EST-SSR

摘要： 应用EST-SSR分子标记技术对19份子莲品种的遗传多样性进行鉴定。从80对多态性EST-SSR引物中进一步筛选出24对稳定扩增、高多态性的引物。所得PIC值最低为0.58(NNFB_83),最高为0.91(NNFB_1491),平均每对引物的PIC值为0.77。19份试验的子莲品种的遗传相似系数(GS)范围为0.42~0.94,在相似系数为0.55处时,供试材料被分为四大类群,与传统分类研究结果基本一致。

摘要： 为了对福建云霄县、尤溪县野生茶树种质资源初步鉴定与筛选,以福建省茶树主要栽培品种为参照,利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术进行遗传多样性与亲缘关系分析。结果表明:云霄县、尤溪县野生茶树种质资源与参照品种亲缘关系较远,云霄县野生茶树种质资源与广东省凤凰水仙等类型茶树品种资源亲缘关系最接近;尤溪县野生茶树种质资源与参照品种亲缘关系较远。福建云霄县、尤溪县野生茶树种质资源平均等位基因数、有效等位基因数、期望杂合度、Shannon多样性指数(I)分别为3.8966,3.3103、2.4550,2.2908、0.5264,0.4980、0.9463,0.8595,说明遗传多样性较为丰富。群体间Nei’s遗传距离、遗传分化指数(FST)与分子方差分析(AMOVA)结果一致表明群体间存在显著遗传分化,且群体间的遗传变异为21%。本研究对野生茶树种质资源进行鉴定分析,为福建野生茶树种质资源发掘、利用和保护以及育种工作提供一定参考。

摘要： 分析蒙古栎EST序列和叶绿体全基因组SSR位点信息,开发SSR引物,对蒙古栎群体遗传变异进行分析,为蒙古栎分子标记辅助育种奠定基础。利用est-trimmer、CAP3对蒙古栎EST序列处理,通过perl结合MISA、Primer3和Electronic PCR查找SSR位点,设计引物并筛选验证。EST序列中发现SSR位点163个,主要重复类型为二核苷酸。叶绿体基因组上88个SSR位点以单核苷酸重复为主。7对引物共检测到37对等位基因,平均等位基因数(N_(a))=5.286,Shannon’s信息指数(I)=1.291,期望杂合度(H_(e))=0.622,多态性信息含量(P_(IC))=0.692;群体间遗传分化系数(F_(st))=0.147,基因流(N_(m))=1.933;AMOVA分析表明,种源间遗传变异占10.216%。蒙古栎种源群体间存在中等水平的遗传分化,其遗传变异主要来源于种源内,且种源间的遗传变异与地理距离无显著相关性。基于EST序列及叶绿体基因组SSR位点信息,有效开发SSR引物,为蒙古栎遗传多样性研究提供更多的标记支持。

摘要： 苇状羊茅(Festuca arundinacea)是重要的冷季型草坪草和牧草,被广泛用于牧草生产、草坪绿化、生态修复等方面。本研究收集了36份不同来源苇状羊茅种质材料,利用表达序列标签-简单序列重复(EST-SSR)引物对材料进行遗传多样性分析,并结合种子表型特征,对它们的种质资源遗传多样性进行了综合评价与分析。结果表明:14对EST-SSR引物共扩增出140条带,多态条带总数为133条,多态带百分率95%;聚类结果具有一定的地域性趋势,但是不明显。当遗传距离在0.54时其聚类结果与种子特征的K均值聚类结果相似;欧洲群体的种子厚度和千粒重的变异系数最大,分别为25.02%和23.35%,其千粒重显著低于亚洲、北美洲群体(P<0.05)。多角度遗传分析表明36份材料具有高度异质性。本研究对苇状羊茅遗传资源的科学评价、核心种质创新和新品种选育具有重要意义。

