多态信息含量

摘要： 为了评价四川省得荣县玛格绵羊资源群体的遗传多样性,选择位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,采用毛细管电泳进行等位基因分型,分析并评价玛格绵羊群体的遗传多样性。结果显示:玛格绵羊群体30个微卫星标记具有4~14个等位基因,平均为8.37个等位基因;观察杂合度(Ho)为0.217~0.850,平均为0.6055,期望杂合度(He)为0.333~0.897,平均为0.7018;多态信息含量(PIC)为0.310~0.879,平均为0.664。揭示玛格绵羊资源群体的遗传多样性丰富,为下一步开发利用奠定了基础。

摘要： 目的 建立基于二代测序平台的微单倍型分型方案,调查其在中国南方汉族人群中的多态性,探讨其法医学应用价值.方法 以20个微单倍型位点为研究对象,利用多重PCR构建靶向扩增子文库,以二代测序为检测手段,采用生物信息学方法 构建个体微单倍型,最后进行多态性分析.结果 总体测序量为2.12G,覆盖所有片段,平均覆盖深度为3353×.微单倍型内含72个SNP位点的观测杂合度范围为0.109～0.587,平均值为0.364;而20个微单倍型位点本身的观测杂合度范围为0.198～0.837,平均值为0.726,均高于SNP位点.20个微单倍型位点中仅一个位点未通过Hardy-Weinberg平衡检验,剩余19个位点的有效等位基因数值为3.119～7.170,多态信息含量为0.620～0.845,平均多态信息含量为0.711.19个有效微单倍型位点的匹配概率为0.044～0.181,累积匹配概率为3.132×10-19.结论 本次研究证实了19个微单倍型的参数效能与常用15个STR基因座相当,可独立应用于法医个体识别并具潜在混合物分析价值,该结果为法医遗传学实践提供更多选择.

摘要： 本研究利用PCR-SSCP与测序相结合的方法,分析了小尾寒羊GH基因第2外显子的多态性.为河南小尾寒羊分子标记辅助育种的开展和生产性能、生产效益和经济效益的提高提供基础资料和科学依据.结果表明,GH外显子2在小尾寒羊群体中检测到的3种基因型分别为AA、AB、BB,3种基因型频率分别为:0.2813、0.1875和0.5312,A、B等位基因频率分别为0.5469和0.4531.GH外显子2的杂合度为0.5312,有效等位基因数为2.1331,多态性信息含量为0.3728,该位点表现为中度多态.AA和BB基因型测序结果发现,在第101位点和第145位点上,AA基因型为G和R(AG套峰),BB基因型为S(GC套峰)和A.

摘要： 本文旨在研究布拖黑绵羊群体的遗传特性,选择了位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,统计等位基因、多态信息含量、杂合度等,分析布拖黑绵羊群体的遗传多样性.结果表明,布拖黑绵羊群体30个微卫星标记具有4 ～13个等位基因,平均为7.27个等位基因;30个微卫星标记的观察杂合度为0.3269～0.8846,平均为0.6269;期望杂合度为0.3620 ～0.8865,平均为0.6769;多态信息含量为0.3338～0.8660,平均为0.6257,显示布拖黑绵羊群体具有丰富的遗传多样性.

摘要： 本文旨在研究布拖黑绵羊群体的遗传特性,选择了位于绵羊染色体上的30个微卫星标记,统计等位基因、多态信息含量、杂合度等,分析布拖黑绵羊群体的遗传多样性。结果表明,布拖黑绵羊群体30个微卫星标记具有4-13个等位基因,平均为7.27个等位基因;30个微卫星标记的观察杂合度为0.3269-0.8846,平均为0.6269;期望杂合度为0.3620-0.8865,平均为0.6769;多态信息含量为0.3338-0.8660,平均为0.6257,显示布拖黑绵羊群体具有丰富的遗传多样性。

摘要： 为进一步保护和利用惠阳胡须鸡遗传资源,监测保种场保种效果,随机采集96只惠阳胡须公鸡血样,提取总DNA,选用18对微卫星标记进行PCR扩增,并对其基因片段进行扫描,利用Pop Gen 32软件分析扫描结果,结果表明,18个微卫星标记在惠阳胡须鸡群中均表现出较高的多态性,平均等位基因数为10.61个,平均杂合度H为0.5963,平均多态信息含量PIC为0.74.说明惠阳胡须鸡保种群体具有丰富的遗传多样性,具有较大的选育潜力.

