近交系数

摘要： 为评估‘天山雪’肉鸽纯系经过多世代选育后的群体近交情况,并分析28日龄肉鸽体重遗传力,收集了连续4个世代942只肉鸽个体的系谱资料,以及第4世代231个个体的28日龄体重数据,采用ASReml软件动物模型估计了肉鸽28日龄体重的遗传力,并计算了各世代的群体平均近交系数。结果表明:‘天山雪’肉鸽纯系28日龄平均体重为(627.99±68.38)g,28日龄体重遗传力为0.58,属于高遗传力性状;4个世代的群体平均近交系数分别为0、0.63%、3.13%、5.23%。每个世代的近交系数逐步增加,在今后的选育中应注意近交情况。

摘要： 对7 051窝不同近交系数的杜洛克母猪繁殖数据进行统计分析,发现近交程度对杜洛克母猪繁殖性能的影响主要表现在产仔总数、产活仔数和产弱仔数方面。近交系数第3组(3.125%~6.25%)与其他组间在产仔总数、产活仔数和产弱仔数方面存在显著(P<0.05)或极显著差异(P<0.01)。母猪2胎、3胎、4胎、5胎次的产仔总数、产活仔数、产弱仔数均以第3组最高。说明通过适度近交,可以较快地剔除有害基因、增加遗传稳定性,可以较好地降低有害基因对母猪繁殖性能的影响。

摘要： 旨在通过分析娄门鸭保种群体的遗传多样性和群体结构来评估保种效果。本研究在娄门鸭保种群中随机选择同一世代163只90日龄的健康个体(39公,124母),翅静脉采血后提取基因组DNA,利用简化基因组测序技术检测全基因组范围内的单核苷酸多态性(SNPs);利用R软件计算个体水平的多态信息含量(PIC)、固定指数(Fix-index)、香农信息指数(SHI)、基因多样性指数(Nei)、有效等位基因数(Ne)以及本研究自创的相对多态信息含量(rPIC)等6个遗传多样性指标,并比较分析了不同染色体水平的遗传多样性指标;同时利用admixture软件分析群体遗传结构,gcta软件分析群体主成分和个体间的亲缘关系,并分析连续性纯合片段(runs of homozygosity,ROH)以及基因组近交系数F_(ROH),评估保种效果。结果显示,163只娄门鸭个体共检测到622205个SNPs位点,质控过滤后得到374455个高质量SNPs位点,其中50.70%的位点分布在NC_040046、NC_040047、NC_040048和NC_040049四个染色体中。娄门鸭群体PIC、Nei、Ne、SHI和rPIC指标值分别为0.1541、0.1929、1.336、0.2969和0.4109,对于SNPs而言,该群体38.80%的SNPs位点属于高度多态性位点,遗传多样性较为丰富;Fix-index值为0.3208,说明娄门鸭群体出现了分化,这与遗传结构、PCA和亲缘关系分析将娄门鸭群体划分为3个群体的结果一致。PIC、Nei、Ne和SHI四个指标分别在不同染色体上的分布规律均一致,且4个指标两两相关性均达到0.97以上,而Fix-index与其他4个指标的相关性较低,在0.23以下,说明可以选择Fix-index以及PIC等少数指标来评估娄门鸭群体的遗传多样性。163只娄门鸭个体共检测到2966条ROH,ROH片段长度主要集中在0~2 Mb区间;基于ROH得到的基因组近交系数F_(ROH)在公、母鸭中分别为0.0275和0.0433,说明娄门鸭保种群近交程度较低;具体到染色体水平,NC_040068、NC_040074染色体的F_(ROH)值分别达到0.3524和0.3193。结果提示,娄门鸭保种群的遗传多样性较丰富,群体基因组近交系数较低,但个别染色体的近交系数较高,且群体出现了部分分化。后续保种中可以将遗传结构分析得到的3个分化的亚群个体之间进行适当的非随机交配,消除目前的群体分化现象,并重点监测染色体近交系数较高的基因组区域,避免个别染色体近交系数上升过快。

