DNA微阵列

摘要： 1分子生物技术的发展1.1DNA microarray(DNA微阵列)技术DNA microarray技术又被称之为生物芯片技术或蛋白质微阵列技术,该技术是目前分子生物学领域中最火爆的技术、在世界各地的科研组织都在竞相开发,DNA microarray技术的大概步骤为:在一个特定的固相机制上,将高密度地点上的众多DNA片段,通过操作制作成微阵列也就是DNA芯片或生物芯片。在检测时通常采用分子杂交的手段,将微阵列与荧光标记的标本进行杂交,杂交完成后经过洗涤,使用激光共聚焦显微扫描仪检测荧光信号,经过微机处理分析就可以得到检测结果。

摘要： 目的 探讨间隔区寡核苷酸DNA微阵列法在结核分枝杆菌基因分型检测中的应用价值.方法 将结核分枝杆菌标准菌株(H37Rv)、卡介苗(BCG)菌株和97株临床结核分枝杆菌株的聚合酶链反应产物分别进行传统Spoligotyping和间隔区寡核苷酸DNA微阵列分型,比较2种方法的一致性,并用H37Rv菌株检测间隔区寡核苷酸DNA微阵列法的灵敏度.结果 结核分枝杆菌标准菌株、BCG菌株和97株临床结核分枝杆菌菌株的间隔区寡核苷酸DNA微阵列分型结果与传统Spoligotyping完全一致,符合率为100％;且间隔区寡核苷酸DNA微阵列法有较好的检测效能.结论 间隔区寡核苷酸DNA微阵列法用于结核分枝杆菌分型具有操作简便、快速等特点,适于结核病的溯源和分子流行病学调查.

摘要： 这是关于曲菌产生的有美白功效的曲酸,从基因水平解析其生成途径的报告。由于曲菌的基因链已被破解,因而为确定合成曲酸的基因(kojA,R,T)创造了条件。曲酸是曲菌的二次代谢物,曲菌为何要生成曲酸其目的尚不十分明确。培养基对产生曲酸的影响很大,特别是硝酸钠,哪怕是少量添加也会使曲菌停止产生曲酸。研究者以此为入口,在添加了硝酸钠和不添加硝酸钠的培养条件下,采用DNA微阵列方法进行了分析,确认到3个曲酸合成的遗传基因,即kojA(AO090113000136)它是氧化还原酶;kojT(AO090113000138)是膜转运体;kojR(AO090113000137)是以Zn(Ⅱ)2Cys6对kojA和kojT的转录进行控制的基因。可能不止这3个,但这3个是非常重要的生成基因。

摘要： 针对DNA微阵列的高维、小样本及高冗余等特点,提出了一种新的集成分类方法.基于bootstrap技术的样本扰动和kruskalwallis与邻域互信息的特征扰动训练多个具有较大差异性和较高准确性的基分类器;针对教与学优化算法易陷入局部最优、优化精度不高和收敛速度较慢等不足,从"教"与"自学"过程入手,设计了一种改进的教与学优化算法实现基分类器的选择性集成,并用于DNA微阵列分类.仿真实验结果表明:该方法在分类精度、集成规模、稳定性等方面具有较强的优势.

摘要： 目的:通过我市848例结核病人标本D N A微阵列法检测情况分析探讨,初步了解该样本群的检测分布状况,快速确立诊断治疗的应对方案.方法:结核分枝杆菌DNA微阵列法,检测全市在我院的送检标本,采用博奥公司提供的全套试剂及相应仪器,以及自备材料.结果:使用结核杆菌DNA微阵列法检测的848例结核病人送检标本,野生型占53.18％,双突变型占7.19％,单突变型占6.96％等.结论:使用该项检测方法有效地区分临床各组的全市分布情况,及时地为临床提供预防和治疗结核的合理方案,更好地为全市预防结核工作提供合理建议.

摘要： 基因芯片及高通量技术的广泛应用产生了大量的基因表达数据,海量数据蕴涵着非常丰富的生物信息,利用聚类分析可以有效分析蕴含在其中的规律和知识.然而,基因表达数据普遍为高维稀疏矩阵,传统单聚类分析很难寻找到隐藏在海量基因表达数据的局部有用信息.为了更好地挖掘海量数据中有用的局部信息,人们从思想上提出了有别于传统的聚类算法的双聚类概念,其主要强调在聚类时基因和条件的同时性.