摘要： Melilotus is one of the most important legume forages,however,the lack of molecular markers has limited the development and utilization of Melilotus germplasm resources in breeding programs.In this study,18 182 EST-SSR primers were developed and screened based on transcriptome data from M.albus.A total of 206 primer pairs from M.albus were found to be polymorphic from a total of 550 pairs of EST-SSR primers screened.A total of 679 alleles were detected with an average of 2.888 alleles per locus.The polymorphism information content (PIC) values ranged from 0.239 to 0.855,with an average of 0.468.Nei's gene diversity and Shannon's information index for 206 pairs of polymorphic primers were 0.169,and 0.239,rcspectively.The EST-SSRs developed in this study enriches the EST-SSR molecular markers of Melilotus,which will serve as the foundation for exploring the genetic diversity of germplasm resources for marker-assisted breeding.%草木樨(Melilotus)是重要的豆科牧草之一,然而草木樨分子标记匮乏,限制了草木樨种质资源的开发与利用.本研究以白花草木樨(M.albus)转录组数据为基础,设计了18 182对草木樨EST-SSR引物,并对所开发的EST-SSR引物进行筛选.通过PCR扩增从550对EST-SSR引物中筛选得到206对白花草木樨多态性引物,共检测出679个等位基因,平均每对引物检测出2.888个基因位点.多态信息含量PIC的分布范围为0.239～0.855,平均值为0.468.206对多态性引物Nei's基因多样性指数(H)和Shannon信息指数(Ⅰ)的平均值分别为0.169和0.239.本研究开发的EST-SSR丰富了草木樨属的分子标记,为研究种质资源的遗传多样性和分子辅助育种奠定了基础.

摘要： [目的]检测新疆褐牛的遗传多样性及其不同居群(杂交类型)的亲缘关系.[方法]采用8对微卫星分子标记对新疆褐牛的4个群体进行遗传多样性与遗传结构分析.[结果]在192个个体扩增得到72个等位基因,每个位点平均等位基因数(A)为9.4个新疆褐牛群体的平均预期杂合度(HE)为0.716 2,平均观察杂合度(H0)为0.695 4,群体处于遗传平衡状态.群体平均多态信息含量和平均杂合度较高,4个群体8个位点的平均多态信息含量分别为0.673 6、0.622 0、0.626 5和0.541 3.群体基因流BM2133位点最大(7.0965),BM1824位点最小(2.112 8),各位点平均基因流为4.008 9,4个群体间存在一定的基因交流.4个群体间的遗传变异为5.87％,另外94.13％的遗传变异由个体间的差异产生.基因流不是主导新疆褐牛种群遗传结构的关键因素.聚类分析显示4个群体可按遗传距离分为两类.[结论]新疆褐牛4个群体的遗传多样性丰富,可作为育种材料培育牛的新品种与新疆褐牛新类型.

摘要： 为分析新疆北疆地区主要绵羊品种的遗传多样性和系统发生关系,利用SSR Hunter软件寻找5个微卫星标记,采用PCR扩增,1％琼脂糖凝胶电泳,对新疆7个品种绵羊群体遗传多样性进行了检测分析,统计了各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数和平均基因纯合率,利用等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度、多态信息含量和群体间的遗传距离.结果显示新疆7个绵羊群体共发现28个等位基因,实验证明在5个微卫星位点的平均多态信息含量为0.5569～0.7335,平均杂合度为0.6208～0.7437,有效等位基因数为2.7118～4.4203,均属于高度多态性位点.聚类分析和主成分分析结果与其起源、育成历史及地理分布基本一致.这5个位点作为与生产性能相关的遗传标记较为理想.

