古DNA

摘要： 发酵生产是人类最原始的对微生物的应用和实践,在人类历史上具有重要意义。然而,由于分子证据的匮乏,人类发酵生产的演变历程及相关发酵微生物的演化和驯化历史尚不清楚。本文以目前最常见的两类发酵食品——酒及发酵乳品为例介绍了发酵食品考古和相关发酵微生物的演化和驯化研究,以及古微生物学和发酵古微生物的研究现状,并讨论了将微生物古DNA技术应用于古代发酵微生物研究的可行性和难点,展示了古DNA捕获技术在本领域的应用潜力,为发酵微生物演化研究提供了新的思路和方法。

摘要： 广泛分布的湖泊为连续沉积和保存历史时期多样化生物核酸分子提供了绝佳的自然档案。随着近年来古DNA提取和测序技术的进步以及组学技术的发展,利用湖泊沉积物古DNA重建古生态演化及其对气候变化和人类活动的差异性响应得到广泛而深入的研究。本文回顾了古DNA研究的历史背景、理论基础,以及湖泊沉积物古DNA保存的影响因素和生物信息学分析流程;重点评述了湖泊沉积物古DNA在揭示气候环境变化、生物多样性及流域生态系统演化、物种定殖与外来物种入侵、人类活动影响、环境生态功能基因演化及其在细胞器基因组和古生态时间序列分析研究中的诸多应用和进展。同时还介绍了当前研究面临的局限和挑战以及组学技术在古DNA研究中的发展概况,分析了当前研究尚存的不足,并展望了未来可能的努力方向。

摘要： 2021-27《科技创新(三)》纪念邮票记载了5项科技成果,-5票图名为“古DNA揭秘中国史前人群迁徙动态与族群源流(图1)”,两股有规律地交叉的飘带贯穿整个画面,象征DNA链;丛林中的古代人和高楼下的现代人表现古今对比;背衬是由棕至褐再由绿至蓝的带状波纹,一个小圆圈内画有行驶在海上的小舟,反映了古地层和海洋文化。

摘要： 传统的考古方法主要依靠人力调查遗址,通过考古人员的主观经验挖掘遗迹,判断文物的历史信息。科技考古指的是利用高新技术手段,进行现代化的古文物挖掘、鉴定工作。随着科技考古理念的诞生,数字考古、古DNA研究等科技考古方法逐渐与传统考古方法相结合,助力考古事业的发展。基于此,现以科技考古与传统考古方法相结合的意义为出发点,探讨科技考古与传统考古相结合的方法,希望能为考古事业的发展提供一些借鉴。

摘要： 2022年诺贝尔生理学或医学奖的获奖者是著名生物学家、进化遗传学家斯万特·帕博(Svante Paabo)。他通过研究已灭绝古人类的基因组,对探索人类演化作出了巨大贡献。文章介绍帕博及其团队关于尼安德特人和丹尼索瓦人的研究和发现,以及古DNA领域近30年的发展和最新成果。

摘要： 考古学的学科性质决定了它不会成为很热门的专业,所以在宏观层面.考古学科的发展依赖于国家经济的强盛和公众文化水平的提升;从微观来看,干考古这_行则需要兴趣作为动力。——安家瑶。在古DNA出现之前,考古学家根据古代骨骼的形状和人工制造物的类型的演变来推断人群的变动,但是这些数据很难给出一个圆满的解释。而现在通过对古代人类的全基因组测序,我们可以了解到栩栩如生的、人与人之间关系的细节。

摘要： 从骨骼和牙齿化石的记录情况可以推断出,加拿大育空地区最后的猛犸象在大约12000年前就已经灭绝了。但是,使用新的基因取样技术得出的结果却表明:它们与野牛和麋鹿在北极苔原上共同跋涉的时间,比我们预期的多出数千年。它们的故事就埋藏在土壤中。骨骼化石能提供丰富的史前遗传信息,但它们并不是唯一的信息源。从冰河时代脱落的皮肤细胞到松针,都可能成为储存在土壤中的基因记录。长期以来,古生物遗传学家一直在从土壤中提取和分析“环境DNA”,但如何在不破坏这些脆弱线索的前提下去除其中的非DNA物质,—直是一项令人生畏的任务。

摘要： cqvip:东亚与东南亚在地理上紧密相连,文化上相互影响。从史前到历史时期,两地一直存在着人群迁徙和融合,而古DNA研究提供了有别于传统考古学和现代人群遗传关系的新见解。

摘要： 家养动物的起源与扩散与农业起源、古代贸易、文化交流密切相关,一直是考古学研究的核心问题.山羊(Capra hircus)是人类最早驯化的家畜之一,为早期人类提供了重要的肉食资源、奶、羊毛和毛皮,在古代社会发展过程中扮演了一个重要的角色.在中国,由于早期动物考古研究的局限性,动物考古学家并没有仔细区分考古遗址中出土的绵羊和山羊,而是笼统地以羊来代替,导致我们对山羊在中国的起源、驯化及其传播情况并不十分清楚.本文系统整理了中国古代遗址中出土的山羊资料,同时结合现代山羊分子生物学研究成果以及古代山羊的古DNA研究,阐述了中国古代山羊的起源与扩散过程,为今后的深入研究提供了一个新的研究思路.