摘要： [目的]利用德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与澳大利亚西门塔尔母牛品系间、及德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)与本地肉用母牛选种选配后,培育优秀种群。[方法]通过个体牛只信息和编号、父母代和祖父母代信息和编号,采用近交系数和亲缘系数的计算公式,利用R语言编制程序计算47头德国西门塔尔牛(弗莱维赫牛)的后代母牛个体间亲缘系数和近交系数。[结果]所有个体间均无近交,近交系数为0,群体亲缘系数值在0~0.5000之间。本试验的牛群主要来自于自繁自育母牛场,做选配时,较好地控制了近交系数,但是,从亲缘系数来看,在群使用的种公牛较少,为防止近交,有必要提高使用种公牛家系的数量,每年都要计算近交系数和亲缘系数。

摘要： 为了更好地保护和利用安庆六白猪这一优良种质资源,本实验使用“中芯一号”(Illumina CAUPorince50KSNP)芯片对118头健康成年安庆六白猪个体进行了SNP分型,其中包括18头公畜,100头母畜,平均检出率达98.86%。首先通过Plink(V1.90)与R语言软件对该群体进行主成分分析,发现18头公畜大致形成4个群落,100头母畜随机分布。其次,利用Gmatrix(V2)与R语言软件进行基于G矩阵的基因组亲缘关系分析。118头安庆六白猪群体中个体间平均IBS遗传距离值为0.2769±0.0417,公猪个体间平均遗传距离值为0.2738±0.0420。通过对群体中每个个体的ROH统计,共检测出3847个ROH片段,平均每个个体中大约有33个ROH片段且ROH总长度约为255.19 Mb,群体的平均近交系数值为0.107,证明该群体近交积累较多。最后使用邻接(Neighbor-Joining,NJ)法并且基于G矩阵结果对该群体进行了家系划分,将18个公畜样本划分为5个家系。通过上述多种分析发现该群体内个体间有一定的近交趋势,所以之后在针对该群体的育种与保种上尽量谨慎配种,避免群体内过度近交导致严重的近交劣势。

摘要： 以云南省种羊繁育推广中心饲养的考尔木细毛羊(种公羊22只、繁殖母羊600只)为研究对象,通过对母系分群与家系分群2种母畜组群方式进行群体系谱选配分析.结果:母系分群选配66个组合中有22个近交系数小于0.78％,占33.33％,其中有6只种公羊不适宜参与任何一群的配种;家系分群选配22个公母同家系组合近交系数全部大于0.78％,88个公母不同家系组合中有82个近交系数小于0.78％,占93.18％."按家系进行母畜组群、公母同家系禁止配种、不同家系间进行轮配"是种畜生产单位切实可行的群体选配方案,其不仅编制配种计划简单方便,还能有效降低近亲繁殖的概率,减少场外引种的频率.

摘要： 近交会导致近交衰退及群体遗传杂合度的下降。为了对纯血种公马的引进与选配、选育提供参考,以西澳大利亚地区在册的23匹纯血马种公马的系谱为研究对象,对种公马个体的近交系数、个体双亲间亲缘系数进行计算分析以评价其近交程度。结果表明:23匹纯血种公马中16匹为近交个体,近交系数最高为0.0215,平均近交系数为0.0071,在赛事中的优胜场次主要出现在5周岁前,没有发现个体近交系数的变化对参赛成绩有影响。

摘要： 实验以河南某育种场的美系大白母猪的10229条繁殖记录为基础,分析不同配种季节、初配日龄、胎次和近交系数等因素对繁殖性能的影响.结果显示:冬季配种的初生窝重、断奶仔数和校正21日龄窝重均显著高于其他季节,且健仔数显著高于春季和夏季;初配日龄为211～240 d的健仔数和初生窝重显著高于210 d及以下,断奶仔数显著高于271～300 d,弱仔数和畸形数最低,且显著低于300 d以上;产仔性能随着胎次的增加呈先上升后稳定再下降的趋势;3～7胎次的总产仔数、产活仔数、初生窝重和校正21日龄窝重均显著高于第1胎次;当近交系数在0.0281～0.0460时的断奶仔数和校正21日龄窝重高于其他近交系数组,且与近交系数在0.0140及以下组差异达到显著水平.结果表明,配种季节、初配日龄、胎次和近交系数等因素对美系大白母猪的繁殖性能均有不同程度的影响;在生产中,美系大白母猪于211～240 d初配、冬季配种、3～7胎次、近交系数控制在0.0281～0.0460时的繁殖性能最佳.

