循环DNA

摘要： 当肿瘤、生长的胚胎,或者身体的其他部位有细胞死亡时,它们的DNA碎片就会进入血液循环。一项新的检测技术能够鉴定这些DNA的来源,从而使科学家更容易发现隐蔽的癌症、监测器官移植的效果,甚至进行产前筛查。为了进行这项检测,研究团队实现了同时分析两种突变,以近乎完美的精确性无创地确定DNA片段的来源。

摘要： 乳腺癌是全球范围女性常见的恶性肿瘤之一.目前,研究证实循环核酸检测技术能够指导临床乳腺癌的相关诊疗.循环核酸是指存在于循环系统的游离核酸,大致可分为循环DNA及循环RNA.循环DNA检测作为液体活组织检查技术,能够弥补临床指标敏感度和特异度不高的缺点,有助于乳腺癌的早期筛查诊断及监测治疗效果,并为部分患者提供一定的预后信息.笔者总结了循环DNA在乳腺癌诊断、治疗、预后方面的应用以及研究现状,以供同行参考.

摘要： 目的 探讨上皮性卵巢癌循环肿瘤DNA含量的特点及其与肿瘤组织基因表达的相关性分析.方法 选择2018年10月至2020年1月上皮性卵巢肿瘤患者20例,其中有10例为恶性上皮性卵巢肿瘤,设为恶性组;10例为良性上皮性卵巢肿瘤,设为良性组,另选择同期健康者10例,设为对照组.比较各组循环肿瘤DNA含量情况、循环肿瘤DNA与肿瘤组织基因表达的相关性.结果 上皮性卵巢癌患者的循环肿瘤DNA的含量高于对照组(P＜0.05),且恶性组循环肿瘤DNA的含量明显高于对照组和良性组(P＜0.05);SPSS Pearson相关性分析机构表明:循环肿瘤DNA的含量水平变化与FHIT无相关性,循环肿瘤DNA的含量水平变化与Survivin、nm23-H1基因呈正相关(P＜0.05).结论 患有上皮性卵巢癌的患者其循环肿瘤DNA含量较高,循环肿瘤DNA含量与肿瘤组织存在相关性,可能与肿瘤的侵袭转移能力相关,且在上皮性卵巢癌的诊断具有较高的潜在价值.

摘要： 目的 探讨CRC的早期诊断方法.方法 选取CRC患者、慢性肠炎患者和正常对照者各50例.采用酚-氯仿法抽提其外周血cDNA,通过PCR定量检测.结果 慢性肠炎患者和正常对照组血清β-actin 400 bp及100 bp片段表达量均低于CRC患者(q=42.03～46.23;P＜0.05);CRC患者其表达量的高低与患者的年龄、性别、TNM分期、肿瘤数目、CEA等无相关性.结论 cDNA的定量检测可作为早期CRC的诊断方法.

摘要： 目的 探讨和研究循环DNA中TP53基因多态性与非霍奇金淋巴瘤的关系.方法 施行PCR-单链构象多态性分析法(PCR-SSCP)对所选取的45例非霍奇金淋巴瘤组织进行TP53基因外显子5～8的多态性测验:①检测TP53基因多态性的方法:施行PCR-单链构象多态性分析法(PCR-SSCP)对所选取的45例非霍奇金淋巴瘤组织进行TP53基因外显子5～8的多态性测验,扩增后形成的产物可以通过单链构象多态性分析(SSCP)的方式进行分析和研究.②成像研究方法:运用全自动凝胶成像系统进行分析和研究.结果 TP53基因发生突变的具体情况:在45例非霍奇金淋巴瘤患者中,其中有20例患者的TP53基因组的DNA具有异常迁移率带,这充分显示出这类肿瘤很可能具有TP53基因多态性,总多态率为56.3％.其中按照肿瘤组织细胞源头进行分组:B细胞组与T-NK细胞组的多态率分别为57.4％、36.8％,二者之间进行差异比较,结果均没有统计学意义(P>0.05);按照肿瘤生物学行为进行分组:侵袭性、惰性组以及高侵袭性组之间进行差异比较,结果均有统计学意义(P<0.05).结论 TP53基因多态性存在于非霍奇金淋巴瘤中,TP53基因的多态性在非霍奇金淋巴瘤的发展过程中起着非常重要的作用.

