粪便DNA

摘要： 动物在生长发育不同阶段组织器官的代谢水平有所差异,线粒体DNA(mtDNA)的拷贝数在一定程度上反映了机体的生理状态和代谢强度。以64只大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)粪便DNA为材料,采用实时荧光定量PCR方法,验证了肠道上皮组织中平均每个细胞mtDNA的拷贝数(N_(mpc))与月龄之间具有显著相关性(R^(2)=0.129,P=0.004),且呈现出随着月龄的增长而下降的趋势。幼龄个体的N_(mpc)远高于中、老龄个体,且个体差异很大。此外,性别对N_(mpc)也具有明显的影响,同一生长阶段的雄性比雌性更高。这些发现为进一步探究肠道上皮细胞mtDNA拷贝数与生长发育和衰老之间的关系,以及利用其作为指标来评估机体的生理状况提供了依据。

摘要： 目的 探讨粪便多配体聚糖2(SDC2)基因甲基化在结直肠恶性肿瘤(CRC)进展中的相关性.方法 收集2018年4月至2019年7月上海交通大学医学院附属松江医院经结肠镜检查(和/或)病理诊断的133例受试者,其中44例CRC、61例进展期腺瘤(AA)和28例对照者(CRC和AA均为阴性者)为研究对象.每例收集两份粪便标本,采用前瞻性双盲配对法对标本分别进行一次实时定量SDC2基因甲基化特异性聚合酶链反应(qMSP)和粪便隐血免疫化学法(FIT)检测,并比较两种方法的敏感度和特异度.结合临床术后病理标本及分期,计数资料采用Fisher确切概率检验分析,计量资料使用秩和检验Kruskal-Wallis(3组之间)和Mann-Whitney法(两组之间)分析;采用Spearman相关分析CRC的SDC2甲基化Ct值与肿瘤直径、分期、浸润深度和淋巴结转移的相关性.结果 在CRC组和AA组中SDC2甲基化敏感度均显著高于FIT(0.909比0.614,P＜0.05和0.525比0.164,P＜0.01),差异均有统计学意义;CRC组、AA组和对照组的SDC2甲基化Ct值M(P25～P75),35.02(31.32～37.87),38.90(37.26～51.00)和51.00(40.22～51.00),CRC 组 SDC2甲基化Ct值显著低于AA组,AA组SDC2甲基化Ct值显著低于对照组(Z=-5.213、-4.048,P＜0.01),差异均有统计学意义;单变量相关分析提示,CRC组SDC2的Ct值与肿瘤直径、分期、浸润深度和淋巴结转移呈负相关(r=-0.422、-0.437、-0.371、-0.417,P＜0.05),与年龄呈正相关(r=0.308,P＜0.05),差异均有统计学意义.结论 粪便SDC2甲基化在结直肠肿瘤检查的敏感度显著高于FIT,SDC2甲基化程度与CRC肿瘤进展程度呈正相关.

摘要： 目的:检测200例结肠癌复发患者瑞格菲尼靶向治疗后粪便DNA与血CEA、CA199的变化,讨论粪便DNA在结肠癌复发后瑞格菲尼靶向治疗后监测中评估价值.方法:200例结肠癌复发患者治疗前检测粪便DNA或者血CEA、CA199,入组后予瑞格菲尼靶向治疗,一个月后检测其粪便DNA与血CEA、CA199的含量.结果:在结肠癌复发靶向治疗效果监测中粪便DNA优于血CEA、CA199,差异均具有统计学意义.结论:粪便DNA在结肠癌复发后瑞格菲尼靶向治疗效果监测中具有重要的评估价值.

摘要： 非损伤性取样被广泛应用在动物保护遗传学、分子生态学和分子进化等研究领域.随着基因组测序技术的发展和基因组学时代的到来,如何从非损伤性取样样品中获取能够用于进行基因组测序的高质量DNA是研究者面临的难题.本文总结和比较了非损伤性取样中最常用的粪便样品和考古材料或博物馆标本两类样品中富集宿主DNA的方法及应用,以期为非损伤性取样在动物基因组学的研究和应用提供重要参考.

