丙型肝炎病毒1a、1b 和2a 型 E1E2原核质粒的构建和序列分析

摘要

目的：构建陕西地方株丙型肝炎病毒（HCV）1a、1b 和2a 型包膜糖蛋白 E1E2的原核质粒并测序比对。方法采用逆转录－巢式聚合酶链反应（RT－nest PCR）扩增获得 HCV 1a、1b 和2a 型 E1E2片段，与 pMD－18 simple vector 连接，转化感受态细菌 DH5α，小量提取质粒 DNA 并测序。测序结果与 Gene bank 中其他标准序列比对以获取同源性数据。同时重点分析 E2蛋白高变区（HVR）1和2氨基酸序列。 MEGA 4软件绘制种系进化树图。结果成功扩增约2 kb 的目的片段并构建原核质粒，测序结果正确。1b 亚型 E1E2的核苷酸和氨基酸序列的同源性最差。 HCV E2的HVR1和2的序列比对显示，同种基因亚型在 HVR 1的变异性最大，而 HVR 2的序列变异性不显著。不同基因亚型的毒株在 HVR 1和2的变异性极大，而1b 亚型在 HVR 1和2的变异性比1a 和2a 型突出。结论陕西地方株 HCV 1b 型 E1E2区比1a 和2a 型更易发生突变，1b 型 E2的 HVR 变异性更显著。