摘要： [Objective]The population diversity and genetic structure of two wild Beibu Gulf Johnius belengerii varieties were studied in order to provide theoretical reference for the reasonable exploitation and utilization of relevant germplasm resources. [ Method ] Microsatellite DNA markers were used to analyze the genetic diversity and structure of 2 wild populations of Johnius belengerii captured from the West Sea of Lingao County (N 20°20', E 109c40') and West Sea of Ledong County (N 19°30' E 107°80'). [Result]Four of the seven microsatellite locus (Jobe50, Jobe45, Jobe24, Jobe13) were polymorphic. The number of alleles from the 4 polymorphic locus (No) varied from 10 to 13 with the average at 10.75, the expected heterozygosities (He) varied from 0.772 to 0.844, the observed heterozygosities (Ho) varied from 0.827 to 0.892, and the polymorphism information content (PIC) varied from 0.824 to 0.847. In the two wild Johnius belengerii varieties, the inbreeding population polymorphism coefficient (Fis) was between -0.114-0.015, the total inbreeding coefficient (Fit) was between -0.049-0.031 , so the groups were obviously observed with the phenomenon of heterozygous excess; the genetic differentiation coefficient (Fst) was between 0.016-0.082, and gene flow (Nm) was between 2.804-28.236. [ Conclusion ]There were mediocre genetic diversity and excess of heterozygote in the two Johnius belengerii populations. Between the populations, there existed large genetic flow and low levels of genetic differentiation, in which the genetic diversity of the population from the West Sea of Lindong County was higher than that of the population from the West Sea of Ledong County.%[目的]分析北部湾两个野生皮氏叫姑鱼的群体遗传多样性和遗传结构,为其种质资源的合理开发利用提供参考依据.[方法]利用已开发的皮氏叫姑鱼微卫星标记对北部湾临高县西海域(N 20°20′,E 109°40′)和乐东县西海域(N 19°30′,E 107°80′)的两个野生群体进行遗传多样性和遗传结构分析.[结果]筛选出的7个微卫星位点中有4个位点(Jobe50、Jobe45、Jobe24、Jobe13)呈多态性.4个多态位点的等位基因数(No)介于10～13个,平均10.75个,期望杂合度(He)为0.772～0.844,观测杂合度(Ho)为0.827～0.892,多态信息含量(PIC)为0.824～0.847.两个皮氏叫姑鱼群体各多态位点的群体内近交系数(Fis)为-0.114～0.015,总群体近交系数(Fit)为-0.049～0.031,群体内有明显的杂合过剩现象；群体遗传分化系数(Fst)为0.016～0.082,基因流(Nm)为2.804～28.236.[结论]两个北部湾野生皮氏叫姑鱼群体均具有中等遗传多样性,有明显杂合过剩的现象,群体间存在较大的基因流,群体遗传分化水平较低,临东县西海域群体的遗传多样性水平高于乐东县西海域群体.

摘要： 利用26个微卫星基因座对五指山猪近交系进行了遗传多样性检测,统计了各位点等位基因组成,并计算了它们的平均纯合率、平均多态信息含量和平均杂合度。结果显示,近交群26个基因座的共检测到180个等位基因,平均等位基因数为6.92,平均基因纯合率为56.57％,平均多态信息含量为0.6042,平均杂合度为0.4478。这表明五指山猪近交系具有较高的纯合度,保持了一定的遗传稳定性。

摘要： 本研究利用微卫星分子标记技术对原产我国的中国沙皮犬的遗传多样性进行了检测。以饱和苯酚氯仿法抽提了91个中国沙皮犬血液DNA,筛选出4个微卫星引物进行PCR扩增和非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)检测。研究结果表明,4个微卫星位点共检测到89个等位基因,沙皮犬群体的平均杂合度为0.9193,平均多态信息含量为0.8985,说明了沙皮犬群体存在丰富的遗传多样性。遗传距离和聚类结果显示,3种类型沙皮犬间的已产生一定的遗传距离,为沙皮犬细分不同的品系提供了理论依据,从而解决沙皮犬种质混乱的局面。