摘要： 目的 探讨大肠肿瘤患者粪便中ITGA4和SFRP2基因甲基化水平在其疾病诊断和预后中的价值.方法 实时荧光定量PCR法检测结直肠癌(n=85)、结直肠腺瘤(n=65)和健康人(n=40)粪便中ITGA4和SFRP2基因甲基化水平.结果 3组年龄性别无明显差别,粪便ITGA4和SFRP2基因启动子甲基化在结直肠癌中的阳性检出率分别为48.2％和62.4％,联合检测的阳性检出率81.2％;在结直肠腺瘤中的阳性检出率分别为23.1％和43.1％,联合检测的阳性检出率69.2％.结直肠癌组ITGA4和SFRP2基因启动子甲基化阳性检出率明显高于结直肠腺瘤组(P<0.001,P=0.001)和健康对照组(P均<0.001),差异有统计学意义.而结直肠癌组术前ITGA4和SFRP2基因启动子甲基化水平与术后是否出现肿瘤复发有关;采用Kaplan-Meier法绘制无复发生存曲线,结果显示ITGA4和SFRP2基因启动子甲基化阳性患者组无复发生存率均明显低于阴性患者组(P=0.0002,P=0.007).其他因素均校正的情况下,经COX比例风险回归模型多因素分析,结果显示,术前ITGA4和SFRP2基因启动子甲基化和肿瘤分化程度与结直肠癌的复发有关(P=0.01,P=0.03),可以作为结直肠癌复发的独立危险因素.结论 基于粪便ITGA4和SFRP2基因甲基化单独检测的阳性检出率较低,而联合检测可以提高结直肠癌的阳性检出率,弥补了单独检测的不足.ITGA4和SFRP2基因启动子甲基化和肿瘤分化程度可以作为结直肠癌复发的独立危险因素.

摘要： 目的:研发一种粪便样本保存液,可用于结直肠癌早筛人群粪便样本的常温保存与运输,且保存样本可用于后续粪便样本DNA检测.方法:改良配方,配制自制粪便样本保存液,将其用于常温保存粪便样本3和7 d,以及7 d内-80°C冻融一次后,采用琼脂糖凝胶电泳定性及实时荧光定量PCR(qPCR)检测人源看家基因β-globin的DNA拷贝数测试其阻遏DNA降解及微生物增殖的效能,并与RNAlater进行比较.自制粪便样本保存液应用于501例结直肠癌筛查人群,采用qPCR检测人源看家基因ATCB的DNA拷贝数,评估其对粪便DNA的保存效能.结果:自制保存液常温保存粪便样本3和7 d后琼脂糖凝胶电泳结果显示β-globin条带无明显变化,qPCR结果显示ΔCt≤0.2;采用自制保存液保存粪便样本并在7 d内-80°C冻融一次条件下,琼脂糖凝胶电泳结果显示β-globin条带无明显变化,qPCR结果显示ΔCt70％,明显优于未使用保存液的样本合格率(<40％).结论:本研究开发了一种经济有效的粪便样本保存液,既不需要冷链运输,又能较长时间保存粪便DNA完整性并抑制微生物的增殖,为将其用于大样本量结直肠癌人群的早期无创筛查提供研究基础.

摘要： 林麝Moschus berezovskii是国家一级重点保护野生动物.本研究从林麝基因组和已发表的微卫星位点中筛选到7个适合林麝粪便DNA扩增的四碱基微卫星位点,建立了林麝的个体识别体系.在四川白水河国家级自然保护区20条监测样线中共收集到林麝粪便46份,基于微卫星个体识别鉴定到30只个体,使用微卫星和线粒体D-Loop进行多样性评估,结果显示,7个微卫星位点的平均期望杂合度和观察杂合度分别为0.602和0.563,4个位点显著偏离哈迪-温伯格平衡,且均表现为杂合不足.线粒体D-Loop遗传多样性检测结果显示,保护区林麝单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.7213和0.02344,表明保护区林麝遗传多样性处于中等水平.基于个体识别、样线调查和保护区适宜栖息地计算出保护区样线内林麝的平均密度为4.39头·km-2,保护区内约有1090头林麝.本研究为保护区林麝的遗传资源保护提供了重要的基础资料.

摘要： 2018年3月—2019年1月,在卧龙国家级自然保护区三江片区和其他3个重要区域布设120个红外相机监测点对食肉动物(Carnivora)进行调查,以了解保护区内食肉动物的物种组成与垂直分布;依据粪便采样与DNA宏条形码分析,对粪便产生者及其食物种类进行鉴定,了解重要物种的食物组成和同域分布物种间的捕食关系.结果表明:在卧龙保护区共记录到13种食肉动物,其中分布海拔跨度最高的物种为猪獾(Arctonyx collaris),其次为豹猫(Prionailurus bengalensis)与黄喉貂(Martes flavigula);分布海拔跨度最小的物种为小熊猫(Ailurus fulgens),其次为狼(Canis lupus)、大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)与香鼬(Mustela altaica).从群落组成的角度来看,记录到的高山食肉动物8种,包括猪獾、石貂(Martes foina)、香鼬、黄鼬(Mustela sibirica)、雪豹(Panthera uncia)、豹猫、狼与赤狐(Vulpes vulpes);中低山食肉动物5种,包括小熊猫、大熊猫、黑熊(Ursus thibetanus)、花面狸(Paguma larvata)、黄喉貂;海拔3500 m为这2个动物群的大致分界线.在赤狐的粪便样品中共发现5个食物MOTU,主要来自鸡形目(Galliformes)、兔形目(Lagomorpha)和啮齿目(Rodentia);豹猫样品中共发现9个食物MOTU,分别属于兔形目、啮齿目、偶蹄目(Artiodactyla)、雀形目(Passeri-formes)和鸡形目.初步弄清了卧龙保护区内野生食肉动物的组成、海拔分布,结果有助于保护区食肉动物的保护与监测.