摘要： 目的 研究一种简便、灵敏的K-ras基因突变检测方法,使其适合于进行常规突变检测.方法 设计对应检测位点寡核苷酸探针,经探针的连接、扩增、标记及ELISA反应,通过ELISA反应检测值确定突变位点基因型.以K-ras基因12位密码子的G12S、G12R、G12C、G12D、G12A、G12V 6个点突变为检测对象,对72例肺癌血浆循环DNA标本进行检测,并与直接测序结果进行比较.结果 利用建立方法共检出3例标本分别存在G12S、G12R、G12A突变.而通过直接测序未能从标本中检出K-ras突变,表明直接测序方法灵敏度较低,不适合于对循环DNA等不均一标本进行突变检测.结论 建立了一种简便、灵敏的K-ras基因突变检测方法,能够对不均一标本进行常规突变检测.%Objective To research a simple and sensitive K-ras gene mutations detection method in order to be suitable for the routine mutation detection.Methods The corresponding detection locus oligonucleotide probe was designed.By the connection,amplification,labeling and ELISA reaction in probe,the mutation locus genotype was determined by the ELISA reaction detection value.With the six point mutations of G12S,G12R,G12C,G12D,G12A and G12V in 12 codons of K-ras gene as the detection objects,the plasma circulation DNA sample in 72 cases of lung cancer was detected,then the results were compared with those obtained by the direct sequencing.Results Three samples were identified as the G12S,G12R and G12A mutatins by the established method.But no K-ras mutations were detected in the samples by using the direct sequencing,indicating that the direct sequencing had lower sensitivity and was not suitable for the mutation detection of heterogeneous samples such as circulating DNA.Conclusion The simple and sensitive K-ras gene mutation detection method is established and can conduct the routine mutation detection for the heterogeneous samples.

摘要： 目的 探讨多发性骨髓瘤(MM)患者外周血循环DNA(cf-DNA)水平变化及其临床意义.方法 选择21例初治MM患者为MM组,20例健康体检者为对照组.采用荧光定量PCR法检测外周血cf-DNA.分析MM组外周血cf-DNA水平与MM患者性别、年龄、ISS分期、髓外浸润、白细胞计数、血沉、血清乳酸脱氢酶水平的关系.MM组患者均采用VAD方案化疗3周期,评价疗效并比较不同疗效者化疗后外周血cf-DNA.结果 MM组、对照组外周血cf-DNA水平分别为(177.59±40.31)、(14.77±3.12)ng/mL.两组患者外周血cf-DNA水平相比,P0.05),与ISS分期、髓外浸润、白细胞计数、血沉、血清乳酸脱氢酶水平有关(P均<0.05).MM组患者采用VAD方案化疗3周期后预后良好8例、预后不良13例.预后良好、预后不良患者化疗后外周血cf-DNA水平分别为(79.36±19.30)、(183.73±49.22)ng/mL,预后良好、预后不良患者化疗后外周血cf-DNA水平相比,P<0.05.结论 MM患者外周血cf-DNA水平升高.检测外周血cf-DNA有助于MM的诊断、病情判断和化疗效果预测.

摘要： 目的:探讨血浆循环DNA水平在酸、碱化学烧伤患者病情诊断中的临床应用意义.方法:随机选择宜昌市第二人民医院2014年6月至2018年4月收治的61例酸、碱化学烧伤患者,其中酸化学烧伤30例,碱化学烧伤31例.收集患者临床病理资料,并分别检测患者于烧伤后1,5,10,15,30,60 d血浆循环DNA水平和血常规指标.结果:患者血浆循环DNA水平在伤后第1天即高出正常水平(25 ng/mL);在伤后第5天,患者血浆循环DNA水平达到峰值,其中酸、碱化学烧伤患者中分别为(245.38±56.47)和(402.89±85.56)ng/mL;此后,患者血浆循环DNA水平均出现下降趋势,在伤后第60天,血浆循环DNA水平已接近正常水平.酸、碱化学烧伤患者血浆循环DNA水平与患者年龄、性别比、烧伤部位、白细胞数和单核细胞绝对值均无相关性(P＞0.05);与平均烧伤面积、伤后至入院时间、烧伤指数、深Ⅱ度烧伤面积、Ⅲ度烧伤面积、入院前自救、红细胞比积、血红蛋白以及过氧化物酶活性指数呈正相关(P＜0.05);与浅Ⅱ度烧伤面积呈负相关(P＜0.05);此外,碱化学烧伤患者血浆循环DNA水平与红细胞数呈明显正相关(P＜0.05),而酸化学烧伤患者血浆循环DNA水平与红细胞数无相关性(P＞0.05).结论:血浆循环DNA在酸、碱化学烧伤病情判断方面具有重要的临床应用价值,可作为酸、碱化学烧伤临床救治的诊断指标.

