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SSR分析

SSR分析的相关文献在2002年到2022年内共计91篇,主要集中在农作物、园艺、农学(农艺学) 等领域,其中期刊论文84篇、会议论文4篇、专利文献178476篇;相关期刊49种,包括西北植物学报、中国生物学文摘、中国学术期刊文摘等; 相关会议3种,包括中国园艺学会第七届青年学术讨论会、2005航天育种高层论坛、全国作物遗传育种学术研讨会等;SSR分析的相关文献由334位作者贡献,包括于卓、于肖夏、马艳红等。

SSR分析—发文量

期刊论文>

论文:84 占比:0.05%

会议论文>

论文:4 占比:0.00%

专利文献>

论文:178476 占比:99.95%

总计:178564篇

SSR分析—发文趋势图

SSR分析

-研究学者

  • 于卓
  • 于肖夏
  • 马艳红
  • 吉万全
  • 王长有
  • 姜超
  • 张希太
  • 鞠天华
  • 吴金华
  • 崔阔澍
  • 期刊论文
  • 会议论文
  • 专利文献

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排序:

年份

    • 李青; 何斌; 陈群利; 游萍
    • 摘要: 为进一步丰富鲫鱼基因组数据,对肝脏、血液和卵巢组织进行高通量转录组测序。采用Illumina Hiseq高通量测序平台进行转录组测序,对所获得序列进行比对、基因注释、差异表达和SNP、SSR分析。结果提示,组装得到127 801条unigene,平均长度为735 bp。与相应数据库比对,最终获得117 414(91.87%)个有注释信息的unigene,有105条unigene获得GO注释,并分类到生物学过程、细胞组分和分子功能三大类42个功能中;有20 725条unigene被归纳到KOG的26个直系同源功能类型;获得KEGG注释的unigene共参与五大类32小类代谢通路。在鲫鱼肝脏、血液和卵巢组织中分别检测到307 740、343 516、348 795个SNP位点,共检测到48 808个SSR位点。提示获得有注释信息的unigene共117 414条,此外,获得一些SNP和SSR位点。结果可为进一步克隆和挖掘鲫鱼功能基因、多态性检测及群体遗传多样性分析等方面研究奠定基础。
    • 王成刚
    • 摘要: 本文对栽种杨树的作用进行分析,并对栽杨树品种SSR分析及鉴定的必要性加以阐述,研究对象选择辽宁省沈阳市法库县地区的杨树新品种、良种以及主要栽培品种,完成了40个杨树品种聚类分析图绘制,希望能为相关工作开展提供一些帮助。
    • 张海龙; 于卓; 祁娜; 于肖夏; 李景伟; 岳东
    • 摘要: 为明确内农薯1号(NNS-1)、内农薯2号(NNS-2)、内农薯3号(NNS-3)、内农薯4号(NNS-4)、内农薯5号(NNS-5)、内农薯6号(NNS-6)、红彩5号(HC-5)、紫彩1号(ZC-1)、紫彩2号(ZC-2)、紫彩3号(ZC-3)等10个马铃薯新品种在DNA分子水平上的遗传差异性,提取10个马铃薯新品种基因组DNA,并利用SSR分子标记技术对其进行了遗传差异性和聚类分析。结果表明,筛选出SSR适宜引物10对,PCR扩增实验得到多态性条带位点117个,多态性位点数占总位点的84.17%。聚类分析显示,10个马铃薯品种的遗传距离(GD值)变幅在0.1264~0.7143之间。以GD值0.55为基准,将10个材料划分为四类:NNS-1、NNS-2和HC-5为第一类;NNS-3、NNS-4和NNS-5为第二类;ZC-1、ZC-2和ZC-3为第三类;NNS-6为第四类;2个特异性引物S 189和S 25扩增的SSR指纹图可明确识别10个马铃薯新品种在DNA水平上的遗传差异。
    • 刘宇飞; 于卓; 于肖夏; 杨东升; 李佳奇; 李景伟; 卢倩倩; 李靓
    • 摘要: 为明确马铃薯新品系染色体构型及在DNA水平上的遗传差异.以5个马铃薯新品系(NNS-01、NNS-02、NNS-03、NNS-04、NNS-05)及对照(MIN-021)为材料,采用常规压片法及SSR分子标记技术对其PMCMⅠ染色体配对构型及SSR多态性进行了分析.结果表明,5个马铃薯新品系的染色体构型明显不同,依次为7.66Ⅰ+7.52Ⅱ+6.82Ⅲ+1.21Ⅳ、4.72Ⅰ+11.02Ⅱ+3.2Ⅲ+2.91Ⅳ、5.26Ⅰ+10.2Ⅱ+3.82Ⅲ+2.72Ⅳ、8.39Ⅰ+7.32Ⅱ+6.51Ⅲ+1.36Ⅳ和4.96Ⅰ+8.06Ⅱ+5.74Ⅲ+2.43Ⅳ.利用筛选出的10对SSR适宜引物,对各供试材料的基因组DNA进行PCR扩增,获得SSR多态性条带94个,多态性比率为72.23%;用特异性引物S 189建立了能明显鉴别5个新品系及对照材料的SSR指纹图;以GD值0.39为基准,将6个材料分成四类:新品系NNS-01和NNS-02为一类,新品系NNS-03和对照材料MIN-021为一类,NNS-04和NNS-05各单独为一类.