摘要： 2018年3月—2019年1月,在卧龙国家级自然保护区三江片区和其他3个重要区域布设120个红外相机监测点对食肉动物(Carnivora)进行调查,以了解保护区内食肉动物的物种组成与垂直分布;依据粪便采样与DNA宏条形码分析,对粪便产生者及其食物种类进行鉴定,了解重要物种的食物组成和同域分布物种间的捕食关系。结果表明:在卧龙保护区共记录到13种食肉动物,其中分布海拔跨度最高的物种为猪獾(Arctonyx collaris),其次为豹猫(Prionailurus bengalensis)与黄喉貂(Martes flavigula);分布海拔跨度最小的物种为小熊猫(Ailurus fulgens),其次为狼(Canis lupus)、大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)与香鼬(Mustela altaica)。从群落组成的角度来看,记录到的高山食肉动物8种,包括猪獾、石貂(Martes foina)、香鼬、黄鼬(Mustela sibirica)、雪豹(Panthera uncia)、豹猫、狼与赤狐(Vulpes vulpes);中低山食肉动物5种,包括小熊猫、大熊猫、黑熊(Ursus thibetanus)、花面狸(Paguma larvata)、黄喉貂;海拔3500 m为这2个动物群的大致分界线。在赤狐的粪便样品中共发现5个食物MOTU,主要来自鸡形目(Galliformes)、兔形目(Lagomorpha)和啮齿目(Rodentia);豹猫样品中共发现9个食物MOTU,分别属于兔形目、啮齿目、偶蹄目(Artiodactyla)、雀形目(Passeriformes)和鸡形目。初步弄清了卧龙保护区内野生食肉动物的组成、海拔分布,结果有助于保护区食肉动物的保护与监测。

摘要： 本公开提供用于鉴定粪便样品中的低拷贝数DNA序列(如来自致病性细菌物种或与疾病相关的遗传变体的低拷贝数DNA序列)的方法和材料。

摘要： 本发明公开了一种粪便内微生物的总DNA的提取试剂盒，包括预处理液、裂解液、第一去污剂、第二去污剂、磁珠混合液和结合液；预处理液包含乙二胺四乙酸、氯化钠、磷酸氢二钠、磷酸二氢钠和聚乙烯吡咯烷酮；裂解液包含十二烷基苯磺酸钠、十六烷基三甲基溴化铵和吐温20；第一去污剂包含三羟甲基氨基甲烷、乙酸钾和十六烷基三甲基溴化铵；第二去污剂包含三羟甲基氨基甲烷、硫酸铝和硫酸铵；结合液包含胍盐、乙酸钠和异丙醇。本发明还公开了粪便内微生物的总DNA的提取方法。本发明更加节省时间，提取流程更加简单，纯度更高。

摘要： 本发明提供一种粪便样本DNA基因突变试剂盒，涉及试剂盒技术领域。该一种粪便样本DNA基因突变试剂盒，包括KRAS突变检测与β‑act i n内参，首先需要进行核酸提取工作，采用核酸提取试剂盒，对保存液中粪便进行核酸提取，Nanodrop检测A26/A280，并采用以Fe3O4磁性微球为载体的核酸提取方法。通过采用良好的引物探针设计，采用PNA技术进行检测，并设置有不同突变类型探针，实际检测方式多样，整体实际检测效果良好，此外通过科学的实验步骤、实验方式与实验条件，可以良好的掌控反应过程，进而得到准确可靠的实验结果，实际特异性及准确性高。

