大肠埃希菌中细胞分裂抑制子的潜在调控基因筛选

摘要

目的 筛选大肠埃希菌中细胞分裂抑制子(SdiA)的潜在调控基因.方法 将大肠埃希菌E.coliSM10λpir野生株、E.coli SM10λpir Sdi A敲除株、E.coli SM10λpir Sdi A过表达回复株分别加入N-酰基-L-高丝氨酸内酯(AHLs)信号分子处理,记为AHLs处理组;对应三种菌株分别加入等量DMSO处理,记为非AHLs处理组.两组菌株基因转录组测序后,通过R语言edgeR软件包筛选差异表达基因.选取两组内E.coli SM10λpir Sdi A敲除株与E.coli SM10λpir野生株之间、E.coli SM10λpir Sdi A过表达回复株与E.coli SM10λpir Sdi A敲除株之间同时出现差异性表达的基因,即为有/无AHLs信号分子时Sdi A的潜在调控基因,并进行组间比对,观察有/无AHLs信号分子时Sdi A潜在调控基因的变化.结果 非AHLs处理组中,E.coli SM10λpir Sdi A敲除株与E.coli SM10λpir野生株之间、E.coli SM10λpir Sdi A过表达回复株与E.coli SM10λpir Sdi A敲除株之间同时出现差异性表达的基因为narH、narJ、narI、yeeE、yeeR、paaE、flu.AHLs处理组中,E.coli SM10λpir Sdi A敲除株与E.coli SM10λpir野生株之间、E.coli SM10λpir Sdi A过表达回复株与E.coli SM10λpir Sdi A敲除株之间同时出现差异性表达的基因为hcp、 yt-fE、hcr、hmp、narH、narJ、narl、yeeE、yeeR、flu、ydiV、hdhA.narH、narJ、narI、yeeE、yeeR、flu基因在两组中均为Sdi A的潜在调控基因,hcp、ytfE、hcr、hmp、ydiV、hdhA基因仅在AHLs信号分子存在时为Sdi A的潜在调控基因.结论 大肠埃希菌中,Sdi A的潜在调控基因有narH、narJ、narI、yeeE、yeeR、flu、paaE、hcp、ytfE、hcr、hmp、ydiV、hdhA,其中对hcp、 ytfE、hcr、hmp、ydiV、hdhA基因的调控依赖于AHLs信号分子.