摘要： 目的:研究不同DNA抽提方法对肺癌血浆循环DNA的提取效果.方法:选取68例肺癌患者为研究对象,比较GenMagBio磁珠法、SanPrep柱式PCR产物纯化试剂盒方法、苯酚-氯仿法对肺癌血浆循环DNA的提取效果.结果:几种方法中,磁珠法具有最高的提取效率和最低的CV值.结论:磁珠法对肺癌血浆循环DNA具有最好的抽提效果,适合于对小片段DNA的提取.

摘要： 本研究以人工重组质粒DNA为内参照物，针对人β-actin看家基因，建立双重双色实时荧光定量PCR检测方法，对健康人群血浆血清DNA含量进行准确测定。

摘要： 本研究以人工重组质粒DNA为内参照物，针对人β-actin看家基因，建立双重双色实时荧光定量PCR检测方法，对健康人群血浆血清DNA含量进行准确测定。

摘要： 本研究以人工重组质粒DNA为内参照物，针对人β-actin看家基因，建立双重双色实时荧光定量PCR检测方法，对健康人群血浆血清DNA含量进行准确测定。

摘要： 本研究以人工重组质粒DNA为内参照物，针对人β-actin看家基因，建立双重双色实时荧光定量PCR检测方法，对健康人群血浆血清DNA含量进行准确测定。

摘要： 目的：建立含内参照物的血液循环DNA实时荧光定量PCR检测方法,检测并确定健康人群血液循环DNA含量。 方法：构建重组质粒,作为内参照物,采用双重实时荧光定量PCR技术同时扩增血浆和血清中人看家基因β-actin和重组质粒中人工合成DNA序列,以内参照物浓度计算β-actin基因浓度；对该方法的敏感性、准确性和重复性进行评价:定量检测155例健康成年人血浆和血清中DNA含量。 结果：该方法最低可对2μl血浆或血清样本进行定量测定；血浆DNA定量检测结果与紫外分光光度法比较,检测差异在20％以下,血清检测差异在30％以下；该定量检测方法的批内差异为11％,批间差异为17％；β-actin基因平均扩增效率分别为99.8％,重组质粒DNA的平均扩增效率为90.1％；155例健康人血浆DNA中值水平为37 ng/ml,显著低于血清DNA中值水平293 ng/ml(P＜0.01)；健康成年男性血浆DNA含量高于女性(P=0.045)。健康成年男性血浆DNA含量正常值范围为不超过110 ng/ml,女性为不超过100 ng/ml,血清DNA含量正常值范围为不超过1.2 μg/ml。 结论：建立了含有内参照物的人血液循环DNA定量检测新方法,该方法敏感性和准确性高,重复性好,初步确定了健康人循环DNA的正常参考值范围.血浆样本比血清样本更适合用于血液循环DNA定量检测。

