改进的拟南芥CAPS标记方法

摘要

在模式植物拟南芥(Arabidopsisthaliana)的一种生态型Columbia(Col)中,存在大多数CAPS(切割扩增的多态性序列)标记的标记酶识别位点;而用于分析的酶中,只有37.5%～47.5%的酶在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点,超过半数的酶在大多数CAPS标记的开发中无作用.因此,建立了一种改进的开发CAPS标记的方法.首先进行限制性内切酶分析,筛选出在Col基因组的扩增区段存在酶识别位点的候选酶,然后再在候选酶中筛选CAPS标记酶;只有在候选酶中找不到CAPS标记酶时,才在其它酶中筛选.应用实验结果表明,即使不知道拟南芥的另两种生态型Landsberg erecta(Ler)和Cape VerdeIs-lands(Cvi)的基因组序列,也可利用Col基因组序列开发Ler和Cvi的CAPS标记,可节约超过50%酶的费用.这种基于基因组的CAPS(geCAPS)方法在其它植物如水稻(Oryza sativa)和茶叶(Camellia sinensis)中的应用进行了讨论.