摘要： 本发明公开了一种粪便样本DNA多基因甲基化试剂盒，涉及样本DNA多基因领域。本发明中，试剂盒、采样机构和处理机构，其特征在于：试剂盒由盒体和盒盖组成，采集机构和处理机构均放置在盒体内，采集机构包括采样盒、采样器、存放块和存放槽，存放块设置在采样盒的内部，通过在试剂盒内设置采集机构和处理机构，并且采用丽纳芯甲基化处理试剂盒，对提取的核酸进行甲基化处理，可提高产品的特异性和准确度在采集提取方面，采用丽纳芯核酸提取试剂盒，对保存液中粪便进行核酸提取，在处理方面，采用丽纳芯甲基化处理试剂盒，对提取的核酸进行甲基化处理，最后用荧光PCR处理，采用丽纳芯甲基化处理，可提高产品的特异性和准确度。

摘要： 用于粪便脱落细胞DNA甲基化检测的生物靶点、引物探针组合物和应用和试剂盒及其用法，涉及体外检测技术领域；生物靶点在粪便脱落细胞DNA甲基化检测的生物靶点的应用，所述生物靶点包括SFRP2、NPY、PDX1、APC、COL4A2、FGF5和SDC2基因。本发明的引物探针组合物，其可实现SFRP2、NPY、PDX1、APC、COL4A2、FGF5和SDC2基因的甲基化特异性扩增检测，上述基因组合的甲基化情况可用作大肠癌恶性程度和预后评价的分子生物学标记，实现大肠癌的筛查，准确性高。

摘要： 一种基于粪便总DNA应用于不同遗传分析的可行性评估方法，属于分子生物学技术领域。为了填补当前粪便DNA应用于不同遗传分析场景下的质控方法以及可行性标准的空白，本发明以细菌的16srRNA基因、动物线粒体基因组上的ND5基因和核基因组上的RPS27A基因为目标，采用相应引物建立荧光定量PCR体系，分别测定粪便总DNA中细菌DNA、动物线粒体DNA(mtDNA)和核DNA(nuDNA)的拷贝数。以细菌DNA的拷贝数为参照，构建了mtDNA和nuDNA相对丰度(RmtDNA、RnuDNA)两个指标，并分别建立了粪便DNA应用于以PCR技术为基础的SNP分型、STR分型和以高通量测序技术为基础的线粒体基因组组装和全基因组重测序场景下的成功率与RmtDNA和RnuDNA的关系模型，作为预评估粪便DNA在不同遗传分析中可用性的工具。

摘要： 本发明涉及一种FastM粪便DNA快速提取试剂盒及提取方法，包括试剂1、试剂2、试剂3、EB溶液和搅拌珠；试剂1含有如下组分：1mM的NaOH、质量浓度为0.5％的SDS、5mM的EDTA、质量浓度为1％的CTAB、0.5M的NaCl；试剂2的pH值为3且其含有如下组分：质量浓度为10mg/mL的蛋白酶K、1mM的Tris‑HCl、H

摘要： 本发明涉及细菌DNA提取技术领域，且公开了一种快速高效提取大熊猫粪便微生物DNA的方法，包括以下工作步骤：取样与保存；第二步：粪便DNA提取与纯化；第三步：DNA样品质量检测；第四步：PCR扩增；第五步：PCR产物的纯化及序列测定；第六步：粪便DNA模板中背景DNA的检测，采集新鲜的大熊猫粪便和大熊猫粪便表面富含黏膜部分，使用2倍体积的100％乙醇保存。本发明中，由于在抽提获得了较高浓度的目标动物DNA的基础上,模板中抑制物被有效去除,而未对PCR产生影响，可以有效去除PCR反应中的酶抑制物成分，适用于不同物种粪便中微生物DNA的提取，达到快速高效提取动物粪便中微生物DNA的效果。

摘要： 本发明涉及从粪便提取肠上皮细胞特定DNA的方法。具体公开了一种从粪便提取肠上皮细胞特定DNA的方法包括步骤：(1)将粪便样品与细胞裂解液孵育，获得含DNA的混合物，(2)将混合物与PVPP接触，获得去除抑制剂的DNA。本发明所述方法具有重复好，操作简单，不需要特殊仪器设备等优点。

摘要： 本发明属于核酸提取分离技术领域，尤其涉及一种粪便微生物DNA组合物试剂盒及提取方法。一种粪便微生物DNA提取组合物，由裂解液、结合液、洗涤液和洗脱液组成，所述裂解液为ET A和ET B的组合物。本发明提供的粪便微生物DNA的提取方法采用1mm大小均匀的玻璃珠对微生物进行破壁，同时采用无机试剂对微生物进行裂解提取，减少外源核酸污染；操作流程简单，使粪便微生物DNA提取时间最快可在15分钟完成提取，可以便捷、高效地提取粪便微生物基因组DNA，提取浓度和纯度高，非常适宜临床应用及科研应用。