摘要： 本研究利用9个微卫星标记对11个鸭品种的平均基因杂合度、平均多态信息含量以及群体间的遗传距离进行分析,并根据遗传距离对这11个鸭品种进行了聚类分析,分析了它们之间的亲缘关系.结果表明:11个鸭种的平均基因杂合度为0.6599;平均多态信息含量为0.5966.其中,黑羽番鸭(白头)平均基因杂合度最高,为0.6948,遗传多样性最丰富;荆江麻鸭平均遗传杂合度最低,为0.5757.以基因频率为基础计算了Nei氏标准遗传距离Ds,根据遗传距离构建NJ系统发生树时,结果苏牧白羽鸭、苏牧黑羽鸭、龙白鸭、苏牧麻鸭、荆江麻鸭位于树的一侧;黑羽番鸭(纯黑)、黑羽番鸭(白头)、白羽番鸭、山麻鸭、金定鸭、高邮鸭位于一致树的另一侧.

摘要： 微卫星标记是20世纪80年代发展起来的一种能有效区别不同物种、不同群体及不同基因型个体,建立在聚合酶链式反应基础上的分子标记.它具有在基因组中数量大,在各真核生物基因组随机分布,多态信息含量等特点,因而被广泛应用.本文用猪的1号染色体上的3个微卫星标记对40头梅山猪、15头大白猪和70头大梅猪的F代个体DNA样本进行遗传多样性分析,通过试验获得了3个微卫星位点在各个群体中的遗传数据,研究结果表明:SW1970位点在3个群体中的杂合度和多态信息含量相对较低,而SW1301与SW974两个位点在3个群体中的杂合度和多态信息含量都较高.

摘要： 为了了解大白、长白、杜洛克及其杂种后代的遗传变异情况,选用位于1~4号染色体上的与平均日增重及背膘厚QTL显著相关的8个微卫星引物检测计算了7个品种组合的有效等位基因数、多态信息含量及平均基因杂合度,结果表明这三个参数在纯种中均以大白猪最高,长白猪其次,杜洛克最低.在杂种中杜×长大最高,其次为长×大、大×长、大×长大最低.反映了这7个品种组合的群内遗传变异较大,所测微卫星基因座的多态性丰富.

摘要： 本发明涉及分子技术领域，具体涉及三七SSR多态性引物、多态性检测方法及SSR标记在总皂苷含量确定上的应用，三七SSR多态性引物，由序列表中SEQ ID NO.1‑32所示引物组成；利用该引物进行PCR扩增对三七的多态性进行检测。本发明还提供了三七SSR标记在总皂苷含量确定上的用途。三七总皂苷与位点SSR35有关联。三七总皂苷与位点SSR2‑57有关联。本发明提供了三七多态性检测的方法及引物，对三七品种表型的研究和品种鉴定提供了有利的技术支持，对SSR标记与总皂苷的关联性研究，有利于高总皂苷含量三七品种选育的工作开展。

摘要： 本发明公开了检测玉米基因组中SNP的多态性的物质在鉴定玉米镉含量中的应用。该SNP位点的名称为ZmCd10‑KASP‑158410625，位于序列表SEQ ID NO.1的第333位，其核苷酸种类为T或C。本发明所要保护的一个技术方案是检测玉米基因组中ZmCd10‑KASP‑158410625的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定玉米镉含量产品中的应用。在188份玉米自交系品种中，96.24％的SNP基因型TT的玉米品种籽粒镉含量均低于0.1mg/kg，85.45％的SNP基因型CC的玉米品种籽粒镉含量均高于0.1mg/kg，该SNP可用于玉米育种及低镉玉米品种的选育。

摘要： 本发明提供了一种基于单核苷酸多态性位点的孕妇血浆中胎儿DNA含量的测定方法，包括单核苷酸多态性位点的筛选、血浆中位点DNA的提取、PCR扩增反应、胎儿DNA量的计算等步骤。该方法操作方法简单，采用基于单核苷酸多态性位点的扩增，避免了使用Y染色体遗传位点标记难以测定孕女胎的孕妇血浆中胎儿游离DNA的含量，应用广泛、准确度高。