摘要： To solve the classification issues of DNA microarray data and enhance the recognition rate,an AdaBoost-based selective ensemble learning method was proposed with evolvable hardware (EHW) multiple classifiers.At the system ensemble stage,two improved AdaBoost algorithms were introduced.A sample labeling method was used to improve the effective capacity of sampling,and a selective ensemble strategy was employed to directly promote the classification precision of combined classifier. The experiments were completed on acute leukemia,lung cancer and colon cancer.The results show that the average accuracies of the proposed AdaBoost-based EHW for acute leukemia,lung cancer and colon cancer dataset are 97.06%,99.32%and 94.44%,respectively.The proposed scheme achieves higher classification rate and lower hardware cost than the traditional EHW ensemble learning methods.%为了更好地解决DNA微阵列数据的分类问题并进一步提高系统的识别率，提出了一种用于DNA微阵列数据分类的演化硬件多分类器AdaBoost选择性集成学习方法．在系统集成阶段，介绍了2种改进的AdaBoost算法，分别探讨了以样本标记提升抽样有效容量和直接面向组合分类器分类精度提升的选择性集成策略．对急性白血病、肺癌、结肠癌数据集进行了试验．结果表明，基于AdaBoost集成学习的演化硬件方法对白血病、肺癌、结肠癌的平均识别率为97．06％，99．32％，和94．44％．相对于传统演化硬件集成学习方法，文中方法保证更优识别率的同时有效降低了硬件实现代价．

摘要： Objective:To investigate the dynamic expression of Sox9 and MMP12 in rabbits' condylar chondrocyte of tem-poromandibular joint internal derangement ( TMJID). Methods:60 Japanese white rabbits were randomly divided into five groups (control group, 1-week group, 2-week group, 4-week group, and 8-week group;n=12), which were sacrificed respec-tively after modeling TMJID at one week, 2 weeks, 4 weeks and 8 weeks respectively, then take out of condylar and made tissue chips from joints. DNA microarray technology, quantitative rtPCR, immunohistochemical technique and image pro-cessing were used to observe the expression of Sox9 and MMP12 in condylar chondrocyte among different groups. Results:The results of genetic testing and rtPCR were basically consistent, which showed that MMP12 expression reached the high-est level in the first week, then decreased with the modeling time going and reached the lowest level in the eighth week (decreased expression). Sox9 expression was low in the first week, then rose slightly, especially it rose significantly in the second, fourth, and eighth week. Conclusion:In TMJID, MMP12 is mainly involved in the early osteolysis destruction and Sox9 mainly involved in the late cartilage repair and reconstruction.%目的：研究Sox9基因、基质金属蛋白酶基因12（MMP12）在兔盘前移颞下颌关节的髁突软骨细胞中时空表达变化。方法：60只日本大耳白兔随机分为5组（对照组，1、2、4、8周组；每组12只），分别在颞下颌关节盘前移位建模后的1、2、4、8周处死，取出髁突软骨并将关节部位制成组织芯片，利用DNA微阵列技术、实时荧光定量PCR、免疫组化技术和IPP图像处理技术观察不同组内髁突软骨中Sox9、MMP12表达。结果：基因检测和rtPCR验证结果基本一致，显示为MMP12的表达在第1周达到最高值，之后随建模时间递减，在第8周达到最小值（表达下降），Sox9的表达第1周较低，随后略有上升，在第2、4、8周分别检测到其表达上升并存在统计学差异。结论：MMP12和Sox9同为骨性表达相关因子，在盘前移位颞下颌关节中，MMP12主要参与早期骨溶解破坏、炎症反应，Sox9主要参与后期软骨的修复重建。

摘要： 目的 探讨DNA微阵列法在结核菌耐药基因快速检出中的应用价值.方法 应用DNA微阵列法定性检测来源于临床疑似结核病患者痰液样本,检测利福平(RFP)和异烟肼(INH)的3个耐药相关基因rpoB、katG及inhA基因启动子的野生型及不同突变型;采用BACTECTM MGIT 960培养仪进行结核分枝杆菌(M.tuberculosis)培养,阳性液体培养物用改良罗氏比例法进行药物敏感试验.结果 174份M.tuberculosis核酸阳性痰液标本中15份rpoB突变型,突变频率最高的位点是531,突变率66.7％;17份katG/inhA突变型,其中12份是katG位点的单一突变,突变率为70.6％.对照68例改良罗氏比例法药敏结果,DNA微阵列法检测RFP、INH耐药的符合率均达90％以上.结论 DNA微阵列法可快速准确地检测大部分疑似结核病临床样本的rpoB、katG和inhA基因突变,可用于临床耐药性的检测,指导临床用药,并在临床诊断中推广应用.