摘要： 非损伤性取样被广泛应用在动物保护遗传学、分子生态学和分子进化等研究领域.随着基因组测序技术的发展和基因组学时代的到来,如何从非损伤性取样样品中获取能够用于进行基因组测序的高质量DNA是研究者面临的难题.本文总结和比较了非损伤性取样中最常用的粪便样品和考古材料或博物馆标本两类样品中富集宿主DNA的方法及应用,以期为非损伤性取样在动物基因组学的研究和应用提供重要参考.

摘要： 古DNA是指从考古和化石材料中得到的DNA.在过去的20年里,随着科学技术的发展,古DNA研究经历了从个别样品中获取线粒体DNA小片段,到大范围研究古代群体,甚至灭绝生物的线粒体或核基因组全序列.但是,很多问题也逐渐显现出来,诸如低估污染而导致的错误结果.为此,科学家们开始提出古DNA研究的严格标准.可以肯定,古DNA已经成为生物学研究的一个强有力的工具,帮助人们从一个全新的角度来解读生物的进化过程.

摘要： 古DNA是指从考古和化石材料中得到的DNA.在过去的20年里,随着科学技术的发展,古DNA研究经历了从个别样品中获取线粒体DNA小片段,到大范围研究古代群体,甚至灭绝生物的线粒体或核基因组全序列.但是,很多问题也逐渐显现出来,诸如低估污染而导致的错误结果.为此,科学家们开始提出古DNA研究的严格标准.可以肯定,古DNA已经成为生物学研究的一个强有力的工具,帮助人们从一个全新的角度来解读生物的进化过程.

摘要： 古DNA是指从考古和化石材料中得到的DNA.在过去的20年里,随着科学技术的发展,古DNA研究经历了从个别样品中获取线粒体DNA小片段,到大范围研究古代群体,甚至灭绝生物的线粒体或核基因组全序列.但是,很多问题也逐渐显现出来,诸如低估污染而导致的错误结果.为此,科学家们开始提出古DNA研究的严格标准.可以肯定,古DNA已经成为生物学研究的一个强有力的工具,帮助人们从一个全新的角度来解读生物的进化过程.

摘要： 古DNA是指从考古和化石材料中得到的DNA.在过去的20年里,随着科学技术的发展,古DNA研究经历了从个别样品中获取线粒体DNA小片段,到大范围研究古代群体,甚至灭绝生物的线粒体或核基因组全序列.但是,很多问题也逐渐显现出来,诸如低估污染而导致的错误结果.为此,科学家们开始提出古DNA研究的严格标准.可以肯定,古DNA已经成为生物学研究的一个强有力的工具,帮助人们从一个全新的角度来解读生物的进化过程.

摘要： 本发明涉及一种煤地质环境微生物菌群的变性梯度凝胶电泳(DGGE)分子检测中煤地质环境古菌专用的物种DNA Marker，属于微生物分子生态学领域。本发明是通过以下方法实现的：用于检测煤地质微生物古菌物种的DNA Marker，该DNA Marker由8条DNA片段a‑h组成，DNA片段a的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示，DNA片段b的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.2所示，DNA片段c的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.3所示，DNA片段d的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.4所示，DNA片段e的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.5所示，DNA片段f的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.6所示，DNA片段g的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.7所示，DNA片段h的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.8所示。

摘要： 一种担载SiO2磁珠快速提取古DNA的方法，将处理好的骨骼样品放置在等离子体处理反应器中，对骨骼样品处理，液氮处理骨骼样品，把骨骼样品研磨成粉末，并加入其10倍体积的提取缓冲液振荡；在离心机中吸出上清液浓缩；再加入结合缓冲液和磁珠悬浮液混匀；加入洗涤缓冲液洗涤，取下离心管，加入TE洗脱液离心使磁珠被吸附，将洗脱液移至干净离心管中，即得到古DNA提取溶液；本发明在整个纯化过程不需要离心、不需要加入多种试剂，简化了古DNA提取步骤，缩短了提取时间，操作简单，成本低廉，大大提高了古DNA提取效率，降低了提取成本和对设备的依赖性。

摘要： 本申请公开了一种从古DNA数据中过滤现代DNA污染的方法及其应用。本申请过滤现代DNA污染的方法，包括对古DNA的Illumina二代测序原始数据进行古DNA特征过滤，具体包括根据古DNA脱氨基特征对Illumina二代测序原始数据进行现代DNA污染过滤，即过滤后保留古DNA脱氨基造成的5’端至少N个C‑>T突变，和/或3’端至少M个C‑>T突变的读长。本申请的方法，能对目前广泛使用的Illumina平台数据进行处理，本申请采用最适合于古DNA的对比对算法和参数，在适合的N和M值下，能使过滤后的污染率达到0，是目前为止过滤强度最大的方法之一，为后续的古DNA的深入研究奠定了基础。