摘要： 【目的】为解决八角(Illicium verum)缺乏的SSR分子标记,以八角转录组数据为基础,开发EST-SSR分子标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为八角分子生物学研究奠定基础。【方法】应用SSR搜索程序从八角转录组数据中筛选SSR位点,并对SSR重复基序种类、数量、分布特征等进行统计分析。应用在线设计软件对SSR引物进行设计,采用毛细管电泳的方法检测并确定引物多态性,应用筛选到的多态性引物分析不同八角种质间的遗传关系。【结果】从44267条Unigenes中获得8210个SSR位点,含一个EST-SSR位点的占比为11.11%,含2个或2个以上EST-SSR位点的占比为3.13%,复合SSR位点的占比为2.09%。SSR发生频率为14.24%,平均每5.37 kb出现一个SSR。在检索出的SSR位点中,二核、三核苷酸是主要重复类型,二核苷酸重复中以AG/CT占比最高,为46.03%,三核苷酸重复中以GAA/CTT占比最高,为16.58%,四、五、六核苷酸的重复类型及占比相对较少。SSR重复单元的重复次数为4~40次,其中5次重复数最多,占比22.58%,再者为6次重复,占比19.83%;微卫星的长度分布为12~80 bp,其中12~15 bp的最多,占比37.39%。随机挑选的100对引物中扩增筛选出16对多态性较高的引物,其Na为3~8、Ho为0.13~0.88、He为0.54~0.88、Ne为2.03~5.82、I为0.83~1.84、引物多态性信息量指数为0.43~0.81,平均值为0.63,表明所开发的EST-SSR位点具有较高的多态性,遗传关系指出不同八角种质间具有不同的亲缘关系。【结论】基于八角转录组序列开发EST-SSR标记是可行的,其引物具有特异性好、多态性高等优点,开发的SSR标记能为八角遗传多样性分析、功能基因挖掘、遗传连锁图谱构建等提供依据。

摘要： 为了开发适用于栽培金鸡菊的EST-SSR分子标记,采用二代高通量测序技术对剑叶金鸡菊‘斯丹泰勒’(Coreopsis lanceolata‘Sterntaler’)的叶片进行转录组测序。结果表明:通过转录组测序共得到42958条Unigene,利用MISA软件共检测出个6546个SSR位点,平均分布距离6.36 kb。除单核苷酸外,重复类型以二核苷酸和三核苷酸为主,分别占总数的19.28%和30.13%,二者优势重复单元和占比分别为AG/CT(57.30%)和AAT/ATT(27.94%)。通过Primer3软件设计得到4499条引物,在随机筛选的50对引物中成功开发出22对多态性较好的引物,扩增出的166个条带全部具有多态性。通过UPGMA聚类分析,在遗传距离为0.460时可将100个栽培金鸡菊种质划分为7类,其遗传相似系数介于0.5422~1之间,平均为0.7476。金鸡菊组、两色组、歧序组和轮叶组相关的种质可作为金鸡菊远缘杂交育种的材料。本研究为栽培金鸡菊的分类鉴定、杂交育种和绘制指纹图谱提供了理论依据。

摘要： 黍稷是起源于我国的古老作物之一,抗逆性强且遗传多样性丰富,EST-SSR已成为植物遗传多样性分析以及指纹图谱和遗传图谱构建的重要工具。选取来自黑龙江、陕西、内蒙古、青海、波兰以及印度共6个不同地理区域的黍稷为试验材料,以前期黄黍稷(00005272)与镇原大黍稷转录测序结果选取114个EST-SSR三碱基重复标记,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选具有多态性的引物,利用PowerMarker 3.25和PopGen 1.32计算遗传多样性参数。结果表明,43对引物具有多态性(多态率为37.7%),43个EST-SSR标记的碱基重复类型有24种,GCG三核苷酸重复类型占12%。引物分辨率Rp值平均为2.09,其中,Rp值介于2.0~2.5的标记频次最多(15个),介于0~1.0标记频次最少(2个);Rp值平均为0.74。43个EST-SSR标记共有118个等位基因变异(平均2.744 2个),有效等位变异(Ne)为1.851 9~2.941 2(平均为2.401 1);多样性指数(Ⅰ)为0.562 3~1.098 6(平均为0.916 0);观测杂合度(Ho)为0.166 7~1.000 0(平均为0.549 2);期望观测杂合度(He)为0.428 6~0.750 0(平均为0.632 1);Nei’s期望杂合度(Nei)为0.375 0~0.666 7(平均为0.566 5);多态性信息含量(PIC)为0.239 2~0.810 2(平均为0.625 2),说明43对EST-SSR引物为高度多态性引物,可以用于栽培黍稷的指纹图谱构建和种质遗传多样性分析。

摘要： 利用EST-SSR毛细管电泳荧光标记技术对37个福安地方茶树种质资源的亲缘关系与遗传多样性进行分析。结果表明:福安地方茶树种质资源观测等位基因数为8.10,有效等位基因数为3.58;多态性信息量(PIC)变化为0.284 ~ 0.885,平均值为0.608;观测杂合度和期望杂合度平均值分别为0.565和0.652;Shannon多样性指数为1.289,遗传多样性丰富。福安穆云乡高岭村地方茶树种质资源与福安大白茶聚类在一起,为福安大白茶有性群体种,再次证明福安大白茶起源于福安穆云乡高岭村;对该区域种质资源的进一步鉴定认为,该地方茶树种质资源主要分为3个群体,每个群体的类型属性需要进一步鉴定与观察。上述结果可为福安地方茶树种质资源鉴定与利用提供有效参考。