    • 李靓; 于卓; 于肖夏; 杨东升; 卢倩倩; 李景伟; 李佳奇; 刘宇飞
    • 摘要: 为明确6个马铃薯新品系NNS-P 11、NNS-H 6、NNS-H 4、NNS-C 10、NNS-L 9和NNS-Y 40的分子细胞遗传学差异,对下一步新品种育成鉴定和登记利用提供依据.以马铃薯材料MIN-021作对照,利用常规压片法和SSR分子标记技术,对其花粉育性、PMCMⅠ染色体配对构型及SSR进行了比较分析.结果表明:6个马铃薯新品系间花粉育性有一定差异,新品系NNS-Y 40的花粉育性较低(39.95%),新品系NNS-P 11、NNS-H 4、NNS-C 10的花粉育性较高(81.12%,77.94%,77.76%),新品系NNS-H 6和NNS-L 9花粉育性居中(67.27%,69.71%).6个新品系染色体配对构型依次为1.08Ⅰ+14.89Ⅱ+1.18Ⅲ+3.40Ⅳ、2.35Ⅰ+11.96Ⅱ+3.59Ⅲ+2.74Ⅳ、2.10Ⅰ+14.21Ⅱ+1.35Ⅲ+3.02Ⅳ、3.31Ⅰ+13.98Ⅱ+2.99Ⅲ+1.94Ⅳ、3.45Ⅰ+12.94Ⅱ+2.81Ⅲ+2.56Ⅳ和8.23Ⅰ+6.92Ⅱ+6.07Ⅲ+1.93Ⅳ.试验筛选出SSR适宜引物10对,对各新品系及对照材料基因组DNA扩增,获得82个SSR多态性条带,多态性比率占78.10%.各材料的遗传距离(GD)变幅为0.2444~0.6875,以GD值0.40为基准,划分为3类:第一类为新品系NNS-P 11、NNS-L 9、NNS-Y 40和对照MIN-021,第二类为新品系NNS-H 6和NNS-H 4,新品系NNS-C10单独为一类.试验建立了能明确鉴别7个供试材料的SSR指纹图.
    • 聂峰杰; 甘晓燕; 张丽; 巩檑; 刘璇; 杨文静; 宋玉霞
    • 摘要: 为明确不同原生地沙米的生长特性和遗传多样性,在宁夏、甘肃、内蒙古等不同原生地设置样方开展物候期调查、形态学观察、种子营养成分分析,利用SSR分子标记对3个省、自治区的17个自然居群沙米进行遗传多样性分析,获得如下结果:不同原生地沙米的物候期、器官形态和种子营养成分含量有差异,其中甘肃民勤地区的沙米株高达20~135 cm,种子千粒重达1.59 g,淀粉含量达307.46 mg·g-1、蛋白质含量达103.36 mg·g-1、粗脂肪含量达54.90 mg·g-1,均优于甘肃武威、宁夏银川市和内蒙古阿拉善地区的沙米;3个省、自治区的17份自然居群的沙米种质资源遗传多样性分析,检测到76个条带,其中有39条多态性条带,多态性比率为51.3%;利用NTSYSpc(Version 2.10e)软件计算出17份沙米种质资源遗传相似性系数介于0.28~0.71之间.以0.58作为相似性系数分界点,将17份沙米资源聚为3类,其中宁夏滨河新区的资源聚为一类,内蒙古阿拉善地区9号资源和其他地区的15份资源均来自腾格里沙漠腹地,各聚为一类.研究表明供试沙米资源的物候期、形态特征、种子营养成分及遗传多样性均与原生地的生态地理环境具有一定相关性.
    • 李红; 李波; 邬婷婷; 杨曌; 方志坚; 焦德志; 孙婴宁
    • 摘要: 为了揭示紫花苜蓿适应苏打盐碱环境胁迫机制,本试验采用Illumina HiSeq 4000测序技术对紫花苜蓿叶片进行转录组测序并对基因进行功能预测,测序共获得91 853个Unigenes,总碱基数为65 369 474 bp.Unigenes序列长度分布显示,测序质量较好,可信度高,其中,45 540个Unigenes与其它生物的基因有不同程度的同源性,通过GO,COG及KEGG数据库注释,将Unigenes具体定位到次生代谢物的生物合成途径、抗生素合成途径、光合作用途径等.紫花苜蓿叶片苏打盐碱胁迫响应中GH3,MYB,HSF等转录因子均发生不同程度的上调,而EREBP转录因子总体受到抑制,同时候选了4CL,PP2C基因及相关转录因子.从91 853个Unigenes中共检测到10 949个SSR位点,包括6类核苷酸基序,A/T出现频率最高,其次为AG/CT和AAG/CTT.qRT-PCR荧光定量检测5个基因的表达趋势与RNA-Seq分析结果一致,证明RNA-Seq测序的可靠性.本研究通过对紫花苜蓿转录组研究,为优质牧草的分子生物学研究提供数据库来源.
    • 徐德宏; 罗月芳; 江灵敏; 孟蕾; 谭朝阳
