著,分别达到48.42%和81.28%。生物炭的添加显著影响土壤细菌和真菌群落中的优势类群丰度,其中Bacillus、Streptomyces、Aspergillus等与重金属形态有关的功能菌种丰度增加,细菌群落相较于真菌群落可能更容易受到环境因子的影响;影响土壤Cd形态转化的关键因素主要包括土壤pH值、SOM和AK以及细菌群落。稻秆生物炭主要通过影响土壤pH值、有机质、速效钾含量以及土壤中细菌群落多样性与优势类群丰度,进而促进Cd形态由不稳定态向稳定态转化,降低重金属污染程度。该研究结果可为重金属污染土壤修复实践提供理论参考。

摘要： 利用高通量测序技术,结合通用大曲理化指标检测手段,在四特酒有限责任公司大曲车间,对常规培曲工艺和新培曲工艺的曲坯微生物多样性及理化指标进行分析比较。结果表明,新培曲工艺中曲温变化呈现前期升温慢、后期降温缓的特点,出房时新培曲工艺大曲的纤维素酶、酸性蛋白酶、糖化力、液化力以及生物量碳、氮均高于常规培曲工艺。高通量测序分析显示,乳杆菌属在新培曲工艺发酵后期远高于常规培曲工艺;而真菌优势菌属则存在较大差异,根霉属、丝孢毕赤酵母属、假丝酵母属相对丰度在大曲发酵后期新培曲工艺高于常规培曲工艺。大曲微生物群落与理化指标间的冗余分析进一步证实大曲理化指标与微生物菌属结构及丰度关系密切。该研究通过2种培曲工艺比较,揭示了新培曲工艺在培曲温度、大曲理化指标、微生物多样性及优势菌群方面优于常规培曲工艺,为培曲工艺的技术升级以及大曲质量提升提供了理论依据。

摘要： 采用高通量测序技术,分析了红栗和古栗不同物候期和部位的真菌和细菌群落结构,同时比较了板栗果实的养分含量。结果表明:红栗成熟期叶片和果实的链格孢菌Alternaria相对丰度均较高,表明其受板栗叶焦枯病侵染的风险较大。红栗膨果期叶片和古栗成熟期叶片的茎点霉属Phoma相对丰度较高,该属真菌可引起板栗褐缘叶枯病。古栗成熟期叶片的短梗霉Aureobasidium相对丰度最高,膨果期果实的甲基杆菌属Methylobacterium相对丰度较高,成熟期果实链球菌属Streptococcus和根瘤菌属Allorhizobium相对丰度较高。综合分析可知,红栗受链格孢菌等真菌侵染风险较高,古栗树体益生菌相对丰度较高。养分含量测定发现,红栗果实的可溶性总糖、可溶性淀粉和脂肪含量均显著高于古栗。

摘要： 有机污染场地地下水石油烃污染问题较为普遍,对周边环境和人体健康造成一定影响.为探究污染场地地下水环境中石油烃含量、健康风险及其与微生物群落分布关系,对天津市某污染场地地下水石油烃开展健康风险评估调查,使用气相色谱法分析石油烃浓度,利用污染场地健康与环境风险评估软件进行健康风险评估,利用高通量测序技术进行地下水微生物群落特征分析.结果表明:①5个监测井的石油烃污染情况有显著差异,A1~A4监测井石油烃浓度较低,健康风险处于可接受水平;A5监测井石油烃浓度是其他4个监测井的60~100倍,总石油烃危害商为44.990,为可接受值的45倍,健康风险较高.②4个监测井地下水中均含有变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes),说明这两种细菌对石油烃污染有一定耐受能力.A5监测井细菌Chao指数和Shannon-Wiener指数最高,说明细菌多样性和丰富度最高,且该监测井变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)绝对丰度均较高,说明一定浓度石油烃的存在会促进具有降解石油烃功能的细菌生长.研究显示,一定浓度石油烃的存在使石油烃降解菌绝对丰度增加,从而增加了对石油烃的降解能力,增强了石油烃的自然衰减能力,有利于降低人体健康风险.

摘要： 本研究探究了餐厨垃圾(FW)和垃圾渗滤液浓缩液(CLL)共生物蒸发处理过程中温度对酶活性、重金属生物有效性及微生物群落结构的影响.其中,脱氢酶,蛋白酶,脲酶和磷酸酶活性对共生物蒸发堆体的温度变化敏感.在升温30°C时,脱氢酶出现最大活性.微生物对蛋白质,尿素和含磷有机化合物的最大水解活性出现在升温50°C阶段.细菌的原位分布显示其主要分布在用作共生物蒸发过程膨胀剂和微生物载体的生物干化污泥颗粒的表面和孔隙中.微生物群落分析显示细菌丰度在升温50°C时达到最大.变形菌门,厚壁菌门和放线菌门是参与该过程主要的细菌.共生物蒸发浓缩了渗滤液中的重金属,但重金属的生物有效性在经过此过程后被显著地降低.

