采用ChIP-DSL启动子芯片筛选Kid下游调控基因

摘要

目的:前期研究发现驱动蛋白样DNA结合蛋白(kinesin-like DNA binding protein,Kid)的编码基因(ki-nesin-like 4,KNSIA)在乳腺原发癌中的表达下调与患者差的预后相关.本研究的目的是筛选Kid下游调控基因.为探讨Kid在乳腺癌发生和发展中的作用机制提供依据.方法:采用染色质免疫沉淀技术和舍人类20 045个功能基因启动子序列的Oligo芯片,筛选Kid抗体染色质免疫沉淀的DNA与芯片杂交的荧光强度.与无抗体对照比较差异达2倍以上的基因作为Kid调控的候选基因;采用ChIP-PCR方法验证候选基因的启动子与Kid的结合:采用实时定量RT-PCR方法验证Kid蛋白量改变对候选基因mRNA表达水平的影响.结果:筛选出287个Kid调控的候选靶基因;候选基因ATF7IP和CDC25C的Kid特异性染色质免疫沉淀扩增产物量与非特异对照比较差异分别为2.2倍和2.4倍;ATF7IP和CDC25C在KNSL4 siRNA干扰的乳腺癌细胞中的表达水平较对照细胞分别下调1.6倍和5.8倍.结论:Kid对ATF7IP和CDC25C的转录呈负向调节作用;Kid可能通过对靶基因表达的转录调控进而影响乳腺癌的生物学行为.