m6A修饰调控的LDB2抑制肺腺癌细胞增殖

摘要

目的 研究LIM域结合蛋白2(LDB2)在肺腺癌中的表达模式及作用.方法 从mRNA和蛋白表达数据库中分析在肺腺癌中表达下调基因的交集.通过qRT-PCR、Western blot和免疫组化的方法验证LDB2在肺腺癌中的表达模式.在GEO和TCGA数据库中分析LDB2与肺腺癌患者预后的相关性.在H1299细胞中过表达LDB2,通过细胞计数实验、软琼脂克隆实验及流式细胞术证明LDB2在肺腺癌中的作用.生信预测结合后期MeRIP-qPCR实验证实LDB2转录本上存在m6A结合位点.通过qRT-PCR和Western blot实验检测YTHDC2对LDB2的转录调控.RIP实验验证YTHDC2能否与LDB2转录本结合.结果 通过分析TCGA、GEO及CPTAC 3个数据集中在肺腺癌中低表达的差异基因,最终聚焦于LDB2基因.免疫组化结果证实该基因在80例肺腺癌组织中的表达量也显著低于17例正常癌旁组织的表达量.与正常肺上皮细胞16HBE相比,LDB2在肺腺癌细胞中的表达量亦明显降低.生信分析提示高表达的LDB2与肺腺癌患者良好的预后正相关.在H1299细胞中过表达LDB2后,发现LDB2可诱导H1299细胞发生S期阻滞,从而抑制该细胞的增殖能力和软琼脂克隆形成能力.生信预测结合后期MeRIP-qPCR实验证实LDB2转录本上存在m6A位点.GEPIA数据库提示YTHDC2在肺腺癌组织中低表达,且与LDB2在肺腺癌中表达正相关(r=0.22,P<0.0001).在H1299细胞中过表达YTHDC2,可明显增加LDB2的表达.最后,在过表达YTHDC2的H1299细胞中开展RIP实验,定量结果显示LDB2在YTHDC2组的含量是其在IgG组含量的19.35倍,YTHDC2可结合在LDB2转录本上调控其表达.双荧光素酶报告基因实验证实YTHDC2可上调野生型而不是缺失型报告基因载体活性.结论 m6A编码器YTHDC2在肺腺癌中上调LDB2的表达.过表达LDB2可明显诱导肺腺癌细胞发生S期阻滞,抑制肺腺癌细胞增殖能力.