摘要： 本研究考察了不同有机负荷和高负荷胁迫下pH控制对餐厨垃圾序批式厌氧消化性能及微生物群落的影响.当有机负荷为7.5、15和30g VS/L时,甲烷产量达到575.9±34.2、569.3±24.8和531.9±26.2mL/g VS.但在超高负荷(45gVS/L)下,有机酸累积至25000mg/L以上,强烈抑制甲烷生成,甲烷产量仅18.7±3.2mL/g VS.此时,若将单一生态因子pH控制在6.5、7.0和7.5,即可显著改善超高负荷下有机酸抑制问题,表现为控制pH的反应器产气滞后期更短、甲烷产率峰值和甲烷含量更高、有机酸降解更迅速.超高负荷下将pH控制在7.5时,甲烷产量最高为525.3±23.4mL/g VS,甲烷含量为62.4±3.1％,VS(挥发性固体)去除率高达88.5±2.9％.高通量测序分析发现,系统酸化的同时细菌科Syntrophomonadaceae和unidentified Bacteroidales相对丰度显著下降,而unidentified Clostridiales显著生长.在超高负荷与pH控制耦合影响下,厌氧系统表现出来的高稳定性与产甲烷菌属Methanosarcina显著生长密切相关.Methanosarcina具有最多样的产甲烷途径,能提高系统对有机酸的耐受性.此外,调节pH能刺激互营细菌Syntrophomonadaceae生长,同时有助于维持氢营养型产甲烷菌较高的活性,因而确保了互营细菌与产甲烷菌间建立高效互营关系,避免有机酸过度累积.微生物群落多样性分析表明,古菌对有机负荷和pH变化比细菌更敏感.pH控制对产甲烷菌的适应性选择导致古菌群落多样性显著下降.

摘要： 以长期受油烟污染的土壤样品作为菌种来源,由玉米芯烧结制成的活性炭作为填料构建生物滤塔对油烟废气进行降解.在这项研究中,使用玉米芯活性炭作为填料构造了生物滤塔用来去除厨房废气中的TVOCs和油脂.在长达45天的实验周期内,本文选取对滤塔进行灌膜时期的微生物群落和生物滤塔进行45天之后的微生物群落进行对比分析研究,观察其微生物群落结构变化.16S rRNA基因序列分析表明,两时间段内的高效细菌群落主要包括门水平上的厚壁菌门,放线菌门,变形菌门,拟杆菌门和绿弯菌门;纲水平上的放线菌纲,芽孢杆菌纲,甲型变形菌纲和丙型变形菌纲.

摘要： 为了研究外部操作因素(固含率和工艺参数)以及内部生物因素(消化时间和种间关系)对生物群落演替的指导作用,在渗滤液回流的批式反应器中以不同操作条件(固含率为15-30％,喷淋时间为2-6分钟,喷淋间隔为3-8小时)连续进行了84天试验.结果表明,内部生物因素对微生物群落的影响远大于一定范围内参数的选择.本研究在多元统计的基础上,分析了生态位演化的环境驱动因素以及丰富物种与其他物种之间的相互作用,为了解高固厌氧消化甲烷生物发生机制提供了新的切入点.

摘要： 不断增长的温室气体排放导致全球气候变化.森林是陆地生态系统最大的碳库,同时又是潜在最大的碳排放源.微生物群落的结构和功能对森林土壤碳排放具有重要的影响,是根际微生态系统碳循环的主要驱动者,是全球碳循环系统性机理研究的重点.本文综述了土壤微生物群落在基因和酶学水平碳同化(cbbL/M、CODH、Pcc/Acc)和有机碳代谢(glx、lip、mnp、lcc)相关分子标记.分析了人类活动造成的污染和植被破坏对土壤碳源-碳汇平衡造成影响的生态学机制.为全球气候变化背景下森林生态系统"源"与"汇"调控机制的研究提供数据支持,为管理策略的制定提供科学依据.

摘要： 以甘蔗渣生物炭作为调理剂,探究了其不同质量配比对餐厨垃圾与污泥共堆肥过程的影响,并利用高通量测序对堆体中的微生物群落进行了分析.结果表明:添加甘蔗渣生物炭质量分数为5％的堆体,其对于餐厨垃圾与污泥共堆肥的促进效果最佳,第50d堆体的氨氮含量为5.61mg·g-3,高于未添加甘蔗渣生物炭的堆体氨氮含量,但添加甘蔗渣生物炭对堆体中磷含量变化影响较小.高通量测序分析表明,添加甘庶渣生物炭的堆体中Bacilli与Clostridia为优势菌群,其均对堆肥过程具有促进作用.利用PICRUSt对3个堆肥样品的微生物功能进行了预测,表明在氨基酸代谢功能上,添加10％生物炭堆体的相对丰度最高为10.82％;在膜运输水平上,添加5％生物炭堆体的相对丰度大于其他两组.