摘要： 本发明公开了一种木质文物的古DNA捕获方法，依次包括：取样，去除样本内部及外表面存在的外源DNA污染，通过真空冷冻干燥脱水、样本研磨、漂洗、细胞裂解、DNA基因组富集、杂交捕获来有效获取木质文物古DNA。本发明聚焦木质文物木材细胞的古DNA精准捕获，不仅突破了常规木材DNA提取方法难以实现木质文物DNA有效获取的难题，而且为具有外源污染严重、DNA含量低、高度降解及广泛损伤等典型特征的古DNA分析与利用提供了可能。可用于干态及饱水木质文物树种鉴定、保护与修复领域，实用性强。

摘要： 本发明提供一种基于语言基因多态性SNPs标记的古DNA种族确定方法；通过提取古代样本中的古DNA，对古DNA直接建库并实施全基因组高通量测序，从所测序列中收集13个语言基因(FOXP1，FOXP2，CNTNAP2，RBFOX2，TPK1，DCDC2，KIAA0319，TM4SF20，FLNC，ATP2C2，ROBO1，ROBO2，CMIP，DYX1C1，NFXL1)的147个单核苷酸多态性位点信息，对这些位点信息数字化表征并与一组对照序列做主成分分析(PCA)，继而确定古DNA样本是否属于赫哲族或鄂伦春族。

摘要： 本发明提供一种古DNA文库构建的方法，涉及超低浓度DNA文库构建技术领域。所述古DNA文库构建的方法主要包括：对DNA短片段的脱氨基位点进行切割、去磷酸化和热变性、连接第一个接头、固定连接产物到磁珠、平末端修复、连接第二个接头以及文库的纯化和洗脱、确定文库制备效率、文库浓度等步骤。本发明弥补了现有商用DNA建库试剂盒中超低浓度DNA文库构建的空白，通过对DNA单链进行建库能够有效对古DNA以及其他高度降解的DNA序列进行高效的文库构建，适宜在痕量DNA测序，以及法医学中的应用。

摘要： 本发明提出了一种深海古菌单链DNA结合蛋白SSB及其制备方法和应用，属于基因工程技术领域，包括以下步骤：S1.构建深海古菌单链DNA结合蛋白SSB的重组表达质粒S2.重组表达深海古菌单链DNA结合蛋白SSB；S3.亲和纯化深海古菌单链DNA结合蛋白SSB；S4.凝胶电泳实验检测深海古菌单链DNA结合蛋白SSB的单链DNA结合活性。本发明采用基因合成一种深海古菌单链DNA结合蛋白SSB，应用于DNA延伸与PCR反应，提高PCR特异性，减弱引物二聚体的生成，提高PCR目的基因的扩增效果，能提高PCR扩增产量1‑2倍。

摘要： 本发明公开了一种利用dU和古菌DNA聚合酶的基因克隆的方法，利用dU修饰引物和古菌DNA聚合酶扩增目标基因和克隆载体，生成5’端为单链DNA尾巴的PCR片段，目标基因和载体PCR片段的单链尾巴彼此配对，不需要任何酶对PCR产物进行处理，简单的混合在一起，就能够形成重组质粒。因此本方法极大地简化了操作步骤，消除了PCR产物处理效率低导致的无缝基因克隆与常规限制性内切酶克隆容易失败的技术缺陷，显著提高了目标基因与质粒间的重组效率，非常便于进行大规模基因克隆。同时，该方法能够应用于基因点突变等，也可用于精准医疗等领域的DNA文库构建。

摘要： 本发明公开了鉴定和分析古DNA样本的方法，其中包括获得待测DNA样本的DNA信息的方法，该方法包括以下步骤：对所述待测DNA样本进行建库和测序，以便获得测序数据；对所述测序数据进行过滤处理；将所述经过过滤处理的测序数据进行比对处理，以便获得比对结果，所述比对结果包含所述待测DNA样本的DNA信息，所述比对处理最多容许4个碱基的错配。利用该方法能够有效地基于对待测古DNA样本的建库和测序，获得待测古DNA样本的DNA信息，并且，该信息准确，可信度高，能够有效用于待测古DNA的基因组分析，例如变异检测、古DNA的鉴定、性别判定以及现代人DNA污染率评估。

摘要： 本发明涉及一种煤地质环境微生物菌群的变性梯度凝胶电泳(DGGE)分子检测中煤地质环境古菌专用的物种DNA Marker，属于微生物分子生态学领域。本发明是通过以下方法实现的：用于检测煤地质微生物古菌物种的DNA Marker，该DNA Marker由8条DNA片段a‑h组成，DNA片段a的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.1所示，DNA片段b的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.2所示，DNA片段c的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.3所示，DNA片段d的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.4所示，DNA片段e的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.5所示，DNA片段f的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.6所示，DNA片段g的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.7所示，DNA片段h的核苷酸序列如SEQ.ID.NO.8所示。