摘要： 本发明提供多态性检测用探针、多态性检测方法、药效评价方法、疾病预测方法以及多态性检测用试剂盒。ABCG2基因的多态性检测用探针通过包含下述的寡核苷酸等而构成：其为与含有序列编号1所示的碱基序列中的第301位～第311位碱基的碱基长为11～50的碱基序列互补且具有至少80％以上的同一性，并且与第311位碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明提供能够高灵敏度且简便地检测ABCC2基因的多态性检测用探针、多态性检测方法、药效判定方法以及多态性检测用试剂盒。用于检测ABCC2基因的多态性检测用探针是：(P1)荧光标记寡核苷酸，其为含有序列编号1所示的序列中第207位～第217位的碱基的碱基长11～60的序列，除了与序列编号1中的第217位的碱基对应的碱基为C之外相对于具有与序列编号1相同碱基的碱基序列具有至少80％以上的同一性，并且与序列编号1所示的序列的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记；或者(P1’)荧光标记寡核苷酸，其与具有与序列编号1相同碱基的碱基序列的互补链在严谨条件下杂交，并且与序列编号1所示的序列中的第217位的碱基对应的碱基用荧光染料标记。

摘要： 本发明涉及分子技术领域，具体涉及三七SSR多态性引物、多态性检测方法及SSR标记在总皂苷含量确定上的应用，三七SSR多态性引物，由序列表中SEQ ID NO.1‑32所示引物组成；利用该引物进行PCR扩增对三七的多态性进行检测。本发明还提供了三七SSR标记在总皂苷含量确定上的用途。三七总皂苷与位点SSR35有关联。三七总皂苷与位点SSR2‑57有关联。本发明提供了三七多态性检测的方法及引物，对三七品种表型的研究和品种鉴定提供了有利的技术支持，对SSR标记与总皂苷的关联性研究，有利于高总皂苷含量三七品种选育的工作开展。

摘要： 根据本技术的实施方式的传感器装置包括传感器头和测量单元。传感器头包括第一探头和第二探头，第一探头包括用于发射的第一天线部，第二探头包括用于接收的第二天线部，第二探头与第一探头相距特定距离并面对第一探头。测量单元包括信号生成部，信号生成部生成测量信号，测量信号包括关于第一天线部与第二天线部之间的介质中的电磁波传播特性的信息。

摘要： 本发明涉及筛选人类LncROR基因技术领域，具体地说就是一种筛选人类LncROR基因含量多态性的引物组及检测方法。一种筛选人类LncROR基因含量多态性的引物组及检测方法，其核苷酸序列如IDNO.1～3所示，所述引组物用于筛选人类血清外泌体中都含有的长链非编码RNALncROR基因含量阈值多态性。一种筛选人类LncROR基因含量多态性的检测方法，包括上述引物组，核苷酸序列为IDNO.1～3所示的引组物，以检测时间15或20min的检测线测定需求阈值。本申请方法将试剂盒中肽核酸(PNA)预先与样本DNA结合，然后利用重组酶聚合酶扩增(RPA)极为快速的扩增技术，并结合等位基因特异性扩增(ASA)在15min和20min(样本中无干扰组织的理想情况下)筛选出LncROR1基因含量多态性。

摘要： 本发明公开了检测玉米基因组中SNP的多态性的物质在鉴定玉米镉含量中的应用。该SNP位点的名称为ZmCd10‑KASP‑158410625，位于序列表SEQ ID NO.1的第333位，其核苷酸种类为T或C。本发明所要保护的一个技术方案是检测玉米基因组中ZmCd10‑KASP‑158410625的多态性或基因型的物质在制备鉴定或辅助鉴定玉米镉含量产品中的应用。在188份玉米自交系品种中，96.24％的SNP基因型TT的玉米品种籽粒镉含量均低于0.1mg/kg，85.45％的SNP基因型CC的玉米品种籽粒镉含量均高于0.1mg/kg，该SNP可用于玉米育种及低镉玉米品种的选育。

摘要： 本发明提供了一种基于单核苷酸多态性位点的孕妇血浆中胎儿DNA含量的测定方法，包括单核苷酸多态性位点的筛选、血浆中位点DNA的提取、PCR扩增反应、胎儿DNA量的计算等步骤。该方法操作方法简单，采用基于单核苷酸多态性位点的扩增，避免了使用Y染色体遗传位点标记难以测定孕女胎的孕妇血浆中胎儿游离DNA的含量，应用广泛、准确度高。