摘要： 旨在利用表型和基因组信息对北京油鸡随机交配保种群体近交系数、有效群体大小进行研究,评价北京油鸡保种群体保种情况.本研究以国家级北京油鸡保种场北京油鸡2019年随机交配保种群体40只鸡为研究对象,对表型记录进行整理,同时利用基因组SNP信息,使用PLINK软件分别计算基于ROH的近交系数(FROH)、基于纯合基因型的近交系数(FHOM)、基于联合配子之间相关性的近交系数(FuNI);使用GCTA和R软件计算基于基因组关系G矩阵的近交系数(FGRM);使用SNeP软件估计北京油鸡历史世代的有效群体大小;使用NeEstimator软件估计基于连锁不平衡方法的当前世代的有效群体大小;使用R软件的PerformanceAnalytics包对FROH、FHOM、FGRM和FuN1等不同算法所得近交系数进行相关性分析,评价北京油鸡的保种情况.结果 显示,1979-2019年以来,北京油鸡保种群体凤冠、胫羽、五趾等典型的外貌特征明显且百分比稳定;保种群有效群体大小从98世代前的595逐渐降至13世代前的176;2019年北京油鸡随机交配保种群体FROH为0.0798,与FGRM显著相关(P＜0.01),且相关系数为0.45;除此之外,FHOM与FGRM,FHOM与FUNI以及FGRM与FUNI之间也存在较高的线性相关.北京油鸡1979-2019年以来近交系数增长缓慢,国家级北京油鸡保种场随机交配保种群体的保种工作是十分有效的.基于目前情况,本研究建议每年随机选取一定数量的北京油鸡随机交配保种群体的个体,进行全基因组二代重测序检测,有利于对保种状况进行动态监控,以便随时调整保种工作方案.

摘要： 旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数(total number of piglets born,TNB)近交衰退的程度.本研究对1 937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型,其中1 039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪,且两品系均有表型记录和系谱记录,系谱共由3 086头大白猪组成.分别使用系谱、SNP和ROH进行个体近交系数估计,并将近交系数作为协变量利用动物模型对总产仔数进行近交衰退评估.为了精准定位导致总产仔数衰退的基因组片段,又进一步对每条染色体以及显著染色体分段计算近交系数并估计其效应,检测是否能引起总产仔数发生近交衰退现象.对于加系群体,FROH、FGRM和FPED估计的近交系数均值分别为0.124、0.042和0.013,其中FROH和FPED相关最高,相关系数为0.358;对于法系群体,FROH、FGRM和FPED均值分别为0.123、0.052和0.007,其中FROH和FGRM相关最高,相关系数为0.371.利用3种不同计算方法所得近交系数用于估计近交衰退时,加系群体的总产仔数均检测到显著的近交衰退,而且当FROH、FGRM和FPED每增加10％时,总产仔数分别减少0.571、0.341和0.823头;但法系群体仅有FRO H估计的总产仔数检测到显著近交衰退,FROH每增加10％时,总产仔数减少0.690头.为了锁定相关的染色体和基因组区段,首先利用ROH估计每条染色体近交系数并进行近交衰退分析发现,加系群体中检测到第6、7、8和13号染色体产生了显著近的总产仔数交衰退,而法系群体未检测到与近交衰退相关的染色体.然后,又将与加系总产仔数近交衰退显著相关的4条染色体平均分为2、4、6、8个片段进行近交衰退检测,其中平均分成8段后的染色片段的长度范围为15.1～25.8 Mb.在第6、7和8号染色体分别检测到1、2和3个与总产仔数相关的近交衰退染色体片段.这些区域注释到了CUL7、MAPK14和PPARD基因与胎盘发育相关,AREG和EREG基因与卵母细胞成熟有关.本研究利用3种近交系数计算方法对两个不同来源的大白猪总产仔数进行近交衰退评估,在加系大白猪中3种估计方法都能检测到近交衰退的现象,而法系群体中只有FROH才能检测到.而且通过ROH方法进一步确定了能引起加系大白猪总产仔数衰退的4条染色体和6个特定的染色体区段,还注释到了与繁殖相关的候选基因.这为揭示近交衰退的遗传机制提供了新的研究手段,也为基因组选种选配提供了参考依据.