摘要： 目的：建立含内参照物的血液循环DNA实时荧光定量PCR检测方法,检测并确定健康人群血液循环DNA含量。 方法：构建重组质粒,作为内参照物,采用双重实时荧光定量PCR技术同时扩增血浆和血清中人看家基因β-actin和重组质粒中人工合成DNA序列,以内参照物浓度计算β-actin基因浓度；对该方法的敏感性、准确性和重复性进行评价:定量检测155例健康成年人血浆和血清中DNA含量。 结果：该方法最低可对2μl血浆或血清样本进行定量测定；血浆DNA定量检测结果与紫外分光光度法比较,检测差异在20％以下,血清检测差异在30％以下；该定量检测方法的批内差异为11％,批间差异为17％；β-actin基因平均扩增效率分别为99.8％,重组质粒DNA的平均扩增效率为90.1％；155例健康人血浆DNA中值水平为37 ng/ml,显著低于血清DNA中值水平293 ng/ml(P＜0.01)；健康成年男性血浆DNA含量高于女性(P=0.045)。健康成年男性血浆DNA含量正常值范围为不超过110 ng/ml,女性为不超过100 ng/ml,血清DNA含量正常值范围为不超过1.2 μg/ml。 结论：建立了含有内参照物的人血液循环DNA定量检测新方法,该方法敏感性和准确性高,重复性好,初步确定了健康人循环DNA的正常参考值范围.血浆样本比血清样本更适合用于血液循环DNA定量检测。

摘要： 目的：建立含内参照物的血液循环DNA实时荧光定量PCR检测方法,检测并确定健康人群血液循环DNA含量。 方法：构建重组质粒,作为内参照物,采用双重实时荧光定量PCR技术同时扩增血浆和血清中人看家基因β-actin和重组质粒中人工合成DNA序列,以内参照物浓度计算β-actin基因浓度；对该方法的敏感性、准确性和重复性进行评价:定量检测155例健康成年人血浆和血清中DNA含量。 结果：该方法最低可对2μl血浆或血清样本进行定量测定；血浆DNA定量检测结果与紫外分光光度法比较,检测差异在20％以下,血清检测差异在30％以下；该定量检测方法的批内差异为11％,批间差异为17％；β-actin基因平均扩增效率分别为99.8％,重组质粒DNA的平均扩增效率为90.1％；155例健康人血浆DNA中值水平为37 ng/ml,显著低于血清DNA中值水平293 ng/ml(P＜0.01)；健康成年男性血浆DNA含量高于女性(P=0.045)。健康成年男性血浆DNA含量正常值范围为不超过110 ng/ml,女性为不超过100 ng/ml,血清DNA含量正常值范围为不超过1.2 μg/ml。 结论：建立了含有内参照物的人血液循环DNA定量检测新方法,该方法敏感性和准确性高,重复性好,初步确定了健康人循环DNA的正常参考值范围.血浆样本比血清样本更适合用于血液循环DNA定量检测。

摘要： 目的：建立含内参照物的血液循环DNA实时荧光定量PCR检测方法,检测并确定健康人群血液循环DNA含量。 方法：构建重组质粒,作为内参照物,采用双重实时荧光定量PCR技术同时扩增血浆和血清中人看家基因β-actin和重组质粒中人工合成DNA序列,以内参照物浓度计算β-actin基因浓度；对该方法的敏感性、准确性和重复性进行评价:定量检测155例健康成年人血浆和血清中DNA含量。 结果：该方法最低可对2μl血浆或血清样本进行定量测定；血浆DNA定量检测结果与紫外分光光度法比较,检测差异在20％以下,血清检测差异在30％以下；该定量检测方法的批内差异为11％,批间差异为17％；β-actin基因平均扩增效率分别为99.8％,重组质粒DNA的平均扩增效率为90.1％；155例健康人血浆DNA中值水平为37 ng/ml,显著低于血清DNA中值水平293 ng/ml(P＜0.01)；健康成年男性血浆DNA含量高于女性(P=0.045)。健康成年男性血浆DNA含量正常值范围为不超过110 ng/ml,女性为不超过100 ng/ml,血清DNA含量正常值范围为不超过1.2 μg/ml。 结论：建立了含有内参照物的人血液循环DNA定量检测新方法,该方法敏感性和准确性高,重复性好,初步确定了健康人循环DNA的正常参考值范围.血浆样本比血清样本更适合用于血液循环DNA定量检测。