摘要： 为进一步提高电极生物膜反应器的脱氮效能,采用导电聚合物聚噻吩(PTh)和电子穿梭体蒽醌-2,6-二磺酸二钠(AQDS)改性阴极材料石墨毡,系统研究了不同碳氮比(C/N)条件下,改性电极的应用对BER体系的脱氮效能、电极表面生物相和体系微生物群落结构等方面的影响.结果表明,应用PTh与AQDS协同处理石墨毡的BER体系的NO-3-N去除速率和效能均明显优于未处理电极体系,在HRT=4h、C/N为2.0时NO-3-N的去除率达到90.0%以上.PTh/AQDS改性石墨毡电极的生物膜与电极的比重为0.26±0.04,其值为对照组的2.4倍,证明了PTh/AQDS改性后电极具有更优的生物相容性.应用PTh/AQDS改性电极的BER具有更好的微生物丰富度和多样性,AQDS促进了特定微生物Thauera_mechernichensis(24.6%)的富集和亚硝酸盐还原酶的活性,保障了BER体系的反硝化效能.

摘要： 生物废水处理过程常常会受到于有毒化合物(如酚类化合物)的冲击.由于生长速度缓慢、对生存环境极为敏感,硝化细菌很容易受到抑制,导致硝化能力的丧失,引起出水氨氮负荷超标.本研究对含有硝化细菌的微生物进行驯化,使其适应苯酚的冲击,并产生对苯酚抑制作用的持久抵抗性.对于经苯酚驯化的硝化污泥当其突然暴露于苯酚时,NH4+-N去除率几乎不受影响.当苯酚被生物降解时,异养合成和硝化速率各自贡献了约NH4+-N去除总量的50％,但是一旦苯酚被去除和矿化,硝化速率显著增加.相反,普通(未驯化)硝化污泥在受到苯酚冲击时,NH4+-N去除率急剧下降.苯酚驯化的污泥在驯化后至少两个月保持其对苯酚抑制的抗性,并且将苯酚驯化的污泥添加至普通污泥系统可增强对苯酚抑制的抗性.苯酚驯化的污泥的微生物群落分析显示,在科水平,能够降解酚类物质的菌株增加.总之,结果表明苯酚驯化的主要影响是苯酚生物降解细菌的富集,这允许苯酚的快速去除和矿化,因而降低对硝化反应的抑制作用.

摘要： 针对饮用水处理过程中含氮消毒副产物前体物的去除,分别采用了活性炭、石英砂和活性炭-石英砂双层滤料等三种不同填料的滤池,在挂膜启动过程中对NH4+-N、NO2--N、NO3--N和DON去除效果进行了对比评价;并对挂膜稳定后以氨基酸为代表的含氮消毒副产物前体物的去除规律及滤池内部微生物群落结构做了重点分析.研究结果表明:挂膜启动期间,生物砂滤池、生物炭砂滤池和生物炭滤池对NH4+-N的去除率分别为83.87％、89.06％和77.86％,对DON可以控制在1(C/CO)左右.而在稳定运行期间,滤池中非极性侧链是H或烷基的氨基酸去除效果较差,在滤池内部50cm处氨基酸去除效果最好,而通过测序发现,该处微生物丰度最高.

摘要： 水生态监测通过对水生生物、水文要素、水环境质量等的监测和数据收集,分析评价水生态的现状和变化,为水生态系统保护与修复提供依据的活动,在水环境监测和评估过程中起着十分重要的作用.

摘要： 公开用于筛选、分析和选择来自复杂异质群落的微生物、预测并识别其功能关系和相互作用、以及基于其合成微生物群的方法、设备和系统。还公开用于识别和确定微生物类型和菌株的绝对细胞计数连同识别活性微生物与环境参数之间的网络关系的方法。

摘要： 公开了用于通过示踪剂分析法对复杂异质群落进行微生物株系分析、确定其功能关系及相互作用以及合成包括给药微生物群集和接种微生物群集的微生物群集的方法、设备和系统。

摘要： 高精度地分析进行水处理的活性污泥中所含的微生物群落。微生物群落分析系统(1)的计算机(10)具备：输入部(12)，输入多个数据组，所述数据组包含表示存在于进行水处理的活性污泥中的多种微生物各自的基因的碱基序列的信息；相似度计算部(13)，基于所输入的数据组中所包含的碱基序列，计算数据组间的相似度；以及坐标计算部(14)，基于所计算出的相似度，计算数据组各自在多维空间上的坐标。