摘要： 基因芯片是生物科学领域的一项高新技术，在基因组测序、基因表达、发现新基因、基因芯片绘制图谱及病原检测等方面得到了广泛应用。本研究介绍了基因芯片技术在生物研究中的研究进展，并对未来研究方向进行展望。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： 斑蝥是芫青科昆虫南方大斑蝥或黄黑小斑蝥的干燥全虫。我国很早就有关于斑蝥能抗肿瘤的记载。现代医学研究证明斑蝥其有效成分是斑蝥素，即斑蝥酸酐，它是斑蛰体内提取的一种单萜类物质，可以抑制癌细胞的核酸代谢及蛋白质的合成，导致癌细胞死亡。但斑蝥素的毒副作用较大，主要是泌尿道和消化道反应，这使得它的临床应用受到极大的限制。近来，人们合成了许多斑蝥素的衍生物，如斑蝥素与铂的络合物、去甲斑蝥素、斑蝥酸钠等，以降低斑蝥素的毒副反应，增强药物疗效。本文应用DNA微阵列技术，观察了斑蝥酸钠诱导K562细胞凋亡前后细胞基因表达的改变，初步研究斑蝥酸钠诱导细胞凋亡的分子机制。

摘要： DNA微阵列技术在一次实验中可以产生了全基因组的基因表达数据，如何从这些海量的表达数据中挖掘出我们感兴趣的基因之间相互作用的信息，即反向工程，是目前的研究热点之一。本文将介绍一种整合生物学知识先验的方法，基于现有的贝叶斯网络框架，对DNA微阵列数据分析建模过程做优化，使结果更接近生物学的实际。同时，我们还从可能的贝叶斯调控网络中，构建有向的2阶调控网络图，挖掘并重新构建出具有生物学功能的调控亚网络模块。然后，我们在S.cerevisiae细胞周期微阵列数据上来验证我们方法。最后，我们发布基于R的分析大规模基因微阵列表达数据的软件包：BNArray，使得对DNA芯片的统计建模成为一个连续的系统化的过程，并且我们的程序可以处理不完全的芯片数据。

摘要： DNA微阵列技术在一次实验中可以产生了全基因组的基因表达数据，如何从这些海量的表达数据中挖掘出我们感兴趣的基因之间相互作用的信息，即反向工程，是目前的研究热点之一。本文将介绍一种整合生物学知识先验的方法，基于现有的贝叶斯网络框架，对DNA微阵列数据分析建模过程做优化，使结果更接近生物学的实际。同时，我们还从可能的贝叶斯调控网络中，构建有向的2阶调控网络图，挖掘并重新构建出具有生物学功能的调控亚网络模块。然后，我们在S.cerevisiae细胞周期微阵列数据上来验证我们方法。最后，我们发布基于R的分析大规模基因微阵列表达数据的软件包：BNArray，使得对DNA芯片的统计建模成为一个连续的系统化的过程，并且我们的程序可以处理不完全的芯片数据。

摘要： 本发明提供基因组DNA所含有的SNP等多态性的检测效率优异的DNA微阵列中的探针。本发明的探针的设计方法包括：对于来源于对象生物的基因组DNA所包含的、限制性内切酶识别的限制性内切酶识别部位夹入的片段，指定覆盖该片段内的至少一部分的1个或多个区域的步骤；将指定的1个或多个区域作为用于检测供试生物中的上述片段的探针来进行设计的步骤。

摘要： 本发明的目的是提供能够充分清洗微阵列的微阵列处理装置。微阵列处理装置(30)具备：设有容纳微阵列(1)的一个或者两个以上的孔(40)的孔板(38)；以及从孔抽吸液体的抽吸嘴(46)，孔为上端开口的、具有微阵列的高度以上的深度的孔，并且具备凹部形状，其能够将抽吸嘴的前端插通至容纳于该孔的微阵列的下端的高度位置，抽吸嘴能够在孔内相对下降，直至该抽吸嘴的前端位于容纳于孔的微阵列的下端的高度位置。