摘要： 目的：建立含内参照物的血液循环DNA实时荧光定量PCR检测方法,检测并确定健康人群血液循环DNA含量。 方法：构建重组质粒,作为内参照物,采用双重实时荧光定量PCR技术同时扩增血浆和血清中人看家基因β-actin和重组质粒中人工合成DNA序列,以内参照物浓度计算β-actin基因浓度；对该方法的敏感性、准确性和重复性进行评价:定量检测155例健康成年人血浆和血清中DNA含量。 结果：该方法最低可对2μl血浆或血清样本进行定量测定；血浆DNA定量检测结果与紫外分光光度法比较,检测差异在20％以下,血清检测差异在30％以下；该定量检测方法的批内差异为11％,批间差异为17％；β-actin基因平均扩增效率分别为99.8％,重组质粒DNA的平均扩增效率为90.1％；155例健康人血浆DNA中值水平为37 ng/ml,显著低于血清DNA中值水平293 ng/ml(P＜0.01)；健康成年男性血浆DNA含量高于女性(P=0.045)。健康成年男性血浆DNA含量正常值范围为不超过110 ng/ml,女性为不超过100 ng/ml,血清DNA含量正常值范围为不超过1.2 μg/ml。 结论：建立了含有内参照物的人血液循环DNA定量检测新方法,该方法敏感性和准确性高,重复性好,初步确定了健康人循环DNA的正常参考值范围.血浆样本比血清样本更适合用于血液循环DNA定量检测。

摘要： 本发明公开了一种用于游离循环肿瘤DNA提取的增强剂、提取外周血中游离循环肿瘤DNA的试剂盒及方法。其中，该增强剂包括：1μg/μL～5μg/μL Carrier RNA、1μg/μL～5μg/μL多聚腺苷酸、1μg/μL～5μg/μL糖原、0～5μg/μL线性丙烯酰胺、1μg/μL～5μg/μL酵母tRNA、2μg/μL～10μg/μL大马哈鱼精子DNA和/或鲱鱼精子DNA和水。本发明的用于游离循环肿瘤DNA(ctDNA)提取的增强剂，可与常规的裂解结合液、洗涤缓冲液、洗脱液等结合使用，通过特异性的结合ctDNA并沉降下来，显著地提高了ctDNA的提取效率和提取产量。

摘要： 本发明公开了一种基于DNA自组装结构对两种循环肿瘤DNA同时检测的方法，属于生物医学技术领域。本发明通过构建DNA六面体纳米结构基底，利用两种ctDNA存在时形成完整的六面体并形成具有催化活性的G‑四链体‑血红素复合结构，催化苯胺聚合反应，在六面体上形成聚苯胺，从而将靶标序列与DNA纳米结构的结合转化为电信号。并且由于碱基互补配对原则，当靶标序列发生突变时不会有电信号的产生，使该传感器特异性增强，能鉴别靶标序列突变，同时检测灵敏度提高。该方法相比于检测ctDNA的传统方法，检测时间短，特异性强，灵敏度高。

摘要： 本发明属于基因工程技术领域，公开了一种DNA循环诱导开启型DNA荧光纳米机器人构建方法，首次将驱动DNA循环诱导开启型DNA纳米机器人与以DNA为模板原位合成的金属纳米簇结合，构建新型荧光纳米机器人，实现免标记、免修饰及荧光信号诱导性级联增强的功能。本发明多功能纳米机器人的构建未见报道，为功能化DNA纳米机器人理性设计提供了新思路，为荧光成像技术提供了新工具；将该多功能纳米机器人用于目标物的检测未见报道，拓展了功能化DNA纳米机器人的应用，为生物传感技术提供了新思路构建新型免标记、驱动DNA循环诱导开启荧光纳米机器人，提高了纳米机器人的工作效率，实现荧光免标记。

摘要： 本发明公开了一种用于游离循环肿瘤DNA提取的增强剂、提取外周血中游离循环肿瘤DNA的试剂盒及方法。其中，该增强剂包括：1μg/μL～5μg/μL Carrier RNA、1μg/μL～5μg/μL多聚腺苷酸、1μg/μL～5μg/μL糖原、0～5μg/μL线性丙烯酰胺、1μg/μL～5μg/μL酵母tRNA、2μg/μL～10μg/μL大马哈鱼精子DNA和/或鲱鱼精子DNA和水。本发明的用于游离循环肿瘤DNA(ctDNA)提取的增强剂，可与常规的裂解结合液、洗涤缓冲液、洗脱液等结合使用，通过特异性的结合ctDNA并沉降下来，显著地提高了ctDNA的提取效率和提取产量。

