应用系统发育树分析DDBJ基因库中HBV基因序列的基因型

摘要

为了充分利用核酸库中的HBV序列信息,探讨DDBJ核酸库中HBV基因序列的基因分型,采用Clustal X(1.8)软件比较HBV基因序列前S区序列差异并产生系统发育树.通过对下载的1 471条HBV基因序列进行系统分析,获得了228条前S/S区完整的HBV基因序列,其中有66条序列的基因型已被各种方法所证实.利用软件分析绘制了基于228条HBV前S区基因序列的系统发育树.66条已知基因型HBV基因序列在系统发育树上的分型与其原有基因型完全吻合.在228条HBV基因序列中,有207条序列分别属于A、B、C、D、E、F和G等7个基因型,但另外21条序列不能归属于上述7个基因型的任何一种,而且它们又分为彼此相互独立存在的两群,暂分别称之为未分型Ⅰ和未分型Ⅱ.经比较未分型Ⅰ、Ⅱ和其他7个基因型前S区核苷酸序列,发现未分型Ⅰ、Ⅱ和D型前S区都有33个核苷酸缺失,但三者基因缺失片段的位置和形式各不相同.但其它六型前S区无大片段基因缺失.结果说明采用基于前S区的系统发育树基因分型分析方法正确可靠.除了现已证实的7个基因型外,尚可能存在另外两个新的HBV基因型.