摘要： 本发明公开了一种用于分析活性污泥微生物群落结构及动态变化的群落芯片，是在玻片或硅片或尼龙膜等材料上固定检测细菌的DNA探针，所述探针为序列表SEQ ID NO.1-SEQ IDNO.66所述的核苷酸序列，所述探针所针对的OTU及其代表克隆子Genbank登录号、各OTU最近源菌株及其相似性的关系如表1；利用本发明的群落芯片分析活性污泥微生物群落结构及动态变化，具有适时、灵敏、快速、准确、高效且获得菌群变化信息量大等特点。本发明可以快速分析活性污泥微生物群落结构，同一张芯片可以同时检测代表不同分类层次(门、纲、目、科、属)的57种OTUs。

摘要： 高精度地分析进行水处理的活性污泥中所含的微生物群落。微生物群落分析系统(1)的计算机(10)具备：输入部(12)，输入多个数据组，所述数据组包含表示存在于进行水处理的活性污泥中的多种微生物各自的基因的碱基序列的信息；相似度计算部(13)，基于所输入的数据组中所包含的碱基序列，计算数据组间的相似度；以及坐标计算部(14)，基于所计算出的相似度，计算数据组各自在多维空间上的坐标。

摘要： 本发明公开了一种评估微生物群落宏基因（或普通生物群落宏遗传）多样性和相似性的概念和方法，包括用Hill numbers度量单基因水平(Metagenomic Gene：MG)和功能基因群(Metagenomic Functional Gene Cluster：MFGC)水平的宏基因多样性及其相似性。其中多样性包括alpha‑宏基因多样性、beta‑宏基因多样性和gamma‑宏基因多样性，相似性用于比较两个或两个以上群落宏基因多样性。宏基因多样性指数能有效评估和监测人体、动物以及环境微生物群落的宏基因多样性和相似性，并为菌群相关疾病的研究和诊断治疗以及环境微生物宏基因监测提供科学依据和技术体系。本发明同样适用于宏遗传多样性(Metagenetic Diversity)，可用于评估和监测任何生物群落的宏遗传多样性和相似性。

摘要： 本发明提供了一种结合葡聚糖的融合蛋白、重组微生物及其制备方法和在重塑根际微生物群落中的应用，属于根际菌技术领域。本发明通过模拟葡聚糖结合蛋白和葡聚糖底物之间的结合关系，设计得到了一种新型的具有高效结合葡聚糖的融合蛋白。将所述融合蛋白在微生物细胞表面展示表达，得到的重组微生物通过根际分泌的葡聚糖结合到植物根际中，同时所述重组微生物具有招募天然产葡聚糖微生物的能力，重塑植物根际微生物群落，进而促进植物生长、提高植物抗逆性，并且在污水处理和土壤污染物去除过程中有效地进行植物修复。

摘要： 本发明公开了一种利用微生物相互作用提高目标微生物群落耐药性的方法。该方法包括以下步骤：在培养基上混合接种具有耐药性的第一菌株和运动性较强的第二菌株，对第一菌株和第二菌株进行混合培养。应用本发明的技术方案，可以构建出一种新型的群落耐药(例如：抗生素)机制：在药物压力下，具有抗生素抗性基因的菌株可以为混合群落提供解毒的酶(提高群落抗药性)，而另一个菌株运动性较强，可以携带具有抗药性的菌株运动，使得群落共同扩张与生长，提高复杂群落的生存能力。

摘要： 本发明涉及一种用于评价动物肠道微生物群落多样性的微生物基因组DNA间接提取方法。该方法在细胞裂解以前先对样品进行前处理，将微生物细胞从它们粪便样品中分离出来，避免了纯化步骤存在污染物去除困难和DNA回收率低的问题。本发明提取过程不使用酚、氯仿，减少了对实验人员的身体健康伤害。所提取的肠道微生物DNA的OD

摘要： 本发明公开了一种用于分析活性污泥微生物群落结构及动态变化的群落芯片，是在玻片或硅片或尼龙膜等材料上固定检测细菌的DNA探针，所述探针为序列表SEQ ID NO.1－SEQ IDNO.66所述的核苷酸序列，所述探针所针对的OTU及其代表克隆子Genbank登录号、各OTU最近源菌株及其相似性的关系如表1；利用本发明的群落芯片分析活性污泥微生物群落结构及动态变化，具有适时、灵敏、快速、准确、高效且获得菌群变化信息量大等特点。本发明可以快速分析活性污泥微生物群落结构，同一张芯片可以同时检测代表不同分类层次(门、纲、目、科、属)的57种OTUs。