摘要： 本发明提供了一种循环血DNA提取方法，其采用酸化预处理的硅珠浊液提取循环血DNA。较佳地，硅珠浊液是将硅珠震荡分散在液体中然后经过酸化预处理形成，酸化预处理通过加入酸实现，硅珠浊液的pH值为2.0，在血浆中还加入蛋白酶K，在血浆中还加入裂解缓冲液。还提供了相关的循环血DNA提取试剂盒。本发明的循环血DNA提取方法设计巧妙，抽提效率高、操作简便、成本低廉、安全环保，适于大规模推广应用。

摘要： 本发明提供了一种循环血DNA提取方法，其采用酸化预处理的硅珠浊液提取循环血DNA。较佳地，硅珠浊液是将硅珠震荡分散在液体中然后经过酸化预处理形成，酸化预处理通过加入酸实现，硅珠浊液的pH值为2.0，在血浆中还加入蛋白酶K，在血浆中还加入裂解缓冲液。还提供了相关的循环血DNA提取试剂盒。本发明的循环血DNA提取方法设计巧妙，抽提效率高、操作简便、成本低廉、安全环保，适于大规模推广应用。

摘要： 本发明提供了基于DNA三链介导构建多维DNA酶矩阵的超灵敏循环核酸检测体系、试剂盒和方法，涉及基因检测技术领域。本发明以三链DNA为信号扩增技术核心，将杂交链式反应(HCR)扩增和G‑四链体‑血红素DNA酶酶促信号扩增整合起来。在ctDNA存在的情况下，通过三链DNA引发多维网状杂交链式反应并形成三维立体网状DNA纳米线结构，此结构具有明显的细化分层及空间分布规律，支链上延伸出低层次分支，每个分支还可再延伸出更低层次的子分支。在此基础上，通过三链DNA介导构建分子间裂分式G‑四链体‑血红素DNA酶矩阵，从而实现循环核酸的超灵敏检测，具有无酶促信号扩增及可视化检测特征，具有极大发展潜力。

摘要： 本发明公开了一种基于DNA自组装结构对两种循环肿瘤DNA同时检测的方法，属于生物医学技术领域。本发明通过构建DNA六面体纳米结构基底，利用两种ctDNA存在时形成完整的六面体并形成具有催化活性的G‑四链体‑血红素复合结构，催化苯胺聚合反应，在六面体上形成聚苯胺，从而将靶标序列与DNA纳米结构的结合转化为电信号。并且由于碱基互补配对原则，当靶标序列发生突变时不会有电信号的产生，使该传感器特异性增强，能鉴别靶标序列突变，同时检测灵敏度提高。该方法相比于检测ctDNA的传统方法，检测时间短，特异性强，灵敏度高。

摘要： 本发明属于基因工程技术领域，公开了一种DNA循环诱导开启型DNA荧光纳米机器人构建方法，首次将驱动DNA循环诱导开启型DNA纳米机器人与以DNA为模板原位合成的金属纳米簇结合，构建新型荧光纳米机器人，实现免标记、免修饰及荧光信号诱导性级联增强的功能。本发明多功能纳米机器人的构建未见报道，为功能化DNA纳米机器人理性设计提供了新思路，为荧光成像技术提供了新工具；将该多功能纳米机器人用于目标物的检测未见报道，拓展了功能化DNA纳米机器人的应用，为生物传感技术提供了新思路构建新型免标记、驱动DNA循环诱导开启荧光纳米机器人，提高了纳米机器人的工作效率，实现荧光免标记。

摘要： 本发明公开了一种单链分子标签接头及单链DNA建库方法及其在检测循环肿瘤DNA中应用，单链分子标签接头，包括：14个碱基配对形成的茎结构、测序引物序列、和8个随机核苷酸组成的分子标签序列，其中测序引物序列与茎结构序列之间插入了一位碱基“U”，该单链核酸序列经退火变性会形成茎环结构；本发明通过单链DNA建库，解决现有检测技术中对液态活检特别是ctDNA片段短、浓度低、碎片化、灵敏度低技术问题；实现准确辨别基因组坐标始末位点相同的测序reads是来自同一还是多个原始细胞释放出来的cfDNA，并将来源于同一个细胞的原始正负链的测序reads配对起来分析的目的，从而降低测序的重复劳动，提高对假阳性突变的分辨率。