华南地区常见的8种食源性致病菌检测基因芯片研制

摘要

目的 研制能同时检测华南地区常见8种食源性致病菌的oligo基因芯片.针对8种食源性致病菌基因组上的特征性靶区域,设计70 mer的寡核甘酸探针.方法 分别以检测8种食源性致病菌中每一种菌的检测探针组构建一个亚阵列;然后再将上述的8个亚阵列构建为一个大阵列,并命名为Biosafood-8芯片.用Biosafood-8芯片检测18个种属样品后进行PPR的排序与比较.结果 LM亚阵列检测李斯特菌属的3个李斯特菌LM、Lin和Liv的PPR分别为68.8%、51.8%和59.6%,而其它非李斯特菌属样品的PPR都在43%以下;VC亚阵列检测VC样品的PPR为54.1%,而其它非VC样品的PPR都在17.2%以下;VP亚阵列检测VP样品为66.7%,而其它非VP样品都在24.2%以下;Sal亚阵列检测Sal样品为55.9%,而其它非Sal样品都在50.5%以下;Shi亚阵列检测Shi样品为53.8%,而其它非Shi样品都在36.6%以下;SA亚阵列检测SA样品为65.2%,而其它非SA样品都在22.7%以下;CJ亚阵列检测CJ和CC分别为88.2%和58.8%,而其它非弯曲菌样品都在35.3%以下;EC亚阵列检测EC样品为47.9%,而其它非EC样品都在41.6%以下.结论 用Biosafood-8芯片检测18个不同种属来源的已知参考生物样品,从全阵列和芯片上每一个亚阵列两个不同的水平,都证实该芯片能够通过集成的8个目标菌检测探针亚阵列,在整体芯片阵列水平,清晰而又明确地区分目标致病菌样品和非目标致病菌样品,特异而又准确地显示被检测样品的目标菌种属.