摘要： 肉羊计算机辅助育种工作.需建立在系统、规范化的羊场生产管理模式下,大量累积数据基础上.本文在肉羊生产管理实现信息化的前期工作基础上,进一步开展育种分析,从近交系数和亲缘系数入手,采用亲缘协方差法,设计程序,按照获取简明系谱、对系谱排序、计算亲缘协方差矩阵三步骤计算.该方法的特点在于无需人工做系谱图,查找共同祖先,绘制通径线,易于计算机编程求解,且与生产管理系统结合可实现全程自动批量运算,简捷、快速,把育种工作者从繁琐的劳动中解放出来,可有效提高育种工作效率.

摘要： 近交系数的控制对于家禽育种和保种都具有重要的现实意义.本文将遗传算法引入家禽选育群的选配方案优化中,采用Monte Carlo方法,模拟比较大小两个群体,0.1,0.3,0.5,0.7四个遗传力水平下,引入遗传算法(genetic algorithm,GA)的交配方案和避免同胞随机交配方案(avoidance of full and half-sib mating,ASM)对群体近交系数和遗传进展的影响.结果表明,GA交配方案对近交增量控制作用明显.在遗传进展方面,GA交配方案也具有优于ASM方案的趋势。

摘要： 本研究根据阿尔巴斯绒山羊历年生产记录数据信息，综合考虑影响各性状的因素，通过建立回归方程，得出育成、成年绒山羊抓绒性状与个体近交系数及相应母体近交系数的关系，以便通过控制近交系数的上升，获得最好的后代，增加理想基因型，为今后合理选种、配种提供了理论依据。指出，在选配过程中，控制抓绒量的有利纯合基因在世代间得到了传递，使该性状产生了表型优势，其他性状表现为近交衰退，可能是由于选配使得隐形有害基因没有得到控制，传给了后代。因此，在近交对家畜的经济性状有不同程度的不利影响，在选种过程中应尽量避免近交。

摘要： 本试验将丝羽乌骨鸡进行全同胞交配、半同胞交配和非亲缘交配(近交系数分别为0.25、0.125和0)，观察此三种情况下种蛋的孵化性能及后代生长性能之间的差异。通过测定种蛋受精率、死胚率、孵化率以及后代早期死淘率、1～8周体重等指标分析发现：三种情况下种蛋的入孵蛋重、受精率、死胚率、入孵蛋孵化率、活胚孵化率、健苗率、出雏重以及早期死亡率等指标均没有显著差异(P>0.05);而非亲缘交配组的鸡各周平均体重始终大于其他两个组，某些周龄达到差异显著(P<0.05)或极显著的水平(P<0.01)，而全同胞和半同胞交配组的鸡之间体重却相差不大。综上所述，全同胞和半同胞交配没有对丝羽乌骨鸡种蛋孵化及后代早期生活力产生较严重的影响，但会造成后代生长速度的减缓，增大后代群体早期的体重变异系数。

摘要： 选择育种是育种工作的一个最基本的手段，在现在的选择育种方法中,群体选育因为其简单易行,短时期内也可以获得较好的效果而在水产动物中应用广泛。本文根据我国水产动物品种选育的现状，模拟其选育流程，通过设定育种群体梯度、针对不同物种设定产卵量梯度，对选育15个世代的育种群体进行有效群体大小、近交系数和近交衰退对比分析，寻找群体选育流程中的近交瓶颈，并针对群体选育种的近交情况，提供可行的控制近交的策略和方法，为水产动物育种的可持续良性发展提供借鉴和参考。

