肺腺癌预后甲基化基因生物标志物鉴定

摘要

目的 寻找一种有效的甲基化基因生物标志物,用于肺腺癌的预后预测.方法 从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库下载219例肺腺癌和29例正常肺组织样本DNA甲基化数据及临床信息,采用Cox比例风险回归模型进行DNA甲基化生物标志物的鉴定,使用时间依赖性受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线评估该模型的性能,通过基因本体论(Gene Ontology,GO)进行功能注释,探讨DNA甲基化标志物的生物学功能.结果 基因差异甲基化分析,鉴定了160个差异甲基化基因.通过Cox回归分析,筛选出生存相关的4个DNA甲基化基因(AF131215.8、AL021918.1、RP11.386G11.3和ZNF382)作为肺腺癌预后生物标志物.Kaplan-Meier和ROC分析显示,患者总生存期比较低风险组(1.97年)明显高于高风险组(0.54年),差异比较具有统计学意义(P<0.001),并且具有很好的预测能力(AUCSignature=0.793).多因素Cox回归分析结果表明筛选出生存相关的生物标志物是独立预后因子.GO功能注释显示,这些基因主要参与转录激活活性、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、蛋白质异源二聚体活性和RNA聚合酶Ⅱ启动子转录的正调控等.结论 鉴定出4个DNA甲基化基因作为预测肺腺癌预后的生物标志物并且是独立预后因子.