摘要： 以国槐品种“青云1号”的根、茎、叶3种不同器官为材料,利用高通量测序技术分别对其进行转录组测序,筛选其根、茎、叶差异表达基因,进行生物信息学分析及EST-SSR分析。通过转录组两两对比筛选得到的根vs.茎、根vs.叶及茎vs.叶差异基因数分别为51 937、52 711和7 193条,进一步对其进行GO及KEGG富集分析。结果表明:差异基因显著富集于代谢过程、催化活性、糖酵解和糖质新生等功能。EST-SSR分析表明,国槐根、茎、叶的SSR序列长度均在10~80 bp间变化,主要以10~22 bp的短序列为主,且主要以单核苷酸重复为主,从30对有效性引物中筛选出9对多态性较高的引物,并构建了11个不同国槐无性系的指纹图谱。

摘要： 于2020年,利用光皮树转录组测序数据开发了光皮树(Cornus wilsoniana)EST-SSR标记引物,并从中筛选出多态性好的引物29对,对福建省洋口国有林场的光皮树优树子代测定林的11个优树子代(9个来自明溪、1个来自宁化、1个来自将乐)进行了遗传多样性研究。结果表明:29对光皮树EST-SSR多态引物共扩增出90个EST-SSR位点,平均多态性位点占55.17%;有效多态位点数变幅为0.333~3.195;Shannon信息指数变幅为0.0000~1.068,平均值为0.426。来自明溪的光皮树优树多态性位点比例为93.10%,宁化为27.59%,将乐为44.86%。F统计量估算结果显示,福建省11个光皮树优树个体间遗传分化指数平均值为0.498。11个优树共发现51个特有等位基因,占56.67%。在来自全国8个光皮树种群综合分析中,全部275个优树群体中共获得124个特有等位基因,其中来自福建的有11个,占8.87%;且11个优树每个个体均含有特有等位基因。说明福建省的光皮树种质资源是光皮树种质资源库不可缺少的重要部分,应加强福建省光皮树种质资源收集、保存和开发利用等方面的基础和应用研究。

摘要： 新型的EST-SSR标记已成为重要农艺性状定位，基因作图，遗传多样性，比较基因组学研究的重要工具。EST-SSR标记具有信息量大，通用性好，开发简单快捷，费用低等优点，是一种有效和可靠的分子标记。在一些果树中已建立了EST-SSR标记，并被证明具有多方面的利用价值和功能性。通过对猕猴桃种质遗传多样性的研究，从分子水平上揭示了这些种质资源的遗传多样性水平，可为猕猴桃种质改良提供理论依据。研究表明EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记，可为猕猴桃分子育种及功能基因组研究奠定基础。

摘要： 新型的EST-SSR标记已成为重要农艺性状定位，基因作图，遗传多样性，比较基因组学研究的重要工具。EST-SSR标记具有信息量大，通用性好，开发简单快捷，费用低等优点，是一种有效和可靠的分子标记。在一些果树中已建立了EST-SSR标记，并被证明具有多方面的利用价值和功能性。通过对猕猴桃种质遗传多样性的研究，从分子水平上揭示了这些种质资源的遗传多样性水平，可为猕猴桃种质改良提供理论依据。研究表明EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记，可为猕猴桃分子育种及功能基因组研究奠定基础。

摘要： 新型的EST-SSR标记已成为重要农艺性状定位，基因作图，遗传多样性，比较基因组学研究的重要工具。EST-SSR标记具有信息量大，通用性好，开发简单快捷，费用低等优点，是一种有效和可靠的分子标记。在一些果树中已建立了EST-SSR标记，并被证明具有多方面的利用价值和功能性。通过对猕猴桃种质遗传多样性的研究，从分子水平上揭示了这些种质资源的遗传多样性水平，可为猕猴桃种质改良提供理论依据。研究表明EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记，可为猕猴桃分子育种及功能基因组研究奠定基础。

摘要： 新型的EST-SSR标记已成为重要农艺性状定位，基因作图，遗传多样性，比较基因组学研究的重要工具。EST-SSR标记具有信息量大，通用性好，开发简单快捷，费用低等优点，是一种有效和可靠的分子标记。在一些果树中已建立了EST-SSR标记，并被证明具有多方面的利用价值和功能性。通过对猕猴桃种质遗传多样性的研究，从分子水平上揭示了这些种质资源的遗传多样性水平，可为猕猴桃种质改良提供理论依据。研究表明EST-SSR是非常有效和可靠的分子标记，可为猕猴桃分子育种及功能基因组研究奠定基础。