基于转录组测序的油梨EST-SSR引物开发

摘要

利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs),为SSR标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础.采用Illumina二代测序的技术,共获得37639条无冗余的序列,对其进行SSR搜索,共获得6419条简单序列重复(SSR).利用Primer 3.0软件设计SSR引物,并以11份油梨种质筛选多态性引物.基于转录组序列开发出的EST-SSR的分布频率为17.05％.在油梨EST-SSR中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的99.07％.单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的37.47％、31.80％和29.80％;出现频率最高的二核苷酸重复基元是AG/CT,占总数的29.15％,出现最高的三核苷酸重复基元为AAG/CTT,占12.01％.随机选择315个SSR位点合成引物,经11份油梨种质筛选鉴定,227对引物可扩增获得产物,有效扩增率为72.06％;其中34对引物表现出良好多态性,占有效引物的12.78％,占总引物的10.79％.在34对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数2～12个.利用高通量测序开发SSR引物有较好的实用性,开发获得的34个具有多态性的油梨SSR标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异.