    • 摘要: 目的:利用Illumina/Solexa Hiseq2000测序平台对女贞果实进行转录组测序.方法:将测序得到的大量数据进行拼接与组装,并应用生物信息学方法对所得序列进行功能注释、功能分类、代谢途径分析和简单重复序列位点查找等研究.结果:共获得32856614条clean reads,含4.93 Gb的有效数据.对clean reads应用Trinity软件进行组装,共获得163092条unigene,总长度、平均长度和N50分别为108.57 Mb、665.68 bp和1345 bp.公共数据库(Nr,Nt和 SwissProt数据库)的BLAST比对分析显示,有83903条unigene获得基因注释,进一步的功能分类表明,在GO数据库中有16876条unigene可被分别注释到细胞组分、分子功能和生物学过程三大类别中.将unigene与COG数据库进行比对,可获得25个功能类别,其中较多unigene涉及果实中物质的合成与转运相关的营养功能.KEGG数据库作为搜索对象,可将unigene定位到21类代谢途径中,涉及重要次生代谢产物黄酮类和萜类生成的unigene数目分别为258条和929条.SSR位点查询发现,在14270条unigene中共可找到15925个SSR位点.结论:本研究在转录组水平对女贞果实进行了系统研究,这为进一步开展女贞果实的分子标记开发和重要次级代谢产物的生物合成奠定了基础.%Objective:This study used Illumina/Solexa Hiseq2000 platform to sequence the transcriptome of Ligus-trum lucidum fruits.Methods:A large number of data obtained by sequencing were spliced and assembled,and bioinformatics methods were used to study the functional annotation,functional classification,metabolic pathway analysis and simple sequence repeat site search.Results:The results showed that 32 856 614 clean reads were acquired including 4.93 Gb valid data.The Trinity software was used to assemble the clean reads,receiving 163 092 unigenes with a total read length of 108.57 Mb,an average read length of 665.68 bp and N50of 1345 bp.The 83 903 unigenes were annotated using BLAST searches against the public database(Nr,Nt and SwissProt database).Further functional classification indicates that 16 876 unigenes were classified into cellular components,molecular functions and biological processes in GO database.Aligning unigenes with COG database,25 functional categories could be obtained,among which lots of unigenes involved in nutritional function of fruit to synthesize and transport substances.As the search object,unigene could be located into 21 kinds of metabolic pathways in KEGG database,in which the number of unigene involved in the production of important secondary metabolites flavonoids and terpenoids was 258 and 929,respectively.The analysis for SSR loci showed that 15 925 SSR loci could be detected from 14 270 unigenes.Conclusion:In this study,the L.lucidum fruits was studied systematically at the transcriptome level,which laid a foundation for the further development of molecular markers and biosynthesis of important secondary metabolites from L.lucidum.
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