摘要： 在项目搭建的"奶牛精细养殖综合技术平台"上,将对动物个体祖先谱系的跟踪问题转化为满二叉树的数据结构后,选用前序遍历搜索算法,编写了追溯奶牛个体面向4代祖先的自定义"找祖先"函数,利用平台系统设定参数产生的模拟数据,实现了4代以内祖先的谱系跟踪,同时还提供雌性祖先的生产性能数据;以跟踪的谱系数据为基础,将"找祖先"函数和计算近交系数的原理相结合,实现了某个体与指定公牛(或母牛)交配后裔的近交系数监测,以控制近亲繁殖.研究还进一步指出,只要改变寻找祖先的起点,就能实现超过4代的祖先谱系分析.但是,个体谱系高世代(中亲或远亲)追踪必须以超越时空的、完整的奶牛繁殖档案数据库为基础,因此建议尽快建立我国奶牛繁殖科学数据库.

摘要： 本发明涉及一种近交系小型猪辅助后肢，属于猪养殖技术领域。所述的近交系小型猪辅助后肢包括固定板、连接带、支撑杆；所述的固定板上设有用于连接猪后肢的连接带，固定板下端设有能够旋转一定角度的支撑杆。本发明通过连接带将固定板与猪后肢牢固连接，然后通过支撑杆对固定板进行支撑，从后肢侧面为猪提供稳定的辅助支撑，辅助猪后肢承重，恢复近交系小型猪后肢的正常功能，辅助近交系小型猪运动、采食、饮水及交配；同时，猪在行进过程中，支撑杆能够随后肢小腿部分一起旋转活动，使猪行走更加自然顺畅。

摘要： 本发明涉及一种医用近交系猪限越养殖栏，属于猪养殖技术领域。包括围栏和遮阳棚，所述的围栏内侧地面上沿围栏开设有沟槽，沟槽内铺设有防跳箱体，防跳箱体内设有可上下移动的活动盖板，活动盖板底面中部设有复位弹簧。本发明通过在近交系猪养殖栏内猪只起跳部位设置会下陷的活动盖板，破坏猪只起跳时的瞬间爆发力，使猪只不能有效起跳，从而防止近交系猪只翻越围栏跳出，避免近交系猪只串栏造成的受伤、系谱错误以及没有系谱记录的滥交，有效保证了近交系的纯正血统和有序的继代繁育进程，本发明结构简单，使用方便，同时方便养殖人员对近交系猪只的日常管理。

摘要： 本申请涉及小鼠品系鉴定的技术领域，具体公开了一种SNP标记在近交系小鼠品系鉴定中的应用、引物序列。具体地，SNP标记在近交系小鼠品系鉴定中的应用，所述SNP标记包括15个SNP位点；所述近交系小鼠品系选自C57BL/6J、C57BL/6N、BALB/c、FVB、DBA/2、CBA/CaJ和C3H。以及用于合成上述SNP位点的引物序列在近交系小鼠品系鉴定中的应用。本申请能够同时鉴别出C57BL/6J、C57BL/6N、BALB/c、FVB、DBA/2、CBA/CaJ和C3H 7种近交系小鼠品系，提高了近交系小鼠品系鉴定结果的准确性。

摘要： 本发明涉及近交系小鼠品系遗传背景鉴定与遗传污染检测领域，提供了用于监控DBA近交系小鼠遗传质量的方法、引物组及其应用，具体而言，该方法包括检测待测小鼠的特异性SNP位点的基因型，以快速高效地从相关近交品系中快速鉴定出DBA品系，从而快速高效地将DBA品系与其他品系的遗传信息有效区分，实现遗传质量监控中杂交品系溯源的检测需求，该方法具有能够采用低成本监控DBA近交系小鼠遗传质量的优点。