摘要： 本发明提供基因组DNA所含有的SNP等多态性的检测效率优异的DNA微阵列中的探针。本发明的探针的设计方法包括：对于来源于对象生物的基因组DNA所包含的、限制性内切酶识别的限制性内切酶识别部位夹入的片段，指定覆盖该片段内的至少一部分的1个或多个区域的步骤；将指定的1个或多个区域作为用于检测供试生物中的上述片段的探针来进行设计的步骤。

摘要： 本发明的目的是提供能够充分清洗微阵列的微阵列处理装置。微阵列处理装置(30)具备：设有容纳微阵列(1)的一个或者两个以上的孔(40)的孔板(38)；以及从孔抽吸液体的抽吸嘴(46)，孔为上端开口的、具有微阵列的高度以上的深度的孔，并且具备凹部形状，其能够将抽吸嘴的前端插通至容纳于该孔的微阵列的下端的高度位置，抽吸嘴能够在孔内相对下降，直至该抽吸嘴的前端位于容纳于孔的微阵列的下端的高度位置。

摘要： 核酸外切酶保护DNA探针杂交DNA微阵列芯片检测DNA结合蛋白，提出了一种检测DNA结合蛋白的新方法，其特征在于运用该方法检测DNA结合蛋白包括如下步骤：(a)制备蛋白质结合DNA探针、PCR引物和Tag－DNA微阵列芯片；(b)蛋白质结合DNA探针与DNA结合蛋白结合；(c)核酸外切酶酶切；(d)PCR扩增及标记；PCR产物与Tag－DNA微阵列芯片杂交检测。本发明提出的“核酸外切酶保护DNA探针杂交DNA微阵列芯片检测DNA结合蛋白”检测DNA结合蛋白的特点是，不需对蛋白质进行任何化学修饰及标记，可同步对多种DNA结合蛋白进行高通量检测，检测灵敏度高。

摘要： 本发明提供微阵列用基底、微阵列制法及从微阵列获得光数据的方法。所述基底包括：设置于所述基底上的基准标记、以及设置于所述基底上的探针固定区域，其中所述第一基准标记的表面是疏水的并且探针固定化合物固定于所述探针固定区域上。

摘要： 本发明提供在基板上固定了为了检测检体中所含的具有目的碱基序列的核酸分子使用的带有实质上与该目的核酸分子的碱基序列互补的碱基序列的核酸探针的DNA微阵列，是特征如下的DNA微阵列：含有从用于检定靶核酸的一种以上的内标准用探针、用于检出操作以及探针量检定的一种以上的外标准用探针、用于对通过与上述核酸探针形成同样的手法形成的上述探针的存在量或密度进行检定的探针选择出的一种以上的探针。

摘要： 一种微阵列寡核苷酸合成芯片及其微区调光阵列和寡核苷酸微阵列原位合成方法。所述微阵列寡核苷酸合成芯片包括挡光板，所述挡光板包括透光区和不透光区，所述透光区包括M行×N列个调光单元，每一个所述调光单元均包括至少一个像素电路，所述像素电路配置为能够对所述调光单元独立地、可寻址地进行调控，从而调控透过所述调光单元的光束的性能，所述像素电路由有源薄膜晶体管阵列或无源开关阵列驱动。本申请的微阵列寡核苷酸合成芯片采用有源薄膜晶体管或无源开关阵列驱动的光像素阵列，通过外部寻址和对每个寡核苷酸生长单元的光状态进行精确控制，选择性地在精确位置上切割保护基团，可以高通量、精准地合成寡核苷酸片段或者长链DNA。

摘要： 本公开描述了用于样品中的核酸靶标的多重扩增和检测的装置和方法。本公开的实施例包括：机械系统，所述机械系统配置成提供芯片的装载、竖直定位和夹紧；热控制系统，所述热控制系统配置成维持所述芯片的不同温度；以及光学荧光成像系统。

摘要： 光定向微阵列DNA合成的链接基质物和合成方法，其链接基质物的紫外光脱保护基团使用了‑MENPOC或‑NPPOC；其合成方法通过步骤(1)‑(7)合成出可带有目标碱基序列且可剥离的寡核苷酸。本发明提出的光定向微阵列DNA合成的链接基质物，其无需提前连接起始碱基，减少了起始碱基对后续使用的干扰，解决了现有技术中起始碱基与目标碱基不清楚明确的问题。同时，该特征结构，能在合成最终的寡核苷酸后可自玻片载体剥离开，从而使合成的最终寡核苷酸可自玻璃表面释放出，用于其他下游的基因组学应用中。