一种基于转录组测序开发山茶属植物SSR引物的方法

摘要

本发明提供一种基于转录组测序开发山茶属植物引物的方法：以茶树叶片为材料进行cDNA库的构建和illumina测序，经过滤和从头组装后获得转录组数据。使用MISA、SSR Hunter完成位点搜索，并对包含SSR位点的序列进行生物信息学分析。以此为据进行SSR分子标记引物的开发，利用开发的引物对部分山茶属植物材料进行遗传多样性分析。本发明成功设计38对引物，经多态性筛选最终获得16对多态性引物，利用这16对引物检测了部分山茶属植物资源的遗传相似性，验证了这些引物的可用性。本发明为山茶属植物SSR引物开发提供了新思路。