摘要： 本发明涉及利用微卫星技术对近交系小鼠进行遗传质量监测的方法。本发明提供了一系列分布于小鼠的不同染色体上、具有良好多态性的四碱基重复微卫星位点及其特异性引物，用于对常用近交系小鼠品系间的鉴定和遗传多态性的监测。本发明的方法操作简便快捷，成本低廉，易于推广使用。

摘要： 本发明公开了一种近交系遗传质量监控的SNP快速检测方法，首先SNP panel设计：选取近交系小鼠品系，筛选与其它品系特异性区分位点和常规遗传质量监控位点，前者以染色体为单位，SNP panel中应包括至少5对含特异性区分位点的染色体，且每对染色体应含有2个以上特异性区分位点；后者在特异性区分位点的基础上，按照每对染色体4‑5个等间距位点原则将SNP panel的位点补足为96个；然后设计SNP位点引物；再提取样本DNA，用KASP法进行基因分型，并与NCBI上的SNP位点信息比较，完成近交系小鼠遗传质量监控。本发明还公开了一种近交系遗传质量监控的SNP位点及SNP位点引物。

摘要： 本申请涉及小鼠品系鉴定的技术领域，具体公开了一种SNP标记在近交系小鼠品系鉴定中的应用、引物序列。具体地，SNP标记在近交系小鼠品系鉴定中的应用，所述SNP标记包括15个SNP位点；所述近交系小鼠品系选自C57BL/6J、C57BL/6N、BALB/c、FVB、DBA/2、CBA/CaJ和C3H。以及用于合成上述SNP位点的引物序列在近交系小鼠品系鉴定中的应用。本申请能够同时鉴别出C57BL/6J、C57BL/6N、BALB/c、FVB、DBA/2、CBA/CaJ和C3H 7种近交系小鼠品系，提高了近交系小鼠品系鉴定结果的准确性。

摘要： 本发明涉及一种医用近交系猪辅助本交装置，属于猪养殖技术领域。包括钢架、安装架、支撑杆，所述的钢架顶部滑动安装有安装架，安装架上竖直安装有支撑杆，支撑杆有四根，分别与猪只的四条腿相互对应，支撑杆上滑动安装有滑块，滑块通过驱动装置Ⅰ驱使上下移动，滑块上设有用于连接猪只的腿套。本发明通过腿套将公猪的四肢固定在支撑杆的滑块上，通过滑块的上下移动，将公猪前身抬起，辅助公猪爬跨母猪，同时，对公猪的后肢进行辅助支撑，保证猪只能顺利完成本交，延长猪只本交持续时间，提高公母猪本交成功率和母猪受孕率，解决困扰近交系因公猪后肢异常无法继代繁育的问题，加速医用近交系猪的群体扩繁。

摘要： 本发明公开了NOD‑B6重组近交系小鼠模型的构建方法及应用，属于实验动物模型技术领域。以NOD/ShiLtJ X小鼠和C57BL/6J小鼠作为亲本，杂交获得F1代；F1代同一窝小鼠全同胞交配，获得F2代；后续各代同一窝小鼠均进行全同胞交配，至20代以上，获得NOD‑B6重组近交系小鼠。本发明构建的小鼠模型纯合率高，后代繁殖稳定，可用于耳聋、糖尿病、干燥综合征等疾病的生物研究。

摘要： 本发明公开了一种基于近交系数计算模型的奶牛配种方法，通过种公牛电子档案数据库和种母牛电子档案数据库，记录每头奶牛的信息，数据库表结构包括公牛编号、公牛名称、父亲、母亲、家族、品系、出生日期、出生地址、体型、TPI、性能指标等详细信息；配对开始时信息系统通过植入预配奶牛编号、冻精公牛编号，计算机系统自动对每头母牛和每头种公牛的冻精参数一一配对组合，每组配对均读取配对奶牛的系谱关系，构建电子系谱图，利用近交系数计算模型对数据进行处理，得到该对组合的近交系数。本发明可以快速准确的进行大数据量的系统处理，可以大大减少了不必要的人力劳动，保证了计算值的准确度，提高处理速度。